vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-11-09T12:37:02+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1905Les notifications (en bas à droite) sont cachées par la page serveur2017-11-09T12:37:02+01:00Vidjil TeamLes notifications (en bas à droite) sont cachées par la page serveurDu coup on peut avoir l'impression qu'il ne se passe rien alors qu'il y a un message d'erreur ou une notification informant d'une action en cours (p. ex. un upload).
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Il semblerait que les messages ne soient pas cachés (server window:...Du coup on peut avoir l'impression qu'il ne se passe rien alors qu'il y a un message d'erreur ou une notification informant d'une action en cours (p. ex. un upload).
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Il semblerait que les messages ne soient pas cachés (server window: z-index = 5; notification: z-index = 100) et copier le html brut dans le flash-container s'affiche bien par dessus la fenêtre serveur.
En revanche, le flash-container n'est même plus remplit avec le message en question lorsque la fenêtre serveur est ouverte.
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fixed => d5a1f3a8ec88
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ok
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2771Le découpage des méthodes "update" est-il judicieux ?2017-11-08T09:47:11+01:00Ryan HerbertLe découpage des méthodes "update" est-il judicieux ?Les vues JS ont plusieurs méthodes de mise à jour:
- `update`
- `updateElem`
- `updateStyle`
- `updateElemStyle`
Ce découpage peut avoir beaucoup de sens pour optimiser l'application, et réduire le nombre d'opérations inutiles. Comm...Les vues JS ont plusieurs méthodes de mise à jour:
- `update`
- `updateElem`
- `updateStyle`
- `updateElemStyle`
Ce découpage peut avoir beaucoup de sens pour optimiser l'application, et réduire le nombre d'opérations inutiles. Comme par exemple, la sélection d'un clone n'affecte que son esthétique, donc on applique `updateElemStyle` pour indiquer aux vues de modifier le style du clone sélectionné.
En revanche, dans certaines situations, celà peut poser des problèmes. Je pense notamment à url.js, qui a besoin de connaître les changements de sélection de clones, ainsi que d'autres changements non-cosmetiques. Appliquer le même paradigme de `update` et `updateElemStyle`... pose un soucis de duplication des tâches. D'une part les deux méthodes seront les mêmes, mais appliquées à différents types de paramètres, et d'autre part on se retrouve avec une duplication de URL.pushState (problème similaire à #2438 ).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2765Erreur serveur Demo L4 / multi-inc-xxx, fused file not found2017-10-31T14:25:12+01:00Ghost UserErreur serveur Demo L4 / multi-inc-xxx, fused file not foundEn testant l'app avec le jeux de données demo lil4 j'ai eu un message d'erreur"server error" renvoyé en cliquant sur multi+inc
![Screenshot-2017-10-31_Vidjil](/uploads/966cc6ded0624ada5f99c613161ab4a6/Screenshot-2017-10-31_Vidjil.png)
...En testant l'app avec le jeux de données demo lil4 j'ai eu un message d'erreur"server error" renvoyé en cliquant sur multi+inc
![Screenshot-2017-10-31_Vidjil](/uploads/966cc6ded0624ada5f99c613161ab4a6/Screenshot-2017-10-31_Vidjil.png)
et le meme message d'erreur pour Demo LIL 3 en cliquant sur "multi+inc+xxx"
![Screenshot-2017-10-31_Demo_LIL-L3__multi+inc+xxx_](/uploads/0e6d742b3fa18a6a988b98a95348c5fc/Screenshot-2017-10-31_Demo_LIL-L3__multi+inc+xxx_.png)
Je ne sais pas si c'est un bug lié au disk failure de la semaine dernière. En tout cas le message d'erreur pour etre plus explicite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1967Repasser en -t 0 par défaut au lieu de -t 100 (trim)2017-10-31T12:20:15+01:00Vidjil TeamRepasser en -t 0 par défaut au lieu de -t 100 (trim)Voir autres tâches étiquetées par "trim"
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ping ?
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ça va casser des tests mais oui c'est indispensable : raisons de non segmentation trompeuses, ce qui laisse aussi penser qu'on doit pouvoir passer à côté de certaines choses (ce qui...Voir autres tâches étiquetées par "trim"
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ping ?
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ça va casser des tests mais oui c'est indispensable : raisons de non segmentation trompeuses, ce qui laisse aussi penser qu'on doit pouvoir passer à côté de certaines choses (ce qui est déjà arrivé pour sûr dans un cas très particulier).
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2016.09, merci !
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2063Export/import d'un patient/run/sample_set ou d'un ensemble de samples2017-10-27T12:44:24+02:00Thonier FlorianExport/import d'un patient/run/sample_set ou d'un ensemble de samplesEvoqué à Rennes :
Possibilité d'envoyer/partager un patient entre deux hopitaux.
Cas pratique :
Mr Durand est aujourd'hui traité à Lille.
Demain, il prévoit de déménager à Paris.
Les cliniciens de Paris pourront-il recupere...Evoqué à Rennes :
Possibilité d'envoyer/partager un patient entre deux hopitaux.
Cas pratique :
Mr Durand est aujourd'hui traité à Lille.
Demain, il prévoit de déménager à Paris.
Les cliniciens de Paris pourront-il recuperer les données généré à Lille pour poursuivre son analyse ? (hormis de possible questions de droits)
Concretement :
Faut-il leur dire de s'échanger les données fastq et de recréér un "patient" dasn la nouvelle structure ?
Faire un export de l'objet "patient" et de tous ce qui lui est associé, avec un protocole d'import de l'autre coté ? On peux ainsi conserver les notes et rapports déjà édités.
Comment le faire aujourd'hui avec l'approche centralisé ? Un changement de droits dans la base de données suffit ?
@magiraud @mikael-s @RyanHerbprod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1831Vidjil morning : le mettre dans les scripts d'install2017-10-27T12:25:34+02:00Vidjil TeamVidjil morning : le mettre dans les scripts d'install
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1973Autodelete fonctionne à moitié ?2017-10-26T16:52:20+02:00Vidjil TeamAutodelete fonctionne à moitié ?Dans un patient existant, j'ajoute un fichier que je run dans une config non utilisée pour ce patient. J'ai bien mes trois fichiers (séquence, results, fused) sur le disque et ils apparaissent bien en BD. Je fais un delete sequence file ...Dans un patient existant, j'ajoute un fichier que je run dans une config non utilisée pour ce patient. J'ai bien mes trois fichiers (séquence, results, fused) sur le disque et ils apparaissent bien en BD. Je fais un delete sequence file and results. Les éléments sont bien supprimés de la BD mais… sur le disque j'ai toujours le fichier results et le fichier fused. En revanche le fichier séquence a bien été supprimé. Pourtant ils ont tous le même paramétrage pour le autodelete.
Qui a une idée ?
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Je dis ça parce qu'on a 4000+ fichiers fused sur le disque qui n'apparaissent pas en BD (et 780 fichiers résultats).
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Je préfère qu'il fonctionne à 1/2 qu'à 3/2 :-)
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Marc, as-tu poussé le correctif ?
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@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1738Sauvegarde incrémentale, mécanisme plus léger2017-10-25T19:09:24+02:00Vidjil TeamSauvegarde incrémentale, mécanisme plus légerChaque sauvegarde est refaite from scratch ce qui prend de + en + de temps et de + en + de place. 23 min et 2,4G par backup à l'heure actuelle.
Quelle solution plus légère pourrait-on envisager ?
Un rsync ne serait pas pleinement s...Chaque sauvegarde est refaite from scratch ce qui prend de + en + de temps et de + en + de place. 23 min et 2,4G par backup à l'heure actuelle.
Quelle solution plus légère pourrait-on envisager ?
Un rsync ne serait pas pleinement satisfaisant : on veut pouvoir remonter dans le temps (pas à l'infini non plus). Des sauvegardes full tous les mois et incrémentales tous les jours ?
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tout à fait
- incrément à chercher .analysis / .vidjil
- la DB (6 MB) peut être sauvée chaque jour
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Monté à high, on a peu de place, cela devient urgent (chaque sauvegarde prend 24G)
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Devrait être redescendu à 2-3GB, on a > 100 jours devant nous.
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2100Docker: fournir un bon moyen de changer certains mots de passe2017-10-25T04:12:33+02:00Ryan HerbertDocker: fournir un bon moyen de changer certains mots de passeLorsqu'on installe la vidjil il y a un certain nombre de mots de passe ou fichiers d'authentification/certificats qui sont créés, auxquels l'utilisateur doit fournir une entrée. Notamment le certificat ssl par défaut, et le mot de passe ...Lorsqu'on installe la vidjil il y a un certain nombre de mots de passe ou fichiers d'authentification/certificats qui sont créés, auxquels l'utilisateur doit fournir une entrée. Notamment le certificat ssl par défaut, et le mot de passe web2py.
Lors de la phase de build de l'image docker des valeurs par défaut ont dû être fournies car on n'a pas la main pour demander des entrées auprès de l'utilisateur.
Mais il n'y a pas encore de moyen facile pour les changer. Pour les certificats ssl il s'agirait d'ajouter un volume à la configuration docker-compose. Pour le mot de passe web2py il s'agirait de traiter le fichier parameters_443.py comme les autres fichiers de conf, comme conf.js et defs.py et fournir un script pour changer le mot de passe.
@mikael-s @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2129Performance boost avec lazy_tables dans web2py2017-10-23T15:45:57+02:00Mikaël SalsonPerformance boost avec lazy_tables dans web2py[D'après la doc web2py](http://www.web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#markmin_lazy_tables) le paramètre `lazy_tables` à la construction du DAL peut offrir de beaux gains de perfomance. À tester.
@Ryan...[D'après la doc web2py](http://www.web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#markmin_lazy_tables) le paramètre `lazy_tables` à la construction du DAL peut offrir de beaux gains de perfomance. À tester.
@RyanHerb @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2614G++ 4.8 et docopt2017-10-21T07:53:04+02:00Mathieu GiraudG++ 4.8 et docopt`make` ne fonctionne pas sur CentOS 7.2... en raison de docopt, pour `tools/align`.
La solution est simple :-) #926.`make` ne fonctionne pas sur CentOS 7.2... en raison de docopt, pour `tools/align`.
La solution est simple :-) #926.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2587Ouvrir Gitlab2017-10-21T07:48:55+02:00Mathieu GiraudOuvrir Gitlabcc @allcc @all2017-09-15https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/926Traitement des options : supprimer docopt, choisir autre solution2017-10-19T19:44:34+02:00Vidjil TeamTraitement des options : supprimer docopt, choisir autre solutionle traitement des options prend 1/3 du code de vidjil.cpp. Et c'est redondant.
Des expériences avaient été faites au début 2014, mais rien de concluant.
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http://docopt.org
Leur format d'entrée est... bluffant, je ne l'avais pas compri...le traitement des options prend 1/3 du code de vidjil.cpp. Et c'est redondant.
Des expériences avaient été faites au début 2014, mais rien de concluant.
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http://docopt.org
Leur format d'entrée est... bluffant, je ne l'avais pas compris ce matin.
https://github.com/docopt/docopt.c
L'implémentation c n'a pas l'air super complète, mais on pourrait y arriver peut-être.
Ou bien la C++11...
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https://github.com/docopt/docopt.cpp
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mvoui, attendre un peu avant de prendre décision docopt
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> Mathieu : tools/align.cpp utilise docopt
> Mikaël : Euh… docopt ? « Note that GCC-4.8 will not work due to its missing the regex module. »
> On n'est pas en train de dire qu'il faut installer gcc 4.8 partout ?
Je ne m'en étais pas rendu compte, aïe, cela passait chez moi avec le clang par défaut.
Effectivement, gcc 4.8 ne passe pas, et 4.9 passe.
De plus, pour tools/align.cpp docopt m'avait presque convaincu, mais pour vidjil.cpp le traitement est plus complexe, je ne suis pas sûr que cela nous convienne. Bref, attendre beaucoup avant de changer cela pour vidjil.cpp et/ou trouver d'autres solutions.
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Rediscuter de docopt, lui donner encore une chance...
Et si cela ne peut pas marcher, l'enlever.
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Docopt, c'est toujours pour gcc 4.9 minimum (et on s'est déjà amusés à mettre à jour g++/clang sur un certain nombre de slaves l'année dernière)
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@nobodyAlgo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2733encodeURIComponent typo dans le code2017-10-19T14:53:22+02:00Thonier FlorianencodeURIComponent typo dans le codeUne toute petit erreur de typo dans le fichier `database.js` ligne 1106Une toute petit erreur de typo dans le fichier `database.js` ligne 1106https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2697Labels de l'axe des x trop serrés donc illisibles2017-10-19T11:26:55+02:00Mathieu GiraudLabels de l'axe des x trop serrés donc illisiblesEn faisant un preset 3 sur un jeu avec du IGH, les légendes de l'axe des x sont trop serrées.
![igh-genscan](/uploads/e080982a7a76d3257dc8f07a57d247f6/igh-genscan.png)
Il devrait y avoir moins de ticks x, ou bien moins de labels.
cc ...En faisant un preset 3 sur un jeu avec du IGH, les légendes de l'axe des x sont trop serrées.
![igh-genscan](/uploads/e080982a7a76d3257dc8f07a57d247f6/igh-genscan.png)
Il devrait y avoir moins de ticks x, ou bien moins de labels.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2706Tags: une liste de tags vide auto-complète à undefined2017-10-19T11:26:55+02:00Ryan HerbertTags: une liste de tags vide auto-complète à undefinedQuand le contrôleur tags/autocomplete renvoi un object JSON vide, l'autocompletion affiche undefined au lieu d'un affichage approprié (loading, empty, ... ?)Quand le contrôleur tags/autocomplete renvoi un object JSON vide, l'autocompletion affiche undefined au lieu d'un affichage approprié (loading, empty, ... ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2507Délétions Vleft / Jright : documenter, intégrer, nouvel axe2017-10-19T11:26:52+02:00Mathieu GiraudDélétions Vleft / Jright : documenter, intégrer, nouvel axeEn discutant de ~"app-stats" avec @flothoni, on s'est dit qu'on pourrait dès maintenant visualiser dans le ~"client-grid" / ~"client-bar".
- [ ] Documenter dans `doc/format-analysis.org` les champs `delRight` et `delLeft`
- [ ] Faire u...En discutant de ~"app-stats" avec @flothoni, on s'est dit qu'on pourrait dès maintenant visualiser dans le ~"client-grid" / ~"client-bar".
- [ ] Documenter dans `doc/format-analysis.org` les champs `delRight` et `delLeft`
- [ ] Faire une fonction d'accès dans clone.js pour récupére `seg.5.delRight` et `seg.3.delLeft`
- [ ] Créer deux axesWeb 2017.09Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2688Style des tags : bikeshedding2017-10-19T11:26:52+02:00Mathieu GiraudStyle des tags : bikeshedding1d0b3a29 fait un style léger pour mieux identifier les tags. Visible sur `dev`.
Ouvert au ~bikeshedding ... et le met-on de suite, ou attend-on #2687 ?1d0b3a29 fait un style léger pour mieux identifier les tags. Visible sur `dev`.
Ouvert au ~bikeshedding ... et le met-on de suite, ou attend-on #2687 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2661Tags : Tri de la liste2017-10-19T11:26:52+02:00Mikaël SalsonTags : Tri de la listeRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2620Tags: AND au lieu de OR2017-10-19T11:26:52+02:00Mathieu GiraudTags: AND au lieu de ORRyan HerbertRyan Herbert