vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-10-20T12:16:16+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3630gitlab-ci.yml, `parallel` voire `matrix`2021-10-20T12:16:16+02:00Mathieu Giraudgitlab-ci.yml, `parallel` voire `matrix`Depuis 11.5.
https://docs.gitlab.com/ce/ci/yaml/#parallel
Ce serait à nous de dire quoi faire en fonction de `CI_NODE_INDEX`.Depuis 11.5.
https://docs.gitlab.com/ce/ci/yaml/#parallel
Ce serait à nous de dire quoi faire en fonction de `CI_NODE_INDEX`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3629Compilation sous Fedora2018-11-23T21:10:50+01:00Mathieu GiraudCompilation sous FedoraJenkins met des warnings depuis au moins juillet.Jenkins met des warnings depuis au moins juillet.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3628Tests dockers : rm: cannot remove '*/S.gpg-agent.browser': No such file or di...2021-10-15T09:37:52+02:00Mikaël SalsonTests dockers : rm: cannot remove '*/S.gpg-agent.browser': No such file or directoryUne partie des tests fonctionnels serveurs échouent à cause de cette erreur non reproductible ([il y a quelques exemples ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/203307)). À quoi est-ce dû ? Comment peut-on la prévenir ?Une partie des tests fonctionnels serveurs échouent à cause de cette erreur non reproductible ([il y a quelques exemples ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/203307)). À quoi est-ce dû ? Comment peut-on la prévenir ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3627Checksum des fichiers uploadés et autres ?2021-11-19T11:06:57+01:00Mathieu GiraudChecksum des fichiers uploadés et autres ?Réflexion lancée par @mikael\-sRéflexion lancée par @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3626`compute_extra` plante s'il n'y a pas de clone2018-11-13T18:11:20+01:00Mikaël Salson`compute_extra` plante s'il n'y a pas de clone```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/server/vidjil/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 331, in...```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/server/vidjil/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 331, in run_vidjil
compute_extra(id_file, id_config, 5)
File "applications/vidjil/models/task.py", line 111, in compute_extra
for clone in d["clones"]:
TypeError: 'NoneType' object is not iterable
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3624Garder les fichiers bruts tels qu'uploadés ?2021-03-17T09:35:49+01:00Mikaël SalsonGarder les fichiers bruts tels qu'uploadés ?Beaucoup de tâches FAILED ces derniers temps : une hypothèse serait des problèmes avec Pear. Le problème c'est qu'après le pre-process on n'a plus accès aux fichiers d'origine pour reproduire un éventuel problème.
Faudrait-il conserver ...Beaucoup de tâches FAILED ces derniers temps : une hypothèse serait des problèmes avec Pear. Le problème c'est qu'après le pre-process on n'a plus accès aux fichiers d'origine pour reproduire un éventuel problème.
Faudrait-il conserver les fichiers tels qu'ils ont été uploadés ? Au moins quelques jours pour éviter de saturer l'espace disque ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3623Coûts environnementaux et économiques d'un serveur Vidjil2022-06-16T11:25:26+02:00Mathieu GiraudCoûts environnementaux et économiques d'un serveur VidjilEst-ce le CPU, le disque, le réseau qui est dominant ? Quel ordre de grandeur ?
Aiderait à préciser l'importance de #3397.Est-ce le CPU, le disque, le réseau qui est dominant ? Quel ordre de grandeur ?
Aiderait à préciser l'importance de #3397.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3622set_token est présent à trop d'endroits2018-11-13T17:09:41+01:00Mikaël Salsonset_token est présent à trop d'endroitsDepuis #3533 `set_token` est utilisé plus largement. Mais un peu trop car certains endroits ne sont pas adaptés pour recevoir un span.
Il est notamment présent sur la page d'un sample set, au niveau du lien “See results”, ce qui lui do...Depuis #3533 `set_token` est utilisé plus largement. Mais un peu trop car certains endroits ne sont pas adaptés pour recevoir un span.
Il est notamment présent sur la page d'un sample set, au niveau du lien “See results”, ce qui lui donne une tête bizarre. Il est également présent dans le lien de téléchargement du `.vidjil`, ce qui donne au fichier un nom non désiré. Il est également présent dans le menu *patients* (tout en haut), si jamais on a visité plusieurs patients différents.
J'imagine qu'il y a peut-être d'autres endroits.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3621Ne pas lancer des fuse sans fichier2018-11-21T16:11:12+01:00Mathieu GiraudNe pas lancer des fuse sans fichiervdj#754
Discussion avec @mikael\-s, @flothoni, @RyanHerb : le `files` de ~"server-task.py" est vide dans certains cas:
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/server/web2py/applications/vidjil/models/task.py#L628
car si on a sup...vdj#754
Discussion avec @mikael\-s, @flothoni, @RyanHerb : le `files` de ~"server-task.py" est vide dans certains cas:
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/server/web2py/applications/vidjil/models/task.py#L628
car si on a supprimé des fichiers, y compris tout, on relance.
- ne pas relancer un `fuse` si on a supprimé tout... mais difficile à détecter ?
- dans tous les cas (et peut-être cela suffira) failsafe dans `run_fuse`, si `files` est videhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3620Erreur uwsgi_max_temp_file_size dans l'image client produite par le pipeline CI2019-11-22T12:01:56+01:00Ryan HerbertErreur uwsgi_max_temp_file_size dans l'image client produite par le pipeline CIQuand on créé une image avec notre pipeline CI, il semblerait que nous ayons un soucis avec notre config NGINX. On a une erreur `"uwsgi_max_temp_file_size" directive invalid value in /etc/nginx/conf.d/web2py.conf:26`
L'erreur semble êtr...Quand on créé une image avec notre pipeline CI, il semblerait que nous ayons un soucis avec notre config NGINX. On a une erreur `"uwsgi_max_temp_file_size" directive invalid value in /etc/nginx/conf.d/web2py.conf:26`
L'erreur semble être présente dans les images `2018-10-18-f959661a` et `2018-11-07-9e578b34` (produites par le CI) mais pas dans `2018-10-26-3a690203` (produite sur ma machine).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3619Tests serveur fonctionnels : un test n'est pas reproductible ?2018-11-20T12:33:09+01:00Mikaël SalsonTests serveur fonctionnels : un test n'est pas reproductible ?J'ai eu [le cas ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/198104) :
```
1) Failure:
TestSample#test_run [functional/test_sample.rb:281]:
Expected false to be truthy.
```
J'ai relancé le test et c'est passé.
Cela correspond à ce...J'ai eu [le cas ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/198104) :
```
1) Failure:
TestSample#test_run [functional/test_sample.rb:281]:
Expected false to be truthy.
```
J'ai relancé le test et c'est passé.
Cela correspond à cette partie-là :
```ruby
table = $b.table(:id => "table")
table.wait_until_present
lines = table.tbody.rows
lines[0].wait_until_present
assert(lines[0].td(:text => "QUEUED").present?)
```
Pourtant il y a bien un `wait_until_present`…
/cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3617Rapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le no...2019-02-28T13:33:56+01:00Mikaël SalsonRapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le nom d'origineÀ modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.À modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3616to IMGT quand pas de CDR32019-06-05T08:12:54+02:00Mathieu Giraudto IMGT quand pas de CDR3Vu par ~"LIL\-Lille" une fois : un clone sans CDR3, cliquer sur le triangle "to IMGT", mouline et bloque. Pas sûr que ce soit reproductible.Vu par ~"LIL\-Lille" une fois : un clone sans CDR3, cliquer sur le triangle "to IMGT", mouline et bloque. Pas sûr que ce soit reproductible.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3615Axes 'hide': les faire apparaître à certains moments ?2018-11-07T16:37:15+01:00Mathieu GiraudAxes 'hide': les faire apparaître à certains moments ?Au moins `VIdentity-IMGT` devrait être disponible quand on a des données à afficher.
(les afficher toujours ? bof, on risque de ne pas comprendre)Au moins `VIdentity-IMGT` devrait être disponible quand on a des données à afficher.
(les afficher toujours ? bof, on risque de ne pas comprendre)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3613Rajouter Demo-X5 au menu file des environnements de review2018-11-07T14:17:35+01:00Mathieu GiraudRajouter Demo-X5 au menu file des environnements de reviewhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3612Le bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"2018-11-07T13:41:21+01:00Mathieu GiraudLe bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3611Signaler à l'utilisateur que son fichier FAILED a un soucis2018-11-12T15:34:08+01:00Mathieu GiraudSignaler à l'utilisateur que son fichier FAILED a un soucis@flothoni vdj#754 :
> il semble qu'il y ai beaucoup de fichiers `fastq.gz` qui n'en sont pas. (corrompu ou bien un autre format).
Est-ce que l'utilisateur est au courant ? Normalement il clique sur `FAILED` et il y a un message clair d...@flothoni vdj#754 :
> il semble qu'il y ai beaucoup de fichiers `fastq.gz` qui n'en sont pas. (corrompu ou bien un autre format).
Est-ce que l'utilisateur est au courant ? Normalement il clique sur `FAILED` et il y a un message clair dans la fenêtre de log, est-ce bien cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3610Les tests serveurs échouent : gpg: keyserver receive failed2021-04-02T14:58:14+02:00Mikaël SalsonLes tests serveurs échouent : gpg: keyserver receive failedEn ce moment les tests fonctionnels serveurs échouent ([exemple](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/195678)).
La commande :
```
gpg --keyserver ha.pool.sks-keyservers.net --recv-keys B42F6819007F00F88E364FD4036A9C25BF357DD4
``...En ce moment les tests fonctionnels serveurs échouent ([exemple](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/195678)).
La commande :
```
gpg --keyserver ha.pool.sks-keyservers.net --recv-keys B42F6819007F00F88E364FD4036A9C25BF357DD4
```
produit l'erreur `gpg: keyserver receive failed: Cannot assign requested address`. Cela fonctionne chez moi (dans le dock) en local. Et la commande fonctionne également, hors dock, sur le slave.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3609Relancer plus souvent clang en ci2018-11-02T12:29:22+01:00Mathieu GiraudRelancer plus souvent clang en ciÉvoqué à partir de #3601.
Limité par #2900. Mais le test-various-compilers lancé chaque semaine serait déjà suffisant.
Mais on ne va pas toujours au bout, peut planter en raison du web (ping #1491 ou #3450).Évoqué à partir de #3601.
Limité par #2900. Mais le test-various-compilers lancé chaque semaine serait déjà suffisant.
Mais on ne va pas toujours au bout, peut planter en raison du web (ping #1491 ou #3450).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3608Vidjil-algo : lancer régulièrement des tests sous clang2020-06-19T19:37:04+02:00Mikaël SalsonVidjil-algo : lancer régulièrement des tests sous clangDiscuté avec @magiraud
En fait c'est déjà le cas. C'est le [Vidjil (all slaves)](https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil%20(all%20slaves)/) sur Jenkins, lancé dès qu'on pousse des choses algo sur `dev`, mais il faut qu'on soit plus vigil...Discuté avec @magiraud
En fait c'est déjà le cas. C'est le [Vidjil (all slaves)](https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil%20(all%20slaves)/) sur Jenkins, lancé dès qu'on pousse des choses algo sur `dev`, mais il faut qu'on soit plus vigilant à ce que des problèmes ne l'empêchent pas de tourner (dernièrement c'était des slaves qui étaient down). Avec Gitlab-CI on a un peu tendance à délaisser Jenkins (alors qu'il est encore utile).
Bien-sûr une meilleure solution serait d'avoir cela sous Gitlab, mais il n'existe pas actuellement de manière propre de faire la même chose