vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-03-11T11:56:59+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3597"make demo", LIL-L4 et "make release"2020-03-11T11:56:59+01:00Mathieu Giraud"make demo", LIL-L4 et "make release"`demo/get-sequences` récupère S22... mais aussi LIL-L4, bien plus volumineux. Cela peut bloquer pour une connexion faible.
Or il me semble bien que nos tests actuels ne demandent pas LIL-L4.
(On devrait en avoir, #2723.)
... ah si, `vi...`demo/get-sequences` récupère S22... mais aussi LIL-L4, bien plus volumineux. Cela peut bloquer pour une connexion faible.
Or il me semble bien que nos tests actuels ne demandent pas LIL-L4.
(On devrait en avoir, #2723.)
... ah si, `vidjil-h-examples-should.get` fait `sed 's/demo.LIL-L4/-X 1000 demo\/LIL-L4/'`
Bref actuellement on fait télécharger beacoup de données qui ne servent pas forcément.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3596Intéractions des vues avec VMI2020-11-03T15:37:39+01:00Ryan HerbertIntéractions des vues avec VMIUn inventaire des problèmes que j'ai découverts dans les intéractions avec VMI:
- [x] Le séparateur des plots ne fonctionne plus (l'ordre des divs dans `visu-container` change.
- [ ] Le séparateur n'est aussi pas compatible avec des `m...Un inventaire des problèmes que j'ai découverts dans les intéractions avec VMI:
- [x] Le séparateur des plots ne fonctionne plus (l'ordre des divs dans `visu-container` change.
- [ ] Le séparateur n'est aussi pas compatible avec des `media queries` pour cacher un plot lorsqu'on a peu de place.
- [x] Les plots et graphe ne se redimensionnent pas quand on les déplace vers un autre panel (il faut appeler `resize()`).
- [ ] Ajouter une view au segmenteur provoque des problèmes (liés au `position: absolute`, ça occupe trop de place et ça cache trop de choses.
- [x] La vue info ne s'adapte pas bien lorsqu'il y a plus de largeur disponible.
- [x] La liste de clones nécessite un container avec `display: flex; flex-flow: column`, sinon elle perd toute sa hauteur.
- [x] Mettre la liste dans `visu-container` avec les bonnes propriétés pour lui donner sa hauteur ne fonctionne pas (la vue info fonctionne).
- ~~[ ] Le segmenteur perd ses factultés d'expansion en dehors de son container (puisque ce n'est pas une propriété du segmenteur, mais du container)~~
- ~~[ ] Le segmenteur n'occupe pas toute sa largeur dans un container `display: flex; flex-flow: column`~~https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3595Usages de get_display_name()2018-11-13T17:09:42+01:00Ryan HerbertUsages de get_display_name()Après les changements dans !323 on a des usages de get_display_name() là où on ne veut pas utiliser le set_token.
Notamment:
- Bouton see results dans sample_set/index
- Bouton download (get_data) dans sample_set/index
- Bouton pour ...Après les changements dans !323 on a des usages de get_display_name() là où on ne veut pas utiliser le set_token.
Notamment:
- Bouton see results dans sample_set/index
- Bouton download (get_data) dans sample_set/index
- Bouton pour charger l'analyse précédente dans le menu patienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3593Moins de json dans Sample/CloneOutput ?2018-10-24T16:25:25+02:00Mathieu GiraudMoins de json dans Sample/CloneOutput ?Prend la suite de #3358.
Voir en particulier https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3358#note_124650 et https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3358#note_124819.Prend la suite de #3358.
Voir en particulier https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3358#note_124650 et https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3358#note_124819.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3592stdout / .vdj.fa comme sous-classe de CloneOutput()2019-03-14T16:12:52+01:00Mathieu Giraudstdout / .vdj.fa comme sous-classe de CloneOutput()Voir #3566.Voir #3566.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3591AIRR pour la plateforme web2021-01-15T09:19:20+01:00Mathieu GiraudAIRR pour la plateforme webPrend la suite de #3457.
Conversion/entrée via fuse.py #3673, natif depuis le .js #3967 ?
cc @flothoniPrend la suite de #3457.
Conversion/entrée via fuse.py #3673, natif depuis le .js #3967 ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3590AIRR et nombre de reads : finalement duplicate_count ?2018-10-24T16:16:48+02:00Mathieu GiraudAIRR et nombre de reads : finalement duplicate_count ?J'allais envoyer le mail à AIRR quand je suis retonbé sur cette discussion par mail:
> > (Vidjil) Note that we focus on *clones* throughout all the Vidjil platform, not on individual reads. We plan to use the "consensus_count" key of th...J'allais envoyer le mail à AIRR quand je suis retonbé sur cette discussion par mail:
> > (Vidjil) Note that we focus on *clones* throughout all the Vidjil platform, not on individual reads. We plan to use the "consensus_count" key of the AIRR format to encode the number of reads belonging to a clone, is it the good way to go ?
> (JVH, AIRR) For counting clones, the `duplicate_count` field would be more appropriate; `consensus_count` is for UMI consensus read annotation. However, if you want a clonotype summary report (eg, count of unique CDR3s without V/J annotations), then the Rearrangement format isn't really suitable for that. This might be a format we have to consider designing, if there is enough demand for it. (This is a grey area though, because it's more of a custom analysis output than something we can standardize.)
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3457#note_125973 par @flothoni et autres commentaireshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3589Termiinal web sur les environnements Docker2024-01-18T11:02:30+01:00Mathieu GiraudTermiinal web sur les environnements DockerDispo depuis 11.4 :
https://docs.gitlab.com/ee/ci/interactive_web_terminal/
Pourrait être intéressant pour débugguer des tests qui ne passent pas.
cc @RyanHerbDispo depuis 11.4 :
https://docs.gitlab.com/ee/ci/interactive_web_terminal/
Pourrait être intéressant pour débugguer des tests qui ne passent pas.
cc @RyanHerbDev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3588.gitlab-ci.yml : utiliser only/except pour ne lancer certains tests que lors ...2024-01-18T11:02:41+01:00Mathieu Giraud.gitlab-ci.yml : utiliser only/except pour ne lancer certains tests que lors de certaines modifications ?(Probablement un doublon, je n'arrive pas retrouver l'issue d'origine.)
Possible depuis 11.4, déployé sur gitlab.inria.
https://about.gitlab.com/2018/10/22/gitlab-11-4-released/#run-jobs-codeonlycodecodeexceptcode-for-modifications-on-...(Probablement un doublon, je n'arrive pas retrouver l'issue d'origine.)
Possible depuis 11.4, déployé sur gitlab.inria.
https://about.gitlab.com/2018/10/22/gitlab-11-4-released/#run-jobs-codeonlycodecodeexceptcode-for-modifications-on-a-path-or-fileDev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3585Labels should be stored in the fused file2018-12-04T18:41:45+01:00Mikaël SalsonLabels should be stored in the fused fileDiscussed with @meidanis: the labels that are stored in the .vidjil file appear to be discarded by the `fuse.py` file. This is a pity!Discussed with @meidanis: the labels that are stored in the .vidjil file appear to be discarded by the `fuse.py` file. This is a pity!Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3584Germline unexpected : comment remonter à la bonne germline ?2024-03-27T16:43:37+01:00Mikaël SalsonGermline unexpected : comment remonter à la bonne germline ?La fonction `Germline::override_rep5_rep3_from_labels` permet normalement de faire cela. Elle est utilisée lorsqu'on est en unexpected afin d'aligner la séquence contre les bons répertoires.
Les répertoires corrects sont trouvés grâce a...La fonction `Germline::override_rep5_rep3_from_labels` permet normalement de faire cela. Elle est utilisée lorsqu'on est en unexpected afin d'aligner la séquence contre les bons répertoires.
Les répertoires corrects sont trouvés grâce aux KmerAffect. Mais… ces KmerAffect sont les mêmes pour un germline complet et incomplet (le shortcut est par exemple `H` en complet et `h` en incomplet) :
```c++
affect_5 = string(1, toupper(shortcut)) + "-" + code + "V";
affect_4 = string(1, 14 + shortcut) + "-" + code + "D";
affect_3 = string(1, tolower(shortcut)) + "-" + code + "J";
```
On pourrait se dire que ce n'est pas grave et qu'on va mettre des KmerAffect différents pour les germlines complets et incomplets… sauf que non. Si on fait cela la partie commune des germlines complets et incomplets (souvent les gènes J) seraient considérés comme ambigus car appartenant à des germlines différents.Heuristique 2.0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3583Dernière image Ubunutu pour nos images2018-10-19T20:37:15+02:00Mathieu GiraudDernière image Ubunutu pour nos images@RyanHerb, tu parlais ce matin de mettre à jour l'image. Est-ce fait ?
Sinon, on peut laisser cela ouvert pour une prochaine fois.@RyanHerb, tu parlais ce matin de mettre à jour l'image. Est-ce fait ?
Sinon, on peut laisser cela ouvert pour une prochaine fois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3582Utiliser mysql 8 pour notre image Docker un jour ?2024-01-19T12:38:57+01:00Ryan HerbertUtiliser mysql 8 pour notre image Docker un jour ?J'ai fait quelques essais avec `mysql:8.0.12`:
- Il faut changer `docker/mysql/create_db.sql` -> `SET PASSWORD for vidjil='rootpass'`
- modifier le docker-compose.yml (biensûr :-) )
Le container charge, et la base de données est créé,...J'ai fait quelques essais avec `mysql:8.0.12`:
- Il faut changer `docker/mysql/create_db.sql` -> `SET PASSWORD for vidjil='rootpass'`
- modifier le docker-compose.yml (biensûr :-) )
Le container charge, et la base de données est créé, et l'utilisateur a le bon mot de passe.
En revanche, il y a un problème avec la connection à distance.
En ouvrant un bash sur le container (`docker exec -it docker_mysql_1 bash`), je peux me connecter à la base de données (`mysql -u vidjil -p vidjil`) sans problème. Mais l'instance web2py n'arrive pas à se connecter.
Je pense que le problème est lié à [ceci](https://github.com/docker-library/mysql/issues/454) (donc une méthode d'authentification dépréciée dans la dernière version de mysql).
J'ai testé la dernière version de `mariadb` (ce que j'utilise sur ma machine perso), et il n'y a pas de problème, car ils n'ont pas récemment abandonné certaines méthodes comme `mysql` l'a fait. Mais je ne sais pas vraiment s'il y a un intéret réel à utiliser `mariadb 10.X` plutôt que `mysql 5.7`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3581Mirroring vers Github ?2020-01-22T11:07:15+01:00Mikaël SalsonMirroring vers Github ?Certaines personnes clone le dépôt Github plutôt que le Gitlab.
Gitlab permet de faire du mirroring (et en ne prenant que les branches protégées si on veut). Est-ce qu'on ferait cela pour rester à jour sur Github ?Certaines personnes clone le dépôt Github plutôt que le Gitlab.
Gitlab permet de faire du mirroring (et en ne prenant que les branches protégées si on veut). Est-ce qu'on ferait cela pour rester à jour sur Github ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3580Étendre le warning W69 à des scores proches à une p-valeur près2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudÉtendre le warning W69 à des scores proches à une p-valeur près@flothoni, dans !333 :
> En revanche, dès un nt d'écart, on n'a plus de warning.
Oui.
@mikael\-s, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3575#note_126449:
> idéalement quand on a des scores suffisamment proches… mais plus ...@flothoni, dans !333 :
> En revanche, dès un nt d'écart, on n'a plus de warning.
Oui.
@mikael\-s, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3575#note_126449:
> idéalement quand on a des scores suffisamment proches… mais plus difficile à définir
Serait-ce des calculs similaires à !268 ?
En tout cas ~"priority\-1\-low", on peut déjà expérimenter un peu ce que donne le W69 et en reparler dans quelques temps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3579Rafraîchir automatiquement la page de la DB pour voir la progression des jobs.2018-11-21T12:16:51+01:00Mathieu GiraudRafraîchir automatiquement la page de la DB pour voir la progression des jobs.Quand on est sur une page de sample, il serait pertinent qu'il y ait un reload (ou un AJAX) pour mettre à jour le statut des jobs. Tous les 20-30 secondes serait suffisant.
J'ai l'impression qu'on en avait parlé il y a longtemps, peut-ê...Quand on est sur une page de sample, il serait pertinent qu'il y ait un reload (ou un AJAX) pour mettre à jour le statut des jobs. Tous les 20-30 secondes serait suffisant.
J'ai l'impression qu'on en avait parlé il y a longtemps, peut-être un doublon.
C'est peut-être complexe si on ne sait pas si l'utilisateur a modifié des choses sur la page.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3578Fenêtre de la DB (.db_div / .db_msg) légèrement trop haute ?2018-11-15T11:39:06+01:00Mathieu GiraudFenêtre de la DB (.db_div / .db_msg) légèrement trop haute ?Au moins sous FF, cela fait plusieurs fois que j'ai l'impression de ne pas voir facilement "le bas" de la fenêtre de la db et d'accéder aux boutons qui y sont... alors même que je suis sur certaines pages quasi vides, sans ascenseur.
cc...Au moins sous FF, cela fait plusieurs fois que j'ai l'impression de ne pas voir facilement "le bas" de la fenêtre de la db et d'accéder aux boutons qui y sont... alors même que je suis sur certaines pages quasi vides, sans ascenseur.
cc @flothoni @RyanHerb
Autres issues ascenseurs, peut-être pas de liens: #2118 #1285https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3577Mettre les tags par défaut sur toute installation neuve du serveur2018-10-18T17:54:27+02:00Mathieu GiraudMettre les tags par défaut sur toute installation neuve du serveurVoir `doc/tags.org`
cc @RyanHerbVoir `doc/tags.org`
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3576Page de connexion sur serveurs externes2021-02-09T18:14:05+01:00Mathieu GiraudPage de connexion sur serveurs externes"You can request an account on this server", et cela ouvre un mail pour support@vidjil.org.
A priori pas de soucis, mais ce serait bien d'avoir au moins le FQDN du serveur pour qu'on renvoie vers la bonne personne."You can request an account on this server", et cela ouvre un mail pour support@vidjil.org.
A priori pas de soucis, mais ce serait bien d'avoir au moins le FQDN du serveur pour qu'on renvoie vers la bonne personne.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3575Warning si 2 assignations possibles avec le même score dans `align_against_co...2018-10-19T18:54:55+02:00Thonier FlorianWarning si 2 assignations possibles avec le même score dans `align_against_collection`J'ai une séquence issue d'un JURKAT pour lequel on s'attend a retrouvé un TRBV12-3. Or , on retourne un TRBV12-4.
En regardant, on a juste la portion de séquence qui est identique entre le 12-3 et le 12-4 (donc pas de discrimination pos...J'ai une séquence issue d'un JURKAT pour lequel on s'attend a retrouvé un TRBV12-3. Or , on retourne un TRBV12-4.
En regardant, on a juste la portion de séquence qui est identique entre le 12-3 et le 12-4 (donc pas de discrimination possible). Dans ce cas, comment justifier que l'on prenne l'un plutôt que l'autre ?
Si pas de justification possible (ce qui risque d'être le cas); on devrait peut-être levé une alerte pour le signaler.
Question bonus; l'utilisateur me demande de lui dire pourquoi vidjil-algo a fait ce choix (qui est le "mauvais" dans le cas présent).
@magiraud @mikael\-sAlgo 2018.09