vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-09-03T17:21:27+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4454Index d'overlaps: une seule fonction dans fuse.py ?2020-09-03T17:21:27+02:00Mathieu GiraudIndex d'overlaps: une seule fonction dans fuse.py ?Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/465#note_370823
@mikael-s, ton avis ?
cc @flothoniVoir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/465#note_370823
@mikael-s, ton avis ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4463Ordre des propriétés CSS2020-09-03T17:12:44+02:00Mathieu GiraudOrdre des propriétés CSSVu grâce à !765.
Devrait-on trier les propriétés dans nos css... alphabétiquement ?
https://medium.com/@jerrylowm/alphabetize-your-css-properties-for-crying-out-loud-780eb1852153
J'avais clairement tendance a faire quelque chose "by ty...Vu grâce à !765.
Devrait-on trier les propriétés dans nos css... alphabétiquement ?
https://medium.com/@jerrylowm/alphabetize-your-css-properties-for-crying-out-loud-780eb1852153
J'avais clairement tendance a faire quelque chose "by type", mais ce n'est jamais très formalisé.
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1637day after first sample déclenché de manière trop rapide ?2020-09-03T17:01:50+02:00Vidjil Teamday after first sample déclenché de manière trop rapide ?Sur ce jeu-là : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=609&config=2 c'est day after first sample qui est sélectionné par défaut. Sauf que les nombres ne s'affichent pas mais qu'on a -/- partout. Il semble que les dates ne soien...Sur ce jeu-là : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=609&config=2 c'est day after first sample qui est sélectionné par défaut. Sauf que les nombres ne s'affichent pas mais qu'on a -/- partout. Il semble que les dates ne soient pas remplies partout.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4465Docker, segmenter page et nouvelles urls2020-08-28T11:52:02+02:00Mathieu GiraudDocker, segmenter page et nouvelles urls
cc @duez
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1845Mieux packager les releases algo, /README.md2020-08-27T13:00:38+02:00Vidjil TeamMieux packager les releases algo, /README.mdpour les releases algo :
doc/algo.org -> /README.org ?
CHANGELOG, LICENSE aussi dans / ?
Enlever browser/ ?
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@magiraud @mikael-spour les releases algo :
doc/algo.org -> /README.org ?
CHANGELOG, LICENSE aussi dans / ?
Enlever browser/ ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1729TRA+D, gènes V communs A/D, VDJ ou VJ2020-08-27T12:51:52+02:00Vidjil TeamTRA+D, gènes V communs A/D, VDJ ou VJ
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@magiraud
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1261tester mise à jour de web2py2020-08-27T12:49:59+02:00Vidjil Teamtester mise à jour de web2py
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@magiraud
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1915Graîne pour xxx2020-08-27T12:47:39+02:00Vidjil TeamGraîne pour xxxLa graîne utilisé pour xxx est plus courte que pour d'autres locus (IGH, TRA, TRB, IGH+, TRA+D, TRD+), du coup une séquence ne passant pas dans un locus normal (à cause d'erreurs ou hypermutations) pourrait passer en xxx alors que la rec...La graîne utilisé pour xxx est plus courte que pour d'autres locus (IGH, TRA, TRB, IGH+, TRA+D, TRD+), du coup une séquence ne passant pas dans un locus normal (à cause d'erreurs ou hypermutations) pourrait passer en xxx alors que la recombinaison n'a rien d'extraordinaire. Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=1655&config=25
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Bien vu. Je me demandais ce que faisait ces séquences.
Que doit-on faire ?
1) allonger la graine de xxx (ou les seuils de e-valeur) pour ne plus avoir cela
2) interdire que xxx retourne un V/J d'un autre locus
3) ou... "sauver" ces séquences et les remettre (même dans le C++) dans le locus d'origine. **Si** on a confiance dans nos calculs d'e-valeur, ce serait la bonne chose à faire : une séquence xxx qui passe est pertinente.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1596L'estimation du nombre de séquences est fausse pour un .gz2020-08-27T12:44:14+02:00Vidjil TeamL'estimation du nombre de séquences est fausse pour un .gzDans `bioreader.cpp`, dans `approx_nb_sequences_in_file(string f)`:
`float ratio = (float) filesize(f.c_str()) / (float) sequences->getPos();`
On ne prend pas en compte le cas où c'est compressé, bref la valeur est fausse à un facteur...Dans `bioreader.cpp`, dans `approx_nb_sequences_in_file(string f)`:
`float ratio = (float) filesize(f.c_str()) / (float) sequences->getPos();`
On ne prend pas en compte le cas où c'est compressé, bref la valeur est fausse à un facteur environ 4.
Mais bon, vu que cela sert pour la e-valeur, on n'est pas à un demi-ordre de grandeur près...
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- voir si un igzstream permet de savoir où l'on est, en position compressée
- ou voir si on peut avoir accès à la taille décompressée de tout le fichier
- ou multiplier par 4 quand c'est un .gz
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Évoqué de nouveau vendredi dernier. En plus fasta.gz et fastq.gz ne donnent pas les mêmes biais.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3884Flex2020-08-27T12:20:21+02:00Mathieu GiraudFlexcc @flothoni
https://css-tricks.com/snippets/css/a-guide-to-flexbox/cc @flothoni
https://css-tricks.com/snippets/css/a-guide-to-flexbox/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4012Better document .g files and how to use custom germlines2020-08-27T12:15:50+02:00Mathieu GiraudBetter document .g files and how to use custom germlinesvidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources.
Beyond the `-V / `-D` / `-J` options, the `.g` file is very flexible.
However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to ma...vidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources.
Beyond the `-V / `-D` / `-J` options, the `.g` file is very flexible.
However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to manage customization".
We should ensure that this is properly documented. What is the syntax of the `.g` file, and what are the recommended steps for anyone wishing to better use a custom germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2737CLI: Définir des options longues2020-08-27T12:05:53+02:00Mathieu GiraudCLI: Définir des options longuesAprès #2732, on pourra définir des options longues comme `--seed` en plus de (ou au lieu de) `-s`.
Cela peut être l'occasion de faire du rangement.Après #2732, on pourra définir des options longues comme `--seed` en plus de (ou au lieu de) `-s`.
Cela peut être l'occasion de faire du rangement.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2683Liste initiale de tags2020-08-27T12:04:40+02:00Mathieu GiraudListe initiale de tagsSuite à #2624, et avec #2170 en tête, on doit préparer la liste de tags publics avant le déploiement de demain vendredi matin.
Attention à #2671 : on doit créer `#ALL` avant que d'autres gens ne mettent `#all` ou `#AlL``
cc @flothoni
...Suite à #2624, et avec #2170 en tête, on doit préparer la liste de tags publics avant le déploiement de demain vendredi matin.
Attention à #2671 : on doit créer `#ALL` avant que d'autres gens ne mettent `#all` ou `#AlL``
cc @flothoni
```
=== oui ===
--> doc/tags.org
=== à discuter encore ===
#CDKN2 #CDKN2A #CDKN2B
#DNA #RNA #cDNA #cfDNA #ctDNA
SLL ? AML ?
=== plus tard ===
vaccine
mouse
dog
```Web 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2535Documenter ce qu'il faut pour un nouveau serveur2020-08-27T12:01:37+02:00Mathieu GiraudDocumenter ce qu'il faut pour un nouveau serveurVoir vdj#6 et vdj#330.
Je crois bien qu'il y avait quelque part des documents pour expliquer ce dont on avait besoin pour un nouveau serveur (que tu avais fait @flothoni à Necker, ou peut-être @RyanHerb) ?
Est-ce tout dans `doc/server....Voir vdj#6 et vdj#330.
Je crois bien qu'il y avait quelque part des documents pour expliquer ce dont on avait besoin pour un nouveau serveur (que tu avais fait @flothoni à Necker, ou peut-être @RyanHerb) ?
Est-ce tout dans `doc/server.org` ? D'autres documents ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1743Rajouter de la doc pour pré-processing, check qualité...2020-08-27T12:00:02+02:00Vidjil TeamRajouter de la doc pour pré-processing, check qualité...Évoqué vendredi dernier au CHR.
Même si on a envie de rendre certains pré-processings accessibles depuis le serveur, nous n'allons pas tout faire... (erreurs, basse qualité, adaptateurs/barcodes mal trimmés...)
Mais par contre, nous p...Évoqué vendredi dernier au CHR.
Même si on a envie de rendre certains pré-processings accessibles depuis le serveur, nous n'allons pas tout faire... (erreurs, basse qualité, adaptateurs/barcodes mal trimmés...)
Mais par contre, nous pourrions donner dans la doc quelques conseils sur comment préparer/vérifier les données d'entrée.
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FASTQC
cutadapt
Galaxy
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1737Documenter backup.sh + mettre le script distant dans le git2020-08-27T11:55:01+02:00Vidjil TeamDocumenter backup.sh + mettre le script distant dans le gitUn backup manuel se fait en lançant backup.sh depuis git/vidjil/server.
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Bof pour mettre le script distant sur le git (enfin, lequel ?)… de mémoire il ne fait qu'appel au script backup.sh + les connexions qui vont bien à rbx et déplac...Un backup manuel se fait en lançant backup.sh depuis git/vidjil/server.
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Bof pour mettre le script distant sur le git (enfin, lequel ?)… de mémoire il ne fait qu'appel au script backup.sh + les connexions qui vont bien à rbx et déplacer le fichier au bon endroit.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1612Mettre en place la config vidjil-dev, qui lance release-candidate2020-08-27T11:50:40+02:00Vidjil TeamMettre en place la config vidjil-dev, qui lance release-candidatePlutôt avoir une config qui lance l'algo sur la branche dev.
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@magiraud @mikael-sPlutôt avoir une config qui lance l'algo sur la branche dev.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3463Ordre des jobs dans .gitlab-ci.yml2020-08-27T11:49:09+02:00Mikaël SalsonOrdre des jobs dans .gitlab-ci.yml40a3acfc3a et 30c30e4f47 ont mis tout à la fin les stages de tests fonctionnels pour des raisons qui m'échappent un peu. Cela signifie qu'on déploie en prod avant de lancer les tests fonctionnels.
D'ailleurs ces stages sont partagés par...40a3acfc3a et 30c30e4f47 ont mis tout à la fin les stages de tests fonctionnels pour des raisons qui m'échappent un peu. Cela signifie qu'on déploie en prod avant de lancer les tests fonctionnels.
D'ailleurs ces stages sont partagés par tous les composants, et donc cela est valable également pour les tests fonctionnels serveurs ou algos.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2712Avoir un stage de test "external", avoir des environnements de review plus tôt2020-08-27T11:49:09+02:00Mathieu GiraudAvoir un stage de test "external", avoir des environnements de review plus tôtCertains tests fonctionnels dépendent du web et d'autres groupes que nous. Si d'autres serveurs sont plantés, notre suite de test l'est aussi. D'un autre côté, on ne veut surtout pas enlever ces tests : ils contribuent à la robustesse de...Certains tests fonctionnels dépendent du web et d'autres groupes que nous. Si d'autres serveurs sont plantés, notre suite de test l'est aussi. D'un autre côté, on ne veut surtout pas enlever ces tests : ils contribuent à la robustesse de l'ensemble et on veut être prévenu si les APIs des services externes changent.
(Voir aussi #2465.)
Proposition: on pourrait regrouper ces stages dans un stage "external", lancé en dernier. Ce stage pourrait même être optionnel/manuel. En tout cas, il ne doit pas bloquer les déploiements que l'on fait (que ce soit en prod ou en environnement de review).Web 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1234Jenkins : relancer Vidjil-data si changement dans le git dans germline/2020-08-27T11:41:50+02:00Vidjil TeamJenkins : relancer Vidjil-data si changement dans le git dans germline/après 0818249, j'ai du relancer à la main. On peut vivre avec !
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Pour info, je viens de changer la config Vidjil-data pour se lancer sur "dev" au lieu de "master".
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Hmm… Veut-on vraiment relancer Vidjil-data ? Relancer Vidjil-data ...après 0818249, j'ai du relancer à la main. On peut vivre avec !
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Pour info, je viens de changer la config Vidjil-data pour se lancer sur "dev" au lieu de "master".
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Hmm… Veut-on vraiment relancer Vidjil-data ? Relancer Vidjil-data ça veut dire récupérer les germlines depuis IMGT, ça veut dire casser les tests.
Mais je comprends bien l'intérêt de relancer pour se rendre compte des problèmes au moment où ils apparaissent !
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Tu as raison. Je mettais juste le commentaire à cet endroit pour le mettre quelque part.
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Oui, je réagissais juste à la tâche en elle-même (avec un an de retard…)
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@mikael-s