vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-01-12T15:31:57+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5102Fuse, bad merge of sample warnings2023-01-12T15:31:57+01:00Thonier FlorianFuse, bad merge of sample warningsWarnings of sample is not correctly design. We are not able to reasign these warnings to the correct sample.
On the client side, we don't show these values for the moment.
Need to be improve on the both side
* [ ] Better merge of war...Warnings of sample is not correctly design. We are not able to reasign these warnings to the correct sample.
On the client side, we don't show these values for the moment.
Need to be improve on the both side
* [ ] Better merge of warn (include sample position related to warning)
* [ ] Show warnings on the client ==> #5103https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5093report: use clone N region setting2022-11-23T17:10:52+01:00Thonier Florianreport: use clone N region settingUse the selected N region settings in the reportUse the selected N region settings in the reportWeb 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5086Form does not allow blank password2022-11-08T21:19:18+01:00Joao MeidanisForm does not allow blank passwordThe update user page says, "To change user profile without changing the password, leave it blank', but in the HTML form the passowrd and confirmation fields are 'required', preventing the user from 'leaving them blank'.The update user page says, "To change user profile without changing the password, leave it blank', but in the HTML form the passowrd and confirmation fields are 'required', preventing the user from 'leaving them blank'.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5081Axe "Number of samples" ne fonctionne pas ?2022-11-04T13:42:36+01:00Mathieu GiraudAxe "Number of samples" ne fonctionne pas ?Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5077py4web tests2023-11-08T14:41:23+01:00Mathieu Giraudpy4web tests
@duez: "l'appli est lance avec uwsgi et une db sqlite cree au lancement"
* exemple de tests avec pytest vidjil/server/py4web/apps/vidjil/tests/test_auth.py
* pour lancer tout les tests pytest present dans vidjil 'make unit' depuis vidj...
@duez: "l'appli est lance avec uwsgi et une db sqlite cree au lancement"
* exemple de tests avec pytest vidjil/server/py4web/apps/vidjil/tests/test_auth.py
* pour lancer tout les tests pytest present dans vidjil 'make unit' depuis vidjil/server/py4web
"Il faudrait un controlleur pour initialiser une bd"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5066New scatterplot preset: locus by size2022-10-03T11:59:09+02:00Thonier FlorianNew scatterplot preset: locus by sizeA user ask to create a new preset "locus by size".
for the moment, they should do it by hand each time by selecting correct axis in lists.
Two options:
* Create a specific preset with this option
* Allow user to create their own prese...A user ask to create a new preset "locus by size".
for the moment, they should do it by hand each time by selecting correct axis in lists.
Two options:
* Create a specific preset with this option
* Allow user to create their own preset and "add" them locally by settings.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5051API serveur: doc/demo, com2024-01-19T18:50:04+01:00Mathieu GiraudAPI serveur: doc/demo, comMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5033Rapport / "Database log" ne renvoie rien sur app2022-06-01T13:30:45+02:00Mathieu GiraudRapport / "Database log" ne renvoie rien sur appRelevé par AC
@duez : "à enquêter, le modèle n'a pas de log de présent. Pas sur la db ? Pas renvoyé ?"Relevé par AC
@duez : "à enquêter, le modèle n'a pas de log de présent. Pas sur la db ? Pas renvoyé ?"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5027Limiter au top strict d'un sample2022-05-18T09:59:39+02:00Thonier FlorianLimiter au top strict d'un sampleLorsque l'on a beaucoup de sample et ou de contamination (cf ), on peut se retrouver avec 300 clonotypes dans un run.
Une équipe souhaitait limiter le nombre du top au top de ce sample.Lorsque l'on a beaucoup de sample et ou de contamination (cf ), on peut se retrouver avec 300 clonotypes dans un run.
Une équipe souhaitait limiter le nombre du top au top de ce sample.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5014Diapos VW222022-05-12T11:12:59+02:00Mikaël SalsonDiapos VW22Le PDF de 2020 https://nextcloud.univ-lille.fr/index.php/s/ostQYRs44kwZdZP, voir vdj/presentations/public/vidjil.tex (rev b669aa63)
cc @duez @flothoniLe PDF de 2020 https://nextcloud.univ-lille.fr/index.php/s/ostQYRs44kwZdZP, voir vdj/presentations/public/vidjil.tex (rev b669aa63)
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5013reset le provider imgt si on change de primerset2022-05-16T09:07:18+02:00Thonier Florianreset le provider imgt si on change de primersetJe viens de me rendre compte en faisant le tuto que si l'on a importé les données depuis imgt et que l'on change le primerset, nous ne sommes pas capable de relancer l'analyse IMGt puisque le modèle considère la données déjà acquise (cf ...Je viens de me rendre compte en faisant le tuto que si l'on a importé les données depuis imgt et que l'on change le primerset, nous ne sommes pas capable de relancer l'analyse IMGt puisque le modèle considère la données déjà acquise (cf mr !1168).
Il faut inclure une variable de plus pour forcer la possibilité de relancer l'analyse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5012Rapport et "presets" communs entre plusieurs analyses2022-11-30T16:51:26+01:00Mathieu GiraudRapport et "presets" communs entre plusieurs analyses
@flothoni : "je fais un nouveau template, j'enregistre. Comment l'avoir pour des nouveaux samples ?"
Et même soucis en rechargeant l'analyse ?
Ou renommer en attendant "Preset" en quelque chose d'autre ?
@flothoni : "je fais un nouveau template, j'enregistre. Comment l'avoir pour des nouveaux samples ?"
Et même soucis en rechargeant l'analyse ?
Ou renommer en attendant "Preset" en quelque chose d'autre ?Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5011Fermer les modals lors de l'ouverture d'une nouvelle analyse2022-05-10T16:25:22+02:00Thonier FlorianFermer les modals lors de l'ouverture d'une nouvelle analyseJe pensais que l'on avait une issue, mais j'ai pas réussit à remettre la main dessus.
Lorsque l'on ouvre une nouvelle analyse, les popup déjà ouverts le reste, et affiche potentiellement des informations relatives à un autre échantillon.Je pensais que l'on avait une issue, mais j'ai pas réussit à remettre la main dessus.
Lorsque l'on ouvre une nouvelle analyse, les popup déjà ouverts le reste, et affiche potentiellement des informations relatives à un autre échantillon.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5010Preprocess qui tourne sans fin...2022-05-05T17:46:09+02:00Anne de SeptenvillePreprocess qui tourne sans fin...Le pre process du sample du patient 51704 était noté comme échoué hier matin. Sans chercher ce qui avait pu se passer, j'ai uplodé à nouveau fastq R1 et R2. Flash a visiblement commencé à traiter les fichiers vers 19h30, il y a un résult...Le pre process du sample du patient 51704 était noté comme échoué hier matin. Sans chercher ce qui avait pu se passer, j'ai uplodé à nouveau fastq R1 et R2. Flash a visiblement commencé à traiter les fichiers vers 19h30, il y a un résultat quelques seconde après (il y a peu de reads à traiter) mais depuis ça tourne et l'analyse IGH est toujours en attente...Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5009Normalisation; indiquer la valeur en pourcentage2022-05-20T16:31:12+02:00Thonier FlorianNormalisation; indiquer la valeur en pourcentageLorsque l'on veut effectuer une normalisation, nous nous attendons a avoir une valeur de type `0.1` pour dire 10%.
Ne pourrait-on pas changer ça ? En profiter pour mettre un placehorlder dans le champ avec une valeur ?
Par exemple le po...Lorsque l'on veut effectuer une normalisation, nous nous attendons a avoir une valeur de type `0.1` pour dire 10%.
Ne pourrait-on pas changer ça ? En profiter pour mettre un placehorlder dans le champ avec une valeur ?
Par exemple le pourcentage actuel du clone ? Ça évite quelques conversion hasardeuses.
Si fait, ne pas oublier de mettre à jour la doc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5002[VW] Nouveaux rapports : documenter :)2022-05-19T07:05:21+02:00Mathieu Giraud[VW] Nouveaux rapports : documenter :)On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4998Bouton mise à jour disparaît, meme si IMGT + CloneDB2022-05-17T19:09:22+02:00Mathieu GiraudBouton mise à jour disparaît, meme si IMGT + CloneDBVu par @flothoni, suite à !1133Vu par @flothoni, suite à !1133Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4997Screenshots / tests client à scinder ?2022-06-14T16:31:44+02:00Mathieu GiraudScreenshots / tests client à scinder ?@flothoni, !615:
> Il faudra au passage sûrement scinder le script de screenchot pour que les "tests" sur la partie client soit lancé sur les branches client sur une autre MR.@flothoni, !615:
> Il faudra au passage sûrement scinder le script de screenchot pour que les "tests" sur la partie client soit lancé sur les branches client sur une autre MR.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4995Mauvaise position de la boîte d'édition des tags pour plusieurs clones2022-04-15T17:50:10+02:00Mathieu GiraudMauvaise position de la boîte d'édition des tags pour plusieurs clonesmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4989% V identity depuis IMGT : avec indel2022-06-21T13:38:39+02:00Mathieu Giraud% V identity depuis IMGT : avec indel
@Anne : "La bonne pratique (ERIC, à vérifier) demande de prendre le % en prenant en compte les indels. C'est normalement donné par IMGT"
@Anne : "La bonne pratique (ERIC, à vérifier) demande de prendre le % en prenant en compte les indels. C'est normalement donné par IMGT"Web 2022.05