vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-01-03T14:58:38+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2088vidjil-to-fasta.py, object of type 'NoneType' has no len()2017-01-03T14:58:38+01:00Mathieu Giraudvidjil-to-fasta.py, object of type 'NoneType' has no len()Vu par @Cyanael
`python vidjil-to-fasta.py -o bla ../data/results-with-windows.vidjil`Vu par @Cyanael
`python vidjil-to-fasta.py -o bla ../data/results-with-windows.vidjil`Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2087Monitorer la vitesse de download/upload2023-03-02T08:22:40+01:00Mathieu GiraudMonitorer la vitesse de download/uploadParfois les serveurs sont lents (vidjil/vdj#341, vidjil/vdj#342).
Il faudrait monitorer aussi la vitesse de up/download (ou déjà le temps que prennent certaines requêtes).
@mikael-s @flothoni @RyanHerbParfois les serveurs sont lents (vidjil/vdj#341, vidjil/vdj#342).
Il faudrait monitorer aussi la vitesse de up/download (ou déjà le temps que prennent certaines requêtes).
@mikael-s @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2086Serveur anormalement lent2017-05-22T15:25:32+02:00Thonier FlorianServeur anormalement lentDemande de Patrick : Le serveur semble être très très lent.
Je viens de regarder pour m'y connecter et faire un petit test voir si le débit de mon côté était aussi impacté.
Le résultat est que les pages sont effectivement lentes à ch...Demande de Patrick : Le serveur semble être très très lent.
Je viens de regarder pour m'y connecter et faire un petit test voir si le débit de mon côté était aussi impacté.
Le résultat est que les pages sont effectivement lentes à chargées (de l'ordre de la minute pour ouvrir le page d'identification), on finit timeout majoritairement
Je ne vois pas de surplus au niveau de la charge de travail du serveur.
4 active worker, rien en attente ou en cours de run, charge moyenne en dessous des 1%.
L'espace disque est bon aussi.
Il y a bien quelques erreurs dans le log, mais rien qui ne me semble du genre a créer un tel dysfonctionnement (you do not have permission to launch process for this config, missing id, permission necessaire pour des suppression)
Il y a en revanche quelques erreurs propres à web2py (d'hier et du jour) mais je n'y ai pas accès, et les lenteurs remontent au début de semaine d'après Patrick.
Je ne sais pas si ça vient des processus vidjil ou de implémentation du serveur.
En tout cas, c'est assez urgent de régler le souci, mais je ne sais pas quoi faire de ces erreurs.
@RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2085Transformer hasSeg pour prendre en compte un ensemble de champs : hasSeg( ['5...2017-01-04T17:28:13+01:00Mathieu GiraudTransformer hasSeg pour prendre en compte un ensemble de champs : hasSeg( ['5', '3'] )On se sert de `seg` partout, et le code a donc plusieurs `hasSeg()`. Ne pourrait-on pas dire que tous les clones doivent avoir un `.seg`(et l’assurer à l’initialisation, quitte à ce qu’il soit vide dans quelques rares cas) ?
@mikael-s...On se sert de `seg` partout, et le code a donc plusieurs `hasSeg()`. Ne pourrait-on pas dire que tous les clones doivent avoir un `.seg`(et l’assurer à l’initialisation, quitte à ce qu’il soit vide dans quelques rares cas) ?
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2083Doc pour Ngnix2023-03-01T16:53:50+01:00Mathieu GiraudDoc pour Ngnixdoc/server.org contient les infos pour Apache (sont-elles toujours à jour ?).
Il devrait aussi y avoir quelques infos pour Nginx.
@mikael-sdoc/server.org contient les infos pour Apache (sont-elles toujours à jour ?).
Il devrait aussi y avoir quelques infos pour Nginx.
@mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2081Indicateur de progression au "démarrage" du client, en particulier pour le li...2017-01-18T13:17:55+01:00Mathieu GiraudIndicateur de progression au "démarrage" du client, en particulier pour le lien vers la dbQuand on utilise le client en connecté, on a souvent des soucis avec un message « Cannot connect to database, retry in a few seconds ». On préfererait ne pas avoir de timeout... mais c'est déjà cela, on est au courant.
Le problème est a...Quand on utilise le client en connecté, on a souvent des soucis avec un message « Cannot connect to database, retry in a few seconds ». On préfererait ne pas avoir de timeout... mais c'est déjà cela, on est au courant.
Le problème est au "démarrage" de l'application. Il m'est arrivé plusieurs fois de vouloir accéder à https://app.vidjil.org/ et... d'attendre. L’onglet « patients » met du temps à s’afficher, et parfois, rien ne se passe.
Je ne me souviens pas de la séquence d’opérations au début (y a-t-il un timeout ou pas ?), mais en tout cas on devrait avoir un truc rapide à charger, puis "Vidjil is loading", et un message de warning/error en cas de timeout ou d'attente inhabituelle.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2079problème d'upload a l'utilisation de vidjil en diagnostic a lille2016-12-29T12:06:09+01:00Ghost Userproblème d'upload a l'utilisation de vidjil en diagnostic a lilleNathalie a contacté Christophe de la plateforme bioinfo de l'hopital pour des problème d'upload de fichier sur Vidjil. L'upload semble ralenti au point de rendre vidjil presque inutilisable. Christophe m'a posé deux questions :
il se...Nathalie a contacté Christophe de la plateforme bioinfo de l'hopital pour des problème d'upload de fichier sur Vidjil. L'upload semble ralenti au point de rendre vidjil presque inutilisable. Christophe m'a posé deux questions :
il semble qu'elle upload des fichiers fastq , est il possible d'upload des fastq compressés (gz,bz)?
Il s'étonnait de nombreuses erreurs javascript dans la console .
Y a t'il un probleme avec le serveur ? Vidjil TeamVidjil Teamhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2078VDJML2023-06-29T11:09:37+02:00Mathieu GiraudVDJMLVDJML: a file format with tools for capturing the results of inferring immune receptor rearrangements
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1214-3
En lien avec https://vdjserver.org/
Il faudra voir si c...VDJML: a file format with tools for capturing the results of inferring immune receptor rearrangements
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1214-3
En lien avec https://vdjserver.org/
Il faudra voir si c'est pertinent pour nous ou pas.
@mikael-s @flothoni @RyanHerbThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2077Sur la page d'un utilisateur, voir aussi le groupe "uniquely assigned to user...2017-01-31T17:37:57+01:00Mathieu GiraudSur la page d'un utilisateur, voir aussi le groupe "uniquely assigned to user Xxx"À chaque fois que l'on crée un utilisateur, on va ensuite à la pêche dans la liste des groupes (voir d'ailleurs #2024). Et le groupe de chaque utilisateur est, pour la majorité des utilisateurs, l'endroit principal où l'on va regarder / ...À chaque fois que l'on crée un utilisateur, on va ensuite à la pêche dans la liste des groupes (voir d'ailleurs #2024). Et le groupe de chaque utilisateur est, pour la majorité des utilisateurs, l'endroit principal où l'on va regarder / mettre ses droits.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2075Faire une passe sur doc/user.org avec le papier PLOS2023-03-01T16:35:43+01:00Mathieu GiraudFaire une passe sur doc/user.org avec le papier PLOSCompléter/mettre à jour la documentation avec le papier PLOS, et/ou lier plus vers le papier PLOS.
Voir par exemple 3bebb21a.
En particulier, il y a actuellement peu d'intro bio.
@mikael-sCompléter/mettre à jour la documentation avec le papier PLOS, et/ou lier plus vers le papier PLOS.
Voir par exemple 3bebb21a.
En particulier, il y a actuellement peu d'intro bio.
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2074Documenter ?/?2023-03-01T18:16:19+01:00Mathieu GiraudDocumenter ?/?http://www.vidjil.org/doc/user.html ne mentionne pas `?/?`.
D'ailleurs, il n'y a quasiment rien sur ~client-grid, voir aussi #2060.
@mikael-shttp://www.vidjil.org/doc/user.html ne mentionne pas `?/?`.
D'ailleurs, il n'y a quasiment rien sur ~client-grid, voir aussi #2060.
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2070Retour à l'utilisateur quand on envoie une requête sur le segmenteur autonome2017-02-02T12:51:43+01:00Mikaël SalsonRetour à l'utilisateur quand on envoie une requête sur le segmenteur autonomeLorsque l'utilisateur soumet le formulaire
* [x] Désactiver le bouton de validation
* [x] Mettre un curseur d'attente (cf. `ajax_indicator_start` dans [database.js](browser/js/database.js))
@magiraud @RyanHerb @tydaxLorsque l'utilisateur soumet le formulaire
* [x] Désactiver le bouton de validation
* [x] Mettre un curseur d'attente (cf. `ajax_indicator_start` dans [database.js](browser/js/database.js))
@magiraud @RyanHerb @tydaxArmand BourArmand Bourhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2067Ajouter un bouton "export Fasta" dans le segmenteur autonome2017-04-03T11:13:10+02:00Mathieu GiraudAjouter un bouton "export Fasta" dans le segmenteur autonomemodel.exportFasta()
@mikael-s @tydaxmodel.exportFasta()
@mikael-s @tydaxArmand BourArmand Bourhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2064Sélectionner un rectangle sur une vue histogramme2017-07-10T17:01:29+02:00Mathieu GiraudSélectionner un rectangle sur une vue histogrammeSur la grid, on peut simplement sélectionner plusieurs clones par un rectangle (modulo #971).
Ce serait fantastique de pouvoir faire la même chose sur un histogramme. Soit directement sur les clones, soit éventuellement en cliquant sur ...Sur la grid, on peut simplement sélectionner plusieurs clones par un rectangle (modulo #971).
Ce serait fantastique de pouvoir faire la même chose sur un histogramme. Soit directement sur les clones, soit éventuellement en cliquant sur l'axe x.
On pourrait ainsi, dans une vue "à la GeneScan", sélectionner / filtrer (par `focus`) un pic et analyser des choses dessus.
Voir aussi #2059.
@aurelBZH @flothoni @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2062Authentification par LDAP2021-10-22T11:07:25+02:00Thonier FlorianAuthentification par LDAPEvoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après ...Evoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après eux, relativement répandu comme système de gestion des accès. Cela dit, pas obligatoire du tout.
Pour l'application à Vidjil, il faudrait quand meme que l'ensemble des comptes pointent vers un meme groupe d'utilisateurs pour partager les données et résultats de patients.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2061Pouvoir trier les axes par une liste arbitraire2021-06-05T07:47:20+02:00Mathieu GiraudPouvoir trier les axes par une liste arbitraireDans `available_axis`,on peut choisir entre `string` (ordre des clones) et `string-sorted` (ordre alphabétique).
Mais il y a des cas où on aimerait que l’ordre ne soit pas alphabétique, comme pour les tags ou pour « productive / not prod...Dans `available_axis`,on peut choisir entre `string` (ordre des clones) et `string-sorted` (ordre alphabétique).
Mais il y a des cas où on aimerait que l’ordre ne soit pas alphabétique, comme pour les tags ou pour « productive / not productive / no CDR3 »
- Avoir un nouveau type `string-sorted-list`
- Dans `available_axis`, les axes de ce type auraient un champ `labels` avec une liste de labels
On pourrait profiter de cela pour remplacer les appels `self.m.tag[tag_id] / getTagName() ` à quelque chose de générique
Voir aussi #1471
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2059Légende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axe2021-09-15T19:19:47+02:00Mathieu GiraudLégende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axeMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagsMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2057Formulaire admin pour modifier un groupe2017-01-31T17:37:57+01:00Mikaël SalsonFormulaire admin pour modifier un groupeDiscuté avec @flothoni et @RyanHerb, ce n'est pas pratique de devoir passer par l'interface d'admin de web2py (et on peut vouloir modifier cela sans être admin web2py). Probablement similaire à #1179 dans la réalisation
@magiraudDiscuté avec @flothoni et @RyanHerb, ce n'est pas pratique de devoir passer par l'interface d'admin de web2py (et on peut vouloir modifier cela sans être admin web2py). Probablement similaire à #1179 dans la réalisation
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2055Mise à jour de web2py et nouvelles fonctionnalités2020-01-22T13:56:36+01:00Mathieu GiraudMise à jour de web2py et nouvelles fonctionnalitésSuite à vidjil/vdj#299, web2py est passé de 2.9.9 à 2.14.6, avec plus de 18 mois de nouveaux développements. Mais on avait déjà, sur d'autres serveurs, des web2py plus à jour. Devrait-on avoir un mécanisme pour garantir que web2py ne res...Suite à vidjil/vdj#299, web2py est passé de 2.9.9 à 2.14.6, avec plus de 18 mois de nouveaux développements. Mais on avait déjà, sur d'autres serveurs, des web2py plus à jour. Devrait-on avoir un mécanisme pour garantir que web2py ne reste pas trop longtemps dans une vieille version ?
Les nouveautés : https://github.com/web2py/web2py/blob/master/CHANGELOG
Il y a deux fois "Improved scheduler", à voir si cela a changé quelque chose:
Parmi les prochains points prévus :
- enfin python 3 (voir #1345)
- scheduler new feature: you can now specify intervals with cron
- gluon/* removed from sys.path. Applications relying on statements like e.g. "from storage import Storage" will need to be rewritten with "from gluon.storage import Storage"
- tests can only be run with the usual web2py.py --run_system_tests OR with python -m unittest -v gluon.tests on the root dir
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2054Pouvoir filtrer ou sélectionner les clones productifs/non-productifs2017-07-10T17:01:29+02:00Mathieu GiraudPouvoir filtrer ou sélectionner les clones productifs/non-productifsDemande explicite d'Aurélie, à plusieurs reprises. Aussi pour Stéphanie.
Serait très utile pour la CLL.
Par exemple appuyer sur les pastilles de couleur, comme pour les tags, pour afficher/cacher certains.
Serait-ce généralisable ? Li...Demande explicite d'Aurélie, à plusieurs reprises. Aussi pour Stéphanie.
Serait très utile pour la CLL.
Par exemple appuyer sur les pastilles de couleur, comme pour les tags, pour afficher/cacher certains.
Serait-ce généralisable ? Lien avec #1471 ?
@flothoni @RyanHerb @mikael-s