vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-10-14T11:29:53+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2392Stockage des préférences : axes/colonnes de list.js/segmenter.js2020-10-14T11:29:53+02:00Ghost UserStockage des préférences : axes/colonnes de list.js/segmenter.jsUne idée me vient : une fois #2175 en place, il peut être intéressant d'enregistrer dans analysis les axes 'sélectionnés' pour l'affichage (pour commencer l'affichage par défaut sera sans doute celui de la taille, pour correspondre au fo...Une idée me vient : une fois #2175 en place, il peut être intéressant d'enregistrer dans analysis les axes 'sélectionnés' pour l'affichage (pour commencer l'affichage par défaut sera sans doute celui de la taille, pour correspondre au fonctionnement actuel).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3960clones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteur2020-10-14T11:29:53+02:00Thonier Florianclones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteurUn clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones v...Un clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones virtuels (other) et les clones de distributions.
Une solution envisageable est que pour chaque clones que nous devrions afficher dans une vue, nous lui fassions passer un test de compatibilité avec celle-ci. Pour le cas de la séquence, son absence bloquerait l'utilisation de ce clone avec la vue segmenter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3731Add germlines genes pour tous2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu GiraudAdd germlines genes pour tousSuite à #1925 et %"CLL\-2018\-septembre", pouvons-nous considérer que "add germline genes" n'est plus expérimental ?
Que manquerait-il pour qu'on en fasse une pub plus importante ? vdj#735Suite à #1925 et %"CLL\-2018\-septembre", pouvons-nous considérer que "add germline genes" n'est plus expérimental ?
Que manquerait-il pour qu'on en fasse une pub plus importante ? vdj#735CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2355segmenteur, gènes VDJ : vue compressée, sur une même ligne2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : vue compressée, sur une même lignePour #1925/#2137, on peut déjà mettre les VDJ sur trois « lignes du segmenter » différentes.
Mais on pourrait aussi avoir une vue compressée, où V et J (voire D) sont sur la même ligne, pour gagner en lisibilité et/ou en espace vertical....Pour #1925/#2137, on peut déjà mettre les VDJ sur trois « lignes du segmenter » différentes.
Mais on pourrait aussi avoir une vue compressée, où V et J (voire D) sont sur la même ligne, pour gagner en lisibilité et/ou en espace vertical. Cela serait un cas particulier de #2354.
Ce serait assez agréable dès qu'il y a suffisament du N. Et voir comment cela se passe s’il y a un overlap : un `:hover` bien placé ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2049Features à l'extérieur d'une séquence2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonFeatures à l'extérieur d'une séquenceSi une feature se trouve en dehors de notre séquence, on peut vouloir le préciser malgré tout. Cela signifie que les positions pourront être négatives ou supérieures à la longueur de la séquence. C'est une amélioration de ce qui sera réa...Si une feature se trouve en dehors de notre séquence, on peut vouloir le préciser malgré tout. Cela signifie que les positions pourront être négatives ou supérieures à la longueur de la séquence. C'est une amélioration de ce qui sera réalisé dans #2043.
Il ne faut pas non plus que ça fasse planter le segmenteur.
@flothoni @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4522Affichage de D ou de features suivant leur e-valeur dans l'aligneur2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu GiraudAffichage de D ou de features suivant leur e-valeur dans l'aligneurEn lien avec #1879/#2002 et autres tâches ~"cpp-finesegmenter-D" qui reviennent souvent et la discussion générale dans #2162.
Ici, côté ~"client-aligner" : on suppose qu'on a l'info de e-valeur pour chaque D, ou, plus généralement, pou...En lien avec #1879/#2002 et autres tâches ~"cpp-finesegmenter-D" qui reviennent souvent et la discussion générale dans #2162.
Ici, côté ~"client-aligner" : on suppose qu'on a l'info de e-valeur pour chaque D, ou, plus généralement, pour une feature de séquences.
Comment l'affiche-t-on pour souligner le côté e-valeur ? Slider/checkbox ?
Similaire à #2664 #2136 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1412Avertir s'il y a des mutations dans les 5/10 bases les plus proches de la jon...2020-10-14T11:29:53+02:00Vidjil TeamAvertir s'il y a des mutations dans les 5/10 bases les plus proches de la jonction(Yann, 10 février)
Pas si facile. Disons que cela rentre dans la réflexion globale sur le FineSegmenter et l'affichage dans le Segmenter.
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@nobody(Yann, 10 février)
Pas si facile. Disons que cela rentre dans la réflexion globale sur le FineSegmenter et l'affichage dans le Segmenter.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2356segmenteur, gènes VDJ : affichage des mutations par rapport aux gènes2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : affichage des mutations par rapport aux gènesPlus généralement que #2056, on souhaite traiter d'une manière paticulière les mutations des gènes VDJ.
Pour l'instant, quand on aligne des clones, on souligne les mutations dans les clones minoritaires, le premier clone (majoritaire) ét...Plus généralement que #2056, on souhaite traiter d'une manière paticulière les mutations des gènes VDJ.
Pour l'instant, quand on aligne des clones, on souligne les mutations dans les clones minoritaires, le premier clone (majoritaire) étant la référence.
Typiquement, c’est dans les clones qu’on souligne les mutations (même s’ils sont "majoritaires).
Avec #1925/#2137, ce sont lès gènes VDJ qui sont la référence. On pourrait même afficher de manière particulière (css) les mutations où tous les clones sont d'accord, mais pas avec le gène.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2599segmenteur, alignement avec gènes VDJ: griser les parties supprimées des gènes2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, alignement avec gènes VDJ: griser les parties supprimées des gènesDiscussion avec @mikael-s dans le métro: sans aller jusqu'à #2601, mettre les parties à droite du V calculé (et ...) en gris.
Via un `highlight` ?
Voir aussi #2356.Discussion avec @mikael-s dans le métro: sans aller jusqu'à #2601, mettre les parties à droite du V calculé (et ...) en gris.
Via un `highlight` ?
Voir aussi #2356.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2162Afficher des D selon leur niveau de e-valeur2020-10-14T11:25:55+02:00Mikaël SalsonAfficher des D selon leur niveau de e-valeurDiscussion en audio Vidjil : faut-il afficher le D selon le choix de spécificité de l'utilisateur ?
Pour désigner une amorce, il est important de savoir si on tombe dans le D ou non, les utilisateurs préfèrent avoir des faux positifs que...Discussion en audio Vidjil : faut-il afficher le D selon le choix de spécificité de l'utilisateur ?
Pour désigner une amorce, il est important de savoir si on tombe dans le D ou non, les utilisateurs préfèrent avoir des faux positifs que des faux négatifs (voir aussi #1681)
On pourrait très bien avoir la e-valeur du D dans le `.vidjil` mais cela fait varier la dénomination du clone.
Remarque de @magiraud : mais il faudrait vérifier la spécificité avec n'importe quel bout du génome (mais dans cette région-là on a quand même beaucoup plus de risques d'être effectivement dans le D).
cc @magiraud @RyanHerb @flothoni @Cyanael @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1879Seuil pour les D, e-valeur2020-10-14T11:25:55+02:00Vidjil TeamSeuil pour les D, e-valeurVW16: deux écoles.
* 4nt (Hélène ~"PAR-Debré" ), pour éviter de faire un primer qui tombe dedans
* 8nt (c'est bien cela ?), (Frédéric ~"Paris-Pitié" , "vieux papiers")
Et nous, on a dit "euh, 5nt". Sommes-nous confiant dans notre c...VW16: deux écoles.
* 4nt (Hélène ~"PAR-Debré" ), pour éviter de faire un primer qui tombe dedans
* 8nt (c'est bien cela ?), (Frédéric ~"Paris-Pitié" , "vieux papiers")
Et nous, on a dit "euh, 5nt". Sommes-nous confiant dans notre calcul de e-valeur pour les D ?
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Oui c'est bien cela. Le seuil de 8nt correspond à un seuil immuno pour avoir un D qui ait du sens.
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segment.cpp, FineSegmenter::FineSegmentD
`float evalue_D = multiplier * (r-l) * germline->rep_4.totalSize() * segment_cost.toPValue(box_DD->score[0].first);`
Ouf, `(r-l) `est bien la taille de la zone considérée.
Calcul à priori correct... sauf qu'il dépend de` .toPValue`, donc de `K` et `lambda` qui sont fixés à la légère (mais qui ne devraient pas changer l'ordre de grandeur)
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Depuis 2016.08, on peut jouer avec `-E`.
Avec e6ffb91, on a perdu 6 séquences de .should-vdj VDDJ.
Retravailler là-dessus, voir s'il faut des seuils différents pour premier D et D suivants, peut-être retravailler sur le score et/ou K/lambda.
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ping, voir "Configuration trop stringeante sur la recherche du D" #2002
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@magiraud @mikael-sAlgo -- ImportantThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2138Le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J2020-10-14T11:10:04+02:00Mikaël SalsonLe FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du JEn l'état actuel, le FineSegmenter met le début du V à la position 1 de la séquence, et la fin du J à la dernière position de la séquence. Dans le cas d'un séquençage de produits de PCR ce n'est pas un problème. Avec de la capture ou du ...En l'état actuel, le FineSegmenter met le début du V à la position 1 de la séquence, et la fin du J à la dernière position de la séquence. Dans le cas d'un séquençage de produits de PCR ce n'est pas un problème. Avec de la capture ou du RNA-Seq (avec de longs reads), cela devient plus problématique.
La correction de ce bug aura aussi des conséquences pour la recherche du codon stop dans la séquence (voir #1824/#2142).
cc @magiraudAlgo 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4521vmi : supprimer/adapter switch_visu2 ?2020-10-13T19:12:03+02:00Mathieu Giraudvmi : supprimer/adapter switch_visu2 ?
`menu.js:switch_visu2` (qui au passage fait un `new ScatterPlot` probablement indésirable) pourrait probablement être supprimé/adapté (et déplacé dans `vidjil_vmi.js`) pour quelque chose de plus régulier avec ~"vmi-responsive" : la vue ...
`menu.js:switch_visu2` (qui au passage fait un `new ScatterPlot` probablement indésirable) pourrait probablement être supprimé/adapté (et déplacé dans `vidjil_vmi.js`) pour quelque chose de plus régulier avec ~"vmi-responsive" : la vue sp2 comme la vue graphe sont toujours disponibles, c'est juste la bonne qui vient au bon endroit quand on en a besoin.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4519visu3/sp2 devrait réagir au "color by" et à la sélection2020-10-13T18:57:05+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 devrait réagir au "color by" et à la sélectionBloquant pour #4513.
Pour l'instant, changer le "color by" n'a pas d'impact immédiat sur visu3/sp2. L'impact n'arrive que par exemple on change les axes sur visu3/sp2.
cc @duezBloquant pour #4513.
Pour l'instant, changer le "color by" n'a pas d'impact immédiat sur visu3/sp2. L'impact n'arrive que par exemple on change les axes sur visu3/sp2.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4520visu3/sp2 : quels presets ?2020-10-13T18:51:49+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 : quels presets ?Fait partie de #4513.
On a actuellement les mêmes presets... mais entre une vue plutôt "horizontale" pour sp1 (2x1 ou 3x1), ici c'est franchement "vertical" (1x2 ?).
Ne pas proposer `MODE_BAR` pour visu3/sp2 ? Vu le faible espace x dis...Fait partie de #4513.
On a actuellement les mêmes presets... mais entre une vue plutôt "horizontale" pour sp1 (2x1 ou 3x1), ici c'est franchement "vertical" (1x2 ?).
Ne pas proposer `MODE_BAR` pour visu3/sp2 ? Vu le faible espace x disponible, c'est plus dur d'avoir des choses pertinentes ?
Ou prévoir des presets adaptés ? (Ou d'autres vues :imp:)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4517visu3/sp2 et raccourcis claviers2020-10-13T18:43:40+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 et raccourcis claviersÀ propos de #4513, mais ~"priority-1-low"
Les raccourcis claviers n'affectent pas visu3/sp2.
- Pourquoi pas, enlever alors les `[x]` devant les presets ?
- Ou bien avoir un raccourci type Alt + 3 ?À propos de #4513, mais ~"priority-1-low"
Les raccourcis claviers n'affectent pas visu3/sp2.
- Pourquoi pas, enlever alors les `[x]` devant les presets ?
- Ou bien avoir un raccourci type Alt + 3 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4512Mise en prod de vmi / TABLET2020-10-13T18:43:39+02:00Mathieu GiraudMise en prod de vmi / TABLETSuite à !624/#4195 (et indépendant de #4513) :
> - En TABLET (et ailleurs), faire qu'un simple clic sur les boutons affiche ce qu'il faut.
Et aussi
- cohérence/ordre des vues en TABLET (fixer un ordre ?) Pour l'instant c'est un peu en...Suite à !624/#4195 (et indépendant de #4513) :
> - En TABLET (et ailleurs), faire qu'un simple clic sur les boutons affiche ce qu'il faut.
Et aussi
- cohérence/ordre des vues en TABLET (fixer un ordre ?) Pour l'instant c'est un peu en bazar.
Dépend aussi de #4514.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4518vmi et raccourcis claviers2020-10-13T18:43:39+02:00Mathieu Giraudvmi et raccourcis claviers
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4516visu3/sp2 : cliquer sur les locus en preset 0/1 ne change pas les axes du bo...2020-10-13T18:40:31+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 : cliquer sur les locus en preset 0/1 ne change pas les axes du bon spFait partie de #4513Fait partie de #4513https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4514Mise en prod de vmi / joli menu2020-10-13T17:43:31+02:00Mathieu GiraudMise en prod de vmi / joli menuSuite à !624/#4195.
Quel design du menu ? Icônes ?
Indispensable en TABLET, facultatif en NORMAL/WIDE.Suite à !624/#4195.
Quel design du menu ? Icônes ?
Indispensable en TABLET, facultatif en NORMAL/WIDE.