vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-20T17:14:16+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2366Environnement pour développer les tests QUnit2022-06-20T17:14:16+02:00Mathieu GiraudEnvironnement pour développer les tests QUnit@heto, dans #2093 :
> Je me permets de glisser ici quelques informations relatives à un point évoqué ce matin, elles sont assez simples mais autant les noter car elles pourront être utiles dans le futur : comment obtenir dans le navigat...@heto, dans #2093 :
> Je me permets de glisser ici quelques informations relatives à un point évoqué ce matin, elles sont assez simples mais autant les noter car elles pourront être utiles dans le futur : comment obtenir dans le navigateur une visualisation des données utilisées pour les tests unitaires (`data_test.js`).
>
> - charger les données de test dans la console d'une page vidjil (`json_data = {...}`)
> - lancer les instructions suivantes :
> - `m.parseJsonData(json_data, 100)`
> - `m.loadGermline()`
> - `m.initClones()`
>
> (ces fonctions sont en fait appelées au début d'une bonne partie des tests QUnit)
>
> Le scatterplot devrait faire apparaître les 5 clones de `json_data`.
Merci pour ces infos !
Ne pourrait-on pas créer une fonction `m.setupTests()` qui ferait tout cela tout seul ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2367axes: déplacer available_axis quelque part2017-04-14T18:00:29+02:00Mathieu Giraudaxes: déplacer available_axis quelque partExtrait de #2362
> déplacer available_axis quelque part (`axis.js` ?)
Comme discuté hier, les axes sont indépendants du scatterplot. On pourrait être dans une situation sans scatterplot, et accéder aux axes, typiquement pour #2175.
O...Extrait de #2362
> déplacer available_axis quelque part (`axis.js` ?)
Comme discuté hier, les axes sont indépendants du scatterplot. On pourrait être dans une situation sans scatterplot, et accéder aux axes, typiquement pour #2175.
On n’a pas trop envie que ce soit une variable globale… quoi alors ? Dans le modèle ?
Peut-être qu’il faut lier cela à `clone.js`. Certes, les axes sont génériques (vu `GenericAxis()`, on pourrait faire des axes avec autre chose que des clones), mais pour l’instant tous les axes définis sont bien des axes de clones. (Si on fait un jour d’autre axes, ils pourront être dans d’autres avalaible_axis… ailleurs).
Si possible, ce serait bien de faire cela cette semaine pour que @heto puisse partir dessus pour #2175.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2368axis: mettre toutes les valeurs de available_axis dans GenericAxis()2018-08-08T20:49:02+02:00Mathieu Giraudaxis: mettre toutes les valeurs de available_axis dans GenericAxis()Suite à la discussion de hier, et en particulier les problèmes sur le `init`, je me demande
si on ne pourrait pas mettre tout ce qu’on a besoin pour chaque axe dans `GenericAxis()`,
peut-être sous la forme d’un dictionnaire comme il y a ...Suite à la discussion de hier, et en particulier les problèmes sur le `init`, je me demande
si on ne pourrait pas mettre tout ce qu’on a besoin pour chaque axe dans `GenericAxis()`,
peut-être sous la forme d’un dictionnaire comme il y a des choses optionnelles.
On aurait quelque chose du genre :
```
avalaible_axis = [
...,
new PercentCustomAxis("sequenceLength", this.m,
{
doc: "ratio of the number of reads of each clone to the total number of reads in the selected locus",
label: "size",
fct : function(clone){return clone.getSizeZero()},
min : function(){return self.m.min_size},
max : 1,
log : true
}),
...
]
```
Ou, si on souhaite garder un dictionnaire, `"sequenceLength": new PercentCustomAxis( ... )`
Si on n'a plus de dictionnaire pour `available_axis`, une conséquence pourrait être, dans `scatterPlot.js`, de se passer complètement de `splitX` et `splitY` (sauf dans `changeSplitMethod`) et de remplacer
- `this.available_axis[this.splitX]` par quelque chose du type`this.axisX.data`
- `this.splitX` en `this.axisX.key`
Les appels à `available_axis` ne seraient alors que dans la construction du menu "plot" (et aussi dans`updateMenu`)
(et peut-être aider #2367).
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2369axes: pouvoir trier la liste des clones suivant n'importe quel axe2021-09-15T19:20:36+02:00Mathieu Giraudaxes: pouvoir trier la liste des clones suivant n'importe quel axeExtrait de #1471.Extrait de #1471.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2370axes: pouvoir afficher n'importe quel axe comme couleur2021-09-15T19:18:34+02:00Mathieu Giraudaxes: pouvoir afficher n'importe quel axe comme couleurExtrait de #1471.
Pourra-t-on utiliser n'importe quel axe comme couleur ?
Déjà le faire pour NumericAxes #3678.Extrait de #1471.
Pourra-t-on utiliser n'importe quel axe comme couleur ?
Déjà le faire pour NumericAxes #3678.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2371Les groupes vides ne s'affichent pas dans la liste des groupes2017-05-22T15:26:06+02:00Ryan HerbertLes groupes vides ne s'affichent pas dans la liste des groupesTout est dans le titre.Tout est dans le titre.Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2372PhantomJS n'est plus maintenu.2017-10-06T13:48:27+02:00Ryan HerbertPhantomJS n'est plus maintenu.Google ont annoncé Chrome en Headless, donc la personne qui maintenait à elle seule PhantomJS renonce au développement.
https://groups.google.com/forum/m/#!topic/phantomjs/9aI5d-LDuNEGoogle ont annoncé Chrome en Headless, donc la personne qui maintenait à elle seule PhantomJS renonce au développement.
https://groups.google.com/forum/m/#!topic/phantomjs/9aI5d-LDuNEWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2373Coloration des clones dans le rapport monitreur2017-04-14T13:18:06+02:00Ryan HerbertColoration des clones dans le rapport monitreurAurélie nous dit qu'elle voudrait avoir une meilleure coloration des clones dans le rapport moniteur car elle ne s'y retrouve pas toujours.
Deux propositions:
- enlever la coloration par locus du pie chart pour colorier les clones sans...Aurélie nous dit qu'elle voudrait avoir une meilleure coloration des clones dans le rapport moniteur car elle ne s'y retrouve pas toujours.
Deux propositions:
- enlever la coloration par locus du pie chart pour colorier les clones sans créer d'incohérence
- tout colorier par locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2374Axes: renverser l'axe des Y2017-05-02T14:38:11+02:00Mathieu GiraudAxes: renverser l'axe des YSuite à #1471, l'axe des Y n'est plus dans le même sens qu'avant.
Voir par exemple les presets 2 et 9 (mais aussi 3) : on s'attend à ce que les plus basses valeurs soient en bas.
cc @RyanHerbSuite à #1471, l'axe des Y n'est plus dans le même sens qu'avant.
Voir par exemple les presets 2 et 9 (mais aussi 3) : on s'attend à ce que les plus basses valeurs soient en bas.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2375Axes: soucis sur histogramme2017-05-05T10:28:42+02:00Mathieu GiraudAxes: soucis sur histogrammehttp://app.vidjil.org/browser/?patient=146&config=26
preset 4, comparer avec ce qui est sur dev depuis #1471.
cc @RyanHerbhttp://app.vidjil.org/browser/?patient=146&config=26
preset 4, comparer avec ce qui est sur dev depuis #1471.
cc @RyanHerbWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2376Axes: histogramme et allèles2017-04-14T17:51:56+02:00Mathieu GiraudAxes: histogramme et allèlesJuste pour dire que suite à #1471, c'est beaucoup plus joli qu'avant : les histogrammes fonctionnent avec un axe x "J allele".
cc @RyanHerbJuste pour dire que suite à #1471, c'est beaucoup plus joli qu'avant : les histogrammes fonctionnent avec un axe x "J allele".
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2377Axes: mauvais labels pour NumericAxis en histogramme2017-05-02T14:37:27+02:00Mathieu GiraudAxes: mauvais labels pour NumericAxis en histogrammeSuite à #1471.
Par exemple sur preset 7. Alterner entre grid et bar. Les labels en grid sont corrects, pas ceux en bar.
cc @RyanHerbSuite à #1471.
Par exemple sur preset 7. Alterner entre grid et bar. Les labels en grid sont corrects, pas ceux en bar.
cc @RyanHerbWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2378Axes: ne pas afficher "?" s'il n'y a pas de clones concernés2021-11-23T15:58:18+01:00Mathieu GiraudAxes: ne pas afficher "?" s'il n'y a pas de clones concernésMais peut-être faudrait-il prendre en compte *tous* les clones, y compris ceux possiblement filtrés ?
Voir aussi #2364.Mais peut-être faudrait-il prendre en compte *tous* les clones, y compris ceux possiblement filtrés ?
Voir aussi #2364.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2379Appels à Blast et IgBlast avec d'autres espèces que l'humain2024-01-19T18:38:21+01:00Mathieu GiraudAppels à Blast et IgBlast avec d'autres espèces que l'humainDepuis XXXX, les appels à IMGT incluent l'espèce (fonctionne au moins pour la souris).
Il faudrait faire la même chose pour Blast et IgBlast, et/ou inactiver ces boutons.Depuis XXXX, les appels à IMGT incluent l'espèce (fonctionne au moins pour la souris).
Il faudrait faire la même chose pour Blast et IgBlast, et/ou inactiver ces boutons.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2380"export *.vidjil incorrect, contenu vide"2021-11-08T12:12:38+01:00Thonier Florian"export *.vidjil incorrect, contenu vide"Un bug qui m'est apparu sur quelques fichiers sans explication ni reproductibilité.
J'ai voulu télécharger les fichiers *.vidjil et *.analysis de Rennes pour les analyser localement via des scripts perso. JE me suis aperçu alors que je...Un bug qui m'est apparu sur quelques fichiers sans explication ni reproductibilité.
J'ai voulu télécharger les fichiers *.vidjil et *.analysis de Rennes pour les analyser localement via des scripts perso. JE me suis aperçu alors que je téléchargeai bien des fichiers vidjil, mais que ceux-ci n'était que des armature vides, avec les bons champs initiaux, mais aucunes informations dedans, par exemple le champ clone renvoyait "null", ...
Lorsque je m'en suis rendu compte, j'ai re-téléchargé ceux-ci sans souci.
La procédure que j'ai suivi était peut-être peu orthodoxe. J'ai ouvert le premier patient de la liste, cliquer sur les boutons vidjil/analysis en bas de la fenêtre pour les télécharger. Cela ouvre donc deux pop-up d’interactions. Comme sur firefox il faut cliquer dessus et attendre quelques secondes avant de pouvoir faire son choix ouvrir/enregistrer (mesure de sécurité), j'ai passer tous les patients via les flèche droite/gauche, et répété la procédure à l'identique jusqu'à avoir une quarantaine de pop-up pour la globalité de mes patients et de leurs fichiers. J'ai alors cliqué sur tous les pop-up pour enregistrer les fichiers.
Je ne suis pas certain que l'erreur venait de cette méthode, j'ai essayé sans succès de la reproduire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2381La page de modification d'un utilisateur n'existe plus2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonLa page de modification d'un utilisateur n'existe plusLe contrôleur `/user/edit` renvoie une 404 (similaire à #2350 ?). On y accède via la liste des utilisateurs, avec l'icône de modification présente sur chaque ligne.
Est-il testé ?Le contrôleur `/user/edit` renvoie une 404 (similaire à #2350 ?). On y accède via la liste des utilisateurs, avec l'icône de modification présente sur chaque ligne.
Est-il testé ?Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2382Sélection de texte par le navigateur lors d'une sélection multiple avec Ctrl2021-11-08T12:12:35+01:00Ghost UserSélection de texte par le navigateur lors d'une sélection multiple avec CtrlLa touche Ctrl (+ clic) permet de sélectionner plusieurs clones, que ce soit avec le graphe, le scatterplot ou la liste. Cependant, une sélection automatique de texte (surlignage en bleu) vient perturber ce fonctionnement dans le cas de ...La touche Ctrl (+ clic) permet de sélectionner plusieurs clones, que ce soit avec le graphe, le scatterplot ou la liste. Cependant, une sélection automatique de texte (surlignage en bleu) vient perturber ce fonctionnement dans le cas de la liste, tout au moins dans Firefox.
Il existe peut-être un moyen d'éviter ce comportement du navigateur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2383Presser Ctrl et un chiffre change la vue sur la grille2017-05-22T17:30:21+02:00Mikaël SalsonPresser Ctrl et un chiffre change la vue sur la grilleLa grille possède des raccourcis pour changer de vue (avec les chiffres de 0 à 9, puis avec Shift puis les chiffres). Or, faire un Ctrl+Shift+0 (remettre le zoom à 100% sous FF) lance la vue correspondant à Shift+0 (t-SNE) ce qui est trè...La grille possède des raccourcis pour changer de vue (avec les chiffres de 0 à 9, puis avec Shift puis les chiffres). Or, faire un Ctrl+Shift+0 (remettre le zoom à 100% sous FF) lance la vue correspondant à Shift+0 (t-SNE) ce qui est très lourd (dans tous les sens du terme).
Bref si la touche Ctrl ou Alt est enfoncée on ne devrait pas lancer les raccourcis si ces touches ne sont pas attendues.Web 2017.05Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2384Séquences germinales non définies2021-11-09T11:48:30+01:00Ghost UserSéquences germinales non définiesQue ce soit en local ou dans l'application `m.germlineJ.allele["IGHJ1*01"].seq` ou quelque soit l'allèle renvoie "unknow sequence".Que ce soit en local ou dans l'application `m.germlineJ.allele["IGHJ1*01"].seq` ou quelque soit l'allèle renvoie "unknow sequence".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2385A-t-on vraiment besoin de germlines.data pour le client ?2017-04-25T17:24:01+02:00Mikaël SalsonA-t-on vraiment besoin de germlines.data pour le client ?La réponse est dans la question. Cela fait quelque temps que nous n'avons plus de fichier `germlines.data` pourtant il est toujours récupéré par `germline_builder.js`. Cela ne semble pas vraiment créer de problème (sauf #2384).
Y a-t-il ...La réponse est dans la question. Cela fait quelque temps que nous n'avons plus de fichier `germlines.data` pourtant il est toujours récupéré par `germline_builder.js`. Cela ne semble pas vraiment créer de problème (sauf #2384).
Y a-t-il un intérêt à avoir un `germlines.data` (maintenant ça serait un `homo-sapiens.g`) ? Si oui lequel ? Toutes les informations ne sont-elles pas dans `germline.js`, créé à partir du fichier `.g` ?
Si finalement ce fichier .data ne sert à rien, il y aura du code à virer dans le ~client