vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-07-05T09:15:55+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2218On ne peut plus changer le mode du scatterplot2017-07-05T09:15:55+02:00Mathieu GiraudOn ne peut plus changer le mode du scatterplot@aurelBZH :
> j'allais mettre une issue mais vous l'avez déja vu
Merci de le signaler : non, j’ai appris cela en voyant ton commentaire :-) Et même si je le savais, quand il y a un soucis… on ouvre une issue.
> il y a un souci au nive...@aurelBZH :
> j'allais mettre une issue mais vous l'avez déja vu
Merci de le signaler : non, j’ai appris cela en voyant ton commentaire :-) Et même si je le savais, quand il y a un soucis… on ouvre une issue.
> il y a un souci au niveau de la mise en place de mode_bar mode_grid on ne peut plus modifier l'affichage du graph.
Je corrige cela, le problème venait effectivement de ae59e50a
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2216Rechercher dans les runs, recherche dans les patients2017-11-22T11:00:16+01:00Mikaël SalsonRechercher dans les runs, recherche dans les patients* Cliquer sur runs
* Faire une recherche dans la barre en haut à gauche
→ la recherche se fait parmi les patients et on est donc redirigés sur la page patient
cc @RyanHerb @magiraud* Cliquer sur runs
* Faire une recherche dans la barre en haut à gauche
→ la recherche se fait parmi les patients et on est donc redirigés sur la page patient
cc @RyanHerb @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2215Vidjil ne fonctionne pas lorsque lancé depuis le contrôleur segmenter.py2017-03-07T09:48:19+01:00Mikaël SalsonVidjil ne fonctionne pas lorsque lancé depuis le contrôleur segmenter.pyJe n'arrive plus à faire fonctionner le ~"segmenter-app" : quand j'envoie une séquence Vidjil échoue avec le message :
```
terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'
what(): std::bad_alloc
Aborted (core dumped)
`...Je n'arrive plus à faire fonctionner le ~"segmenter-app" : quand j'envoie une séquence Vidjil échoue avec le message :
```
terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'
what(): std::bad_alloc
Aborted (core dumped)
```
Il y a d'ailleurs un étrange `(using a MapKmer to fit into memory)` au milieu du chargement des germlines.
Ok il peut y avoir un bug dans Vidjil, mais ça me le fait avec plusieurs séquences **et** le bug ne se produit pas lorsque je lance Vidjil avec la même ligne de commandes, en tant que www-data. Avez-vous une idée de ce qui pourrait y avoir d'autre qui change entre un lancement via `os.system` et un lancement directement en ligne de commande ?
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2211Ajout de séquence externe : séquences non segmentables2017-03-07T09:48:19+01:00Mathieu GiraudAjout de séquence externe : séquences non segmentablesUn utilisateur peut rentrer une séquence qui ne se segmente pas : par exemple un Sanger avec un J court, un truc vraiment bizarre… Que fait ~segmenter-app dans ce cas ? Ajoute-t-on bien le clone en ?/? ?
@mikael-s : non, même le c...Un utilisateur peut rentrer une séquence qui ne se segmente pas : par exemple un Sanger avec un J court, un truc vraiment bizarre… Que fait ~segmenter-app dans ce cas ? Ajoute-t-on bien le clone en ?/? ?
@mikael-s : non, même le cpp ne renvoie pas dans le json ce qu'il faut
cc @RyanHerbMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2210format_json.py: option pour grouper sur 1 ligne à partir d'une certaine profo...2022-06-20T16:43:52+02:00Mathieu Giraudformat_json.py: option pour grouper sur 1 ligne à partir d'une certaine profondeurPour des tests, j'ai eu plusieurs fois l'envie d'avoir un pretty-print de json intermédiaire entre le `-1` et le par défaut. Typiquement avoir la liste des clones, un par ligne.
Voir http://stackoverflow.com/questions/13249415/can-i-im...Pour des tests, j'ai eu plusieurs fois l'envie d'avoir un pretty-print de json intermédiaire entre le `-1` et le par défaut. Typiquement avoir la liste des clones, un par ligne.
Voir http://stackoverflow.com/questions/13249415/can-i-implement-custom-indentation-for-pretty-printing-in-python-s-json-module (mais la solution semble un peu trop complexe).
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2209Merger dans dev les branches de février2017-03-09T10:59:57+01:00Mathieu GiraudMerger dans dev les branches de févrierRyan, pourrais-tu merger les braches suivantes ?
- origin/hotfix/analysis_sample_id #2176
- origin/feature/check_existence
- origin/feature/restart_pre_process
- origin/feautre/alternative_file_sources (avec source_module_active ...Ryan, pourrais-tu merger les braches suivantes ?
- origin/hotfix/analysis_sample_id #2176
- origin/feature/check_existence
- origin/feature/restart_pre_process
- origin/feautre/alternative_file_sources (avec source_module_active qui n'est pas mis et que cela ne change rien pour l'instant) #1588
merci !
cc @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2208Montage de fichiers : se souvenir du dernier chemin ouvert dans le navigateur js2018-03-21T10:13:35+01:00Mathieu GiraudMontage de fichiers : se souvenir du dernier chemin ouvert dans le navigateur jscc @mfigeac @mikael-scc @mfigeac @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2206Tests fonctionnels browser2017-11-18T12:30:32+01:00Mathieu GiraudTests fonctionnels browserIls ne passent plus depuis "17 févr. 2017 15:07:38", et je ne comprends pas quel commit a pu faire cela (je n'arrive pas à les lancer chez moi).
(Au passage, je n'arrive plus depuis quelques jours à me connecter à la db depuis chez moi,...Ils ne passent plus depuis "17 févr. 2017 15:07:38", et je ne comprends pas quel commit a pu faire cela (je n'arrive pas à les lancer chez moi).
(Au passage, je n'arrive plus depuis quelques jours à me connecter à la db depuis chez moi, pb Cross-Origin : est-ce que cela fonctionne bien chez vous ?)
cc @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2204clone.js: factoriser getSize() et getSize2()2023-03-02T15:36:35+01:00Mathieu Giraudclone.js: factoriser getSize() et getSize2()Et clarifier la normalisation.
cc @mikael-sEt clarifier la normalisation.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2199Un patient n'est pas visible des admins2017-05-12T15:09:20+02:00Mikaël SalsonUn patient n'est pas visible des adminsSur https://dev.vidjil.org j'ai créé un patient avec le compte Chris Tal, qui n'est pas admin, et les admins ne le voient pas. Je pense que c'est un bug, mais je ne suis pas sûr de mon coup.
cc @magiraud @RyanHerbSur https://dev.vidjil.org j'ai créé un patient avec le compte Chris Tal, qui n'est pas admin, et les admins ne le voient pas. Je pense que c'est un bug, mais je ne suis pas sûr de mon coup.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2198patient/index et run/index sont-ils encore utiles ?2017-04-28T11:33:05+02:00Mikaël Salsonpatient/index et run/index sont-ils encore utiles ?Lors des modifications pour #2150 (cf. !8), j'ai commencé par modifié les pages index pour patient et run (fonctions `index` dans `controllers/{patient,run}.py` et les vues correspondantes). Après avoir testé je me suis rendu compte que ...Lors des modifications pour #2150 (cf. !8), j'ai commencé par modifié les pages index pour patient et run (fonctions `index` dans `controllers/{patient,run}.py` et les vues correspondantes). Après avoir testé je me suis rendu compte que ça ne se passait plus du tout là (mais en fait dans la fonction `all` de `controllers/sample_set.py`).
Ce code est-il encore utilisé quelque part ? Si non peut-on le virer ? Et peut-on virer tous les contrôleurs de ces fichiers ou juste les contrôleurs `index` ?
cc @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2194Tests browser2017-02-21T01:00:19+01:00Mathieu GiraudTests browser`make unit_browser` fonctionne chez moi, mais pas apparement sur Jenkins suite à 505386f. Ce n'est peut-être pas grave, comme vdj#308 est en cours.
cc @mikael-s`make unit_browser` fonctionne chez moi, mais pas apparement sur Jenkins suite à 505386f. Ce n'est peut-être pas grave, comme vdj#308 est en cours.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2191API URL: plot/bar, mettre tout ce qui concerne le scatterplot dans un seul pa...2017-03-17T22:20:49+01:00Mathieu GiraudAPI URL: plot/bar, mettre tout ce qui concerne le scatterplot dans un seul paramètreDans 5ad577cf, @aurelBZH travaille sur `?plot=axex,axey` et `?bar=axex,axey`.
Je pense que d'avoir deux mots-clés différents n'est pas pertinent ici. Déjà cela alourdit le code. Mais surtout on ne va pas autoriser de mettre les deux mot...Dans 5ad577cf, @aurelBZH travaille sur `?plot=axex,axey` et `?bar=axex,axey`.
Je pense que d'avoir deux mots-clés différents n'est pas pertinent ici. Déjà cela alourdit le code. Mais surtout on ne va pas autoriser de mettre les deux mots-clés ensemble... et la différence plot/bar est plutôt un attribut du `sp`. On pourrait avoir une troisième représentation (camembert, ou je ne sais quoi...).
Bref, pourrait-on mettre plutôt `?plot=axex,axey,grid` (qui peut être raccourci, par défaut, en `?plot=axex,axey`) et `?plot=axex,axey,bar` ?
On pourrait aussi avoir un truc `mode=plot`, mais cela séparerait ce qui concerne `sp` en deux. Hors, rien n'empêche d'avoir un jour deux `sp` de visible, l'un `plot=gene_v,gene_j,plot`, et l'autre `plot2=length,,bar`. L'idée est donc de mettre tout ce qui concerne chaque `sp` dans un `plot`. C'est différent de la couleur, qui elle est bien un attribut du modèle, partagé entre toutes les vues.
cc @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2190API URL: Tests2018-02-23T10:04:52+01:00Mathieu GiraudAPI URL: TestsAvant d'ajouter d'autres éléments de ~"client-api" #1188, il faudrait faire les tests pour ceux existants (et fermer les tâches liées).
On pourrait certes tester une fois le fonctionnement global (mais `file:///home/aurelien/sources/....Avant d'ajouter d'autres éléments de ~"client-api" #1188, il faudrait faire les tests pour ceux existants (et fermer les tâches liées).
On pourrait certes tester une fois le fonctionnement global (mais `file:///home/aurelien/sources/...` ne doit pas apparaître), mais l'esprit d'un test unitaire est plutôt/aussi de tester directement le fonctionnement des méthodes de `url_obs.js`, en premier lieu `update`.
Il ne serait pas absurde que `url_param` soit un `this.url_param`, et que ce soit mis à jour à la fin de `update` (à la place de `new_url`), ce qui permettrait de tester plus facilement.
On s'attend aussi à avoir au moins un test de `getparameters`.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2188Design de la pagination2017-04-28T11:33:32+02:00Mikaël SalsonDesign de la paginationLa pagination est maintenant fonctionnelle (#2037), merci @RyanHerb.
En terme de design, je mettrais plutôt la pagination en bas à droite (voire en bas centré, à la Google) que en haut à droite. Je savais que c'était paginé et j'ai quan...La pagination est maintenant fonctionnelle (#2037), merci @RyanHerb.
En terme de design, je mettrais plutôt la pagination en bas à droite (voire en bas centré, à la Google) que en haut à droite. Je savais que c'était paginé et j'ai quand même mis du temps à trouver.
Alors j'imagine nos utilisateurs habitués à voir tous leurs fichiers d'un coup, ils vont penser qu'ils ont été supprimés.
Peut-être mettre des icônes : `icon-right` et `icon-left` ?
cc @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2187Mauvais CDR3 trouvé lorsqu'on utilise des germlines non gappés2018-02-05T08:47:18+01:00Mikaël SalsonMauvais CDR3 trouvé lorsqu'on utilise des germlines non gappésMail de Andrea Marquard :
```
>clone-001--human_tra--0009653--69.1%--SJYUR:01076:03044-[122,307]-#2 - 186 bp (125% of 148.1 bp) + VJ
1 124 125 186 TRAV12-3*01 0//8 TRAJ31*01 human_tra SEG_+ 1.374841e-24 0.000000e+00/1.374841e-24 {112...Mail de Andrea Marquard :
```
>clone-001--human_tra--0009653--69.1%--SJYUR:01076:03044-[122,307]-#2 - 186 bp (125% of 148.1 bp) + VJ
1 124 125 186 TRAV12-3*01 0//8 TRAJ31*01 human_tra SEG_+ 1.374841e-24 0.000000e+00/1.374841e-24 {112(43)154 u CAMN#VPDSCLEMEL}
TCCAGTGGTAACAAAGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGGTCGATAAATCCAGCAAGTATATCTCCTTGTTCATCAGAGACTCACAGCCCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGCAATGAACG
GTGCCAGACTCATGTTTGGAGATGGAACTCAGCTGGTGGTGAAGCCCAATATCCAGAACCCT
```
Le CDR3 attendu (et trouvé par IMGT aussi bien que MiXCR) est CAMNGARLMF.
On trouve donc un CDR3 plus long qu'attendu et non productif, alors qu'on est censé avoir un CDR3 productif apparemment.
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2185Fichier prétendument supprimé lorsqu'on visualise les résultats2017-02-17T13:57:01+01:00Mikaël SalsonFichier prétendument supprimé lorsqu'on visualise les résultatsDavid Gonzalez nous signale un fichier qui apparaît comme supprimé, alors qu'il ne semble pas l'avoir réuploadé (contrairement à ce qu'on avait constaté dans #2103).
Voici l'historique :
```
2017-02-14 10:35:07 <David> 143.117.148.13...David Gonzalez nous signale un fichier qui apparaît comme supprimé, alors qu'il ne semble pas l'avoir réuploadé (contrairement à ce qu'on avait constaté dans #2103).
Voici l'historique :
```
2017-02-14 10:35:07 <David> 143.117.148.135 [21580] c39: process requested - None PT2_DJ-39477647.fastq
2017-02-14 10:33:20 <David> 143.117.148.135 /client/: upload completed - PT2_DJ-39477647.fastq
2017-02-14 10:33:19 <> 143.117.148.135 file {17773} upload finished (PT2_DJ-39477647.fastq) (1.73 GB)
2017-02-14 10:29:02 <David> 143.117.148.135 (21515) file {17773} : upload started: PT2_DJ-39477647.fastq
```
Bref quelque chose de très classique : il uploade le fichier et il lance le processus. Pourquoi, lorsqu'on va sur le résultat, le sample information n'apparaît pas prétendument parce que le fichier aurait été supprimé ? http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=21515&config=39
cc @RyanHerb @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2183should-to-tap: Ne pas faire la shell-expansion sur la ligne "Launching"2018-04-18T12:14:06+02:00Mathieu Giraudshould-to-tap: Ne pas faire la shell-expansion sur la ligne "Launching"```
sh should-to-tap.sh should-get-tests/10-md5-germline.should-get
Launching ' (cd ../../..//germline ; md5sum out/Stanford_S22.rc.vdj.fa out/Stanford_S22.rc.windows.fa out/Stanford_S22.vdj.fa ...
```
Or le test en question demande `(...```
sh should-to-tap.sh should-get-tests/10-md5-germline.should-get
Launching ' (cd ../../..//germline ; md5sum out/Stanford_S22.rc.vdj.fa out/Stanford_S22.rc.windows.fa out/Stanford_S22.vdj.fa ...
```
Or le test en question demande `(cd ../../..//germline ; md5sum */*.fa)`.
`*/*.fa` est mal interprété ici (mais bien lancé en vrai): le mieux serait de ne pas faire l'expansion sur la ligne "Launching".Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2182API/URL: faire que le modèle soit correctement initialisé si on entre l'url2017-03-17T23:54:02+01:00Mathieu GiraudAPI/URL: faire que le modèle soit correctement initialisé si on entre l'urlDéjà pour #2097 et pour les axes.
cc @mikael-s @RyanHerbDéjà pour #2097 et pour les axes.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2181API/URL: pas de ?x=&y= si les axes sont ceux par défaut2018-02-23T10:04:52+01:00Mathieu GiraudAPI/URL: pas de ?x=&y= si les axes sont ceux par défautcc @mikael-s @RyanHerbcc @mikael-s @RyanHerb