vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-02-23T10:04:51+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1298API : accès à la visu d'un patient2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamAPI : accès à la visu d'un patientScénario : on veut montrer quelque chose à des collèges sur un patient particulier, on a envie de leur donner l'URL qui permet de voir directement le suivi d'un patient donné avec une config donnée plutôt que de leur dire cliquez ici, là...Scénario : on veut montrer quelque chose à des collèges sur un patient particulier, on a envie de leur donner l'URL qui permet de voir directement le suivi d'un patient donné avec une config donnée plutôt que de leur dire cliquez ici, là, puis là.
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Par exemple http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=15&config=2 (avec un bouton share pour récupérer l'URL ou alors Vidjil nous met automatiquement à cette URL-là lorsqu'on visualise le suivi d'un patient).
Ou mieux : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=CasMax&config=IGH-500
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Je vote plutôt pour http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=15&config=2
parce que les noms des patients (...) et surtout des configs peuvent changer.
(et aussi par anonymat, les URLs sont stockées partout, pas génial de balancer les noms des patients)
Peut-être hasher cela pour que ce soit moins translucide ?
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=df541da5&config=2
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(et voir comment cela se passe lorsqu'ils ne sont pas loggués, peuvent-ils être redirigés comme il le faut lors du log)
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>> 167408d80c424
-redirection ok
-shortcut ("?patient=15&config=2") ok
pour changer l'url sans recharger la page
history.pushState('plop', 'plop', '/browser/index.html?patient=32&config=5');
pour le bouton share (copie dans le presse papier >> need flash)
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Excellent.
Et je ne connaissais pas pushState, et cela fonctionne même sur mon navigateur propriétaire :)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1816Beaucoup de timeout depuis aujourd'hui2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamBeaucoup de timeout depuis aujourd'huiOn a (dans vidjil-debug, accessible depuis l'onglet admin) eu bcp de :
/client/: callUrl: timeout - patient/index?
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Ce problème couvre différents aspects. Il y a au moins trois solutions :
1. Multi-threader web2py : https://www.pro...On a (dans vidjil-debug, accessible depuis l'onglet admin) eu bcp de :
/client/: callUrl: timeout - patient/index?
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Ce problème couvre différents aspects. Il y a au moins trois solutions :
1. Multi-threader web2py : https://www.producteev.com/workspace/t/56fcf601b0fa09d242000019
2. Avertir l'utilisateur que la requête est en cours https://www.producteev.com/workspace/t/56fcf658b0fa09364a000004
3. Améliorer le temps de chargement de la liste patients : https://www.producteev.com/workspace/t/553e3765b2fa091d7f00001b
Tâche fermée, se reporter aux autres pour les détails techniques.
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@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1351Chargement d'analysis avec champ "data"2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamChargement d'analysis avec champ "data"(priorité haute, envoi mail à Nikos)
(voir les fichiers browser/demo/* sur rbx)
Même sans résoudre la tache API analysis, l'URL suivante devrait fonctionner :
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=demo/external-data-test.vidjil&analysis...(priorité haute, envoi mail à Nikos)
(voir les fichiers browser/demo/* sur rbx)
Même sans résoudre la tache API analysis, l'URL suivante devrait fonctionner :
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=demo/external-data-test.vidjil&analysis=demo/external-data-test.analysis
La seule différence entre le external-data-test.analysis et le LIL-L3 analysis est ce bloc :
"data": {
"qPCR" : [0.95, 0.00003, 0.002, 0.1, 0.95],
"dataTest2" : [ 5, 400, 0.1, 0.02, 1]
},
Et on obtient, dans model.js :
undefined is not an object (evaluating 'this.data[key] = this.analysis.data[key]')
Me suis-je trompé dans le format, ai-je oublié quelque chose ?
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merci
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1508Avoir une méthode non bloquante pour 'compare patient'2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamAvoir une méthode non bloquante pour 'compare patient'Si vraiment cela bloque tout (les autres utilisateurs aussi ?), c'est un bug gênant :)
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Par exemple, pour s'amuser à bloquer les autres, aller sur cette URL : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=2008&custom=2005&custom=2002&custom=1...Si vraiment cela bloque tout (les autres utilisateurs aussi ?), c'est un bug gênant :)
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Par exemple, pour s'amuser à bloquer les autres, aller sur cette URL : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=2008&custom=2005&custom=2002&custom=1912&custom=1901&custom=1904&custom=1898&custom=1895&custom=1891&custom=1889&custom=1877&custom=1874&custom=1871&custom=1867&custom=1865&custom=1862&custom=1857&custom=1854&custom=1840&custom=1834&custom=1705&custom=1927& (euh… pas trop souvent quand même)
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Pourtant le nombre de processes est à 4 dans /etc/uwsgi/web2py.ini. Si un est bloqué ça ne devrait pas gêner les autres. Qu'est-ce qui les bloque ?
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Serait-ce plus général ? Il y a en ce moment uwsgi qui tourne à 80% et mysql à 15% (depuis une dizaine de minutes) et rbx est complètement bloqué. J'ai lancé plusieurs Vidjil d'affilée mais rien d'autre sur le serveur. dev.vidjil.org continue à répondre.
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Et réfléchir aussi à comment faire "grep reads" en non-bloquant...
Cela doit passer par task.py, avec création d'un objet Scheduler, non ?
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à discuter ensemble. Même solution que le "get reads" ou pas ?
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Le compare patient a son propre worker (sans utiliser le scheduler, pour ne pas rentrer en concurrence avec les autres tasks, on veut pas attendre 20 minutes ou interrompre une tache pour faire un compare patient).
le probleme actuel c'est que le serveur attend que le worker ai fini pour envoyer la réponse au browser.
2 solutions:
-le worker renvoie la réponse lui même au browser. (pas encore trouvé comment faire ...)
-le browser fait une 2eme requete pour récupérer le résultat stocké temporairement.
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Rando 2016: Marc, ok depuis longtemps
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1735KmerSegmenter++ juste avant le FineSegmenter2018-02-23T09:35:28+01:00Vidjil TeamKmerSegmenter++ juste avant le FineSegmenterIdée de Marc lors de l'audio du 13 novembre, faisant écho à des trucs dont on avait parlé il y a un certain temps.
Faire un KmerSegmenter++ (ou MidSegmenter, ou ...) dont le but est d'identifier le V ou J (ou au moins de restreindre le ...Idée de Marc lors de l'audio du 13 novembre, faisant écho à des trucs dont on avait parlé il y a un certain temps.
Faire un KmerSegmenter++ (ou MidSegmenter, ou ...) dont le but est d'identifier le V ou J (ou au moins de restreindre le choix à quelques V/J, ou au moins les V), pour alléger le FineSegmenter.
Ce Segmenter serait lancé juste avant le FineSegmenter sur les représentatives (On n'a pas à alourdir le KmerSegmenter par défaut).
Voir aussi les commentaires de "accélérer le FineSegmenter"
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Ah si seulement le AffectAnalyser était templaté pour pouvoir gérer ça simplement.
Oh wait…
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Au passage, il est confirmé que -c germlines lance un Kmer avant un Fine, pour ne pas avoir à tester toutes les germlines (vidjil.cpp:1518).
Par contre, pas de Kmer relancé pour l'instant avant le Fine sur les représentatives, mais je pense que le faire serait négligeable en temps.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2389Regarder dynprog.cpp et segment.cpp2018-02-23T09:28:27+01:00Mathieu GiraudRegarder dynprog.cpp et segment.cpp@Berveglieri_Nicolas et @eelkhatib, vous avez maintenant accès au git de vidjil avec le code.
Comme discuté tout à l"heure, je vous invite à :
- installer vidjil (`algo/`)
- tester le module qui utilse la programmation dynamique...@Berveglieri_Nicolas et @eelkhatib, vous avez maintenant accès au git de vidjil avec le code.
Comme discuté tout à l"heure, je vous invite à :
- installer vidjil (`algo/`)
- tester le module qui utilse la programmation dynamique : par exemple `./vidjil -c segment -g germline/homo-sapiens.g data/segment_S22.fa`
- regarder en détail `algo/core/dynprog.cpp`, et, dans `algo/core/segment.cpp`, `align_against_collection()`. Faire en particulier des `printf` ou autre chose pour bien être conscient de ce qui se passe dans `align_against_collection()` et/ou dans `DynProg`.
Voir #2080https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3029Client : afficher les warnings, se servir éventuellement du code2018-02-20T19:46:10+01:00Mathieu GiraudClient : afficher les warnings, se servir éventuellement du codeOriginellement dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_65739 :
> Le ~client pourrait
>
> - afficher le message en `:hover` (!139), mais aussi getHTMLInfo et autres
> - lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant a...Originellement dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_65739 :
> Le ~client pourrait
>
> - afficher le message en `:hover` (!139), mais aussi getHTMLInfo et autres
> - lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
> - voire faire un truc plus futé sur certains warnings -> mvouaisMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3051avoir dans le mail "new sequences" le nom de l'utilisateur2018-02-20T19:29:53+01:00Thonier Florianavoir dans le mail "new sequences" le nom de l'utilisateurIl s'agit d'un point de détail, mais quand on remonte le fil des mails reçu à `support`, on a xxx mails avec le même objet `New sequences`.
On pourrait aisément y inclure le nom de l'utilisateur non ?
L'observation pourrait être fait...Il s'agit d'un point de détail, mais quand on remonte le fil des mails reçu à `support`, on a xxx mails avec le même objet `New sequences`.
On pourrait aisément y inclure le nom de l'utilisateur non ?
L'observation pourrait être faite aussi pour la demande de création de compte, avec une ligne précisant de renseigner un nom/prénom dans l’objet en plus du `new account` pour faciliter le suivi.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2640Ajouter des axes "gène D" et "allèles D"2018-02-16T17:47:00+01:00Mathieu GiraudAjouter des axes "gène D" et "allèles D"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2960Mettre dans le mail "request analysis" quelque chose pour qu'on retrouve de q...2018-02-16T13:02:46+01:00Mathieu GiraudMettre dans le mail "request analysis" quelque chose pour qu'on retrouve de qui il s'agitCela m'est arrivé au moins avec deux utilisateurs différents de prendre plusieurs minutes à retrouver de qui il s'agit (pas le même compte...)Cela m'est arrivé au moins avec deux utilisateurs différents de prendre plusieurs minutes à retrouver de qui il s'agit (pas le même compte...)Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2849Incident 2017-11-22 : Upload impossible ?2018-02-16T12:10:55+01:00Mathieu GiraudIncident 2017-11-22 : Upload impossible ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2882Get support avec Outlook : mauvais placement du sujet2018-02-16T12:10:55+01:00Tatiana RocherGet support avec Outlook : mauvais placement du sujetGet support avec Outlook (utilisé pas Lille) met le sujet du mail dans la section destinataires multiples.
Fonctionne bien avec Thunderbird.Get support avec Outlook (utilisé pas Lille) met le sujet du mail dans la section destinataires multiples.
Fonctionne bien avec Thunderbird.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2840A quoi sert le bouton tag visibility ?2018-02-16T12:10:55+01:00Thonier FlorianA quoi sert le bouton tag visibility ?En dessous du slider de filter clone, nous avons un boutton `tag visibility`.
A priori il n'y a aucune action attachée à ce bouton, et aucun effet si on clique dessus.
S'agit-il d'une reminiscence du passé ou est-il sensé avoir une fo...En dessous du slider de filter clone, nous avons un boutton `tag visibility`.
A priori il n'y a aucune action attachée à ce bouton, et aucun effet si on clique dessus.
S'agit-il d'une reminiscence du passé ou est-il sensé avoir une fonction. Si tel est le cas, il n'est pas forcement très explicite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2917Afficher dans le client les `warn`provenant du .vidjil2018-02-16T12:10:55+01:00Mathieu GiraudAfficher dans le client les `warn`provenant du .vidjilVoir #2247 et #2916.Voir #2247 et #2916.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2047Ne pas recalculer à chaque affichage les positions de features basées sur des...2018-02-16T11:19:43+01:00Mathieu GiraudNe pas recalculer à chaque affichage les positions de features basées sur des chaînes de caractèresDiscussion avec @mikael-s
Dans `segmenter.js`, `get_positionned_highlight()` fait deux `indexOf(p)` pour les features données par des chaînes de caractères.
Il faudrait extraire cela d'ici, le mettre dans `clone.js` et faire que ce...Discussion avec @mikael-s
Dans `segmenter.js`, `get_positionned_highlight()` fait deux `indexOf(p)` pour les features données par des chaînes de caractères.
Il faudrait extraire cela d'ici, le mettre dans `clone.js` et faire que ce soit calculé une fois pour toutes.
En particulier pour #2043 (qui a priori ne dépend pas du segmenter)
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2187Mauvais CDR3 trouvé lorsqu'on utilise des germlines non gappés2018-02-05T08:47:18+01:00Mikaël SalsonMauvais CDR3 trouvé lorsqu'on utilise des germlines non gappésMail de Andrea Marquard :
```
>clone-001--human_tra--0009653--69.1%--SJYUR:01076:03044-[122,307]-#2 - 186 bp (125% of 148.1 bp) + VJ
1 124 125 186 TRAV12-3*01 0//8 TRAJ31*01 human_tra SEG_+ 1.374841e-24 0.000000e+00/1.374841e-24 {112...Mail de Andrea Marquard :
```
>clone-001--human_tra--0009653--69.1%--SJYUR:01076:03044-[122,307]-#2 - 186 bp (125% of 148.1 bp) + VJ
1 124 125 186 TRAV12-3*01 0//8 TRAJ31*01 human_tra SEG_+ 1.374841e-24 0.000000e+00/1.374841e-24 {112(43)154 u CAMN#VPDSCLEMEL}
TCCAGTGGTAACAAAGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGGTCGATAAATCCAGCAAGTATATCTCCTTGTTCATCAGAGACTCACAGCCCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGCAATGAACG
GTGCCAGACTCATGTTTGGAGATGGAACTCAGCTGGTGGTGAAGCCCAATATCCAGAACCCT
```
Le CDR3 attendu (et trouvé par IMGT aussi bien que MiXCR) est CAMNGARLMF.
On trouve donc un CDR3 plus long qu'attendu et non productif, alors qu'on est censé avoir un CDR3 productif apparemment.
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3031Refaire passer les tests valgrind fonctionnels2018-02-02T11:26:25+01:00Mathieu GiraudRefaire passer les tests valgrind fonctionnelsEn cours, merci @mikael-s... %"Algo 2017.11" ou %"Algo 2018.03" :-)En cours, merci @mikael-s... %"Algo 2017.11" ou %"Algo 2018.03" :-)Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3032Faire passer vidjil-h-examples.should-get2018-02-01T10:34:53+01:00Mikaël SalsonFaire passer vidjil-h-examples.should-getDepuis 6433a3586 `vidjil-h-examples.should-get` est testé. Il se trouve qu'il ne passe pas sur Jenkins (chez moi non plus). Je ne pense pas que ce soit dû à eb6678e5 (cela ne passait pas sans ça non plus chez moi).
Cela bloque #3031.Depuis 6433a3586 `vidjil-h-examples.should-get` est testé. Il se trouve qu'il ne passe pas sur Jenkins (chez moi non plus). Je ne pense pas que ce soit dû à eb6678e5 (cela ne passait pas sans ça non plus chez moi).
Cela bloque #3031.Algo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3003Makefile et Makefile.algo, séquence de make2018-02-01T10:01:27+01:00Mathieu GiraudMakefile et Makefile.algo, séquence de makeEt retravailler si besoin les `Makefile`, et/ou en refaire un global, mais en sachant exactement ce qu'on met dedans, voir `release_check` dans fac04b1.
Voir #2255, #2999. Prépare aussi #1491.Et retravailler si besoin les `Makefile`, et/ou en refaire un global, mais en sachant exactement ce qu'on met dedans, voir `release_check` dans fac04b1.
Voir #2255, #2999. Prépare aussi #1491.Algo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2635Mettre des jeux de démo dans demo/2018-02-01T10:01:26+01:00Mathieu GiraudMettre des jeux de démo dans demo/Suite à #2611, on souhaiterait mettre dans `demo/` des jeux de séquences pertinents biologiquement, et en parler dans `doc/algo.org`. Par exemple déjà `Demo X5`.
Cela pourrait être aussi des jeux de données mis sur le serveur, voir vdj#...Suite à #2611, on souhaiterait mettre dans `demo/` des jeux de séquences pertinents biologiquement, et en parler dans `doc/algo.org`. Par exemple déjà `Demo X5`.
Cela pourrait être aussi des jeux de données mis sur le serveur, voir vdj#195.Algo 2017.11