vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-28T16:14:38+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5123Warning view; Ugly display on chrome2023-03-28T16:14:38+02:00THONIER FlorianWarning view; Ugly display on chromeWhile I was testing to take screenshot for documentation, I found that warning view is not similar that the view on firefox.
![Screenshot_20230228_102853](/uploads/7e5eff9708e63deadfb4961ff384b425/Screenshot_20230228_102853.png)While I was testing to take screenshot for documentation, I found that warning view is not similar that the view on firefox.
![Screenshot_20230228_102853](/uploads/7e5eff9708e63deadfb4961ff384b425/Screenshot_20230228_102853.png)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5122Problème analyse no-clustering2023-03-01T14:49:53+01:00Anne de SeptenvilleProblème analyse no-clusteringBonjour,
Je suis en train d'analyser pas mal de cDNA avec l'analyse no-clustering et je voulais vous signaler un sample bizarre pour lequel j'ai 94% des reads analysés en IGH et seulement 3% avec l'analyse no-clustering. Pour tout mes ...Bonjour,
Je suis en train d'analyser pas mal de cDNA avec l'analyse no-clustering et je voulais vous signaler un sample bizarre pour lequel j'ai 94% des reads analysés en IGH et seulement 3% avec l'analyse no-clustering. Pour tout mes autres patients les % de reads analysés sont sensiblement identiques.
Analyse IGH
https://app.vidjil.org/53787-2?
Analyse no-clustering
https://app.vidjil.org/53787-50?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5121Mise à jour des germlines sur serveur de prod2023-02-08T14:12:39+01:00Mikaël SalsonMise à jour des germlines sur serveur de prodDans #5120 je m'apperçois que les germlines ne sont pas à jour. Ils sont pris depuis le dossier du repo de docker et ils ne sont pas pris dans le dossier de vidjil-algo.
Autant ceux de vidjil-algo sont à jour, autant il n'y a pas de rai...Dans #5120 je m'apperçois que les germlines ne sont pas à jour. Ils sont pris depuis le dossier du repo de docker et ils ne sont pas pris dans le dossier de vidjil-algo.
Autant ceux de vidjil-algo sont à jour, autant il n'y a pas de raison pour que ceux du repo de docker soient à jour (ou en tout cas il faudrait faire un `make germline`) pour qu'ils le soient.
Utiliser les germlines du vidjil-algo a l'avantage de les avoir à jour mais l'inconvénient c'est qu'on peut moins facilement mettre à disposition des germlines demandées par les utilisateurs (situation qu'on a rencontrée).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5120Erreur d'identification du V2023-02-08T13:07:16+01:00Anne de SeptenvilleErreur d'identification du VDans le cas de ce patient : https://app.vidjil.org/55797-2?
Pour le clone non productif, Vidjil donne un V3-7 alors que IMGT et IgBlast identifient tous les deux un V3-41 à 100%
Quand j'aligne la séquence avec celle du V3-7 je trouve...Dans le cas de ce patient : https://app.vidjil.org/55797-2?
Pour le clone non productif, Vidjil donne un V3-7 alors que IMGT et IgBlast identifient tous les deux un V3-41 à 100%
Quand j'aligne la séquence avec celle du V3-7 je trouve plein de différences...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5119How to store value inside warnings ?2023-01-31T14:37:03+01:00THONIER FlorianHow to store value inside warnings ?Some warnings include more precise text than just warning description. For example `Bad evalue; 0.2`or something of this type.
On an external script I made, some warnings are throw with this type of behavior. Should we ad a field in wa...Some warnings include more precise text than just warning description. For example `Bad evalue; 0.2`or something of this type.
On an external script I made, some warnings are throw with this type of behavior. Should we ad a field in warning for this?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5117artifact sequence; be able to substract them from number of reads2023-01-25T17:30:48+01:00THONIER Florianartifact sequence; be able to substract them from number of readsWhen a clone is tagged as noise/artifact, we should offer the possiblity to subsrat is value from what is proportion of reads shown.
ex: IGH D7-27//J1. If it is seen at 50% and hidden or tagged as noise, other clone still at the same s...When a clone is tagged as noise/artifact, we should offer the possiblity to subsrat is value from what is proportion of reads shown.
ex: IGH D7-27//J1. If it is seen at 50% and hidden or tagged as noise, other clone still at the same size.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5116Vidjil-algo see a VDJ with very poor quality instead of 100% germline2023-01-25T19:13:57+01:00THONIER FlorianVidjil-algo see a VDJ with very poor quality instead of 100% germlineThis [clone](https://health.vidjil.org/9389-2?clone=8) is seen as `IGK V2D-29 /78/ J4` instead of `IGLV2`with 242 nt of match (100%).
In this case, we got from vidjil poor affect values :
"_________________________KKK?KKK____________K...This [clone](https://health.vidjil.org/9389-2?clone=8) is seen as `IGK V2D-29 /78/ J4` instead of `IGLV2`with 242 nt of match (100%).
In this case, we got from vidjil poor affect values :
"_________________________KKK?KKK____________K__________________K__K_____________K____________________________________________________kkkkkkkk_kk______________________________K___________________________________________________________________"
In this case, locus IGL is search too.
Algo should be stopped if their is a better evalue for any other locus ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5115Problème merge de séquences de tailles très différentes2023-04-03T12:32:09+02:00Anne de SeptenvilleProblème merge de séquences de tailles très différentesLors de l'analyse de données réalisées sur des cDNA (et non des ADN comme la plupart du temps), je me suis aperçue que mes résultats sont plus ou moins parasités par des produits d'épissage aberrants plus courts que la séquence complète ...Lors de l'analyse de données réalisées sur des cDNA (et non des ADN comme la plupart du temps), je me suis aperçue que mes résultats sont plus ou moins parasités par des produits d'épissage aberrants plus courts que la séquence complète attendue. Vidjil regroupe toutes ces séquences en une seule car le CDR3 (quand il est identifié) est identique. La taille moyenne des reads sur l'image type "genescan" ne reflète pas la taille effective des reads et dans certains cas, la séquence consensus choisie par Vidjil est une version "courte" ce qui fausse le résultat.
Serait-il possible de faire en sorte que des reads avec de trop grandes différences de tailles ne soient pas regroupés ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5113similarity et séquences vides2023-01-19T17:41:39+01:00Mathieu Giraudsimilarity et séquences vides
Curieux pour l'instant
Curieux pour l'instanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5111tSNE sur séquence en AA du CDR32023-01-12T15:58:08+01:00Mathieu GiraudtSNE sur séquence en AA du CDR3
- [x] similarity.cgi prend de l'AA aussi
- [ ] client: envoyer AA du CDR3 ==> @flothoni
- [ ] algo: BLOSUM62 ==> @magiraud
- [x] similarity.cgi prend de l'AA aussi
- [ ] client: envoyer AA du CDR3 ==> @flothoni
- [ ] algo: BLOSUM62 ==> @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5110Fusionner les warnings sur le même clone et plusieurs samples ?2023-01-12T15:29:35+01:00Mathieu GiraudFusionner les warnings sur le même clone et plusieurs samples ?
@flothoni : "mais le message peut être différent"
@flothoni : "mais le message peut être différent"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5109get reads; use zgrep before to minimize process2023-11-09T11:18:46+01:00Thonier Florianget reads; use zgrep before to minimize processLancé d'abord un `zgrep -B1 -A2 --no-group-separator $seq` (et son reverse) avant de faire le vidjil-algo permettrait de réduire le temps de processus.
@mikael-s : "Voir aussi si on spécifie le locus"Lancé d'abord un `zgrep -B1 -A2 --no-group-separator $seq` (et son reverse) avant de faire le vidjil-algo permettrait de réduire le temps de processus.
@mikael-s : "Voir aussi si on spécifie le locus"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5107.gitlab-ci.yml : Utiliser workflow, rules ?2022-12-22T17:06:39+01:00Mathieu Giraud.gitlab-ci.yml : Utiliser workflow, rules ?https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/workflow.html
https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#workflow
Pour l'instant nous gérons nos pipelines avec des `only` sur chaque jobs. Mais au final, nous avons bien des workflows bien différents, `featu...https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/workflow.html
https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#workflow
Pour l'instant nous gérons nos pipelines avec des `only` sur chaque jobs. Mais au final, nous avons bien des workflows bien différents, `feature-{csta}`... bien que souvent on en lance plusieurs. J'ai l'impression que, depuis plusieurs releases, gitlab ajoute des fonctionnalités liés à ces `workflow`, notamment avec les `rules`. Est-ce que cela vaudrait le coup d'utiliser cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5106Algo; sequence with mulitple J, find the last one and not the first (in the C...2022-12-20T13:38:41+01:00Thonier FlorianAlgo; sequence with mulitple J, find the last one and not the first (in the CDR3)A case of seq `V//J/n/J` seen as `V/n/d/n/J`. The found D is not concordant.
cc @mikael-s @magiraudA case of seq `V//J/n/J` seen as `V/n/d/n/J`. The found D is not concordant.
cc @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5103Sample warning : front display2022-12-14T16:53:37+01:00Mathieu GiraudSample warning : front displaySee #5102See #5102https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5101Sample; show a little bar graph to show segmentation repartition and locus2022-12-20T13:48:58+01:00Thonier FlorianSample; show a little bar graph to show segmentation repartition and locusSomething like [on old ipod](https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcR6AmcfB2oBlMiTXDv5LzvJK8ArsuMCTacF3A&usqp=CAU)
Need to convert our log into structured data. (And to be able to retro-convert old data from string values).Something like [on old ipod](https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcR6AmcfB2oBlMiTXDv5LzvJK8ArsuMCTacF3A&usqp=CAU)
Need to convert our log into structured data. (And to be able to retro-convert old data from string values).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5100Onglet processes : des processus trop anciens apparaissent ?2022-11-30T17:20:22+01:00Mikaël SalsonOnglet processes : des processus trop anciens apparaissent ?Nous voyons ce processus-là dans l'onglet processes à la date du 4 novembre 2022 : https://app.vidjil.org/23112-39
Or il semble avoir été lancé il y a bien plus longtemps.Nous voyons ce processus-là dans l'onglet processes à la date du 4 novembre 2022 : https://app.vidjil.org/23112-39
Or il semble avoir été lancé il y a bien plus longtemps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5099Ignorer des warnings pour certains clones2022-11-23T18:13:16+01:00Mathieu GiraudIgnorer des warnings pour certains clones
depuis... aligneur ? ou vue warning ?
après !1240
depuis... aligneur ? ou vue warning ?
après !1240https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5098Pouvoir mieux tester les rapports2022-11-23T17:43:54+01:00Mathieu GiraudPouvoir mieux tester les rapports
@mikael-s : "option sur les rapports pour qu'il mette cela dans un `div` en mode test"
est-ce une sorte de mock ?
@mikael-s : "option sur les rapports pour qu'il mette cela dans un `div` en mode test"
est-ce une sorte de mock ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5097Report; include image in comment section or in other place2023-03-28T16:14:57+02:00Thonier FlorianReport; include image in comment section or in other placeA feature asked by ~"LIL-Lille" : A way to add an external image inside the report.
If saved, we should include these pictures.
In the present case, we can also try to import raw data from the page that generate picture and rerender ...A feature asked by ~"LIL-Lille" : A way to add an external image inside the report.
If saved, we should include these pictures.
In the present case, we can also try to import raw data from the page that generate picture and rerender that inside report... But it is another point.Web 2023.10