vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-03-21T10:01:29+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3847clusteriser dans l'intrerface sur la séquence en acides aminés.2019-03-21T10:01:29+01:00Thonier Florianclusteriser dans l'intrerface sur la séquence en acides aminés.En lien avec #2140: esteban souhaiterait pouvoir clusteriser les clones sur la séquences en acides aminés et non pas en nucleotides.
Il me semble que l'on en a déjà parlé mais je ne retrouve pas l'issue.En lien avec #2140: esteban souhaiterait pouvoir clusteriser les clones sur la séquences en acides aminés et non pas en nucleotides.
Il me semble que l'on en a déjà parlé mais je ne retrouve pas l'issue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3846User interface for entering spikes2023-06-28T17:35:35+02:00Mathieu GiraudUser interface for entering spikes~"priority\-1\-low", we want to do #3838 first and to configure it by the ~"server\-admin".~"priority\-1\-low", we want to do #3838 first and to configure it by the ~"server\-admin".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3845Permettre de labeliser un set de clones2019-03-20T19:11:37+01:00Thonier FlorianPermettre de labeliser un set de clonesAujourd'hui, lors du workshop, @magiraud parle d'un "hack" pour afficher et labeliser des clones qui ne seraient jamais dans le top 100 : en rajoutant un sample avec juste les séquences d'intérêt, on devrait les voir ressortir.
Je pens...Aujourd'hui, lors du workshop, @magiraud parle d'un "hack" pour afficher et labeliser des clones qui ne seraient jamais dans le top 100 : en rajoutant un sample avec juste les séquences d'intérêt, on devrait les voir ressortir.
Je pense que ce n'est pas optimal de "polluer" la timeline avec ce genre de données.
On a préciser qu'il faudrait beaucoup de modifs sur l'interface. Ping avec #3822https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3844Exporter les clones dans un format compatible avec d'autres bases de données2019-03-19T19:36:13+01:00Thonier FlorianExporter les clones dans un format compatible avec d'autres bases de donnéesJe pense que cette issue n'a pas de raison d'être. On a déjà le fasta, et en plus maintenant le AIRR. JE ne pense pas qu'il y ai d'autre format necessaire (ou j'en loupe).
Cependant, on ne sait pas si il va réussir à être adopté aussi l...Je pense que cette issue n'a pas de raison d'être. On a déjà le fasta, et en plus maintenant le AIRR. JE ne pense pas qu'il y ai d'autre format necessaire (ou j'en loupe).
Cependant, on ne sait pas si il va réussir à être adopté aussi largement que prévu. Dans le doute, j'ouvre cette issue et fixe arbitrairement la date pour dans 2 ans, un vendredi .2021-03-19https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3843SAvoir si un clone est relié à un antigen2019-03-19T18:33:22+01:00Thonier FlorianSAvoir si un clone est relié à un antigenJe pense que cette issue devrait être relié à une équivalente à cloneDB. Ici on parle de l’interface et de la méthode de le faire remonter sur app.vidjil.
Certains clones sont connus pour être relié à un antigene (virus/bactérie/...). ...Je pense que cette issue devrait être relié à une équivalente à cloneDB. Ici on parle de l’interface et de la méthode de le faire remonter sur app.vidjil.
Certains clones sont connus pour être relié à un antigene (virus/bactérie/...). Déjà sauvegarder les informations et pouvoir l'afficher.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3842Exporter tous les clones au format AIRR2020-04-10T16:43:24+02:00Thonier FlorianExporter tous les clones au format AIRRJE ne connais pas toutes les implications. J'imagine qu'il y a une version simple qui serait d'adapter la fonction d'export vers le csv, voir de la remplacer.JE ne connais pas toutes les implications. J'imagine qu'il y a une version simple qui serait d'adapter la fonction d'export vers le csv, voir de la remplacer.Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3841Envoyer les emails des participants du workshop2019-03-19T18:19:06+01:00Thonier FlorianEnvoyer les emails des participants du workshopEt au passage rendre aussi accessible des presentations que l'on a.Et au passage rendre aussi accessible des presentations que l'on a.2019-03-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3839vidjil-algo: parse 'labels' in `config`2019-04-02T18:37:44+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: parse 'labels' in `config`See #3838. Parses the `config.labels` block as needed.See #3838. Parses the `config.labels` block as needed.Algo 2019.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3838Flexible strategy for MRD (and other things)2019-10-14T18:00:34+02:00Mathieu GiraudFlexible strategy for MRD (and other things)Discussed with @meidanis @mikael\-s @flothoni
- In `/spikes/spikes-A.json` :
```
'config': {
'labels': [
{ 'name': 'foobar', 'sequence': 'ACGTG...', 'copies': xxx, 'family'... }
```
- the ~"server\-config" says:
- la...Discussed with @meidanis @mikael\-s @flothoni
- In `/spikes/spikes-A.json` :
```
'config': {
'labels': [
{ 'name': 'foobar', 'sequence': 'ACGTG...', 'copies': xxx, 'family'... }
```
- the ~"server\-config" says:
- launch `vidjil-algo --label-json /spikes/spikes-A.json ....`
- launch `fuse.py --pre normalize.py`
- `vidil-algo` will understand only `name` and `sequence`, but will copy everything from `spikes-A.json`, including `copies` or other fields, to its `.vidjil` output #3837 #3839
- `normalize.py` adds `normalized_reads` where he wants (@meidanis)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3836pouvoir composer les preprocess à la carte2020-07-28T11:54:45+02:00Thonier Florianpouvoir composer les preprocess à la carteUne idée venu en parlant avec Joao, mais peut-être compliqué et pas si intéréssante.
On pourrait imaginer que l'on puisse ajouter des preprocess d'après une liste de divers pre/post-process.
Dasn ce cas, on ajoute une ligne ou l'on peux...Une idée venu en parlant avec Joao, mais peut-être compliqué et pas si intéréssante.
On pourrait imaginer que l'on puisse ajouter des preprocess d'après une liste de divers pre/post-process.
Dasn ce cas, on ajoute une ligne ou l'on peux parametre ce preprocess (par exemple choisir le R1 ou R2, le fichier de spike-in, la longueur minimum pour un filtre, ...).
On ne saurait pas comment ensuite conserver ou affichier le résultat de ces différentes étapes.
Encore beaucoup de réfléxion nécessaire pour ce faire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3835Demander plusieurs alignement successifs fait planter le segmenteur2021-04-08T08:30:43+02:00Mikaël SalsonDemander plusieurs alignement successifs fait planter le segmenteurÉvoqué par ~"LIL\-Lille".
Apparemment spammer un peu le bouton align peut faire planter le segmenteur qui le laisse alors dans un état grisé avec spinner. L'application est encore utilisable.
Pas réussi à reproduire.Évoqué par ~"LIL\-Lille".
Apparemment spammer un peu le bouton align peut faire planter le segmenteur qui le laisse alors dans un état grisé avec spinner. L'application est encore utilisable.
Pas réussi à reproduire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3834Bug avce la fonction align sur le segmenteur2019-03-19T17:55:07+01:00Thonier FlorianBug avce la fonction align sur le segmenteurUn bug vu par les techs de ~"LIL\-Lille". Manipulations pour le reproduire
* selection d'un groupe de clones
* on lance l'alignement
* on retire le premier clone de la liste
* on relance l'alignement (le bouton n'est plus grisé, or il m...Un bug vu par les techs de ~"LIL\-Lille". Manipulations pour le reproduire
* selection d'un groupe de clones
* on lance l'alignement
* on retire le premier clone de la liste
* on relance l'alignement (le bouton n'est plus grisé, or il me semble que par defaut il devrait l'être)
* On obtient un freeze du segmenteur. On peux encore cliqué à certains endroit, mais on a des bugs qui s'acummule, peut-être d'avantage sur l'interface.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3833Clone en R2 perdu en R1+R2 (+R2)2019-03-28T09:25:40+01:00Mathieu GiraudClone en R2 perdu en R1+R2 (+R2)Naïs ~"TOU\-Toulouse" a au moins deux cas en tête où un clone en R2 est perdu lorsqu'on fait un merge. Elle nous envoie un lien.Naïs ~"TOU\-Toulouse" a au moins deux cas en tête où un clone en R2 est perdu lorsqu'on fait un merge. Elle nous envoie un lien.Thonier FlorianThonier Florian2019-03-29https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3832Upload puis lancement multiple via .csv2021-12-21T11:17:34+01:00Mathieu GiraudUpload puis lancement multiple via .csvSuggestion de Naïs ~"TOU\-Toulouse" qui va au-delà de #2891 : pouvoir même lancer, via un `.csv`, toutes les analyses, éventuellement avec une colonne spécifiant la ~"server\-config" voulue.
Faire déjà #2891.Suggestion de Naïs ~"TOU\-Toulouse" qui va au-delà de #2891 : pouvoir même lancer, via un `.csv`, toutes les analyses, éventuellement avec une colonne spécifiant la ~"server\-config" voulue.
Faire déjà #2891.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3831Avoir des icones avec les informations à divers endroits de l'intercace2019-03-19T19:37:56+01:00Thonier FlorianAvoir des icones avec les informations à divers endroits de l'intercaceJe ne sais pas dans quel mesure on pourrait/voudrait l'implémenter, mais avoir une icône pour afficher un petit cadre avec d'avantage d’information, possiblement issues du manuel par exemple.Je ne sais pas dans quel mesure on pourrait/voudrait l'implémenter, mais avoir une icône pour afficher un petit cadre avec d'avantage d’information, possiblement issues du manuel par exemple.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3830Calculer l'index de Morisita2020-08-07T17:21:38+02:00Thonier FlorianCalculer l'index de MorisitaJe pense que l'on peux le calculer assez facilement maintenant que nous conservons l'information des vidjil windows.
CEt index semble utile au immuno Lille, à Barcelonne et à Essen (Esteban).
Si il est facile de la calculer au moment d...Je pense que l'on peux le calculer assez facilement maintenant que nous conservons l'information des vidjil windows.
CEt index semble utile au immuno Lille, à Barcelonne et à Essen (Esteban).
Si il est facile de la calculer au moment du fuse, il faut cependant trouver comment l'afficher.
Tableu avec coloration en fct de la valeur (simili-heatmap)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3829get support : avoir quelque chose qui ne repose pas forcément sur un mailer2019-03-20T18:28:19+01:00Mikaël Salsonget support : avoir quelque chose qui ne repose pas forcément sur un mailerSi les personnes n'utilisent pas un mailer le lien mailto: ne fonctionne pas et on n'a aucun résultat lors du clic sur « get support ».Si les personnes n'utilisent pas un mailer le lien mailto: ne fonctionne pas et on n'a aucun résultat lors du clic sur « get support ».https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3827Avoir une bouton pour lancer une analyse sur tous les samples2021-09-09T18:56:12+02:00Thonier FlorianAvoir une bouton pour lancer une analyse sur tous les samplesParfois, les utilisateurs posent plusieurs séquences en même temps dans un patient/run.
Il serait intéressant de pouvoir lancer en un seul click l'analyse configXXX sur tous les samples présents.Parfois, les utilisateurs posent plusieurs séquences en même temps dans un patient/run.
Il serait intéressant de pouvoir lancer en un seul click l'analyse configXXX sur tous les samples présents.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3826Événements pour un patient : vue dans le client2019-03-19T11:10:38+01:00Mathieu GiraudÉvénements pour un patient : vue dans le clientVoir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph...Voir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph secondaire avec une ligne pour chaque traitement qui suivrait les dates.
Cela me fait penser aussi à ~"bio\-external\-data", #1367...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3825Heuristique du FineSegmenter : compter plus finement les occurrences2019-03-18T18:57:45+01:00Mikaël SalsonHeuristique du FineSegmenter : compter plus finement les occurrencesÀ l'heure actuelle qu'un k-mer apparaisse dans 10 gènes ou dans 1 seul gène, le nombre d'occurrence de chacun de ces gènes est compté de la même manière.
Autrement dit dans le premier cas on aura incrémenté les différents compteurs de 1...À l'heure actuelle qu'un k-mer apparaisse dans 10 gènes ou dans 1 seul gène, le nombre d'occurrence de chacun de ces gènes est compté de la même manière.
Autrement dit dans le premier cas on aura incrémenté les différents compteurs de 10 alors que dans le second cas on ne l'aura augmenté que de 1. On donne donc autant (voire moins) de poids à des k-mers spécifiques qu'à des k-mers ambigus.