vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-07-26T11:54:36+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3454Afficher le nombre de clones supérieur à 5%2022-07-26T11:54:36+02:00Mathieu GiraudAfficher le nombre de clones supérieur à 5%Voir #3407.
On se demande si c'est redondant ou pas. Peut-être pas le plus important ? Bof, à faire quand même.Voir #3407.
On se demande si c'est redondant ou pas. Peut-être pas le plus important ? Bof, à faire quand même.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3448Recevoir des mails un jour avant l'échéance des tâches2018-09-07T08:07:57+02:00Mathieu GiraudRecevoir des mails un jour avant l'échéance des tâchesEst-ce que cela fonctionne ?
https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab-ce/issues/27500
cc @mikael\-sEst-ce que cela fonctionne ?
https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab-ce/issues/27500
cc @mikael\-s2018-09-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3446Tests fonctionnels sur serveurs de tests à partir de traces live2018-09-04T16:37:24+02:00Mathieu GiraudTests fonctionnels sur serveurs de tests à partir de traces liveEn lisant des choses pour #2323, je suis tombé plusieurs fois sur des choses incitant à "capture real traffic to replay offline". Cette issue est pour approfondir ce point (mais pas du tout pour débattre de #2323, merci).
C'est en lien ...En lisant des choses pour #2323, je suis tombé plusieurs fois sur des choses incitant à "capture real traffic to replay offline". Cette issue est pour approfondir ce point (mais pas du tout pour débattre de #2323, merci).
C'est en lien avec la remarque de @mikael\-s dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2323#note_114495 :
> Il faut des tests sur une copie de la BDD de prod (anonymisée) directement dans les branches de développement et sur `prod-server`
Ce serait déjà un bon pas de faire cela, en faisant attention aux fuites de données : si données HDS, même anonymisées, elles devront rester sur un serveur de test dans l'enceinte HDS. Une version simple serait effectivement d'y recopier la BDD et de lancer la suite de tests de #3401.
Mais pouvons-nous aller plus loin, c'est-à-dire capturer vraiment sur la prod des suites d'actions utilisateurs (avec leurs hésitations / comportements non optimaux et autres) et les rejouer en test ensuite ? Au niveau requêtes serveur, cela doit être jouable (bien plus qu'au niveau clics sur client).
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3443ERG; ajouter un warning pour une séquence aspecifique2018-08-30T17:47:05+02:00Thonier FlorianERG; ajouter un warning pour une séquence aspecifiqueChloé Arfeuille m'a signalé une séquence aspécifique.
J'attends de l'obtenir.
On pourrait ensuite ajouter un warning sur celle-ci.
Je ne me suis âs encore penché sur la méthode mais je présume que c'est la même que pour le clone non...Chloé Arfeuille m'a signalé une séquence aspécifique.
J'attends de l'obtenir.
On pourrait ensuite ajouter un warning sur celle-ci.
Je ne me suis âs encore penché sur la méthode mais je présume que c'est la même que pour le clone non recombiné DJ ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3439L'animation BAR > GRID fait parfois "sauter" temporairement les clones hors d...2018-08-13T18:09:32+02:00Mathieu GiraudL'animation BAR > GRID fait parfois "sauter" temporairement les clones hors du sp?patient=146&config=26 -> alterner entre grid et bar?patient=146&config=26 -> alterner entre grid et barhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3435Tests fonctionnels en ordre aléatoire2018-08-10T13:14:30+02:00Mathieu GiraudTests fonctionnels en ordre aléatoireÉvoqué par @RyanHerbÉvoqué par @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3428inclure make should-ijson avec un !REQUIRES2018-08-07T13:05:23+02:00Mathieu Giraudinclure make should-ijson avec un !REQUIRESVoir !201.Voir !201.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3425Etendre les infos extraites avec sample_set/multi_sample_stats2018-08-06T15:47:51+02:00Ryan HerbertEtendre les infos extraites avec sample_set/multi_sample_statsSuite de #3172
Il faut choisir plus de données à afficher sur la page de stats.Suite de #3172
Il faut choisir plus de données à afficher sur la page de stats.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3422Auto-complétion des sample sets : augmenter la limite de 10 résultats et la r...2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonAuto-complétion des sample sets : augmenter la limite de 10 résultats et la rendre claireLa limite de 10 résultats peut être un peu courte (cf. #3420). On pourrait l'augmenter (c'est simple) mais il faudrait aussi la rendre claire : on doit savoir qu'on ne voit que X résultats mais qu'en fait il en existe d'autres.La limite de 10 résultats peut être un peu courte (cf. #3420). On pourrait l'augmenter (c'est simple) mais il faudrait aussi la rendre claire : on doit savoir qu'on ne voit que X résultats mais qu'en fait il en existe d'autres.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3421Auto-complétion des samples sets : marquer la distinction entre résultats réc...2018-07-27T18:40:10+02:00Mikaël SalsonAuto-complétion des samples sets : marquer la distinction entre résultats récents et résultats globaux.À l'utilisation, la différence d'auto-complétion qui se fait à partir du 3è caractère n'est pas claire (cf. #3420) : Pour 0, 1 et 2 caractères l'auto-complétion se fait sur les créations récentes de sample sets. À partir du 3è on fait la...À l'utilisation, la différence d'auto-complétion qui se fait à partir du 3è caractère n'est pas claire (cf. #3420) : Pour 0, 1 et 2 caractères l'auto-complétion se fait sur les créations récentes de sample sets. À partir du 3è on fait la recherche sur tous les samples sets accessibles par l'utilisateur.
Sans remettre en cause l'intérêt de cette distinction pour ne pas surcharger le serveur (mais pour nos utilisateur orientaux cette limite de 2 caractères pourrait être contraignante), il faudrait présenter les choses différemment (voire indiquer ain au sein de quoi la recherche est faite), afin de lever l'ambiguité existante.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3420Améliorer l'ergonomie de l'auto-completion2019-03-25T09:43:54+01:00Anne de SeptenvilleAméliorer l'ergonomie de l'auto-completionJ'utilise l'auto-completion pour ajouter des sets/samples/runs à mes données préexistantes.
Rien de très important mais quelques petites choses à vous faire remonter :
1) Quand une "étiquette" est ajoutée dans le champ prévu à cet effet...J'utilise l'auto-completion pour ajouter des sets/samples/runs à mes données préexistantes.
Rien de très important mais quelques petites choses à vous faire remonter :
1) Quand une "étiquette" est ajoutée dans le champ prévu à cet effet, une espace est aussi ajoutée à la suite de l'étiquette. du coup quand on veut ajouter une 2e étiquette, il faut commencer par supprimer l'espace... j'ai mis du temps à comprendre que c'était pour ça que l'auto-complétion ne retrouvais pas toujours ce que je cherchais.
2) Je n'ai pas réussi à comprendre pourquoi, mais l'auto-completion ne veux pas afficher certaines étiquettes lorsque je tape certaines suites de caractères...
"P3" ne montre rien, il faut que je tape "P3 " pour voir le patient "EC-NGS P3 DJO" (idem avec les autres P1 à P9)
"EC-NGS " ne fais apparaître que mes sets "EC-NGS Comparaison" et "EC-NGS PSL" et pas les patients "EC-NGS Pxx xxx"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3415Mettre -2 et -3 par défaut ?2018-07-21T13:41:30+02:00Mathieu GiraudMettre -2 et -3 par défaut ?La commande de base pourrait être désormais `vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g my-reads.fa`, avec par défaut:
- `-2` : Le unexpected/xxx est finalement ultra-testé, par défaut sur le servuer.
(`--no-unexpected` ou un truc comme...La commande de base pourrait être désormais `vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g my-reads.fa`, avec par défaut:
- `-2` : Le unexpected/xxx est finalement ultra-testé, par défaut sur le servuer.
(`--no-unexpected` ou un truc comme cela sinon)
- `-3` : (`--no-cdr3`, si cela vaut vraiment la peine ?)
Au pire des choses plus particulières pourraient être spécifiées dans `germline.h` (pour certains germlines, le CDR3 ne fait pas de sens (pas de CDR3 en IGKV-Intron, c'est déjà le cas, je ne vois pas où c'est réglé)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3411Bouton admin pour passer à la version suivante de vidjil-algo ?2018-07-20T15:18:23+02:00Mathieu GiraudBouton admin pour passer à la version suivante de vidjil-algo ?Mais même chose pour le serveur, pour d'autres outils ?Mais même chose pour le serveur, pour d'autres outils ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3410Absence de reads lors d'une comparaison de 2 échantillons2018-07-20T15:06:28+02:00Anne de SeptenvilleAbsence de reads lors d'une comparaison de 2 échantillonsPour ces 2 patients (P9 et P10) j'ai bien des données d'analyse IGH, mais quand je veux les utiliser pour une comparaison avec un autre échantillon, Vidjil n'affiche que les clones du patient avec lequel je le compare, et no read pour P9...Pour ces 2 patients (P9 et P10) j'ai bien des données d'analyse IGH, mais quand je veux les utiliser pour une comparaison avec un autre échantillon, Vidjil n'affiche que les clones du patient avec lequel je le compare, et no read pour P9 ou P10.
Je crois que cela fait suite à ce problème : #3258
Il me semble que c'était les seuls patients pour lesquels je n'avais pas re-importé les fastq suite au problème #3258
https://app.vidjil.org/index.html?set=27495&config=2
https://app.vidjil.org/index.html?set=27496&config=2https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3409Modéliser / représenter la "read distribution"2023-06-28T18:17:49+02:00Mathieu GiraudModéliser / représenter la "read distribution"Voir #3408 et #3407.
> reads distrbution : l'histogramme montre le % de reads dans des clones ≥ 10%, compris entre 1% et 10%, compris entre 0,1% et 1%, etc. La hauteur peut être relative au nombre de reads du sample
Tous les 10%, propo...Voir #3408 et #3407.
> reads distrbution : l'histogramme montre le % de reads dans des clones ≥ 10%, compris entre 1% et 10%, compris entre 0,1% et 1%, etc. La hauteur peut être relative au nombre de reads du sample
Tous les 10%, proportion des reads ? Est-ce qu'on arrive à mettre dessus l'info sur le nombre de clones ?
En gros voir d'un coup d'oeil si c'est monoclonal / polyclonal / autre.
Autre option (peut-être aussi issue), le nombre de reads pour le top 20/50 clones.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3408Qualité de chaque échantillon : première itération2023-06-28T16:59:24+02:00Mikaël SalsonQualité de chaque échantillon : première itérationVoici les informations qu'on pourrait vouloir afficher, et qui sont simples à récupérer :
* [ ] Nombre total de reads
* [ ] Nombre de reads analysés (%)
* [ ] Liste des locus détectés
* [ ] Nombre de clones ≥ 5% dans leur locus
* [ ] pot...Voici les informations qu'on pourrait vouloir afficher, et qui sont simples à récupérer :
* [ ] Nombre total de reads
* [ ] Nombre de reads analysés (%)
* [ ] Liste des locus détectés
* [ ] Nombre de clones ≥ 5% dans leur locus
* [ ] potentiellement distribution des clones par taille (`reads.distribution` dans le `.vidjil`)
* [ ] potentiellement distribution de la longueur des reads ? (type genescan)
Par la suite d'autres informations pourraient être ajoutées mais peuvent être plus complexes à récupérer (voir par exemple #2875) : par exemple des informations sur les pre-process, sur les causes de non-segmentation, ou des comparaisons entre les différents échantillons.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3407Décoration des champs du contrôleur multi samples2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonDécoration des champs du contrôleur multi samplesPour #2235, #2875Pour #2235, #2875Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3405Choses sur lesquelles il y a eu du travail et qui seraient à boucler2018-07-20T19:06:11+02:00Mathieu GiraudChoses sur lesquelles il y a eu du travail et qui seraient à bouclerun tag ?
cc @mikael\-sun tag ?
cc @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3401Liste de tests fonctionnels server2021-01-26T16:51:05+01:00Ryan HerbertListe de tests fonctionnels serverIci on fait une liste des tests fonctionnels server:
* Utilisateur
- [x] Login
- [ ] Logout (mais #2571 #2477)
- [ ] Changer le mot de passe (mais #1682)
* Patients
- [x] Ajout (multiple)
- [x] Edition
- [x] Suppression
...Ici on fait une liste des tests fonctionnels server:
* Utilisateur
- [x] Login
- [ ] Logout (mais #2571 #2477)
- [ ] Changer le mot de passe (mais #1682)
* Patients
- [x] Ajout (multiple)
- [x] Edition
- [x] Suppression
- [x] Recherche
* Samples
- [x] Ajout (multiple)
- [x] Upload (normal, déjà inclus dans précédent ?) (et #4628)
- [x] Upload (réseau)
- [x] Edition
- [ ] Edition: ajouter le sample à un set supplémentaire
- [ ] Reupload
- [x] Suppression avec results
- [ ] Suppression sans results (n'existent pas)
- [ ] Suppression sans results (mais results existent)
- [x] Recherche
- [ ] Ajout sets multiples
- [x] Run (et #4628)
- [ ] Runs concurrents, certains sont provisoirement en `QUEUED` #3447
- [ ] Pre-process
- [ ] Relancer pre-process échoué
* Autcompletion
- [ ] tags
- [ ] samples
* Tags
- [x] Recherche par click (patient ou sample)
- [x] Recherche patient
- [x] Recherche sample
* Permissions
- [ ] Accès groupe public
- [ ] Accès groupe personnel
- [ ] Accès groupe hierarchie
- [ ] Pas d'accès à un groupe dont on n'est pas membre
- [ ] Permissions diverses (admin, upload, create, run)
* Groupes
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
- [ ] Invitation utilisateur
- [ ] Exclusion utilisateur
- [ ] Modification permissions
* Configs
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
* Tips
- [ ] Fermer
- [ ] Suivant
- [ ] Précédent
- [ ] lu
* Notifications
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
- [ ] Expiration
- [ ] lu
* logs
- [ ] tester tous les cas de figure ?
* Utilisateurs
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
* Consultation d'une analyse préalablement lancée
- [ ] Affichage correct
- [ ] Vérification des informations affichées dans la fenêtre d'info globale (éviter #3416)
- [ ] Sauvegarder une analyse (éviter vdj#792)
* Pre process
- [x] Ajout
- [x] Edition
- [x] Suppression
* Compare
- [ ] Liste
- [ ] Comparehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3397Coûts environnementaux et économiques de CI (et dev)2024-02-16T10:00:05+01:00Mathieu GiraudCoûts environnementaux et économiques de CI (et dev)Depuis #2723 :
> est-il raisonnable (coûts environnementaux, économiques, dépendance sur un serveur externe, etc.) de télécharger p.ex. 1Go de données à chaque pipeline ?
Et #2881 arrive...
Plus généralement, quelle sont ces coûts sur...Depuis #2723 :
> est-il raisonnable (coûts environnementaux, économiques, dépendance sur un serveur externe, etc.) de télécharger p.ex. 1Go de données à chaque pipeline ?
Et #2881 arrive...
Plus généralement, quelle sont ces coûts sur l'ensemble de notre process de CI, qui doit faire surtout beaucoup de CPU ? Est-ce que ces coûts sont négligeables ou non devant les gains de productivité / robustesse avec un bon pipeline de CI ?Dev-ci