vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-03-09T12:48:30+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3894Roadmap à long terme2020-03-09T12:48:30+01:00Mathieu GiraudRoadmap à long terme#1, #2, #3, #4, #5 et #6 n'étaient pas particulièrement des choses précises à faire, mais une ~"+\-roadmap". Si cela est pertinent, reprendre et/ou mettre à jour ces textes dans quelque chose comme `doc/roadmap.md` et/ou sur la page web.#1, #2, #3, #4, #5 et #6 n'étaient pas particulièrement des choses précises à faire, mais une ~"+\-roadmap". Si cela est pertinent, reprendre et/ou mettre à jour ces textes dans quelque chose comme `doc/roadmap.md` et/ou sur la page web.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3891Release 2019.042019-05-17T06:32:34+02:00Mathieu GiraudRelease 2019.04!456 et !448!456 et !448Algo 2019.042019-04-03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3890Changement de dénomination des clones sans VDJ ?2020-03-25T09:18:09+01:00Anne de SeptenvilleChangement de dénomination des clones sans VDJ ?Les clones non identifiés (qui apparaissent dans la section ?/?) étaient nommés auparavant par leur séquence. Maintenant ils ont un nom complexe.
Exemple : clone-002--IGH--0000193--0.111%--M03464:350:000000000-CCMYG:1:1103:3714:1114...Les clones non identifiés (qui apparaissent dans la section ?/?) étaient nommés auparavant par leur séquence. Maintenant ils ont un nom complexe.
Exemple : clone-002--IGH--0000193--0.111%--M03464:350:000000000-CCMYG:1:1103:3714:11148-[2,296]-#6 - 295 bp (99% of 297.5 bp)
Est-ce voulu ? Et cela va-t-il rester comme ça ?Algo 2019.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3889Actualiser régulièrement la CloneDB2023-04-03T12:00:21+02:00Anne de SeptenvilleActualiser régulièrement la CloneDBJ'ai ajouté un nouveau run hier, et quand je recherche un clone (qui vient manifestement d'une contamination par le patient voisin), il n'est pourtant pas retrouvé dans CloneDB. Peut-être est-ce simplement parce qu'il faut attendre une a...J'ai ajouté un nouveau run hier, et quand je recherche un clone (qui vient manifestement d'une contamination par le patient voisin), il n'est pourtant pas retrouvé dans CloneDB. Peut-être est-ce simplement parce qu'il faut attendre une actualisation de Clone DB ?
C'est dommage car cela ne me permet pas de contrôler certains clones dans l'immédiat.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3888"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieur2020-06-09T11:19:14+02:00Anne de Septenville"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieurQuand je sélectionne un clone et que je l'envoie sur CloneDB, la visualisation de clones dans les 2 panneaux de droite (clone average read length et V/J) disparaît, puis seule la visualisation du panneau inférieur V/J réapparaît.Quand je sélectionne un clone et que je l'envoie sur CloneDB, la visualisation de clones dans les 2 panneaux de droite (clone average read length et V/J) disparaît, puis seule la visualisation du panneau inférieur V/J réapparaît.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3887vidjil-algo: parse config.labels within CL11_json2019-04-02T16:45:19+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: parse config.labels within CL11_json!456 permet de répondre en partie à #3838, mais ce serait plus joli d'avoir du code directement dans `CL11_json` pour faire cela avec !446.!456 permet de répondre en partie à #3838, mais ce serait plus joli d'avoir du code directement dans `CL11_json` pour faire cela avec !446.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3886Testing spike-normalization.py2021-01-19T10:53:29+01:00Mathieu GiraudTesting spike-normalization.pyDear @meidanis,
Thank you for d872b7733.
Could you put a short `.vidjil` test file (in `tools/tests/data`) to be given as an input as your script ?
Ideally we would like to have a short test `tools/tests/should-get-tests/spike-norma...Dear @meidanis,
Thank you for d872b7733.
Could you put a short `.vidjil` test file (in `tools/tests/data`) to be given as an input as your script ?
Ideally we would like to have a short test `tools/tests/should-get-tests/spike-normalization.should-get`.
For an example, run from `tools/tests/` the command `../should.py should-get-tests/fuse-three-files.should-get`
More documentation on http://should-test.net/.
cc @mikael\-s @flothoni2019-04-24https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3885Intro.js ou autres2021-11-19T11:06:57+01:00Mathieu GiraudIntro.js ou autresVu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est o...Vu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est orthogonale.
Plutôt ~"wont\-fix" pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3884Flex2020-08-27T12:20:21+02:00Mathieu GiraudFlexcc @flothoni
https://css-tricks.com/snippets/css/a-guide-to-flexbox/cc @flothoni
https://css-tricks.com/snippets/css/a-guide-to-flexbox/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3881Doc : add germline genes, hypermutations...2019-03-29T14:39:25+01:00Mathieu GiraudDoc : add germline genes, hypermutations...(pas besoin d'attendre #2836...)
Voir aussi #3877.
cc @flothoni (pas besoin d'attendre #2836...)
Voir aussi #3877.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3880My Account: Pouvoir accéder facilement aux dernières analyses effectuées2020-12-10T09:30:51+01:00Anne de SeptenvilleMy Account: Pouvoir accéder facilement aux dernières analyses effectuéesCela m'arrive régulièrement de relancer des analyses sur des patients plus ou moins anciens.
Ce serait pratique de pouvoir facilement retrouver les dernières analyses effectuées, car via la liste de patients, ces analyse sont loin, et ép...Cela m'arrive régulièrement de relancer des analyses sur des patients plus ou moins anciens.
Ce serait pratique de pouvoir facilement retrouver les dernières analyses effectuées, car via la liste de patients, ces analyse sont loin, et éparpillées.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3877Mettre à jour la doc sur "voir tous les clones" et sur "get reads" / récupére...2019-09-24T17:54:47+02:00Mathieu GiraudMettre à jour la doc sur "voir tous les clones" et sur "get reads" / récupérer les readsOn reçoit encore fréquemment des demandes. Ce serait bien d'avoir une référence en ligne plus claire.
Refaire une passe sur http://www.vidjil.org/doc/user/#can-i-see-all-the-clones-and-all-the-reads et
http://www.vidjil.org/doc/user/#go...On reçoit encore fréquemment des demandes. Ce serait bien d'avoir une référence en ligne plus claire.
Refaire une passe sur http://www.vidjil.org/doc/user/#can-i-see-all-the-clones-and-all-the-reads et
http://www.vidjil.org/doc/user/#going-back-to-the-analyzed-reads
- pour expliquer le get reads #1469
- et pour #3842
- et si d'autres choses nous viennent en tête là-dessus
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3876Ajouter une colonne pourcentage par locus dans la liste des clones2019-03-28T13:38:28+01:00Thonier FlorianAjouter une colonne pourcentage par locus dans la liste des clonesIl semble que cela rentre dans les règles de définition de la clonalité. On pourrait imaginer affichier l'information aisément en rajoutant une colonne avec cette information. Cependant, je ne sais pas si cela ne surchargera pas trop cet...Il semble que cela rentre dans les règles de définition de la clonalité. On pourrait imaginer affichier l'information aisément en rajoutant une colonne avec cette information. Cependant, je ne sais pas si cela ne surchargera pas trop cette liste.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3875Deux personnes peuvent acceder au même sample/run en même temps2019-03-25T15:31:30+01:00Thonier FlorianDeux personnes peuvent acceder au même sample/run en même tempsOn devrait éclaircir le comportement en cas ou l'on est plusieurs personnes à accéder au même fichier.
Je ne sais pas la mécanique à mettre en place. C'est probablement assez compliqué. Je me demande si l'on ne devrait pas avoir un sock...On devrait éclaircir le comportement en cas ou l'on est plusieurs personnes à accéder au même fichier.
Je ne sais pas la mécanique à mettre en place. C'est probablement assez compliqué. Je me demande si l'on ne devrait pas avoir un socket ou une session pour savoir si un fichier est déjà accéder par quelque qu'un d'autre.
Il faudrait s'inspirer des autres logiciels du même genre, ou des règles de dev en vigueur. Vous avez des idées ?
@magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3874Tout passe en selection si shift+click sur les locus2019-03-25T13:17:40+01:00Thonier FlorianTout passe en selection si shift+click sur les locusAprès il faut donc reclicker en dehors pour "désélectionner", si on a une liste de clones select, on peut très facilement l'effacer.
Je ne sais pas à quoi c'est dû. Ca ne me semble pas constant. Je pense à un problème dans la fonction ...Après il faut donc reclicker en dehors pour "désélectionner", si on a une liste de clones select, on peut très facilement l'effacer.
Je ne sais pas à quoi c'est dû. Ca ne me semble pas constant. Je pense à un problème dans la fonction de désactivation des combinaisons de touches.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3873pouvoir restreindre les logs par patient/run2021-11-19T11:06:57+01:00Thonier Florianpouvoir restreindre les logs par patient/runJe sais que l'on log tout, mais il me semble que l'on affiche sans filtre les logs d'un groupe. On pourrait imaginer un process pour restreindre aux logs qui concerne directement le patient concerné.Je sais que l'on log tout, mais il me semble que l'on affiche sans filtre les logs d'un groupe. On pourrait imaginer un process pour restreindre aux logs qui concerne directement le patient concerné.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3872Enlerver d'un coup tous les autres samples d'une analyse2021-11-22T12:32:45+01:00Thonier FlorianEnlerver d'un coup tous les autres samples d'une analyseLa demande est quelque part similaire à #2726. Après avoir ouvert un run, on voudrait pouvoir recentrer sur un seul fichier, voir sur ce patient, voir sur ce sample.
Dans ce cas, il faut reouvrir le sample différemment. Mais on pourrai...La demande est quelque part similaire à #2726. Après avoir ouvert un run, on voudrait pouvoir recentrer sur un seul fichier, voir sur ce patient, voir sur ce sample.
Dans ce cas, il faut reouvrir le sample différemment. Mais on pourrait déjà envisager une alternative en cachant d'un coup l'ensemble des autres samples du reads. Dans ce cas, on pourrait aussi cacher les clones d'autres samples (peut-être difficile).
On pourrait aussi imaginer un shortcut pour cacher d'un coup tous ces samples, un peu comme pour les locus.
Enfin, dernière possibilité, ouvrir dans un nouvel onglet le sample en solo. Mais dans ce cas comment gérer les sauvegardes ... pas simple de mon point de vue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3871Ajouter une etiquette "dimers" dans les tags de clones2019-03-25T13:14:26+01:00Thonier FlorianAjouter une etiquette "dimers" dans les tags de clonesJe pense que l'on pourrait rajouter ce tag. Pour le moment ~"REN\-Rennes" utilise hide. Cette information n'est pas sauvegardée. J'ai suggéré de mettre un tag sur ces clones pour y remerdié. CEpdnant, nous n'avons pas un tag dédié.
On p...Je pense que l'on pourrait rajouter ce tag. Pour le moment ~"REN\-Rennes" utilise hide. Cette information n'est pas sauvegardée. J'ai suggéré de mettre un tag sur ces clones pour y remerdié. CEpdnant, nous n'avons pas un tag dédié.
On pourrait mettre custom, mais les dimers mériterais peut-être un tag spécifique.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3870Trier automatiquement les clones de la liste2020-03-18T08:40:50+01:00Thonier FlorianTrier automatiquement les clones de la listeRennes préfére avoir un reclassement automatique des clones dans la liste.
Dans ce cas, on pourrait avoir une case a cocher pour spécifier si on veux ou non ce comportement
En lien avec l'enregistrement des settings (#2836 ?)Rennes préfére avoir un reclassement automatique des clones dans la liste.
Dans ce cas, on pourrait avoir une case a cocher pour spécifier si on veux ou non ce comportement
En lien avec l'enregistrement des settings (#2836 ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3869Indiquer si on regarde un run/patient/set (par le background)2019-03-25T12:05:24+01:00Thonier FlorianIndiquer si on regarde un run/patient/set (par le background)Je pense qu'un fond sur le nom du run/set/setting est assez simple à mettre en place.
On pourrait simplement utiliser le même code couleur que pour les patients/runs/sets.Je pense qu'un fond sur le nom du run/set/setting est assez simple à mettre en place.
On pourrait simplement utiliser le même code couleur que pour les patients/runs/sets.