vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-03-19T19:37:56+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2745Tooltips / Lien vers de l'aide dans l'application web2019-03-19T19:37:56+01:00Mathieu GiraudTooltips / Lien vers de l'aide dans l'application web@mikael-s, dans #1945 :
> Mettre de l'info dans la webapp, cela fait partie du support. C'est important.
> https://speakerdeck.com/djo/lobsession-du-service-client-chez-captain-train
Rediscuté en réunion hier avec @aurelBZH, @Cyanael e...@mikael-s, dans #1945 :
> Mettre de l'info dans la webapp, cela fait partie du support. C'est important.
> https://speakerdeck.com/djo/lobsession-du-service-client-chez-captain-train
Rediscuté en réunion hier avec @aurelBZH, @Cyanael et @RyanHerb. Il devrait y avoir de l'aide (discrète) sur beaucoup d'éléments...
On peut débuter en mettant des choses du type :
~~`<span class='help'><a link="user#processing-samples-configs">Configs</a> are set of options to run an analysis program on the sample</span>`~~
-> non, compléter `js/doc.js`, voir ci dessous
Quand on le peut, on fait des liens vers des sections de `doc/user.md` (ici http://www.vidjil.org/doc/user#processing-samples-configs).
Cette tâche se concentre sur la rédaction de ce type liens d'aide pertinent (discussion sur l'implémentation et le rendu: #1945).Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2744Tip of the day : édition et mise en prod2019-08-19T15:28:09+02:00Mathieu GiraudTip of the day : édition et mise en prodAprès #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.Après #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.2017-11-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2735Patients dont on n'a pas le droit d'accès : affectation, autocomplete2017-11-17T12:11:13+01:00Mathieu GiraudPatients dont on n'a pas le droit d'accès : affectation, autocompleteDiscuté avec @RyanHerb et @mikael-s :
- Est-ce qu'un utilisateur lambda peut rééditer un sample et l'affecter à `Demo L3` ? On souhaite que non :-)
- Dans l'upload ou l'édition de sample, est-ce qu'on peut autocompléter vers ce type de...Discuté avec @RyanHerb et @mikael-s :
- Est-ce qu'un utilisateur lambda peut rééditer un sample et l'affecter à `Demo L3` ? On souhaite que non :-)
- Dans l'upload ou l'édition de sample, est-ce qu'on peut autocompléter vers ce type de patient ? Idem, a priori ce n'est pas souhaitable.
- Et que se passe-t-il si on a les droits, mais pas `anon` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2734Gestion des fichiers en cache, notamment en cas de nouveaux fichiers2021-02-09T15:59:31+01:00Mathieu GiraudGestion des fichiers en cache, notamment en cas de nouveaux fichiers
Issue originelle dans #2889.
Cette issue essaie de réduire au maximum le besoin de demander aux usagers de tout recharger.
cc @flothoni
Issue originelle dans #2889.
Cette issue essaie de réduire au maximum le besoin de demander aux usagers de tout recharger.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2729Mieux documenter les droits d'accès et ce qui est anonymisé2017-10-17T17:21:34+02:00Mathieu GiraudMieux documenter les droits d'accès et ce qui est anonymiséLes noms des fichiers Fasta contiennent parfois des données sensibles (et certains s'en servent exprès, #1362), et à plusieurs endroits on peut afficher ce type d'information, même sans droit `anon` #2285 #2725.
@mikael-s disait sur #27...Les noms des fichiers Fasta contiennent parfois des données sensibles (et certains s'en servent exprès, #1362), et à plusieurs endroits on peut afficher ce type d'information, même sans droit `anon` #2285 #2725.
@mikael-s disait sur #2725 :
> c'est déjà un problème pour plein d'endroits puisque dans le `sequence_file.data_file....` le nom du fichier d'origine est encodé en base 16 et qu'on a accès à ce nom un peu partout (bien-sûr c'est moins immédiat en base 16 qu'en plein texte)
et même
> on a évidemment accès au nom du fichier d'origine directement dans l'interface.
Bref, on ne va pas probablement changer cela. Il s'agit donc de :
- mieux documenter dans `doc/user.org` ce que fait le droit `anon`
- de mettre un warning sur ces possibilités de fuite de données en cas de partage de données même sans droit `anon`.
- lier ces sections d'aide depuis le formulaire de changement de droitshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2727Onglet "samples" / Un sample doit-il nécessairement appartenir à un set ?2021-02-17T11:42:18+01:00Mathieu GiraudOnglet "samples" / Un sample doit-il nécessairement appartenir à un set ?Lien surprenant entre #2726 et #2591.
#2591 :
> > @RyanHerb : et fournir une vue des sequence_file "orphelins"
>
> @magiraud : Oui, pour les admins
Ou bien pour les utilisateurs aussi ? Pourquoi un sample devrait-il appartenir à un set...Lien surprenant entre #2726 et #2591.
#2591 :
> > @RyanHerb : et fournir une vue des sequence_file "orphelins"
>
> @magiraud : Oui, pour les admins
Ou bien pour les utilisateurs aussi ? Pourquoi un sample devrait-il appartenir à un set ? Est-ce que quelque chose de plus générique ne serait pas qu'un sample puisse appartenir à 0, 1, 2, 3, ... n sets ?
Dans ce cas, on voit #2726 sous un autre angle : on devrait pouvoir visualiser un seul sample (qu'il soit ou pas dans un ou plusieurs sets). Et on pourrait faire des recherches sur les samples (typiquement de leurs infos), indépendamment de leur sets. Actuellement, c'est un peu difficile de chercher un sample si on ne sait pas dans quel patient/run/set il se trouve.
Le menu "runs / patients / sets" pourrait être alors "runs / patients / sets / samples", l'entrée "samples" remplaçant le "Compare samples", montrant tous les samples (et éventuellement, en option, uniquement les orphelins)... mais cela devrait être clair que la vue "samples" n'est pas du même niveau que les autres.
Confusion ou clarification ?
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2725Pre-process: mettre avant le log la correspondance entre noms serveurs et nom...2022-06-21T14:37:17+02:00Ryan HerbertPre-process: mettre avant le log la correspondance entre noms serveurs et noms des fichiers dans le logAnne ~"Paris-Pitié" pense qu'elle et d'autres commettent parfois des erreurs en chargeant les fichier R1-R2 pour le pré-process PEAR, mais il est difficile de le savoir si l'erreur n'est pas repérée immédiatement. Elle aimerait pouvoir ...Anne ~"Paris-Pitié" pense qu'elle et d'autres commettent parfois des erreurs en chargeant les fichier R1-R2 pour le pré-process PEAR, mais il est difficile de le savoir si l'erreur n'est pas repérée immédiatement. Elle aimerait pouvoir voir le nom des fichiers dans l'output du pré-process.
Je sais que c'est relativement facile à faire, je me posais la question de si ou non celà pouvait ouvrir une faille de sécurité. A priori, je pense que non, car les noms des fichiers sont chiffrés et "salés", mais ne sait on jamais.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2723Avoir des tests fonctionnels sur des jeux de démo complet2024-01-17T14:05:34+01:00Mathieu GiraudAvoir des tests fonctionnels sur des jeux de démo completNous devrions rajouter à la suite de tests algo des jeux complets de Démo #2635 vdj#195 avec une visée clinique. Ces tests pourraient être écrits par / validés avec nos utilisateurs. Ils seraient longs à lancer, et constitueraient un sta...Nous devrions rajouter à la suite de tests algo des jeux complets de Démo #2635 vdj#195 avec une visée clinique. Ces tests pourraient être écrits par / validés avec nos utilisateurs. Ils seraient longs à lancer, et constitueraient un stage après les ~"dev-tests-should-get" classiques.
Discuter au passage avec ~"KIE-Kiel" qui fait déjà des "re-certifications" sur nos releases ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2718Savoir dans quel onglet on se trouve2022-06-21T14:43:10+02:00Mathieu GiraudSavoir dans quel onglet on se trouveAvec `patient`, `runs` et `sets`, on oublie vite dans quel onglet on se trouve et on peut avoir l'impression qu'on ne voit pas des données. Pour les admins c'est pire.
On pourrait marquer par css "l'onglet" actuellement sélectionné.
c...Avec `patient`, `runs` et `sets`, on oublie vite dans quel onglet on se trouve et on peut avoir l'impression qu'on ne voit pas des données. Pour les admins c'est pire.
On pourrait marquer par css "l'onglet" actuellement sélectionné.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2716Plusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sample2023-02-08T12:21:43+01:00Mathieu GiraudPlusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sampleMichael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va enc...Michael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va encore pour un échantillon de diagnostic (et encore), mais, dès qu'on a deux samples, et bien on ne voit plus rien du tout.
- Tagger ces "samples" d'une manière particulière ? Équivaudrait à changer la db pour avoir un truc plus fin que samples. Argh, trop complexe.
- Avoir un pre-process pour combiner `n` samples ?
- Le plus simple serait un `cat`, mais on perd l'info originale. Mais c'est peut-être pas grave ?
- Un pre-process qui ferait un `cat` en ajoutant l'info, et ensuite l'algo tiendrait compte de cela ?
- Et c'est encore plus complexe quand tout peut être R1/R2
(Dans l'autre sens, #1684)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2715Tutorial video / screencast2020-09-18T11:34:19+02:00Mathieu GiraudTutorial video / screencastNikos ~"repseq-Nikos" va préparer des tutoriels vidéos pour ARReST. Cela peut être une très bonne idée.Nikos ~"repseq-Nikos" va préparer des tutoriels vidéos pour ARReST. Cela peut être une très bonne idée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2713Déployer automatiquement les tags par défaut sur une nouvelle installation2022-06-24T14:30:41+02:00Mathieu GiraudDéployer automatiquement les tags par défaut sur une nouvelle installationVoir #2683 et doc/tags.org.Voir #2683 et doc/tags.org.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2711Avoir des tests sur user_group.py2017-11-16T09:06:37+01:00Mikaël SalsonAvoir des tests sur user_group.pyL'issue vdj#494 était due à une variable mal nommée (`g` au lieu de `f`). Cela devrait être détecté par des tests unitaires. Existent-ils (et on n'a pas vu le problème à cause de vdj#495) ou manque-t-il de tests sur ce fichier-là ?L'issue vdj#494 était due à une variable mal nommée (`g` au lieu de `f`). Cela devrait être détecté par des tests unitaires. Existent-ils (et on n'a pas vu le problème à cause de vdj#495) ou manque-t-il de tests sur ce fichier-là ?Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2710Méta-données de démo réalistes, utiliser ci.sql dans les tests, tests unitair...2024-01-25T14:15:00+01:00Mathieu GiraudMéta-données de démo réalistes, utiliser ci.sql dans les tests, tests unitaire qui vérifient vraiment les réponsesJe suis en train de mettre sur `dev` (user `u3`) un jeu de données crédible, notamment avec des tags #2683 un peu cohérents. Essai d'une liste de noms un peu variée, bien que fort occidentale, mais bon, ~"ec-ngs". Voir si, quand ce sera ...Je suis en train de mettre sur `dev` (user `u3`) un jeu de données crédible, notamment avec des tags #2683 un peu cohérents. Essai d'une liste de noms un peu variée, bien que fort occidentale, mais bon, ~"ec-ngs". Voir si, quand ce sera fait, on essaie de récupérer les tags pour une série de screenshots.
```
Florbela Espanca 1894-12-08
Paulina Wilkońska 1815
Camilla Collett 1813-01-23
Διονύσιος Σολωμός 1798-04-08
Vasile Alecsandri 1801-07-21
Sophia Elisabet Brenner 1659-04-29
Marin Držić 1508
老子 6 BCE
Emil Aarestrup 1800-12-04
Božena Němcová 1820-02-04
ابن خلدون (Ibn Khaldoûn), 1332-05-27
Willem Bilderdijk 1756-09-07
Johann Wolfgang Goethe, 1749-08-28
George Sand 1804-02-01
Dante Alighieri 1265
Friedrich von Schiller 1759
Miguel de Cervantes 1547-09-29
Jane Austeen 1775-12-16
```Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2709Support des langages LTR et concaténation de chaînes2017-10-17T08:38:53+02:00Mathieu GiraudSupport des langages LTR et concaténation de chaînesPouvons-nous rentrer un nom de patient en arabe ?
Apparament oui, mais on voit ensuite "خلدون ابن (36)" à la place de "Toto Tata (36)". Voir sur `dev`.Pouvons-nous rentrer un nom de patient en arabe ?
Apparament oui, mais on voit ensuite "خلدون ابن (36)" à la place de "Toto Tata (36)". Voir sur `dev`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2708Ne pas imposer un prénom + nom pour les patients2021-02-19T15:25:10+01:00Mathieu GiraudNe pas imposer un prénom + nom pour les patientsLa création d'un patient ne devrait pas imposer prénom et nom. Cela n'a pas de sens dans certaines cultures, et, de plus, certains hopitaux n'ont pas accès à ces infos et se sentent obligés de mettre deux numéros / infos pipotes.
Un pat...La création d'un patient ne devrait pas imposer prénom et nom. Cela n'a pas de sens dans certaines cultures, et, de plus, certains hopitaux n'ont pas accès à ces infos et se sentent obligés de mettre deux numéros / infos pipotes.
Un patient pourrait avoir au moins un prénom, nom ou ID.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2707Supprimer ou alléger la vérification de format pour les date2017-10-17T08:48:11+02:00Mathieu GiraudSupprimer ou alléger la vérification de format pour les dateÀ la création d'un patient, la vérification du format de la date est trop stricte et empêche d'entrer certaines infos incomplètes, telles que `1943` ou `1943-05`, voire même du texte plus libre.
Voir si cela est pareil pour les samplesÀ la création d'un patient, la vérification du format de la date est trop stricte et empêche d'entrer certaines infos incomplètes, telles que `1943` ou `1943-05`, voire même du texte plus libre.
Voir si cela est pareil pour les sampleshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2700Réduire les différences entre MODE_BAR et MODE_GRID2018-10-03T23:57:38+02:00Mathieu GiraudRéduire les différences entre MODE_BAR et MODE_GRIDY a-t-il des raisons autres qu'historiques qui fait qu'on a tant de différences/recopies entre les deux modes d'affichage ?
- dans `generic_axis.js`, `computeLabels` et `computeBarLabels` sont bien différents (je m'en suis rendu compt...Y a-t-il des raisons autres qu'historiques qui fait qu'on a tant de différences/recopies entre les deux modes d'affichage ?
- dans `generic_axis.js`, `computeLabels` et `computeBarLabels` sont bien différents (je m'en suis rendu compte en essayant de faire #2699, voir !91)
- dans `scatterplot.js`, similarités de codes entre `computeBarTab` utilise `axisX.posBarLabel
Dans `scatterplot.js`, au moment de faire le bar plot, on doit certes avoir une gestion différenciée de l'axe Y. Mais j'ai l'impression que tout ce qui touche l'axe X devrait être identique/générique (et #2394 serait alors naturel). Que ce soit en `BAR` ou en `GRID`, que ce soit en valeurs génériques ou numériques, on peut avoir (ou pas) des valeurs `?`, on a envie d'avoir du `nice_{floor,ceil}` #2699, on peut vouloir (ou pas) zoomer #2431.
cc @RyanHerbWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2696limiter la taille des points représentant les clone dans le scatterplot2017-11-29T15:11:34+01:00Ghost Userlimiter la taille des points représentant les clone dans le scatterplotsuite a la normalisation l'abondance des clones devient superieur a 100% ce qui fait que la taille des clones dans le scatterplot devient énorme.suite a la normalisation l'abondance des clones devient superieur a 100% ce qui fait que la taille des clones dans le scatterplot devient énorme.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2695Parcours des pages de patients fastidieux2019-10-08T18:46:11+02:00Tatiana RocherParcours des pages de patients fastidieuxSur la liste des patients :
Actuellement quand on veut changer de page on a, en bas, une flèche vers la gauche, une autre vers la droite.
Il serait intéressant de faire comme d'autres sites avec l'accès aux pages+2, pages-2, première et ...Sur la liste des patients :
Actuellement quand on veut changer de page on a, en bas, une flèche vers la gauche, une autre vers la droite.
Il serait intéressant de faire comme d'autres sites avec l'accès aux pages+2, pages-2, première et dernière page.
Par exemple, en étant sur la page `5`, on aimerait voir
`1 ... 3 4 5 6 7 ... 15`
@RyanHerb @magiraud @mikael-s