vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-03-07T13:53:34+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2220Séquences productives : codon stop2017-03-07T13:53:34+01:00Mathieu GiraudSéquences productives : codon stopLe but initial de #1824 était de réfléchir sur les codons stops.
C'est fait : closed by 5d910513e par @mikael-s
Voir aussi #2142.
Le but initial de #1824 était de réfléchir sur les codons stops.
C'est fait : closed by 5d910513e par @mikael-s
Voir aussi #2142.
Algo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2221Faire un mock pour window pour les tests QUnit bidouillant l'url2018-02-23T10:04:52+01:00Mathieu GiraudFaire un mock pour window pour les tests QUnit bidouillant l'urlOn aimerait mieux tester `url_obs.js` fait par @aurelBZH, pour être plus robuste par rapport au comportement de QUnit vis-à-vis de l'url.
@RyanHerb propose de faire un "mock". Par exemple un mock de `window`, utilisé dans notre code com...On aimerait mieux tester `url_obs.js` fait par @aurelBZH, pour être plus robuste par rapport au comportement de QUnit vis-à-vis de l'url.
@RyanHerb propose de faire un "mock". Par exemple un mock de `window`, utilisé dans notre code comme `window.history.pushState('plop', 'plop', new_url);` et `window.location`.
Voir par exemple http://stackoverflow.com/questions/14627367/mock-window-location-reload-using-qunit
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2222URL : clones non sélectionnés dans la liste après loadAnalysisURL2017-11-19T22:15:41+01:00Mikaël SalsonURL : clones non sélectionnés dans la liste après loadAnalysisURLLorsqu'on utilise `clone=XX,YY,ZZ` (voir #2097) le modèle est bien chargé et les clones sélectionnés, mais ensuite l'analysis est chargée, et à ce moment là les clones de la liste ne sont plus sélectionnés.
Il semble qu'au chargement de...Lorsqu'on utilise `clone=XX,YY,ZZ` (voir #2097) le modèle est bien chargé et les clones sélectionnés, mais ensuite l'analysis est chargée, et à ce moment là les clones de la liste ne sont plus sélectionnés.
Il semble qu'au chargement de l'analyse (`loadAnalysisURL` dans `model_loader.js`) les différentes vues soient rechargées (recréées ?) et à ce moment-là la fonction addToSegmenter est appelée avant que le segmenteur ait été créé ce qui affiche une erreur dans la console. Pourtant ce n'est pas le segmenteur qui pose problème mais la liste… Sont-ce deux problèmes séparés ?
cc @magiraud @aurelBZH @RyanHerbWeb 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2223LoadAnalysisURL recharge-t-il tout, est-ce bien raisonnable ?2018-02-23T10:04:51+01:00Mikaël SalsonLoadAnalysisURL recharge-t-il tout, est-ce bien raisonnable ?Voir #2222 : il semble que `loadAnalysisURL` dans `model_loader.js` recharge tous les composants, ce qui est peut-être un peu lourd. À vérifier et si besoin à alléger.
cc @magiraud @RyanHerbVoir #2222 : il semble que `loadAnalysisURL` dans `model_loader.js` recharge tous les composants, ce qui est peut-être un peu lourd. À vérifier et si besoin à alléger.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2224Segmentation fault lorsque la représentative est plus courte que la graîne2017-08-28T13:00:13+02:00Mikaël SalsonSegmentation fault lorsque la représentative est plus courte que la graînePas creusé plus que ça mais un commit suit, montrant le problème.
%"Algo 2017.03" ?
cc @magiraudPas creusé plus que ça mais un commit suit, montrant le problème.
%"Algo 2017.03" ?
cc @magiraudAlgo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2225chargement de load analysis à chaque rechargement du model2022-06-20T16:51:39+02:00Ghost Userchargement de load analysis à chaque rechargement du modelissue liée aux issues #2222 #2223 Dans le model_loader dès que le model est chargé a l'aide de loadDataUrl loadDataAnalysis est appelé meme en l'absence de fichier .analysis .
le test :
`callback = typeof callback !== 'undefined' ? ...issue liée aux issues #2222 #2223 Dans le model_loader dès que le model est chargé a l'aide de loadDataUrl loadDataAnalysis est appelé meme en l'absence de fichier .analysis .
le test :
`callback = typeof callback !== 'undefined' ? callback : function(){self.loadAnalysisUrl(url)}`
ne semble pas fonctionner .https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2226Open patient list ne fonctionne plus2017-05-22T15:25:32+02:00Mikaël SalsonOpen patient list ne fonctionne plusSur app, aller sur un patient et dans le menu `patients` cliquer sur `open patient list` → erreur 404 dans la console.
cc @magiraud @RyanHerbSur app, aller sur un patient et dans le menu `patients` cliquer sur `open patient list` → erreur 404 dans la console.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2227Cachez ce clone que je ne saurais voir2017-03-22T14:40:41+01:00Mathieu GiraudCachez ce clone que je ne saurais voirOn pourrait avoir un bouton "hide" (par exemple à côté de "focus") qui cacherait les clones sélectionnés.
Cela serait en particulier très pratique pour explorer un histogramme avec certains clones dominants.
cc @mikael-s @flothoniOn pourrait avoir un bouton "hide" (par exemple à côté de "focus") qui cacherait les clones sélectionnés.
Cela serait en particulier très pratique pour explorer un histogramme avec certains clones dominants.
cc @mikael-s @flothoniWeb 2017.03Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2228Déplacer focus et hide dans model.js, et les tester2017-03-15T16:38:40+01:00Mathieu GiraudDéplacer focus et hide dans model.js, et les testerSuite à #2227.
Voir #2201.Suite à #2227.
Voir #2201.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2229Tests fonctionnels client2017-11-18T12:30:32+01:00Mathieu GiraudTests fonctionnels clientLes tests ne passent plus. Est-ce suite au merge de #2176 ?
```
17:38:46 1) Failure:
17:38:46 TestLoadingAnalysis#test_00_name [test_loading_analysis.rb:15]:
17:38:46 Expected false to be truthy.
17:38:46
17:38:46
17:38:46 2) Fail...Les tests ne passent plus. Est-ce suite au merge de #2176 ?
```
17:38:46 1) Failure:
17:38:46 TestLoadingAnalysis#test_00_name [test_loading_analysis.rb:15]:
17:38:46 Expected false to be truthy.
17:38:46
17:38:46
17:38:46 2) Failure:
17:38:46 TestLoadingAnalysis#test_00_order [test_loading_analysis.rb:24]:
17:38:46 Expected false to be truthy.
```
cc @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2230Seuil provisoire pour les D, e-valeur2017-03-14T09:41:45+01:00Mathieu GiraudSeuil provisoire pour les D, e-valeurSolution temporaire pour #1879, pour %"Algo 2017.03"Solution temporaire pour #1879, pour %"Algo 2017.03"Algo 2017.03Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2231Le :hover sur les histogrammes reste trop longtemps2021-11-23T16:55:16+01:00Mathieu GiraudLe :hover sur les histogrammes reste trop longtempsQuand on passe en :hover en `MODE_BAR`, tout le rectangle est noir, mais il le reste un peu trop longtemps après qu'on ait quitté le :hover (contrairement au `MODE_GRID` où la bulle revient tout de suite en couleur)
cc @RyanHerb @mikael-sQuand on passe en :hover en `MODE_BAR`, tout le rectangle est noir, mais il le reste un peu trop longtemps après qu'on ait quitté le :hover (contrairement au `MODE_GRID` où la bulle revient tout de suite en couleur)
cc @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2232Tagguer le IGH D7-27-0/92/0-J1 non recombiné d'une manière particulière2023-08-14T17:11:26+02:00Mathieu GiraudTagguer le IGH D7-27-0/92/0-J1 non recombiné d'une manière particulièreOn a reparlé des D7-J1 lors de la discussion avec ~"Paris-Pitié". Y aurait-il une manière de tagguer ces séquences ? Directement via le ~cpp, qui mettrait un `warning` affiché dans le client ?
Se feriat par une nouvelle germline non rec...On a reparlé des D7-J1 lors de la discussion avec ~"Paris-Pitié". Y aurait-il une manière de tagguer ces séquences ? Directement via le ~cpp, qui mettrait un `warning` affiché dans le client ?
Se feriat par une nouvelle germline non recombinée #1724 (avec la question de la priorité par rapport à l'heuristique habituelle ?)
cc @mikael-s @flothoni
(au passage, #1548 parlait aussi de D7-J1)Algo 2018.08Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2233Avoir un rapport plus générique2022-05-12T11:42:47+02:00Mathieu GiraudAvoir un rapport plus génériqueÉvoqué avec ~"Paris-Pitié"
En particulier pour mettre des informations de qualité
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-sÉvoqué avec ~"Paris-Pitié"
En particulier pour mettre des informations de qualité
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2234Éditer les samples sets d'un sample : ajouter, supprimer une association à un...2019-03-11T15:05:07+01:00Mikaël SalsonÉditer les samples sets d'un sample : ajouter, supprimer une association à un setSi on fait une erreur et qu'on met le fichier dans le mauvais sample set, il faut pouvoir le déplacer. Là on doit supprimer puis réuploader, c'est lourd.Si on fait une erreur et qu'on met le fichier dans le mauvais sample set, il faut pouvoir le déplacer. Là on doit supprimer puis réuploader, c'est lourd.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2235Statistiques sur l'ensemble des patients/runs/groupe d'échantillon (vue génér...2018-09-14T12:08:00+02:00Mathieu GiraudStatistiques sur l'ensemble des patients/runs/groupe d'échantillon (vue générique)Discussion avec ~"Paris-Pitié" .
Un tableau récapitulatif d'un ensemble de samples.
Déjà pour ~"bio-control" (assurance qualité), mais aussi de l'interprétation de résultats.
Voir aussi #1644
cc @mikael-s @RyanHerbDiscussion avec ~"Paris-Pitié" .
Un tableau récapitulatif d'un ensemble de samples.
Déjà pour ~"bio-control" (assurance qualité), mais aussi de l'interprétation de résultats.
Voir aussi #1644
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2236Faut-il afficher 1000 clones dans le client sur un échantillon ?2019-04-08T14:18:32+02:00Mathieu GiraudFaut-il afficher 1000 clones dans le client sur un échantillon ?Discussion originale et plus fine dans #1382, depuis au moins début 2016.
Réévoqué ce matin avec ~"Paris-Pitié".
On souhaiterait afficher au plus 1000 clones (même sur un échantillon, même sur un seul système, typiquement `IGH` pour ~"b...Discussion originale et plus fine dans #1382, depuis au moins début 2016.
Réévoqué ce matin avec ~"Paris-Pitié".
On souhaiterait afficher au plus 1000 clones (même sur un échantillon, même sur un seul système, typiquement `IGH` pour ~"bio-CLL" ), et que cela ne rame pas. Indépendamment de #1382, cette tâche (uniquement ~client) réfléchit sur la pertinence d'afficher plus de clones.
cc @mikael-s @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2237Pas de README pour l'installation algo ?2017-03-15T16:38:40+01:00Mathieu GiraudPas de README pour l'installation algo ?Mika, de ~"Paris-Pitié" , a fait remonter ce matin que ce n'était pas facile d'installer. Quand on ouvre le `.tar.gz`, pas de `README` ?
(Je croyais qu'il venait du `doc/algo.org`)
cc @mikael-sMika, de ~"Paris-Pitié" , a fait remonter ce matin que ce n'était pas facile d'installer. Quand on ouvre le `.tar.gz`, pas de `README` ?
(Je croyais qu'il venait du `doc/algo.org`)
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2238Avoir une doc au format manpage pour le paquet algo2017-12-13T07:22:14+01:00Ryan HerbertAvoir une doc au format manpage pour le paquet algoOn pourrait avoir une man page qui s'installe avec le paquet debian de l'algo.
https://liw.fi/manpages/On pourrait avoir une man page qui s'installe avec le paquet debian de l'algo.
https://liw.fi/manpages/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2239`-y all`: on devrait avoir les séquences consensus dans `.vdj.fa`2017-03-29T19:45:07+02:00Mathieu Giraud`-y all`: on devrait avoir les séquences consensus dans `.vdj.fa`Vu à l'occasion d'une démo ce matin avec ~"Paris-Pitié".
Sur Stanford S22, ajouter `-y all -z 5`. On s'attend à avoir les représentatives pour toutes les séquences dans `out/xxxxx.vdj.fa`.
Il semblerait que ce ne soit pas le cas, qu'il...Vu à l'occasion d'une démo ce matin avec ~"Paris-Pitié".
Sur Stanford S22, ajouter `-y all -z 5`. On s'attend à avoir les représentatives pour toutes les séquences dans `out/xxxxx.vdj.fa`.
Il semblerait que ce ne soit pas le cas, qu'il s'arrête au `-z 5` et qu'on a ensuite uniquement les fenêtres. À vérifier.
cc @mikael-sAlgo 2017.03