vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-12-03T08:52:30+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3685algo: sortir {} dans le .vidjil quand il n'y a pas de clones2019-12-03T08:52:30+01:00Mathieu Giraudalgo: sortir {} dans le .vidjil quand il n'y a pas de clonesSuite à #3555 / !329
Sortir `clones: {}` au lieu de `clones: null`.
Suite à #3555 / !329
Sortir `clones: {}` au lieu de `clones: null`.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3677Axe "qualité moyenne"2019-01-15T12:26:39+01:00Mathieu GiraudAxe "qualité moyenne"Indépendamment de #2313, on pourrait avoir dès maintenant un axe "average quality over id window" (très vidjil-algo + config par défaut dépendant). Relativement facile... mais ne serait-ce pas piégeux ?
Après #1148, on pourrait avoir un...Indépendamment de #2313, on pourrait avoir dès maintenant un axe "average quality over id window" (très vidjil-algo + config par défaut dépendant). Relativement facile... mais ne serait-ce pas piégeux ?
Après #1148, on pourrait avoir un autre axe.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3664Deux réglages distincts de normalisation2019-01-08T13:29:48+01:00Mathieu GiraudDeux réglages distincts de normalisationEn poussant https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3645#note_141056, on pourrait avoir deux réglages distincts : l'un qui active ou non `normalized_reads` (un préprocess externe a normalisé certaines familles), l'autre qui permet d...En poussant https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3645#note_141056, on pourrait avoir deux réglages distincts : l'un qui active ou non `normalized_reads` (un préprocess externe a normalisé certaines familles), l'autre qui permet de fixer un "expected".
Cela pourrait être en particulier utile si le préprocess n'a touché qu'à certains clones et qu'on souhaite re-normaliser derrière.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3663Bikeshedding normalisation2022-04-25T16:58:09+02:00Mathieu GiraudBikeshedding normalisationAprès !378 :
- libellé exact des menus
- icône
Je m'en occuperai la semaine prochaineAprès !378 :
- libellé exact des menus
- icône
Je m'en occuperai la semaine prochainehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3657Pouvoir selectionner le clone support consensus lors d'un merge2018-12-12T11:45:40+01:00Thonier FlorianPouvoir selectionner le clone support consensus lors d'un merge~lille me fait part d'un problème lors d'un merge de multiples séquences.
source : https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/?set=33007&config=35
Ils ont 10 clones qui sont identiques à part des G dans des stretchs d'homopolymères.
Le s...~lille me fait part d'un problème lors d'un merge de multiples séquences.
source : https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/?set=33007&config=35
Ils ont 10 clones qui sont identiques à part des G dans des stretchs d'homopolymères.
Le souci est qu'ils n'arrivent pas à voir leur clones mergés comme productifs. Pourtant, si on fait le `color-by productif`, nous avons 4 clones productifs qui représentent 51.4% des reads du clone mergé. Mais malheureusement, nous avons un clone majoritaire à 31%, non productif, qui sert de support à la séquence/clone consensus.
Afin d'y remédier, nous pourrions proposer de choisir le clone qui servira de support consensus.
Je ne sais pas si c'est faisable/souhaitable.
ping @magiraud @mikael\-s @Aureliehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3650How does the user see the normalized_reads field?2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudHow does the user see the normalized_reads field?Raised by @meidanis on #3645.
(We do not directly display `normalized_reads`, but ratios computed with this number, and depending on what is selected)
We could have something like `(17 reads (0.19%), 18.5 normalized (0.23%))` that coul...Raised by @meidanis on #3645.
(We do not directly display `normalized_reads`, but ratios computed with this number, and depending on what is selected)
We could have something like `(17 reads (0.19%), 18.5 normalized (0.23%))` that could be shown on the detailed information window, but we definitely need a short version.
It could be (17 reads is the actual number of reads, 0.23% is the ratio computed with `normalized_reads`):
- `17 reads (0.23%)`
- `17 reads (0.23%N)`
- `17 reads (0.23)`
Note that most of the people that will use this feature will probabibly always have normalized reads (even with #3648). It's probably better not to disturb them with too many information and to show them something simple.
cc @mikael\-s @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3623Coûts environnementaux et économiques d'un serveur Vidjil2022-06-16T11:25:26+02:00Mathieu GiraudCoûts environnementaux et économiques d'un serveur VidjilEst-ce le CPU, le disque, le réseau qui est dominant ? Quel ordre de grandeur ?
Aiderait à préciser l'importance de #3397.Est-ce le CPU, le disque, le réseau qui est dominant ? Quel ordre de grandeur ?
Aiderait à préciser l'importance de #3397.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3616to IMGT quand pas de CDR32019-06-05T08:12:54+02:00Mathieu Giraudto IMGT quand pas de CDR3Vu par ~"LIL\-Lille" une fois : un clone sans CDR3, cliquer sur le triangle "to IMGT", mouline et bloque. Pas sûr que ce soit reproductible.Vu par ~"LIL\-Lille" une fois : un clone sans CDR3, cliquer sur le triangle "to IMGT", mouline et bloque. Pas sûr que ce soit reproductible.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3615Axes 'hide': les faire apparaître à certains moments ?2018-11-07T16:37:15+01:00Mathieu GiraudAxes 'hide': les faire apparaître à certains moments ?Au moins `VIdentity-IMGT` devrait être disponible quand on a des données à afficher.
(les afficher toujours ? bof, on risque de ne pas comprendre)Au moins `VIdentity-IMGT` devrait être disponible quand on a des données à afficher.
(les afficher toujours ? bof, on risque de ne pas comprendre)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3613Rajouter Demo-X5 au menu file des environnements de review2018-11-07T14:17:35+01:00Mathieu GiraudRajouter Demo-X5 au menu file des environnements de reviewhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3611Signaler à l'utilisateur que son fichier FAILED a un soucis2018-11-12T15:34:08+01:00Mathieu GiraudSignaler à l'utilisateur que son fichier FAILED a un soucis@flothoni vdj#754 :
> il semble qu'il y ai beaucoup de fichiers `fastq.gz` qui n'en sont pas. (corrompu ou bien un autre format).
Est-ce que l'utilisateur est au courant ? Normalement il clique sur `FAILED` et il y a un message clair d...@flothoni vdj#754 :
> il semble qu'il y ai beaucoup de fichiers `fastq.gz` qui n'en sont pas. (corrompu ou bien un autre format).
Est-ce que l'utilisateur est au courant ? Normalement il clique sur `FAILED` et il y a un message clair dans la fenêtre de log, est-ce bien cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3604vmi et info : X5 sur deux lignes au lieu de trois2018-11-02T10:45:08+01:00Mathieu Giraudvmi et info : X5 sur deux lignes au lieu de troisDiscuté avec @RyanHerb, probablement vient de `flex`.
~"priority\-1\-low" car a priori n'affecte que des cas particuliers type Demo X5.Discuté avec @RyanHerb, probablement vient de `flex`.
~"priority\-1\-low" car a priori n'affecte que des cas particuliers type Demo X5.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3597"make demo", LIL-L4 et "make release"2020-03-11T11:56:59+01:00Mathieu Giraud"make demo", LIL-L4 et "make release"`demo/get-sequences` récupère S22... mais aussi LIL-L4, bien plus volumineux. Cela peut bloquer pour une connexion faible.
Or il me semble bien que nos tests actuels ne demandent pas LIL-L4.
(On devrait en avoir, #2723.)
... ah si, `vi...`demo/get-sequences` récupère S22... mais aussi LIL-L4, bien plus volumineux. Cela peut bloquer pour une connexion faible.
Or il me semble bien que nos tests actuels ne demandent pas LIL-L4.
(On devrait en avoir, #2723.)
... ah si, `vidjil-h-examples-should.get` fait `sed 's/demo.LIL-L4/-X 1000 demo\/LIL-L4/'`
Bref actuellement on fait télécharger beacoup de données qui ne servent pas forcément.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3596Intéractions des vues avec VMI2020-11-03T15:37:39+01:00Ryan HerbertIntéractions des vues avec VMIUn inventaire des problèmes que j'ai découverts dans les intéractions avec VMI:
- [x] Le séparateur des plots ne fonctionne plus (l'ordre des divs dans `visu-container` change.
- [ ] Le séparateur n'est aussi pas compatible avec des `m...Un inventaire des problèmes que j'ai découverts dans les intéractions avec VMI:
- [x] Le séparateur des plots ne fonctionne plus (l'ordre des divs dans `visu-container` change.
- [ ] Le séparateur n'est aussi pas compatible avec des `media queries` pour cacher un plot lorsqu'on a peu de place.
- [x] Les plots et graphe ne se redimensionnent pas quand on les déplace vers un autre panel (il faut appeler `resize()`).
- [ ] Ajouter une view au segmenteur provoque des problèmes (liés au `position: absolute`, ça occupe trop de place et ça cache trop de choses.
- [x] La vue info ne s'adapte pas bien lorsqu'il y a plus de largeur disponible.
- [x] La liste de clones nécessite un container avec `display: flex; flex-flow: column`, sinon elle perd toute sa hauteur.
- [x] Mettre la liste dans `visu-container` avec les bonnes propriétés pour lui donner sa hauteur ne fonctionne pas (la vue info fonctionne).
- ~~[ ] Le segmenteur perd ses factultés d'expansion en dehors de son container (puisque ce n'est pas une propriété du segmenteur, mais du container)~~
- ~~[ ] Le segmenteur n'occupe pas toute sa largeur dans un container `display: flex; flex-flow: column`~~https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3589Termiinal web sur les environnements Docker2024-01-18T11:02:30+01:00Mathieu GiraudTermiinal web sur les environnements DockerDispo depuis 11.4 :
https://docs.gitlab.com/ee/ci/interactive_web_terminal/
Pourrait être intéressant pour débugguer des tests qui ne passent pas.
cc @RyanHerbDispo depuis 11.4 :
https://docs.gitlab.com/ee/ci/interactive_web_terminal/
Pourrait être intéressant pour débugguer des tests qui ne passent pas.
cc @RyanHerbDev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3582Utiliser mysql 8 pour notre image Docker un jour ?2024-01-19T12:38:57+01:00Ryan HerbertUtiliser mysql 8 pour notre image Docker un jour ?J'ai fait quelques essais avec `mysql:8.0.12`:
- Il faut changer `docker/mysql/create_db.sql` -> `SET PASSWORD for vidjil='rootpass'`
- modifier le docker-compose.yml (biensûr :-) )
Le container charge, et la base de données est créé,...J'ai fait quelques essais avec `mysql:8.0.12`:
- Il faut changer `docker/mysql/create_db.sql` -> `SET PASSWORD for vidjil='rootpass'`
- modifier le docker-compose.yml (biensûr :-) )
Le container charge, et la base de données est créé, et l'utilisateur a le bon mot de passe.
En revanche, il y a un problème avec la connection à distance.
En ouvrant un bash sur le container (`docker exec -it docker_mysql_1 bash`), je peux me connecter à la base de données (`mysql -u vidjil -p vidjil`) sans problème. Mais l'instance web2py n'arrive pas à se connecter.
Je pense que le problème est lié à [ceci](https://github.com/docker-library/mysql/issues/454) (donc une méthode d'authentification dépréciée dans la dernière version de mysql).
J'ai testé la dernière version de `mariadb` (ce que j'utilise sur ma machine perso), et il n'y a pas de problème, car ils n'ont pas récemment abandonné certaines méthodes comme `mysql` l'a fait. Mais je ne sais pas vraiment s'il y a un intéret réel à utiliser `mariadb 10.X` plutôt que `mysql 5.7`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3581Mirroring vers Github ?2020-01-22T11:07:15+01:00Mikaël SalsonMirroring vers Github ?Certaines personnes clone le dépôt Github plutôt que le Gitlab.
Gitlab permet de faire du mirroring (et en ne prenant que les branches protégées si on veut). Est-ce qu'on ferait cela pour rester à jour sur Github ?Certaines personnes clone le dépôt Github plutôt que le Gitlab.
Gitlab permet de faire du mirroring (et en ne prenant que les branches protégées si on veut). Est-ce qu'on ferait cela pour rester à jour sur Github ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3580Étendre le warning W69 à des scores proches à une p-valeur près2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudÉtendre le warning W69 à des scores proches à une p-valeur près@flothoni, dans !333 :
> En revanche, dès un nt d'écart, on n'a plus de warning.
Oui.
@mikael\-s, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3575#note_126449:
> idéalement quand on a des scores suffisamment proches… mais plus ...@flothoni, dans !333 :
> En revanche, dès un nt d'écart, on n'a plus de warning.
Oui.
@mikael\-s, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3575#note_126449:
> idéalement quand on a des scores suffisamment proches… mais plus difficile à définir
Serait-ce des calculs similaires à !268 ?
En tout cas ~"priority\-1\-low", on peut déjà expérimenter un peu ce que donne le W69 et en reparler dans quelques temps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3579Rafraîchir automatiquement la page de la DB pour voir la progression des jobs.2018-11-21T12:16:51+01:00Mathieu GiraudRafraîchir automatiquement la page de la DB pour voir la progression des jobs.Quand on est sur une page de sample, il serait pertinent qu'il y ait un reload (ou un AJAX) pour mettre à jour le statut des jobs. Tous les 20-30 secondes serait suffisant.
J'ai l'impression qu'on en avait parlé il y a longtemps, peut-ê...Quand on est sur une page de sample, il serait pertinent qu'il y ait un reload (ou un AJAX) pour mettre à jour le statut des jobs. Tous les 20-30 secondes serait suffisant.
J'ai l'impression qu'on en avait parlé il y a longtemps, peut-être un doublon.
C'est peut-être complexe si on ne sait pas si l'utilisateur a modifié des choses sur la page.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3576Page de connexion sur serveurs externes2021-02-09T18:14:05+01:00Mathieu GiraudPage de connexion sur serveurs externes"You can request an account on this server", et cela ouvre un mail pour support@vidjil.org.
A priori pas de soucis, mais ce serait bien d'avoir au moins le FQDN du serveur pour qu'on renvoie vers la bonne personne."You can request an account on this server", et cela ouvre un mail pour support@vidjil.org.
A priori pas de soucis, mais ce serait bien d'avoir au moins le FQDN du serveur pour qu'on renvoie vers la bonne personne.