vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-07-12T10:07:54+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1461mettre une rangée d'étoiles dans le .info_color et dans le menu "filter" pour...2018-07-12T10:07:54+02:00Vidjil Teammettre une rangée d'étoiles dans le .info_color et dans le menu "filter" pour les tagsLes carrés des tags se confondent trop avec ceux des locus (oui je sais, c'est ma faute, j'ai réduit leur taille).
Mettre des étoiles partout serait cohérent.
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@DuezLes carrés des tags se confondent trop avec ceux des locus (oui je sais, c'est ma faute, j'ai réduit leur taille).
Mettre des étoiles partout serait cohérent.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1459Rajouter des tests watir2017-11-18T12:31:19+01:00Vidjil TeamRajouter des tests watirMikaël: "Il n'y a plus qu'à rajouter des tests. Je ne vois rien qui s'y oppose. Au contraire le commit 3915c6c (par exemple) montre bien en quoi des tests navigateurs sont indispensables."
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Marc en avait un très mauvais souvenir, à vo...Mikaël: "Il n'y a plus qu'à rajouter des tests. Je ne vois rien qui s'y oppose. Au contraire le commit 3915c6c (par exemple) montre bien en quoi des tests navigateurs sont indispensables."
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Marc en avait un très mauvais souvenir, à voir si c'est mieux depuis les derniers commits :)
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Je ferme les tâches qui disent "il faut plus de tests". Ce n'est pas assez précis.
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1457Scatterplot : histo, respecter les systèmes sélectionnés2016-11-29T14:36:34+01:00Vidjil TeamScatterplot : histo, respecter les systèmes sélectionnésSur 'histo, on a toujours tous les systèmes.
La règle devrait être comme pour la grid : on affiche tout si c'est possible (abundance, N length...), mais s'il y a un V/J gene / allele, alors les autres systèmes restent sagement dans leur ...Sur 'histo, on a toujours tous les systèmes.
La règle devrait être comme pour la grid : on affiche tout si c'est possible (abundance, N length...), mais s'il y a un V/J gene / allele, alors les autres systèmes restent sagement dans leur coin
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1455Scatterplot : transition histo > grid2016-11-29T14:36:33+01:00Vidjil TeamScatterplot : transition histo > gridLa transition grid > histo se fait bien, par contre, dans l'autre sens, c'est coupé et on ne suit pas les bars devenir des bulles.
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Vraiment beaucoup mieux.
Il reste un micro détail : lors de bar > grid, les axes se mettent à jour à l...La transition grid > histo se fait bien, par contre, dans l'autre sens, c'est coupé et on ne suit pas les bars devenir des bulles.
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Vraiment beaucoup mieux.
Il reste un micro détail : lors de bar > grid, les axes se mettent à jour à la fin.
C'est plus joli au début, comme dans grid > bar.
Je n'ai pas osé changer au hasard l'ordre des instructions dans changeSplitMethod :-)
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ok
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1449Afficher les .affects dans le browser2016-11-29T14:36:28+01:00Vidjil TeamAfficher les .affects dans le browserVu ce que Marc a mis en place pour le CDR3, cela devrait être facile d'afficher des .affects sur les séquences , type :
+H+H _ _ _ +K _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ +h+h+h+h+h
Est-ce que le truc fonctionnerait ...Vu ce que Marc a mis en place pour le CDR3, cela devrait être facile d'afficher des .affects sur les séquences , type :
+H+H _ _ _ +K _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ +h+h+h+h+h
Est-ce que le truc fonctionnerait si on met plusieurs features "H" dans une même séquence ?
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- côté cpp:
- Lorsque l'option '-K' est mise, mettre aussi les .affects dans le json .vidjil ... (en debug, typiquement avec -X 100)
- et sinon, on pourrait aussi le faire par défaut pour les séquences FineSegmentées... ou avec option ?
- côté .js : à voir
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On discute de cela jeudi matin
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- côté .js : c'est bon. 35cd4fe8
Il suffit de mettre dans le .vidjil un { start:"0", stop:"xxx", seq:" ") avec la séquence des affects (un seul caractère, pas deux, tant pis pour le +/-).
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C'est parfait ainsi. Un bon jeu d'options est ainsi -!KAX 100 -1 -k 10, comme dans la config 'debug-100-k10' sur rbx.
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1443ajouter les tests fonctionnels dans make release_browser2017-11-18T12:29:30+01:00Vidjil Teamajouter les tests fonctionnels dans make release_browseril faut au moins doc/analysis_example... (à mettre plutôt dans data ?)
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@nobodyil faut au moins doc/analysis_example... (à mettre plutôt dans data ?)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1422axis: mécanisme générique2016-11-29T14:36:06+01:00Vidjil Teamaxis: mécanisme génériqueEn ajoutant l'axe SequenceLength dans axis.js (b2b2260), j'ai furieusement copié Nlength.
J'ai l'impression qu'il y avait un mécanisme générique de prévu ("custom"), mais il n'a pas l'air utilisé. En tout cas cela vaudrait le coup, surt...En ajoutant l'axe SequenceLength dans axis.js (b2b2260), j'ai furieusement copié Nlength.
J'ai l'impression qu'il y avait un mécanisme générique de prévu ("custom"), mais il n'a pas l'air utilisé. En tout cas cela vaudrait le coup, surtout si on rajoute d'autres axes.
***
merci Marc
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1419Icône "x" pour déselectionner un clone dans le segmenter2016-11-29T14:36:04+01:00Vidjil TeamIcône "x" pour déselectionner un clone dans le segmenterActuellement, cliquer sur un clone dans le segmenter le déselectionne. C'est un peu trop rapide (surtout si on a beaucoup de clones sélectionnés, on le fait par erreur, ce n'est pas facile de le retrouver). Cela pourrait être plus explic...Actuellement, cliquer sur un clone dans le segmenter le déselectionne. C'est un peu trop rapide (surtout si on a beaucoup de clones sélectionnés, on le fait par erreur, ce n'est pas facile de le retrouver). Cela pourrait être plus explicite, par exemple avec une icône type "x" à côté du nom du clone, ou un clic droit (mais on n'utilise pas de clic droit ailleurs, cohérence ?)
De plus, cela libère le clic simple pour faire d'autres choses si besoin.
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e4b0308
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1417Segmenter : pouvoir faire "undo" sur l'align2016-11-29T14:36:03+01:00Vidjil TeamSegmenter : pouvoir faire "undo" sur l'align(Yann, 10 février)
Quand on clique sur "align", on n'est pas toujours content du résultat. On aimerait pouvoir annuler cela, le plus simple étant de recliquer sur "align"
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678f755
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@Duez(Yann, 10 février)
Quand on clique sur "align", on n'est pas toujours content du résultat. On aimerait pouvoir annuler cela, le plus simple étant de recliquer sur "align"
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678f755
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1414export csv: mettre les pourcentages par système2016-11-29T14:36:00+01:00Vidjil Teamexport csv: mettre les pourcentages par système(Yann, 10 février)
Dans le .csv, on souhaiterait avoir les mêmes infos que dans les rapports
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(et dans le fasta aussi...)
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e8d2913. Pourcentages en vrac dans une colonne, mais au moins ils sont là.
***
@Duez(Yann, 10 février)
Dans le .csv, on souhaiterait avoir les mêmes infos que dans les rapports
***
(et dans le fasta aussi...)
***
e8d2913. Pourcentages en vrac dans une colonne, mais au moins ils sont là.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1409Exporter depuis le C++ les 3/5 meilleurs V(D)J2018-10-17T16:53:20+02:00Vidjil TeamExporter depuis le C++ les 3/5 meilleurs V(D)JVoir #1408Voir #1408Algo 2018.09Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1407Colonne "Last login" dans le tableau "Users"2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamColonne "Last login" dans le tableau "Users"Ce serait pratique de savoir quand se sont loggués nos utilisateurs pour la dernière fois
***
(et de pouvoir trier par cette colonne)
***
pas évident: nécessite une implémentation personalisée de la méthode de login
***
ok, pas grave
***...Ce serait pratique de savoir quand se sont loggués nos utilisateurs pour la dernière fois
***
(et de pouvoir trier par cette colonne)
***
pas évident: nécessite une implémentation personalisée de la méthode de login
***
ok, pas grave
***
Au temps pour moi, table auth_event permet de le savoir.
***
Excellent !
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1405C++11 : Jenkins et ses slaves, Travis2017-09-08T19:06:57+02:00Vidjil TeamC++11 : Jenkins et ses slaves, TravisPour l'instant tous les dév C++11 sont sur la branche c++11.
Avant de passer sur master, il faudra que nos systèmes d'intégration continue prennent tout cela...
... et ce n'est pas si facile: par exemple, sur Travis, le gcc par défaut ...Pour l'instant tous les dév C++11 sont sur la branche c++11.
Avant de passer sur master, il faudra que nos systèmes d'intégration continue prennent tout cela...
... et ce n'est pas si facile: par exemple, sur Travis, le gcc par défaut est 4.6
Voir http://gearchicken.com/wordpress/?p=105
***
(copié depuis tâche C++11)
Mikaël : CentOS 6 (maintenue jusqu'en 2017) embarque gcc 4.4 qui a un support limité de C++11 (pas de lambda fonctions par exemple) : https://gcc.gnu.org/gcc-4.4/cxx0x_status.html
Mathieu: Oui... et on trouvera plein d'autres systèmes stables sans bon support C++11. Je propose qu'on ne revienne pas sur la décision : on va basculer sur C++11. Par contre, il faut trouver un moyen correct d'avoir notre intégration continue.
Trois solutions :
- on arrive à installer un gcc correct sur CentOS 6 : http://www.necessaryandsufficient.net/2014/07/c11-on-centos/
- on met plutôt un slave CentOS 7
- on enlève CentOS des slaves !
***
Comment détecter s'il faut passer l'option -std=c++0x ou -std=c++11 au compilateur et le mettre automatiquement dans le Makefile ? Sur les différents slaves on n'aura pas forcément les mêmes versions des compilateurs (et ce n'est pas nécessairement souhaitable). Alors on pourrait, dans la config de Jenkins, mettre une option à la main. Mais ce n'est pas super portable et ça nécessite que l'utilisateur sache s'il doit passer l'option c++0x ou c++11 ce qui n'est pas gagné d'avance…
***
Bien sûr les autotools font ça :)
***
Travis: bbb0de1, 3ca2a73
***
Mmm... si tu veux faire du autotoools (autoconf suffit ?), vas-y sur une autre tâche...
Notons que, sur un système très (trop) récent, il n'y a besoin d'aucun flag, héhé.
***
Sans mettre une option à la main, on ne peut pas tout simplement définir la variable d'environnement CXXFLAGS à la main sur chaque slave une fois pour toute ? Oui c'est manuel, mais de toute façon l'installation d'un bon gcc est aussi manuelle...
***
Sur quel système récent il n'y a pas besoin de flag ? Pour gcc 9.2 (dernière version stable), il faut toujours le flag. La version par défaut est c++98.
La variable d'environnement solutionnerait le problème pour les slaves mais pas pour les utilisateurs extérieurs utilisant le programme (savoir compiler un programme ne veut pas dire savoir quelle option passer à gcc).
L'utilisation d'autotools était une boutade. Mais c'est vrai que si on peut utiliser autoconf seul ça pourrait être intéressant : ce n'est pas la seule dépendance qu'on a (zlib, c++11, unzip, wget, tar).
Pour la gestion du flag C++11, une piste peut être de tester la version de gcc dans le Makefile : http://stackoverflow.com/a/5188472/1192742
***
Le module json n'a pas seulement besoin de C++11 mais d'un gcc >= 4.8 (mars 2013). L'inconvénient c'est que c'est très récent, l'avantage c'est que l'option de compilation est forcément -std=c++11
***
Remonté. Bloquant pour parser C+11.
***
(aïe, Travis est sur gcc 4.6.3 pour l'instant)
***
non, c'est bon, sur la branche c++11-new Travis est bien sur 4.8.1
***
Ubuntu 12.04 : c'est bon !
En s'inspirant de http://askubuntu.com/questions/271388/how-to-install-gcc-4-8
```
sudo apt-get install python-software-properties
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test
sudo apt-get update
sudo apt-get install gcc-4.8 g++-4.8
### sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.8 50 ### pas fait !
```
puis
make CXX=g++-4.8
(ou make CXX=g++-4.8 CXXFLAGS="-std=c++11" si on a enlevé d19e410)
Les tests should passent (après enlevage de compilation, les flags ne passent pas dans make test)
***
Les derniers développements de Marc (parser, puis matrice distance) ont lieu sur c++11-new. Il faut merger à un moment.
Proposition :
- la release 2015.06 sera la dernière non - c++11
- en contrepartie, on va diffuser ensuite des binaires
(- et... si on y tient, on pourrait toujours backporter des bugs sur 2015.06)
Implémentation :
- juste après la release 2015.06, on merge c++11-new.
- cela cassera certains slaves, on verra ce que l'on fait. Installer g++-4.8 dessus ou... supprimer des slaves. On supporte au moins les deux LTS Ubuntu en service, et on arrivera bien à supporter quelques autres.
***
« juste après la release 2015.06, on merge c++11-new. »
Non. Ne garder que des slaves ubuntu a peu d'intérêt. C'est la diversité qui apporte de l'intérêt et permet de débusquer des bugs. Ça nous est arrivés plusieurs fois d'avoir certains slaves qui plantent mais pas tous.
***
> Ne garder que des slaves ubuntu a peu d'intérêt
Tout a fait d'accord. On essaiera de mettre à jour d'autres slaves, le but est d'avoir de la diversté... Mon post d'avant n'était pas pour dire que c'était fini, juste que en y passant un peu de temps, on peut tout à fait installer g++-4.8 sur d'anciens trucs (j'ai pris la 12.04 exprès).
D'où la proposition de faire cela en *début* de mois, après la release, on a un mois, ou même plus, pour mettre à jour les slaves (on a déjà vécu avec "all slaves" qui ne foncitonne pas 2 semaines !)
Je propose la motion "on ne fera pas de release suivante tant qu'on a pas réussi à configurer des slaves sur au moins 3 distribs différentes (ubuntu, xxx, xxx)". Les 3 différentes ne seront pas nécessairement les slaves actuels, on verra.
***
Autant passer « un peu de temps » avant le merge qu'après alors. Avoir un build cassé pendant 2 semaines n'est pas une situation normale.
Il faut aussi que les distribs soient suffisamment différentes (si c'est pour avoir Ubuntu, Debian et Linux Mint, ça n'apporte pas grand chose). freebsd, centos/fedora et ubuntu/debian semble un bon compromis. Je tiens particulièrement à freebsd qui n'est pas (trop ?) GNU à l'inverse des autres. Cela permet de nous alerter quand on utilise des choses spécifiques à GNU.
Si on arrive à avoir un compilateur plus récent (gcc 4.9) sur une distrib, ça serait bien aussi.
***
Mon gcc est en fait... "Apple LLVM version 6.0 (clang-600.0.56)"
Un clang, si possible sans pomme, ce serait bien.
***
Oui ça existe aussi sous Linux, ça serait bien
***
ok. On résume :
> au moins 3 distribs suffisament différentes : freebsd, centos/fedora et ubuntu/debian
> g++-4.8
> idéalement un g++-4.9 et un clang quelque part
***
CentOS 6.3 : c'est bon, sur les deux slaves
```
wget http://people.centos.org/tru/devtools-2/devtools-2.repo -O /etc/yum.repos.d/devtools-2.repo
yum install devtoolset-2-gcc devtoolset-2-binutils devtoolset-2-gcc-c++
scl enable devtoolset-2 bash # Open a shell running devtools
```
(au passage, /etc/yum.repos/epel* ne marchaient plus, j'ai du les enlever temporairement le temps de faire cela)
***
Il y a déjà un clang (non utilisé) sur freebsd, ça peut être un bon client…
***
les nouveaux gcc installés sont-ils les compilateurs par défaut sur les slaves ?
***
non, il ne vaut mieux pas vu qu'on n'est pas les seuls à utiliser les slaves. Il faut forcer :
- CentOS : "scl enable devtoolset-2 bash"
- Ubuntu : "make CXX=g++-4.8"
***
Avec la mise à jour de freebsd (9.2) on a gcc4.8 (pas par défaut) et clang 3.3, compatibles C++11.
Au passage la mise à jour m'a affiché ce message pour gcc (à voir si c'est utile) :
« To ensure binaries built with this toolchain find appropriate versions
of the necessary run-time libraries, you may want to link using
-Wl,-rpath=/usr/local/lib/gcc48
»
***
Comment gérer le fait d'avoir des commandes différentes à rentrer pour compiler sur certains slaves ?
***
vu ensemble: suite de tests directement dans Jenkins
***
meccano: installé g++-4.8 (en suivant doc/algo.org, pas par défaut)
Essayé de lancer avec "export CXX=g++-4.8", ne marche pas récursivement partout.
***
Bon, j'ai tout cassé avant de partir en we
On a eu une après-midi où tous les jobs Jenkins refonctionnaient :-)
***
freebsd :
```
cd /builds/workspace/Vidjil (all slaves)/label/freebsd
gmake CXX='clang++ -stdlib=libc++' MAKE=gmake
gmake CXX='g++48' MAKE=gmake (ou g++49, installé aussi)
```
ne toruve pas iostream, ou d'autres choses
***
https://bugs.freebsd.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=193528
Ajouter l'option -D_GLIBCXX_USE_C99 dans les CXXFLAGS
***
debian squeeze : ok
***
doc/algo.org reflète ce qu'on a actuellement.
à voir si on supprime / déplace vers un autre job Jenkins les 2 slaves qui ne fonctionnent pas...
***
« Je propose la motion "on ne fera pas de release suivante tant qu'on a pas réussi à configurer des slaves sur au moins 3 distribs différentes (ubuntu, xxx, xxx)". Les 3 différentes ne seront pas nécessairement les slaves actuels, on verra. »
On ne peut pas vraiment dire qu'on a 3 distribs différentes (ubuntu et debian sont très proches).
***
Certes... et c'était déjà le cas pour la release d'il y a trois mois...
***
Ok pour FreeBSD avec g++ (je n'arrive pas à compiler avec clang…).
Fedora upgradé à Fedora 19 → passe avec g++ mais utilisation de clang 3.3 (pour la diversité)
8 mois après et 36 messages plus tard, on a fini !
***
Bravo pour l'excellence de cette intégration continue :-)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1403Griser "save" quand on fait "compare patients"2016-12-13T16:01:13+01:00Vidjil TeamGriser "save" quand on fait "compare patients"Cela me tente très fort d'appuyer...
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j'ai essayé : rien, une erreur. Il faudrait juste le griser dans ce cas.
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@RyanHerbCela me tente très fort d'appuyer...
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j'ai essayé : rien, une erreur. Il faudrait juste le griser dans ce cas.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1395Mettre à jour la BIL2017-12-04T14:55:50+01:00Vidjil TeamMettre à jour la BILInformation extraite automatiquement pour le RAWEB, à mettre à jour.
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j'ai fait une passe mais il reste des choses à compléter
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Fait une passe à l'instant.
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@magiraud @mikael-sInformation extraite automatiquement pour le RAWEB, à mettre à jour.
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j'ai fait une passe mais il reste des choses à compléter
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Fait une passe à l'instant.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1394Filter/search dans le 'compare patients'2016-11-29T14:35:43+01:00Vidjil TeamFilter/search dans le 'compare patients'merci Marc
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@Duezmerci Marc
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1393Compare patients : et si on comparait des configs différentes ?2016-11-29T14:35:42+01:00Vidjil TeamCompare patients : et si on comparait des configs différentes ?Y a t-il une raison profonde pour laquelle on ne pourrait pas comparer des points venant de configs différentes ? Quand ils ont le même -w, a priori les points sont fuse-ables. Et même s'ils n'ont pas le même -w, et bien ce serait joli d...Y a t-il une raison profonde pour laquelle on ne pourrait pas comparer des points venant de configs différentes ? Quand ils ont le même -w, a priori les points sont fuse-ables. Et même s'ils n'ont pas le même -w, et bien ce serait joli de les voir à côté.
En ce moment je teste une config particulière, avec des options expérimentale, mais j'aimerais bien voir la différence entre cela et la situation normale.
Un utilisateur peut aussi vouloir comparer la config normale (multi) et une config uniquement TRG.
Certes, pour le mode normal, on stocke les fichiers fusés par config.
Mais, en mode "compare", si j'ai bien compris on ne stocke rien.
***
9de9c73
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1392filter pourrait aussi reconnaître un "-"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil Teamfilter pourrait aussi reconnaître un "-"La nouveauté "multi words" dans le champ filter m'a fait penser à un truc :
Le champ filter dans les tableaux (patients, log, ...) pourrait accepter "-blabla" pour n'afficher que les lignes sans "blabla". Et on voudrait pouvoir faire "bl...La nouveauté "multi words" dans le champ filter m'a fait penser à un truc :
Le champ filter dans les tableaux (patients, log, ...) pourrait accepter "-blabla" pour n'afficher que les lignes sans "blabla". Et on voudrait pouvoir faire "bli blo -blabla -blublu"
En fait, cela vient du log, sur le serveur je fais quasiment toujours un "grep -v team" et puis d'autres "grep -v" pour filtrer ce que je connais.
***
merci !
(et Marc, tu peux fermer les tâches quand c'est le cas)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1387Par défaut, liste des patients triée par plus récent en haut2016-11-29T14:35:38+01:00Vidjil TeamPar défaut, liste des patients triée par plus récent en hautCela évitera à avoir à se servir de l'ascenseur dans la plupart des cas
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merci
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@DuezCela évitera à avoir à se servir de l'ascenseur dans la plupart des cas
***
merci
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1386Sauvegarder la position de l'ascenseur sur chaque liste patient/run/set2019-02-28T12:39:27+01:00Vidjil TeamSauvegarder la position de l'ascenseur sur chaque liste patient/run/setQuand on a beaucoup de patients (que ce soit pour l'admin, ou déjà maintenant pour Lille), on est souvent "en bas" de la liste. On visualise un patient, on revient à la liste... et il faut revenir en bas.
Est-ce possible de se souvenir ...Quand on a beaucoup de patients (que ce soit pour l'admin, ou déjà maintenant pour Lille), on est souvent "en bas" de la liste. On visualise un patient, on revient à la liste... et il faut revenir en bas.
Est-ce possible de se souvenir de la position de l'ascenseur ?
***
moins important, avec patients récents en haut