vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-01-19T10:27:12+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1515SortMeVDJ : extraction/tri de reads suivant les locus2021-01-19T10:27:12+01:00Vidjil TeamSortMeVDJ : extraction/tri de reads suivant les locusCommande -c sort pour trier les reads, même non segmentés, suivant les différents locus. Est-ce que ce serait utile ?
Peut-être avec des seuils (IGH pour ceux qui ont significativement plus de k-mers IGH que d'autres).
Ou utiliser tout ...Commande -c sort pour trier les reads, même non segmentés, suivant les différents locus. Est-ce que ce serait utile ?
Peut-être avec des seuils (IGH pour ceux qui ont significativement plus de k-mers IGH que d'autres).
Ou utiliser tout simplement SortMeRNA ?
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Et le filtre capture comme le filtre IMGT ne sont pas si loins...
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FS a battu cette nuit un record : 1.97 GB, 22 M reads, pour... 3 reads segmentées
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=606&config=2
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(lien avec place sur le serveur, virer tout sauf les séquences qui ont un peu de k-mers VDJ)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4531Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)2021-01-15T10:50:50+01:00Thonier FlorianAvoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)Un utilisateur souhaite voir les données du cochon.
J'ai rajouté l'entré dans le fichier `split-from-imgt`
Ensuite, il faudra mettre à jour le contenu de germline sur le serveur et la configuration associée.
TODO; ajouté aussi une do...Un utilisateur souhaite voir les données du cochon.
J'ai rajouté l'entré dans le fichier `split-from-imgt`
Ensuite, il faudra mettre à jour le contenu de germline sur le serveur et la configuration associée.
TODO; ajouté aussi une doc sur la meilleur manière de procédé à une release de germline
* ajout de l'espèce
* release de la nouvelle version
* ajout de nouvelle config (par défaut sur tout nouveau serveur ?)Algo 2021.022020-11-02https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3591AIRR pour la plateforme web2021-01-15T09:19:20+01:00Mathieu GiraudAIRR pour la plateforme webPrend la suite de #3457.
Conversion/entrée via fuse.py #3673, natif depuis le .js #3967 ?
cc @flothoniPrend la suite de #3457.
Conversion/entrée via fuse.py #3673, natif depuis le .js #3967 ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3939Ordre des champs du rapport monitor2021-01-15T09:18:46+01:00Thonier FlorianOrdre des champs du rapport monitorPour rappel, il y a 3 champs nouveaux en discussion: données démographiques(#3126), conclusion(#3938) et information sur chaque samples (#3937).
Il faudrait réfléchir à l'ordre adéquates pour ceux-ci et ceux déjà présent;
* report infor...Pour rappel, il y a 3 champs nouveaux en discussion: données démographiques(#3126), conclusion(#3938) et information sur chaque samples (#3937).
Il faudrait réfléchir à l'ordre adéquates pour ceux-ci et ceux déjà présent;
* report information
* normalization
* reads distribution
* monitoring
* selected clones
* log
* données démographiques(#3126),
* conclusion(#3938)
* information sur chaque samples (#3937).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4645Afficher un vrai alignement avec --show-junction2021-01-14T22:00:13+01:00Mathieu GiraudAfficher un vrai alignement avec --show-junctionSuite à #4643/!886, aller vers un vrai affichage d'alignement, avec les indels (et aussi la mise en valeur des substitutions), pour `--show-junction` (et potentiellement pour d'autres alignements plus grands).
C'est jouable car on devrai...Suite à #4643/!886, aller vers un vrai affichage d'alignement, avec les indels (et aussi la mise en valeur des substitutions), pour `--show-junction` (et potentiellement pour d'autres alignements plus grands).
C'est jouable car on devrait avoir ces informations dans ~"cpp-dynprog".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4646--show-junction : afficher les aligments avec 3-5 gènes V/J les plus proches,...2021-01-14T15:58:47+01:00Mathieu Giraud--show-junction : afficher les aligments avec 3-5 gènes V/J les plus proches, et pas seulement le premeirSuite à #4643/!886.
Pas immédiat, car, dans `align_against_collection`, on jette pour l'instant les `box` qui ne sont pas la première (on ne garde que le nom). Mais bon, on pourrait les garder...Suite à #4643/!886.
Pas immédiat, car, dans `align_against_collection`, on jette pour l'instant les `box` qui ne sont pas la première (on ne garde que le nom). Mais bon, on pourrait les garder...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4524Erreur à l'ouverture d'une analyse MixCR2021-01-14T14:54:05+01:00Anne de SeptenvilleErreur à l'ouverture d'une analyse MixCRJe sais que ce n'est probablement pas votre priorité mais j'aurais aimé faire quelques analyses MixCR via Vidjil et j'obtiens un message d'erreur quand je tente d'ouvrir l'analyse :
Error – error in parsing the .vidjil file
The .v...Je sais que ce n'est probablement pas votre priorité mais j'aurais aimé faire quelques analyses MixCR via Vidjil et j'obtiens un message d'erreur quand je tente d'ouvrir l'analyse :
Error – error in parsing the .vidjil file
The .vidjil file seems broken, please check it or send us the filehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4641app.vidjil.org/analyze ne fonctionne plus2021-01-14T09:01:15+01:00Mathieu Giraudapp.vidjil.org/analyze ne fonctionne plus
... et donc n'est pas monitoré ?
... et donc n'est pas monitoré ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4639Pseudogènes IMGT non assignés à des sous-groupes2021-01-13T19:33:50+01:00Mathieu GiraudPseudogènes IMGT non assignés à des sous-groupesDepuis [Lefranc, 2001](https://www.imgt.org/PDF/ECI/18_100-116_2001.pdf) :
> Pseudogenes which could not be assigned to subgroups with functional genes are designated by a Roman numeral between parentheses, corresponding to the clans, f...Depuis [Lefranc, 2001](https://www.imgt.org/PDF/ECI/18_100-116_2001.pdf) :
> Pseudogenes which could not be assigned to subgroups with functional genes are designated by a Roman numeral between parentheses, corresponding to the clans, followed by ahyphen and a number for the localization from 3) to 5) in the locus. All these pseudogenes have truncations.
>
> - clan I: IGHV1, IGHV5 and IGHV7 subgroup genes
> - clan II: IGHV2, IGHV4 and IGHV6 subgroup genes, and pseudogenes IGHV(II)
> - clan III: IGHV3 subgroup genes, and pseudogenes IGHV(III)
> - clan IV: one pseudogene IGHV(IV)-44
Certains de ces pseudo-gènes devaient être référencés depuis longtemps, mais je n'en trouve pas de trace dans `germline-59` (2018). (À l'époque, avions-nous quelque chose qui enlève les pseudo-gènes ?)
Après !839, nous avons 68 de ces gènes.
Doivent-ils avoir un traitement particulier ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4187Mettre à jour js/lib/info.txt pour d3js v52021-01-13T16:20:39+01:00Mathieu GiraudMettre à jour js/lib/info.txt pour d3js v5On avait oublié de le faire pour !561On avait oublié de le faire pour !561Algo 2021.02marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4638Console : doc dev2021-01-13T15:55:38+01:00Mathieu GiraudConsole : doc devmettre à jour les exemples dans `com.js`mettre à jour les exemples dans `com.js`marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4637Donner accès à l'utilisateur à la console ?2021-01-13T15:53:10+01:00Mathieu GiraudDonner accès à l'utilisateur à la console ?`console.openLog()`
@duez : "tout ce qui va être `flash` va aussi finir dedans"`console.openLog()`
@duez : "tout ce qui va être `flash` va aussi finir dedans"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4636Console : remonter plus d'infos, erreurs et succès2021-01-13T15:52:13+01:00Mathieu GiraudConsole : remonter plus d'infos, erreurs et succès
Par exemple "process completed", avec un `call` vers le set associé.
Par exemple "process completed", avec un `call` vers le set associé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4633Connaître le nom des fichiers uploadés, avant le pre-process2021-01-13T15:09:06+01:00Mathieu GiraudConnaître le nom des fichiers uploadés, avant le pre-processDepuis #3154 :
> @mikael-s : "ce qui sera possible avec !691"Depuis #3154 :
> @mikael-s : "ce qui sera possible avec !691"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4634Doc dev et/ou code : documenter le schéma de la db2021-01-13T15:09:05+01:00Mathieu GiraudDoc dev et/ou code : documenter le schéma de la dbEn discutant sur #4633, je me rends compte que j'ai du mal à savoir le rôle précis de certains champs de la db. C'est probablement lié à ma faible connaissance du sujet, mais c'est à se demander si cela vaudrait le coup de documenter ce ...En discutant sur #4633, je me rends compte que j'ai du mal à savoir le rôle précis de certains champs de la db. C'est probablement lié à ma faible connaissance du sujet, mais c'est à se demander si cela vaudrait le coup de documenter ce que fait chaque champ.
En ~doc `dev-server.md` ou, peut-être mieux, en commentaire dans `models/db.py` ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4325Traçabilité des pre-process2021-01-13T12:28:28+01:00Mathieu GiraudTraçabilité des pre-process
Stocker quelque part la ligne de commande et le numéro de version de Flash, et le rendre disponible jusqu'au ~"client-rapport".
Peut-être que les premières étapes sont déjà faites par !691 ?
Stocker quelque part la ligne de commande et le numéro de version de Flash, et le rendre disponible jusqu'au ~"client-rapport".
Peut-être que les premières étapes sont déjà faites par !691 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4629Accélérer la procédure d'upload des fastq2021-01-12T16:47:13+01:00Anne de SeptenvilleAccélérer la procédure d'upload des fastqBonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutation...Bonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutationnel est en constante augmentation. Les runs comportent de plus en plus d'échantillons. C'est vraiment super de pouvoir créer tous nos patients par copier-coller, c'est vraiment une nette amélioration pour nous et un gros gain de temps. Maintenant il faudrait vraiment pouvoir faire le même genre de chose sur le page d'upload des fastq, au moins pour la sélection des fichiers qui est très laborieuse.
77 patients à entrer ce matin, soit 154 fichiers qu'il faut rechercher manuellement dans la fenêtre de sélection, associer au bon patient etc... cela prend facilement 1h ou 2h pour tout bien faire sans erreur (et ce n'est pas très enrichissant).
Merci encore pour tout ce que vous faites pour nous !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1344C++11 ?2021-01-11T15:25:03+01:00Vidjil TeamC++11 ?Tâche remise au goût du jour : est-on prêt à passer en C++11 ?
Quelle est la diffusion de C++11 ?
- est-ce que rbx compile ?
- est-ce que Mikaël compile ?
- est-ce que Mathieu, avec son OS décadent, compile ?
- et pour les milli...Tâche remise au goût du jour : est-on prêt à passer en C++11 ?
Quelle est la diffusion de C++11 ?
- est-ce que rbx compile ?
- est-ce que Mikaël compile ?
- est-ce que Mathieu, avec son OS décadent, compile ?
- et pour les milliers d'utilisateurs qui téléchargent nos sources ?
***
Est-ce que mettre -std=c++11 et recompiler Vidjil fonctionne chez vous ? (bien faire un make clean)
Marc, tu peux pousser une branche c11 pour qu'on teste tous la même chose...
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gcc: https://gcc.gnu.org/wiki/C11Status
***
Version stable d'Ubuntu : ok ?
***
Pour mémoire, les avantages de passer à C++11 :
- parser json ("Parser le MultiGermline")
- docopt C++11 ("Traitement de options")
- et quelques auto dans les templates ?
***
sous g++ 4.6 (ubuntu 12.04) -> -std=gnu++0x
sous g++ 4.8 (ubuntu 14.04) -> -std=c++11
ca compile ... et la librairie json a l'air de fonctionner
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sous g++ 4.6 (ubuntu 12.04) -> -std=gnu++0x
sous g++ 4.8 (ubuntu 14.04) -> -std=c++11
ca compile ... et la librairie json a l'air de fonctionner
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sous g++ 4.6 (ubuntu 12.04) -> -std=gnu++0x
sous g++ 4.8 (ubuntu 14.04) -> -std=c++11
ca compile ... et la librairie json a l'air de fonctionner
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ok, d'accord
***
Remarque importante : pour l'instant, faire tous les dev c+11 uniquement sur la branche c+11
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CentOS 6 (maintenue jusqu'en 2017) embarque gcc 4.4 qui a un support limité de C++11 (pas de lambda fonctions par exemple) : https://gcc.gnu.org/gcc-4.4/cxx0x_status.html
***
Oui... et on trouvera plein d'autres systèmes stables sans bon support C++11. Je propose qu'on ne revienne pas sur la décision : on va basculer sur C++11. Par contre, il faut trouver un moyen correct d'avoir notre intégration continue.
Trois solutions :
- on arrive à installer un gcc correct sur CentOS 6 : http://www.necessaryandsufficient.net/2014/07/c11-on-centos/
- on met plutôt un slave CentOS 7
- on enlève CentOS des slaves !
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4630C++20 ?2021-01-11T15:25:03+01:00Mathieu GiraudC++20 ?Il semblerait que C++20 a eu bien plus d'évolutions que ce qui était pour C++14 et C++17.
Voir https://github.com/AnthonyCalandra/modern-cpp-features
Est-ce que certaines fonctionnalités de ces 9 dernières années seraient utiles dans n...Il semblerait que C++20 a eu bien plus d'évolutions que ce qui était pour C++14 et C++17.
Voir https://github.com/AnthonyCalandra/modern-cpp-features
Est-ce que certaines fonctionnalités de ces 9 dernières années seraient utiles dans notre code ~cpp ? En particlier les concepts ? Des choses sur des lambda ? Et `popcount` est désormais dans `std` :)
Rien ne presse. Pour mémoire, nous avons basculé vers C++11 en... 2015, pour pouvoir utiliser `CLI11` #1344.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4627alert : utiliser com.js (et refactorer com.js)2021-01-08T11:42:13+01:00Mathieu Giraudalert : utiliser com.js (et refactorer com.js)
voir aussi #4617 et #4626
voir aussi #4617 et #4626