vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-10-20T18:21:34+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3919Déploiement de feature-g/, intégration dans feature-a/2020-10-20T18:21:34+02:00Mathieu GiraudDéploiement de feature-g/, intégration dans feature-a/Actuellement, à chaque push. Mettre en manuel + une date : est-ce bien cette date qu'on va utiliser à la place de `germline_id` ?Actuellement, à chaque push. Mettre en manuel + une date : est-ce bien cette date qu'on va utiliser à la place de `germline_id` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3918Intitulés des colonnes lors d'export csv de multiples samples2019-05-20T12:51:49+02:00Anne de SeptenvilleIntitulés des colonnes lors d'export csv de multiples samplesLors de l'export csv depuis une vue multiple (set ou run ou patients avec plusieurs samples...), l'intitulé des colonnes n'est pas explicite, car elles sont simplement numérotées (reads_x et ratio_x). Le tableau perd alors beaucoup en li...Lors de l'export csv depuis une vue multiple (set ou run ou patients avec plusieurs samples...), l'intitulé des colonnes n'est pas explicite, car elles sont simplement numérotées (reads_x et ratio_x). Le tableau perd alors beaucoup en lisibilité. C'est dommage car j'aimerais l'utiliser plus souvent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3912Normalized ratios and hiding a locus2019-06-12T14:21:10+02:00Mathieu GiraudNormalized ratios and hiding a locusDiscussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothon...Discussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothoni @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3906Stéréotypie CDR3, en général2020-11-20T17:04:06+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3, en généralExtrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques ave...Extrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques avec ~"client\-warning" ?
(Différent de #1726 !)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3903Plus de clones dans le client : limites ?2019-09-04T10:50:14+02:00Mathieu GiraudPlus de clones dans le client : limites ?Tâche extraite de #2236 pour ne garder que les aspects ~client des endroits où on pourrait vouloir plus de clones (#2236, #3855, #2344). Quelle est notre limite ? (Actuellement c'est pas 100, mais plutôt plusieurs centaines ? Jusqu'à ou ...Tâche extraite de #2236 pour ne garder que les aspects ~client des endroits où on pourrait vouloir plus de clones (#2236, #3855, #2344). Quelle est notre limite ? (Actuellement c'est pas 100, mais plutôt plusieurs centaines ? Jusqu'à ou peut-on aller ? Est-ce que c'est l'affichage ou juste la mise en mémoire qui est problématique ?
Vieux commentaire extrait de #2236 :
> Bref, si on souhaite avoir plus de clones, quelle est la limite ? Ce n'est pas 100 d'ailleurs, en multi-samples c'est souvent 400-700... Qu'est-ce qui bloque au-delà ? Affichage ? d3.js ? Est-ce qu'on pourrait mettre plus de clones sans alourdir le client ? Par exemple s'ils ne seraient pas tous affichés, mais qu'on pourrait tout de même par filtre/recherche pour tomber dessus ? 1000 clones, 10000 clones, plus, tous ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3900Absence du nom du fichier dans la page "edit sample"2019-04-05T12:19:56+02:00Anne de SeptenvilleAbsence du nom du fichier dans la page "edit sample"Quand on ouvre la page "edit sample" il n'y a nulle part un rappel du nom du sample (nom du fichier). L'absence du nom du fichier peut être source d'erreur, surtout quand on traite une liste un peu importante.Quand on ouvre la page "edit sample" il n'y a nulle part un rappel du nom du sample (nom du fichier). L'absence du nom du fichier peut être source d'erreur, surtout quand on traite une liste un peu importante.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3897Cas particulier d'un clone retrouvé dans une analyse2019-04-04T18:03:31+02:00Thonier FlorianCas particulier d'un clone retrouvé dans une analyseDésolé pour le nom, il n'est pas très parlant.
@Patrick a remonté une information sur un clone qui avait un problème de dénomination, et qui pouvait l’intéressé car il apparaissait/disparaissait/réapparaissait: https://app.vidjil.org/?...Désolé pour le nom, il n'est pas très parlant.
@Patrick a remonté une information sur un clone qui avait un problème de dénomination, et qui pouvait l’intéressé car il apparaissait/disparaissait/réapparaissait: https://app.vidjil.org/?set=30814&config=25&clone=94
Le souci c'est que ce clone à une séquence consensus très courte, environ 50% de la longueur moyenne. Point positif, on lève bien une alerte.
J'ai voulu regarder de plus près ce clone. J'ai exploité la nouvelle fonction `get_reads` pour obtenir un fichier se concentrant sur ses reads.
En regardant de plus près, on voit que toutes les séquences ont une première partie commune, sur les 60nt en 5', mais complètement différentes sur le reste, avec énormément de stretch de A. (voici le [fichier extrait](/uploads/0c8581c5f6ecd879c49270bffee86876/seq_patrick.fastq)).
J'ai alors voulu jouer avec pour comprendre les affectations, rallonger les fenêtres, ...
```
>seq1
ATCGATTTTCTGCAGAGAGGCTGACAGTGCTCGGTAAGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTCCGGAGAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAAACAACAATAAAGAACATAAAACTATTCTGAATGTTAAAGAGACAAAAAAACAAATAATATAGAAGATAATATTACGAGGATACAGTAGAGTAATCTAGACATAGCAAAGTAAAACAGGACCAAGAAGGTTGGG
# 18 + VJ 1 18 23 251 seed TRB SEG_+ 1.972121e-08 5.559703e-16/1.972121e-08+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B _ _ _ _ _ _ _ _+b+b+b+b+b+b+b+b _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
#>seq1 + VJ 1 18 23 251 w55/10 seed TRB SEG_+ 1.972121e-08 5.559703e-16/1.972121e-08
```
On peut donc voir que l'on n'a que quelques nt vus comme V et J, sur 251nt. Je pense donc qu'il s'agit d'un artefact.
Si j'essaye de rallonger la fenêtre, je n'ai pas le résultat escompté car il m'indique qu'il shift la fenêtre, probablement trop proche en 5'. Je me retrouve donc quoi qu'il arrive avec la même fenêtre.
Quoi qu'il en soit, je ne sais pas quoi faire de cette séquence. Je peux l'ajouter dans un test, mais que devrait-on y mettre ? On ne devrait pas la ressortir comme un clone avec si peu d'affectations de kmer ?
cc @magiraud @mikael\-s @Patrickhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3896Ameliorer l'interaction avec des sample dans la vue timeline2021-11-22T14:34:47+01:00Thonier FlorianAmeliorer l'interaction avec des sample dans la vue timelinePour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je...Pour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je pense qu'il faut rajouter une interaction sur les noms de samples pour que l'on puisse les cacher par des clics directement dessus.
* Quelle combinaison ? juste un double clic, ctrl+clic ?
* Pouvoir cacher tous les autres par un shift+clic comme sur les locus (que l'on pourrait d’ailleurs implémenter aussi sur les tags).
* Afficher le nombre de samples cachés au lieu des points de suspension.
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3884Flex2020-08-27T12:20:21+02:00Mathieu GiraudFlexcc @flothoni
https://css-tricks.com/snippets/css/a-guide-to-flexbox/cc @flothoni
https://css-tricks.com/snippets/css/a-guide-to-flexbox/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3869Indiquer si on regarde un run/patient/set (par le background)2019-03-25T12:05:24+01:00Thonier FlorianIndiquer si on regarde un run/patient/set (par le background)Je pense qu'un fond sur le nom du run/set/setting est assez simple à mettre en place.
On pourrait simplement utiliser le même code couleur que pour les patients/runs/sets.Je pense qu'un fond sur le nom du run/set/setting est assez simple à mettre en place.
On pourrait simplement utiliser le même code couleur que pour les patients/runs/sets.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3859Boîte search et focus/hide2019-10-24T12:58:05+02:00Mathieu GiraudBoîte search et focus/hideQuelle avait été la raison pour laquelle le `(focus on filtered clones)` était mis dans la boîte search ? Peut-être était-ce juste pour être à côté de la croix de fermeture ?
Séparer cela (avec un endroit où on indique clairement qu'on ...Quelle avait été la raison pour laquelle le `(focus on filtered clones)` était mis dans la boîte search ? Peut-être était-ce juste pour être à côté de la croix de fermeture ?
Séparer cela (avec un endroit où on indique clairement qu'on est en focus) permettrait de libérer la boîte search quand on est en focus.
Ping #2245.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3852Grep reads et vidjil-algo : le fichier résultant peut mélanger FASTA et FASTQ2019-03-21T09:04:50+01:00Mikaël SalsonGrep reads et vidjil-algo : le fichier résultant peut mélanger FASTA et FASTQIl s'agit du fichier produit pour chaque clone de Vidjil-algo. Il contient également la séquence de la fenêtre et la séquence consensus. Ces deux séquence sont ajoutées au format fasta alors qu'il y a des chances que le fichier de reads ...Il s'agit du fichier produit pour chaque clone de Vidjil-algo. Il contient également la séquence de la fenêtre et la séquence consensus. Ces deux séquence sont ajoutées au format fasta alors qu'il y a des chances que le fichier de reads soit au format FASTQ (et donc dans ce cas les reads seront sortis en FASTQ).
Ce mélange de format empêche toute analyse par un autre logiciel sans manipulation manuelle.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3851Pouvoir montrer quelques stats de répertoires depuis l'interface2021-01-27T10:43:51+01:00Thonier FlorianPouvoir montrer quelques stats de répertoires depuis l'interfacel'issue #3848 est centrée sur les indices de diversité que l'on peux calculer et comment. Ici je souhaite d'avantage parler de la méthode pour les afficher dans l'interface.
Faut-il rajouter une item dans la barre menu pour permettre d'...l'issue #3848 est centrée sur les indices de diversité que l'on peux calculer et comment. Ici je souhaite d'avantage parler de la méthode pour les afficher dans l'interface.
Faut-il rajouter une item dans la barre menu pour permettre d'afficher/calculer ces indices, Morisita en tête (#3830).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3850Pouvoir exporter des clones au format AIRR depuis l'interface2020-02-25T15:39:07+01:00Thonier FlorianPouvoir exporter des clones au format AIRR depuis l'interfaceJe pense que c'est faisable en modifiant/adaptant la fonction export au format csv.
Au passage, dans ce cas, peut-on en profiter pour inclure des infos supplémentaires comme les tags des clones ? Afficher le nombre normalisé ? autre ?Je pense que c'est faisable en modifiant/adaptant la fonction export au format csv.
Au passage, dans ce cas, peut-on en profiter pour inclure des infos supplémentaires comme les tags des clones ? Afficher le nombre normalisé ? autre ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3829get support : avoir quelque chose qui ne repose pas forcément sur un mailer2019-03-20T18:28:19+01:00Mikaël Salsonget support : avoir quelque chose qui ne repose pas forcément sur un mailerSi les personnes n'utilisent pas un mailer le lien mailto: ne fonctionne pas et on n'a aucun résultat lors du clic sur « get support ».Si les personnes n'utilisent pas un mailer le lien mailto: ne fonctionne pas et on n'a aucun résultat lors du clic sur « get support ».https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3828Soustraire les clones communs à deux échantillons / comparaison de répertoires2022-06-29T16:05:18+02:00Mathieu GiraudSoustraire les clones communs à deux échantillons / comparaison de répertoiresDemande de ~"Amiens\-Nordine" : avoir un moyen d'enlever les clones communs : créer un nouveau sample virtuel ? Modifier un sample existant ?
But: voir les clones matures / immatures séparément, (CD19-/CD34- triés)
On peut déjà faire u...Demande de ~"Amiens\-Nordine" : avoir un moyen d'enlever les clones communs : créer un nouveau sample virtuel ? Modifier un sample existant ?
But: voir les clones matures / immatures séparément, (CD19-/CD34- triés)
On peut déjà faire un `hide`, mais un vrai sample permettrait plus de choses, afficher les clones d'intérêt suivant les V ou tout axe... et de refiltrer ensuite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3825Heuristique du FineSegmenter : compter plus finement les occurrences2019-03-18T18:57:45+01:00Mikaël SalsonHeuristique du FineSegmenter : compter plus finement les occurrencesÀ l'heure actuelle qu'un k-mer apparaisse dans 10 gènes ou dans 1 seul gène, le nombre d'occurrence de chacun de ces gènes est compté de la même manière.
Autrement dit dans le premier cas on aura incrémenté les différents compteurs de 1...À l'heure actuelle qu'un k-mer apparaisse dans 10 gènes ou dans 1 seul gène, le nombre d'occurrence de chacun de ces gènes est compté de la même manière.
Autrement dit dans le premier cas on aura incrémenté les différents compteurs de 10 alors que dans le second cas on ne l'aura augmenté que de 1. On donne donc autant (voire moins) de poids à des k-mers spécifiques qu'à des k-mers ambigus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3824Avoir un petit triangle « from IgBlast » de la même manière que pour IMGT2019-03-18T18:48:04+01:00Mikaël SalsonAvoir un petit triangle « from IgBlast » de la même manière que pour IMGTOn pourrait récupérer des informations comme le % d'identité, les bornes, des V, D, J, la productivité (comme on le fait pour IMGT). Des personnes utilisent IgBlast plutôt qu'IMGT/V-QUEST (cf. VW19)On pourrait récupérer des informations comme le % d'identité, les bornes, des V, D, J, la productivité (comme on le fait pour IMGT). Des personnes utilisent IgBlast plutôt qu'IMGT/V-QUEST (cf. VW19)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3822CAR-T; permettre de labelliser une séquence dans l'interface2021-09-08T16:00:19+02:00Thonier FlorianCAR-T; permettre de labelliser une séquence dans l'interfaceJack voudrait pouvoir ajouter une séquence qui correspond à un CAR-T.
Comme un CAR-T est généralement produit sur un clone du répertoire, il peut être intéressant aussi de montrer qu'il est maintenant un support du traitement en plus. ...Jack voudrait pouvoir ajouter une séquence qui correspond à un CAR-T.
Comme un CAR-T est généralement produit sur un clone du répertoire, il peut être intéressant aussi de montrer qu'il est maintenant un support du traitement en plus.
Il s'agit probablement d'un prolongement de cette issue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3821Tooltip sur les clones2019-10-31T19:20:23+01:00Mathieu GiraudTooltip sur les clonesAu ~"com\-vw\-vidjil\-workshop" :
@mikael\-s :
> Capture d'écran Vidjil trafiquée avec le nom du clone et son nombre de reads juste à côté du clone sur le plot. Une idée à faire ? (au hover/clic ?) Ça peut être le bazar avec beaucoup d...Au ~"com\-vw\-vidjil\-workshop" :
@mikael\-s :
> Capture d'écran Vidjil trafiquée avec le nom du clone et son nombre de reads juste à côté du clone sur le plot. Une idée à faire ? (au hover/clic ?) Ça peut être le bazar avec beaucoup de clones
Effectivement, cela peut être vite le bazar. Un tooltip qui n'arrive qu'après 2 secondes ? Ou après le clic ?
@flothoni
> Il me semble l'avoir prposé dnas une issue., un tooltip avec quelques infos en plsu du nom.
Effectivement, nom, `getStrSize*`, ...