vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-03-22T10:02:45+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3096Empêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichie...2018-03-22T10:02:45+01:00Mikaël SalsonEmpêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichiers ne sont pas renseignésEt si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Et si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3095Le compare samples ne fonctionne pas sur dev2018-03-21T18:59:24+01:00Mikaël SalsonLe compare samples ne fonctionne pas sur devCliquez dessus produit une erreur serveur :
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/home/vidjil/git/dev/server...Cliquez dessus produit une erreur serveur :
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 792, in <module>
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/globals.py", line 419, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 624, in custom
row.string = [row.names, row.sequence_file.filename, str(row.sequence_file.sampling_date), str(row.sequence_file.pcr), str(row.config.name), str(row.results_file.run_date), info]
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/objects.py", line 111, in __getattr__
raise AttributeError
AttributeError
```
À quoi est-elle due ? Est-ce grave ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3094Le filtrage par tag n'est pas cohérent entre la liste des sample sets et le c...2019-02-28T12:40:32+01:00Mikaël SalsonLe filtrage par tag n'est pas cohérent entre la liste des sample sets et le compare samplesSi je filtre par `#demo` dans la liste des patients, j'obtiens des résultats. Si je clique ensuite sur *compare samples/patients* je n'obtiens plus rien car le tag n'est pas présent dans les samples, mais dans les samples sets.
Je pense ...Si je filtre par `#demo` dans la liste des patients, j'obtiens des résultats. Si je clique ensuite sur *compare samples/patients* je n'obtiens plus rien car le tag n'est pas présent dans les samples, mais dans les samples sets.
Je pense que dans ce cas le compare samples devrait afficher tous les samples contenus dans les sample sets `#demo`
À l'inverse, si on recherche un tag présent dans un sample et non dans un sample set, la recherche sur la page patient ne donnera pas le sample set qui contient ce sample, mais le *compare samples* donnera bien le sample (essayer avec le tag #test par exemple).
Je ne sais pas si ce que je viens de décrire n'est vrai que pour les tags ou pour toute chaîne recherchée.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3090Refaire/adapter/homogénéiser nos formulaires admin2018-03-20T14:27:33+01:00Mathieu GiraudRefaire/adapter/homogénéiser nos formulaires admin@RyanHerb : "Avoir des formulaires plus homogènes, les anciens ne sont plus très jolis"@RyanHerb : "Avoir des formulaires plus homogènes, les anciens ne sont plus très jolis"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3086Documenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.org2018-04-13T12:49:06+02:00Mathieu GiraudDocumenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.orgVoir aussi #2797Voir aussi #2797https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3084germline_id, *.g et vidjil-algo2020-11-19T08:41:57+01:00Mathieu Giraudgermline_id, *.g et vidjil-algoSuite à !158, cela me tenterait presque de déplacer `germline_id` dans `algo/`. En effet, `germline_id` est bien la version des germlines utilisée par l'algo.
En effet `germline/` est autonome, avec ses tests. On peut désormais faire év...Suite à !158, cela me tenterait presque de déplacer `germline_id` dans `algo/`. En effet, `germline_id` est bien la version des germlines utilisée par l'algo.
En effet `germline/` est autonome, avec ses tests. On peut désormais faire évoluer les germlines, travailler sur `split-from-imgt`, faire les tests qui vont avec sans casser l'algo. Quand on est content, on met à jour `germline_id` et on travaille sur l'algo.
Problème : on trouve aussi ces numéros de versions dans les `*.g` (mais qui sont aussi, quelque part, des choses plutôt algo).
Voir #1491.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3082Afficher sur dev.vidjil.org, à droite de Vidjil(beta) ou ailleurs, le nom de ...2018-07-10T11:17:52+02:00Mathieu GiraudAfficher sur dev.vidjil.org, à droite de Vidjil(beta) ou ailleurs, le nom de la branche pointéeVaudra aussi pour #2940.Vaudra aussi pour #2940.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3081Comment creer un groupe de fusion pour faire des partages ou réunion2018-03-15T13:34:45+01:00Thonier FlorianComment creer un groupe de fusion pour faire des partages ou réunionUn trio de trois utilisateurs utilisant déjà régulièrement notre plateforme me signale qu'ils travaillent ensemble. Ils souhaitent pouvoir accéder aux données des uns des autres.
La solution est donc de leur construire un nouveau group...Un trio de trois utilisateurs utilisant déjà régulièrement notre plateforme me signale qu'ils travaillent ensemble. Ils souhaitent pouvoir accéder aux données des uns des autres.
La solution est donc de leur construire un nouveau groupe partagé (fait) et il faut ensuite permettre le changement de propriété de toutes les données déjà présentes (cf vidjil/vdj#402). Cependant on n'a pas de méthode pour changer en lot l'appartenance de données. Comment faire ça ?
Solution proposée:
On passe par un contrôleur ? Telle que je le vois, il faudrait avoir la liste de tous les données, pouvoir les sélectionner au cas par cas ou en select all comme pour le contrôleur stat (cf #3041).
Ensuite avoir la liste des groupes accessibles, limitée aux seuls groupes de l'utilisateur (pour limiter les erreurs), et ensuite un bouton validation ( et pourquoi pas un popup de rappel de la manip pour les admins extérieurs).
@magiraud @mikael-s @RyanHerb
A terme, ce contrôleur pourrait être aussi accessible par les utilisateurs eux même ? Nécessiterait peut-être un nouveau niveau de droits pour faire de retropartage.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3075Contrôleurs obsolètes/inutilisés dans results_file.py2018-03-07T15:22:55+01:00Mikaël SalsonContrôleurs obsolètes/inutilisés dans results_file.pyJe suis tombé par hasard sur le contrôleur `results_file/index`. On y a accès via le lien `.vidjil file list` dans l'interface d'administration mais évitez de cliquer cela prend du CPU et cela fait une [erreur serveur](https://db.vidjil....Je suis tombé par hasard sur le contrôleur `results_file/index`. On y a accès via le lien `.vidjil file list` dans l'interface d'administration mais évitez de cliquer cela prend du CPU et cela fait une [erreur serveur](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.27.223.2018-03-06.18-08-25.6f217564-6a46-4f7a-aa98-95dd871b4ad1).
```
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'status'
```
Dans le fichier `results_file.py` j'ai également vu un contrôleur `run_all_patients`. Je ne sais pas s'il fonctionne encore mais je frémis à l'idée qu'il puisse être lancé !
Soit ces contrôleurs sont utiles et on doit les mettre à jour et les tester. Soit ils ne le sont pas et autant supprimer ce code.
@RyanHerb, @magiraud vos avis ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3074Compilation des fichiers CSS : less dynamique ?2019-02-05T19:19:31+01:00Mikaël SalsonCompilation des fichiers CSS : less dynamique ?Discuté avec @RyanHerb : quelle est notre politique ?
Je pense qu'il faut malgré tout continuer à commiter les fichiers CSS si on veut que des gens qui pullent le dépôt aient un client directement utilisable (sans avoir à utiliser `less...Discuté avec @RyanHerb : quelle est notre politique ?
Je pense qu'il faut malgré tout continuer à commiter les fichiers CSS si on veut que des gens qui pullent le dépôt aient un client directement utilisable (sans avoir à utiliser `less`).
Dans ce cas, quand on développe on n'est pas obligé de toujours les commiter. Par contre au moment du merge, les fichiers CSS doivent être à jour (pourrait-on automatiser cela ?).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3070Mise en cache de l'autocompletion des samples sets : problème des mises à jour2020-01-23T19:37:52+01:00Thonier FlorianMise en cache de l'autocompletion des samples sets : problème des mises à jourAujourd'hui après avoir fait une petite formation à Rennes, je me suis aperçu qu'un run démo crée puis supprimer était toujours proposé dans l’auto-complétion (idem avec un patient).
De même, un autre run ou toutes les informations ont ...Aujourd'hui après avoir fait une petite formation à Rennes, je me suis aperçu qu'un run démo crée puis supprimer était toujours proposé dans l’auto-complétion (idem avec un patient).
De même, un autre run ou toutes les informations ont été changées est toujours proposé sous l'ancienne dénomination et non pas la nouvelle, par laquelle il est inaccessible.
@RyanHerb @magiraud @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3069Empecher la modifications d'un patient lorsque des analyses sont en attente2019-03-15T09:50:50+01:00Thonier FlorianEmpecher la modifications d'un patient lorsque des analyses sont en attenteUn utilisateur m'a fait remonté des délais récurrents dans l'analyses de leur données.
Après avoir regarder plus en détail, je m'aperçois qu'ils lancent des jobs lourds (sur de gros fichiers) et si rien ne bouge au bout de 2h, ils recha...Un utilisateur m'a fait remonté des délais récurrents dans l'analyses de leur données.
Après avoir regarder plus en détail, je m'aperçois qu'ils lancent des jobs lourds (sur de gros fichiers) et si rien ne bouge au bout de 2h, ils rechargent toutes les données et relances , pensant que notre serveur est dans les choux.
Je leur ai donc expliqué que ce comportement entraîne une surcharge du serveur et que ça n'améliore pas la situation. Cependant, je n'ai pas de possibilité de leur montrer la charge serveur pour le moment. (cf #2945).
En attendant, peut-on bloquer une nouvelle demande d'analyses, le changement des données fasta voir la déétion d'un patient si il en a déjà une en attente ? Je pense que nous avions déjà fait ce qu'il fallait pour les analyses, mais comme ici les données sont rechargées (et le patient précédent supprimé puis recrée dans la foulée) je ne pense pas que notre filtre fonctionne.
En tous cas l'idée ici est d’empêcher la délétion/création de patients lorsque les gens ont l’impression que rien ne bouge côté frontend. Cela peux passer par un simple message d'alerte lorsqu'il tente de supprimer un patient (Une analyse est en attente sur ce patient. Êtes-vous certain de vouloir le supprimé ? ).
On pourrait aussi signaler un ordre dans la file d'attente du scheduler pour qu'ils puissent voir que ça avance.
Vous en pensez-quoi ? Vous avez des propositions la dessus ?
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3067test unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjil2018-03-07T11:35:24+01:00Mathieu Giraudtest unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjilVu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@R...Vu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@RyanHerb fait un fix rapide. Il faudra qu'on voie comment faire cela plus proprement... Derrière, c'est une question de ~doc: est-ce qu'on a bien quelque part ce qu'il faut pour montrer un .vidjil d'un sample, puis de plusieurs samples ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3064Stats : controlleur 'stats' vs controlleur 'compare patients' vs controlleur ...2018-02-27T14:29:40+01:00Mathieu GiraudStats : controlleur 'stats' vs controlleur 'compare patients' vs controlleur 'set'A-t-on besoin de trois controlleurs différents ?
cc @RyanHerbA-t-on besoin de trois controlleurs différents ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3060Aide détaillée sur les warnings2021-02-03T09:21:42+01:00Mathieu GiraudAide détaillée sur les warningsDepuis #3029 :
> Lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
Partir de `warnings.md`, y mettre une doc plus complète, l'extraire quelque part ?Depuis #3029 :
> Lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
Partir de `warnings.md`, y mettre une doc plus complète, l'extraire quelque part ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3059Warnings e-value / coverage calculé par le client2018-02-20T19:44:35+01:00Mathieu GiraudWarnings e-value / coverage calculé par le clientDepuis #3029.
Par exemple http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=v,j,plot&clone=94,110
- est-ce bien le e-valueur le Fine (et donc pas le W52 ?)
- que faire quand ils seront redondant avec un warning de vidjil-algo ? Depuis #3029.
Par exemple http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=v,j,plot&clone=94,110
- est-ce bien le e-valueur le Fine (et donc pas le W52 ?)
- que faire quand ils seront redondant avec un warning de vidjil-algo ? https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3058warnings et fuse : une entrée par sample2019-03-06T11:54:22+01:00Mathieu Giraudwarnings et fuse : une entrée par sampleDepuis #3029 :
http://app.vidjil.org/browser/?custom=29334&custom=35851&plot=size,sizeOtherSample,grid&clone=12
-> problème, un `undefined` est dans `m.clone(12).warn`. Je suppose qu'il est déjà dans le json, vient de ~"server-fuse" ?Depuis #3029 :
http://app.vidjil.org/browser/?custom=29334&custom=35851&plot=size,sizeOtherSample,grid&clone=12
-> problème, un `undefined` est dans `m.clone(12).warn`. Je suppose qu'il est déjà dans le json, vient de ~"server-fuse" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3050Afficher le log de plusieurs samples d'un coup2018-02-09T17:10:22+01:00Mathieu GiraudAfficher le log de plusieurs samples d'un coupSuggéré par @flothoni
Voir aussi #3049Suggéré par @flothoni
Voir aussi #3049https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3047vidjil-algo: message peu clair si demo/S22 n'est pas présent2018-02-09T17:18:42+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: message peu clair si demo/S22 n'est pas présent```
terminate called after throwing an instance of 'std::invalid_argument'
what(): !! Error in opening file ./demo/Stanford_S22.fasta -
```
Le `std::invalid_argument` est peu clair (et arrive si on n'a pas fait `make data`).```
terminate called after throwing an instance of 'std::invalid_argument'
what(): !! Error in opening file ./demo/Stanford_S22.fasta -
```
Le `std::invalid_argument` est peu clair (et arrive si on n'a pas fait `make data`).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3042Sélection de samples plus fine que le search2018-02-09T12:29:04+01:00Mathieu GiraudSélection de samples plus fine que le searchPour #2235/#3041, et pour potentiellement d'autres tâches, on souhaite à un moment pouvoir sélectionner un ensemble de samples (voire de patients/runs/sets ?).
Le "search" actuel pourrait être complété par quelque chose avec des checkbo...Pour #2235/#3041, et pour potentiellement d'autres tâches, on souhaite à un moment pouvoir sélectionner un ensemble de samples (voire de patients/runs/sets ?).
Le "search" actuel pourrait être complété par quelque chose avec des checkboxes ou similaire pour ajouter / retirer des samples des résultats. On pourrait même avoir un mode où l'on sélectionne, au fur et à mesure, plusieurs samples.
Point de détail et difficile... la recherche par tags est très bien pour l'instant.
cc @flothoni @RyanHerb