vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-03-25T11:43:50+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2908Nombre de répétitions de TAC différent entre Sanger et NGS2019-03-25T11:43:50+01:00Mathieu GiraudNombre de répétitions de TAC différent entre Sanger et NGS@Anne@Annehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3862Analyse FAILED avec un résultat2019-03-25T11:12:45+01:00Anne de SeptenvilleAnalyse FAILED avec un résultatCette analyse étais notée FAILED à côté du nom du sample, et pourtant il semble bien y avoir un résultat (obtenu à 16h04) j'ai relancé l'analyse à 16h27 avant de voir que ça avait quand même fonctionné (?).
https://vdb.vidjil.org/brow...Cette analyse étais notée FAILED à côté du nom du sample, et pourtant il semble bien y avoir un résultat (obtenu à 16h04) j'ai relancé l'analyse à 16h27 avant de voir que ça avait quand même fonctionné (?).
https://vdb.vidjil.org/browser/index.html?set=30585&config=54https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3420Améliorer l'ergonomie de l'auto-completion2019-03-25T09:43:54+01:00Anne de SeptenvilleAméliorer l'ergonomie de l'auto-completionJ'utilise l'auto-completion pour ajouter des sets/samples/runs à mes données préexistantes.
Rien de très important mais quelques petites choses à vous faire remonter :
1) Quand une "étiquette" est ajoutée dans le champ prévu à cet effet...J'utilise l'auto-completion pour ajouter des sets/samples/runs à mes données préexistantes.
Rien de très important mais quelques petites choses à vous faire remonter :
1) Quand une "étiquette" est ajoutée dans le champ prévu à cet effet, une espace est aussi ajoutée à la suite de l'étiquette. du coup quand on veut ajouter une 2e étiquette, il faut commencer par supprimer l'espace... j'ai mis du temps à comprendre que c'était pour ça que l'auto-complétion ne retrouvais pas toujours ce que je cherchais.
2) Je n'ai pas réussi à comprendre pourquoi, mais l'auto-completion ne veux pas afficher certaines étiquettes lorsque je tape certaines suites de caractères...
"P3" ne montre rien, il faut que je tape "P3 " pour voir le patient "EC-NGS P3 DJO" (idem avec les autres P1 à P9)
"EC-NGS " ne fais apparaître que mes sets "EC-NGS Comparaison" et "EC-NGS PSL" et pas les patients "EC-NGS Pxx xxx"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3860Tailles des clones uniquement sur les clones focus ?2019-03-21T17:08:30+01:00Mathieu GiraudTailles des clones uniquement sur les clones focus ?Quand on cache/affiche les locus, les tailles se mettent à jour.
Quand on focus/hide les clones, les tailles ne se mettent pas à jour. C'est normal si on veut "zoomer" sur des choses (background en dessous de clone majoritaire), mais pe...Quand on cache/affiche les locus, les tailles se mettent à jour.
Quand on focus/hide les clones, les tailles ne se mettent pas à jour. C'est normal si on veut "zoomer" sur des choses (background en dessous de clone majoritaire), mais peut-être pas dans d'autres applications.
Un paramètre pour dire par rapport à quoi la taille devrait être calculée ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3813Séléction multiple en compare sample sur des clones avec zéro reads2019-03-21T16:58:52+01:00Thonier FlorianSéléction multiple en compare sample sur des clones avec zéro readsSI on fait compare sample et que l'on souhaite sélectionner un clone qui est à 0 sur l'axe X, il est impossible de le faire.
Je l'ai vu en direct sur lille immuno, et apparemment ça le leur à déjà fait régulièrement.
Je ne sais pas s...SI on fait compare sample et que l'on souhaite sélectionner un clone qui est à 0 sur l'axe X, il est impossible de le faire.
Je l'ai vu en direct sur lille immuno, et apparemment ça le leur à déjà fait régulièrement.
Je ne sais pas si c'est spécifique à ces axes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1783Indice/index de clonalité ou autres valeurs sur le time graph2019-03-21T10:10:08+01:00Vidjil TeamIndice/index de clonalité ou autres valeurs sur le time graphIl faudrait afficher les nouvelles valeurs calculées dans 'diversity'.
Au minimum dans le getHTMLinfo, au mieux sur la courbe.
C'est peut-être l'occasion de réutiliser ce qui est fait pour afficher les trucs de normalisation (est-ce enc...Il faudrait afficher les nouvelles valeurs calculées dans 'diversity'.
Au minimum dans le getHTMLinfo, au mieux sur la courbe.
C'est peut-être l'occasion de réutiliser ce qui est fait pour afficher les trucs de normalisation (est-ce encore fonctionnel) ? Comment fait-on pour afficher des valeurs arbitraires pour chaque point ?
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getHTMLinfo: fait
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3809get reads : sortie moins intrusive2019-03-21T09:55:23+01:00Mathieu Giraudget reads : sortie moins intrusive> la boîte de téléchargement est un peu intrusive car elle surgit, même si on est sur un autre onglet
Mettre un lien dans la barre en haut ? à rediscuter tranquillement après le vw> la boîte de téléchargement est un peu intrusive car elle surgit, même si on est sur un autre onglet
Mettre un lien dans la barre en haut ? à rediscuter tranquillement après le vwhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3852Grep reads et vidjil-algo : le fichier résultant peut mélanger FASTA et FASTQ2019-03-21T09:04:50+01:00Mikaël SalsonGrep reads et vidjil-algo : le fichier résultant peut mélanger FASTA et FASTQIl s'agit du fichier produit pour chaque clone de Vidjil-algo. Il contient également la séquence de la fenêtre et la séquence consensus. Ces deux séquence sont ajoutées au format fasta alors qu'il y a des chances que le fichier de reads ...Il s'agit du fichier produit pour chaque clone de Vidjil-algo. Il contient également la séquence de la fenêtre et la séquence consensus. Ces deux séquence sont ajoutées au format fasta alors qu'il y a des chances que le fichier de reads soit au format FASTQ (et donc dans ce cas les reads seront sortis en FASTQ).
Ce mélange de format empêche toute analyse par un autre logiciel sans manipulation manuelle.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3829get support : avoir quelque chose qui ne repose pas forcément sur un mailer2019-03-20T18:28:19+01:00Mikaël Salsonget support : avoir quelque chose qui ne repose pas forcément sur un mailerSi les personnes n'utilisent pas un mailer le lien mailto: ne fonctionne pas et on n'a aucun résultat lors du clic sur « get support ».Si les personnes n'utilisent pas un mailer le lien mailto: ne fonctionne pas et on n'a aucun résultat lors du clic sur « get support ».https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3782Options courtes -x/-X/-y/-z : supprimer, renommer ?2019-03-20T18:20:05+01:00Mathieu GiraudOptions courtes -x/-X/-y/-z : supprimer, renommer ?Extrait de !245 et de #3295 :
Les garder ?
> - systématisme x/X => y => z
> - https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3295#note_98391 : -x, -y et -z ont été les options les plus utilisées par un développeur a un moment (peut être b...Extrait de !245 et de #3295 :
Les garder ?
> - systématisme x/X => y => z
> - https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3295#note_98391 : -x, -y et -z ont été les options les plus utilisées par un développeur a un moment (peut être biaisé par le moment / le dev en question)
Les supprimer ?
> - #3295: « est obscure toute option dont la lettre du nom court ne se retrouve pas dans le nom long » (par exemple `-z`, `-y`, `-x`, `-X`, `-Z`…).
>
> - !245: x et y sont (quasi ?) réservées au debug, bloquer un nom court pour elles me paraît un peu overkill
>
> - https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3295#note_98439 : Notre utilisation n'est pas représentative d'une utilisation normale. En routine je ne pense pas que grand monde utilise du `-x` par exemple.
Autre solution, renommer ?
> (mais au pire on doit pouvoir trouver un nom un peu plus parlant). Pour `-z` on pourrait imaginer un `-n` (le `-d` étant déjà pris).
Proposition : voir cela la prochaine fois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3853Comment calculer les informations à stocker pour des données pairées ou singl...2019-03-20T18:10:54+01:00Mikaël SalsonComment calculer les informations à stocker pour des données pairées ou single-cell ?Dans #2344 on parle de la manière de stocker les données. Mais qui produit ce fichier ? et comment ?
Pour un fuse sur ce type de données que veut dire un `-t 100` ? Si on a des chaines pairées on n'a pas envie de ne se retrouver qu'avec...Dans #2344 on parle de la manière de stocker les données. Mais qui produit ce fichier ? et comment ?
Pour un fuse sur ce type de données que veut dire un `-t 100` ? Si on a des chaines pairées on n'a pas envie de ne se retrouver qu'avec un seul clone de la paire (parce que le second ne serait pas dans le top 100). En gros on voudrait les 100 meilleures paires.
Mais avec du single cell, c'est différent. On ne veut pas les clones des 100 "meilleures" cellules. Que veut-on ? Le top X de toutes les cellules ?
Et qui produit le fichier ? Si on a 1000 cellules, c'est 1000 lancement de Vidjil-algo. Et donc c'est le fuse qui se charge de produire un fichier .vidjil final à partir des 1000 .vidjil ? (je ne parle volontairement pas des données pairées ici car je ne sais même pas sous quelle forme sont les données)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3849Server error au multi-upload2019-03-20T12:24:37+01:00Mathieu GiraudServer error au multi-uploadLors du ~"com\-vw\-vidjil\-workshop", ~"BRU\-Bruxelles"
a eu une server error lorsqu'ils lançaient le multi-upload demandé dans le tutorial #3800. Même error si on recliquait sur "submit".Lors du ~"com\-vw\-vidjil\-workshop", ~"BRU\-Bruxelles"
a eu une server error lorsqu'ils lançaient le multi-upload demandé dans le tutorial #3800. Même error si on recliquait sur "submit".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2745Tooltips / Lien vers de l'aide dans l'application web2019-03-19T19:37:56+01:00Mathieu GiraudTooltips / Lien vers de l'aide dans l'application web@mikael-s, dans #1945 :
> Mettre de l'info dans la webapp, cela fait partie du support. C'est important.
> https://speakerdeck.com/djo/lobsession-du-service-client-chez-captain-train
Rediscuté en réunion hier avec @aurelBZH, @Cyanael e...@mikael-s, dans #1945 :
> Mettre de l'info dans la webapp, cela fait partie du support. C'est important.
> https://speakerdeck.com/djo/lobsession-du-service-client-chez-captain-train
Rediscuté en réunion hier avec @aurelBZH, @Cyanael et @RyanHerb. Il devrait y avoir de l'aide (discrète) sur beaucoup d'éléments...
On peut débuter en mettant des choses du type :
~~`<span class='help'><a link="user#processing-samples-configs">Configs</a> are set of options to run an analysis program on the sample</span>`~~
-> non, compléter `js/doc.js`, voir ci dessous
Quand on le peut, on fait des liens vers des sections de `doc/user.md` (ici http://www.vidjil.org/doc/user#processing-samples-configs).
Cette tâche se concentre sur la rédaction de ce type liens d'aide pertinent (discussion sur l'implémentation et le rendu: #1945).Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3840Demander confirmation avant la sauvegarde d'analyse en tant qu'admin2019-03-19T19:37:18+01:00Thonier FlorianDemander confirmation avant la sauvegarde d'analyse en tant qu'admin@mikael\-s et moi nous sommes déjà fait avoir par un `ctrl+s` malencontreux. On pourrait dans ce cas ouvrir un modal qui demande de la confirmer manuellement pour ne pas modifier ou effacer des analyses qu'un user aurait pu faire.@mikael\-s et moi nous sommes déjà fait avoir par un `ctrl+s` malencontreux. On pourrait dans ce cas ouvrir un modal qui demande de la confirmer manuellement pour ne pas modifier ou effacer des analyses qu'un user aurait pu faire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2212Ajout de séquence externe : la sauvegarder dans le .analysis2019-03-19T11:11:33+01:00Mathieu GiraudAjout de séquence externe : la sauvegarder dans le .analysiscc @RyanHerb @mikael-scc @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3286Nomenclature breakpoints Ikaros et vue sur le client2019-03-19T11:11:33+01:00Mathieu GiraudNomenclature breakpoints Ikaros et vue sur le clientSuite à #3102 et be3a4ada6.
Il faudra se questionner un jour encore sur la nomenclature, en particulier pour l'affichage dans le client.
On a en ce moment des clones `IKZF1-INTRON-3 1//3 IKZF1-3'UTR-breakpoint1`.
Mais `IKZF1-3'UTR-bre...Suite à #3102 et be3a4ada6.
Il faudra se questionner un jour encore sur la nomenclature, en particulier pour l'affichage dans le client.
On a en ce moment des clones `IKZF1-INTRON-3 1//3 IKZF1-3'UTR-breakpoint1`.
Mais `IKZF1-3'UTR-breakpoint1` est fort long, cela dépasse sur le ~"client\-grid", et même dans la ~"client\-cloneList" (même avec 8d80fbc), ce n'est pas facile à lire. `IKZF1-BP1` ? `IKZF1-INTRON-8-BP1` (hum, trop long aussi) ? On revient à `IKZF1-INTRON-8` ?
Au passage (et voir aussi #3249), d'où vient ce numéro de breakpoint ? Est-ce consensus dans les publis / autres documents de Ikaros ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3826Événements pour un patient : vue dans le client2019-03-19T11:10:38+01:00Mathieu GiraudÉvénements pour un patient : vue dans le clientVoir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph...Voir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph secondaire avec une ligne pour chaque traitement qui suivrait les dates.
Cela me fait penser aussi à ~"bio\-external\-data", #1367...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3825Heuristique du FineSegmenter : compter plus finement les occurrences2019-03-18T18:57:45+01:00Mikaël SalsonHeuristique du FineSegmenter : compter plus finement les occurrencesÀ l'heure actuelle qu'un k-mer apparaisse dans 10 gènes ou dans 1 seul gène, le nombre d'occurrence de chacun de ces gènes est compté de la même manière.
Autrement dit dans le premier cas on aura incrémenté les différents compteurs de 1...À l'heure actuelle qu'un k-mer apparaisse dans 10 gènes ou dans 1 seul gène, le nombre d'occurrence de chacun de ces gènes est compté de la même manière.
Autrement dit dans le premier cas on aura incrémenté les différents compteurs de 10 alors que dans le second cas on ne l'aura augmenté que de 1. On donne donc autant (voire moins) de poids à des k-mers spécifiques qu'à des k-mers ambigus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3815Mauvais alignement entre une séquence et ses séquences germinales2019-03-18T18:49:50+01:00Thonier FlorianMauvais alignement entre une séquence et ses séquences germinalesNecker tombe sur une séquence ou le germline ne concorde pas DU TOUT avec la séquence du clone une fois aligné. Je n'arrive pas a bien voir si il s'agit d'une simple question de décalage ou d'autre choses plus problématique.
Patrcik nous...Necker tombe sur une séquence ou le germline ne concorde pas DU TOUT avec la séquence du clone une fois aligné. Je n'arrive pas a bien voir si il s'agit d'une simple question de décalage ou d'autre choses plus problématique.
Patrcik nous envoie le lien.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3824Avoir un petit triangle « from IgBlast » de la même manière que pour IMGT2019-03-18T18:48:04+01:00Mikaël SalsonAvoir un petit triangle « from IgBlast » de la même manière que pour IMGTOn pourrait récupérer des informations comme le % d'identité, les bornes, des V, D, J, la productivité (comme on le fait pour IMGT). Des personnes utilisent IgBlast plutôt qu'IMGT/V-QUEST (cf. VW19)On pourrait récupérer des informations comme le % d'identité, les bornes, des V, D, J, la productivité (comme on le fait pour IMGT). Des personnes utilisent IgBlast plutôt qu'IMGT/V-QUEST (cf. VW19)