vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-05-26T10:45:34+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3019similarity.cgi n'est pas testé2020-05-26T10:45:34+02:00Mathieu Giraudsimilarity.cgi n'est pas testéVu en faisant #3012.Vu en faisant #3012.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3007Le bouton « from IMGT » échoue parfois et provoque une erreur serveur2018-01-23T16:47:33+01:00Mikaël SalsonLe bouton « from IMGT » échoue parfois et provoque une erreur serveurLa raison est pour l'instant inconnue. Exemple d'[erreur serveur](https://vda.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/128.93.193.1.2018-01-23.16-01-10.52d5e2ed-2ea0-4127-a152-4462d7c7f54e) :
>
ConnectionError: HTTPConnectionPool(host='...La raison est pour l'instant inconnue. Exemple d'[erreur serveur](https://vda.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/128.93.193.1.2018-01-23.16-01-10.52d5e2ed-2ea0-4127-a152-4462d7c7f54e) :
>
ConnectionError: HTTPConnectionPool(host='www.imgt.org', port=80): Max retries exceeded with url: /IMGT_vquest/vquest (Caused by NewConnectionError('<requests.packages.urllib3.connection.HTTPConnection object at 0x7ff2a6b09350>: Failed to establish a new connection: [Errno -2] Name or service not known',))
J'ai ajouté une ligne de debug dans `proxy.py` pour avoir plus d'info (à chaud sur le serveur de prod… hum) :
```
log.debug("Sending request to IMGT: {}".format(payload))
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3000Option pour afficher le json bien formaté sur stdout et/ou format_json plus i...2018-01-19T11:16:30+01:00Mathieu GiraudOption pour afficher le json bien formaté sur stdout et/ou format_json plus intéressantPlusieurs tests visent le json (`cat bla.vidjil | python format_json.py`).
J'ai plusieurs fois été frustré de ce que je pouvais tester dans le json. Une sortie "une ligne par clone" serait agréable à tester. Avoir une option pour cela d...Plusieurs tests visent le json (`cat bla.vidjil | python format_json.py`).
J'ai plusieurs fois été frustré de ce que je pouvais tester dans le json. Une sortie "une ligne par clone" serait agréable à tester. Avoir une option pour cela dans `format_json` ? Ou bien dans le ~cpp ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2996SEG_METHOD_ONE et revcomp2018-07-13T16:08:46+02:00Mathieu GiraudSEG_METHOD_ONE et revcompPour l'instant le revcomp n'est pas géré ?
- évoqué avec @mikael-s : le faire au niveau du hash de minimisation ?
- peut-être plus robuste de considérer les k-mers de l'index... à moins que ce ne soit déjà fait ? `reversed = (nb_strand...Pour l'instant le revcomp n'est pas géré ?
- évoqué avec @mikael-s : le faire au niveau du hash de minimisation ?
- peut-être plus robuste de considérer les k-mers de l'index... à moins que ce ne soit déjà fait ? `reversed = (nb_strand[0] > nb_strand[1])` est aussi calculé pour `SEG_METHOD_ONE`... est-ce pris en compte ?Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2995SEG_METHOD_543C : afficher le gène C dans le client2018-01-27T22:07:39+01:00Mathieu GiraudSEG_METHOD_543C : afficher le gène C dans le clientComplète #2993 et #2994.
- [ ] sortir l'info dans le .json
- [ ] l'afficher dans le clientComplète #2993 et #2994.
- [ ] sortir l'info dans le .json
- [ ] l'afficher dans le clienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2994SEG_METHOD_543C : FineSegmenter, identifier le C2023-02-08T12:26:46+01:00Mathieu GiraudSEG_METHOD_543C : FineSegmenter, identifier le CComplète #2993.
L'afficher juste pour info.Complète #2993.
L'afficher juste pour info.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2993SEG_METHOD_543C : ne pas prendre en compte C dans la p-valeur du J2018-07-16T07:30:18+02:00Mathieu GiraudSEG_METHOD_543C : ne pas prendre en compte C dans la p-valeur du JPour résoudre #2964, discussion avec @mikael-s
- stocker dans les index les gènes constants (36 KB en IGH)
- point central: lorsqu'on a `VVV_DD_JJJJ_CCCC`, ne pas prendre en compte la zone `CCCC` pour la p-valeur du J
- puis éventu...Pour résoudre #2964, discussion avec @mikael-s
- stocker dans les index les gènes constants (36 KB en IGH)
- point central: lorsqu'on a `VVV_DD_JJJJ_CCCC`, ne pas prendre en compte la zone `CCCC` pour la p-valeur du J
- puis éventuellement #2994/#2995
Si les gènes constants sont trop gros, un pis-aller serait de ne pas considérer, dans `VVV_DD_JJJJ______`, la zone vide à droite du J. Mais c'est potentiellement dangereux.
Fait-on d'un même coup quelque chose `SEG_METHOD_C543C`, configurable ? Ou on a le temps de voir venir ?
Demande en tout cas d'abord #2968.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2990Quand on se déconnecte, long message arrivant dans la console2018-03-08T14:54:35+01:00Mathieu GiraudQuand on se déconnecte, long message arrivant dans la consoleVu par @Aurelie, je l'ai aussi vu. Un grand message d'erreur arrive (et ce n'est pas sûr qu'on se déconnecte bien quand même).
Lien avec #2571 ?
cc @RyanHerbVu par @Aurelie, je l'ai aussi vu. Un grand message d'erreur arrive (et ce n'est pas sûr qu'on se déconnecte bien quand même).
Lien avec #2571 ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2987Shorter / shifted w : autoriser de plus grands shifts, mais jusqu'à où ?2018-06-27T18:53:30+02:00Mathieu GiraudShorter / shifted w : autoriser de plus grands shifts, mais jusqu'à où ?Suite à #2913/#1580.
Si je ne trompe pas, le shift peut être d'au plus `-5`/`+5`, tandis que le short peut aller beaucoup plus loin. Autant cela ne me gène pas de raccourcir quand on n'a pas le choix (reads courtes des deux côtés), auta...Suite à #2913/#1580.
Si je ne trompe pas, le shift peut être d'au plus `-5`/`+5`, tandis que le short peut aller beaucoup plus loin. Autant cela ne me gène pas de raccourcir quand on n'a pas le choix (reads courtes des deux côtés), autant je pense qu'on pourrait bénéficier de plus de contenu à gauche quand on le peut.
Spontanément, j'aimerais mettre :
- les shifts testés à `{-1, 1, -2, 2, -3, 3, -4, 4}`, ou au moins `{-1, 1, -2, 2}`
- et/ou une valeur de `DEFAULT_WINDOW_SHIFT` à `10` ou `15`.
Je ne sais pas si on peut arriver à quelque chose de plus rationel. En tout cas :
- un `w50/-10` serait mieux qu'un `w45/-5`
- un `w50/-20` serait mieux qu'un `w35/-5` (?)
- par contre on ne doit pas faire `w50/-30` à la place d'un `w25/-5` qui serait sous le `MINIMAL_WINDOW_LENGTH`
Pour info, les shifts sur `stanford-w100`:
```
913 w100/-5
197 w95/-5
163 w90/-5
63 w85/-5
29 w80/-5
2 w75/-5
1 w60/-5
```Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2986Pas de séquences en minuscules dans vidjil-algo ?2018-01-17T08:56:19+01:00Mathieu GiraudPas de séquences en minuscules dans vidjil-algo ?En regardant #2985, je me rends compte que dans `tools.cpp`/`tools.h`, certaines fonctions sont case-sensitive
(`nuc_to_int`, ou peut-être pas vu l'encodage ASCII) et d'autres non (`complement_nucleotide`).
D'un autre côté, dans `fasta....En regardant #2985, je me rends compte que dans `tools.cpp`/`tools.h`, certaines fonctions sont case-sensitive
(`nuc_to_int`, ou peut-être pas vu l'encodage ASCII) et d'autres non (`complement_nucleotide`).
D'un autre côté, dans `fasta.cpp`, on a bien une transformation en majuscule dans `OnlineFasta::next()`. Est-ce notre seule porte d'entrée de séquences dans vidjil-algo ? Il y a bien quelques options obscures qui doivent accepter des séquences en ligne de commande. D'autres choses ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2985Améliorer la fonction de hash2020-02-21T21:18:24+01:00Mathieu GiraudAméliorer la fonction de hash@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/76#note_68968 :
> Généralement la minimisation ne se fait pas sur l'ordre lexico (car cela favorise AAAA…, ou des régions de faible complexité riches en A, qui ne sont pas ...@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/76#note_68968 :
> Généralement la minimisation ne se fait pas sur l'ordre lexico (car cela favorise AAAA…, ou des régions de faible complexité riches en A, qui ne sont pas les séquences ADN les plus spécifiques), mais en utilisant une fonction de hash.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2984Shorter / shifted w: peut-on trouver un cas non symétrique en allant au revco...2018-01-16T18:41:20+01:00Mathieu GiraudShorter / shifted w: peut-on trouver un cas non symétrique en allant au revcomp ?Discussion avec @mikael-s : a priori tout est symétrique.
Cependant on a, dans `WindowExtractor::get_best_length_shifts`, à deux endroits où l'on pourrait casser la symétrie :
- le `+1` de `int constraint_left = 2 * central_pos + 1`
...Discussion avec @mikael-s : a priori tout est symétrique.
Cependant on a, dans `WindowExtractor::get_best_length_shifts`, à deux endroits où l'on pourrait casser la symétrie :
- le `+1` de `int constraint_left = 2 * central_pos + 1`
- l'ordre de test `for (int current_shift : {-1, 1})`
Serait-il possible qu'une fenêtre réduite / shiftée ne donne pas la même chose en revcomp ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2980Couleurs patients/run/sets dans l'autocomplete et ailleurs2018-03-13T15:55:37+01:00Mathieu GiraudCouleurs patients/run/sets dans l'autocomplete et ailleursSuite à #2895, on peut réfléchir aux couleurs (peut-être un chouia moins saturées)... mais surtout trouver comment utiliser de manière homogène ces couleurs, par exemple dans les onglets "patients", "runs", "sets" (au passage, ping #2727...Suite à #2895, on peut réfléchir aux couleurs (peut-être un chouia moins saturées)... mais surtout trouver comment utiliser de manière homogène ces couleurs, par exemple dans les onglets "patients", "runs", "sets" (au passage, ping #2727).
Faire déjà une proposition graphique.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2971Ajouter des axes de données fournies par Vidjil-algo ou d'autres logiciels2018-01-11T11:41:34+01:00Mathieu GiraudAjouter des axes de données fournies par Vidjil-algo ou d'autres logicielsRajouter des axes selon ce que peut renvoyer chaque logiciel. Déjà se demander ce qui pourrait être utile.
Voir aussi #2135.Rajouter des axes selon ce que peut renvoyer chaque logiciel. Déjà se demander ce qui pourrait être utile.
Voir aussi #2135.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2969Améliorer le calcul du nombre de patients/runs créés2017-12-27T13:29:32+01:00Ryan HerbertAméliorer le calcul du nombre de patients/runs créés>>>
[Vidjil] 13900
From: lil-notifications@vidjil.org
To: notifications@vidjil.org
Date: 26/12/2017 12:53
The 13900th patient has just been created.
>>>
Ce mail vient de me faire une petite frayeur. Il faudrait trouver un autre moye...>>>
[Vidjil] 13900
From: lil-notifications@vidjil.org
To: notifications@vidjil.org
Date: 26/12/2017 12:53
The 13900th patient has just been created.
>>>
Ce mail vient de me faire une petite frayeur. Il faudrait trouver un autre moyen de calculer le nombre de patients créés car les ids peuvent être décalés en fonction de la BDD.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2968Classes pour les méthodes de segmentation2022-02-01T10:30:14+01:00Mathieu GiraudClasses pour les méthodes de segmentationDiscuté avec @mikael-s il y a déjà un certain temps : "segment.cpp a plein de `if`, on commence a ne plus y voir grand chose."Discuté avec @mikael-s il y a déjà un certain temps : "segment.cpp a plein de `if`, on commence a ne plus y voir grand chose."Algo 2022.04Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2967Clone chimère2018-06-26T10:40:27+02:00Anne de SeptenvilleClone chimèrePatient DES, clones attendus attendus : V3-15 J6 et V3-21 J5
https://app.vidjil.org/index.html?set=26067&config=2
Problème pour le clone V3-21 J5 :
Vidjil semble créer une sorte de clone étant une combinaison des 2 attendus.
Pour...Patient DES, clones attendus attendus : V3-15 J6 et V3-21 J5
https://app.vidjil.org/index.html?set=26067&config=2
Problème pour le clone V3-21 J5 :
Vidjil semble créer une sorte de clone étant une combinaison des 2 attendus.
Pourtant Arrest n'a pas de problème particulier avec cet échantillon.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2966Unknown column 'scheduler_task.cronline' in 'field list'2017-12-20T18:04:30+01:00Mathieu GiraudUnknown column 'scheduler_task.cronline' in 'field list'Nous avons eu deux fois en prod l'erreur
```<class 'gluon.contrib.pymysql.err.InternalError'> (1054, u"Unknown column 'scheduler_task.cronline' in 'field list'")```
qui se solutionne par un `ALTER TABLE scheduler_task ADD cronline VA...Nous avons eu deux fois en prod l'erreur
```<class 'gluon.contrib.pymysql.err.InternalError'> (1054, u"Unknown column 'scheduler_task.cronline' in 'field list'")```
qui se solutionne par un `ALTER TABLE scheduler_task ADD cronline VARCHAR(512);`. vdj#534 vdj#589
Est-ce que cela arrive à chaque fois qu'on fait un re-jeu de la db ? Dans d'autres situations ?
Comment l'éviter dans le futur ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2965Avoir plus de détails dans le mail des tickets / erreurs web2py2017-12-20T17:00:59+01:00Mathieu GiraudAvoir plus de détails dans le mail des tickets / erreurs web2pyEn particulier pour les hébergements à distance, ce serait intéressant d'avoir dans le mail de web2py la trace des erreurs 500.
cc @RyanHerbEn particulier pour les hébergements à distance, ce serait intéressant d'avoir dans le mail de web2py la trace des erreurs 500.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2959Groupe public géré par web2py2018-01-08T09:54:07+01:00Mathieu GiraudGroupe public géré par web2pyNous gérons nous-même le groupe public.
Il y a aussi `everybody_group_id` dans `Auth` (et donc dans `VidjilAuth`), qui apparamment gère aussi `has_permission`. Je ne sais pas si cela vaudrait le coup ou pas de l'utiliser pour ne plus le...Nous gérons nous-même le groupe public.
Il y a aussi `everybody_group_id` dans `Auth` (et donc dans `VidjilAuth`), qui apparamment gère aussi `has_permission`. Je ne sais pas si cela vaudrait le coup ou pas de l'utiliser pour ne plus le faire de notre côté.
cc @RyanHerb