vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-04-09T17:15:06+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3151Afficher les warning dans le rapport2018-04-09T17:15:06+02:00Mikaël SalsonAfficher les warning dans le rapportSi on a des choses importantes à dire sur les clones sélectionnés ou sur le run en général cela doit apparaître dans le rapport.
En lien avec #2233Si on a des choses importantes à dire sur les clones sélectionnés ou sur le run en général cela doit apparaître dans le rapport.
En lien avec #2233https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3149should_results_from_vidjil_output() ne renvoie pas le bon couple (should, res...2019-03-13T11:16:00+01:00Mathieu Giraudshould_results_from_vidjil_output() ne renvoie pas le bon couple (should, result) lorsqu'une séquence n'est pas segmentéeLe `\t` qui sépare le should du résultat n'est pas présent quand la séquence n'est pas segmentée, ce qui fait qu'on renvoie quasiment la même chose pour `should` et `result`...
Il n'est pas impossible qu'une partie des tests should-vdj r...Le `\t` qui sépare le should du résultat n'est pas présent quand la séquence n'est pas segmentée, ce qui fait qu'on renvoie quasiment la même chose pour `should` et `result`...
Il n'est pas impossible qu'une partie des tests should-vdj renvoient vrai alors que cela ne passe pas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3147vidjil-algo: Avec des germlines up/down, calculer les positions de début/fin...2020-05-28T16:35:03+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Avec des germlines up/down, calculer les positions de début/fin du gène normalSuite à #3008, en particulier https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/148#note_83304, ce serait rudement pratique de savoir si on est dans du gène (D ou J) ou de l'up/down.
- vidjil-algo : sortir ces positions. Pour ne pas ...Suite à #3008, en particulier https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/148#note_83304, ce serait rudement pratique de savoir si on est dans du gène (D ou J) ou de l'up/down.
- vidjil-algo : sortir ces positions. Pour ne pas réaligner, on pourrait par exemple étendre le mécanisme `marked_pos` de ~"cpp-dynprog". Mais c'est ~"!-hard"
- client: afficher ces positions (voir aussi #2135, et MiXCR, #1841) ==> les aspects clients sont traités dans #4308https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3146UNSEG only J curieux sur une affectation particulière2018-07-12T18:26:07+02:00Mathieu GiraudUNSEG only J curieux sur une affectation particulièreSéquence de #3145 (ici je ne parle pas de la séquence, uniquement de ~"cpp-heuristic").
On est en DJ, mais bon, on a deux affectations `+b` et `+B`.
Avant :
```
# 119 ! seed TRB+ UNSEG ambiguous 1.023222e-110 1.116486e-116/1.023221...Séquence de #3145 (ici je ne parle pas de la séquence, uniquement de ~"cpp-heuristic").
On est en DJ, mais bon, on a deux affectations `+b` et `+B`.
Avant :
```
# 119 ! seed TRB+ UNSEG ambiguous 1.023222e-110 1.116486e-116/1.023221e-110 _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
Vu l'affectation, `ambiguous` est la bonne réponse.
Avec !148 (mais ma question ne concerne pas !148) :
```
# 175 ! seed TRB+ UNSEG only J/3' 1.500000e+10 1.500000e+10/0.000000e+00 _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b _ _ _ _ _ _+b _ _ _ _ _ _+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b+b _ _ _ _ _ _+b _ _ _ _ _ _+b _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
Je ne comprends pas pourquoi on a désormais `UNSEG only J/3'`. @mikael-s ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3145Une séquence J-D-J en TRB+ ?2019-01-10T15:21:22+01:00Mathieu GiraudUne séquence J-D-J en TRB+ ?Une des séquences qui ne passe pas pour !148 : `#target 0447GG` de `BRI-TRB.should-vdj.fa`
Annoté "TRBD2*02 1/AATG/0 TRBJ2-3*01" dans notre ref... mais Blast : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Get&VIEW_RESULTS=FromRes&RID=C...Une des séquences qui ne passe pas pour !148 : `#target 0447GG` de `BRI-TRB.should-vdj.fa`
Annoté "TRBD2*02 1/AATG/0 TRBJ2-3*01" dans notre ref... mais Blast : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Get&VIEW_RESULTS=FromRes&RID=CEE9GM3G01R&UNIQ_OBJ_NAME=A_SearchResults_1f4NMm_35hl_dnqsHAyu2Tn_23turP_1GhQal&QUERY_INDEX=0#alnHdr_528476628
On aurait plutôt un `TRBJ2-2 /1/ TRBD2 /1/ TRBJ2-3` (avec des up/down des J) :
```
TRBJ2-2 /1/ TRBD2 /1/ TRBJ2-3
30522..30676 29556..29691 30817..30953 (positions sur NC_018918.2, 142,4XX,XXX)
```
Le locus avec les `TRBJ2` : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/sviewer/?id=NC_000007.14&app_context=Gene&assm_context=GCF_000001405.38&v=142796588:142797171 (au passage, 100 bases d'écart entre les divers gènes, ping #3133).
Entre TRBJ2-2 et TRBJ2-3, il y a aussi `TRBJ2-2P`. Pas vérifié si le match pourrait aussi se faire sur le `-2P`.
Pas vérifié non plus la position exacte des gènes dans les régions.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3142On ne voit plus l'information personnal group dans la liste2018-04-06T10:19:13+02:00Thonier FlorianOn ne voit plus l'information personnal group dans la listeJe viens de tester le multi upload, et je m'aperçois que je n'ai plsu de highlight `personnal group` dans la liste.
Du coup en regardant de plus près, on met maintenant les groupes sur 4 chiffres, mon groupe 085 passe donc à 0085. Vous...Je viens de tester le multi upload, et je m'aperçois que je n'ai plsu de highlight `personnal group` dans la liste.
Du coup en regardant de plus près, on met maintenant les groupes sur 4 chiffres, mon groupe 085 passe donc à 0085. Vous pensez que cela peut-être la cause ? Je ne retrouve pas l'origine du bug.
L'impact est certainement limité vu que peu d'utilisateurs accède à plusieurs groupes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3135Faire utiliser à Clonedb les warnings2019-12-03T17:46:53+01:00Mathieu GiraudFaire utiliser à Clonedb les warningsFaire que clonedb génère un warning (éventuellement avec un nouveau level INFO_CLONEDB à 25) et enlever `if (this.hasSeg('clonedb'))` dans `clone.isWarned()`.
Je peux le faire, mais n'y a-t-il pas de conflit avec ce que fait Alexia ?Faire que clonedb génère un warning (éventuellement avec un nouveau level INFO_CLONEDB à 25) et enlever `if (this.hasSeg('clonedb'))` dans `clone.isWarned()`.
Je peux le faire, mais n'y a-t-il pas de conflit avec ce que fait Alexia ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3132Renommer des infos / tags et/ou opérations de maintenance2018-04-05T10:30:36+02:00Mathieu GiraudRenommer des infos / tags et/ou opérations de maintenanceDes utilisateurs peuvent nous demander de faire des renommages massifs. À voir si on fait cela directement par du SQL en db ou si on se fait des scripts autour.Des utilisateurs peuvent nous demander de faire des renommages massifs. À voir si on fait cela directement par du SQL en db ou si on se fait des scripts autour.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3131Similarité Vh en natif2018-04-05T10:52:00+02:00Mathieu GiraudSimilarité Vh en natifAurélie/Stéphanie ~"LIL-Lille" : un calcul natif permettrait de comparer ce résultat... à celui obtenu par d'autres méthodes.Aurélie/Stéphanie ~"LIL-Lille" : un calcul natif permettrait de comparer ce résultat... à celui obtenu par d'autres méthodes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3124La touche TAB valide l'autocomplétion du set2019-02-28T12:38:03+01:00Mikaël SalsonLa touche TAB valide l'autocomplétion du setLorsqu'on ajoute un sample, on peut ajoute des sets qui sont spécifiques à ce sample.
Pour passer d'un champ à l'autre dans un formulaire il est habituel d'utilisé la tabulation. Mais quand on arrive sur le champ dédié au set, appuyez su...Lorsqu'on ajoute un sample, on peut ajoute des sets qui sont spécifiques à ce sample.
Pour passer d'un champ à l'autre dans un formulaire il est habituel d'utilisé la tabulation. Mais quand on arrive sur le champ dédié au set, appuyez sur TAB a pour effet de valider le premier élément de la liste (pour peu qu'elle ait déjà été chargée). Rappuyer sur TAB… renouvelle le processus. Si bien qu'il n'est pas possible de quitter ce champ en appuyant sur TAB.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3123Création d'utilisateurs avec unicode impossible2018-04-04T14:54:25+02:00Mathieu GiraudCréation d'utilisateurs avec unicode impossibleOn ne peut plus créer d'utilisateurs dont le nom contient de l'unicode.
Au moins sur `app` (sur `dev`, pas sûr).
Peut-être cela vient-il de 1894f954 ?
Ping #1345.On ne peut plus créer d'utilisateurs dont le nom contient de l'unicode.
Au moins sur `app` (sur `dev`, pas sûr).
Peut-être cela vient-il de 1894f954 ?
Ping #1345.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3122Vérifications sur des choses faites sans Ryan2018-04-19T12:25:28+02:00Mathieu GiraudVérifications sur des choses faites sans RyanPour Ryan, à son retour mi-avril
- #3121, 42b4a7c5 / 90b7ca4cPour Ryan, à son retour mi-avril
- #3121, 42b4a7c5 / 90b7ca4cRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3121Tags publics non vus dans add set/sample, mais bien vus dans search2018-05-24T13:04:15+02:00Mathieu GiraudTags publics non vus dans add set/sample, mais bien vus dans searchVu avec @mikael-s
Voir au passage e7f78f6.Vu avec @mikael-s
Voir au passage e7f78f6.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3114Filtrage de BioReader sans re-réserver de la mémoire2018-04-03T17:03:11+02:00Mathieu GiraudFiltrage de BioReader sans re-réserver de la mémoireÉchange par mail, @magiraud, à propose de #3080 :
> Actuellement on a pas de moyen d’accéder à une séquence quelconque d’un BioReader.
>- effectivement #3080 est possible (comme méthode de `BioReader` ?). J’ai l’impression qu’elle va re...Échange par mail, @magiraud, à propose de #3080 :
> Actuellement on a pas de moyen d’accéder à une séquence quelconque d’un BioReader.
>- effectivement #3080 est possible (comme méthode de `BioReader` ?). J’ai l’impression qu’elle va recréer un autre `BioReader` en O(répertoire filtré) avec *réservation mémoire* et écritures, c’est un peu bourrin… on pourrait certes dire que c’est peu comparé au O(répertoire filtré x taille read) de `align_against_collection` (qui réserve aussi de la mémoire au passage).
>- y aurait-il sinon une manière de le faire avec une méthode d’un `BioReader` qui, à partir d’une liste d’identifiant, itère et renvoie les séquences ? Même si c’est en O(répertoire initial) au début, il pourrait y avoir ensuite des changements dans `BioReader` qui fait cela en O(répertoire filtré)
@mikael-s :
> Oui ça serait possible mais pas sûr que cela change grand chose : l'utilisation mémoire restera négligeable par rapport à celle de la programmation dynamique.
Bref on fait #3080 comme prévu, pas de soucis pour cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3113Performance highlights feature-c/segmenter_highlights2018-07-05T09:37:49+02:00Ryan HerbertPerformance highlights feature-c/segmenter_highlightsPour logger un peu les résultats de mes tests.
Performances de `highlightToString`:
- Sans highlight seq (comportement avant refactor): 0.5-2 ms/clone
- Avec highlight seq (4 highlights à séquence): 5-15 ms/clone
Si on aligne les séquen...Pour logger un peu les résultats de mes tests.
Performances de `highlightToString`:
- Sans highlight seq (comportement avant refactor): 0.5-2 ms/clone
- Avec highlight seq (4 highlights à séquence): 5-15 ms/clone
Si on aligne les séquences, on passe à envviron 30 ms/clone
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3110ajouter des exceptions aux timeout2018-03-28T14:56:46+02:00Thonier Florianajouter des exceptions aux timeoutDepuis quelques jours, j'ai un utilisateur qui lance des jobs sur des gros fichiers de RNAseq (~4GO). Ses jobs finissent toujours en timeout (preprocess coupé à 4h, vidjil à 2h).
Est-il possible d'assigner des jobs lourds à un worker sp...Depuis quelques jours, j'ai un utilisateur qui lance des jobs sur des gros fichiers de RNAseq (~4GO). Ses jobs finissent toujours en timeout (preprocess coupé à 4h, vidjil à 2h).
Est-il possible d'assigner des jobs lourds à un worker spécifique pour lequel le timeout serait bien plus élevé, ou bien d'assigner dynamiquement un timeout plus long quand on peux prévoir qu'un tel job est en cours ?
Tel que je le vois, il faudrait être capable de détecter avant son lancement si un job risque le timeout :
* Poids des fichiers en entrée (automatique pour tous) ?
* Déclaration de l'utilisateur dans une liste blanche ?
* une case à cocher par l'utilisateur pour signifier qu'un fichier risque d'être lourd (j'y crois pas trop). Cependant, on pourrait alors avoir une liste des jobs pour lesquels nous validons les lancements avec exceptions.
Ensuite, il ne faut pas non plus bloquer le serveur :
* n'autoriser qu'un seul jobs sans timeout, 2 max ?
Que faire d'un job long qui finalement dépasserait le timeout sans être prévu:
* si le seul en cours, le laisser et le passer en exception à la volée (laisserai 2 ou 3 workers pour les jobs plus rapide) ?
* si déjà d'autres jobs en exception il faudrait le tuer et le relancer automatiquement dès qu'un place en exception de timeout se libère ?
Voilà, beaucoup de questions. Je ne sais pas si c'est aisé ou non, et ça demande peut-être beaucoup mise au point.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3109should: syntaxe claire pour expected / todo, bikeshedding `:`2018-04-04T08:19:44+02:00Mathieu Giraudshould: syntaxe claire pour expected / todo, bikeshedding `:`À la place de `1:` on peut mettre `f1:`, `s1:`, `e1:`. Y aurait-il d’autres modificateurs utiles ?
Pour `f` et `s`, y a-t-il des conventions (#3107 ou autres) sur coment désigner ce type de tests ?
Bikeshedding : faut-il imposer `1:`...À la place de `1:` on peut mettre `f1:`, `s1:`, `e1:`. Y aurait-il d’autres modificateurs utiles ?
Pour `f` et `s`, y a-t-il des conventions (#3107 ou autres) sur coment désigner ce type de tests ?
Bikeshedding : faut-il imposer `1:` ? Ne pourrait-on pas avoir une syntaxe avec rien ? Pas sûr du tout : on ne saurait plus distinguer les lignes avec un test ou sans test. Peut-être autoriser simplement `:` (ou `+:`) pour dire "au moins une occurrence".
Voir #3105.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3108should: bikeshedding2018-03-27T17:51:46+02:00Mathieu Giraudshould: bikeshedding`.should-get` est un peu verbeux. `.should` ? Autre chose ?
Si on fait #3107, le nom `should-to-tap` sera aussi probablement à changer. `should-testing` ? `stest` ? `shtest` (déjà pris) ? `shoutest` ?
Voir #3105`.should-get` est un peu verbeux. `.should` ? Autre chose ?
Si on fait #3107, le nom `should-to-tap` sera aussi probablement à changer. `should-testing` ? `stest` ? `shtest` (déjà pris) ? `shoutest` ?
Voir #3105https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3103Recombinaison avec ERG2018-08-30T14:51:55+02:00Thonier FlorianRecombinaison avec ERGWith the same protocole than for IKZF1 (cf #2139), some data with ERG recombination have been send to us.
I created germlines data from raw gene sequence and try the algorithm on 10 sequences.
Now, I created some should-get tests. Nee...With the same protocole than for IKZF1 (cf #2139), some data with ERG recombination have been send to us.
I created germlines data from raw gene sequence and try the algorithm on 10 sequences.
Now, I created some should-get tests. Need more examples to work correctly.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3098Un sample peut apparaître deux fois dans un set2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudUn sample peut apparaître deux fois dans un setVu par @flothoni. Arrive en particulier lorsqu'un set est dans le "Common sets", puis dans un "specific sets". Mais on peut aussi l'ajouter deux fois dans "specific sets".
Dans tous ces cas, ne pas changer les forms, faire peut-être jus...Vu par @flothoni. Arrive en particulier lorsqu'un set est dans le "Common sets", puis dans un "specific sets". Mais on peut aussi l'ajouter deux fois dans "specific sets".
Dans tous ces cas, ne pas changer les forms, faire peut-être juste au niveau du controlleur qui reçoit qu'une seule association soit créée et pas deux.
cc @RyanHerb