vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-07-29T11:05:02+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4438Changement de descripteur d'un axe2020-07-29T11:05:02+02:00Mathieu GiraudChangement de descripteur d'un axePeut-on dynamiquement changer les propriétés d'un axe, et avoir une méthode type `updateXXX` sans avoir à tout effacer/recréer ? ~"priority-1-low" :)
(lien #3508 ou pas ?)
cc @duezPeut-on dynamiquement changer les propriétés d'un axe, et avoir une méthode type `updateXXX` sans avoir à tout effacer/recréer ? ~"priority-1-low" :)
(lien #3508 ou pas ?)
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4437Axes: proposer de nouveaux axes2021-09-22T10:59:06+02:00Mathieu GiraudAxes: proposer de nouveaux axes
Réfléchir en septembre sur ce qui est rendu possible par le nouveau système et aiderait à des analyses bio.
Mais aussi #4436 (supprimer éventuellement des presets ?).
cc @flothoni @duez
Réfléchir en septembre sur ce qui est rendu possible par le nouveau système et aiderait à des analyses bio.
Mais aussi #4436 (supprimer éventuellement des presets ?).
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4436Preset axes: lesquels sont utilisés ?2020-12-16T16:03:22+01:00Mathieu GiraudPreset axes: lesquels sont utilisés ?cc @duez
Faire un suivi sur le serveur public.cc @duez
Faire un suivi sur le serveur public.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4435Versionner docker-backup2020-07-29T10:33:30+02:00Mathieu GiraudVersionner docker-backupMikaël : "un crontab, puis le serveur de backup"Mikaël : "un crontab, puis le serveur de backup"Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4434Certbot : documenter ce qui est fait sur vdb2020-12-24T10:59:48+01:00Mikaël SalsonCertbot : documenter ce qui est fait sur vdbPlus robuste que ce que j'ai décrit dans !770Plus robuste que ce que j'ai décrit dans !770Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4433URL: "browser" ne devrait jamais arriver spontanément2020-12-02T22:24:57+01:00Mathieu GiraudURL: "browser" ne devrait jamais arriver spontanément
Arrive pour Mathieu sous FF avec http://app.vidjil.org/ , mais pas si je lance https:// dès le début
Arrive pour Mathieu sous FF avec http://app.vidjil.org/ , mais pas si je lance https:// dès le débutmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4432URL: chaîne de réécriture visible2020-12-02T20:07:40+01:00Mathieu GiraudURL: chaîne de réécriture visible
http://app.vidjil.org/25736-25
nginx répond de suite, mais, le temps que tout soit chargé, il faut 5 à 20 secondes avant que la réécriture ne se refasse
http://app.vidjil.org/25736-25
nginx répond de suite, mais, le temps que tout soit chargé, il faut 5 à 20 secondes avant que la réécriture ne se refassemarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4431Config nginx : disparition de la section sur les CGI2021-01-04T09:59:11+01:00Mikaël SalsonConfig nginx : disparition de la section sur les CGId10b65f3 a factorisé des points communs de config Nginx, mais dans la bataille on a perdu la section qui s'occupait de `cgi/`. Est-ce bien voulu ? Sinon à rétablir.d10b65f3 a factorisé des points communs de config Nginx, mais dans la bataille on a perdu la section qui s'occupait de `cgi/`. Est-ce bien voulu ? Sinon à rétablir.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4430URL : faire un custom après avoir consulté des résultats ne donne pas la bonn...2020-12-02T20:07:43+01:00Mikaël SalsonURL : faire un custom après avoir consulté des résultats ne donne pas la bonne URLSi je consulte un résultat (par exemple : https://app.vidjil.org/browser/3241-25?) puis que j'ouvre le patient (Demo > open) puis que je compare certains samples (Compare some of these samples), le résultat s'affiche bien mais l'URL obte...Si je consulte un résultat (par exemple : https://app.vidjil.org/browser/3241-25?) puis que j'ouvre le patient (Demo > open) puis que je compare certains samples (Compare some of these samples), le résultat s'affiche bien mais l'URL obtenue est incorrecte empêchant toute réutilisation : https://app.vidjil.org/browser/3241-25?custom=2909&custom=3960&custom=6793marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4429Certaines URL ne fonctionnent plus2020-12-02T20:07:38+01:00Mikaël SalsonCertaines URL ne fonctionnent plusSuite à la mise à jour cette URL ne fonctionne plus (l'URL à laquelle je vais habituellement pour L3) : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25
Mais cette URL fonctionne : http://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25Suite à la mise à jour cette URL ne fonctionne plus (l'URL à laquelle je vais habituellement pour L3) : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25
Mais cette URL fonctionne : http://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4428URL : les clones sélectionnés ne sont plus conservés2021-01-04T09:11:03+01:00Mikaël SalsonURL : les clones sélectionnés ne sont plus conservésSur app (au moins), suite à la mise à jour du client, l'état du client présent dans l'URL (pour les clones sélectionnés) disparaît de l'URL après quelques réécritures et n'a donc plus d'effet.
Par exemple avec cette URL :
https://app.vi...Sur app (au moins), suite à la mise à jour du client, l'état du client présent dans l'URL (pour les clones sélectionnés) disparaît de l'URL après quelques réécritures et n'a donc plus d'effet.
Par exemple avec cette URL :
https://app.vidjil.org/browser/3241-25?clone=1
On se retrouve au bout d'un moment avec l'URL https://app.vidjil.org/browser/3241-25?, le chargement qui tourne en boucle et le chargement de l'analysis qui ne se fait pas (les clones ne sont pas colorés et regroupés).
Même chose avec https://app.vidjil.org/browser/3241-25?clone=1&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar où tous les paramètre disparaissent
Mais avec cette URL, cela fonctionne (j'ai retiré `clone=1`) : https://app.vidjil.org/browser/3241-25?plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,barmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4427Séquence consensus incomplète analyse comparée2021-04-08T19:03:55+02:00Anne de SeptenvilleSéquence consensus incomplète analyse comparéeJ'ai un problème de séquence consensus pour ce patient séquencé par différents laboratoires.
Avec nos données, la séquence consensus est incomplète (problème de de qualité ? autre ? ce sont de vieilles données... ce qui est étrange c'e...J'ai un problème de séquence consensus pour ce patient séquencé par différents laboratoires.
Avec nos données, la séquence consensus est incomplète (problème de de qualité ? autre ? ce sont de vieilles données... ce qui est étrange c'est que je ne me souvenais pas avoir eu ce problème précédemment avec le même fastq). Par contre pour les 4 autres laboratoires, pas de problème, la séquence consensus est ok et va jusqu'au bout du V. Mais quand je compare les 5 labos ensembles, la séquence est tronquée. Je sais qu'avant Vidjil choisissait plutôt la séquence consensus la plus longue. Quelque chose a changé de ce point de vue là ?
https://app.vidjil.org/31199-2?clone=0
J'ai un autre patient qui a exactement le même profile (séquence consensus tronquée uniquement dans nos données) mais là pas de problème, Vidjil donne une séquence complète lorsque j'affiche les 5 labos ensemble.
https://app.vidjil.org/31213-2?clone=0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4426Les tests IgBlast ne fonctionnent plus2020-07-31T17:56:14+02:00Thonier FlorianLes tests IgBlast ne fonctionnent plusLes tests external imgt ne passent plus. Voir demain si c'est temporaire. C'est valable quelque soit le browser utilisé.Les tests external imgt ne passent plus. Voir demain si c'est temporaire. C'est valable quelque soit le browser utilisé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4424Changement de tag et "smaller clones"2020-07-28T12:45:49+02:00Mathieu GiraudChangement de tag et "smaller clones"Actuellement, on voit le panneau de changement de tag même sur les "smaller clones", alors qu'on ne peut pas changer leur tag
Voir aussi ce que cela devient avec !755
cc @flothoniActuellement, on voit le panneau de changement de tag même sur les "smaller clones", alors qu'on ne peut pas changer leur tag
Voir aussi ce que cela devient avec !755
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4423Pre-process calib pour les UMI2020-07-28T11:54:45+02:00Mathieu GiraudPre-process calib pour les UMIExtrait de #2309
Ici réalisation du ~"server-pre-process", quand ce sera pertinent, avec wrapper (et infos de sortie json)
(et, à long terme, #3836)
cc @flothoniExtrait de #2309
Ici réalisation du ~"server-pre-process", quand ce sera pertinent, avec wrapper (et infos de sortie json)
(et, à long terme, #3836)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4422Afficher les index d'overlap2020-09-15T11:11:53+02:00Mathieu GiraudAfficher les index d'overlapFait partie de #3857.
Suite à #3830, un simple tableau dans `getHTML` ? Une nouvelle vue ?
voir aussi #4139Fait partie de #3857.
Suite à #3830, un simple tableau dans `getHTML` ? Une nouvelle vue ?
voir aussi #4139Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4421Pertinence / bon usage des tooltips2021-03-19T14:59:07+01:00Mathieu GiraudPertinence / bon usage des tooltipsPapoté avec @flothoni et @mikael-s
https://www.trychameleon.com/blog/why-tooltips-are-terrible-and-why-you-should-use-them
https://adamsilver.io/articles/the-problem-with-tooltips-and-what-to-do-instead/
Mikaël : "C'est pas choquant ...Papoté avec @flothoni et @mikael-s
https://www.trychameleon.com/blog/why-tooltips-are-terrible-and-why-you-should-use-them
https://adamsilver.io/articles/the-problem-with-tooltips-and-what-to-do-instead/
Mikaël : "C'est pas choquant qu'il y ait plus d'infos sur ordi que sur tablette", tout à fait !
Se renseigner sur les bons usages2021-03-19https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4420Tuer chromedriver après timeout des jobs Watir2022-03-23T13:48:58+01:00Mathieu GiraudTuer chromedriver après timeout des jobs WatirVu avec @flothoni et @mikael-s, après avoir exceptionnellement
> lancé un test fonctionnel sans fermer le browser
Chrome, même après le timeout de ~"dev-gitlab", n'est pas tué alors qu'il pourrait l'êtreVu avec @flothoni et @mikael-s, après avoir exceptionnellement
> lancé un test fonctionnel sans fermer le browser
Chrome, même après le timeout de ~"dev-gitlab", n'est pas tué alors qu'il pourrait l'êtrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4419Taille des sorties / utilisation du disque dans un serveur, particulièrement ...2020-07-31T17:52:24+02:00Mathieu GiraudTaille des sorties / utilisation du disque dans un serveur, particulièrement en -y allBeaucoup d'issues ces derniers temps sur la taille des sorties et l'occupation du disque en `-y all`.
Issue ici pour faire le point, que ce soit sur les choses déjà faites ou les choses possibles.
cc @flothoni @mikael-s
Sur un lanceme...Beaucoup d'issues ces derniers temps sur la taille des sorties et l'occupation du disque en `-y all`.
Issue ici pour faire le point, que ce soit sur les choses déjà faites ou les choses possibles.
cc @flothoni @mikael-s
Sur un lancement de `vidjil-algo`, indépendament de tout ~server :
- --no-windows, --no-airr, --no-windows #3861
- clone.fa #4386
- .vdj.fa #4387 (et #3795)
- .vidjil allégé #4036 (#4334, #4343)
- .vidjil.gz #4253
Sur interaction avec ~"server-database" / ~"server-hosting" :
- vijdil.gz #2015 (après #4254)
- supprimer .vidjil après insertion dans db #4388
- nettoyer régulièrement `/tmp/` vdj#1083.
Documenter également cela:
- pour vidjil-algo, 1 sample
- pour "server requirements"
Avec 2020.06, sur `-g germline/homo-sapiens.g -r 1 -y all` (pas fait `-3` ou autre, mais cela devrait être négligeable)
Autres colonnes/lignes bienvenues.
| | S22 | L3.0 | lil #4386
| ---- | ------ | ------ | ------ |
| *.fasta.gz* |*405 KB*| -- |
| *.fastq.gz* | -- |*308 MB*|
| .vidjil | 16 MB | 180 MB |
| .tsv | 3.3 MB | 30 MB |
| .vdj.fa | 3.5 MB | 56 MB |
| .windows.fa | 726 KB | 7.1 MB |
| seq/* | 43 MB | 415 MB | 15.1 GB
| total | 66 MB | 687 MB | 27.3 GB
| ---- | ------ | ------ |
| .vidjil.gz | 980 K | 15 MB |
Et .edges et .log sont négligeables.
(au passage, `--gz` et gzip du fichier .vidjil donnent en gros la même taille... mais pas exactement le même fichier)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4418Réparer le déploiement continu du client, via Docker2022-11-10T17:23:57+01:00Mathieu GiraudRéparer le déploiement continu du client, via Docker
En plus de #4417, faire que cela se déploie sur `app` pour tout push sur `prod-client`.
cc @duez
En plus de #4417, faire que cela se déploie sur `app` pour tout push sur `prod-client`.
cc @duezmarc duezmarc duez