vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-07-23T18:08:38+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4415URL : problème sur dev2020-07-23T18:08:38+02:00Mikaël SalsonURL : problème sur devLa branche `dev` est déployée sur dev (vous suivez ?).
Les URL fournies donnent une 404 quand on essaie d'y ré-accéder.
https://dev.vidjil.org/browser/26921-25?La branche `dev` est déployée sur dev (vous suivez ?).
Les URL fournies donnent une 404 quand on essaie d'y ré-accéder.
https://dev.vidjil.org/browser/26921-25?marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4413Erreur Javascript `isActive` lors de la mise à jour d'un clone dans le scatte...2020-07-31T17:58:37+02:00Mikaël SalsonErreur Javascript `isActive` lors de la mise à jour d'un clone dans le scatterplot chez plusieurs utilisateursDans les logs de debug cette erreur revient chez pas mal d'utilisateurs
```
default.py:53 /client/: TypeError: Cannot read property 'isActive' of undefined
at ScatterPlot.updateClone (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:886:13)...Dans les logs de debug cette erreur revient chez pas mal d'utilisateurs
```
default.py:53 /client/: TypeError: Cannot read property 'isActive' of undefined
at ScatterPlot.updateClone (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:886:13)
at ScatterPlot.updateClones (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:810:18)
at ScatterPlot.update (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:774:18)
at ScatterPlot.resize (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:564:14)
at http://app.vidjil.org/js/view.js:318:22
```
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4410La légende des couleurs ne se met pas à jour2020-07-22T12:19:26+02:00Mikaël SalsonLa légende des couleurs ne se met pas à jourhttp://app.vidjil.org/?set=3241&config=25
Lorsqu'on change de couleur (par exemple productivity), la légende ne se met pas immédiatement à jour, il faut changer de sample pour que cela soit effectif.
Un problème d'update ? cc @duezhttp://app.vidjil.org/?set=3241&config=25
Lorsqu'on change de couleur (par exemple productivity), la légende ne se met pas immédiatement à jour, il faut changer de sample pour que cela soit effectif.
Un problème d'update ? cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4408Avec un problème d'ordre les données ne s'affichent pas correctement2020-07-24T14:28:46+02:00Mikaël SalsonAvec un problème d'ordre les données ne s'affichent pas correctementDepuis #4407.
On peut avoir différents problèmes qui font qu'on n'arrive pas à déterminer l'ordre des samples. Quelque soit la raison d'un tel problème, les résultats doivent s'afficher correctement. Ne pas pouvoir déterminer l'ordre d...Depuis #4407.
On peut avoir différents problèmes qui font qu'on n'arrive pas à déterminer l'ordre des samples. Quelque soit la raison d'un tel problème, les résultats doivent s'afficher correctement. Ne pas pouvoir déterminer l'ordre des samples n'est pas un problème critique qui empêche l'affichage des données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4401En compare sample, les clones du timepoint qui sont à zero ne sont pas affichés2022-05-17T17:35:36+02:00Thonier FlorianEn compare sample, les clones du timepoint qui sont à zero ne sont pas affichésPrenons un clone présent dans le sample A mais pas dans B. Si on se met en compare sample (preset 9), il sera visible si le sample en m.t est A, mais pas si c'est B.
Cela doit être provoqué car nous filtrons les boules sur leur taille d...Prenons un clone présent dans le sample A mais pas dans B. Si on se met en compare sample (preset 9), il sera visible si le sample en m.t est A, mais pas si c'est B.
Cela doit être provoqué car nous filtrons les boules sur leur taille dans le sample courant. Pour ce preset, il faudrait aussi regarder dans le sample opposé. Dans ce cas, quelle taille conservé et afficher ...
![Screenshot_20200709_164031](/uploads/5097d33549267ad20f669d4fe1f854de/Screenshot_20200709_164031.png)
![Screenshot_20200709_164051](/uploads/5701872ff7f8af8f7d99a660be5579d2/Screenshot_20200709_164051.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4397Problème d'update de la vue colorMethod dans la vue info2020-07-24T12:26:40+02:00Thonier FlorianProblème d'update de la vue colorMethod dans la vue infoDepuis le passage à smartupdate, nous n'avons plus d'update de la div indicatrice du colorMethod choisi (commit 85345d1d).Depuis le passage à smartupdate, nous n'avons plus d'update de la div indicatrice du colorMethod choisi (commit 85345d1d).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4396Inversion des axes numeriques2020-07-28T11:58:05+02:00Thonier FlorianInversion des axes numeriques
Sur le preset 9, on s'attend à voir l'axe `size_other` en reverse. Ce n'est plus le cas depuis le refactor. Dans le fichier `axis.js`, la boucle reverse est strictement identique à l'autre.
Un oubli lors du refactor ?
Sur le preset 9, on s'attend à voir l'axe `size_other` en reverse. Ce n'est plus le cas depuis le refactor. Dans le fichier `axis.js`, la boucle reverse est strictement identique à l'autre.
Un oubli lors du refactor ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4394loadAnalysis; erreur si l'ordre des clones diffère de l'ordre du top2020-07-09T09:36:07+02:00Thonier FlorianloadAnalysis; erreur si l'ordre des clones diffère de l'ordre du topUn bug retrouvé à ~"LIL-Lille": https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/10
Une fois validé, il faudra déployer le hotfix.Un bug retrouvé à ~"LIL-Lille": https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/10
Une fois validé, il faudra déployer le hotfix.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4381Certaines analyses on des samples en double dans le champs order2020-07-23T12:06:58+02:00Thonier FlorianCertaines analyses on des samples en double dans le champs orderJe suis tombé sur une erreur dans le champs `order` avec des samples présents en double. Cela provoque une boucle infinie.
Je n'ai aucune idée de la manière dont ce doublon est arrivé. L'analyse date d'il y a plusieurs années.Je suis tombé sur une erreur dans le champs `order` avec des samples présents en double. Cela provoque une boucle infinie.
Je n'ai aucune idée de la manière dont ce doublon est arrivé. L'analyse date d'il y a plusieurs années.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4376Adaptation de l'axe des X pour les histogrammes2021-09-15T19:33:09+02:00Mikaël SalsonAdaptation de l'axe des X pour les histogrammesDepuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications ...Depuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications que tu as faites sur le client ?
C'est d'autant plus utile maintenant qu'on a les clones de distribution qui s'affichent dans l'histogramme. L'histogramme porte donc sur un intervalle plus large et les vrais clones sont sur une plage plus écrasée.
Voici ce que donne l'histogramme chez moi par défaut pour L3 par exemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=clone%20average%20read%20length,size,bar
Ne serait-ce que sélectionner est difficile sans pouvoir focus sur certains clones.
![Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_](/uploads/e69a369f979f5e1dc3429c35f32bf3fb/Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_.png)
Voir aussi #2431 #3503https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4374Taille des clones de distribution dans le grid V/J // Cacher les clones non i...2020-07-22T13:55:02+02:00Mathieu GiraudTaille des clones de distribution dans le grid V/J // Cacher les clones non intéressantshttp://app.vidjil.org/?set=25736&config=56, 3è sample
Les clones de distribution font un clone "undefined V/undefined J" (normal), mais... il y a juste un petit point, alors que c'est 80% ! C'est probablement qu'on voit en fait 200+ pet...http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56, 3è sample
Les clones de distribution font un clone "undefined V/undefined J" (normal), mais... il y a juste un petit point, alors que c'est 80% ! C'est probablement qu'on voit en fait 200+ petits points superposés (changer par exemple l'axe x en "average read length").
C'est déjà curieux qu'ils ne soient pas "décalés" poru faire un nuage de points...
... mais un seul paquet serait mieux qu'un nuage (qui dépend juste de l'axe de distribution). Avoir un moyen de regrouper ces clones ? Est-ce que cela correspondrait à faire un "nouveau" clone de distribution ?
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4359URL: problème si l'on recharge une page en local2020-12-02T20:07:45+01:00Thonier FlorianURL: problème si l'on recharge une page en localEn lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il...En lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il m'est arrivé de me voir bloquer par la gestion des URLs.
Les url finissent parfois par un `?` et je me retrouve avec une erreur 404.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4305Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set2021-10-08T11:28:52+02:00Thonier FlorianLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer un setUn utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne ...Un utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne sais pas si c'est volontaire ou s'il s'agit d'une régression.
ps: c'est valable pour tous les usagers.Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4303Waiting for server reply / still waiting alors que le .vidjil est chargé2020-06-12T20:44:03+02:00Mathieu GiraudWaiting for server reply / still waiting alors que le .vidjil est chargé
J'ai un message "still waiting...", sur deux navigateurs différents, sur Demo : https://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25
Ce qui est curieux est que je pense déjà avoir récupéré le `.vidjil`, quasi tout s'affiche, je peux util...
J'ai un message "still waiting...", sur deux navigateurs différents, sur Demo : https://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25
Ce qui est curieux est que je pense déjà avoir récupéré le `.vidjil`, quasi tout s'affiche, je peux utiliser certaines fonctionnalités... de toute manière, tant qu'on n'a pas tout récupéré le `.vidjil`, rien ne se passe ?
Cela vient peut-être de ma machine/connexion, mais, même dans ce cas, il faudrait comprendre ce qu'il se passe.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4298Erreur si aucun clone présent à l'ouverture d'une analyse.2020-06-09T11:08:37+02:00Thonier FlorianErreur si aucun clone présent à l'ouverture d'une analyse.Je viens de tomber sur un cas d'analyse IKZF1/ERG pour lequel il n'y a aucun clone.
L'interface dans ce cas produit une erreur et ne va pas au bout du chargement. L'utilisateur reste alors "bloqué" sur la page base de données et on con...Je viens de tomber sur un cas d'analyse IKZF1/ERG pour lequel il n'y a aucun clone.
L'interface dans ce cas produit une erreur et ne va pas au bout du chargement. L'utilisateur reste alors "bloqué" sur la page base de données et on continue d'afficher `still waiting server reply`.
Un cas: https://app.vidjil.org/?set=38056&config=49Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4272Vidjil-algo : double free or corruption2020-05-07T21:56:26+02:00Mikaël SalsonVidjil-algo : double free or corruptionSuite de #4263 : il reste des fichiers en échec.Suite de #4263 : il reste des fichiers en échec.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4265Erreur Javascript dans computeBarTab2020-06-12T20:06:45+02:00Mikaël SalsonErreur Javascript dans computeBarTabOn a des remontées (automatiques) d'erreurs dans le client pour plusieurs utilisateurs. Voilà la traceback, ça concerne `computeBarTab` et une propriété inexistante.
```
/client/: TypeError: Cannot set property 'bar_y' of undefined
...On a des remontées (automatiques) d'erreurs dans le client pour plusieurs utilisateurs. Voilà la traceback, ça concerne `computeBarTab` et une propriété inexistante.
```
/client/: TypeError: Cannot set property 'bar_y' of undefined
at ScatterPlot.computeBarTab (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:703:47)
at ScatterPlot.updateClones (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:1141:18)
at ScatterPlot.update (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:1098:18)
at ScatterPlot.resize (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:885:14)
at ScatterPlot.init (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:185:18)
at Model.init (http://rbx.vidjil.org/js/model.js:1337:26)
at Model.applyAnalysis (http://rbx.vidjil.org/js/model.js:461:14)
at Model.initClones (http://rbx.vidjil.org/js/model.js:355:14)
at Database.display_result (http://rbx.vidjil.org/js/database.js:453:18)
at Object.success (http://rbx.vidjil.org/js/database.js:860:22)
```
cc @duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4263Vidjil-algo : Double free or corruption2020-05-07T21:56:26+02:00Mikaël SalsonVidjil-algo : Double free or corruptionAvec la configuration « Export all clones » du serveur (`-3 -y all -z all -e 1 -2 -d -w 50 -r 5 --no-vidjil`), fichier 64565.Avec la configuration « Export all clones » du serveur (`-3 -y all -z all -e 1 -2 -d -w 50 -r 5 --no-vidjil`), fichier 64565.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4252Impossible de relancer une analyse effectuée2020-04-21T15:36:49+02:00Anne de SeptenvilleImpossible de relancer une analyse effectuéeJe ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurai...Je ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurais préféré d'abord réanalyser avec la dernière config (prenant en compte le consensus on random sample).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4242Le compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refused2020-04-10T18:06:06+02:00Mikaël SalsonLe compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refused