vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-05-31T17:50:28+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2874La barre légère du "compare two samples" ne se voit plus dans le graphe2018-05-31T17:50:28+02:00Mathieu GiraudLa barre légère du "compare two samples" ne se voit plus dans le grapheDe plus, on devrait indiquer quel samples on compare dans la légende -> #2883 De plus, on devrait indiquer quel samples on compare dans la légende -> #2883 https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2871"Voir" tous les clones2020-11-13T19:31:23+01:00Tatiana Rocher"Voir" tous les clonesDemandé lors du TP par Liu (Chine), Marleen (Belgique) et Simona (Italy).
@RyanHerb a plus d'infosDemandé lors du TP par Liu (Chine), Marleen (Belgique) et Simona (Italy).
@RyanHerb a plus d'infoshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2869Menu patient : le logout est mal placé2017-11-22T13:01:38+01:00Tatiana RocherMenu patient : le logout est mal placéAurélie a toujours cru que la croix pour fermer la fenêtre revient à se logout car le lien de logout se trouve juste à côté.Aurélie a toujours cru que la croix pour fermer la fenêtre revient à se logout car le lien de logout se trouve juste à côté.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2865Tuto : annotations dans la marge trop petites2020-09-28T00:25:14+02:00Tatiana RocherTuto : annotations dans la marge trop petitesLors du TP il y avait des +60ans =)Lors du TP il y avait des +60ans =)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2863Tuto : allèle "only not *01"2020-09-28T00:25:10+02:00Tatiana RocherTuto : allèle "only not *01"Expliquer dans le tuto à quoi il sert de cacher seulement les allèles *01.Expliquer dans le tuto à quoi il sert de cacher seulement les allèles *01.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2861Tuto : signification du '+' dans IGH+2017-11-23T00:05:56+01:00Tatiana RocherTuto : signification du '+' dans IGH+Expliquer ce que ça veut dire.Expliquer ce que ça veut dire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2858Rapport : découpage des séquences par IMGT et Vidjil2017-11-22T16:05:33+01:00Tatiana RocherRapport : découpage des séquences par IMGT et VidjilDemandé par Paris Debré :
Pourvoir avoir les découpages V-D-J de Vidjil et IMGT dans le rapport.Demandé par Paris Debré :
Pourvoir avoir les découpages V-D-J de Vidjil et IMGT dans le rapport.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2857Rapport personnalisé2017-11-22T16:02:38+01:00Tatiana RocherRapport personnaliséDemandé en TP par Paris Debré :
Pouvoir avoir une liste à cocher pour sélectionner les infos à mettre dans le rapport.Demandé en TP par Paris Debré :
Pouvoir avoir une liste à cocher pour sélectionner les infos à mettre dans le rapport.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2855Erreur sur l'upload de fichiers "doublons"2017-11-30T07:59:26+01:00Ryan HerbertErreur sur l'upload de fichiers "doublons"Si un fichier existe déjà sur le serveur (dans le même type de set, il semblerait), l'upload échoue, silencieusement du point de vue de l'utilisateur, mais le message de retour est que le sample existe déjà.
Il semblerait que la vérific...Si un fichier existe déjà sur le serveur (dans le même type de set, il semblerait), l'upload échoue, silencieusement du point de vue de l'utilisateur, mais le message de retour est que le sample existe déjà.
Il semblerait que la vérification d'existance d'un doublon de sample pour un set donné vérifie tous les sets accessibles.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2854Tuto : questions et remarques diverses2017-11-22T12:55:30+01:00Tatiana RocherTuto : questions et remarques diversesCertaines options du tuto ont amenées des questions -> explication à mettre dans le tuto :
- A partir de quel seuil de read analysés apparait le panneau de chantier "attention" ? #2864
- A soit sert-il de cacher seulement les allèles *01...Certaines options du tuto ont amenées des questions -> explication à mettre dans le tuto :
- A partir de quel seuil de read analysés apparait le panneau de chantier "attention" ? #2864
- A soit sert-il de cacher seulement les allèles *01 ? #2863
- Pourquoi ces noms pour les couleurs ? #2862
- A quoi sert le '+' de IGH+ ? #2861
D'autres points sont plus sur le tuto lui même :
- les annotations dans la marge sont trop petites #2865
- le nom "read" est considéré comme masculin dans la communauté -> changer les accords #2866
- nous n'avons pas trouvé les clones V11-J3 hier (alors que @aurelBZH l'a fait sans problème la veille) #2867 https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2849Incident 2017-11-22 : Upload impossible ?2018-02-16T12:10:55+01:00Mathieu GiraudIncident 2017-11-22 : Upload impossible ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2848Avoir l'info du login/logout toujours visible en haut à droite2020-11-19T12:02:20+01:00Thonier FlorianAvoir l'info du login/logout toujours visible en haut à droiteL'idée ici est de ne pas passer par l'ouverture de la DB pour se déconnecter. De plus, avoir une vue rapide sur l'utilisateur que l'on est (cas d'un labo avec un pc servant à plusieurs tech par exemple).
Cette information pourrait se t...L'idée ici est de ne pas passer par l'ouverture de la DB pour se déconnecter. De plus, avoir une vue rapide sur l'utilisateur que l'on est (cas d'un labo avec un pc servant à plusieurs tech par exemple).
Cette information pourrait se trouver dans la barre de menu, à droite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2847Problème avec align quand on change de patient : `this.sequence` dans Segmen...2018-04-05T09:51:21+02:00Thonier FlorianProblème avec align quand on change de patient : `this.sequence` dans Segmenter n'est pas mise à jourUne remarque de ~"LIL-Lille" : de temps en temps, la fonction alignement ne fonctionne pas. Je présume qu'il doit s'agir d'un problème dnas l'accès au fichier CGI, ou bien d'un timeout dependant de leur réseau. Il faudrait avoir un log q...Une remarque de ~"LIL-Lille" : de temps en temps, la fonction alignement ne fonctionne pas. Je présume qu'il doit s'agir d'un problème dnas l'accès au fichier CGI, ou bien d'un timeout dependant de leur réseau. Il faudrait avoir un log qui correspond dans ce cas.
Sinon, rechercher l'origine de l'erreur, mais a priori completement aléatoire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2846Le cluster par V ne marche pas2021-11-16T16:51:53+01:00Thonier FlorianLe cluster par V ne marche pasIl s'agit d'un bug vu au cours du TP.
Un simple refresh de la page permet de retrouvé un comportement normal.
Le `cluster by V` ne marche plus. Aucune idée de la raison, mais je présume encore qu'il s'agit d'un appel à une fonction tier...Il s'agit d'un bug vu au cours du TP.
Un simple refresh de la page permet de retrouvé un comportement normal.
Le `cluster by V` ne marche plus. Aucune idée de la raison, mais je présume encore qu'il s'agit d'un appel à une fonction tierce au cours du TP qui fait planté la suite.
A voir pour reproduire le comportement et isolé la fonction incriminée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2844Les clones en hide sont toujours affichés dans le segmenter2019-01-17T13:20:53+01:00Thonier FlorianLes clones en hide sont toujours affichés dans le segmenterUn bug vu par ~"LIL-Lille" :
Si on séléctionne quelques clones que l'on met en hide (via le bouton), on continue a montrer ces clones dans le segmenter. Il s'agit peut-être d'un simple refresh a afficher pour ne plus les montrer.Un bug vu par ~"LIL-Lille" :
Si on séléctionne quelques clones que l'on met en hide (via le bouton), on continue a montrer ces clones dans le segmenter. Il s'agit peut-être d'un simple refresh a afficher pour ne plus les montrer.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2843La valeur des paramètres n'est pas forcement celle appliquée lors d'un charge...2022-06-22T10:02:08+02:00Thonier FlorianLa valeur des paramètres n'est pas forcement celle appliquée lors d'un chargement d'analyselié à #2842:
lors d'un chargement d'un fichier et de son analyse, on se retrouve parfois avec les settings qui ont été enregistrés et sauvegardés dans le `analysis` (il me semble), cependant, on ne positionne pas les settings sur cett...lié à #2842:
lors d'un chargement d'un fichier et de son analyse, on se retrouve parfois avec les settings qui ont été enregistrés et sauvegardés dans le `analysis` (il me semble), cependant, on ne positionne pas les settings sur cette valeur ce qui provoque une discordance.
Il faut donc modifier lors du chargement d'une analyse la valeur du setting.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2841cluster par v/5' et j/3' ne marche qu'en partie2021-11-16T17:26:48+01:00Ghost Usercluster par v/5' et j/3' ne marche qu'en partieavec demo LIL 3 :
pour le v/5'
![Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3__tutorial___multi+inc+xxx_](/uploads/0ac9ce13d4646c865069515fb536c0fc/Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3__tutorial___multi+inc+xxx_.png)
pour le j/3'
![Screenshot-2017-11...avec demo LIL 3 :
pour le v/5'
![Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3__tutorial___multi+inc+xxx_](/uploads/0ac9ce13d4646c865069515fb536c0fc/Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3__tutorial___multi+inc+xxx_.png)
pour le j/3'
![Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3_j3__tutorial___multi+inc+xxx_](/uploads/005c0b5c0768717be5bbedc77cf587ae/Screenshot-2017-11-21_Demo_LIL-L3_j3__tutorial___multi+inc+xxx_.png)
le clustering par V/5'et j/3' ne marche pas completement, ca donne l'impression que le traitement commence, a le bon comportement puis s'arrète en cour de route.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2840A quoi sert le bouton tag visibility ?2018-02-16T12:10:55+01:00Thonier FlorianA quoi sert le bouton tag visibility ?En dessous du slider de filter clone, nous avons un boutton `tag visibility`.
A priori il n'y a aucune action attachée à ce bouton, et aucun effet si on clique dessus.
S'agit-il d'une reminiscence du passé ou est-il sensé avoir une fo...En dessous du slider de filter clone, nous avons un boutton `tag visibility`.
A priori il n'y a aucune action attachée à ce bouton, et aucun effet si on clique dessus.
S'agit-il d'une reminiscence du passé ou est-il sensé avoir une fonction. Si tel est le cas, il n'est pas forcement très explicite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2839Tuto : déplacer l'utilisation des shortcut H et G2020-09-28T00:25:10+02:00Thonier FlorianTuto : déplacer l'utilisation des shortcut H et GAu cours du TP, plusieurs utilisateurs n'ont pas pu utiliser les shortcut H et G comme demandé car il n'y avait pas d'effet.
Si on recharge la page, on retrouve un fonctionnement normal.
La source du bug est peut-être a chercher dans...Au cours du TP, plusieurs utilisateurs n'ont pas pu utiliser les shortcut H et G comme demandé car il n'y avait pas d'effet.
Si on recharge la page, on retrouve un fonctionnement normal.
La source du bug est peut-être a chercher dans l'une des étapes du TPhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2838Pouvoir unifier le short_name et l'affichage des insert2018-08-07T09:13:18+02:00Thonier FlorianPouvoir unifier le short_name et l'affichage des insertUne remaque d'Aurélie à ~"LIL-Lille" lié à #2789: Elle trouve plus propre d'avoir une clone name où les insert sont unifié (remarque qui n'est pas partagé par Nathalie).
Du coup, on revient à ce qui était proposé au début de cette tâche...Une remaque d'Aurélie à ~"LIL-Lille" lié à #2789: Elle trouve plus propre d'avoir une clone name où les insert sont unifié (remarque qui n'est pas partagé par Nathalie).
Du coup, on revient à ce qui était proposé au début de cette tâche. On ne peux pas imaginer avec une autre option de setting pour ce format ?
PS : je creer une autre tâche que la #2789 car il s'agit ici de proposer une option dans le setting et non pas de la valeur seuil.