vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-04-18T19:30:47+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3194Pouvoir visualiser, sans télécharger, un fichier (texte) faisant partie de la...2018-04-18T19:30:47+02:00Mathieu GiraudPouvoir visualiser, sans télécharger, un fichier (texte) faisant partie de la sortie d'un répertoire tmp/ d'analyseDans "Output files for process"Dans "Output files for process"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3192Avoir un axe "germlines dans l'ordre du locus"2021-01-20T12:27:01+01:00Mathieu GiraudAvoir un axe "germlines dans l'ordre du locus"Avoir un axe qui trie les gènes dans l'ordre de leurs positions sur le chromosome.
Voir aussi #1629 et #3009.
Cela pourrait par exemple aider à être plus conscient des changements de V #1726.Avoir un axe qui trie les gènes dans l'ordre de leurs positions sur le chromosome.
Voir aussi #1629 et #3009.
Cela pourrait par exemple aider à être plus conscient des changements de V #1726.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3187Filtrage du BioReader pour align_against_collection : gérer le cas s'il y a p...2018-07-12T18:00:22+02:00Mikaël SalsonFiltrage du BioReader pour align_against_collection : gérer le cas s'il y a peu de résultats à getMultiResults()On pourrait avoir le cas où on a peu de k-mers correspondent à des gènes V existants (à cause de mutations par exemple).
Si on a seulement 3 k-mers qui correspondent à du V4 et 2 à du V6, a-t-on vraiment envie de privilégier ces deux gè...On pourrait avoir le cas où on a peu de k-mers correspondent à des gènes V existants (à cause de mutations par exemple).
Si on a seulement 3 k-mers qui correspondent à du V4 et 2 à du V6, a-t-on vraiment envie de privilégier ces deux gènes-là plutôt que les autres ? Il y a donc un certain seuil à partir duquel on n'a plus envie de filtrer le `BioReader`.
On pourrait calculer un seuil de p-valeur pour savoir si le nombre de k-mers est satisfaisant par exemple. On a déjà tout ce qu'il faut normalement.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3185Requêtes SQL imbriquées2018-04-17T13:36:59+02:00Mathieu GiraudRequêtes SQL imbriquéesDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3169#note_85381 :
> @mikael-s : Il se trouve que le `IN ( SELECT ...` ne semble pas être la solution recommandée. Il vaut mieux préférer des `INNER JOIN` : https://dba.stackexchange.co...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3169#note_85381 :
> @mikael-s : Il se trouve que le `IN ( SELECT ...` ne semble pas être la solution recommandée. Il vaut mieux préférer des `INNER JOIN` : https://dba.stackexchange.com/questions/14565/mysql-subquery-slows-down-drastically-but-they-work-fine-independently
Y aurait-il d'autres requêtes de ce type que !189 dans notre code ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3184Factoriser js/form_builder.js et views/partial/file/form.html2018-04-17T14:55:19+02:00Mathieu GiraudFactoriser js/form_builder.js et views/partial/file/form.htmlOn peut vivre avec la duplication actuelle même si ce n'est pas très agréable.
Serait-ce possible de faire un appel de `node ...` sur un `.js` qui regénererait `form.html` à partir de `js/form_builder.js` ? Ou une autre solution dans l'...On peut vivre avec la duplication actuelle même si ce n'est pas très agréable.
Serait-ce possible de faire un appel de `node ...` sur un `.js` qui regénererait `form.html` à partir de `js/form_builder.js` ? Ou une autre solution dans l'autre sens ?
Si c'est trop complexe, pas de soucis, on laisse ainsi.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3183Un sample devrait appartenir à au plus un patient et au plus un run2018-06-18T10:49:11+02:00Mathieu GiraudUn sample devrait appartenir à au plus un patient et au plus un runVu de la db, les patients/runs/sets sont la même chose. Pas pour les utilisateurs et le ~"bio-control".
On pourrait limiter l'appartenance d'un set à au plus un patient et un run.
Cette limitation ne serait pas "dure" dans la DB (on ne ...Vu de la db, les patients/runs/sets sont la même chose. Pas pour les utilisateurs et le ~"bio-control".
On pourrait limiter l'appartenance d'un set à au plus un patient et un run.
Cette limitation ne serait pas "dure" dans la DB (on ne change pas les tables), uniquement soft sur les formulaires qui font l'assignation (voire sur les contrôleurs derrière).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3182Aligner "Common sets" sur "Other sets"2018-04-17T12:42:51+02:00Mathieu GiraudAligner "Common sets" sur "Other sets"Suite à #3178, faire comme sur http://www.vidjil.org/z/2018-multi-upload.png (ou même encore mieux aligné), ce sera plus parlant que les objets sont similaires.Suite à #3178, faire comme sur http://www.vidjil.org/z/2018-multi-upload.png (ou même encore mieux aligné), ce sera plus parlant que les objets sont similaires.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3181Lancer CloneDB depuis fuse.py ou en offline2019-02-14T18:19:54+01:00Mathieu GiraudLancer CloneDB depuis fuse.py ou en offlineExtrait de #2312 et clonedb#1 :
> Lancer la cloneDB sur tous les clones côté client peut être une mauvaise idée ! (à voir si on le fait dans le `fuse.py`).
Pourquoi pas... mais dans ce cas, pas de check sur la contamination intra-run #...Extrait de #2312 et clonedb#1 :
> Lancer la cloneDB sur tous les clones côté client peut être une mauvaise idée ! (à voir si on le fait dans le `fuse.py`).
Pourquoi pas... mais dans ce cas, pas de check sur la contamination intra-run #1744 (qui pourrait être fait séparément).
À voir aussi comment on indique que cela a été fait "à une certain moment" (et donc, si on revient plus tard, pas forcément à jour). Et/ou relancer périodiquement CloneDB sur le serveur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3179incohérence du champ "sets" en mode modification d'échantillon2018-06-13T17:40:07+02:00Thonier Florianincohérence du champ "sets" en mode modification d'échantillonA l'usage et suite à une demande de ~"LIL-Lille" , je me rend compte que nous avons un comportement contre-intuitive lors de la modification d'un échantillon.
![Screenshot_20180417_100607](/uploads/a34ad91fcbb112260b29de3935e7943b/Scree...A l'usage et suite à une demande de ~"LIL-Lille" , je me rend compte que nous avons un comportement contre-intuitive lors de la modification d'un échantillon.
![Screenshot_20180417_100607](/uploads/a34ad91fcbb112260b29de3935e7943b/Screenshot_20180417_100607.png)
Sur l'image présente, on peux voir l'ajout multiple d'échantillons. Pour spécifier les sets, nous avons deux champs: le premier en haut permet de spécifier les champs communs à tous les échantillons; le second, en bout de chaque ligne d'échantillon, permet d'ajouter une donnée spécifique à cet échantillon.
Lorsque l'on passe en modification d'un échantillon, on retrouve la même disposition. En revanche, celui qui est tout en haut devient le champ `sets` (pour un seul échantillon, nous n'avons plus besoin du champ `common sets`). Celui en bout de ligne (précédemment `sets`) est désactivé.
Je pense que l'on peux intervertir les deux dans cette vue.
Ps: prévenir ~"LIL-Lille"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3177Export graph : ne pas le proposer si le graph n'est pas affiché2018-09-26T16:50:45+02:00Mikaël SalsonExport graph : ne pas le proposer si le graph n'est pas affichéLa visualisation du graph peut-être désactivée (c'est le cas par défaut quand il n'y a qu'un sample). Dans ce cas il ne faut pas permettre l'export SVG du graph puisqu'il échoue. Il faudrait en revanche proposer l'export du second scatte...La visualisation du graph peut-être désactivée (c'est le cas par défaut quand il n'y a qu'un sample). Dans ce cas il ne faut pas permettre l'export SVG du graph puisqu'il échoue. Il faudrait en revanche proposer l'export du second scatterplot.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3176Le changement de patients via le menu patients, après demande de confirmation...2018-04-16T16:04:18+02:00Mikaël SalsonLe changement de patients via le menu patients, après demande de confirmation, est non fonctionnelLorsqu'on va voir plusieurs patients à la suite dans la même fenêtre ceux-ci s'ajoutent au menu « patients ».
Si on effectue une modification sur le patient courant, qu'on ne sauvegarde pas et qu'on essaie de changer de patient, on nous ...Lorsqu'on va voir plusieurs patients à la suite dans la même fenêtre ceux-ci s'ajoutent au menu « patients ».
Si on effectue une modification sur le patient courant, qu'on ne sauvegarde pas et qu'on essaie de changer de patient, on nous demandera de confirmer notre choix. Si on confirme, on n'est pas redirigé vers le patient et la fenêtre de confirmation ne se ferme pas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3174La colonne groups n'affiche plus rien2020-07-01T11:22:59+02:00Mikaël SalsonLa colonne groups n'affiche plus rienSur la liste des patients, cette colonne est désespérément vide alors que des utilisateurs ont uploadé des données qui appartiennent à des groupes (par exemple l'utilisateur 193).Sur la liste des patients, cette colonne est désespérément vide alors que des utilisateurs ont uploadé des données qui appartiennent à des groupes (par exemple l'utilisateur 193).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3173Pagination par défaut de la reqûete patients2020-06-18T16:52:44+02:00Mathieu GiraudPagination par défaut de la reqûete patientsDepuis !186 :
> > @magiraud: En voyant les différents commits où on a "oublié" d'appeler la pagination, ne pourrait-on pas faire que `'page': 0` soit la valeur par défaut lorsqu'on ne met rien (et un `'page': None` ferait une requête no...Depuis !186 :
> > @magiraud: En voyant les différents commits où on a "oublié" d'appeler la pagination, ne pourrait-on pas faire que `'page': 0` soit la valeur par défaut lorsqu'on ne met rien (et un `'page': None` ferait une requête non paginée) ?
> @mikael-s : si, c'est ce que je me suis dit aussi, mais je ne suis pas sûr des endroits à modifierhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3171Statistiques multi-samples et contrôle de qualité run/sample, plan de bataille2024-02-21T14:12:12+01:00Mathieu GiraudStatistiques multi-samples et contrôle de qualité run/sample, plan de batailleDiscuté avec @flothoni et @mikael-s suite à ~"ec-ngs" à Lille. Le point le plus revenu dans les échanges, on s'y met en mai-juin de notre côté.
**Prérequis, pipeline de base**
- contrôleur préparant des métadonnées + ensemble de `.vid...Discuté avec @flothoni et @mikael-s suite à ~"ec-ngs" à Lille. Le point le plus revenu dans les échanges, on s'y met en mai-juin de notre côté.
**Prérequis, pipeline de base**
- contrôleur préparant des métadonnées + ensemble de `.vidjil` #3041
- qui récupère des infos des `.vidjil` #3172 (donc #2240)
- puis vue générique #2235 (app-stats: autre chose, plutôt explorer distributions V/J)
Premier but: commencer déjà par infos présentes dans `.vidjil`, typiquement *nombre de reads segmentées* et *clone principal avec son abondance*.
**Puis**
- (Jouable) Plus d'infos dans le `.vidjil`, mieux structurées, déjà depuis vidjil-algo
- les `UNSEG` triés #3049
- warnings par clone / sample #3086 #3060. Documenter, en faire de nouveaux
- (Jouable) vue spécifique #2875, spécialise #2235 pour QC, contrôles
- ~"!-hard" plus fort que #2875, profil par type de manipulation (sequenceur, données, ..) ou utilisateur #3168
- Présence des primers #3152 #1253
- ~"!-hard" (modification db) Pré-process #3154 (déjà PEAR #3054)Web 2024.04CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3170Pre-process: stocker le log en fichier et non pas en texte brut2018-04-13T17:34:07+02:00Mathieu GiraudPre-process: stocker le log en fichier et non pas en texte brut@mikael-s : être cohérent avec ce qu'on fait pour les process principaux@mikael-s : être cohérent avec ce qu'on fait pour les process principauxhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3168Warnings / qualité par type de manipulation ou même par utilisateur2018-09-14T12:07:14+02:00Mathieu GiraudWarnings / qualité par type de manipulation ou même par utilisateurPlus fort que #2875.
Profil par type de manipulation (sequenceur, données, ..) ou utilisateurPlus fort que #2875.
Profil par type de manipulation (sequenceur, données, ..) ou utilisateurhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3166should: erreur Unicode : mettre les slaves en UTF-82018-04-12T18:07:35+02:00Mathieu Giraudshould: erreur Unicode : mettre les slaves en UTF-8https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/87335
```
File "../../../should/src/should.py", line 494, in test
print(''.join(test_lines[:MAX_DUMP_LINES]))
UnicodeEncodeError: 'latin-1' codec can't encode character '\u2013' in pos...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/87335
```
File "../../../should/src/should.py", line 494, in test
print(''.join(test_lines[:MAX_DUMP_LINES]))
UnicodeEncodeError: 'latin-1' codec can't encode character '\u2013' in position 2312: ordinal not in range(256)
```
Comme quoi, python3 ne résoud pas tout d'un coup :-). A priori un decode/encode bien placé devrait suffire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3165Ikaros : les séquences communiquées sont trop longues, voir ce qu'il faut garder2020-05-20T16:25:46+02:00Mikaël SalsonIkaros : les séquences communiquées sont trop longues, voir ce qu'il faut garderLa région 3'UTR communiquée par ~"PAR-Debré" est grande (près de 800nt) et il est impossible qu'un read couvre toute la région (plus un autre intron).
Cela pose des problèmes d'analyse (#3066), à cause du grand nombre de délétions, des ...La région 3'UTR communiquée par ~"PAR-Debré" est grande (près de 800nt) et il est impossible qu'un read couvre toute la région (plus un autre intron).
Cela pose des problèmes d'analyse (#3066), à cause du grand nombre de délétions, des séquences moins pertinentes peuvent-être préférées.
Même si idéalement ça serait mieux de garder toute la séquence on peut prévoir de n'en garder qu'une partie ou de la couper en plusieurs morceaux.
D'après les documents de ~"PAR-Debré" il y a souvent un point de cassure pas très loin de la fin du 3'UTR (autour d'une centaine de nt) et les exemples qu'ils nous ont donné correspondent à ce point de cassure. Dans leur document il y a un autre point de cassure beaucoup plus lointain dans le 3'UTR qui ne peut jamais être atteint par un read en ayant une amorce à la fin du 3'UTR.
Et en fait la question se pose également pour l'intron 1 et l'intron 1 var (entre 600 et 700nt de long).
Ça serait bien de voir avec ~"PAR-Debré" ce qu'il en est : peut-on on couper en plusieurs morceaux ? ne garder qu'une partie des séquences ? y a-t-il d'autres points de cassure qui sont possibles ?Algo -- ImportantThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3161Vérifier le format d'IMGT2018-04-10T18:02:11+02:00Mathieu GiraudVérifier le format d'IMGTIMGT peut modifier ses APIs/csvs.
Avoir un test pour détecter si cela influence notre utilisation, si des colonnes changent.IMGT peut modifier ses APIs/csvs.
Avoir un test pour détecter si cela influence notre utilisation, si des colonnes changent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3160fuse.py: codec can't encode character2018-04-10T15:29:47+02:00Mikaël Salsonfuse.py: codec can't encode characterUn processus (37850) a échoué (utilisateur 7). C'est le fuse qui pose problème. Voici la sortie :
```
### Cut merged file, keeping window in the top 100 for at least one point
<ListWindows: [12, 12] 24>
Traceback (most recent ...Un processus (37850) a échoué (utilisateur 7). C'est le fuse qui pose problème. Voici la sortie :
```
### Cut merged file, keeping window in the top 100 for at least one point
<ListWindows: [12, 12] 24>
Traceback (most recent call last):
File "../../tools/fuse.py", line 771, in <module>
main()
File "../../tools/fuse.py", line 754, in main
fasta_file.write(fasta)
UnicodeEncodeError: 'ascii' codec can't encode character u'\xa0' in position 81: ordinal not in range(128)
```
Et voici le bout de code en question dans `fuse.py` :
```python
#compute similarity matrix
if len(jlist_fused.d["clones"]) < SIMILARITY_LIMIT :
fasta = ""
for i in range(len(jlist_fused.d["clones"])) :
fasta += ">>" + str(i) + "\n"
fasta += jlist_fused.d["clones"][i].d["id"] + "\n"
fasta_file = tempfile.NamedTemporaryFile(delete=False)
fasta_file.write(fasta)
```
Je ne vois pas pourquoi il y aurait un caractère bizarre qui se balade là-dedans.