vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-03-23T13:40:13+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4573Page principale du serveur : trier les sets par ordre de mise à jour ?2022-03-23T13:40:13+01:00Mathieu GiraudPage principale du serveur : trier les sets par ordre de mise à jour ?Évoqué ce matin : la vue actuelle de la page principale affiche suivant l'ordre de création.
Certes, la recherche, surtout quand elle est efficace depuis !832, permet d'aller chercher facilement n'importe quel set.
Mais bon, si un patie...Évoqué ce matin : la vue actuelle de la page principale affiche suivant l'ordre de création.
Certes, la recherche, surtout quand elle est efficace depuis !832, permet d'aller chercher facilement n'importe quel set.
Mais bon, si un patient créé il y a un an a désormais un point ~"bio-mrd", il est probable qu'on va "souvent" en parler dans les jours à venir: il pourrait apparâitre tout en haut. Plus généralement, "mis à jour" pourrait dire "sample ajouté" ou bien "analyse enregistrée".
Dans ~"dev-gitlab", ma vue par défaut est un tri avec les issues/MR updatées récemment en premier... mais certes, on peut changer le tri.
On pourrait aussi ici permettre plusieurs tris... mais même en faisant cela, j'ai une vague impression qu'un ordre par défaut "last updated" serait en général plus pertinent qu'un ordre "last created". Autres avis bienvenus.
cc @flothoni @duez @mikael-smarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4572Pouvoir cliquer avec le bouton droit sur des liens sample sets2020-11-20T21:15:48+01:00Mathieu GiraudPouvoir cliquer avec le bouton droit sur des liens sample sets
Si on arrive sur un run avec 50+ patients, on peut souhaiter ouvrir un certain nombre d'onglets avec ces patients. Ce n'est pas possible pour le moment.
Serait ~"!-easy", mais... nécessite #4571 qui est bien plus dur.
Si on arrive sur un run avec 50+ patients, on peut souhaiter ouvrir un certain nombre d'onglets avec ces patients. Ce n'est pas possible pour le moment.
Serait ~"!-easy", mais... nécessite #4571 qui est bien plus dur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4571API / URL serveur : arriver sur une page d'un set2021-03-29T16:16:46+02:00Mathieu GiraudAPI / URL serveur : arriver sur une page d'un setÉtait déjà mentionné dans #1188 il y a plus de 4 ans ;)
https://app.vidjil.org/4845-25 ouvre le client, set 4845, config 25.
Serait-il raisonnable que https://app.vidjil.org/4845 fasse atterrir sur la page ~"client-database" du set ?
...Était déjà mentionné dans #1188 il y a plus de 4 ans ;)
https://app.vidjil.org/4845-25 ouvre le client, set 4845, config 25.
Serait-il raisonnable que https://app.vidjil.org/4845 fasse atterrir sur la page ~"client-database" du set ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4569Pouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set ...2020-12-11T11:53:00+01:00Mathieu GiraudPouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set avec des samples existantsUtile par exemple quand on crée de nombreux patients et qu'on se rend compte ensuite qu'on a oublié un set. Ou tout simplement... on décide de faire du rangement et de créer des nouveaux sets.
Pas évident de voir quel serait le bon chem...Utile par exemple quand on crée de nombreux patients et qu'on se rend compte ensuite qu'on a oublié un set. Ou tout simplement... on décide de faire du rangement et de créer des nouveaux sets.
Pas évident de voir quel serait le bon chemin UX pour cela... avoir un bouton "add existing sample" sur la page du set ? Mais comment alors en sélectionner potentiellement beaucoup ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4559Simplifier voir limiter/interdire la requête SampleSet pour les admins ?2021-02-09T16:11:39+01:00Mathieu GiraudSimplifier voir limiter/interdire la requête SampleSet pour les admins ?Ne bloque pas !832.
Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/832#note_405028 :
> en tant qu'admin : 11s (\~1,4s sur app actuellement)
Comme en tant qu'admin on arrive souvent sur cette page, ne pourrait-on pas avo...Ne bloque pas !832.
Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/832#note_405028 :
> en tant qu'admin : 11s (\~1,4s sur app actuellement)
Comme en tant qu'admin on arrive souvent sur cette page, ne pourrait-on pas avoir une requête simplifiée pour les admins... voire pas de requête du tout ?
Ou... faire avec !837 que "My Account" soit la page par défaut (à voir combien de temps met la requête...)
Si un admin veut vraiment aller voir des données, il peut faire un impersonnate ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4558Avoir un meilleur retour utilisateur quand il y a une requête "bloquante" à l...2020-12-11T13:08:02+01:00Mathieu GiraudAvoir un meilleur retour utilisateur quand il y a une requête "bloquante" à la dbÉvoqué ce matin à propos de !832.
La requête par défaut va être un peu plus longue, et donc on va souvent avoir 1-2 secondes de lag quand on clique quelque part depuis le client. Pour l'instant le pointeur change et le bouton devient gr...Évoqué ce matin à propos de !832.
La requête par défaut va être un peu plus longue, et donc on va souvent avoir 1-2 secondes de lag quand on clique quelque part depuis le client. Pour l'instant le pointeur change et le bouton devient grisé (!291), mais ce n'est pas suffisant (on peut toujours cliquer ailleurs, et des choses non voulues vont se produire).
On parlait par exemple de griser l'ensemble de la fenêtre ~"client-database" et de mettre un (gros ?) spinner dessus ? (éventuellement après 0,3s-0,8s pour ne pas trop charger quand cela va vite, comme ce qu'on a fait pour #XXXX ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4553Computation of MRD value upon clustering2020-11-26T19:23:44+01:00Joao MeidanisComputation of MRD value upon clusteringWe are experiencing an issue here in that, when clones are clustered, the MRD value of the first clone in the cluster, when opened, seems to be overestimated, sometimes even surpassing 100%. Perhaps an adjustment is needed in the way MR...We are experiencing an issue here in that, when clones are clustered, the MRD value of the first clone in the cluster, when opened, seems to be overestimated, sometimes even surpassing 100%. Perhaps an adjustment is needed in the way MRD values for individual clones inside a cluster are computed?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4551Avoir une confirmation utilisateur pour créer/uploader des données sur un ser...2020-12-04T18:21:59+01:00Mathieu GiraudAvoir une confirmation utilisateur pour créer/uploader des données sur un serveur non-HDS
En discutant de !813, suggestion de @duez : sur des serveurs non-HDS, faire que le bouton `save/upload` à la création de données potentiellement sensibles soit grisé, avec une case à cocher pour que l'usager indique que ses données sont...
En discutant de !813, suggestion de @duez : sur des serveurs non-HDS, faire que le bouton `save/upload` à la création de données potentiellement sensibles soit grisé, avec une case à cocher pour que l'usager indique que ses données sont bien autorisées à aller sur ce serveur.
Cela va clairement plus loin que #4506 mais peut être nécessaire pour mieux sensibiliser les usagers et clarifier les responsabilités de chacun.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4549Nouvelles variables / variables non-existentes dans defs.py2020-11-13T20:03:35+01:00Mathieu GiraudNouvelles variables / variables non-existentes dans defs.pyDepuis !813 :
> > > > Est-ce qu'il ne faudrait pas aussi qu'on vérifie (aussi) l'existence de la variable ? Cela éviterait les erreurs serveurs pour les installations courantes qui ne la renseignerait pas.
> > > Je me suis aussi posé ...Depuis !813 :
> > > > Est-ce qu'il ne faudrait pas aussi qu'on vérifie (aussi) l'existence de la variable ? Cela éviterait les erreurs serveurs pour les installations courantes qui ne la renseignerait pas.
> > > Je me suis aussi posé la question... comme pour toutes les modifications que l'on a fait à `defs.py`. Pour l'instant on n'a jamais fait cela, voir récemment !666.
> > > Garder la compatibilité peut mettre de la dette technique à la fois sur le code... mais surtout sur les `defs.py` des serveurs déployés : cela peut garder l'illusion que l'on peut ne pas mettre à jour et remettre à "plus tard' une détection de bug de configuration, alors que si on a "bientôt" un soucis dans une configuration cela reste frais.
Je préfère donc mettre ~"beware-migration" et qu'on soit plus rigoureux avec #4482 (et cette MR inclut dans ce sens e3b282d5).
> > > Pour l'instant on n'a jamais fait cela, voir récemment !666.
> > Je disconviens : 04048ecb24 ;)
> > Dans certains cas cela se justifie, par exemple pour les emails on a besoin de connaître les informations ou pour définir les sets, patients, runs mais je pense que ça ne devrait pas être systématique.
> > Dans certains cas on s'est déjà retrouvé (ou des utilisateurs) avec des erreurs serveurs parce que certaines variables n'étaient pas définies alors que ce n'est pas bloquant pour utiliser le serveur (par exemple avec `DIR_PEAR`).
> > Et là on met le poids sur les utilisateurs qui doivent mettre à jour leurs `defs.py` pour ne pas se retrouver avec une erreur serveur.
> @duez parle aussi de `DIR_PEAR`, et "ce n'est pas normal, on devrait avoir un mécanisme qui fait que tout variable non définie aie une valeur par défaut"
> @duez : "on pourrait loader le `defs.py.sample`, puis le `defs.py`, pour que toutes les variables aient une telle valeur par défaut"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4548Pouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons ...2020-11-03T09:37:59+01:00Mathieu GiraudPouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons particulières
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioin...
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioinformaticien en lien avec un utilisateur) d'éditer (de manière générique) ces choses ? Et donc de les stocker dans le `.vidjil` / les exporter dans le 'get support' ? En marquant d'une certaine manière (warning ?) que la séquence a été éditée manuellement ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4545org-babel-tangle.py et fichiers inclus2020-11-20T16:50:01+01:00Mathieu Giraudorg-babel-tangle.py et fichiers inclus
Faire que org-babel-tangle.py puisse:
- extraire tout à la suite dans un seul fichier
- suivre `\input{...}` (ou autre constructions dans d'autres langages, #4543)
Faire que org-babel-tangle.py puisse:
- extraire tout à la suite dans un seul fichier
- suivre `\input{...}` (ou autre constructions dans d'autres langages, #4543)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4543tests tutorial : extraire .tex à partir d'un/plusieurs .rb2020-11-20T18:08:01+01:00Mathieu Giraudtests tutorial : extraire .tex à partir d'un/plusieurs .rbSuite à https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/812/diffs#note_392032 (et orthogonal à !812) :
> Probablement que l'autre sens (.tex extrait à partir du .rb) serait moins gênant
Je pense aussi qu'il est plus important ...Suite à https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/812/diffs#note_392032 (et orthogonal à !812) :
> Probablement que l'autre sens (.tex extrait à partir du .rb) serait moins gênant
Je pense aussi qu'il est plus important d'avoir la coloration du code (et review...) en `.rb` qu'en `.tex`.
On pourrait donc extraire un .tex (ou .md #3574).
Points à regarder :
> a-t-on ce qu'il faut pour gérer proprement les inclusions (plusieurs fichiers .rb, et #4504) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4537Compare samples : mettre en avant les process les plus récents ?2020-10-21T09:39:47+02:00Mathieu GiraudCompare samples : mettre en avant les process les plus récents ?
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de ...
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de retrouver
- Ou afficher différement ? Par exemple griser les process qui ne sont pas les plus récents ?
C'est certes un cas très particulier (on le relance souvent L3), peut-être ~"priority-1-low".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4534Environnements de review server : rendre disponible les fichiers de séquences...2020-10-21T09:12:21+02:00Mathieu GiraudEnvironnements de review server : rendre disponible les fichiers de séquences de démo ?Typiquement L3/L4/X5... et #3788 à terme
Ne serait-ce pas l'occasion de les rendre disponible "par le réseau" ~"server-mounted-files", bref en montage/volume qui soit partagé par tous les environnements, et ainsi de pouvoir tester cette...Typiquement L3/L4/X5... et #3788 à terme
Ne serait-ce pas l'occasion de les rendre disponible "par le réseau" ~"server-mounted-files", bref en montage/volume qui soit partagé par tous les environnements, et ainsi de pouvoir tester cette fonctionnalité ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4527Avoir un environnement de développement immédiat2021-10-15T17:16:06+02:00Mathieu GiraudAvoir un environnement de développement immédiat@duez, il y a quelques jours : "Cela devrait être beaucoup plus simple de se mettre à développer (que ce soit sur une nouvelle machine, ou bien sur un autre répertoire), `git clone` puis `make` ou autre commande, et tout devrait être up....@duez, il y a quelques jours : "Cela devrait être beaucoup plus simple de se mettre à développer (que ce soit sur une nouvelle machine, ou bien sur un autre répertoire), `git clone` puis `make` ou autre commande, et tout devrait être up."
Vu ce qui a été fait sur ~"server-docker" récemment, et sur les environnements de review, n'en sommes-nous pas proches ? Que faudrait-il faire ?
Voir #4210/!619.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4526Client Vidjil standalone2021-01-22T12:46:56+01:00Mathieu GiraudClient Vidjil standalonePar @duez :
> Navigateur chromium bidouille pour pointer sur un vidjil serveur
- mettre vidjil en page d'acceuil
- supprimmer toute les features inutiles (barre d'adresse/settings/favoris/...)
- restreindre les connections au maximum (...Par @duez :
> Navigateur chromium bidouille pour pointer sur un vidjil serveur
- mettre vidjil en page d'acceuil
- supprimmer toute les features inutiles (barre d'adresse/settings/favoris/...)
- restreindre les connections au maximum (uniquement vidjil server)
- ajouter des features utiles ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4525Récupérer par API des .vidjil ou .analysis sans être loggué2020-10-16T11:50:51+02:00Mathieu GiraudRécupérer par API des .vidjil ou .analysis sans être logguéÉvoqué avec @flothoni : pouvoir récupérer le dernier vidjil/analysis sur L4 ou autre sans être loggué
Servirait pour le tutorial, mais aussi pour remplacer certains `wget` sur L4 dans les tests.Évoqué avec @flothoni : pouvoir récupérer le dernier vidjil/analysis sur L4 ou autre sans être loggué
Servirait pour le tutorial, mais aussi pour remplacer certains `wget` sur L4 dans les tests.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4522Affichage de D ou de features suivant leur e-valeur dans l'aligneur2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu GiraudAffichage de D ou de features suivant leur e-valeur dans l'aligneurEn lien avec #1879/#2002 et autres tâches ~"cpp-finesegmenter-D" qui reviennent souvent et la discussion générale dans #2162.
Ici, côté ~"client-aligner" : on suppose qu'on a l'info de e-valeur pour chaque D, ou, plus généralement, pou...En lien avec #1879/#2002 et autres tâches ~"cpp-finesegmenter-D" qui reviennent souvent et la discussion générale dans #2162.
Ici, côté ~"client-aligner" : on suppose qu'on a l'info de e-valeur pour chaque D, ou, plus généralement, pour une feature de séquences.
Comment l'affiche-t-on pour souligner le côté e-valeur ? Slider/checkbox ?
Similaire à #2664 #2136 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4521vmi : supprimer/adapter switch_visu2 ?2020-10-13T19:12:03+02:00Mathieu Giraudvmi : supprimer/adapter switch_visu2 ?
`menu.js:switch_visu2` (qui au passage fait un `new ScatterPlot` probablement indésirable) pourrait probablement être supprimé/adapté (et déplacé dans `vidjil_vmi.js`) pour quelque chose de plus régulier avec ~"vmi-responsive" : la vue ...
`menu.js:switch_visu2` (qui au passage fait un `new ScatterPlot` probablement indésirable) pourrait probablement être supprimé/adapté (et déplacé dans `vidjil_vmi.js`) pour quelque chose de plus régulier avec ~"vmi-responsive" : la vue sp2 comme la vue graphe sont toujours disponibles, c'est juste la bonne qui vient au bon endroit quand on en a besoin.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4519visu3/sp2 devrait réagir au "color by" et à la sélection2020-10-13T18:57:05+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 devrait réagir au "color by" et à la sélectionBloquant pour #4513.
Pour l'instant, changer le "color by" n'a pas d'impact immédiat sur visu3/sp2. L'impact n'arrive que par exemple on change les axes sur visu3/sp2.
cc @duezBloquant pour #4513.
Pour l'instant, changer le "color by" n'a pas d'impact immédiat sur visu3/sp2. L'impact n'arrive que par exemple on change les axes sur visu3/sp2.
cc @duez