vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-11-06T11:47:32+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2898Menu normalisation quand il n'y a pas eu de normalisation2023-11-06T11:47:32+01:00Mathieu GiraudMenu normalisation quand il n'y a pas eu de normalisationà réfléchir : enlever le none ? autre chose ?
cc @aurelBZHà réfléchir : enlever le none ? autre chose ?
cc @aurelBZHprod-client-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2289Utilisateurs: avoir une colonne "groups" plus explicite2023-10-26T16:16:07+02:00Mathieu GiraudUtilisateurs: avoir une colonne "groups" plus expliciteLa colonne est un peu cryptique. On pourrait mettre les admins d'une certaine façon, et mettre (au moins en :hover) les noms des groupes. Peut-être même enlever le groupe attaché à l'utilisateur ?
cc @mikael-s @RyanHerbLa colonne est un peu cryptique. On pourrait mettre les admins d'une certaine façon, et mettre (au moins en :hover) les noms des groupes. Peut-être même enlever le groupe attaché à l'utilisateur ?
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4389améliorer le impersonate : bouton direct + bouton fin2023-10-26T16:01:26+02:00Thonier Florianaméliorer le impersonate : bouton direct + bouton finJe pense à trois points sur le impersonate:
* 1. avoir un bouton `impersonate` à la fin des lignes de la table user
* 2. avoir une liste dropdown avec filtre intégré. J'avais regadé il y a quelques temps et il fallait généralement inté...Je pense à trois points sur le impersonate:
* 1. avoir un bouton `impersonate` à la fin des lignes de la table user
* 2. avoir une liste dropdown avec filtre intégré. J'avais regadé il y a quelques temps et il fallait généralement intégrer un plugin reposant sur du jquery pour avoir quelque chose de facilement fonctionel et esthétique (pas certain que ce soit notre choix). Mais à la rigueur ca pourait possiblement être employé sur d'autres listes ?
* 3. avoir un bouton pour enlever le impersonate automatiquement sans avoir à remonter la liste pour cliquer sur la premier ligne de la liste.
Le 1 et 3 sont très simple à mettre en place je pense. Le 2 serait un vrai plus et éviterait d’avoir à passer par la table user pour retrouver un utilisateur que l'on souhaite impersonate, mais demande plus de réflexion.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5166CI; use registry for cypress2023-10-05T15:47:00+02:00THONIER FlorianCI; use registry for cypressUse local gitlab registry for docker image.
* [ ] Use image for cypress
* [ ] Use image for server
* [ ] Use for algo (gcc, clang, ...)Use local gitlab registry for docker image.
* [ ] Use image for cypress
* [ ] Use image for server
* [ ] Use for algo (gcc, clang, ...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5165CI; Adapt variable to new gitlab version (v16)2023-10-05T07:27:38+02:00THONIER FlorianCI; Adapt variable to new gitlab version (v16)Need to change at least `CI_BUILD_REF_SLUG` by `CI_COMMIT_REF_SLUG`Need to change at least `CI_BUILD_REF_SLUG` by `CI_COMMIT_REF_SLUG`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2232Tagguer le IGH D7-27-0/92/0-J1 non recombiné d'une manière particulière2023-08-14T17:11:26+02:00Mathieu GiraudTagguer le IGH D7-27-0/92/0-J1 non recombiné d'une manière particulièreOn a reparlé des D7-J1 lors de la discussion avec ~"Paris-Pitié". Y aurait-il une manière de tagguer ces séquences ? Directement via le ~cpp, qui mettrait un `warning` affiché dans le client ?
Se feriat par une nouvelle germline non rec...On a reparlé des D7-J1 lors de la discussion avec ~"Paris-Pitié". Y aurait-il une manière de tagguer ces séquences ? Directement via le ~cpp, qui mettrait un `warning` affiché dans le client ?
Se feriat par une nouvelle germline non recombinée #1724 (avec la question de la priorité par rapport à l'heuristique habituelle ?)
cc @mikael-s @flothoni
(au passage, #1548 parlait aussi de D7-J1)Algo 2018.08Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3971Définition des axes dans fuse.py2023-06-29T15:12:23+02:00Mathieu GiraudDéfinition des axes dans fuse.pyDans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/503/diffs#9bd873768c2aee285edc7e9c0ba05f8c2125ca47_126_156, voir dans `fuse.py`, la fonction `get_value()` et la suivante :
```
if axe == "seg3":
retu...Dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/503/diffs#9bd873768c2aee285edc7e9c0ba05f8c2125ca47_126_156, voir dans `fuse.py`, la fonction `get_value()` et la suivante :
```
if axe == "seg3":
return self.d["seg"]["3"]["name"]
if axe == "lenSeq":
return len(self.d["sequence"])
if axe == "evalue":
return self.d["evalue"]["val"]
if axe == "seg5_delRight":
return self.d["seg"]["5"]["delRight"]
...
```
Beaucoup de choses donc codées en dur, @flothoni, on avait évoqué un jour ces choses. Il y a une partie de ~bikeshedding, mais pas que... si j'ai bien compris, c'est le pendant de `js/axes.js` et on a besoin de cela pour construire les distributions. Est-ce indispensable ? Comme c'est très gros, mettre déjà cela dans un fichier séparé `axes.py` ? (Mais c'est une méthode de `Clone`...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1554Pourcentages par système en bas à droite2023-06-29T14:59:02+02:00Vidjil TeamPourcentages par système en bas à droitepas si simple
getPrintableSize() est défini dans clone.js, ok si tous les clones viennent du même système.
Que faire si on sélectionne des clones de plusieurs systèmes différents ? (Dans ce cas, n'avoir que le % global ?) (sauf si même...pas si simple
getPrintableSize() est défini dans clone.js, ok si tous les clones viennent du même système.
Que faire si on sélectionne des clones de plusieurs systèmes différents ? (Dans ce cas, n'avoir que le % global ?) (sauf si même groupe de système)
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Bof… c'est une infomation qu'on a si on se concentre sur un seul système. Et si on commence à afficher plein de pourcentages (global, par système, par système similaires…) ça va commencer à ne plus être très lisible (et pourquoi l'afficher ici mais pas dans la liste ?).
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à inclure dans la réflexion sur en bas à droite.
C'est fait pour l'instant s'il y a qu'un système, à voir si cela pourrait être amélioré.
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http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=297&config=11 sélectionner le clone avec l'intron.
C'est sur deux lignes (ce qui décale le segmenteur), pas super lisible et on se retrouve avec trois pourcentages dont on ne comprend pas bien à quoi ils correspondent
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5140Show percentage by locus in addition that by sample2023-06-29T14:57:42+02:00THONIER FlorianShow percentage by locus in addition that by sampleA feature asked by some users: Be able to show percentage of clonotype inside his own locus in the client.
An alternative inside scatterplot exist with preset 17; locus by size, but not in list of clonotype.
Warning, a locus with only ...A feature asked by some users: Be able to show percentage of clonotype inside his own locus in the client.
An alternative inside scatterplot exist with preset 17; locus by size, but not in list of clonotype.
Warning, a locus with only few reads (wet lab/sequencing failure) can easily have a clonotype at a high level.Web 2023.10THONIER FlorianTHONIER Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1227Trouver des raccourcis claviers utiles, quelles touches ?2023-06-29T14:45:38+02:00Vidjil TeamTrouver des raccourcis claviers utiles, quelles touches ?Plus généralement, trouver d'autres raccourcis claviers utiles.
- Les flèches haut/bas pourraient se ballader dans les clones (par abondance en fonction du point ?)
- tab ?
- autres fonctions ?
Celui qui veut peut proposer...
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C'...Plus généralement, trouver d'autres raccourcis claviers utiles.
- Les flèches haut/bas pourraient se ballader dans les clones (par abondance en fonction du point ?)
- tab ?
- autres fonctions ?
Celui qui veut peut proposer...
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C'était aussi une question de Yann : est-ce qu'on peut utiliser le clavier ?
Typiquement Ctrl+S pour enregistrer le fichier d'analyse, Ctrl+E (par ex.) pour exporter en PDF. On pourrait avoir des raccourcis pour changer de vue analysis.
Ctrl+1, Ctrl+2, etc pour aller au patient 1, 2, etc dans les derniers patients du menu patients
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Pomme-S, tu veux dire ? Je sors.
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Raccourci pour normaliser : Ctrl+N (bof). Il peut y avoir plusieurs normalisations : un raccourci par normalisation ou cycle ?
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Normalisation : si pas Ctrl-N, Ctrl-Z ou je ne sais pas quoi.
On cycle entre les différentes normalisations s'il y en a plusieurs.
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Ce n'est pas évident de trouver des touches disponibles.
Voir http://webmasters.stackexchange.com/questions/18041/best-modifier-key-combination-for-web-shortcuts
Une solution est de se limiter à des lettres simples. Mais chez nous, lettre simple = choix de système.
On pourrait avoir Shift-N & co.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1165Représentative : trop courte ? Graine utilisée ? Et en multi-système ?2023-06-29T14:43:59+02:00Vidjil TeamReprésentative : trop courte ? Graine utilisée ? Et en multi-système ?./vidjil -c clones -G germline/IGH -r 5 -R 5 -a -d data/Stanford_S22.fasta
puis regarder out/seq/sequences.fa-1
representative : [105,232]
aligner : pourquoi est-elle si courte ? Il s'arrête à une position où pourtant 5/8 ..../vidjil -c clones -G germline/IGH -r 5 -R 5 -a -d data/Stanford_S22.fasta
puis regarder out/seq/sequences.fa-1
representative : [105,232]
aligner : pourquoi est-elle si courte ? Il s'arrête à une position où pourtant 5/8 des séquences sont d'accord. (50% ?)
Et moralement, quasiment tout devrait être retrouvé dans la représentative.
cf aussi mail de Filip
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à non, je suis bête, ce n'est pas les positions mais les k-mer
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c'est quand même méga-exigeant, avec k=12/span=13 : si deux erreurs de séquençage sont espacée de 13 et concernent 25% des séquences, cela ne passe plus...
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Et si on générait des représentatives avec des N à certaines positions ?
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Dans le cas présent, la graine est ######-######, la représentative va jusqu'à la fin du read, on ne peut pas étendre plus de ce côté-là. De l'autre côté, le premier k-mer est GCTGTA-CTGCAA qu'on retrouve 6 fois dans le jeu. Si on prend le k-mer précédent CGCTGT-CCTGCA on ne le retrouve que 4 fois or le min_cover est à 5 (c'est la valeur du -R, ou du -r je ne sais plus entre les deux…)
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En passant le -R à 4, on gagne 5 nt dans la représentative…
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bon, ce n'est pas un bug, et mis en basse priorité.
À voir si on veut mettre une graine de représentative de 8 ou de 6 (au lieu de la graine par défaut, ici span 13).
Justificatif : on ne fait pas trop de bêtises, pour que cela aille vraiment plus loin il faut que plusieurs k-mers à la suite passent.
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Au passage, la graine utilisée par la représentative est la variable "seed" dans vidjil.cpp.
Elle n'est pas affectée par les multi-germlines (même problème que -w...).
Ainsi, les deux commandes suivantes, sur Stanford, n'utilisent pas la même graine pour la représentative (alors qu'elles utilisent toutes les deux la même graine, s13, pour le KmerSegmenter) :
./vidjil -g germline -w 60 (graine par défaut, s10 actuellement)
./vidjil -G germline/IGH (graine réglée pour IGH, s13, et -w 60 se réglant tout seul)
Les commandes segmentent donc les mêmes reads mais n'ont pas la même longueur de représentative (1 base de différence). Hihihi :)
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Allez pour être positif : Jeu de données de Lille au Diag (BAI 167 BC89-L1500956). Le premier clone qui sort en TRG a une représentative de 217 bp (214bp en électrophorèse ?!). Dans le cluster (157396 reads), la longueur médiane des reads est de 217bp et en fait près de 82% des reads font 217bp. Par contre dans ce même cluster il y a des reads chimériques allant jusqu'à 494bp (il y a 530 reads, soit 0,3% qui font plus de 250bp).
Même jeu de données : en TRD et VdJa on trouve deux clones qui sont en fait les mêmes → les représentatives sont identiques.
Même jeu de données en IGK, prenons au hasard le clone à 1,038% Intron -5/3/-2 KDE. La représentative fait 285bp et la longueur médiane des reads dans ce jeu est de 285bp (environ les 2/3 des séquences ont cette longueur). Là aussi il y a des séquences plus longues (0,6% font plus de 300bp… soit 10 séquences).
Mais tout cela c'est sur du Ion Torrent, il faudrait voir sur de l'Illumina
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Voir aussi "Représentative : mesure de qualité"
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Je ne sais pas si je suis sur la bonne tâche. En tout cas, un examen attentif du "make snapshot_diff" entre la 2016.08 et sans-aho (0a3bc4c) montre une différence significative sur la représentative calculée dans should-get-tests/vidjil_s22.should_get (avec -k 9).
Peut-être que cela va naturellement s'améliorer avec les trucs en cours sur la représentative.
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1029Réécrire fuse.py : .py, node.js, .js, c++ ?2023-06-29T14:41:59+02:00Vidjil TeamRéécrire fuse.py : .py, node.js, .js, c++ ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1652small_example.html ne fonctionne pas sous FF et Chrome2023-06-29T13:18:36+02:00Vidjil Teamsmall_example.html ne fonctionne pas sous FF et ChromeLe chargement ne se fait pas correctement : il faut redimensionner la fenêtre pour voir les clones et aucune interaction n'est possible (les clics sur les clones ou sur les systèmes ne produisent aucun effet).
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@magiraud @mikael-sLe chargement ne se fait pas correctement : il faut redimensionner la fenêtre pour voir les clones et aucune interaction n'est possible (les clics sur les clones ou sur les systèmes ne produisent aucun effet).
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2078VDJML2023-06-29T11:09:37+02:00Mathieu GiraudVDJMLVDJML: a file format with tools for capturing the results of inferring immune receptor rearrangements
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1214-3
En lien avec https://vdjserver.org/
Il faudra voir si c...VDJML: a file format with tools for capturing the results of inferring immune receptor rearrangements
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1214-3
En lien avec https://vdjserver.org/
Il faudra voir si c'est pertinent pour nous ou pas.
@mikael-s @flothoni @RyanHerbThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1519Lancer une config sur beaucoup de patients/fichiers2023-06-29T10:28:18+02:00Vidjil TeamLancer une config sur beaucoup de patients/fichiersIl arrive qu'on veuille lancer (ou relancer) une config sur beaucoup de patients / fichiers. Avec le patient précédent/suivant, c'est plus facile, mais cela reste très manuel :)
Il faudrait une page où on voit tous les fichiers (celle d...Il arrive qu'on veuille lancer (ou relancer) une config sur beaucoup de patients / fichiers. Avec le patient précédent/suivant, c'est plus facile, mais cela reste très manuel :)
Il faudrait une page où on voit tous les fichiers (celle de "compare patients" par exemple) ou bien tous les patients, on sélectionne ceux qu'on veut, et on lance une config. Peut-être qu'une confirmation serait la bienvenue avant de lancer des centaines de Vidjil :)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1589API des controlleurs : documenter2023-06-29T10:23:44+02:00Vidjil TeamAPI des controlleurs : documenterPour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Pour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2548Il manque le premier et dernier axe dans le mod_bar (notament le preset 4)2023-06-29T10:04:03+02:00Thonier FlorianIl manque le premier et dernier axe dans le mod_bar (notament le preset 4)Suite à la correction du bug #2540. @mikael-s c'est aperçu d'un bug:
>En testant sur l'environnement de review j'ai l'impression qu'il manque le premier label (et la ligne correspondante) pour le preset 4 (par exemple) : http://feature-...Suite à la correction du bug #2540. @mikael-s c'est aperçu d'un bug:
>En testant sur l'environnement de review j'ai l'impression qu'il manque le premier label (et la ligne correspondante) pour le preset 4 (par exemple) : http://feature-c-2540-axe-preset-concensus-length.ci.vidjil.org/?data=analysis-example.vidjil
@flothoni
>En effet, il semble manqué l'axe avec une valeur à 0.
Cependant, en remontant pour faire un bisect, je ne trouve pas dans les releases de situation ou ça marche.
Pour rappel, la configuration du preset 4 est `clone average length` par `size`, en représentation `mode_bar`.
C'est d'ailleurs ce dernier point qui pose problème. Quelque soit le preset, dès qu'il s'agit d'un mode bar, j'ai le bug.
Au passage, @mikael-s et @RyanHerb me disait hier qu'il n'avait pas le bug sur certaines release. J'ai pensé à reloader mon cache, mais ça ne marche pas plus. Etiez-vous bien en mode bar ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3816Commande pour filtrer les reads sur la taille, pour les dimers2023-06-28T18:04:19+02:00Thonier FlorianCommande pour filtrer les reads sur la taille, pour les dimersLeur envoyer déjà une ligne de commande, et pourquoi par faire un micro script avec cette commande à envoyer en pre-preprocess.Leur envoyer déjà une ligne de commande, et pourquoi par faire un micro script avec cette commande à envoyer en pre-preprocess.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2318Plusieurs recombinaisons dans une séquence, scFv2023-06-28T17:25:24+02:00Mathieu GiraudPlusieurs recombinaisons dans une séquence, scFvDiscussion avec Véronique ~"repseq-IMGT" : depuis mi-2016, V-QUEST a une option pour analyser les scFv, avec du VJ (à confirmer) après un VJ normal.
https://en.wikipedia.org/wiki/Single-chain_variable_fragment
http://www.imgt.org/IMGT_...Discussion avec Véronique ~"repseq-IMGT" : depuis mi-2016, V-QUEST a une option pour analyser les scFv, avec du VJ (à confirmer) après un VJ normal.
https://en.wikipedia.org/wiki/Single-chain_variable_fragment
http://www.imgt.org/IMGT_vquest/share/textes/imgtvquest.html#afunc
Si on souhaite un jour détecter ce type de choses, cela pose des questions à la fois côté algo et côté client.
cc @flothoni @mikael-s @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2721Pre-process : essayer VDJPipe2023-06-28T17:06:58+02:00Mikaël SalsonPre-process : essayer VDJPipehttps://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1853-z
Ils font notamment du read merging (remplacer PEAR ?), et de-duplicating (intéressant pour la capture).https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1853-z
Ils font notamment du read merging (remplacer PEAR ?), et de-duplicating (intéressant pour la capture).