vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-11-22T12:48:32+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1588Récupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autre2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamRécupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autreLe serveur doit pouvoir récupérer des fichiers à distance (par FTP/HTTP). La première étape est d'avoir un contrôleur qui permet ça (pour que des scripts puissent y accéder au moins). Ensuite on pourrait l'exposer dans l'interface (file/...Le serveur doit pouvoir récupérer des fichiers à distance (par FTP/HTTP). La première étape est d'avoir un contrôleur qui permet ça (pour que des scripts puissent y accéder au moins). Ensuite on pourrait l'exposer dans l'interface (file/edit_form).
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Marc avait l'air motivé, merci :)
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Et on peut avoir deux versions : une qui récupère le fichier à l'URL donnée et l'autre qui ne stocke que l'URL.
Ensuite Vidjil sera lancé directement avec l'URL : ça marche déjà en utilisant la puissance de bash (sh ?) :
./vidjil -e all -G germline/IGH <(wget -O - -q http://www.vidjil.org/seqs/Stanford_S22.fasta)
(le -e all est là pour éviter l'estimation du nombre de reads)
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Discuté à l'instant : pour que l'e-value fonctionne, on pourrait
- soit wrapper dans un scipt shell pour vraiment avoir le fichier
- soit avoir un nb de reads par défaut (1 milllion)
- soit estimer ce nb de reads de l'extérieur (taille du fichier), et le passer en ligne de commande
L'estimation peut être à la louche, à un facteur 10 ou 100 près :)
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@DuezWeb 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1448Séparation serveurs : app (html/js) // vda2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamSéparation serveurs : app (html/js) // vdaFaudrait-il séparer (physiquement, virtuellement) les serveurs ?
- un qui ne fait que la db + browser
- un autre pour upload / vidjil, qui peut éventuellement ramer, mais qui ne bloque pas l'interaction des users avec la db et le b...Faudrait-il séparer (physiquement, virtuellement) les serveurs ?
- un qui ne fait que la db + browser
- un autre pour upload / vidjil, qui peut éventuellement ramer, mais qui ne bloque pas l'interaction des users avec la db et le browser
Juste une réflexion, on ne va pas se lancer là-dedans pour l'instant ! Et en plus, en production, ce n'est même pas dit que nos pb d'efficacité soient si importants, typiquement dans un hôpital il y aura 1 ou 2 utilisateurs, pas 100 simultanés :)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1447Upload et 'Could not connect to database'2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamUpload et 'Could not connect to database'Ce matin, j'ai eu un certain nombre de "Could not connect to database, please retry"... alors que la seule opération en cours était de l'upload par Lille. Massif certes, mais normalement ce n'est toujours que 2 fichiers à la fois. (Quoiq...Ce matin, j'ai eu un certain nombre de "Could not connect to database, please retry"... alors que la seule opération en cours était de l'upload par Lille. Massif certes, mais normalement ce n'est toujours que 2 fichiers à la fois. (Quoique, si plusieurs clients...)
Serait-ce souhaitable et possible d'isoler un peu plus l'upload côté serveur ?
Dans des workers dédiés ? Une autre solution ?
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En repassant sur le serveur un peu plus tard, alors que celui-ci travaille bcp (plusieurs vidjil lancés, d'autres en attentes), mais pas d'upload, cela fonctionne bien mieux...
C'est une impression de ma part ou c'est vraiment l'upload qui est le facteur limitant pouvant ralentir le serveur ?
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baissé. Sera fermé mi mai, on a moins de soucis en ce moment ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1098Expiration des fichiers .fasta2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamExpiration des fichiers .fastaAu bout d'un moment, on pourrait supprimer des fichiers.
(Cela ne choquait pas Martin qu'on ne garde pas tout)
Peut-être en prévenant par mail avant les utilisateurs.
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6857522
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@DuezAu bout d'un moment, on pourrait supprimer des fichiers.
(Cela ne choquait pas Martin qu'on ne garde pas tout)
Peut-être en prévenant par mail avant les utilisateurs.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2007Empêcher l'upload ou de lancer des jobs lorsqu'il ne reste plus assez d'espac...2020-01-08T17:39:47+01:00Vidjil TeamEmpêcher l'upload ou de lancer des jobs lorsqu'il ne reste plus assez d'espace disqueOn sait où les séquences et les résultats sont stockés. Si on passe en dessous d'un seuil d'espace libre pour un de ces emplacements, il faut empêcher l'upload ou le run (c-à-d. avoir un test en plus dans VidjilAuth ?). De cette façon on...On sait où les séquences et les résultats sont stockés. Si on passe en dessous d'un seuil d'espace libre pour un de ces emplacements, il faut empêcher l'upload ou le run (c-à-d. avoir un test en plus dans VidjilAuth ?). De cette façon on ne se retrouve jamais avec un disque plein et pas avec des jobs en failed parce qu'il n'y a plus d'espace disque.
Par contre, prévoir de spammer les admins dès que la limite est atteinte pour qu'ils fassent quelque chose (en générant un ticket web2py ?)
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C'est en prod. On a une limite en pourcentage qui se fixe dans defs.py. Actuellement réglé sur 1%. La limite est commune pour toutes les partitions mais la vérification est spécifique (donc il peut s'avérer que l'upload soit bloqué, mais pas les runs
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Merci Ryan.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1662Supervision externe du serveur de prod / tests fonctionnels live2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamSupervision externe du serveur de prod / tests fonctionnels liveEn faisant un "apt-get upgrade", je me demande toujours si tout fonctionne.
Même le jour où notre déploiement git>prod sera automatisé, on aura toujours besoin de superviser le serveur, il y a plein de raisons qui peuvent faire que quel...En faisant un "apt-get upgrade", je me demande toujours si tout fonctionne.
Même le jour où notre déploiement git>prod sera automatisé, on aura toujours besoin de superviser le serveur, il y a plein de raisons qui peuvent faire que quelque chose tombe.
La supervision externe vérifie déjà que le serveur tourne et que les derniers jobs ne sont pas en "queued", c'est déjà pas mal.
J'aimerais avoir un truc plus complet, un test fonctionnel (qui uploade une séquence, lance un run, et compare les résultats ?). On pourrait avoir un utilisateur test qui travaillerait sur un patient test *sur le serveur de prod*.
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1475Récupérer des données par FTP/HTTP ou autre2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamRécupérer des données par FTP/HTTP ou autreOn en parlait il y a très longtemps : on pourrait, au lieu d'uploader, donner une URL à télécharger. Cela pourrait revenir au goût du jour avec ceux qui ont des très grosses données : une transmission directe de leur serveur au notre ser...On en parlait il y a très longtemps : on pourrait, au lieu d'uploader, donner une URL à télécharger. Cela pourrait revenir au goût du jour avec ceux qui ont des très grosses données : une transmission directe de leur serveur au notre serait plus efficace qu'un upload browser.
Mais... peut-être que finalement on ne souhaite pas faciliter tant que cela l'import de fichiers de 10 GB ! Le wont-fix me tente :-)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2402Mise à jour des checkboxes dans le menu settings2017-11-22T12:49:04+01:00Ghost UserMise à jour des checkboxes dans le menu settings![](http://i.imgur.com/LcNWET2.png)
Lorsqu'on clique sur une option, dans le rectangle gris mais pas sur le texte (ici 'length'), l'effet est mis à jour et appliqué mais ce n'est pas le cas des checkboxes.
En cliquant directement s...![](http://i.imgur.com/LcNWET2.png)
Lorsqu'on clique sur une option, dans le rectangle gris mais pas sur le texte (ici 'length'), l'effet est mis à jour et appliqué mais ce n'est pas le cas des checkboxes.
En cliquant directement sur le mot, le fonctionnement est correct (et directement sur les checkboxes aussi bien entendu).Web 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2342Sélection de clones renommés impossible dans la liste2017-11-22T12:49:04+01:00Ghost UserSélection de clones renommés impossible dans la listeUne fois qu'un clone est renommé, il ne semble plus possible de le sélectionner par un clic dans la liste.
La sélection via le graphe ou les cercles fonctionne cependant.
cc @mikael-s @magiraud @RyanHerbUne fois qu'un clone est renommé, il ne semble plus possible de le sélectionner par un clic dans la liste.
La sélection via le graphe ou les cercles fonctionne cependant.
cc @mikael-s @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1961Sablier / indicateur s'active lors de l'upload2017-11-22T12:49:04+01:00Vidjil TeamSablier / indicateur s'active lors de l'upload
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@RyanHerb
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@RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2874La barre légère du "compare two samples" ne se voit plus dans le graphe2018-05-31T17:50:28+02:00Mathieu GiraudLa barre légère du "compare two samples" ne se voit plus dans le grapheDe plus, on devrait indiquer quel samples on compare dans la légende -> #2883 De plus, on devrait indiquer quel samples on compare dans la légende -> #2883 https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2876Exporter l'alignement2019-02-28T16:46:15+01:00Mathieu GiraudExporter l'alignementÉvoqué par Fred ~"Paris-Pitié" : pourrait-on exporter l'alignement du segmenteur ?
(Et/ou jouer avec dans Vidjil ?)Évoqué par Fred ~"Paris-Pitié" : pourrait-on exporter l'alignement du segmenteur ?
(Et/ou jouer avec dans Vidjil ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2878Création batch de plusieurs patients/runs/sets2020-10-21T08:26:03+02:00Mathieu GiraudCréation batch de plusieurs patients/runs/setsÀ voir si c'est indépendant ou simultané avec #1362.À voir si c'est indépendant ou simultané avec #1362.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2880Tester le tutorial + CI2021-02-11T08:00:05+01:00Mathieu GiraudTester le tutorial + CISi on était pervers du test, on pourrait mettre des commandes dans le tutorial pour lancer des tests ~"dev-tests-watir" qui feraient le tutorial (ou bien avoir un test ~"dev-tests-watir", avec des commentaires, qui, une fois extraits, do...Si on était pervers du test, on pourrait mettre des commandes dans le tutorial pour lancer des tests ~"dev-tests-watir" qui feraient le tutorial (ou bien avoir un test ~"dev-tests-watir", avec des commentaires, qui, une fois extraits, donnent le tutorial).
Pas sûr que cela apporte grand chose, normalement toutes les fonctionnalités sont déjà testées par ailleurs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2881Tests fonctionnels sur un serveur2018-08-30T13:15:50+02:00Mathieu GiraudTests fonctionnels sur un serveurDiscuté hier: #2323 est débattu, par contre il y a consensus sur la nécessité de faire des tests de la chaîne d'un bout à l'autre, y compris de fonctionnalités serveur, en visant par exemple `dev`. Un scénario possible (mais peut-être fa...Discuté hier: #2323 est débattu, par contre il y a consensus sur la nécessité de faire des tests de la chaîne d'un bout à l'autre, y compris de fonctionnalités serveur, en visant par exemple `dev`. Un scénario possible (mais peut-être faut-il être plus modulaire et casser cela en plusieurs bouts indépendants) :
- se logguer
- créer un patient (en utilisant par exemple le sha1 du commit)
- créer un run
- uploader un sample, en le mettant dans le patient
- éditer le sample, le mettre aussi dans le run
- lancer une analyse sur une certaine config
- regarder le résultat COMPLETED, voir la stdout du job
- ouvrir dans le client le résultat
- changer quelque chose, vérifier l'URL et s'en souvenir
- modifier quelque chose et faire un save analysis
- refaire un chargement du client sur l'URL et vérifier que l'API a fonctionné
- revenir sur la db, aller dans le run
- ouvrir dans le client le résultat, vérifier que c'est bien le fichier fusé
- revenir sur la db, faire un compare sample, vérifier
- revenir sur la db, vérifier que l'analysis sauvé se récupère lorsqu'on charge dans le client
- supprimer patient/run/sample, vérifier que c'est bien supprimé ou pas #2163
(ou ne pas supprimer, cela fait un artefact/trace intéressante)
- se délogguer
Même sur `dev`, de tels tests auraient permis de détecter #2849, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2323#note_25712, et potentiellement d'autres choses. D'autres tests pourraient concerner les ~"server-pre-process", les ~"server-auth" et ~"server-groups", les ~"server-config", la recherche, les tags...
Même si des tests utilisant les controlleurs/API pourraient être possible, des tests complets fonctionnel ~"dev-tests-watir" pourraient être pertinents et testent la chaine d'un bout à l'autre. À voir si on arrivera à faire des tests déterministes qui marcheront quasi tout le temps :-)
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2882Get support avec Outlook : mauvais placement du sujet2018-02-16T12:10:55+01:00Tatiana RocherGet support avec Outlook : mauvais placement du sujetGet support avec Outlook (utilisé pas Lille) met le sujet du mail dans la section destinataires multiples.
Fonctionne bien avec Thunderbird.Get support avec Outlook (utilisé pas Lille) met le sujet du mail dans la section destinataires multiples.
Fonctionne bien avec Thunderbird.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2889Bypass your cache2020-02-11T11:17:12+01:00Mathieu GiraudBypass your cacheOriginellement dans #2734 :
On doit souvent dire aux utilisateurs de recharger Vidjil. Une suggestion pour indiquer de recharger le cache :
"Note that you should fully reload Vidjil to take into account these changes. Usually `shift+F5...Originellement dans #2734 :
On doit souvent dire aux utilisateurs de recharger Vidjil. Une suggestion pour indiquer de recharger le cache :
"Note that you should fully reload Vidjil to take into account these changes. Usually `shift+F5` or `control+F5` works, see https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Bypass_your_cache ."
Est-ce que cette phrase est bonne ?
Est-ce que ce type de phrase aurait aussi sa place quelque part dans la doc ?
(#2734 parle de comment réduire le besoin de ceci.)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2894Doit-on cacher ou inactiver les boutons cliqués dans l'interface ?2018-09-24T16:14:43+02:00Ryan HerbertDoit-on cacher ou inactiver les boutons cliqués dans l'interface ?Il semblerait que nous ayons des problèmes liés au fait que les utilisateurs peuvent clicker plusieurs fois sur le bouton de suppression d'un sample_set. Celà peut être lié à un soucis de réactivité de la part du client, ou simplement à ...Il semblerait que nous ayons des problèmes liés au fait que les utilisateurs peuvent clicker plusieurs fois sur le bouton de suppression d'un sample_set. Celà peut être lié à un soucis de réactivité de la part du client, ou simplement à une utilisateur qui click rapidement sur le bouton.
Il serait possible de supprimer les éléments du DOM, ou au minimum de les griser/désactiver en attendant que le contrôleur réponde à la requête.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2895Autocomplétion patient/run/set2018-01-30T16:27:59+01:00Mathieu GiraudAutocomplétion patient/run/setDiscuté ensemble
- taper "bla" autocomplète sur tout
- retour visuel pour savoir le type de sample
- éventiellement taper `:p` ou une autre commande limite aux seuls patientsDiscuté ensemble
- taper "bla" autocomplète sur tout
- retour visuel pour savoir le type de sample
- éventiellement taper `:p` ou une autre commande limite aux seuls patientsRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2896Upload d'un sample : choix de n sample sets2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudUpload d'un sample : choix de n sample setsUn seul champ avec #2895.
(Pour l'instant, on oblige au moins 1 set, #2727 à travailler)Un seul champ avec #2895.
(Pour l'instant, on oblige au moins 1 set, #2727 à travailler)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2897Normalisation : dans le menu settings le choix actuel n'est pas sélectionné2022-04-25T16:44:26+02:00Mikaël SalsonNormalisation : dans le menu settings le choix actuel n'est pas sélectionnéCe n'est pas gravissime, mais cela serait mieux de voir quel est le réglage courant.Ce n'est pas gravissime, mais cela serait mieux de voir quel est le réglage courant.prod-client-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2898Menu normalisation quand il n'y a pas eu de normalisation2023-11-06T11:47:32+01:00Mathieu GiraudMenu normalisation quand il n'y a pas eu de normalisationà réfléchir : enlever le none ? autre chose ?
cc @aurelBZHà réfléchir : enlever le none ? autre chose ?
cc @aurelBZHprod-client-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2899Tests unitaires clients : tous les tests ne sont pas lancés via Nightmare2017-11-28T17:28:20+01:00Mikaël SalsonTests unitaires clients : tous les tests ne sont pas lancés via NightmareEn lançant des tests unitaires chez moi (via FF), je me suis rendu compte qu'apparemment tous les tests ne sont pas lancés via nightmare (aussi bien sur Gitlab que Jenkins).
J'ai par exemple un test qui échoue dans « shortcuts on scatter...En lançant des tests unitaires chez moi (via FF), je me suis rendu compte qu'apparemment tous les tests ne sont pas lancés via nightmare (aussi bien sur Gitlab que Jenkins).
J'ai par exemple un test qui échoue dans « shortcuts on scatterplot » (le 4è) et un test qui échoue dans « Segmenter: segt » (le 15è).
Rien de tel sous Gitlab. Et en regardant la sortie de la console et en cherchant les tests ayant ces noms-là je ne les trouve pas. Nightmare lance-t-il bien tout ?
@RyanHerb tu n'avais pas une commande magique pour voir la sortie des erreurs de Nightmare ?Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2900Gitlab CI algo sur plusieurs slaves2020-05-20T16:43:47+02:00Mathieu GiraudGitlab CI algo sur plusieurs slavesÀ la suite de vdj#386/vdj#450.
Limité par https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab-ce/issues/24610
Pour l'instant, on pourrait dupliquer les sections dans le `.yml`, mais bof...
Réutiliser Jenkins sur les nouveaux slaves ?À la suite de vdj#386/vdj#450.
Limité par https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab-ce/issues/24610
Pour l'instant, on pourrait dupliquer les sections dans le `.yml`, mais bof...
Réutiliser Jenkins sur les nouveaux slaves ?Algo 2019.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2905Les histogrammes sur des valeurs numériques devraient avoir des légendes régu...2018-08-14T21:47:09+02:00Mathieu GiraudLes histogrammes sur des valeurs numériques devraient avoir des légendes régulièreshttp://app.vidjil.org/index.html?set=25861&config=25
L'axe `x` est non régulier, regarder au milieu... Et le clone principal est à 192.5 bp et non à 192 bp.
![clone-avg](/uploads/8946a93e5e6c7be04f2102c19b4005c1/clone-avg.png)
C'est ~...http://app.vidjil.org/index.html?set=25861&config=25
L'axe `x` est non régulier, regarder au milieu... Et le clone principal est à 192.5 bp et non à 192 bp.
![clone-avg](/uploads/8946a93e5e6c7be04f2102c19b4005c1/clone-avg.png)
C'est ~"!-important", c'est maintenant la vue par défaut de nos utilisateurs... qui connaissent parfaitement les longueurs Genescan, on ne doit pas les induire en erreur.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2910Clone manqué avec une grosse délétion (read trop court pour la fenêtre)2021-01-26T13:29:14+01:00Anne de SeptenvilleClone manqué avec une grosse délétion (read trop court pour la fenêtre)IGH https://app.vidjil.org/index.html?set=25178&config=2
multi+inc https://app.vidjil.org/index.html?set=25178&config=26IGH https://app.vidjil.org/index.html?set=25178&config=2
multi+inc https://app.vidjil.org/index.html?set=25178&config=26Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2911La config pourrait s'afficher dans le graph dans compare samples2017-11-29T14:01:55+01:00Mathieu GiraudLa config pourrait s'afficher dans le graph dans compare samplesEn tout cas quand il y a des configs différentes.
Ou, plus généralement, s'il y a des choses différentes (version différente des softs...)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2909#note_65404En tout cas quand il y a des configs différentes.
Ou, plus généralement, s'il y a des choses différentes (version différente des softs...)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2909#note_65404https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2913Diminuer ou décaler dynamiquement, par seuil, la taille de la fenêtre2020-04-15T09:18:25+02:00Mikaël SalsonDiminuer ou décaler dynamiquement, par seuil, la taille de la fenêtreDans #2910 on manque un clone car il y a une grosse délétion dans le V, consuisant à une séquence très courte (~129nt) empêchant de bien positionner une fenêtre de 60nt.
C'est très grave puisqu'on peut manquer des clones majoritaires. U...Dans #2910 on manque un clone car il y a une grosse délétion dans le V, consuisant à une séquence très courte (~129nt) empêchant de bien positionner une fenêtre de 60nt.
C'est très grave puisqu'on peut manquer des clones majoritaires. Une solution est de décaler la fenêtre #1580 (soit en encodant directement le décalage, dans la config, mais cela signifie que c'est systématique, soit dynamiquement mais c'est compliqué).
Une autre solution simple serait de prendre une fenêtre plus petite si on n'arrive pas à placer la fenêtre de 60nt. On pourrait essayer différentes longueurs, par ordre décroissant, par seuils (60, 50, 40, 30…) et on prend la première qui passe. Cela permet d'avoir quelque chose de reproductible. Et cela éviterait de passer à côté d'un gros clone.Algo 2017.11Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2916Sortir des champs `warn` dans le C++2018-01-27T22:15:42+01:00Mathieu GiraudSortir des champs `warn` dans le C++Voir #2247.
Chaque clone peut avoir un `warn`, et un `warn` global peut être mis.
Pas de ~bikeshedding ici, voir #2247 pour cela.
Voir #2247.
Chaque clone peut avoir un `warn`, et un `warn` global peut être mis.
Pas de ~bikeshedding ici, voir #2247 pour cela.
Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2917Afficher dans le client les `warn`provenant du .vidjil2018-02-16T12:10:55+01:00Mathieu GiraudAfficher dans le client les `warn`provenant du .vidjilVoir #2247 et #2916.Voir #2247 et #2916.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2919TEST_TAP_EQUAL pour les tests unitaires2018-01-18T00:35:54+01:00Mathieu GiraudTEST_TAP_EQUAL pour les tests unitairesMême remarque que #2823 pour les tests unitaires ~cpp .
Moins important, nos tests sont tout de même bien stables et c'est facile de débugger si besoin.Même remarque que #2823 pour les tests unitaires ~cpp .
Moins important, nos tests sont tout de même bien stables et c'est facile de débugger si besoin.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2920Documenter germline/homo-sapiens.g et les méthodes de recombinaison2020-09-22T10:49:35+02:00Mathieu GiraudDocumenter germline/homo-sapiens.g et les méthodes de recombinaisonEn faisant !75/!76, je me rends compte que ni `doc/vidjil-algo.md`, ni `doc/locus.md` ne détaillent la syntaxe de `homo-sapiens.g`.
Derrière les questions de syntaxe, il y a aussi les questions de méthodes de recombinaison... qui ne so...En faisant !75/!76, je me rends compte que ni `doc/vidjil-algo.md`, ni `doc/locus.md` ne détaillent la syntaxe de `homo-sapiens.g`.
Derrière les questions de syntaxe, il y a aussi les questions de méthodes de recombinaison... qui ne sont tout simplement pas expliquées. Même si on peut renvoyer aux papiers, la ~doc doit fournir quelques éléments d'explications.
- la différence entre `53` et `543` peut sembler triviale, mais autant le dire.
- `MAX12` est évoquées cryptiquement dans `vidjil-algo.md`, c'est un peu mieux dans `locus.md`... alprs que c'est une option quasi "par défaut"
- `MAX1U` n'est pas évoqué (mais pas utilisé / à retester ?)
- et la nouvelle ONE #1724 (et d'ailleurs, trouver mieux que 31581d712d ?)
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From duplicate #4012:
vidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources. Beyond the `-V / `-D`/`-J`options, the`.g\` file is very flexible. However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to manage customization" vdj#919.
We should ensure that this is properly documented. What is the syntax of the `.g` file, and what are the recommended steps for anyone wishing to better use a custom germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2921JS : `==` ou `===` en comparant par rapport à `undefined` ou `0`2018-04-10T12:35:15+02:00Mikaël SalsonJS : `==` ou `===` en comparant par rapport à `undefined` ou `0`Dans #2272 @RyanHerb avait [mis un fichier](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/uploads/468a35081d3d30d32b8ccb1af57e1e72/code_analysis.txt) montrant que `jshint` râlait pour des `==` à la place de `===`. Par exemple :
```
clone.js: li...Dans #2272 @RyanHerb avait [mis un fichier](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/uploads/468a35081d3d30d32b8ccb1af57e1e72/code_analysis.txt) montrant que `jshint` râlait pour des `==` à la place de `===`. Par exemple :
```
clone.js: line 46, col 27, Use '===' to compare with 'undefined'.
clone.js: line 68, col 35, Use '===' to compare with '0'.
clone.js: line 81, col 33, Use '!==' to compare with 'undefined'.
clone.js: line 100, col 18, Use '===' to compare with '0'.
```
@RyanHerb avait d'ailleurs fait des modifications dans ce sens : cc7595e2.
Mais maintenant cela ne semble pas poser de problème à `jshint` : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/139#note_65732
Quelle est la bonne pratique à suivre ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2927Savoir sur quel serveur on est loggué2020-11-19T12:04:30+01:00Mathieu GiraudSavoir sur quel serveur on est logguéAvec le déploiement de plusieurs serveurs, certains utilisateurs peuvent avoir des comptes sur plusieurs serveurs, et, surtout dans une période de transition ou de ~"!!-crisis", utiliser l'un ou l'autre.
On devrait afficher clairement s...Avec le déploiement de plusieurs serveurs, certains utilisateurs peuvent avoir des comptes sur plusieurs serveurs, et, surtout dans une période de transition ou de ~"!!-crisis", utiliser l'un ou l'autre.
On devrait afficher clairement sur quel serveur on est (comme #2848). Un `lil` quelque part devrait suffire, et si on ne met rien on est sur le serveur public.
Généralisation de #2348 ?
Changer une couleur quelque part (argh, non, on la garde pour les clones)prod-server-lilhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2929Avoir l'abondance des clones dans les résultats de la CloneDB2018-07-26T13:58:33+02:00Mikaël SalsonAvoir l'abondance des clones dans les résultats de la CloneDBC'est @magiraud qui avait dit cela (de mémoire cela venait de Lille). Ce serait effectivement pertinent de savoir à quelle concentration était le clone vu dans un autre échantillon.C'est @magiraud qui avait dit cela (de mémoire cela venait de Lille). Ce serait effectivement pertinent de savoir à quelle concentration était le clone vu dans un autre échantillon.Alexia OmietanskiAlexia Omietanskihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2930Les presets doivent-ils fixer "color by" ?2021-08-27T11:38:21+02:00Mathieu GiraudLes presets doivent-ils fixer "color by" ?Surtout lorsqu'on aura #2370 / !996, est-ce que les presets (ou certains presets) devraient fixer "color by" ?
Ou est-ce trop dérangeant par rapport au focus des usagers (ils regardent leurs clones, changer un preset fait déjà bouger le...Surtout lorsqu'on aura #2370 / !996, est-ce que les presets (ou certains presets) devraient fixer "color by" ?
Ou est-ce trop dérangeant par rapport au focus des usagers (ils regardent leurs clones, changer un preset fait déjà bouger les clones, la conservation de la couleur aide à les suivre) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2933Voir les tags des sets résultats de CloneDB2018-09-26T16:51:34+02:00Mathieu GiraudVoir les tags des sets résultats de CloneDBSans répondre complètement à #2334 @flothoni, ce serait intéressant d'avoir les tags à côté des noms des patients / sets retournés par CloneDB.
On fait confiance à chaque labo pour utiliser ou définir les tags qui lui semblent pertinent...Sans répondre complètement à #2334 @flothoni, ce serait intéressant d'avoir les tags à côté des noms des patients / sets retournés par CloneDB.
On fait confiance à chaque labo pour utiliser ou définir les tags qui lui semblent pertinent, bref cela peut être la bonne info à montrer quand on parle d'un set dans un autre contexte.Alexia OmietanskiAlexia Omietanskihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2259Lancer tous les tests should-vdj avec une seule instance de Vidjil ?2022-02-16T16:22:00+01:00Mikaël SalsonLancer tous les tests should-vdj avec une seule instance de Vidjil ?J'anticipe que les tests avec Aho seront plus longs car :
1. la construction de l'automate est plus longue que de mettre des k-mers dans une table ;
2. la destruction de l'automate est assez longue (il faut parcourir l'automate en profo...J'anticipe que les tests avec Aho seront plus longs car :
1. la construction de l'automate est plus longue que de mettre des k-mers dans une table ;
2. la destruction de l'automate est assez longue (il faut parcourir l'automate en profondeur pour le détruire).
Ce n'est pas un problème en pratique car c'est bien l'étape d'analyse des données qui dominera largement le temps. Mais c'est un problème pour les tests car Vidjil est lancé très souvent avec un rechargement à chaque fois des germlines, surtout pour les should-vdj. Pourrait-on faire un gros fichier .fa concaténant tous les should-vdj et lancer Vidjil une seule fois dessus ?
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1266Taille de fenêtre en IGH : cas où 50 ne suffit pas ?2018-11-20T09:18:26+01:00Vidjil TeamTaille de fenêtre en IGH : cas où 50 ne suffit pas ?La taille des fenêtres en multi-système est globale. À rajouter dans germlines et voir les implications dans windowExtractor ou la représentative.
***
On remet donc le doigt dessus.
C'est embêtant si on est amené à comparer des données p...La taille des fenêtres en multi-système est globale. À rajouter dans germlines et voir les implications dans windowExtractor ou la représentative.
***
On remet donc le doigt dessus.
C'est embêtant si on est amené à comparer des données produites par des configs différentes.
Au minimum : rajouter dans germline, pour qu'en multi IGH soit aussi à 60.
Ou sinon, grande homogénéisation, tout le monde à 40, 50, ou 60.
***
On pourrait décider de cela avant 2015.02.
Je penche pour la grande homogénéisation.
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à décider pour 2015.02
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ok, on voit cela pour 2015.04
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plus tard...
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Au fait, j'ai bien vu hier que la propagande officielle indique "50" partout :)
***
2d80348, 50 pour tout le monde.
Il n'y a "plus" que la transition server à voir, autre tâche.
***
Euh… c'est pas un peu dangereux de mettre ça sur master alors qu'on n'a pas de moyen de faire la transition ? Ça veut dire qu'il ne faut surtout pas changer la version de vidjil sur rbx
***
rbx est sur 2015.04, sur un version stable, oui il faudra faire attention à ne pas changer tout de suite... master sert à cela :)
***
au passage, master est désynchronisé avec rbx depuis déjà quelque temps , surtout avec le -e 1.0 par défaut mais aussi le -t 100
***
50bp, est-ce bien raisonnable ? Oui je sais on n'a plus ou moins tranché mais sans vraiment avoir de recul sur des données.
Mais quand je vois ça : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=481&config=26 (clone à 1,5% et afficher la fenêtre), si le D était un peu plus grand ou moins grignoté, ça fait un peu peur…
***
Par contre un exemple qui fait très peur, sur le même jeu de données, c'est le clone à 0,671% : on a du D, du J et un seul nucléotide dans le N.
***
Dans ce cas on pourrait passer à 60... mais cela ne fait que 5 de plus de cahque côté, on va toujours avoir des cas limite même à 60.
***
Mmmm…. on a déjà eu du mal à prendre cette décision 50 (n’oublions pas que c’est 40 en ce moment). Par contre, on pourrait imaginer un process qui met un warning sur certains clones. En sortie du FineSegmenter, on devrait savoir si on est dans un cas limite ou non.
Et ce problème est (dans certains cas) indépendant de la taille de la fenêtre : Si on a un V/J collé avec 0 zone de N, ce sera très limite même avec une fenêtre de taille 100 :-) On doit mettre un gros warning dessus, et permettre de revenir sur les reads.
***
N'oublions pas que c'est 60 en IGH pour l'instant… (4^5 = 1024).
Ce sont des cas que j'ai vus sans trop chercher, parmi les 100 clones du jeu de données que j'avais en face de moi. C'est ça qui fait peur. Évidemment il y aura toujours des cas limites, mais là je n'ai pas épluché tous nos résultats avec de l'IGH pour tomber sur LE cas limite.
***
Exemple 0481 mis dans notable.
Pour cet exemple, on est finalement sauvé (euh ? une délétion au troisième nucl de J) par ce que voit IMGT.
Mais cela n'enlève pas le problème, on doit alerter si faible spécificité de la fenêtre (tâche dédiée).
Être à 60 permet d'avoir 4^5... si on récupère bien du N sur un des côtés, ce qui est loin d'être sûr.
Maintenant, reste la question du -w par défaut.
Les utilisateurs en multi doivent avoir la même qualité que ceux en IGH seul, et la qualité doit être au top pour tout le monde.
On teste le -w 50 depuis longtemps en multi... et... les tests passent.
***
Revu une trentaine de clones des utilisateurs IGH (Florian, Eva, Jack). Aucun soucis pour le -w 50. Mais plusieurs soucis pour certaines spécificités avec zéro N qu'un -w 60 ne résoud pas.
Tranché, c'est douloureux. Je maintiens "The default value (=-w 50=) was selected to ensure a high-quality clone gathering."
Mise en prod server : si on hésite (non, il ne faut pas...), on pourra mettre -w 60 pour la config IGH.
Tâche renommé, le pb est IGH.
***
La nouvelle tâche S22 m'a fait encore plus peur... mais on est bien sur autre chose que les discussions 50/60.
***
(sur rbx, IGH est encore en -w 60, tout le reste en -w 50 par défaut, sauf les configs [old])
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1273Raisons de non-segmentation : remettre à plat, documenter ?2019-11-21T12:10:16+01:00Vidjil TeamRaisons de non-segmentation : remettre à plat, documenter ?Les commits jusqu'à 41b4f07 peuvent nous faire demander si les raisons de non-segmentation sont bien rangées.
En particulier STRAND par rapport à AMBIGUOUS.
On pourra faire cela pour heuristique 1.9 ou 2.0.
***
Un read uniquement avec d...Les commits jusqu'à 41b4f07 peuvent nous faire demander si les raisons de non-segmentation sont bien rangées.
En particulier STRAND par rapport à AMBIGUOUS.
On pourra faire cela pour heuristique 1.9 ou 2.0.
***
Un read uniquement avec des J est classifié parfois en tant que #UNSEG ambiguous, ce qui n'est pas vraiment attendu, parfois en tant que too few V.
Exemple :
#UNSEG ambiguous
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J _
Mais aussi :
#UNSEG too few V
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+J+J+J
***
Ce n'est pas trop flou, c'est clairement un bug. Peut-être lié avec l'autre potentiel de ce matin :)
***
>TRDD2*01-TRDJ1*01
CCTTCCTACACACCGATAAACTCATCTTTGGAAAAGGAACCCGTGTGACTGTGGAACCAA
#UNSEG ambiguous
_ _ _ _ _ _ _ _ _+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J
>TRDV3*01-TRDD3*01
ATCTCTCCAGTAAGGACTGAAGACAGTGCCACTTACTACTGTGCCTTTAGACTGGGGGATACG
#UNSEG ambiguous
+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
***
En fait c'est bien à cause de 41b4f07105.
Si on détecte 10 k-mers, passe en AMBIGUOUS. Ce n'est pas très informatif, et surtout ce n'est pas souhaité si on fait derrière des réarrangements incomplets.
***
a8df78e, on n'aura plus ce bug.
Mais il faudra toujours remettre un jour les raisons de non-segmentation à plat, strand / detect.
***
Beaucoup mieux depuis 1f1f16e.
Mais une remise à plat serait toujours la bienvenue.
Autant faire cela après germlines.data et Aho-Corasick...
***
Et documenter cela.
***
Fait depuis 2015-05 et 2015-06
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1604Le calcul de la e-valeur devrait prendre en compte le -t2018-04-10T12:28:09+02:00Vidjil TeamLe calcul de la e-valeur devrait prendre en compte le -tSi on ne garde que x nucléotides pour les germlines V ou J, le calcul de la e-valeur ne doit se faire que sur une longueur inférieure ou égale à x, même si la séquence est beaucoup plus longue : il est impossible d'avoir plus de x k-mers...Si on ne garde que x nucléotides pour les germlines V ou J, le calcul de la e-valeur ne doit se faire que sur une longueur inférieure ou égale à x, même si la séquence est beaucoup plus longue : il est impossible d'avoir plus de x k-mers V (et même x - s + 1) par exemple.
***
ok
***
Tout doit se faire dans kmerstore.h
- en entrée, les insert() reçoivent et utilisent keep_only : à stocker
- en sortie, getProbabilityAtLeastOrAbove()
***
68fef14. Quitte à prendre en compte le -t, autant être plus générique : si on n'a inséré que des choses de 200 ou moins, le calcul devrait prendre en compte ces 200.
Pour faire le changement souhaité, il faut maintenant faire quelque chose du type :
int n_max = atMostMaxSizeIndexing(length) - getS() + 1;
dans getProbabilityAtLeastOrAbove()
Mais j'ai maintenant des doutes : veut-on remplacer vraiment n par n_max dans toute cette fonction ? Est-ce que le index_load n'a pas déjà pris cela en compte ?
Bref, je te laisse voir :-)
***
Dans une séquence de longueur 200, même si on n'a inséré que des séquences de longueur 100 :
- la proba d'avoir exactement 18 k-mers est toujours la même ?
- et celle d'avoir 150 k-mers ? Elle est faible... mais pas nulle (et d'ailleurs, on trouvera des séquences chimériques avec cela). Est-ce que le but est de mettre cela à zéro ?
ou bien est-ce que cela doit être fait finalement dans affectanalyser.cpp:160 ? Qu'est-ce que cela signifie ?
***
La proba d'avoir 18 k-mers par hasard est plus élevée dans une séquence de longueur 200 que de longueur 100. De manière générale, il existe au moins une valeur t pour laquelle t k-mers dans 100nt est significatif mais pas t dans 200nt.
***
ok pour la longueur de la séquence observée, mais est-ce que cela dépend de la longueur de la séquence insérée ? (Cette dépendence ne serait-elle pas déjà dans le index_load ?)
En tout cas, si tu penses avoir la formule, vas-y :-)
***
Je pense que je ne comprends pas ce que tu veux dire :)
Par exemple pour l'instant on calcule la probabilité à gauche sur toute la longueur jusqu'à first_pos_max. Ce qui est très bien puisque cela évite de prendre en compte le N (dans lequel on ne s'attend pas à avoir de k-mers). Là c'est la même chose : on ne veut pas prendre en compte le début du V puisqu'on ne s'attend pas à avoir de k-mers dedans.
Autrement dit, entre un read qui contient 100nt de V et un read qui contient 300nt du même V, on ne devrait pas avoir une e-valeur différente (avec -t 100).
***
Après réflexion collective, un segment de 200, même avec -t 100, contient aussi un certain nb de kmers "aléatoires" dans les 100 premiers nt, qui fait que le calcul de la e-valeur serait tout de même bon (à peu près).
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1492Translocations, régions aval/amont2018-04-10T12:27:08+02:00Vidjil TeamTranslocations, régions aval/amontFaut-il rentrer des gènes entiers où il pourrait y avoir des translocations ? et/ou autre structure d'index pour stocker cela ?
(Voir tâche "BCL2 / JH")
Même sans parler de translocation, c'est très tentant de mettre quelque part le lo...Faut-il rentrer des gènes entiers où il pourrait y avoir des translocations ? et/ou autre structure d'index pour stocker cela ?
(Voir tâche "BCL2 / JH")
Même sans parler de translocation, c'est très tentant de mettre quelque part le locus IGH complet.... ou au moins les régions aval/amont des gènes D... ou bien, dans une autre germline, les régions aval/amont, **sans** les gènes D & co, bref des choses qui normalement ne sont pas là.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1586Recombinaisons TRDD/TRAJ2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamRecombinaisons TRDD/TRAJDans le tableau de Yann tous les gros problèmes semblent résolus sauf un : une recombinaison TRDD/TRAJ (ou même TRDD2/TRDD3/TRAJ). Elle était trouvée par chance en TRDD2/TRDD3 auparavant, mais cela ne résiste pas à la e-valeur (le TRDD3 ...Dans le tableau de Yann tous les gros problèmes semblent résolus sauf un : une recombinaison TRDD/TRAJ (ou même TRDD2/TRDD3/TRAJ). Elle était trouvée par chance en TRDD2/TRDD3 auparavant, mais cela ne résiste pas à la e-valeur (le TRDD3 est grignoté comme il est recombiné et donc il n'y a pas assez de k-mers pour passer le seuil). Du coup on ne trouve plus un clone qu'on trouvait auparavant (mais qu'on classait mal).
Met-on cela dans le germline VdJa ? Sauf qu'il s'appelle VdJa Et là on est sur du DdJa… Sauf que le VdJa c'est du VDJ et là on cherche du DJ.
***
Ici il n'y est plus : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=443&config=25 mais là il y était : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=443&config=11
***
J'imagine que ce sera D avec upstream ?
***
Dans TRD+, on a regroupé plusieurs cas sur le locus TRD.
On pourrait donc regrouper plusieurs cas sur le locus TRA/TRD dans VdJa.
(quitte à renommer, TRA/D (aïe, cinq caractères) ? TRA+ ? On peut mettre déjà dans VdJa, et réfléchir ensuite.)
IMGT appelle cela "Human TRA/TRD locus" : http://www.imgt.org/LocusView/docs/humanTRATRDlocus.pl
***
Pour le TRDD_upstream… pourquoi pas ou en DD2-01, ça dépend de ce qui peut être recombiné.
***
euh... est-ce bien notable/0443-lil-LEQ--DdJa.fa ?
Je ne m'y retrouve pas.
***
ea66e02 pour la gestion TRDD/TRAJ et 07cb337 pour les tests
***
Marqué comme fait.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1234Jenkins : relancer Vidjil-data si changement dans le git dans germline/2020-08-27T11:41:50+02:00Vidjil TeamJenkins : relancer Vidjil-data si changement dans le git dans germline/après 0818249, j'ai du relancer à la main. On peut vivre avec !
***
Pour info, je viens de changer la config Vidjil-data pour se lancer sur "dev" au lieu de "master".
***
Hmm… Veut-on vraiment relancer Vidjil-data ? Relancer Vidjil-data ...après 0818249, j'ai du relancer à la main. On peut vivre avec !
***
Pour info, je viens de changer la config Vidjil-data pour se lancer sur "dev" au lieu de "master".
***
Hmm… Veut-on vraiment relancer Vidjil-data ? Relancer Vidjil-data ça veut dire récupérer les germlines depuis IMGT, ça veut dire casser les tests.
Mais je comprends bien l'intérêt de relancer pour se rendre compte des problèmes au moment où ils apparaissent !
***
Tu as raison. Je mettais juste le commentaire à cet endroit pour le mettre quelque part.
***
Oui, je réagissais juste à la tâche en elle-même (avec un an de retard…)
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1237germlines.data et offline2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil Teamgermlines.data et offlinegermlines.data est récupéré par germline_builder.js via AJAX... et donc, ne marche que sur serveur, et pas en offline.
Comment faire ? Est-ce que germlines.data pourrait être directement chargé comme du .js source (comme pour les séquen...germlines.data est récupéré par germline_builder.js via AJAX... et donc, ne marche que sur serveur, et pas en offline.
Comment faire ? Est-ce que germlines.data pourrait être directement chargé comme du .js source (comme pour les séquences ?)
***
D'un autre côté, veut-on pouvoir garder la possibilité d'avoir des germlines.data différents par fichier ? Non, on a bien un seul germlines.data, les adaptations éventuelles sont les germlines "custom" dans les .vidjil.
***
j'ai fait quelques modifs, le germline en javascript est construit d'abord avec les données de germlines.data et si elles sont incompletes ou manquantes le germline est construit/complété avec les genes du fichier .vidjil donc meme sans germlines.data on a un truc regardable (manque juste les "shortcut" et "color")
***
ok, on en discute demain
***
-> mettre en .js
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1998Branche improve_representative2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamBranche improve_representativeOuah, joli boulot, je n'avais pas vu tout cela ! Pas testé, j'ai par contre feuilleté le code.
- Qualité : ce serait bien qu'on ajoute encore des tests (y compris pour les cas de trim de N à l'extérieur). Est-ce qu'il y a aussi des séq...Ouah, joli boulot, je n'avais pas vu tout cela ! Pas testé, j'ai par contre feuilleté le code.
- Qualité : ce serait bien qu'on ajoute encore des tests (y compris pour les cas de trim de N à l'extérieur). Est-ce qu'il y a aussi des séquences réelles où maintenant c'est beacuoup mieux ?
- Vitesse : J'imagine qu'on est toujours globalement linéaire...
Enfin, en rebasant sur "sans-aho" ("improve_representative-sans-aho"), il ne manque que 5f724a6 : est-ce que cela peut se faire tout de même sans aho (et donc potentiellement mergeable cette semaine pour 2016.09 ?)
***
– Qualité : Pour les tests, oui c'est prévu. Les jeux problématiques de la Pitié sont des exemples où cela fonctionne nettement mieux (on passe d'une représentative d'une centaine de bases, à 400nt. Il reste quelques cas où la séquence représentative reste trop courte. Pour qu'elle soit de bonne longueur il faut *diminuer* le nombre de séquences auditionnées (passer de 2000 à 1000 voire 200) ce qui permet d'avoir une proportion plus importante de séquence de bonne qualité. Le problème est que si le clone possède 2000 reads, toutes les séquences seront auditionnées alors qu'il en existe certaines qui sont de mauvaise qualité et qui vont ajouter du bruit.
– Vitesse, pas testé mais c'était prévu aussi. Ça doit rester dans le même ordre de grandeur normalement.
Le 5f724a6 : non cela ne peut pas se faire sans. Pour le coup on sortirait de longues représentatives, mais pas forcément significatives.
***
Hmm... curieux, cela ne passe pas sur mon système décadent :
In file included from germline.cpp:2:
In file included from ./germline.h:8:
./kmerstore.h:384:10: error: no viable overloaded '='
seed = IKmerStore<T>::seed;
~~~~ ^ ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
(En attendant cela passe sur rbx, je regarde fonctionnellement)
***
Avant la release, j'aimerais bien faire passer tout ça sur Jenkins (solution crade, mettre la branche sans-aho temporairement dans la conf du job Jenkins).
Ça compile pour moi avec g++4.9, g++5 et g++6 mais effectivement clang ne passe pas… Je ne comprends pas ce sont juste deux string…
***
Ça devrait être bon pour clang maintenant.
***
Merci, cher magicien.
Je me suis amusé avec data/ambiguous_representative.fa. Cela marche bien pour l'extension (pas de N à l'extérieur, s'arrête au bon endroit). Par contre le premier N passe en A, c'est un effet de bord des k-mers ?
***
> Avant la release, j'aimerais bien faire passer tout ça sur Jenkins
Oui. Ne t'embête pas avec Jenkins : Ce soir, je fais une séance de black git et je remets tout cela sur dev.
***
ambiguous_representative.fa: intéressant. Il y avait ce problème-là mais du coup je suis passé à un index pour chaque graîne (j'étais réticent au début, mais ça ne doit pas changer grand chose en terme de temps de calcul, un peu en espace mais on est sur de petites donnée). Je regarde à quoi c'est dû.
***
Tu m'autorises à tricher ? C'est à cause de la faible complexité de la séquence, on a deux fois la même graîne (--A--T--A--A--C--C--C--T--T--T) qui matche dans la séquence 2 et du coup lors du match « inattendu » cela couvre la position censée contenir le N.
Modifier une position permet d'augmenter la complexité et d'éviter le hit. J'ai commité un truc, tu en fais ce que tu veux.
***
Bien sûr, tricherie acceptée ! Merci.
***
(j'avais du d'ailleurs m'y reprendre à plusieurs fois avant de trouver des "noisy sequences" qui n'étendaient pas d'un nucléotide la représentative)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1344C++11 ?2021-01-11T15:25:03+01:00Vidjil TeamC++11 ?Tâche remise au goût du jour : est-on prêt à passer en C++11 ?
Quelle est la diffusion de C++11 ?
- est-ce que rbx compile ?
- est-ce que Mikaël compile ?
- est-ce que Mathieu, avec son OS décadent, compile ?
- et pour les milli...Tâche remise au goût du jour : est-on prêt à passer en C++11 ?
Quelle est la diffusion de C++11 ?
- est-ce que rbx compile ?
- est-ce que Mikaël compile ?
- est-ce que Mathieu, avec son OS décadent, compile ?
- et pour les milliers d'utilisateurs qui téléchargent nos sources ?
***
Est-ce que mettre -std=c++11 et recompiler Vidjil fonctionne chez vous ? (bien faire un make clean)
Marc, tu peux pousser une branche c11 pour qu'on teste tous la même chose...
***
gcc: https://gcc.gnu.org/wiki/C11Status
***
Version stable d'Ubuntu : ok ?
***
Pour mémoire, les avantages de passer à C++11 :
- parser json ("Parser le MultiGermline")
- docopt C++11 ("Traitement de options")
- et quelques auto dans les templates ?
***
sous g++ 4.6 (ubuntu 12.04) -> -std=gnu++0x
sous g++ 4.8 (ubuntu 14.04) -> -std=c++11
ca compile ... et la librairie json a l'air de fonctionner
***
sous g++ 4.6 (ubuntu 12.04) -> -std=gnu++0x
sous g++ 4.8 (ubuntu 14.04) -> -std=c++11
ca compile ... et la librairie json a l'air de fonctionner
***
sous g++ 4.6 (ubuntu 12.04) -> -std=gnu++0x
sous g++ 4.8 (ubuntu 14.04) -> -std=c++11
ca compile ... et la librairie json a l'air de fonctionner
***
ok, d'accord
***
Remarque importante : pour l'instant, faire tous les dev c+11 uniquement sur la branche c+11
***
CentOS 6 (maintenue jusqu'en 2017) embarque gcc 4.4 qui a un support limité de C++11 (pas de lambda fonctions par exemple) : https://gcc.gnu.org/gcc-4.4/cxx0x_status.html
***
Oui... et on trouvera plein d'autres systèmes stables sans bon support C++11. Je propose qu'on ne revienne pas sur la décision : on va basculer sur C++11. Par contre, il faut trouver un moyen correct d'avoir notre intégration continue.
Trois solutions :
- on arrive à installer un gcc correct sur CentOS 6 : http://www.necessaryandsufficient.net/2014/07/c11-on-centos/
- on met plutôt un slave CentOS 7
- on enlève CentOS des slaves !
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1230FineSegmenter : refuser de segmenter si cela n'est pas joli2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamFineSegmenter : refuser de segmenter si cela n'est pas joliMaintenant qu'on peut considérer plusieurs germlines, attention à ne pas autoriser n'importe quelle segmentation
Le KmerSegmenter est déjà bien stringeant. (et donc, quand "-c clones", le "bon" germline est passé au FineSegmenter)
Le F...Maintenant qu'on peut considérer plusieurs germlines, attention à ne pas autoriser n'importe quelle segmentation
Le KmerSegmenter est déjà bien stringeant. (et donc, quand "-c clones", le "bon" germline est passé au FineSegmenter)
Le FineSegmenter, lui, accepte trop facilement de segmenter quelque chose qui n'a rien à voir, et cela se voit sur le "-c segment" (il va segmenter en TRG alors qu'il devrait attendre l'IGH qui est derrière).
Replonger dans les scores / positions de dynprog...
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Priorité remontée.
Voir en particulier les données du 27 novembre (Cas IGH)
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Necker 23 décembre (patient 94).
Peut-être faire remonter aussi, pour la representative de chaque clone, le score de Kmer/FineSegmentation, et mettre un warning dans la liste des clones aux clones bizarres
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Évoqué aussi par Yann le 10 février, pour une séquence dont le D ne faisait... qu'un nucléotide !
***
D: 4da08e2, au moins 5 bases au premier passage (cela pourrait être amélioré, certes, là c'est score-indépendant)
***
Échange de mails avec Marine : une fin de V avec seulement 10 nucléotides.
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a710c4a
Pour l'instant, c'est juste une vérification qu'il y a au moins 10 matches. A améliorer avec un vrai calcul de p-valeur/e-valeur.
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#1231, #1232
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1549Utiliser pour de vrai les séquences upstream/downstream2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamUtiliser pour de vrai les séquences upstream/downstreamIl y a des données d'Alice avec un D5-J5 qui a 12 délétions → il en reste 8.
Il faut mettre à jour les germlines (sur Vidjil-data), et mettre à jour les tests et le germline.cpp qui utilise certaines séquences.
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Fait pour DH-JH (9e16...Il y a des données d'Alice avec un D5-J5 qui a 12 délétions → il en reste 8.
Il faut mettre à jour les germlines (sur Vidjil-data), et mettre à jour les tests et le germline.cpp qui utilise certaines séquences.
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Fait pour DH-JH (9e16fee5). Met-on les J downstream pour tout le monde ?
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fait pour plusieurs germlines...
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1517stats : segmenté ou avec window ?2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil Teamstats : segmenté ou avec window ?reads av. len clones av. rds
IGH -> 185469 125.9 31516 5.6
Mais 5.6 = (quelque chose de plus petit que 185469) / 31516.
La faible différence vient des reads segmentées mais sans window.
Jusqu'à maintenan...reads av. len clones av. rds
IGH -> 185469 125.9 31516 5.6
Mais 5.6 = (quelque chose de plus petit que 185469) / 31516.
La faible différence vient des reads segmentées mais sans window.
Jusqu'à maintenant, on insiste sur les reads "segmentées", mais bon, pour l'utilisateur c'est les reads avec window qui sont intéressante.
" = SEG, no window " devrait devenir "UNSEG_NO_WINDOW", c'est une cause parmi d'autre de non-analyse.
Bref, dans core/windowExtractor.cpp, j'ai très envie de déplacer la ligne "seg->segmented_germline->stats_reads.insert(read_length);"
juste en-dessous. Et de changer d'autres trucs à coté.
Ce serait donc l'occasion d'afficher dans le browser plutôt le nombre de reads "avec window". Et peut-être mettre "analyzed" au lieu de "segmented", cela fait longtemps que cela me trotte dans la tête.
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C'est acté, on change.
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77113c1
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1235germlines.data: l'utiliser dans le browser2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil Teamgermlines.data: l'utiliser dans le browserEn particulier générer les axes V/J qu'il faut, et prendre l'ordre du fichier pour ordonner les germlines (l'ordre alphabétique ne marche pas, TRA, TRB, TRG, TRD, hihihi)
Et supprimer icon de js/germline.js (la color, tu pourrais aussi ...En particulier générer les axes V/J qu'il faut, et prendre l'ordre du fichier pour ordonner les germlines (l'ordre alphabétique ne marche pas, TRA, TRB, TRG, TRD, hihihi)
Et supprimer icon de js/germline.js (la color, tu pourrais aussi la mettre dans germline.data...)
***
from >> 56b44b5769782a80d
to >> 3c485fbb4a5c31
les germlines/custom germlines sont construit en live en utilisant germlines.data
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Génial, cela fonctionne parfaitement
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1553Changer le germline d'un clone2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamChanger le germline d'un cloneCela permettrait de répondre à plusieurs questions :
- bouger des clones mal affectés, en récupérer (xxx > IGH+)
- et ignorer vraiment des clones dont on ne veut pas (un locus > xxx)
1) Si c'est dans le .analysis, est-ce que l'info pa...Cela permettrait de répondre à plusieurs questions :
- bouger des clones mal affectés, en récupérer (xxx > IGH+)
- et ignorer vraiment des clones dont on ne veut pas (un locus > xxx)
1) Si c'est dans le .analysis, est-ce que l'info passe bien ?
2) Quelle procédure pour changer ? (réfléchir aussi au changement de V / de J, peut-être dans le info)
***
pour 2), le germline apparait maintenant dans getInfoHtml, ce serait le bon endroit pour avoir un bouton pour éditer
***
Marc : « en soit c'est facile, mais ça change toutes les stats et il faudrait la sauvegarder ou rejouer le changement »
***
Marc : « il crée la liste des gènes en fonction des gènes réellement utilisés. C'est fait à chaque fois qu'on change de germline. Il faudrait relancer la fonction qui calcule cela quand on change le germline d'un clone. »
***
Dépend de « changer les gènes V/D/J d'un clone » : https://www.producteev.com/workspace/t/555b3f53b1fa09245f000000
***
Vu ensemble : ok, bien, n'afficher les listes déroulantes que lorsqu'on clique sur un bouton "edit" dans la barre de titre "segmentation"
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fait.
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voir les changments de stats induits
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Parfait, merci !
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e105a41: Je viens de faire en sorte que le bouton ne soit visible que lorsqu'on est en mode développement (faire Ctrl-A). J'ai en effet besoin de mettre à jour le browser sur rbx et d'utiliser master.
***
Oups... tu as commité des choses aujourd'hui dans "florian", mais sans récupérer avant ce que j'avais mis dans "master" hier... cela sent le conflit lorsque tu vas devoir merger...
***
Euh... en fait non, ton dernier commit 9b1ea5b est bien une reprise de ce qui est dans master... mais c'est bizarre, ce n'est pas un commit de merge. On en discutera demain.
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... en tout cas c'est très joli comme cela !
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1236germlines.js: mise à jour des séquences2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil Teamgermlines.js: mise à jour des séquencesMarc, tu as un script quelque part qui crée le .js ? Il faudrait le relancer... (et le mettre dans le git, à côté de split-from-imgt.py). Note qu'il y a maintenant des fichiers isolés (type TRDD2-01.fa, et il y aura aussi KDE.fa), certai...Marc, tu as un script quelque part qui crée le .js ? Il faudrait le relancer... (et le mettre dans le git, à côté de split-from-imgt.py). Note qu'il y a maintenant des fichiers isolés (type TRDD2-01.fa, et il y aura aussi KDE.fa), certaines séquences peuvent être en double.
Ou bien, à terme, faire que le javascript accède directement aux séquences dans les fichiers fasta dans germline (et dans ce cas, plus besoin de js/germline.js vu que le reste est dans germline.data)
***
>>faire que le javascript accède directement aux séquences dans les fichiers fasta dans germline
On peut parser n'importe quel fichier texte en javascript sauf les fichiers locaux (toujours la même restriction le javascript n'a pas a accéder aux fichiers de l'utilisateur) donc faisable mais il faut abandonner le offline
***
donc pour l'instant le germline.js est une bonne solution (pas parfaite, mais bon)
***
séquences a jour ainsi que le script déplacé dans /germline
>> 41b25020ac88a0
>> 948fead4f8d6fec
***
e4d33ac : script rajouté dans get-germline
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1012germline/germlines.data: trouver un format utile, l'utiliser un peu partout2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil Teamgermline/germlines.data: trouver un format utile, l'utiliser un peu partoutPour l'instant, la définition de PSEUDO est dans pipeline.py.
Ce n'est pas générique, on devrait pouvoir lancer vidjil avec un -G KDE.
Où mettre cette liste ?
***
b7b1d34, branche "germline": draft très préliminaire, germline/germlines...Pour l'instant, la définition de PSEUDO est dans pipeline.py.
Ce n'est pas générique, on devrait pouvoir lancer vidjil avec un -G KDE.
Où mettre cette liste ?
***
b7b1d34, branche "germline": draft très préliminaire, germline/germlines.txt
***
En discuter ensemble fin août
***
mis dans master
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1925Segmenter: pouvoir mettre les V et J germline dedans...2019-02-13T08:40:03+01:00Vidjil TeamSegmenter: pouvoir mettre les V et J germline dedans...On en avait parlé il y a longtemps, y compris au début du travail de François.
-> Avoir un bouton pour mettre les V et J d'une séquence dans le segmenter.
(et même, cela pourrait mettre plusieurs séquences si ambiguités)
(voir auss...On en avait parlé il y a longtemps, y compris au début du travail de François.
-> Avoir un bouton pour mettre les V et J d'une séquence dans le segmenter.
(et même, cela pourrait mettre plusieurs séquences si ambiguités)
(voir aussi "Créer un nouveau clone artificiel", qui permettrait de mettre autre chose).
***
@RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1634TRB incomplet2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamTRB incomplet- une entrée TRB+ dans germlines.data (regarde par exemple IGH+)
- un ou deux tests dans tests/should-vdj-tests/ sous la forme d'un fichier *.should-vdj.fa (il peut y avoir plusieurs séquences dans le même fichier)
***
Cela a l'a...- une entrée TRB+ dans germlines.data (regarde par exemple IGH+)
- un ou deux tests dans tests/should-vdj-tests/ sous la forme d'un fichier *.should-vdj.fa (il peut y avoir plusieurs séquences dans le même fichier)
***
Cela a l'air bon, il manque plus qu'à mettre le test en should-vdj au lieu de should-get
***
j’attends de récupérer des séquences tests additionnels avant.
***
Florian, ce serait bien de boucler ce point, quitte à ne prendre que la séquence que tu as maintenant.
D'ici fin juillet on fera la release 2015.07, et normalement il faut un certain temps de "freeze" avant qu'on le fasse.
merci !
***
j'ai modifié le should-get en should-vdj en attendant d'voir le jeu de séquences plus important de Necker que Patrick doit me fournir prochainement.
***
merci !
a35c301: rajouté des "_", sinon il n y'avait que la première chaine qui était testée + le N détaillé + l'info sur le locus
python should-vdj-to-tap.py should-vdj-tests/trb+.bd2-bj2-3.should-vdj.fa
# Teste uniquement le locus (-2q), et aussi le reverse (-r)
python should-vdj-to-tap.py -2q -r should-vdj-tests/trb+.bd2-bj2-3.should-vdj.fa
***
Vielle tâche bien faite, je ferme
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1605Germline 'xxx': on aimerait aussi avoir le FineSegmenter2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamGermline 'xxx': on aimerait aussi avoir le FineSegmentermettre dans labels de kmerstore.h un lien vers un objet Germline
***
et ce n'est pas si évident: certaines affectations viennent de plusieurs Germline : d (TRD+) et k (IGK+).
Il faudrait pouvoir mettre plusieurs Germline et/ou changer G...mettre dans labels de kmerstore.h un lien vers un objet Germline
***
et ce n'est pas si évident: certaines affectations viennent de plusieurs Germline : d (TRD+) et k (IGK+).
Il faudrait pouvoir mettre plusieurs Germline et/ou changer Germline
***
2015.12 sera une belle release :-)
***
17e9c09
Voir tout de même la remarque dans le commit : si une même affectation vient de plusieurs germlines, seule une germline est renvoyée/utilisée. Bref, on risque de ne pas détecter des 'xxx' avec Intron.
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2134Permettre de ne lancer que certains germlines d'un fichier .germlines2017-12-04T14:55:54+01:00Mikaël SalsonPermettre de ne lancer que certains germlines d'un fichier .germlinesActuellement on a la possibilité de préciser soit un fichier `.germlines` dont tous les locus spécifiés seront analysés (sauf les incomplets si on n'a pas l'option `-i`), soit l'ensemble des fichiers « V » et l'ensemble des fichiers « J ...Actuellement on a la possibilité de préciser soit un fichier `.germlines` dont tous les locus spécifiés seront analysés (sauf les incomplets si on n'a pas l'option `-i`), soit l'ensemble des fichiers « V » et l'ensemble des fichiers « J » (et éventuellement D) sur la ligne de commande. Dans ce dernier cas, il s'agit d'un germline « custom » qui n'est donc pas assimilé à un germline reconnu et n'a pas d'espèces.
Il serait pratique de ne pouvoir sélectionner que quelques germlines au sein d'un fichier `.germlines`. Par exemple si je veux analyser les kappa avec les incomplets je pourrais faire `-g germline/homo-sapiens.germlines -? IGK,IGK+` (où le `?` est à remplacer par une lettre adéquate). Si je voulais préciser les fichiers V et J sur la ligne de commande, je perdrais la possibilité de séparer les complets des « inhabituels »
@magiraudAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2133Germlines de souris et de rat2017-12-04T14:55:54+01:00Mathieu GiraudGermlines de souris et de ratMettre tous les locus, et créer un fichier `germline/mus-musculus.g` et `germline/rattus-norvegicus.g`
@mikael-sMettre tous les locus, et créer un fichier `germline/mus-musculus.g` et `germline/rattus-norvegicus.g`
@mikael-sAlgo 2017.03Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1766Mettre à jour les germlines depuis IMGT2018-03-14T11:03:48+01:00Vidjil TeamMettre à jour les germlines depuis IMGTLa dernière mise à jour date de mai 2015 (-> 2015.06).
Il faudra le faire pour la 2016.02 :-)
***
Tiens, depuis novembre 2015 IMGT fait un CHANGELOG: http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html
***
D'ailleurs, cela vaudra le coup ...La dernière mise à jour date de mai 2015 (-> 2015.06).
Il faudra le faire pour la 2016.02 :-)
***
Tiens, depuis novembre 2015 IMGT fait un CHANGELOG: http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html
***
D'ailleurs, cela vaudra le coup de faire les pseudo-gènes en même temps (ou juste après). Et "make get-all-data" ne fonctionne pas en ce moment
***
@mikael-sAlgo 2017.03Mikaël SalsonMikaël Salson2017-01-16https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1687Classes des Ig en RNA-Seq2017-12-04T14:55:59+01:00Vidjil TeamClasses des Ig en RNA-SeqOn ne va pas devenir un outil générique de mapping...
... néanmoins, est-ce que cela ne vaudrait pas le coup de détecter qui pourraient arriver en RNA-Seq ? (voire en capture, cela dépend du protocole)
Par exemple au moins les CD3, CD4...On ne va pas devenir un outil générique de mapping...
... néanmoins, est-ce que cela ne vaudrait pas le coup de détecter qui pourraient arriver en RNA-Seq ? (voire en capture, cela dépend du protocole)
Par exemple au moins les CD3, CD4, CD8, CD19, CD45RA/CD45RO... ou d'autres...
***
Et les régions constantes pour détecter la classe d'Ig
https://en.wikipedia.org/wiki/Immunoglobulin_class_switching
***
Sarah, 26 oct. 2015 :
> Je voudrais savoir s’il est possible de connaitre la chaine lourde utilisée (IgM ou autre) à partir des analyses faites sur vidjil ?
***
Dans IMGT/GENE-DB, on a :
1 4 IGHA1
3 11 IGHA2
4 18 IGHE
4 18 IGHG1
6 28 IGHG2
19 130 IGHG3
4 15 IGHG4
1 6 IGHGP
3 18 IGHM
Lecture: IGHM, 3 alleles / C-GENE-UNIT, (IGHM*01, *02, *03), mais au total 18 exons (selon les classes, CH1-4, H1-2, M1-2, entre 35 et 400 nt).
***
Attention ! IGHD*01 et IGHD*02 sont des chaînes lourdes constantes IgD, au contraire des gènes habituels IGHD1-1*01 & co.
***
Class switching : mentionné par Cristina Jiminez lors de son talk ESLHO
***
ping
***
Classes : Sarah est extrêmement intéressée.
La pseudo-germline IgJC (mail du 30 octobre, et branche ighc, rebasée à l'instant) lui convient parfaitement ("cela évitera de refaire à Rennes 150 PCRs" :-). Bref, mettre la détection des classes avant notre audio du 25 février.
***
(autres choses que les classes: bougé dans nouvelle tâche)
***
Config 37, avec /home/vidjil/custom-germlines/germlines-classes.data
+ branche ighc (pas utilisée pour l'instant, juste pour vérifier que tout passe, sauf à la marge -2/-4). Lancé sur une dizaine de fichiers de Sarah, on lui fera coucou lundi.
***
@nobody @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1673Valeur de -m par défaut pas très claire2017-12-04T14:55:59+01:00Vidjil TeamValeur de -m par défaut pas très claireDoc: "Note that it is even possible to set `-m -10`
(meaning that V and J could overlap 10 bp). This is the default for VJ recombinations."
En fait c'est le cas... sauf en cas de `-g germline`, ou c'est 0 pour tous.
On retrouve l...Doc: "Note that it is even possible to set `-m -10`
(meaning that V and J could overlap 10 bp). This is the default for VJ recombinations."
En fait c'est le cas... sauf en cas de `-g germline`, ou c'est 0 pour tous.
On retrouve la même ambiguité que ce qu'on avait pour les fenêtres.
Solution : si on a envie de conserver des réglages différents, les mettre dans "parameters" de germline.data.
***
@magiraud @mikael-sAlgo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1006vidjil.cpp: CMD_GERMLINES: permettre de spécifier les germlines depuis la lig...2017-12-04T14:55:59+01:00Vidjil Teamvidjil.cpp: CMD_GERMLINES: permettre de spécifier les germlines depuis la ligne de commande (et de tous les prendre si besoin)autant le faire tout de suite via germlines.txt
***
Peut se faire simplement, en acceptant plusieurs -V / -J sur la ligne de commande
***
@magiraudautant le faire tout de suite via germlines.txt
***
Peut se faire simplement, en acceptant plusieurs -V / -J sur la ligne de commande
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/973Automatiser création pseudo-germlines, en particulier Dd2-Dd3, get-germline i...2017-12-04T14:55:59+01:00Vidjil TeamAutomatiser création pseudo-germlines, en particulier Dd2-Dd3, get-germline incompletJe ne sais pas pourquoi la deadline est aujourd'hui.
Le but serait déjà d'avoir les fichiers suivants, une séquence par fichier :
- TRDD2.fa
- TRDD3.fa
- IGKKDE.fa
- IGKINTRON.fa
Pour la combinaison (TRDV + TRDD2), cela devrait s...Je ne sais pas pourquoi la deadline est aujourd'hui.
Le but serait déjà d'avoir les fichiers suivants, une séquence par fichier :
- TRDD2.fa
- TRDD3.fa
- IGKKDE.fa
- IGKINTRON.fa
Pour la combinaison (TRDV + TRDD2), cela devrait se faire directement par germlines.data / parser C++.
***
0818249 : Dd2 et Dd3
Il reste KDE et INTRON, on les récupère où ?
***
C'est Aurélie qui nous les avait envoyé. On les met sur vidjil.org ?
***
Ok, vidjil.org/germline (donc pour l'instant sur bioinfo...).
Avant de le fixer dans le marbre (peut-être en le rentrant en dur dans le git vidjil, dans germline), on refera des tests voir si les séquences sont bonnes / trop courtes / trop longues.
***
J'attends donc juste que vdj/web soit déployé sur bioinfo pour le mettre dans le script :)
***
Bon, je les ai mis à la main sur rbx.
0ad7c6b
***
à faire plus tard : vérifier les séquences, les mettre directement dans le git vidjil
***
c'est bon actuellement
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2939Savoir sur quel sha1 ont été construits les paquets Debian et le dock2019-11-26T12:17:20+01:00Mathieu GiraudSavoir sur quel sha1 ont été construits les paquets Debian et le dockDiscuté avec @RyanHerb.
On pourrait, en particulier avec #2924 :
- inclure le sha1 dans les numéros de version / tags Debian commme Docker, type `1.3.0_a14c4aa`
- éventuellement faire un `tag` git à la construction / upload de ces paq...Discuté avec @RyanHerb.
On pourrait, en particulier avec #2924 :
- inclure le sha1 dans les numéros de version / tags Debian commme Docker, type `1.3.0_a14c4aa`
- éventuellement faire un `tag` git à la construction / upload de ces paquetshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2940Construire un paquet Docker sur une feature-.*s.*2018-11-20T12:08:43+01:00Mathieu GiraudConstruire un paquet Docker sur une feature-.*s.*https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2942Bug lors de la génération de rapport2018-03-05T17:16:25+01:00Mikaël SalsonBug lors de la génération de rapport~"Paris - St Louis"
>
je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences ...~"Paris - St Louis"
>
je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences sélectionnée-s (Cf pièces-jointes). Ensuite le logiciel reste figé avec le message "generating report".
>
Je dois alors me déconnecter pour revenir à la liste des patients. J'ai tout de même réussi à réaliser quelques report sans problème, mais cette anomalie revient souvent.
Problèmes remontés par ~"LIL-Lille" aussi.
La génération des rapports est normalement testée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2948Conserver le chemin précédent lors du chargement d'un fichier 'network'2018-03-21T11:44:38+01:00Ryan HerbertConserver le chemin précédent lors du chargement d'un fichier 'network'Repartir de la racine du stockage peut impliquer beaucoup de clics peut être fastidieux, ce serait bien de se souvenir du dernier chemin emprunté.
Demande de @AurelieRepartir de la racine du stockage peut impliquer beaucoup de clics peut être fastidieux, ce serait bien de se souvenir du dernier chemin emprunté.
Demande de @AurelieRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2949Rewrite nginx pour les URL débrayable2020-12-02T20:07:38+01:00Mathieu GiraudRewrite nginx pour les URL débrayableRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2950Tester l'installation via Docker sur une machine personnelle2018-10-16T10:59:45+02:00Mathieu GiraudTester l'installation via Docker sur une machine personnelleCe serait bien que quelqu'un qui ne soit pas @RyanHerb suive ce qui est dans est `doc/server.org` #2755 pour arriver à une installation complète sur sa machine.
Ce serait bien que quelqu'un qui ne soit pas @RyanHerb suive ce qui est dans est `doc/server.org` #2755 pour arriver à une installation complète sur sa machine.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2951Admin / My Account : controleur et vue pour connaître son nombre d'échantillo...2020-11-18T16:50:46+01:00Mathieu GiraudAdmin / My Account : controleur et vue pour connaître son nombre d'échantillons/patients/runs/setsExtrait de #1682.
> On pourrait aussi avoir des infos sur le nombre de sample sets / patients / runs / samples créés, leur place...
Ce serait l'occasion de faire un controleur simple qui donne ces infos pour un utilisateur (voire un g...Extrait de #1682.
> On pourrait aussi avoir des infos sur le nombre de sample sets / patients / runs / samples créés, leur place...
Ce serait l'occasion de faire un controleur simple qui donne ces infos pour un utilisateur (voire un groupe).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2952My Account: informations sur les groupes2020-11-18T16:50:43+01:00Mathieu GiraudMy Account: informations sur les groupesExtrait de #1682.
Après #2951 :
@RyanHerb : Je pensais effectivement plus à une page fournie par un contrôleur du type "My Account", et l'idée d'afficher les permissions et donc aussi les appartenances aux groupes pourrait être une bon...Extrait de #1682.
Après #2951 :
@RyanHerb : Je pensais effectivement plus à une page fournie par un contrôleur du type "My Account", et l'idée d'afficher les permissions et donc aussi les appartenances aux groupes pourrait être une bonne idée, surtout avec les labos qui commencent à nous demander des groupes pour partager les données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2954Mettre à jour la documentation Docker2018-10-16T11:11:38+02:00Mathieu GiraudMettre à jour la documentation DockerSuite à #2755, dans `doc/server.org`
- mentionner Docker Hub (y a-t-il d'ailleurs un endroit standard où on documente des Docks ?)
- vu tout ce qui a été fait pour %"prod-server-lil", mettre à jour s'il y a eu des changements
Tout sera...Suite à #2755, dans `doc/server.org`
- mentionner Docker Hub (y a-t-il d'ailleurs un endroit standard où on documente des Docks ?)
- vu tout ce qui a été fait pour %"prod-server-lil", mettre à jour s'il y a eu des changements
Tout sera alors prêt pour #2950 :-)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2960Mettre dans le mail "request analysis" quelque chose pour qu'on retrouve de q...2018-02-16T13:02:46+01:00Mathieu GiraudMettre dans le mail "request analysis" quelque chose pour qu'on retrouve de qui il s'agitCela m'est arrivé au moins avec deux utilisateurs différents de prendre plusieurs minutes à retrouver de qui il s'agit (pas le même compte...)Cela m'est arrivé au moins avec deux utilisateurs différents de prendre plusieurs minutes à retrouver de qui il s'agit (pas le même compte...)Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2961Choix du dernier set/run lors de l'import d'un nouvel échantillon2017-12-20T11:52:01+01:00Anne de SeptenvilleChoix du dernier set/run lors de l'import d'un nouvel échantillonJe ne sais pas si c'est voulu, mais lors de l'import d'un nouvel échantillon, l'affichage des derniers sets/runs utilisés sur simple clic dans la case a disparu.
Ce qui oblige à taper du texte et ajoute donc une étape à chaque nouvel éch...Je ne sais pas si c'est voulu, mais lors de l'import d'un nouvel échantillon, l'affichage des derniers sets/runs utilisés sur simple clic dans la case a disparu.
Ce qui oblige à taper du texte et ajoute donc une étape à chaque nouvel échantillon d'un même set/run.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2963Auto-complétion au clic avec les derniers set modifiés2018-03-21T19:04:38+01:00Mikaël SalsonAuto-complétion au clic avec les derniers set modifiésUne suggestion faite dans #2961 : lors de l'ajout d'un sample, on pourrait fournir des suggestions dès qu'on clique (ou focus) sur le champ avec les derniers sets ajoutés/modifiés.Une suggestion faite dans #2961 : lors de l'ajout d'un sample, on pourrait fournir des suggestions dès qu'on clique (ou focus) sur le champ avec les derniers sets ajoutés/modifiés.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2964Séquence non analysée avec la présence du gène constant2020-02-13T16:42:59+01:00Anne de SeptenvilleSéquence non analysée avec la présence du gène constantJ'ai passé dans mon dernier run, 4 patients dont le clontype a été amplifié sur cDNA (et non ADN),
Notamment celui ci, dont le clonotype n'est pas du tout reconnu par Vidjil :
https://app.vidjil.org/index.html?set=26028&config=2
La re...J'ai passé dans mon dernier run, 4 patients dont le clontype a été amplifié sur cDNA (et non ADN),
Notamment celui ci, dont le clonotype n'est pas du tout reconnu par Vidjil :
https://app.vidjil.org/index.html?set=26028&config=2
La reconnaissance du J est peut-être gênée par les mutations ?
Séquence attendue (obtenue en Sanger, et visible sans problème sur Arrest)
```
>CHA
caggtcaccttgaaggagtctggtcctgtactggttaaacccacagagaccctcacgctgacgtgcaccgtctctgggttctcactcaacagtgctagaatgggtgtgacctggatccgtcagtccccagggaaggccctggaatggcttgcacacatttcctcgaatgacgaaaaattgtatagtacatctctgaagaccaggctcaccatctccaaggacacctccagaagccaggtggtcctcaccgtgaccaacatggaccctgtggacacagccacatattactgtgcacggacacggggagtatatagttatgattctcttgagtactggggccagggagccctgatcaccgtctccgcag
```Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2976Autocomplétion patient/run/set : pointer sur :hover de la croix2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudAutocomplétion patient/run/set : pointer sur :hover de la croixSuite à #2895.Suite à #2895.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2977Autocomplétion patient/run/set : mettre une classe CSS différente dans le menu2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudAutocomplétion patient/run/set : mettre une classe CSS différente dans le menu
Suite à #2895.
Suite à #2895.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2978Rendre visible le numéro de sample set aux utilisateurs2018-03-21T10:13:35+01:00Mathieu GiraudRendre visible le numéro de sample set aux utilisateursDiscuté avec @RyanHerb et @mikael-s : nous allons à présent afficher, pour les utilisateurs, le numéro de sample set pour tous les sets (patients, runs et sets).
- ils voient déjà ce numéro dans l'url
- cela permettra de discuter plu...Discuté avec @RyanHerb et @mikael-s : nous allons à présent afficher, pour les utilisateurs, le numéro de sample set pour tous les sets (patients, runs et sets).
- ils voient déjà ce numéro dans l'url
- cela permettra de discuter plus anonymement des patients
Endroits possibles :
- [x] sur la page du set dans la DB
- [x] sur une colonne dans la liste des sets, quand on a la place
- [ ] quelque part sur le rapport
- [ ] dans nos templates de mail
Peut-être ailleurs ? (On ne va pas polluer la place dans le client ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2979Autocomplétion patient/run/set : texte à afficher dans le span2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudAutocomplétion patient/run/set : texte à afficher dans le span- `Jacques Dupont (1980-01-01)` date de naissance si définie, sinon `Jacques Dupont (254501)`
- `Toto (254500)`
- `Titi (254502)`
Vu ensemble : la référence est le numéro de sample set #2978.- `Jacques Dupont (1980-01-01)` date de naissance si définie, sinon `Jacques Dupont (254501)`
- `Toto (254500)`
- `Titi (254502)`
Vu ensemble : la référence est le numéro de sample set #2978.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2981Autocomplétion patient/run/set : utiliser la classe CSS du menu2018-01-30T16:15:49+01:00Mathieu GiraudAutocomplétion patient/run/set : utiliser la classe CSS du menuSuite à #2977, on aimerait, dans le menu d'autocomplétion :
1) utiliser les couleurs
2) afficher "**patient** Jacques Dupont (1980-01-01)" (et idem pour les runs et sets).
Le "**patient**" pourrait être rajouté par CSS et être plus pe...Suite à #2977, on aimerait, dans le menu d'autocomplétion :
1) utiliser les couleurs
2) afficher "**patient** Jacques Dupont (1980-01-01)" (et idem pour les runs et sets).
Le "**patient**" pourrait être rajouté par CSS et être plus petit / plus léger.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2982Shorter / shifted w: documenter (algo.org, user.org)2018-01-31T09:21:21+01:00Mathieu GiraudShorter / shifted w: documenter (algo.org, user.org)Suite à #2913/!141.Suite à #2913/!141.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2983Shorter / shifted w: Refaire passer les tests2018-01-16T21:25:11+01:00Mathieu GiraudShorter / shifted w: Refaire passer les tests@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/141#note_66041 :
> Le job should-vdj foire mais c'est à cause de !132, car j'ai voulu utiliser un même fichier de test, celui de #2910, dans les deux cas. Si je n'arrive pa...@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/141#note_66041 :
> Le job should-vdj foire mais c'est à cause de !132, car j'ai voulu utiliser un même fichier de test, celui de #2910, dans les deux cas. Si je n'arrive pas à faire passer !132, je dupliquerais peut-être le fichier (ce qui serait dommage) ou lui dirais qu'il ne faut pas lancer les tests should-vdj dessus.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2988Le paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?2018-02-23T12:05:04+01:00Mikaël SalsonLe paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient ...L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient 4265.
Pourquoi le paramètre `patient` ne semble-t-il pas fonctionnel ? cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2989Réécrire les tests unitaires avec TEST_TAP_EQUAL2018-01-30T08:22:26+01:00Mathieu GiraudRéécrire les tests unitaires avec TEST_TAP_EQUALSuite à #2919.
Pas très urgent, cela sert surtout en cas de debug et/ou pour les nouveaux tests.Suite à #2919.
Pas très urgent, cela sert surtout en cas de debug et/ou pour les nouveaux tests.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2991'align' doit être robuste en cas de réponse mal formée du serveur2018-03-06T16:15:04+01:00Mathieu Giraud'align' doit être robuste en cas de réponse mal formée du serveur(Probablement pas la source de #2847, car serait reproductible sinon)(Probablement pas la source de #2847, car serait reproductible sinon)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2992'align' doit être robuste en cas de non-réponse du serveur2018-01-18T10:51:41+01:00Mathieu Giraud'align' doit être robuste en cas de non-réponse du serveur@mikael-s : "normalement c'est déjà le cas"
Vérifier que c'est vrai même avec plusieurs requêtes à la suite / entrelacées...@mikael-s : "normalement c'est déjà le cas"
Vérifier que c'est vrai même avec plusieurs requêtes à la suite / entrelacées...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2997Pas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecte2018-03-21T19:04:39+01:00Mikaël SalsonPas d'avertissement lorsque la date rentrée pour un sample est incorrecteLorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De...Lorsqu'on ajoute un sample et qu'on rentre une date incorrecte (toto par exemple). Il n'y a pas d'avertissement, alors que dans nos logs on a bien une erreur. Ce n'est donc pas du tout intuitif pourquoi le formulaire n'est pas validé. De plus le spinner qui tourne donne l'impression qu'il se passe quelque chose.Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2998Le spinner tourne parfois alors qu'il ne se passe rien2019-02-15T16:42:40+01:00Mikaël SalsonLe spinner tourne parfois alors qu'il ne se passe rien1er exemple : #2991
2è exemple : #2997
C'est trompeur puisque ça laisse penser — à tort — à l'utilisateur qu'une action est en cours.1er exemple : #2991
2è exemple : #2997
C'est trompeur puisque ça laisse penser — à tort — à l'utilisateur qu'une action est en cours.Web 2018.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2999Release 2018.01 -> 2018.022018-04-05T12:16:02+02:00Mathieu GiraudRelease 2018.01 -> 2018.02Comment faire la release 2018.01 ?
- soit aller au bout de #2255 (peut-être pas si complexe). Je vais y rejeter un coup d'oeil
- soit faire un truc complètement manuel et/ou réverter des choses
- soit, intermédiaire, utiliser #2255 / !97...Comment faire la release 2018.01 ?
- soit aller au bout de #2255 (peut-être pas si complexe). Je vais y rejeter un coup d'oeil
- soit faire un truc complètement manuel et/ou réverter des choses
- soit, intermédiaire, utiliser #2255 / !97 et rajouter à la main s'il manque des choses. Cela va peut-être dans le bon sens (en tout cas la simplification de #2255 / !97, quand cela fonctionnera, est indéniable...)
Repasser dans tous les cas sur la fin de #2630.
Au passage, on devrait avoir un test de release ? #2720Algo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3001Rajouter "real info" pour les permissions par défaut lors de la création des ...2021-03-30T11:39:36+02:00Mathieu GiraudRajouter "real info" pour les permissions par défaut lors de la création des utilisateurshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3002Releases algo via Gitlab CI2019-02-12T13:30:27+01:00Mathieu GiraudReleases algo via Gitlab CIVoir #2255, #1491...
Et @mikael-s, #2999 : "[Faire une release] doit être quelque chose de faisable facilement."
Pas le plus urgent, mais cela peut arriver plus tôt que prévu, vu #2720 / !97.
Mais Jenkins est pour l'instant toujours né...Voir #2255, #1491...
Et @mikael-s, #2999 : "[Faire une release] doit être quelque chose de faisable facilement."
Pas le plus urgent, mais cela peut arriver plus tôt que prévu, vu #2720 / !97.
Mais Jenkins est pour l'instant toujours nécessaire pour #2900.Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3003Makefile et Makefile.algo, séquence de make2018-02-01T10:01:27+01:00Mathieu GiraudMakefile et Makefile.algo, séquence de makeEt retravailler si besoin les `Makefile`, et/ou en refaire un global, mais en sachant exactement ce qu'on met dedans, voir `release_check` dans fac04b1.
Voir #2255, #2999. Prépare aussi #1491.Et retravailler si besoin les `Makefile`, et/ou en refaire un global, mais en sachant exactement ce qu'on met dedans, voir `release_check` dans fac04b1.
Voir #2255, #2999. Prépare aussi #1491.Algo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3004Passer la doc en markdown2018-09-07T08:17:05+02:00Mathieu GiraudPasser la doc en markdownVoir comment conserver (ou même améliorer) l'export html. Ou bien voir directement si on passe à readthedocs ou autre chose ?
* [ ] ~~Adapter [org-babel-tangle.py](tools/org-babel-tangle.py) au Markdown~~ -> #3348
* [x] Utiliser un con...Voir comment conserver (ou même améliorer) l'export html. Ou bien voir directement si on passe à readthedocs ou autre chose ?
* [ ] ~~Adapter [org-babel-tangle.py](tools/org-babel-tangle.py) au Markdown~~ -> #3348
* [x] Utiliser un convertisseur Markdown → HTML pour la génération automatique des fichiers (cf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3004#note_78478) -> voir finalement 97890159Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3005Génération doc html2018-07-10T11:34:20+02:00Mathieu GiraudGénération doc htmlLe `emacs -batch $^ -f "org-html-export-to-html"` n'a jamais fonctionné en batch chez moi (et comme certaines releases ont été faites en .tar.gz depuis chez moi, ce n'est pas sûr que tous les fichiers `html` étaient toujours à jour et/o...Le `emacs -batch $^ -f "org-html-export-to-html"` n'a jamais fonctionné en batch chez moi (et comme certaines releases ont été faites en .tar.gz depuis chez moi, ce n'est pas sûr que tous les fichiers `html` étaient toujours à jour et/ou aient été inclus dans les dernières releases).
Bref dans !97 c'est pour l'instant commenté... à voir si on le met ou pas. Les `.org` sont de toute façon bien présents. Tout cela sera probablement obsolète par #3004.Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3006Création batch de sets: afficher un retour "run créé"2018-03-21T19:04:39+01:00Mathieu GiraudCréation batch de sets: afficher un retour "run créé"Suite à #2888.Suite à #2888.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3008Mettre les séquences downstream des J dans les germlines ?2018-07-24T12:24:51+02:00Mikaël SalsonMettre les séquences downstream des J dans les germlines ?Remonté par V.C. (~"PAR-Debré"), mail du 2018/01/24
Pour ce patient : http://app.vidjil.org/index.html?set=26099&config=25 on manque la séquence principale en TRG.
Voici l'analyse de base
```
TRG -> 935 236.7 ...Remonté par V.C. (~"PAR-Debré"), mail du 2018/01/24
Pour ce patient : http://app.vidjil.org/index.html?set=26099&config=25 on manque la séquence principale en TRG.
Voici l'analyse de base
```
TRG -> 935 236.7 152 0.163
UNSEG only V/5' -> 34235 223.2
```
Il se trouve que le J (TRGJ2*01) est fortement grignoté (il n'en reste que 11nt, la graine s'étend sur 11 nucléotides…).
Si je mets les fichiers J_downstream dans les germlines, on trouve le clone sans problème :
```
TRG -> 31674 222.2 391 0.012
UNSEG only V/5' -> 3266 237.6
```
Ajouter les J downstream dans les germlines permettrait peut-être d'améliorer la situation pour #1971.
Est-ce que cela pourrait avoir des effets indésirables ? %"Algo 2017.11" ou %"Algo 2018.03" ?Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3009Les séquences upstream ou downstream sont parfois trop courtes : récupérer le...2018-09-01T16:35:50+02:00Mikaël SalsonLes séquences upstream ou downstream sont parfois trop courtes : récupérer les positions dans le génome, coller up/downCas remonté par V.C. (~"PAR-Debré") : http://app.vidjil.org/browser/?set=25751&config=25
On a une séquence DD2/DD3 qui n'est pas trouvée par Vidjil car il y a 28 délétions dans le D. Cela devrait normalement nous laisser 20nt dans la sé...Cas remonté par V.C. (~"PAR-Debré") : http://app.vidjil.org/browser/?set=25751&config=25
On a une séquence DD2/DD3 qui n'est pas trouvée par Vidjil car il y a 28 délétions dans le D. Cela devrait normalement nous laisser 20nt dans la séquence (40 de upstream plus 8 de D, 48 en théorie moins les 28 délétions). Hors dans le fichier upstream la séquence ne fait que 42 nt, ce qui ne laisse que 14 nt et la jonction n'est pas détectée (e-valeur trop élevée).
Or nous n'avons que 42 nt car la séquence que nous récupérons est au début du locus de `M22153.1` et l'API du NCBI ne permet pas de récupérer les positions qui précèdent (avec des positions négatives, par exemple).Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3010Vérifier que les codes/champs `warn` du C++ sont compatibles avec la liste so...2018-06-22T09:57:03+02:00Mathieu GiraudVérifier que les codes/champs `warn` du C++ sont compatibles avec la liste souhaitée dans le futurhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_71653 :
> pour %"Algo 2017.11", on a juste besoin de s'arrêter sur certains codes pour les warnings existants (et les garder ensuite), voire enlever les codes si on n'arrive pas à a...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_71653 :
> pour %"Algo 2017.11", on a juste besoin de s'arrêter sur certains codes pour les warnings existants (et les garder ensuite), voire enlever les codes si on n'arrive pas à avoir de vue d'ensemble.Algo 2017.11