vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:29:57+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/966package Vidjil autonome: data exemple, germlines ?2016-11-29T14:29:57+01:00Vidjil Teampackage Vidjil autonome: data exemple, germlines ?
***
@nobody
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/968parser .clntab: trouver mieux que -x/-y/-z2016-11-29T14:29:58+01:00Vidjil Teamparser .clntab: trouver mieux que -x/-y/-zok, on aura bientôt les coordonnées (?)
***
Mis le nom compelet du clonotype, Nikos les identifie de cette manière
***
@nobodyok, on aura bientôt les coordonnées (?)
***
Mis le nom compelet du clonotype, Nikos les identifie de cette manière
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/969Align : lettres décalées2016-11-29T14:29:59+01:00Vidjil TeamAlign : lettres décaléesPrendre le 14-03-Ca, sélectionner plein de clones (une vingtaine) autour du clone majoritaire et faire un align. Constater un décalage de 3/4 lettres dans certains cas.
***
un commit a été fait.
tester si le bug est toujours présent (jam...Prendre le 14-03-Ca, sélectionner plein de clones (une vingtaine) autour du clone majoritaire et faire un align. Constater un décalage de 3/4 lettres dans certains cas.
***
un commit a été fait.
tester si le bug est toujours présent (jamais observé chez moi)
***
Nop, pas bon (après pull et make du CSS)
***
chez Mikaël ?
***
Reproduit sous FF 26 et 32, sous WinXP
***
En fait cela marche ?
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/970Export pdf avec scientifique au lieu de %2016-11-29T14:30:00+01:00Vidjil TeamExport pdf avec scientifique au lieu de %
***
@magiraud @nobody
***
@magiraud @nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/972segmenter : igBlastSegmenter / IMGTSegmenter2016-11-29T14:30:01+01:00Vidjil Teamsegmenter : igBlastSegmenter / IMGTSegmenter- récupérer les infos depuis page web
- ou bien les contacter, joli .json ?
***
sera fait avec IMGT
***
@nobody- récupérer les infos depuis page web
- ou bien les contacter, joli .json ?
***
sera fait avec IMGT
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/974Pointer address in windows.fa2016-11-29T14:30:03+01:00Vidjil TeamPointer address in windows.faRésolu dans fd64b6e (online_affect)
***
@mikael-sRésolu dans fd64b6e (online_affect)
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/975Affichage de l'affect analyser ne correspondant pas à la réalité ?2016-11-29T14:30:04+01:00Vidjil TeamAffichage de l'affect analyser ne correspondant pas à la réalité ?Par exemple :
>2DP9A:01800:01130 - VJ 0 199 209 216 seedno_window
GACCGATTTCACCCTCACAATTAATCCTGTGGAAGCTAATGATACTGCAAATTATTACTGTCTGCAGAGTAAGAATTTTTCCCCTAGTGGCAGCCCAGGGCGACTCCTCATGAGTCTGCAGCTGCATTTTTGCCATATCCACTATTTGGAGTCTGACC...Par exemple :
>2DP9A:01800:01130 - VJ 0 199 209 216 seedno_window
GACCGATTTCACCCTCACAATTAATCCTGTGGAAGCTAATGATACTGCAAATTATTACTGTCTGCAGAGTAAGAATTTTTCCCCTAGTGGCAGCCCAGGGCGACTCCTCATGAGTCTGCAGCTGCATTTTTGCCATATCCACTATTTGGAGTCTGACCTCCCTAGGAAGCCTCCCTGCTCCCTAGGACAACCTGCTCTGA
CCTCTGAGG
ATCGCGAA
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-V _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-V _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-J _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-V _ _ _ _ _ _ _ _ _
***
L'affichage est en fait correct, c'est juste qu'on segmente entre le -J et le -V (le dernier de la séquence), ce qui ne devrait pas être fait…
***
Corrigé dans le commit 5b9a288 et nouvelle heuristique dans la banche online_affect
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/980revérifier la vitesse (une fois qu'on aura déjà viré FineSegmenter), tests TR...2016-11-29T14:30:09+01:00Vidjil Teamrevérifier la vitesse (une fois qu'on aura déjà viré FineSegmenter), tests TRG : bof, finalement pas la peine
***
#979
***
#979https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/979merger affect_heuristic / online_affect2016-11-29T14:30:09+01:00Vidjil Teammerger affect_heuristic / online_affect(indépendant de getResult ?)
***
attendre 2014-09 ? ce serait plus joli, mais cela segmente vraiment beaucoup plus, donc peut-être ne pas attendre
***
vitesse ok avec online_affect
***
#980
***
@magiraud @mikael-s(indépendant de getResult ?)
***
attendre 2014-09 ? ce serait plus joli, mais cela segmente vraiment beaucoup plus, donc peut-être ne pas attendre
***
vitesse ok avec online_affect
***
#980
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/983Fusionner plusieurs germline avec fuse.py2016-11-29T14:30:11+01:00Vidjil TeamFusionner plusieurs germline avec fuse.pyIl y a l'option --merge pour ça, mais sur bioinfo-inria, sur les jeux de données CBP-084-*.data le merge n'a fonctionné que pour un point, il a fallu modifier à la main le fichier .data obtenu pour ajouter les noms des 4 points dans le c...Il y a l'option --merge pour ça, mais sur bioinfo-inria, sur les jeux de données CBP-084-*.data le merge n'a fonctionné que pour un point, il a fallu modifier à la main le fichier .data obtenu pour ajouter les noms des 4 points dans le champ "point" du fichier JSON, pour qu'il soit accepté par le serveur.
***
Très vieux et plus un problème depuis longtemps
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/985trouver le bug : dans la segmentation d'un clone2016-11-29T14:30:14+01:00Vidjil Teamtrouver le bug : dans la segmentation d'un clone
***
#984
***
#984https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/986faire que rattraper exceptions fonctionne2016-11-29T14:30:14+01:00Vidjil Teamfaire que rattraper exceptions fonctionne
***
#984
***
#984https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/984Erreur de substr sur Del-88-DD2016-11-29T14:30:14+01:00Vidjil TeamErreur de substr sur Del-88-DDRésolu dans le commit addd9e0 (branche affect_heuristic). Le problème ne venait pas du FineSegmenter mais directement de vidjil.cpp
***
#985, #986
***
@nobodyRésolu dans le commit addd9e0 (branche affect_heuristic). Le problème ne venait pas du FineSegmenter mais directement de vidjil.cpp
***
#985, #986
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/989Séparer les "smaller clones" par locus2016-11-29T14:30:17+01:00Vidjil TeamSéparer les "smaller clones" par locusSortir un clone other par système
--
Mathieu Giraud - http://www.lifl.fr/~giraud
CNRS, LIFL, Université Lille 1, Inria Lille, France
***
Priorité remontée, c'est important pour Necker.
***
model_loader.js:283 → un clone virtuel est ajo...Sortir un clone other par système
--
Mathieu Giraud - http://www.lifl.fr/~giraud
CNRS, LIFL, Université Lille 1, Inria Lille, France
***
Priorité remontée, c'est important pour Necker.
***
model_loader.js:283 → un clone virtuel est ajouté. Il en faudrait un par système.
Peut-être stocker en plus dans le modèle un dictionnaire « smallerClones » donnant, en fonction du locus, les clones virtuels ainsi crées.
model.js, computeOtherSize → c’est là qu’on calcule sa taille
(Et pour l’instant on y accède avec « this.clones.length - 1 », ce sera bien plus propre avec un parcours du dictionnaire smallerClones)
list.js → un point de détail : on ne veut pas ensuite afficher les « smaller clones » qui seraient à 0 reads (il peut y en avoir beaucoup en multi-locus)
ligne 606, le test est sur this.m.clone(list[i]).isVirtual(), il faudrait aussi regarder leur taille
bon courage !
***
Coucou Florian,
Cela avance bien !
Il y a encore des surprises : lorsqu'on clique sur les "locus" en haut à gauche pour afficher / masquer certains locus (essaie par exemple sur Demo LIL-L4). Cela fonctionnait sur b069b16, et cela ne fonctionne plus avec tes derniers commits.
***
Tu parles des pourcentage à plus de 10000 ?
Ah oui, c'est nouveau.
Je vais regarder ça.
PS : ah, si je regarde sur demo, je ne peux même pas sélectionner les germlines en fait.
Ça fait 2 bugs donc.
***
corrigé par ac2f214 et 9f75321. Les grosses tailles étaient juste pour les systèmes non affichés.
Mis sur le serveur de production.
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/991Déselection des clones dans l'aligneur2016-11-29T14:30:19+01:00Vidjil TeamDéselection des clones dans l'aligneurCliquer sur le pourcentage ne permet pas la désélection, ce qui n'est pas intuitif (d'autant que le curseur en forme de main apparaît)
***
>> 71545cd2f4e75f21703
***
@DuezCliquer sur le pourcentage ne permet pas la désélection, ce qui n'est pas intuitif (d'autant que le curseur en forme de main apparaît)
***
>> 71545cd2f4e75f21703
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/992Surligner la ligne survolée dans l'aligneur2016-11-29T14:30:19+01:00Vidjil TeamSurligner la ligne survolée dans l'aligneurLorsqu'on veut supprimer certaines lignes, il faut cliquer à gauche, mais il faut être sûr que la souris soit sur la bonne ligne, avoir une aide visuelle (avec le surlignement) serait utile
***
>> 88066ad0eb1c17b
***
bien, bien plus prat...Lorsqu'on veut supprimer certaines lignes, il faut cliquer à gauche, mais il faut être sûr que la souris soit sur la bonne ligne, avoir une aide visuelle (avec le surlignement) serait utile
***
>> 88066ad0eb1c17b
***
bien, bien plus pratique
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/994Test navigateur ne passe plus2016-11-29T14:30:21+01:00Vidjil TeamTest navigateur ne passe plus
***
@Duez
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/995Arrêter de produire les fichiers seq/windows.fa-*2016-11-29T14:30:21+01:00Vidjil TeamArrêter de produire les fichiers seq/windows.fa-*C'est le cas depuis longtemps
***
@nobodyC'est le cas depuis longtemps
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/997Séquences manquantes2016-11-29T14:30:23+01:00Vidjil TeamSéquences manquantesa-t-on un moyen de savoir quelles séquences manquent ?
***
autre tâche mieux détaillée
***
@nobodya-t-on un moyen de savoir quelles séquences manquent ?
***
autre tâche mieux détaillée
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/999Alignement de la police monospace2016-11-29T14:30:24+01:00Vidjil TeamAlignement de la police monospaceDupliqué avec « Align : lettres décalées »
***
@DuezDupliqué avec « Align : lettres décalées »
***
@Duez