vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:29:34+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/935FineSegmenter considère le bon Germline2016-11-29T14:29:34+01:00Vidjil TeamFineSegmenter considère le bon Germline
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#930
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#930https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/936FineSegmenter prend un Germline2016-11-29T14:29:34+01:00Vidjil TeamFineSegmenter prend un Germline
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#930
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#930https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/937MultiGermline passé de vidjil.cpp à segmenter.cpp2016-11-29T14:29:34+01:00Vidjil TeamMultiGermline passé de vidjil.cpp à segmenter.cpp
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#930
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#930https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/938réparer les tests unitaires :)2016-11-29T14:29:34+01:00Vidjil Teamréparer les tests unitaires :)
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#930
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#930https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/939Le Germline choisi est transféré à vidjil.cpp2016-11-29T14:29:34+01:00Vidjil TeamLe Germline choisi est transféré à vidjil.cpp
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#930
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#930https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/940faire aussi CMD_GERMLINES avec le MultiGermline2016-11-29T14:29:34+01:00Vidjil Teamfaire aussi CMD_GERMLINES avec le MultiGermline
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#930
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#930https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/930Algo multi-systèmes 1.5 : intégrer un objet Germline2016-11-29T14:29:34+01:00Vidjil TeamAlgo multi-systèmes 1.5 : intégrer un objet Germline- graines de taille variable ? (tricher sur remplissage)
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voir aussi "germlines.txt"
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Séparé en deux, voir aussi "Algo multi-systèmes avec index unique"
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objet Germline: before, 4, after, delta_min/max/cost, index, seed_size
***...- graines de taille variable ? (tricher sur remplissage)
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voir aussi "germlines.txt"
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Séparé en deux, voir aussi "Algo multi-systèmes avec index unique"
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objet Germline: before, 4, after, delta_min/max/cost, index, seed_size
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branch "germlines"
Marc : il nous faut un parser de .json :
- maison ?
- ou utilise-t-on https://github.com/miloyip/rapidjson (ou autre), et donc en remplaçant core/json.cpp ?
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parse depuis germline.data -> dans autre tâche
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CMD_GERMLINES: 7bd4fc0
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#931, #932, #933, #934, #935, #936, #937, #938, #939, #940
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/945pseudo-germlines2016-11-29T14:29:38+01:00Vidjil Teampseudo-germlines
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@mikael-s
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/947ajouter les champs a la bdd2016-11-29T14:29:41+01:00Vidjil Teamajouter les champs a la bdd
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#946
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#946https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/950.vdj : inclure (IMGT-)CDR3 ?2016-11-29T14:29:42+01:00Vidjil Team.vdj : inclure (IMGT-)CDR3 ?cela suppose qu'on sache le trouver...
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Fait depuis longtemps (champ seg)
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@nobodycela suppose qu'on sache le trouver...
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Fait depuis longtemps (champ seg)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/951Release 2014-072016-11-29T14:29:43+01:00Vidjil TeamRelease 2014-07- interface
- algo: quelques trucs vus dans le Vidjil day
- puis mail com' à tous nos contacts
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release web ok, tweet + mail 2014-07-news
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@magiraud @mikael-s- interface
- algo: quelques trucs vus dans le Vidjil day
- puis mail com' à tous nos contacts
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release web ok, tweet + mail 2014-07-news
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/952algo: Release 2014-092016-11-29T14:29:43+01:00Vidjil Teamalgo: Release 2014-09avant EuroClonality-NGS
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rêve : une première version réellement multi-systèmes ?
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Est-ce que cela sert à quelque chose de faire des releases pour l'algo ?
On est sur github, branch "stable" (mais cela dépend des composants).
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14...avant EuroClonality-NGS
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rêve : une première version réellement multi-systèmes ?
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Est-ce que cela sert à quelque chose de faire des releases pour l'algo ?
On est sur github, branch "stable" (mais cela dépend des composants).
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14-09: pas de multi-systèmes dans l'algo, petite release de maintenance
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Mécanisme de releases maintenant automatisé via Jenkins : https://ci.inria.fr/bonsai/view/Vidjil/
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/954C++: un module AA qui détecte ce qu'il faut (position + traduction), appelé q...2016-11-29T14:29:50+01:00Vidjil TeamC++: un module AA qui détecte ce qu'il faut (position + traduction), appelé quand on FineSegmenter
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#953
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#953https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/955récupérer les infos depuis le .vidjil2016-11-29T14:29:50+01:00Vidjil Teamrécupérer les infos depuis le .vidjil
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#953
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#953https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/956js: afficher les bornes Cys et Phe/Trp (sur la séquence nucl dans le segmenter)2016-11-29T14:29:51+01:00Vidjil Teamjs: afficher les bornes Cys et Phe/Trp (sur la séquence nucl dans le segmenter)
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#953
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#953https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/957js: pouvoir switcher le segmenter en mode "AA", où *uniquement les CDR3* des ...2016-11-29T14:29:51+01:00Vidjil Teamjs: pouvoir switcher le segmenter en mode "AA", où *uniquement les CDR3* des séquences sont traduits en AA, 1 toutes les trois lettres. Par exemple lorsqu'on clique sur les bornes Cys / Phe/Trp
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#953
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#953https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/958upgrader le fuse.py pour le faire depuis le .clntab2016-11-29T14:29:51+01:00Vidjil Teamupgrader le fuse.py pour le faire depuis le .clntab
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#953
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#953https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/959Jenkins : intégration continue pour les tests browser2016-11-29T14:29:51+01:00Vidjil TeamJenkins : intégration continue pour les tests browserRuby et les modules nécessaires sont installés sur le slave bonsai-ubuntu-1204-amd64 mais le lancement des tests produit cette erreur :/usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.1/gems/selenium-webdriver-2.42.0/lib/selenium/webdriver/firefox/launcher....Ruby et les modules nécessaires sont installés sur le slave bonsai-ubuntu-1204-amd64 mais le lancement des tests produit cette erreur :/usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.1/gems/selenium-webdriver-2.42.0/lib/selenium/webdriver/firefox/launcher.rb:79:in `connect_until_stable': unable to obtain stable firefox connection in 60 seconds (127.0.0.1:7055) (Selenium::WebDriver::Error::WebDriverError)
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En le lançant à travers un SSH -X ça fait l'affaire, mais il faudrait le lancer en headless. J'ai installé ce qu'il faut (chez moi pour l'instant, cf. branche headless) mais problème de connexion que je n'identifie pas :
Errno::ECONNREFUSED: Connection refused - connect(2) for "127.0.0.1" port 7055
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Déjà faire une solution simple (phantomjs ?)
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phantomjs relance le débat
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Mikaël, la tâche est faite, non ?
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oui pour les tests unitaires, mais là c'était plus les tests navigateurs…
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Bon phantomjs, il ne faut pas compter dessus. Cf. screenshot en pièce jointe suite au chargement d'un point (version de phantomjs : 1.9.8
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Pour mémoire, headless avec travis : http://docs.travis-ci.com/user/gui-and-headless-browsers/
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Ça marche, il s'agit du job Vidjil-browser-functional (le test est en fail, mais c'est en raison de bugs dans le browser ;) )
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au passage le fichier testé est le premier exemple de la doc. Il y a bien sûr de nombreux autres tests à faire, mais ce n'est plus l'objet de cette tâche :)
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/963switch module Vojtech2016-11-29T14:29:55+01:00Vidjil Teamswitch module Vojtechnon
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non
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:-)
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@nobodynon
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non
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:-)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/964less.css, servi par Apache ? versionné ?2016-11-29T14:29:55+01:00Vidjil Teamless.css, servi par Apache ? versionné ?Versionné (grrr :-)
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@nobodyVersionné (grrr :-)
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@nobody