vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-14T17:02:42+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4605Scatterplot : les légendes des locus sont sous les icônes2021-04-14T17:02:42+02:00Mikaël SalsonScatterplot : les légendes des locus sont sous les icônesQuand il y a beaucoup de locus, ça devient illisible.
Exemple : https://app.vidjil.org/41633-25
Ni @duez ni @flothoni n'ont souvenir de modifs dans ce sens. @magiraud ?Quand il y a beaucoup de locus, ça devient illisible.
Exemple : https://app.vidjil.org/41633-25
Ni @duez ni @flothoni n'ont souvenir de modifs dans ce sens. @magiraud ?Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4587My Account et ailleurs : terme "job" → "process"2020-12-30T10:07:16+01:00Mathieu GiraudMy Account et ailleurs : terme "job" → "process"Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on p...Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on parle de "task", de "processing"...Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4575Faire un template de release/déploiement web2021-08-13T10:08:22+02:00Mathieu GiraudFaire un template de release/déploiement webÀ partir de la description de #4574, une fois que ce sera finiÀ partir de la description de #4574, une fois que ce sera finiWeb 2021.052020-12-11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4568Stocker 'color_by' dans les préférences2021-04-14T17:28:21+02:00Mathieu GiraudStocker 'color_by' dans les préférencesÉvoqué ce matin, serait utile pour ~"Paris-Pitié".Évoqué ce matin, serait utile pour ~"Paris-Pitié".Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4542Tester la partie serveur du tutorial (en ci, ou sur un serveur live)2021-05-05T15:26:57+02:00Mathieu GiraudTester la partie serveur du tutorial (en ci, ou sur un serveur live)Suite à !812.
Déjà en ~"dev-ci" (puis, on verra ensuite, sur serveur live, cas particulier de #2323).Suite à !812.
Déjà en ~"dev-ci" (puis, on verra ensuite, sur serveur live, cas particulier de #2323).Web 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4224Avoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel...2021-05-05T15:20:46+02:00Thonier FlorianAvoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel, le web et les slidesJe suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'ap...Je suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'apercevoir que watir a une option pour faire des [screenshot](http://watir.com/guides/screenshots/) inclut par défaut. J'imagine qu'il serait intéressant à certains endroit bien placer de pouvoir générer des screenshot qui seront ensuite exploiter comme illustration dans le tuto/manuel.
Il faudrait imaginer un job en plus dans le CI pour ensuite exporter les images, voir pour faire des crop automatiques de celle-ci pour se concentrer sur la partie intéréssante.Web 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3646Document normalize_reads in doc/vidjil-format.md2023-03-28T16:34:30+02:00Mathieu GiraudDocument normalize_reads in doc/vidjil-format.md#3645#3645Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2859Terminologie des locus : documenter le +2023-03-28T16:48:53+02:00Mathieu GiraudTerminologie des locus : documenter le +@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorial@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorialWeb 2021.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2477CORS: Le lien logout ne fonctionne pas quand le client et le serveur ne sont ...2021-04-15T20:44:25+02:00Mikaël SalsonCORS: Le lien logout ne fonctionne pas quand le client et le serveur ne sont pas au même endroitSur dev.vidjil.org se logger et cliquer sur logout.
On a alors une notification contenant du code HTML qui s'affiche (pour autant on est bien déloggé) (au lieu d'être redirigé).Sur dev.vidjil.org se logger et cliquer sur logout.
On a alors une notification contenant du code HTML qui s'affiche (pour autant on est bien déloggé) (au lieu d'être redirigé).Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2442Afficher un échantillon sans l'impact des autres échantillons2022-05-17T11:59:25+02:00Mathieu GiraudAfficher un échantillon sans l'impact des autres échantillonsUn échange avec Aurélie ~"LIL-Lille" a fait ressortir que le même échantillon (par exemple de diagnostic) est affiché différemment lorsqu'il est accompagné d'autres échantillons (par exemple de suivi).
C'est un point attendu vu le fonct...Un échange avec Aurélie ~"LIL-Lille" a fait ressortir que le même échantillon (par exemple de diagnostic) est affiché différemment lorsqu'il est accompagné d'autres échantillons (par exemple de suivi).
C'est un point attendu vu le fonctionnement de ~"server-fuse" , mais cela peut être trompeur pour l'usager (en particulier sur la qualification "polyclonal" d'un échantillon). @RyanHerb, pourrais-tu mettre la capture transmise par Aurélie (je ne la retrouve pas) ?
Laisse-t-on cela ainsi ? Aurait-on un moyen simple de voir un échantillon sans l'influence des autres ? Recalculer un top local, avoir un autre fonctionnement du slider ? Marquer d'une certaine manière certains clones dans le fuse ?Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2043Avoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux featu...2021-04-15T18:38:01+02:00Thonier FlorianAvoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux features quelconquesDemande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait...Demande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait de replacer les positions des primers relative pour chaque segment, et donc de faire un nouveau calcul a peu près similaire à celui de la longueur des CDR3.
Pour ça il faut lister les primers pour chaque locus et leur positions relatives. Soit il y a la possibilité de faire ça dans l'algo directement (pas flexible du tout), soit il est possible de faire ça dans le browser.
L'avantage du browser repose sur la non redondance de l’information, et la possibilité de switcher à la volée entre les différents type de primers (biomed2, bientôt biomed3), et pourquoi pas imaginer des primers en dev ou tiers aussi (fourni dans ce cas par l'utilisateur dans un format adapté).
@magiraud @mikael-sWeb 2021.05Thonier FlorianThonier Florian2021-03-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1976Couleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()2021-03-17T14:14:12+01:00Vidjil TeamCouleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle ser...Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle serait contente d'un color by locus, mais d'autres veulent d'autre chose.
Pb: les camemberts sont 'forcément' en 'color by locus'
***
Une solution possible : garder les mêmes couleurs que le "color by", et ne pas colorer les camemberts si on n'est pas en color by locus.
→ 1 seul jeu de couleur dans le rapport
***
Le camembert du color by locus en niveaux de gris va être illisible. Ça ne me choque pas que les courbes soient colorées par tag et les camemberts par locus (surtout qu'il y a la légende pour les camemberts). Cela peut valoir le coup de marquer comment ont été colorées les courbes à côté du graphe pour lever toute ambiguité.
***
@DuezWeb 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4238Documenter FLASH2020-07-23T12:31:34+02:00Mathieu GiraudDocumenter FLASH
Je ne sais pas s'il y a grand chose à documenter, mais mentionner que l'on utilise FLASH quelque part à l'endroit où on mentionne R1/R2. Plus besoin de mentionner PEAR.
Je ne sais pas s'il y a grand chose à documenter, mais mentionner que l'on utilise FLASH quelque part à l'endroit où on mentionne R1/R2. Plus besoin de mentionner PEAR.Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4237Documenter les distributions + export all clones2021-02-03T19:46:59+01:00Mathieu GiraudDocumenter les distributions + export all clonesOn a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we wo...On a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we would like to share with you some news, in particular the availability of two long requested features for repertoire analysis that we began to present you at the last meeting. Vidjil displays the top 100 most abundant clones by default, and you know that we made this choice to keep an efficient interactivity. However behind the scenes, Vidjil-algo computes all the clones. We today offer two features to better interact and work with this full list of clones:
> Show distributions of the full repertoire (see attached image). We display the fragment length distribution for all clones instead of the most abundant ones. After tests with some users to ensure it was fitting their needs, we now make it the default configuration.
> Export all clones. We now give the possibility to retrieve them all under the AIRR format for further investigations. This is available through the "Export all clones (AIRR)" configuration.Déploiement 2020.062020-06-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4222Verrou sort: quand on change de point, -2020-03-24T12:14:28+01:00Mathieu GiraudVerrou sort: quand on change de point, -Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/564#note_291861 :
> Je n'ai pas remis dans la liste le sort "-" qui ne me semble plus utile maintenant que nous avons le verrou. Sa présence dupliquerai en quelque sorte la f...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/564#note_291861 :
> Je n'ai pas remis dans la liste le sort "-" qui ne me semble plus utile maintenant que nous avons le verrou. Sa présence dupliquerai en quelque sorte la fonction du verrou.
Ce qui me gène, c'est quand il y a le verrou et qu'on vient de changer d'échantillon, de voir toujours "size" alors que cela ne correspond plus à ce qu'on a sous les yeux. Même si on remet ce '-' , je pense que cela ne duplique pas, car on a deux situations différentes:
- "size" + verrou fermé : on voit un sample, c'est trié par size sur un autre sample, et c'est gelé
- "-" + verrou fermé: c'est trié par quelque chose d'autre que ce qu'on voit actuellement
Dit autrement, la dropdown "size" "-" permettrait toujours de comprendre si ce qu'on a sous les yeux est trié ou pas.Déploiement 2020.06Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4221Indication sur le graphe quand on affiche uniquement les clones d'un sample2020-03-25T17:35:19+01:00Mathieu GiraudIndication sur le graphe quand on affiche uniquement les clones d'un sample
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/564#note_311084, @mikael-s et @flothoni:
> > > ~bikeshedding on pourrait avoir une petite indication visuelle dans le graph pour indiquer qu'on ne voit que les clones du sample co...
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/564#note_311084, @mikael-s et @flothoni:
> > > ~bikeshedding on pourrait avoir une petite indication visuelle dans le graph pour indiquer qu'on ne voit que les clones du sample courant ?
> > Je ne sais pas ce qui est le mieux pour être parlant en fait. Un changement dans la coloration de la barre ou du label dans ce cas ? Je réfléchit à ce qui est le mieux dans ce cas, et ce qui ressort facilement visuellement.
> Tu remarqueras que je ne me suis pas avancé :)
> Si on reprend le principe du focus (c'est un peu le cas ici : un focus sur les clones du sample courant) il y a une indication dans la barre de recherche. Avantage : il y a une certaine cohérence. Inconvénients : on ne peut plus faire un focus en plus, et ce n'est pas très visuel.
![Screenshot_20200312_102137](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/uploads/2ec122445ae2047097875f069f1ef039/Screenshot_20200312_102137.png)
Je viens de tester une petite modif css. Quelque chose du genre serait-il parlant ? J'ai aussi voulu mettre une valeur `title`, mais ça n'a pas marché. Il faudrait probablement passer par d3js pour mettre un tooltip en place, mais ça me semble être compliqué. Un petit astérisque à la suite du nom ?
En tout cas, là on ne risque pas d'oublier que l'on a activé l'option. Comment ensuite lier la couleur à l'option ? Si on adopte cette méthode, y a-t-il d'autres options ou une coloration du genre serait pratique ?Déploiement 2020.06Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4219Avoir un classement par groupe des config proposées2020-04-07T09:18:08+02:00Thonier FlorianAvoir un classement par groupe des config proposéesEn lien avec #1944.
En plus du l'étape de renommage; je trouve intéressant d'avoir une organisation par groupe des configs, en plus des noms qui servent pour le moment de clefs.En lien avec #1944.
En plus du l'étape de renommage; je trouve intéressant d'avoir une organisation par groupe des configs, en plus des noms qui servent pour le moment de clefs.Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4143mkdocs: réorganiser la navigation dans la doc2020-02-18T10:16:19+01:00Mathieu Giraudmkdocs: réorganiser la navigation dans la docBeaucoup de fichiers et de points d'entrées, http://www.vidjil.org/doc devient un peu complexe.
On a la possibilité de faire une doc hiérarchique, je fais bientôt une proposition.Beaucoup de fichiers et de points d'entrées, http://www.vidjil.org/doc devient un peu complexe.
On a la possibilité de faire une doc hiérarchique, je fais bientôt une proposition.Déploiement 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4136Avoir une page publique sur les chantiers en cours et les nouveautés2020-05-27T09:29:48+02:00Mathieu GiraudAvoir une page publique sur les chantiers en cours et les nouveautésSuggestion de Patrick ~"PAN-Necker" : nous pourrions nous améliorer en ~com de ce sur quoi nous travaillons, ce qui est prêt ou presque, ce qui est disponible, même en bêta ou sur certaines ~"server-config".
Certes, nous avons ~"dev-git...Suggestion de Patrick ~"PAN-Necker" : nous pourrions nous améliorer en ~com de ce sur quoi nous travaillons, ce qui est prêt ou presque, ce qui est disponible, même en bêta ou sur certaines ~"server-config".
Certes, nous avons ~"dev-gitlab", mais avant de trouver l'info... Cela pourrait prendre la forme de ~"client-notifications", mais on pourrait réfléchir à un fichier `.md` dans la ~doc (et donc qui se retrouve sur le web), ou bien une issue ~"dev-gitlab" particulière, à destination des usagers, expliquant ces chantiers. Nul besoin de détailler les 1500 issues (on peut mettre des liens ~"dev-gitlab"), mais plutôt de lister 10-15 chantiers et leur état d'avancement.
#2468 #4110Déploiement 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-01-24https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4077Chargement des distributions trop long ?2020-06-11T15:35:13+02:00Mathieu GiraudChargement des distributions trop long ?@flothoni : "Plus long qu'avant ?"
Par exemple le dernier fichier d'exemple disponible sur les environnements de review, environ 900 clones, 250 réels, 650 de distributions@flothoni : "Plus long qu'avant ?"
Par exemple le dernier fichier d'exemple disponible sur les environnements de review, environ 900 clones, 250 réels, 650 de distributionsDéploiement 2020.06