vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-14T15:18:48+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5253500 error on usage page2024-02-14T15:18:48+01:00CHESNIN Clement500 error on usage page## Description
Seen on https://vdb.vidjil.org/_dashboard/ticket/85cadd06-f619-4015-801f-009bcf7852c8
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = fu...## Description
Seen on https://vdb.vidjil.org/_dashboard/ticket/85cadd06-f619-4015-801f-009bcf7852c8
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 925, in wrapper
call(fixture.on_success, context)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 891, in call
return f(context)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 578, in on_success
context["output"] = render(
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 549, in render
return engine.render(filename, context=context)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/renoir/apis.py", line 215, in render
return self._render(source, file_path, context)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/renoir/apis.py", line 205, in _render
make_traceback(exc_info)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/renoir/debug.py", line 116, in make_traceback
reraise(exc_type, exc_value, tb)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/renoir/_internal.py", line 15, in reraise
raise value.with_traceback(tb)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/templates/my_account/index.html", line 47, in template
<span class="button button_token [[=fuse[3] ]]_token">
IndexError: list index out of range
```
## Reproducibility ?
Don't know how this happened
## fix clue
?
## Priority
?Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5252Wrong error message disaplyed on app when 500 error occurs2024-02-14T15:17:59+01:00CHESNIN ClementWrong error message disaplyed on app when 500 error occurs## Description
When a 500 error occurs, a message regarding SSL connection is displayed instead of a meaningful error:
![Screenshot_from_2024-02-12_15-17-21](/uploads/e52279560f89cc38e386823c59c902e4/Screenshot_from_2024-02-12_15-17-21.p...## Description
When a 500 error occurs, a message regarding SSL connection is displayed instead of a meaningful error:
![Screenshot_from_2024-02-12_15-17-21](/uploads/e52279560f89cc38e386823c59c902e4/Screenshot_from_2024-02-12_15-17-21.png)
Note that the behavior is OK on vdb:
![Screenshot_from_2024-02-12_15-19-13](/uploads/6c6fcd900b76bd2128959d03e1e8daf1/Screenshot_from_2024-02-12_15-19-13.png)
## Reproducibility ?
Systematic when a 500 error occurs
## fix clue
We get a CORS issue in console (see capture above)
See also if it is related to #5250 or #5249
## Priority
?Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5251500 error when opening compare samples page in some workflows2024-02-14T15:17:24+01:00CHESNIN Clement500 error when opening compare samples page in some workflows## Description
Seen in https://vdb.vidjil.org/_dashboard/ticket/9d156cdf-f59d-4543-82ac-a5ae73e0fef9 : in some case (not clearly identified yet), we do not get on id in request query, leading to a server error.
The error occurred at leas...## Description
Seen in https://vdb.vidjil.org/_dashboard/ticket/9d156cdf-f59d-4543-82ac-a5ae73e0fef9 : in some case (not clearly identified yet), we do not get on id in request query, leading to a server error.
The error occurred at least 4 times
## Reproducibility ?
A way to reproduce :
1. Go to a sample list
2. Click on a tag in the info of one of the samples
--> error occurs
There may be other way to get this error (at least with the hidden compare samples button from the patient page - but it is hidden)
## fix clue
In the HF, will be mitigated as the presence of the `id` is explicitly checked, producing a clear error and not a server failure.
However, we have to decide whether we should be able to open this kind of link and what is the expected result.
## Priority
Low?Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5250502 error when connecting to app.vidjil.org/_dashboard2024-02-14T15:18:14+01:00CHESNIN Clement502 error when connecting to app.vidjil.org/_dashboard## Description
Try to connect to https://app.vidjil.org/_dashboard --> 502 error code is returned
## Reproducibility ?
Systematic - Workaround: connect to https://vdb.vidjil.org/_dashboard instead
## fix clue
On nginx logs on gre, we ...## Description
Try to connect to https://app.vidjil.org/_dashboard --> 502 error code is returned
## Reproducibility ?
Systematic - Workaround: connect to https://vdb.vidjil.org/_dashboard instead
## fix clue
On nginx logs on gre, we get the following error in error.log:
```
2024/02/12 13:01:50 [error] 104#104: *17556 uwsgi could not be resolved (3: Host not found), client: 131.254.16.96, server: ba9f2ecbe902, request: "GET /_dashboard HTTP/1.1", host: "app.vidjil.org"
```
To investigate in connection with #5249
## Priority
Low as we get a workaround?Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5248Y aurait-il des doctests qui ne seraient pas lancés ?2024-02-07T14:34:21+01:00Mathieu GiraudY aurait-il des doctests qui ne seraient pas lancés ?cc @fthoniercc @fthonierhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5247Utiliser FineSegmenter pour l'aligneur2024-02-07T14:35:08+01:00Mathieu GiraudUtiliser FineSegmenter pour l'aligneur
Suite de #1368
Après !218
Suite de #1368
Après !218https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5246Code formatting2024-02-06T16:22:11+01:00CHESNIN ClementCode formattingPour avoir un code plus homogène / faciliter la lecture, beaucoup de projets utilisent des formatters de code. Pour le moment, ce n'est pas le cas dans vidjil. La problématique de ce genre de discussion est que c'est un peu une question ...Pour avoir un code plus homogène / faciliter la lecture, beaucoup de projets utilisent des formatters de code. Pour le moment, ce n'est pas le cas dans vidjil. La problématique de ce genre de discussion est que c'est un peu une question de "religion" et que chacun·e peut avoir ses habitudes...
Côté python, on pourrait regarder du côté de [black](https://github.com/psf/black) + [isort](https://pycqa.github.io/isort/), [ruff](https://astral.sh/ruff), autopep8, ...
A coupler/réfléchir avec #5245 ? (cf par example ruff)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5245Utiliser SonarQube/un linter pour la qualité python2024-02-15T09:57:21+01:00CHESNIN ClementUtiliser SonarQube/un linter pour la qualité pythonPour le moment, on ne fait pas d'analyse statique de code sur la partie python (c'est par contre le cas pour js).
On pourrait regarder du côté de SonarQube qui est déployé chez Inria (--> cf par exemple https://sonarqube.inria.fr/sonar...Pour le moment, on ne fait pas d'analyse statique de code sur la partie python (c'est par contre le cas pour js).
On pourrait regarder du côté de SonarQube qui est déployé chez Inria (--> cf par exemple https://sonarqube.inria.fr/sonarqube/profiles/show?name=Inria&language=py) ou bien [Flake8](https://flake8.pycqa.org/en/latest/) ou [ruff](https://astral.sh/ruff) par exemple.
Attention, comme on part d'une base de code existante, il faut qu'on puisse être assez permissif sur le code existant et ne pas être noyé·es sous les infos. Un objectif pour être de pouvoir avec les metrics, et avoir des warnings sur le nouveau code pour utiliser les bonnes pratiques.
Peut-être aussi pourra-t-on regarder du côté de https://ozgurozkok.com/pyupgrade-a-modern-syntax-upgrader-for-python/ ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5244Does `RUNNING` really means `RUNNING`?2024-03-20T15:35:38+01:00Mikaël SalsonDoes `RUNNING` really means `RUNNING`?I currently see that 33 processes have the status `RUNNING`. However on the server I only see 4 ongoing processes.
In that case the `RUNNING` status may be misleading.I currently see that 33 processes have the status `RUNNING`. However on the server I only see 4 ongoing processes.
In that case the `RUNNING` status may be misleading.Web hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5243Speed up users page2024-02-06T12:01:30+01:00CHESNIN ClementSpeed up users pagePour le moment, l'ouverture de la page users sur app met 30s...
Quelques idées :
- voir si on peut optimiser les requêtes sb
- paginer la réponse (cf ce qu'on a fait pour les sample_sets)
- avoir un chargement dynamique des infos sur les...Pour le moment, l'ouverture de la page users sur app met 30s...
Quelques idées :
- voir si on peut optimiser les requêtes sb
- paginer la réponse (cf ce qu'on a fait pour les sample_sets)
- avoir un chargement dynamique des infos sur les users
- ...Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5242VDJaffine avec gaps multiples de 32024-02-06T09:51:29+01:00Mathieu GiraudVDJaffine avec gaps multiples de 3
C'est probablement pertinent de favoriser les indels multiples de 3.
Implémentable par trois matrices de gap_extension au lieu d'une, je ne sais pas s'il y a un truc pour faire plus simple.
Bien après #2768.
C'est probablement pertinent de favoriser les indels multiples de 3.
Implémentable par trois matrices de gap_extension au lieu d'une, je ne sais pas s'il y a un truc pour faire plus simple.
Bien après #2768.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5241Avoir une gestion plus fine/rigoureuse du succès/échec des should-vdj2024-02-06T09:56:14+01:00Mathieu GiraudAvoir une gestion plus fine/rigoureuse du succès/échec des should-vdj
Actuellement, on ne vérifie que le nombre de failed.
Ce n'est pas génial, si on a un +1/-1 qui s'équilibrent.
À voir comment on utilise les BUG/TODO: on a probablement quasiment déjà le mécanisme pour écrire en dur que certains tests n...
Actuellement, on ne vérifie que le nombre de failed.
Ce n'est pas génial, si on a un +1/-1 qui s'équilibrent.
À voir comment on utilise les BUG/TODO: on a probablement quasiment déjà le mécanisme pour écrire en dur que certains tests ne passent pas, pour pouvoir suivre tout changement de comportement.Algo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5239Slow request to IMGT2024-02-14T15:20:43+01:00THONIER FlorianSlow request to IMGTSince some times, we got slow answer from imgt in our CI pipeline (probably the same in current usage).
It take from 4sec to 30sec.
We need to increase timeout in our cypress jobs that are usually of 4sec by default.Since some times, we got slow answer from imgt in our CI pipeline (probably the same in current usage).
It take from 4sec to 30sec.
We need to increase timeout in our cypress jobs that are usually of 4sec by default.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5238Regex "ou" dans should-to-tap.py2024-02-07T19:18:15+01:00Mathieu GiraudRegex "ou" dans should-to-tap.pyDepuis !1412 et le passage en python3 :
```
python should-vdj-to-tap.py -v should-vdj-tests/0000-nck-TRD.should-vdj.fa
```
Le `TRDV1 (5/AC/0 TRDD2 3/CGTGT/0, 5/AC/0 TRDD2 5/TCCCGTGT/0, 5/14/0) TRDJ1*01` ne passe plus. La manière dont...Depuis !1412 et le passage en python3 :
```
python should-vdj-to-tap.py -v should-vdj-tests/0000-nck-TRD.should-vdj.fa
```
Le `TRDV1 (5/AC/0 TRDD2 3/CGTGT/0, 5/AC/0 TRDD2 5/TCCCGTGT/0, 5/14/0) TRDJ1*01` ne passe plus. La manière dont on construit les regex me semble obscure.
a0b75bf3e dans !1412 contourne cela en simplifiant le test, mais ce serait mieux de comprendre ce qu'il se passe et d'avoir un traitement robuste de ces regex, bref de refaire marcher cela en revertant a0b75bf3e.Algo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5237Don't take into account upstream or downstream regions for the start/end posi...2024-02-02T09:52:32+01:00Mikaël SalsonDon't take into account upstream or downstream regions for the start/end positions of the geneWe use upstream of downstream sequences to improve the sensitivity for small genes, however they are added to the reference as a normal sequence. They should be differentiated in order to provide the correct start/end positions of the ge...We use upstream of downstream sequences to improve the sensitivity for small genes, however they are added to the reference as a normal sequence. They should be differentiated in order to provide the correct start/end positions of the gene (that don't have to take into account upstream or downstream sequence).
See an example of such an issue here #5235Algo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5236Error when filtering sample by tag in compare sample2024-01-31T11:30:50+01:00CHESNIN ClementError when filtering sample by tag in compare sampleVu lors de #5234
Pour reproduire :
1. créer un set avec plusieurs samples, dont au moins un avec un tag
2. cliquer sur `Compare samples`
3. cliquer sur le tag
--> l'erreur `missing field id` apparait
Plus globalement, la method `cust...Vu lors de #5234
Pour reproduire :
1. créer un set avec plusieurs samples, dont au moins un avec un tag
2. cliquer sur `Compare samples`
3. cliquer sur le tag
--> l'erreur `missing field id` apparait
Plus globalement, la method `custom()` devrait être unit testée
![Screencast_from_2024-01-31_11-29-01](/uploads/033765827118b9a738b248e7fed8706a/Screencast_from_2024-01-31_11-29-01.webm)Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5235Problème de limite du JK et productivité2024-01-31T17:35:08+01:00Anne de SeptenvilleProblème de limite du JK et productivitéSur les analyses IGK, Vidjil semble continuer à considérer le JK après la fin de celui-ci (région non codante) et donne par conséquent certaines séquences comme non productives parce qu'il doit y voir des codons stop.
Par exemple : ...Sur les analyses IGK, Vidjil semble continuer à considérer le JK après la fin de celui-ci (région non codante) et donne par conséquent certaines séquences comme non productives parce qu'il doit y voir des codons stop.
Par exemple :
https://app.vidjil.org/62056-46?
ou
https://app.vidjil.org/62057-46?clone=70
Nous avons aussi analysé des séquences de cDNA KAPPA et dans ce cas Vidjil s'arrête bien à la fin du J.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5231Refacto .env and .env-default handling to prevent issue if .env is not define...2024-01-31T13:45:03+01:00CHESNIN ClementRefacto .env and .env-default handling to prevent issue if .env is not defined on local configC'est embêtant, parce qu'on a une erreur lorsqu'il n'y a rien dans le .env (ce qui est le cas par défaut)C'est embêtant, parce qu'on a une erreur lorsqu'il n'y a rien dans le .env (ce qui est le cas par défaut)Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5230Error when opening access.log from admin page on app2024-01-31T13:47:58+01:00CHESNIN ClementError when opening access.log from admin page on appAprès la correction de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5228, on a toujours un souci pour l'ouverture de du access.log nginx sur app. Ca fonctionne bien en local.
Voici la stack trace :
```
ERROR:root:Traceback (most recen...Après la correction de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5228, on a toujours un souci pour l'ouverture de du access.log nginx sur app. Ca fonctionne bien en local.
Voici la stack trace :
```
ERROR:root:Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/admin.py", line 96, in showlog
for row in reversed(file.readlines()) :
MemoryError
```
C'est lié à la taille du fichier de log : `-rw-r--r-- 1 root root 4050790122 Jan 30 15:50 access.log`
Idées de solutions (potentiellement cumulables):
- Faire une rotation de logs dans différents fichiers
- N'afficher qu'un certain nombre de lignes dans l'interface
Il faudrait sans doute aussi regarder dans les autres fichiers de log (notamment vidjil)Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5224Avoir un codemeta.json + dépôt sur HAL2024-02-06T12:37:24+01:00Mathieu GiraudAvoir un codemeta.json + dépôt sur HAL
https://www.softwareheritage.org/faq/#54_What_is_the_codemetajson_file_why_should_I_use_it
https://codemeta.github.io/
> > - [ ] mis un codemeta.json en utilsant https://codemeta.github.io/codemeta-generator/
> > - [x] vérifié/ajouté ...
https://www.softwareheritage.org/faq/#54_What_is_the_codemetajson_file_why_should_I_use_it
https://codemeta.github.io/
> > - [ ] mis un codemeta.json en utilsant https://codemeta.github.io/codemeta-generator/
> > - [x] vérifié/ajouté AUTHORS, LICENSE, README en suivant https://doc.archives-ouvertes.fr/deposer/deposer-le-code-source/
> > - [ ] sur SWH, demandé "save again" pour qu'il rafraichisse (c'est fait en quelques minutes)
> > - [ ] puis sur HAL, import à partir d'un identifiant SWH (pas de .zip)... et, magie, plusieurs champs de HAL