vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-06T08:21:58+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2728Pouvoir sauter depuis un sample à ses groupes patient/run/set2024-02-06T08:21:58+01:00Thonier FlorianPouvoir sauter depuis un sample à ses groupes patient/run/setUne réflexion que je me suis faite sur le tache #2727.
Il pourrait être intéressant pour l'utilisateur de switcher d'un sample seul vers le patient auquel il est associé, ou bien son run, ou bien SES sets ( cf #2727).
On peux imaginer...Une réflexion que je me suis faite sur le tache #2727.
Il pourrait être intéressant pour l'utilisateur de switcher d'un sample seul vers le patient auquel il est associé, ou bien son run, ou bien SES sets ( cf #2727).
On peux imaginer aussi pouvoir faire le switch directement depuis un patient, prendre un sample et visualiser le run/set associé par exemple.
*(Ci-dessous, pas forcément, pour l'instant on veut juste des liens)*
~~~Je n'ai pas encore d'idée clair sur la réalisation par contre. La méthode "simple" serait de pouvoir ouvrir un sample du point de vue DB et visualiser toutes ses informations :
* fichiers
* preprocess
* date d'échantillonnage
* ...
* les divers résultats en fonction de la configuration
* enfin une liste de ses implications dans les runs/set
En quelque sorte la vue d’édition d'un sample, avec quelques infos en plus, et sans les éditions.~~~
Web 2020.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3770Documenter les besoins mémoire de vidjil-algo2024-02-05T15:37:43+01:00Mathieu GiraudDocumenter les besoins mémoire de vidjil-algoDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3652#note_179079.
Ajouter les CD, du même ordre de grandeur que les IGHV (100 kbp), pourrait mettre à plat certaines machines sur ~"dev\-ci"... alors que le même job s'éxécute en 2 sec...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3652#note_179079.
Ajouter les CD, du même ordre de grandeur que les IGHV (100 kbp), pourrait mettre à plat certaines machines sur ~"dev\-ci"... alors que le même job s'éxécute en 2 secondes sur un portable. Est-ce parce que les CD ont une structure particulière (beaucoup plus de k-mers que les IGH dans leur ensemble, donc plus de ~"cpp\-mem") ? Il suffit qu'on passe au-dessus d'une limite et on swappe.
Indépendamment des CD, cela pose la question de l'efficacité et de ce qu'on conseille comme machines.
`server.md` indique :
> vidjil-algo typically uses approx. 1.2GB of RAM to run on a 1GB `.fastq` and will take approx. 5+ minutes.
> Therefore in order to process requests from a single user with a few samples,
> any standard multi-core processor with 2GB RAM will be enough.
Est-ce à mettre à jour après !78 ? Ces infos devraient être aussi dans `vidjil-algo.md`.
Enfin, si on conseille 2GB de RAM et si nos slaves ont 1GB de RAM, c'est tout à notre honneur, on teste dans des conditions plus difficiles... mais est-ce que ~"tests\-speed" serait amélioré avec des slaves qui auraient tous 2GB ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5233Exception on sample_set sort2024-02-02T09:33:12+01:00CHESNIN ClementException on sample_set sortVu sur les tickets du dashboard de app :
https://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/f6938e2b-8d96-488b-a943-afe87f6ae435
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wr...Vu sur les tickets du dashboard de app :
https://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/f6938e2b-8d96-488b-a943-afe87f6ae435
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 318, in all
result = sorted(result, key = sort_fields[request.query["sort"]]['call'], reverse=reverse)
TypeError: '<' not supported between instances of 'TAGGER' and 'TAGGER'
```
et
https://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/a7239506-640b-4fcc-9e1c-ab932b8d861a
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 318, in all
result = sorted(result, key = sort_fields[request.query["sort"]]['call'], reverse=reverse)
TypeError: '<' not supported between instances of 'XML' and 'XML'
```
Pour reproduire:
1. ouvrir la liste des patients
2. cliquer sur les titres de colonnes
![Screencast_from_2024-01-31_11-34-53](/uploads/15bc83afa11574259bbb754863410daf/Screencast_from_2024-01-31_11-34-53.webm)Web hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5228Error when opening logs on admin page2024-02-01T16:40:49+01:00CHESNIN ClementError when opening logs on admin pageErreur `UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte`
Déjà vu par ailleurs, contourné en ajoutant un `encoding="utf-8"` lors du `open`
Pourrait être intéressant de voir pourquoi utf-8 n'est pas le mode par défaut, semble être lié ...Erreur `UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte`
Déjà vu par ailleurs, contourné en ajoutant un `encoding="utf-8"` lors du `open`
Pourrait être intéressant de voir pourquoi utf-8 n'est pas le mode par défaut, semble être lié à uwsgiWeb hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5232Exception on server when error occurs in sample_set creation2024-02-01T16:39:24+01:00CHESNIN ClementException on server when error occurs in sample_set creationVu dans les tickets sur app :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-pac...Vu dans les tickets sur app :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 480, in submit
if should_register_tags:
UnboundLocalError: local variable 'should_register_tags' referenced before assignment
```
Pour reproduire : créer un patient avec le caractère `|` dans le nomWeb hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5234Exception on sample_set2024-02-01T16:15:54+01:00CHESNIN ClementException on sample_sethttps://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/fd76fc62-405e-466d-a0a7-081fb7e5cb8b
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_k...https://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/fd76fc62-405e-466d-a0a7-081fb7e5cb8b
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 549, in custom
if request.query["id"] and auth.can_view_sample_set(int(request.query["id"])):
KeyError: 'id'
```
L'erreur a été rencontrée 35 fois déjà
A investiguerWeb hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3381top par système dans vidjil-algo2024-02-01T16:01:57+01:00Mathieu Giraudtop par système dans vidjil-algoDepuis #1382.
Faire un `-z` (ping #3295) par système.Depuis #1382.
Faire un `-z` (ping #3295) par système.Algo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5227CGI error on align2024-01-31T14:30:03+01:00CHESNIN ClementCGI error on alignNous avions un premier souci avec des erreurs cgi quand on appelait align sur app, dues à des erreurs cors lors de l'appel vers vdb. Ca a été contourné en appelant les cgi côté front dans la conf. Cependant, on a maintenant une erreur su...Nous avions un premier souci avec des erreurs cgi quand on appelait align sur app, dues à des erreurs cors lors de l'appel vers vdb. Ca a été contourné en appelant les cgi côté front dans la conf. Cependant, on a maintenant une erreur sur le front vdbWeb hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5226IMGT refresh button not working on app2024-01-31T14:29:46+01:00CHESNIN ClementIMGT refresh button not working on appOn a une erreur CORS lorsqu'on appuye sur le bouton pour faire appel à IMGT depuis l'alignerOn a une erreur CORS lorsqu'on appuye sur le bouton pour faire appel à IMGT depuis l'alignerWeb hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5225Group order changed in patient creation2024-01-31T14:29:37+01:00CHESNIN ClementGroup order changed in patient creationSeen on app in new patient creation
Mail de MP - Problème attribution Groups du 26/01/24
> Je vous écris car mon compte semble toujours bien associé au groupe de Saint-Louis mais lorsque j'ajoute des patients dans la colonne "Groups" la...Seen on app in new patient creation
Mail de MP - Problème attribution Groups du 26/01/24
> Je vous écris car mon compte semble toujours bien associé au groupe de Saint-Louis mais lorsque j'ajoute des patients dans la colonne "Groups" la dénomination "Hôpital Saint-Louis" n'apparait plus mais à la place j'ai "user_0243" et cela impact les paramètres habituels retenus pour nommer les analyses.
Commentaire de Mikaël
> Clément pour le problème de groupe, c'est potentiellement très gênant. On a beaucoup d'utilisateurs qui ont un groupe général. Et normalement à la création d'un sample, c'est le groupe général qui est pré-sélectionné pour que les fichiers ajoutés soient mis dedans et disponibles pour tout le groupe (et s'il y avait plusieurs groupes possibles on mettait par défaut le groupe où il y a le plus de données). Si le comportement par défaut a changé, il risque d'y avoir des problèmes dans les hôpitaux où tout le groupe ne verra pas les données ajoutées par une personne.Web hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5229Use gre as app front2024-01-31T14:28:36+01:00CHESNIN ClementUse gre as app frontNous avions un souci avec le front sur gre à cause des cors, nous avons donc fait le choix de faire pointer app vers vdb temporairement.
Il faudrait rétablir app sur greNous avions un souci avec le front sur gre à cause des cors, nous avons donc fait le choix de faire pointer app vers vdb temporairement.
Il faudrait rétablir app sur greWeb hotfix 2024.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2Algorithm2024-01-30T19:18:22+01:00Mathieu GiraudAlgorithmWe develop an algorithm to process high-throughput sequencing data to detect sequences with V(D)J recombinations as well as incomplete or uncommon recombinations. We gather these sequences into clonotypes.
We use and improve state-of-...We develop an algorithm to process high-throughput sequencing data to detect sequences with V(D)J recombinations as well as incomplete or uncommon recombinations. We gather these sequences into clonotypes.
We use and improve state-of-the-art text algorithms (spaced seeds, automata, bit parallelism, indexing structures...) to provide efficient analytical methods. As fat as possible, we do not compute full alignments. We always plan to improve the algorithm, improving accuracy and speed and providing more pertinent analysis for immunology and hematology. We benchmark and improve the algorithm on carefully curated sequences.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4480Erreur sur le runner meccano2024-01-29T16:48:44+01:00Thonier FlorianErreur sur le runner meccano```
$ docker pull --quiet "$CODE_QUALITY_IMAGE"
unknown flag: --quiet
```
Il faut possiblement mettre à jour la version de docker présente.
cc @magiraud @mikael-s```
$ docker pull --quiet "$CODE_QUALITY_IMAGE"
unknown flag: --quiet
```
Il faut possiblement mettre à jour la version de docker présente.
cc @magiraud @mikael-sDev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4905Supprimer test_quality ?2024-01-29T16:46:49+01:00Thonier FlorianSupprimer test_quality ?Depuis de nombreux mois, nous avons test_quality qui ne fonctionne pas.
J'ai regardé rapidement, mais je ne comprend même pas comment ça ce lance ni d'où il tire ses instructions.
En attendant, ça ne marche pas et cache juste le résul...Depuis de nombreux mois, nous avons test_quality qui ne fonctionne pas.
J'ai regardé rapidement, mais je ne comprend même pas comment ça ce lance ni d'où il tire ses instructions.
En attendant, ça ne marche pas et cache juste le résultat final des tests depuis la page des MR.
il faut soit le fixer, soit le supprimer. L'erreur dans le log semble simple, puisque c'est simplement une option "--quiet" qui ne semble pas intégrer à docker, mais comme je ne localise pas le bout de code ...
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5187py4web; Lauch without uwsgi2024-01-22T15:38:13+01:00THONIER Florianpy4web; Lauch without uwsgiIs uwsgi mandatory to launch application ? Is it possible to use only py4web application and command line to set up out server ?
@clement.chesnin said that maybe py4web is not fully multithreaded and that it can be a pain to use in thi...Is uwsgi mandatory to launch application ? Is it possible to use only py4web application and command line to set up out server ?
@clement.chesnin said that maybe py4web is not fully multithreaded and that it can be a pain to use in this case.
We already need to (partially) launch py4web by CLI for coverage and unit testing.
Maybe an optional issue as it work well as it.Server - py4webhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5180py4web; database migration from web2py2024-01-22T14:18:05+01:00THONIER Florianpy4web; database migration from web2pyIs there any point to fiollow to change backend server from web2py to py4web ?
@clement.chesnin think about make a diff on tables on web2py database and py4web.
After that, we should make some tests on a backup of prod database to be ...Is there any point to fiollow to change backend server from web2py to py4web ?
@clement.chesnin think about make a diff on tables on web2py database and py4web.
After that, we should make some tests on a backup of prod database to be sure that everything work well.Server - py4webTHONIER FlorianTHONIER Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3696Message d'avertissement si la version du browser n'est pas officiellement sup...2024-01-19T18:58:01+01:00Mathieu GiraudMessage d'avertissement si la version du browser n'est pas officiellement supportéeExtrait de #1077 (ouverte sur ce sujet il y a au moins 3 ans, mais qui a divergé en une réflexion)
Au tout démarrage, faire un test et afficher un message d'avertissement si le navigateur n'est pas supporté.
(avertissement, on ne bloque...Extrait de #1077 (ouverte sur ce sujet il y a au moins 3 ans, mais qui a divergé en une réflexion)
Au tout démarrage, faire un test et afficher un message d'avertissement si le navigateur n'est pas supporté.
(avertissement, on ne bloque pas).
Ici on ne discute pas de la version que les utilisateurs devraient avoir : quoique soit cette décision, nous avons besoin d'avertir les utilisateurs quand il le faut
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5051API serveur: doc/demo, com2024-01-19T18:50:04+01:00Mathieu GiraudAPI serveur: doc/demo, comMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2554VidjilAuth : ne pas avoir de chaîne en dur2024-01-19T18:44:47+01:00Mathieu GiraudVidjilAuth : ne pas avoir de chaîne en dur`'patient'`, `'run'`... on doit buen avoir des constantes quelque part.`'patient'`, `'run'`... on doit buen avoir des constantes quelque part.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2365axes: tailles des clones, avec deux valeurs particulières 0 et +2024-01-19T18:39:16+01:00Mathieu Giraudaxes: tailles des clones, avec deux valeurs particulières 0 et +Lorsqu'il y a 0 read ou peu de reads, ce sont des valeurs particulières (voir `sizeQ` dans `clone.js`).
Peut-être les afficher de manière particulière, comme pour #2363 et #2364.
cc @RyanHerbLorsqu'il y a 0 read ou peu de reads, ce sont des valeurs particulières (voir `sizeQ` dans `clone.js`).
Peut-être les afficher de manière particulière, comme pour #2363 et #2364.
cc @RyanHerb