vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-02-22T17:07:39+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2151Avoir un mécanisme automatique détectant un downtime de la db2017-02-22T17:07:39+01:00Mathieu GiraudAvoir un mécanisme automatique détectant un downtime de la dbDiscussion originale dans vdj#353.
On veut informer les utilisateurs lors d'un downtime. Idéalement on aimerait avoir une notification manuelle (#2152), mais on n'est pas toujours disponible, ne serait-ce que hors des heures de bureau...Discussion originale dans vdj#353.
On veut informer les utilisateurs lors d'un downtime. Idéalement on aimerait avoir une notification manuelle (#2152), mais on n'est pas toujours disponible, ne serait-ce que hors des heures de bureau sur notre fuseau horaire.
@mikael-s :
> Si db.vidjil.org ne répond pas, la notification pourrait apparaître automatiquement. Mais quelle est la définition de « db.vidjil.org ne répond pas » ? Car c'est déjà un peu le rôle du timeout…
> Peut-être un truc qui s'active en utilisant les messages de UptimeRobot ou du monitor Vidjil ?
@magiraud :
> Il peut y avoir un truc automatique disant "down since Xxxx, we will check soon" (éventuellement "More news to come at 9:30am") qui se lance "tout seul" si c'est offline 10/30 minutes de suite...
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2200Documenter l'application web de manière indépendante de l'algo RepSeq2017-02-23T07:47:29+01:00Mathieu GiraudDocumenter l'application web de manière indépendante de l'algo RepSeqCe n'est pas possible de ne pas parler d'algo dans `doc/user.org` : plusieurs questions très importantes pour l'utilisateur sont dépendantes de l'algo utilisé. Mais la doc doit tout de même être claire pour, par exemple, un utilisateur q...Ce n'est pas possible de ne pas parler d'algo dans `doc/user.org` : plusieurs questions très importantes pour l'utilisateur sont dépendantes de l'algo utilisé. Mais la doc doit tout de même être claire pour, par exemple, un utilisateur qui se servirait de MiXCR. C'est peut-être d'ailleurs notre responsabilité d'indiquer comment se servir le mieux possible de chaque algo (même hors Vidjil-algo).
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2207Liens symboliques et montage de fichiers : robustesse à la suppression du lien ?2017-03-02T09:39:00+01:00Mathieu GiraudLiens symboliques et montage de fichiers : robustesse à la suppression du lien ?Que se passe-t-il si le fichier pointé par le lien symbolique disparaît ?
@mikael-s : "cela ne va poser un problème que si on relance une analyse"
Ce n'est pas très grave, j'imagine que cela ne va pas arriver souvent.
cc @RyanHerbQue se passe-t-il si le fichier pointé par le lien symbolique disparaît ?
@mikael-s : "cela ne va poser un problème que si on relance une analyse"
Ce n'est pas très grave, j'imagine que cela ne va pas arriver souvent.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2165Killer un processus qui tourne sur un fichier qu'on écrase ?2017-03-02T18:29:36+01:00Mikaël SalsonKiller un processus qui tourne sur un fichier qu'on écrase ?Suite à #2103, on supprime bien les résultats pré-existants lorsqu'on réuploade un fichier mais ça ne s'applique pas aux jobs en courts sur les fichiers qu'on écrase.
@mikael-s
> A-t-on la possibilité de dire aux jobs de s'arrêter ? Tr...Suite à #2103, on supprime bien les résultats pré-existants lorsqu'on réuploade un fichier mais ça ne s'applique pas aux jobs en courts sur les fichiers qu'on écrase.
@mikael-s
> A-t-on la possibilité de dire aux jobs de s'arrêter ? Trop complexe ?
@RyanHerb
> […]
On pourrait donc théoriquement kill le worker si on a son pid, supprimer la tâche et lancer un nouveau worker.
Est-ce raisonnable de killer le worker ? On pourrait se trouver dans une situation ou entre le moment où on lance l'upload et le moment où on lance le kill c'est un autre processus qui s'est mis à tourner. On killerait donc le mauvais processus. Ok, ça devrait arriver très rarement (si ça arrive), mais le risque n'est pas nul.
Prend-on ce risque ? D'autres solutions ?
cc @flothoni @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/925sortie couleur sur console ? (must degrade gracefully)2017-03-14T04:29:59+01:00Vidjil Teamsortie couleur sur console ? (must degrade gracefully)
***
@nobody
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2038Garder la trace de l'espace occupé par utilisateur2017-03-14T12:36:58+01:00Mathieu GiraudGarder la trace de l'espace occupé par utilisateur@RyanHerb, suite à #2037 :
- requêter sur l'ensemble des fichiers pour le file_count (réduit l'intérêt de la pagination)
- garder une trace de l'espace occupé dans la table sample_set (nécessite de mettre à jour à chaque upload et chaq...@RyanHerb, suite à #2037 :
- requêter sur l'ensemble des fichiers pour le file_count (réduit l'intérêt de la pagination)
- garder une trace de l'espace occupé dans la table sample_set (nécessite de mettre à jour à chaque upload et chaque deletion)
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2250Que signifie une e-valeur de 1 ?2017-03-14T17:48:13+01:00Mathieu GiraudQue signifie une e-valeur de 1 ?@mikael-s, à propos de #2230 :
> Un des problèmes vient du fait qu'une e-valeur de 1 n'est pas délirante quand on a 100 séquences, mais si on en a qu'une (comme dans les should-vdj) ce n'est pas la même histoire (mais ce n'est pas le seu...@mikael-s, à propos de #2230 :
> Un des problèmes vient du fait qu'une e-valeur de 1 n'est pas délirante quand on a 100 séquences, mais si on en a qu'une (comme dans les should-vdj) ce n'est pas la même histoire (mais ce n'est pas le seul problème).
J'ai eu un soucis similaire pour #2107, qui a mené à 3f023b73 : vu que c'est désormais uniquement le test de e-valeur qui mène à `UNSEG_ONLY_V/J`, des séquences vont être désormais segmentée avec une e-valeur de 1 alors qu'elles ne l'étaient pas avant (il y a avait `DETECT_THRESHOLD`). Pas de soucis dès qu'on a le multiplieur.
Faudrait-il mettre la e-valeur par défaut à 0.01 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2251Minimisation de l'automate2017-03-16T07:20:25+01:00Mathieu GiraudMinimisation de l'automateÀ table, Laurent demandait si on avait essayé de minimiser l'automate. Cela pourrait faire gagner de la mémoire (mais est-ce vraiment une limite ?). Tout dépend de la topologie de notre automate...
cc @mikael-sÀ table, Laurent demandait si on avait essayé de minimiser l'automate. Cela pourrait faire gagner de la mémoire (mais est-ce vraiment une limite ?). Tout dépend de la topologie de notre automate...
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2262Mus musculus, isotypes.data2017-03-16T14:24:49+01:00Mathieu GiraudMus musculus, isotypes.datacc @mikael-scc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2286Utilisateurs: pays et position2017-03-22T21:15:38+01:00Mathieu GiraudUtilisateurs: pays et positionUniquement pour de la ~com, par exemple pour la carte des utilisateurs... mais aussi pour mieux connaître nos utilisateurs.
Si l'on veut se mettre aux emoji (🇨🇳 🇫🇷...) l'avantage est qu'ils suivent les codes à deux lettres ISO 3166-1.
...Uniquement pour de la ~com, par exemple pour la carte des utilisateurs... mais aussi pour mieux connaître nos utilisateurs.
Si l'on veut se mettre aux emoji (🇨🇳 🇫🇷...) l'avantage est qu'ils suivent les codes à deux lettres ISO 3166-1.
(Au passage, rigolo chez moi, entre "write" et "preview", ce n'est pas le même set d'emojis).
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1436Nomenclature : 5/3, L/R, Donnor/Acceptor ?2017-04-04T13:02:16+02:00Vidjil TeamNomenclature : 5/3, L/R, Donnor/Acceptor ?Question de Nikos à Marie-Paule + re-mentionné par Mikaël dans son talk
***
@nobodyQuestion de Nikos à Marie-Paule + re-mentionné par Mikaël dans son talk
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2033Applications mobiles natives2017-04-06T12:54:25+02:00Mathieu GiraudApplications mobiles nativesSur un PJI hors Vidjil, mais qui ressemble à #1740, Marie Jones nous a spontanément demandé si on restait web ou si on envisageait une application via Cordova
https://cordova.apache.org/
https://auth0.com/blog/converting-your-web-app-to...Sur un PJI hors Vidjil, mais qui ressemble à #1740, Marie Jones nous a spontanément demandé si on restait web ou si on envisageait une application via Cordova
https://cordova.apache.org/
https://auth0.com/blog/converting-your-web-app-to-mobile/
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1994app/analyze: contact pour séquences avec souci2017-04-11T04:40:00+02:00Vidjil Teamapp/analyze: contact pour séquences avec souciMikaël : Et à côté de chaque segmentation on pourrait avoir une petit icone pour demander aux utilisateurs s'ils sont satisfaits de la segmentation proposée. Dans le cas contraire on leur demande ce qu'ils s'attendaient à avoir et on gén...Mikaël : Et à côté de chaque segmentation on pourrait avoir une petit icone pour demander aux utilisateurs s'ils sont satisfaits de la segmentation proposée. Dans le cas contraire on leur demande ce qu'ils s'attendaient à avoir et on génère un should-vdj automatiquement :)
En attendant, on pourrait faire comme ce que Tatiana a fait pour l'appli principale, qui se contente de prendre toute la sortie et d'ouvrir un mail.
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2291app/analyze: quand il y a trop de séquences, l'ascenseur du segmenteur n'est ...2017-04-11T04:42:01+02:00Mathieu Giraudapp/analyze: quand il y a trop de séquences, l'ascenseur du segmenteur n'est pas fonctionnelSi l'on met plus de 4-5 sequences sur http://app.vidjil.org/analyze (`segmenter_page.{html,js}`), on n'arrive pas à utiliser l'ascenseur.
@aurelBZH, tu avais travaillé sur un truc similaire, pourras-tu éventuellement jeter un coup d'o...Si l'on met plus de 4-5 sequences sur http://app.vidjil.org/analyze (`segmenter_page.{html,js}`), on n'arrive pas à utiliser l'ascenseur.
@aurelBZH, tu avais travaillé sur un truc similaire, pourras-tu éventuellement jeter un coup d'oeil ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2271`germline` ne devrait pas être une variable globale2017-04-25T14:48:40+02:00Mathieu Giraud`germline` ne devrait pas être une variable globaleEn faisant c178a5a pour #2267, je me suis rendu compte que `germline` est une variable globale.
C'est problématique.
Voir aussi #2201.
cc @mikael-s @RyanHerbEn faisant c178a5a pour #2267, je me suis rendu compte que `germline` est une variable globale.
C'est problématique.
Voir aussi #2201.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2385A-t-on vraiment besoin de germlines.data pour le client ?2017-04-25T17:24:01+02:00Mikaël SalsonA-t-on vraiment besoin de germlines.data pour le client ?La réponse est dans la question. Cela fait quelque temps que nous n'avons plus de fichier `germlines.data` pourtant il est toujours récupéré par `germline_builder.js`. Cela ne semble pas vraiment créer de problème (sauf #2384).
Y a-t-il ...La réponse est dans la question. Cela fait quelque temps que nous n'avons plus de fichier `germlines.data` pourtant il est toujours récupéré par `germline_builder.js`. Cela ne semble pas vraiment créer de problème (sauf #2384).
Y a-t-il un intérêt à avoir un `germlines.data` (maintenant ça serait un `homo-sapiens.g`) ? Si oui lequel ? Toutes les informations ne sont-elles pas dans `germline.js`, créé à partir du fichier `.g` ?
Si finalement ce fichier .data ne sert à rien, il y aura du code à virer dans le ~clienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2130Champ 'germlines' dans le .vidjil et germlines par défaut2017-04-25T17:24:01+02:00Mathieu GiraudChamp 'germlines' dans le .vidjil et germlines par défautEn faisant #1987, j'ai mis `species{,_taxon_id}` à la racine du `.vidjil`.
Il y a bien un champ `germlines` dans le `.vidjil`, mais il sert uniquement pour les 'custom', et est peu documenté dans `format-analysis.org`.
Que devrait-on fa...En faisant #1987, j'ai mis `species{,_taxon_id}` à la racine du `.vidjil`.
Il y a bien un champ `germlines` dans le `.vidjil`, mais il sert uniquement pour les 'custom', et est peu documenté dans `format-analysis.org`.
Que devrait-on faire de champ `germlines` ? Sert-il déjà au ~client ? Devrait-on toujours le peupler avec les infos venant de `homo-sapiens.germlines`/`germlines.data` ?
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2195Inclure le .g dans le .vidjil2017-04-25T17:24:01+02:00Mathieu GiraudInclure le .g dans le .vidjilSuite à #2155 et en particulier ff70521, on pourrait se dire que plusieurs informations venant des `.g` sont à récupérer dans le `.vidjil`,
en particulier pour la tracabilité (qui est tout de même bien améliorée par #2155).
Ne pourra...Suite à #2155 et en particulier ff70521, on pourrait se dire que plusieurs informations venant des `.g` sont à récupérer dans le `.vidjil`,
en particulier pour la tracabilité (qui est tout de même bien améliorée par #2155).
Ne pourrait-on pas être plus général et embarquer le `.g`dans le `.vidjil` (et générer ce qu’il faut quand on vient de la ligne de commande) ? Mais cela ajouterait 5 Ko à chaque fichier `.vidjil`… Ou bien tout sauf `systems` (ce qui est dommage quand même).
cc @mikael-s @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2425Mettre à jour jQuery vers jQuery 3.x ?2017-05-10T18:41:29+02:00Mathieu GiraudMettre à jour jQuery vers jQuery 3.x ?Voir #1171.
Notre version de jQuery date de septembre 2014. jQuery 3.0 est sorti en juin 2016 :
> jQuery 3.0 is now released! This version has been in the works since October 2014. We set out to create a slimmer, faster version of jQue...Voir #1171.
Notre version de jQuery date de septembre 2014. jQuery 3.0 est sorti en juin 2016 :
> jQuery 3.0 is now released! This version has been in the works since October 2014. We set out to create a slimmer, faster version of jQuery (with backwards compatibility in mind). We’ve removed all of the old IE workarounds and taken advantage of some of the more modern web APIs where it made sense. It is a continuation of the 2.x branch, but with a few breaking changes that we felt were long overdue.
Est-ce que cela vaut le coup de changer ?
Mais la migration n'est peut-être pas si évidente : https://jquery.com/upgrade-guide/3.0/
Si cela implique des changements un peu partout, il faudra faire attention aux dévs en cours sur des branches.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1616Changer germline/genes : voir changements de stats induits2017-05-22T15:25:49+02:00Vidjil TeamChanger germline/genes : voir changements de stats induits(mis sur tâche à part, autant segmenter les tâches)
***
Quelles sont les stats qui varient ?
le nombres de locus, les pourcentages, la evalue ? Lesquels sont automatiques ou lesquelles faut-ils traitées ?
***
Le plus visible sont les inf...(mis sur tâche à part, autant segmenter les tâches)
***
Quelles sont les stats qui varient ?
le nombres de locus, les pourcentages, la evalue ? Lesquels sont automatiques ou lesquelles faut-ils traitées ?
***
Le plus visible sont les infos à haut à gauche :
total 764 757 reads
segmented 634 014 reads (82.90%)
selected locus 634 014 reads (82.90%) <--- cela peut changer
On les voit aussi quand on sélectionne des clones, en bas à droite (8 clones, 4534 reads, X.X%) et quand on fait export fasta ou bien export report. Mais normalement toutes ces choses prennent leurs infos au même endroit ?
regarde en particulier :
- model.js:update_selected_system
- clone.js:getPrintableSize et les autres fonctions appelées
(On ne change pas la evalue, c'est donné en amont par le C++)
***
ok
Je trouve les infos du log auss ia changer. C'est une seul variable texte, générée directement par vidjil.
Question d'approche : Pour modifier ses valeurs, il vaut mieux parser ça dans un objet, changer la/les valeurs, recalculer la répartition/stats, et resortir le résultat sous forme de string ?
***
Changement fait, mais pas encore les tests (je galère encore un peu).
***
@flothoni