vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-05-22T15:26:06+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2371Les groupes vides ne s'affichent pas dans la liste des groupes2017-05-22T15:26:06+02:00Ryan HerbertLes groupes vides ne s'affichent pas dans la liste des groupesTout est dans le titre.Tout est dans le titre.Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2350Pas d'accès aux permissions d'un sample set/patient2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonPas d'accès aux permissions d'un sample set/patientL'icône permission à côté de chaque sample set renvoie vers le contrôleur `sample_set/permission` qui produit une erreur 404.L'icône permission à côté de chaque sample set renvoie vers le contrôleur `sample_set/permission` qui produit une erreur 404.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2343Le status du pre-process n'est pas retiré après avoir désélectionné le pre-pr...2017-05-22T15:26:06+02:00Ryan HerbertLe status du pre-process n'est pas retiré après avoir désélectionné le pre-process en éditant le sample.Pfiou, un peu verbeux comme titre.
Suite à #2341 j'ai réalisé que si pour une raison X j'édite un sample qui comprenait un pre_process pour en retirer la valeur du pre_process, on perd les infos quant à quel pre_process était référencé...Pfiou, un peu verbeux comme titre.
Suite à #2341 j'ai réalisé que si pour une raison X j'édite un sample qui comprenait un pre_process pour en retirer la valeur du pre_process, on perd les infos quant à quel pre_process était référencé, mais le status du job reste.
@magiraud @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2341Des pre-process pensent être QUEUED… sans l'être réellement2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonDes pre-process pensent être QUEUED… sans l'être réellementPatient 5438 : 3 pré-process apparaissent QUEUED (depuis hier soir) alors qu'aucun ne l'est selon l'interface d'admin…
cc @magiraud @flothoniPatient 5438 : 3 pré-process apparaissent QUEUED (depuis hier soir) alors qu'aucun ne l'est selon l'interface d'admin…
cc @magiraud @flothoniWeb 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2325La suppression d'un sample set ramène sur une « None » list2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonLa suppression d'un sample set ramène sur une « None » list1. Supprimer un sample set
2. Observer qu'on arrive sur une page blanche.
Le log indique :
```
2017-04-04 19:25:27 <Mikaël> 109.190.80.52 DEBUG sample_set.py:197 None list (0.090s)
2017-04-04 19:25:27 <Mikaël> 109.190.80.52 I...1. Supprimer un sample set
2. Observer qu'on arrive sur une page blanche.
Le log indique :
```
2017-04-04 19:25:27 <Mikaël> 109.190.80.52 DEBUG sample_set.py:197 None list (0.090s)
2017-04-04 19:25:27 <Mikaël> 109.190.80.52 INFO sample_set.py:445 sample set (18165) deleted
2017-04-04 19:25:25 <Mikaël> 109.190.80.52 DEBUG sample_set.py:408 request sample_set deletion
```
cc @magiraudWeb 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2293Le contrôleur run redirige sur l'ancien contrôleur run/index2017-05-22T15:26:06+02:00Ryan HerbertLe contrôleur run redirige sur l'ancien contrôleur run/indexAprès avoir ajouté ou édité un run, la redirection qui est renvoyée pointe sur le contrôleur run/index qui n'existe plus.
cc @magiraud @mikael-s @flothoni Après avoir ajouté ou édité un run, la redirection qui est renvoyée pointe sur le contrôleur run/index qui n'existe plus.
cc @magiraud @mikael-s @flothoni Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2290Un run/patient n'a plus de sample_set associé suite à une suppression2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonUn run/patient n'a plus de sample_set associé suite à une suppressionJe ne sais pas si l'erreur est systématique pour le premier run de la liste, mais en tout cas sur app le premier run est inaccessible et provoque une erreur.
L'adresse à laquelle on essaie d'accéder est `https://vda.vidjil.org/vidjil/sa...Je ne sais pas si l'erreur est systématique pour le premier run de la liste, mais en tout cas sur app le premier run est inaccessible et provoque une erreur.
L'adresse à laquelle on essaie d'accéder est `https://vda.vidjil.org/vidjil/sample_set/index?id=None&config_id=-1&` ce qui, évidemment, pose problème.
ID du run en question : 218
cc @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2264Problème avec fuse suite à hotfix/analysis_sample_id2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonProblème avec fuse suite à hotfix/analysis_sample_idLes tests ne passent plus suite à e636f75d et b01dde04 qui ont servi à corriger les tests fonctionnels (#2229) suite à #2176.
Il y a un problème sur [fuse-doc.should_get](tools/tests/fuse-doc.should_get) :
```
15:37:36 ./should-to-tap....Les tests ne passent plus suite à e636f75d et b01dde04 qui ont servi à corriger les tests fonctionnels (#2229) suite à #2176.
Il y a un problème sur [fuse-doc.should_get](tools/tests/fuse-doc.should_get) :
```
15:37:36 ./should-to-tap.sh fuse-doc.should_get
15:37:36 Launching ' python ../fuse.py ../../doc/analysis-example1.vidjil ../../doc/analysis-example2.vidjil; cat fused.vidjil | python ../format_json.py -1 -u'
15:37:36 Traceback (most recent call last):
15:37:36 File "../fuse.py", line 771, in <module>
15:37:36 main()
15:37:36 File "../fuse.py", line 728, in main
15:37:36 jlist_fused = jlist_fused + jlist
15:37:36 File "../fuse.py", line 401, in __add__
15:37:36 obj.d["samples"] = self.d["samples"] + other.d["samples"]
15:37:36 File "../fuse.py", line 102, in __add__
15:37:36 self.d, len(self.d["reads"]),
15:37:36 KeyError: 'reads'
15:37:36 cat: fused.vidjil: No such file or directory
15:37:36 Traceback (most recent call last):
15:37:36 File "../format_json.py", line 15, in <module>
15:37:36 print(json.dumps(json.loads(json_data),
15:37:36 File "/usr/lib/python2.7/json/__init__.py", line 326, in loads
15:37:36 return _default_decoder.decode(s)
15:37:36 File "/usr/lib/python2.7/json/decoder.py", line 366, in decode
15:37:36 obj, end = self.raw_decode(s, idx=_w(s, 0).end())
15:37:36 File "/usr/lib/python2.7/json/decoder.py", line 384, in raw_decode
15:37:36 raise ValueError("No JSON object could be decoded")
15:37:36 ValueError: No JSON object could be decoded
15:37:36 ==> ./fuse-doc.tap
15:37:36
15:37:36
15:37:36 ========================================================================
15:37:36 fuse-doc.should_get failed (0 instead of 1)
15:37:36 e1:"segmented": [335662, 335662, 410124]
```
Cela casse Vidjil-coverage.
cc @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2122Les permissions ne sont pas vérifiées dans lors d'une édition de sequence_file2017-05-22T15:26:06+02:00Ryan HerbertLes permissions ne sont pas vérifiées dans lors d'une édition de sequence_fileLe traitement du formulaire d'édition de sequence_file ne vérifiait pas les permissions de l'utilisateur au moment d'attribuer le fichier à des sample_set.
Pour clarifier, il ne s'agit pas d'un bug dans les données affichées dans le f...Le traitement du formulaire d'édition de sequence_file ne vérifiait pas les permissions de l'utilisateur au moment d'attribuer le fichier à des sample_set.
Pour clarifier, il ne s'agit pas d'un bug dans les données affichées dans le formulaire, uniquement à la soumission du formulaire.
Il est possible de soumettre un formulaire d'édition de sequence_file avec des données non-présentes dans les options auto-complétées et d'ajouter le fichier à un patient/run auquel l'utilisateur ne devrait pas avoir accès.
@magiraud @mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2112Vérifier qu'un élément existe avant d'y accéder2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonVérifier qu'un élément existe avant d'y accéderNous avons plusieurs erreurs serveurs « AttributeError: 'NoneType' object has no attribute XXX »
@RyanHerb nous dit que la plupart des erreurs serveurs sont dues à des
> tentatives d'accès à des données inexistantes (des données sup...Nous avons plusieurs erreurs serveurs « AttributeError: 'NoneType' object has no attribute XXX »
@RyanHerb nous dit que la plupart des erreurs serveurs sont dues à des
> tentatives d'accès à des données inexistantes (des données supprimées par exemple) pour lesquels nous ne vérifions pas l'existance avant de demander les permissions que l'utilisateur connecté possède.
(cf. #2111)
> L'idéal dans le second cas est de choisir une action à accomplir si l'utilisateur n'a pas accès ou si l'objet n'existe pas et de toujours l'exécuter quelque-soit la nature de "l'erreur". Typiquement un message "access denied" ou un message de type 404.
@magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2111AttributeError: 'NoneType' object has no attribute id2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonAttributeError: 'NoneType' object has no attribute idOn vient d'avoir deux tickets sur log/index (des IP non connectées ?) : [ici](https://vda.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/24.23.190.21.2017-01-17.06-58-14.821d7e7f-a636-4493-bc96-30139f6fa6a4) et [là](https://vda.vidjil.org/admin/...On vient d'avoir deux tickets sur log/index (des IP non connectées ?) : [ici](https://vda.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/24.23.190.21.2017-01-17.06-58-14.821d7e7f-a636-4493-bc96-30139f6fa6a4) et [là](https://vda.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/77.201.130.19.2017-01-17.13-33-17.54630299-0fdf-4341-b358-ca2259fefbe4). Et de manière plus générale, il y a [pas mal de tickets](https://vda.vidjil.org/admin/default/errors/vidjil) dont l'erreur est « AttributeError: 'NoneType' object has no attribute XXX », où XXX peut varier.
Je ne sais pas si tout cela a une cause commune ou non (peut-être faut-il séparer la tâche).
@magiraud @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2105Sur dev.vidjil.org le patient édité n'est pas celui attendu2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonSur dev.vidjil.org le patient édité n'est pas celui attenduQuand on va sur la liste patients sur dev.vidjil.org et qu'on cherche à éditer un patient (icône en forme de crayon). Le patient édité n'est pas le bon. Pas exemple si j'édite le premier, c'est en fait le second qui l'est. Si j'essaie le...Quand on va sur la liste patients sur dev.vidjil.org et qu'on cherche à éditer un patient (icône en forme de crayon). Le patient édité n'est pas le bon. Pas exemple si j'édite le premier, c'est en fait le second qui l'est. Si j'essaie le second, j'ai une erreur d'index dans la liste…
Ce bug ne semble pas toucher le serveur de prod.
@magiraud @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2104Liste de patients affiche <type 'type'> à la place de patients2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonListe de patients affiche <type 'type'> à la place de patientsSur test.vidjil.org et dev.vidjil.org, quand on va sur la page patient, tout en bas le nombre de patients est indiqué mais plutôt que d'avoir « 3 patients » on a « `3 <type 'type'>s` », ce qui est un peu moins clair ;)
@magiraud @Ryan...Sur test.vidjil.org et dev.vidjil.org, quand on va sur la page patient, tout en bas le nombre de patients est indiqué mais plutôt que d'avoir « 3 patients » on a « `3 <type 'type'>s` », ce qui est un peu moins clair ;)
@magiraud @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2098<input> du menu "settings"2017-05-23T14:00:09+02:00Mathieu Giraud<input> du menu "settings"Vu avec @aurelBZH et @mikael-s suite à #1765 : les `<input>` du menu settings (au moins `size display` et `N regions`) sont un peu curieux :
- ils ne sont pas correctement initialisés;
- lorsqu'on clique sur le label, le modèle cha...Vu avec @aurelBZH et @mikael-s suite à #1765 : les `<input>` du menu settings (au moins `size display` et `N regions`) sont un peu curieux :
- ils ne sont pas correctement initialisés;
- lorsqu'on clique sur le label, le modèle change, mais pas les `<input>`.
En lien avec cela, est-ce que les boucles précédées de `var radio` dans `model.js` sont indispensables ? (Dupliquée un certain nombre de fois.)Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2005Après un compare sample, le scatterplot n'est pas initialisé2017-05-22T15:26:06+02:00Vidjil TeamAprès un compare sample, le scatterplot n'est pas initialiséExemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=5611&custom=777&
Je n'ai que ? comme label du scatterplot. Il faut appuyer sur g pour que le scatterplot se mette en mode TRG.
***
@RyanHerb @Duez @magiraud Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=5611&custom=777&
Je n'ai que ? comme label du scatterplot. Il faut appuyer sur g pour que le scatterplot se mette en mode TRG.
***
@RyanHerb @Duez @magiraud Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2479Mettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pa...2021-11-26T11:38:50+01:00Mikaël SalsonMettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pas lancer fuse ?Comme l'illustre #2472 : on lance beaucoup fuse.py, et inutilement.
@RyanHerb se demande si on ne pourrait pas poser un verrou pour ne pas lancer fuse tant que des fichiers sont encore en train d'être analysés (voire en cours d'upload)....Comme l'illustre #2472 : on lance beaucoup fuse.py, et inutilement.
@RyanHerb se demande si on ne pourrait pas poser un verrou pour ne pas lancer fuse tant que des fichiers sont encore en train d'être analysés (voire en cours d'upload). Cela permettrait de ne lancer qu'un seul fuse, une bonne fois pour toute plutôt que de lancer un fuse à la suite de chaque lancement (c'est aussi une réponse possible à #2011).
Inconvénient : on ne peut pas commencer à voir des résultats partiels.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2483Mettre à disposition les reads non-segmentés2021-11-23T16:49:46+01:00Mathieu GiraudMettre à disposition les reads non-segmentésSuite à #1671 (fermée), souhaite-t-on avoir d'autres configs pour rendre disponibles d'autres fichiers ?
À voir si ~"user-request".Suite à #1671 (fermée), souhaite-t-on avoir d'autres configs pour rendre disponibles d'autres fichiers ?
À voir si ~"user-request".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2484Donner accès aux fichiers dans des sous-répertoires du répertoire temporaire2017-11-29T13:54:40+01:00Mathieu GiraudDonner accès aux fichiers dans des sous-répertoires du répertoire temporaireSuite à #2141, j'ai l'impression qu'on ne peut pas donner accès aux fichiers dans des sous-répertoires (typiquement le répertoire `out/seq` de Vidjil). Le problème si l'on met tout cela à plat est qu'on peut avoir beaucoup de fichiers......Suite à #2141, j'ai l'impression qu'on ne peut pas donner accès aux fichiers dans des sous-répertoires (typiquement le répertoire `out/seq` de Vidjil). Le problème si l'on met tout cela à plat est qu'on peut avoir beaucoup de fichiers...
à voir si cela vaut le coup (notamment pour #1703), mais rien d'urgent
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2485Procédure de création de plusieurs comptes là où il n'y en avait qu'un2021-02-03T19:44:30+01:00Mathieu GiraudProcédure de création de plusieurs comptes là où il n'y en avait qu'unQuelle est la bonne pratique lorsqu'on crée des utilisateurs pour un hôpital là où il y avait un seul compte ?
Demande de @flothoni:
> Je viens de créer les utilisateurs, et je cherche maintenant à les attribuer au même groupe.
> Pou...Quelle est la bonne pratique lorsqu'on crée des utilisateurs pour un hôpital là où il y avait un seul compte ?
Demande de @flothoni:
> Je viens de créer les utilisateurs, et je cherche maintenant à les attribuer au même groupe.
> Pour ça j'en créé un nouveau. Cependant que deviennent les données déjà renseignées par K. ?
> Trois options :
> * créer un nouveau groupe hopitalXXX et mettre le groupe parent sur son groupe user
> * modifier son groupe user_142 en hopitalXXX... et lui créer un nouveau groupe perso
> * créer un nouveau grp hopitalXXX et modifier les droits sur chacun de ses patients pour les réassigner.
Qu'elle est la meilleur solution svp ? la 3eme non ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2487addGermlineToSegmenter: créer et utiliser un m.germline_sequences2017-08-30T12:12:56+02:00Mathieu GiraudaddGermlineToSegmenter: créer et utiliser un m.germline_sequenceshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2488Pas de comparaison en dur à V/D/J2021-11-23T16:51:15+01:00Mathieu GiraudPas de comparaison en dur à V/D/JMentionné par @RyanHerb, dans `germline_axis.js`:
```
if (geneType=="V") this.type2="5"
if (geneType=="D") this.type2="4"
if (geneType=="J") this.type2="3"
```
@aurelBZH avait aussi mis un `sid[3] == "V"` quelqu...Mentionné par @RyanHerb, dans `germline_axis.js`:
```
if (geneType=="V") this.type2="5"
if (geneType=="D") this.type2="4"
if (geneType=="J") this.type2="3"
```
@aurelBZH avait aussi mis un `sid[3] == "V"` quelque part
On ne souhaite pas avoir ce type de comparaison dans le code. Faire l'inventaire et factoriser. Même des comparaisons avec 3/4/5 ne sont pas géniales. Avoir des constantes ?
cc @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2489Initialiser la position des germlines V/D/J au bon endroit approximatif2020-08-04T09:28:11+02:00Mathieu GiraudInitialiser la position des germlines V/D/J au bon endroit approximatifcc @RyanHerbcc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2490AddToSegmenter: ne rien faire si la séquence n'existe pas2017-06-02T14:35:23+02:00Mathieu GiraudAddToSegmenter: ne rien faire si la séquence n'existe pascc @RyanHerbcc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2491Segmenter : ordre des germlines/séquences2021-11-26T11:42:12+01:00Mathieu GiraudSegmenter : ordre des germlines/séquencesRemarque de @aurelBZH : dans quel ordre ?
Actuellement clones + tous les germlines.
Peut-être les V + clones + les J ? Les V/J autour de chaque clone ? Comment fait-on pour les clones qui partagent un même V/J ?
Remarque de @RyanHerb ...Remarque de @aurelBZH : dans quel ordre ?
Actuellement clones + tous les germlines.
Peut-être les V + clones + les J ? Les V/J autour de chaque clone ? Comment fait-on pour les clones qui partagent un même V/J ?
Remarque de @RyanHerb : une possibilité serait `.insertAfter` en prenant l'id du clone.
À voir plus tard, rien d'urgent.
cc @aurelBZH @RyanHerb @hetohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2492mutliple_scatterplot : id des clones dans le dom2021-11-23T16:44:58+01:00Mathieu Giraudmutliple_scatterplot : id des clones dans le domDiscussion avec @heto et @RyanHerb : un des soucis vu par les tests fonctionnels (voir en particulier `clone_in_scatterplot` dans les tests) est qu'on va avoir plusieurs objets avec le même id type `circle45`. Ce n'est pas bien, des effe...Discussion avec @heto et @RyanHerb : un des soucis vu par les tests fonctionnels (voir en particulier `clone_in_scatterplot` dans les tests) est qu'on va avoir plusieurs objets avec le même id type `circle45`. Ce n'est pas bien, des effets bizarres peuvent survenir.
* Créer des ids différents ? `0circle45` ? Demande d'avoir un identifiant par `sp`.
* Utiliser des classes au lieu des ids ? Mais souci quand on clique dessus, est-on capable de savoir où on est ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2493Réparer et étendre les tests fonctionnels sur multiple_scatterplot2018-02-28T15:59:02+01:00Mathieu GiraudRéparer et étendre les tests fonctionnels sur multiple_scatterplotVoir au moins #2492 (bloquant ?)
Une solution serait aussi de n'avoir qu'un seul sp pour les tests (mvoui).
En tout cas il faudrait aussi au moins un test fonctionnel pour les deux sp.
cc @RyanHerbVoir au moins #2492 (bloquant ?)
Une solution serait aussi de n'avoir qu'un seul sp pour les tests (mvoui).
En tout cas il faudrait aussi au moins un test fonctionnel pour les deux sp.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2495Retour à l'utilisateur à l'ouverture du compare sample/patients si de trop no...2021-11-23T16:42:53+01:00Thonier FlorianRetour à l'utilisateur à l'ouverture du compare sample/patients si de trop nombreux fichiersUne erreur liée à une incompréhension de ma part de la fonction m'a fait cliquer sur compare sample depuis la liste des patients. Or , vu le nombre de fichiers, j'ai ruiné le serveur, et comme je ne comprenais pas, j'ai cliqué une second...Une erreur liée à une incompréhension de ma part de la fonction m'a fait cliquer sur compare sample depuis la liste des patients. Or , vu le nombre de fichiers, j'ai ruiné le serveur, et comme je ne comprenais pas, j'ai cliqué une seconde fois ^^'
Il faudrait une alerte signalant que la charge sur de trop nombreux patients sera lourde pour le serveur, et demander confirmation.
Pourquoi pas en plus mettre la div "progress" si l'utilisateur valide son choix.
@RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2496Avoir un déploiement de prod `deploy_prod` identique à `deploy`, en prenant l...2017-09-14T11:27:01+02:00Mathieu GiraudAvoir un déploiement de prod `deploy_prod` identique à `deploy`, en prenant les artefactsDans `.gitlab-ci.yml`, `deploy_prod` pourrait être identique à `deploy`, au lieu de déploiement près.
Cela permettrait en particulier de prendre les artefacts (dont `germline.js` et `git-sha1.js`).
Mais comment gérer `conf.js` dans un d...Dans `.gitlab-ci.yml`, `deploy_prod` pourrait être identique à `deploy`, au lieu de déploiement près.
Cela permettrait en particulier de prendre les artefacts (dont `germline.js` et `git-sha1.js`).
Mais comment gérer `conf.js` dans un déploiement automatique ? (Et qu'est-ce qui est fait actuellement pour les `deploy` de review ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2497Erreurs Javascript suite à la release2019-01-18T18:23:04+01:00Mikaël SalsonErreurs Javascript suite à la releaseDans les logs vidjil-debug.log on a des erreurs Javascript, aucune idée si elles sont bloquantes ou non :
```
/client/: initGrid@http://rbx.vidjil.org/browser/js/scatterPlot.js:1527:9
onclick@http://rbx.vidjil.org/bro...Dans les logs vidjil-debug.log on a des erreurs Javascript, aucune idée si elles sont bloquantes ou non :
```
/client/: initGrid@http://rbx.vidjil.org/browser/js/scatterPlot.js:1527:9
onclick@http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=25190&custom=25191&custom=25187&custom=25189&custom=25188&:1:1
changeCloneNotation@http://rbx.vidjil.org/browser/js/model.js:285:5
update@http://rbx.vidjil.org/browser/js/model.js:965:13
update@http://rbx.vidjil.org/browser/js/scatterPlot.js:1361:13
```
Il y a aussi un :
```
/client/: TypeError: Cannot read property 'useGermline' of undefined
```
À investiguer, détailler (et probablement faire d'autres issues plus précises).
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2498Forcer la mise à jour des fichiers en cache.2017-10-19T11:26:52+02:00Ryan HerbertForcer la mise à jour des fichiers en cache.Quand on met à jour un de nos fichiers JS, il n'est pas toujours mis à jour dans le cache des navigateurs. (cf #2497 )
Si j'ai bien compris, il est possible avec Nginx d'indiquer au navigateur comment référencer les fichiers dans le cac...Quand on met à jour un de nos fichiers JS, il n'est pas toujours mis à jour dans le cache des navigateurs. (cf #2497 )
Si j'ai bien compris, il est possible avec Nginx d'indiquer au navigateur comment référencer les fichiers dans le cache (par défaut c'est le nom du fichier).
Voici un article utile:
https://www.theodo.fr/blog/2016/06/improve-the-performance-of-your-webapp-configure-nginx-to-cache/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2499Lignes des axes noires/grises2018-08-09T14:28:40+02:00Mathieu GiraudLignes des axes noires/grises> Bonjour,
>
> J’ai vu qu’hier vous avez effectué une maintenance et je ne sais pas si c’est en lien ou non mais je trouve que les lignes du graphe sont bizarres, grises ou noires. Est-ce lié ? Cela n’empêche évidemment pas l’analyse...> Bonjour,
>
> J’ai vu qu’hier vous avez effectué une maintenance et je ne sais pas si c’est en lien ou non mais je trouve que les lignes du graphe sont bizarres, grises ou noires. Est-ce lié ? Cela n’empêche évidemment pas l’analyse, ce n’est qu’esthétique J !
>
> Aurélie
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4271Mettre à jour les germlines2021-04-01T20:14:43+02:00Mathieu GiraudMettre à jour les germlinesCela fait plus de 18 mois que cela n'a pas été fait (et !374 ?)
Probablement pas pour #4268 ;)Cela fait plus de 18 mois que cela n'a pas été fait (et !374 ?)
Probablement pas pour #4268 ;)Algo 2021.042021-03-23https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2500Prototype pour le responsive2021-11-23T16:36:20+01:00Ghost UserPrototype pour le responsiveTel que discuté mercredi dernierTel que discuté mercredi dernierhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2501segmenteur : l'alignement/send to ne fonctionne pas avec les séquences germin...2017-08-30T12:12:30+02:00Mikaël Salsonsegmenteur : l'alignement/send to ne fonctionne pas avec les séquences germinalesDiscuté avec @aurelBZH : quand les séquences germinales sont dans le segmenteur, l'alignement ou le send to ne prend en compte que les séquences des **clones**.
Il faut modifier les fonctions `sendTo` et `align` de `segmenter.js` (avec ...Discuté avec @aurelBZH : quand les séquences germinales sont dans le segmenteur, l'alignement ou le send to ne prend en compte que les séquences des **clones**.
Il faut modifier les fonctions `sendTo` et `align` de `segmenter.js` (avec certainement de la factorisation à faire).
Est-ce que cela fix #2460 ? (poke @magiraud)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2502segmenteur : update reset toutes les séquences2017-06-13T16:25:05+02:00Mikaël Salsonsegmenteur : update reset toutes les séquencesSur la branche `feature-c/germline-segmenter` lorsqu'on aligne les séquences, elles sont « dés-alignées » dès que `updateElem` est appelée (c'est-à-dire assez rapidement) car les séquences sont résettées.Sur la branche `feature-c/germline-segmenter` lorsqu'on aligne les séquences, elles sont « dés-alignées » dès que `updateElem` est appelée (c'est-à-dire assez rapidement) car les séquences sont résettées.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2503Erreur JS avec l'axe 'clone average read length' dans la liste2021-11-08T12:38:58+01:00Ghost UserErreur JS avec l'axe 'clone average read length' dans la listeL'erreur apparaît quand on sélectionne cet axe dans `list_axis_select`
```
Uncaught TypeError: Cannot read property '0' of undefined
at Clone.getAverageReadLength (clone.js:107)
at Object.fct (axes.js:66)
at List.updateElem (...L'erreur apparaît quand on sélectionne cet axe dans `list_axis_select`
```
Uncaught TypeError: Cannot read property '0' of undefined
at Clone.getAverageReadLength (clone.js:107)
at Object.fct (axes.js:66)
at List.updateElem (list.js:495)
at List.update (list.js:353)
at HTMLSelectElement.axis.onchange (list.js:321)
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2504Germlines : Les informations de germlines.js ne sont pas prises en compte pou...2018-04-10T12:49:36+02:00Mikaël SalsonGermlines : Les informations de germlines.js ne sont pas prises en compte pour la couleur et shortcut de l'allèleSur la branche `feature-c/germline-segmenter` on a perdu l'information de locus pour chaque clone (couleur et shortcut consistant en une seule lettre).
Probablement dû à une modification autour de germline/germlineList.Sur la branche `feature-c/germline-segmenter` on a perdu l'information de locus pour chaque clone (couleur et shortcut consistant en une seule lettre).
Probablement dû à une modification autour de germline/germlineList.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2505Le build Vidjil-pkg est cassé2017-09-08T11:22:48+02:00Mikaël SalsonLe build Vidjil-pkg est cassé```
+ ./create-git-version-h.sh
/tmp/hudson3330770862249711213.sh: line 8: ./create-git-version-h.sh: Permission denied
```
/cc @magiraud```
+ ./create-git-version-h.sh
/tmp/hudson3330770862249711213.sh: line 8: ./create-git-version-h.sh: Permission denied
```
/cc @magiraudMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2506Pas assez de clones pour des études de répertoire2019-04-08T13:24:29+02:00Mathieu GiraudPas assez de clones pour des études de répertoireK. Tarte de ~"REN-Rennes", sur des jeux de TRB, trouve qu'il n'y a pas assez de clones pour étudier la diversité et l'overlap entre des répertoires.
cc @flothoni
Pour une fois ce n'est pas #1382 (car ici un seul locus), mais #2236, ou ...K. Tarte de ~"REN-Rennes", sur des jeux de TRB, trouve qu'il n'y a pas assez de clones pour étudier la diversité et l'overlap entre des répertoires.
cc @flothoni
Pour une fois ce n'est pas #1382 (car ici un seul locus), mais #2236, ou des choses sur ~"server-fuse".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2507Délétions Vleft / Jright : documenter, intégrer, nouvel axe2017-10-19T11:26:52+02:00Mathieu GiraudDélétions Vleft / Jright : documenter, intégrer, nouvel axeEn discutant de ~"app-stats" avec @flothoni, on s'est dit qu'on pourrait dès maintenant visualiser dans le ~"client-grid" / ~"client-bar".
- [ ] Documenter dans `doc/format-analysis.org` les champs `delRight` et `delLeft`
- [ ] Faire u...En discutant de ~"app-stats" avec @flothoni, on s'est dit qu'on pourrait dès maintenant visualiser dans le ~"client-grid" / ~"client-bar".
- [ ] Documenter dans `doc/format-analysis.org` les champs `delRight` et `delLeft`
- [ ] Faire une fonction d'accès dans clone.js pour récupére `seg.5.delRight` et `seg.3.delLeft`
- [ ] Créer deux axesWeb 2017.09Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2508Vh pas trouvé, uniquement Dh-Jh2018-06-27T18:53:42+02:00Mathieu GiraudVh pas trouvé, uniquement Dh-JhAurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 52...Aurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 525 reads (10.64%, 53.45% of IGH/IGH+, 2042% of IGH+)
> GGAGTCGGGGGAGGCTTGGTCCAGCCTGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTCAGTGACTACTACATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCCGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTAGGTTTCATTAGAAACAAAGCTAATGGTGGGACAACAGAATAGACCACGTCTGTGAAAGGCAGATTCACAATCTCAAGAGATGATTCCAAAAGCATCACCTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATCAAGGGGCATTTATTGTAGTAGTACCAGCTGCTAT
>
> ATG
> ATGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
>
>
>
> Bonjour,
>
> Ce clone est mal nommé, il ne reconnaît pas le VH, bien présent puisque nous avons pu merger des clones qui étaient VDJ. Cela m’embête car ce clone étant majoritaire, le merge ne permet pas de corriger la séquence.
>
> Pourriez-vous y regarder et me dire pourquoi le VH n’a pas été reconnu ?
>
> Merci
>
> AurélieAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2509Aligneur : paramétrer pour que les alignements soient jolis2023-01-25T09:41:58+01:00Mathieu GiraudAligneur : paramétrer pour que les alignements soient jolisSuite à #2501, mieux paramétrer pour que l'alignement soit joli. Pas urgent.
cc @aurelBZHSuite à #2501, mieux paramétrer pour que l'alignement soit joli. Pas urgent.
cc @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2510segmenteur: méthodes à implémenter sur l'object "Sequence"2017-08-30T12:11:27+02:00Mathieu Giraudsegmenteur: méthodes à implémenter sur l'object "Sequence"- `isClone()` pour tester si une séquence est un clone ou non
- et, idéalement, les fonctions qui le peuvent devraient être agnostique par rapport au fait que la séquence soit un clone ou pas. En cas de traitement différencié, on peut pa...- `isClone()` pour tester si une séquence est un clone ou non
- et, idéalement, les fonctions qui le peuvent devraient être agnostique par rapport au fait que la séquence soit un clone ou pas. En cas de traitement différencié, on peut par exemple coder une méthode `uniqueName()` `22#IGHV...` / `IGHV4`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2511exportFasta: ne pas faire de choses particulières selon les germlines2023-03-01T17:02:47+01:00Mathieu GiraudexportFasta: ne pas faire de choses particulières selon les germlinesVu avec @mikael-s et @aurelBZH : la construction de `exportFasta` fait des choses trop dépendantes des germlines particulières.
Déjà utiliser la/les liste(s) plate(s) de #2487, en attendant mieux.Vu avec @mikael-s et @aurelBZH : la construction de `exportFasta` fait des choses trop dépendantes des germlines particulières.
Déjà utiliser la/les liste(s) plate(s) de #2487, en attendant mieux.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2512"compare samples for this patient" pour les sample sets2017-06-07T14:25:30+02:00Mathieu Giraud"compare samples for this patient" pour les sample setshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2513Comment déplacer efficacement un élément dans le DOM ?2023-03-01T16:58:21+01:00Mathieu GiraudComment déplacer efficacement un élément dans le DOM ?Voir #1740.
Discussion avec @heto
`.insertAfter` ? `.appendChild` ?Voir #1740.
Discussion avec @heto
`.insertAfter` ? `.appendChild` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2514Que devient l'auto-expansion du segmenteur en responsive ?2017-06-07T13:44:43+02:00Mathieu GiraudQue devient l'auto-expansion du segmenteur en responsive ?Discuté avec @heto et @mikael-s tout à l'heure. À revoir après #2500 / #1740 : utiliser tel quel le même mécanisme, le recoder si besoin, utiliser quelque chose de plus générique qui pourrait aussi concerner d'autres vues ?Discuté avec @heto et @mikael-s tout à l'heure. À revoir après #2500 / #1740 : utiliser tel quel le même mécanisme, le recoder si besoin, utiliser quelque chose de plus générique qui pourrait aussi concerner d'autres vues ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2515Permettre de changer la taille entre différents éléments du responsive2023-03-01T16:57:17+01:00Mathieu GiraudPermettre de changer la taille entre différents éléments du responsiveVu avec @heto
Suite à #2500, que ce soit entre les panels A/B/C voire entre les vues dans un panel, on aimerait pouvoir avoir un séparateur déplaçable (avec certaines contraintes comme les 400px). Mais ce n'est pas le plus important po...Vu avec @heto
Suite à #2500, que ce soit entre les panels A/B/C voire entre les vues dans un panel, on aimerait pouvoir avoir un séparateur déplaçable (avec certaines contraintes comme les 400px). Mais ce n'est pas le plus important pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2516Est-ce que les vues ont une largeur maximale ?2021-11-23T16:36:19+01:00Mathieu GiraudEst-ce que les vues ont une largeur maximale ?Suite à #2500, on se demande si les vues `info` et `liste` devraient avoir une largeur maximale (donc fixe) ou pas.
cc @hetoSuite à #2500, on se demande si les vues `info` et `liste` devraient avoir une largeur maximale (donc fixe) ou pas.
cc @hetohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2517Tests pour la vue info2017-06-07T17:40:30+02:00Mathieu GiraudTests pour la vue infoSuite à !54, faire quelques tests unitaires sur la vue info.Suite à !54, faire quelques tests unitaires sur la vue info.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2518Erreur de permission dans l'utilisation du compare samples2017-09-12T14:58:39+02:00Mikaël SalsonErreur de permission dans l'utilisation du compare samplesAurélie a obtenu de nombreuses erreurs lors de l'utilisation du custom. Par exemple :
```
default/get_custom_data : you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (16614)you ...Aurélie a obtenu de nombreuses erreurs lors de l'utilisation du custom. Par exemple :
```
default/get_custom_data : you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (22815)you do not have permission to consult this element (22817)you do not have permission to consult this element (22827)you do not have permission to consult this element (22829)
```
Voir un exemple ici auquel Aurélie n'accède pas : http://app.vidjil.org/?custom=22626&custom=22628& alors que les deux échantillons sont bien accessibles par Aurélie : http://app.vidjil.org/?sample_set_id=22628&config=25 et http://app.vidjil.org/?sample_set_id=22626&config=25
Quand on cherche `permission to consult` dans `vidjil-debug.log` on se rend compte que ce n'est pas la seule à avoir rencontré ce genre de problème.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2520On a moins de 100 clones avec la config MiXCR2023-03-01T16:59:27+01:00Mikaël SalsonOn a moins de 100 clones avec la config MiXCRDemande de Anne :
> Pour les analyse MiXCR je n'ai pas compris pourquoi quand on demande via le filtre de visualiser 100 clones, l'interface en affiche systématiquement moins de 100, même en mettant le curseur à fond.
@RyanHerb une idée ?Demande de Anne :
> Pour les analyse MiXCR je n'ai pas compris pourquoi quand on demande via le filtre de visualiser 100 clones, l'interface en affiche systématiquement moins de 100, même en mettant le curseur à fond.
@RyanHerb une idée ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2521Mettre les noms de famille dans les logs2017-07-07T15:46:09+02:00Mikaël SalsonMettre les noms de famille dans les logsDans les logs, les actions des utilisateurs sont enregistrées avec leur prénom. Mais c'est ambigu (cf. #2518 où il y avait ambiguité sur Aurélie).Dans les logs, les actions des utilisateurs sont enregistrées avec leur prénom. Mais c'est ambigu (cf. #2518 où il y avait ambiguité sur Aurélie).Web 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2519Restes de "patient" pour les sample sets2017-09-12T17:29:01+02:00Mathieu GiraudRestes de "patient" pour les sample setsSuite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db....Suite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db.call('{{=helper.get_add_route()}}')"> + new {{=helper.get_type_display()}} </span>
```
Le droit `create_patient` signifie-t-il bien qu'on a le droit de créer tout type de sample sets ? Il faudrait dans ce cas mettre à jour la doc et renommer ce qui est visible en "create sample sets (patients, runs, ...)"
---
`sample_set/custom.html`
```
<td class="column_200"> patient </td>
```
à changer ?
---
`sample_set/index.html`
```
<td> <a {{if row.sequence_file.data_file == None :}} {{=XML("class='inactive' title='file is missing' ")}}
{{else:}} href="{{=URL('patient','download', scheme='https',
```
Euh ?
---
`sample_set/permission.html`
```
{{if not auth.can_modify_patient(request.vars["id"]) :}}
<div>you need admin access on this patient if you want to change permission </div>
```
Euh ? Permission générique de modifier un sample_set ?
---
cc @RyanHerb, @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2477CORS: Le lien logout ne fonctionne pas quand le client et le serveur ne sont ...2021-04-15T20:44:25+02:00Mikaël SalsonCORS: Le lien logout ne fonctionne pas quand le client et le serveur ne sont pas au même endroitSur dev.vidjil.org se logger et cliquer sur logout.
On a alors une notification contenant du code HTML qui s'affiche (pour autant on est bien déloggé) (au lieu d'être redirigé).Sur dev.vidjil.org se logger et cliquer sur logout.
On a alors une notification contenant du code HTML qui s'affiche (pour autant on est bien déloggé) (au lieu d'être redirigé).Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2844Les clones en hide sont toujours affichés dans le segmenter2019-01-17T13:20:53+01:00Thonier FlorianLes clones en hide sont toujours affichés dans le segmenterUn bug vu par ~"LIL-Lille" :
Si on séléctionne quelques clones que l'on met en hide (via le bouton), on continue a montrer ces clones dans le segmenter. Il s'agit peut-être d'un simple refresh a afficher pour ne plus les montrer.Un bug vu par ~"LIL-Lille" :
Si on séléctionne quelques clones que l'on met en hide (via le bouton), on continue a montrer ces clones dans le segmenter. Il s'agit peut-être d'un simple refresh a afficher pour ne plus les montrer.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2837Casser un cluster devrait faire hériter aux clones la sélection et le focus2018-04-18T09:01:34+02:00Ghost UserCasser un cluster devrait faire hériter aux clones la sélection et le focusQuand on fait un focus sur un cluster et qu'on dégroupe les clones contenus dans le cluster, ils n'apparaissent pas car ils ne sont pas considerés comme focus. Devrait on considerer les clones contenus dans le cluster dans le focus ?Quand on fait un focus sur un cluster et qu'on dégroupe les clones contenus dans le cluster, ils n'apparaissent pas car ils ne sont pas considerés comme focus. Devrait on considerer les clones contenus dans le cluster dans le focus ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3062Les URL avec le paramètre patient fonctionnent-elles encore ?2018-03-13T15:39:06+01:00Mikaël SalsonLes URL avec le paramètre patient fonctionnent-elles encore ?J'ai l'impression que non ce qui est très gênant car on n'a plein d'issue avec de telles URL…
À quoi est-ce dû ? Peut-on redonner l'accès à ces adresses ?
Par exemple pour prendre un patient récent, le patient 8278 existe bien et pourta...J'ai l'impression que non ce qui est très gênant car on n'a plein d'issue avec de telles URL…
À quoi est-ce dû ? Peut-on redonner l'accès à ces adresses ?
Par exemple pour prendre un patient récent, le patient 8278 existe bien et pourtant : http://app.vidjil.org/index.html?patient=8278&config=25Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2855Erreur sur l'upload de fichiers "doublons"2017-11-30T07:59:26+01:00Ryan HerbertErreur sur l'upload de fichiers "doublons"Si un fichier existe déjà sur le serveur (dans le même type de set, il semblerait), l'upload échoue, silencieusement du point de vue de l'utilisateur, mais le message de retour est que le sample existe déjà.
Il semblerait que la vérific...Si un fichier existe déjà sur le serveur (dans le même type de set, il semblerait), l'upload échoue, silencieusement du point de vue de l'utilisateur, mais le message de retour est que le sample existe déjà.
Il semblerait que la vérification d'existance d'un doublon de sample pour un set donné vérifie tous les sets accessibles.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2476Charger les permissions en une fois dans SampleSetList2017-07-12T11:03:23+02:00Mikaël SalsonCharger les permissions en une fois dans SampleSetListSuite à #2475, une possibilité d'amélioration. Dans [sample_set_list.py](server/web2py/applications/vidjil/models/sample_set_list.py) on a :
```python
for row in query_gss:
# […]
self.elements[row.id].has_...Suite à #2475, une possibilité d'amélioration. Dans [sample_set_list.py](server/web2py/applications/vidjil/models/sample_set_list.py) on a :
```python
for row in query_gss:
# […]
self.elements[row.id].has_permission = auth.can_modify(type, row.id)
self.elements[row.id].anon_allowed = auth.can_view_info(type, row.id)
```
Ça serait mieux que `can_modify` et `can_view_info` prennent une liste d'IDs en paramètre et fassent une seule requête.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2525"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?2018-04-13T15:56:03+02:00Mathieu Giraud"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un reto...Aurélie nous signale qu'elle doit parfois cliquer deux fois pour s'identifier... (et j'ai aussi parfois cette impression, sans être vraiment sûr). Est-ce en lien avec #1113 ?
Ou avec des lenteurs du serveur ? Dans ce cas, faire un retour à l'utilisateur qu'un chargement est en cours ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2526Discordance de productivité2024-02-06T16:46:02+01:00Mathieu GiraudDiscordance de productivitéAurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=3...Aurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=35
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHV3-7*01 1/GGAAGCCC/21 IGHJ6*01 338 nt, 607 958 reads (89.48%)
> AGGAGTCGGGGGGAGGCTTGGTCCAGGCCGGGGGGTCCCTGAGACTCTCATGCGTCGGCCACGGATTGAGTTTGAAGAAGGATTGGATGAGTTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGGAGGGGCTGGAGTGGGTGGCCTACATAAAGGAAGATGGAAATGGGAAACACTATGTGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCATCATCTTCAGAGACGACGCCAAGAACTCACTATATCTGGAAATGAACAGCCTGAGAGTCGAGGACACGGCTATGTATTATTGTGTGAGA
>
> GGGAAGCC
> CTGGGCGTTTGGGGGCCAAGGGACATCGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
cc @flothoniLille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2527Suppression de vue2017-10-13T12:43:02+02:00Mathieu GiraudSuppression de vuePeut-être afficher une croix/poubelle lorsqu'on est en édition de vues
@heto: quand on affiche les overlays, quelque chose en bas du menuPeut-être afficher une croix/poubelle lorsqu'on est en édition de vues
@heto: quand on affiche les overlays, quelque chose en bas du menuhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2528Positionnement précis des vues2021-11-23T15:17:22+01:00Mathieu GiraudPositionnement précis des vues@heto : on pourrait, avec des overlays, afficher précisément la zone du panel où la vue serait ajoutée. (Voire choisir la zone, avec du drag et drop, ~"!-hard").
Pas le plus urgent pour l'instant.@heto : on pourrait, avec des overlays, afficher précisément la zone du panel où la vue serait ajoutée. (Voire choisir la zone, avec du drag et drop, ~"!-hard").
Pas le plus urgent pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2529Simple clic : une vue à sa bonne place2017-10-13T12:43:02+02:00Mathieu GiraudSimple clic : une vue à sa bonne placeDans le panel par défaut, ou sinon dans le dernier panel mis.Dans le panel par défaut, ou sinon dans le dernier panel mis.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2530Geste pour l'édition des vues2020-06-23T09:35:05+02:00Mathieu GiraudGeste pour l'édition des vuesPour l'instant double clic (#2529).
On verra plus tard quel sera le geste exact: appui long ? drag/drop ? clic+shift ? et sur tablette/mobile ?Pour l'instant double clic (#2529).
On verra plus tard quel sera le geste exact: appui long ? drag/drop ? clic+shift ? et sur tablette/mobile ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2531Lorsque finalement on n'ajoute pas de nouvelle vue2017-10-13T12:43:02+02:00Mathieu GiraudLorsque finalement on n'ajoute pas de nouvelle vueRe-clic sur le numéro de la vue (voire mêem sur le menu), il ne se passe rien.Re-clic sur le numéro de la vue (voire mêem sur le menu), il ne se passe rien.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2532Mettre en valeur la vue en cours d'ajout2017-10-13T12:43:01+02:00Mathieu GiraudMettre en valeur la vue en cours d'ajoutVoir aussi #2531Voir aussi #2531https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2533Nombre maximum de vues par panel lors de l'édition overlay2017-10-13T12:43:01+02:00Mathieu GiraudNombre maximum de vues par panel lors de l'édition overlayNb de vues maximales en dur ?
@heto : "non, cela dépend de la hauteur"
On moment où on peut rajouter une vue, si la somme des hauteurs minimales/souhaitées est supérieur par panel (vu par media queries ?), on n'affiche pas l'overlay ...Nb de vues maximales en dur ?
@heto : "non, cela dépend de la hauteur"
On moment où on peut rajouter une vue, si la somme des hauteurs minimales/souhaitées est supérieur par panel (vu par media queries ?), on n'affiche pas l'overlay dessus / on interdit de rajouter ici.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2534Remplacement automatique de vue lors du simple clic2017-10-13T12:43:01+02:00Mathieu GiraudRemplacement automatique de vue lors du simple clicVoir #2533.
En simple clic, on pourrait enlever automatiquement la vue la plus ancienne du panel.Voir #2533.
En simple clic, on pourrait enlever automatiquement la vue la plus ancienne du panel.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2535Documenter ce qu'il faut pour un nouveau serveur2020-08-27T12:01:37+02:00Mathieu GiraudDocumenter ce qu'il faut pour un nouveau serveurVoir vdj#6 et vdj#330.
Je crois bien qu'il y avait quelque part des documents pour expliquer ce dont on avait besoin pour un nouveau serveur (que tu avais fait @flothoni à Necker, ou peut-être @RyanHerb) ?
Est-ce tout dans `doc/server....Voir vdj#6 et vdj#330.
Je crois bien qu'il y avait quelque part des documents pour expliquer ce dont on avait besoin pour un nouveau serveur (que tu avais fait @flothoni à Necker, ou peut-être @RyanHerb) ?
Est-ce tout dans `doc/server.org` ? D'autres documents ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2536Faut-il maintenir un groupe vide2017-06-15T14:58:37+02:00Thonier FlorianFaut-il maintenir un groupe videVoilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donne...Voilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donner tous les droits à ce dernier membre. La question est donc de savoir si il vaut mieux que je déplace ce membre dans le groupe ingé qui ont tous les droits, et laisser un groupe vide derrière moi, ou bien de donner le droit manquant à ce second groupe, mais poser des soucis si un nouveau membre s'y rajoute.
Perso, je penche pour la première option. Vous êtes d'accord ?
@mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2537Échecs de process Vidjil et Fuse2017-06-20T14:44:33+02:00Mikaël SalsonÉchecs de process Vidjil et FuseJe viens de voir dans le `vidjil-debug.log` des échecs pour Prague :
```
2017-06-20 12:27:19 <> None ERROR task.py:534 [26142] c2: 'fuse' FAILED - /mnt/data/prod/result/tmp/out-026142//026142-24015.fused
[…]
2017-06-20 12:27:08 ...Je viens de voir dans le `vidjil-debug.log` des échecs pour Prague :
```
2017-06-20 12:27:19 <> None ERROR task.py:534 [26142] c2: 'fuse' FAILED - /mnt/data/prod/result/tmp/out-026142//026142-24015.fused
[…]
2017-06-20 12:27:08 <> None ERROR task.py:232 [26141] c2: Vidjil FAILED - /mnt/data/prod/result/tmp/out-026141/
```
Peux-tu regarder @flothoni ?
De manière générale, n'hésite pas à jeter un œil au vidjil-debug régulièrement, voir si tout va bien (ça m'arrive aussi de cliquer aléatoirement sur un échantillon pour regarder s'il n'y a rien de bizarre).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2538Explication des droits d'accès pour les utilisateurs2023-03-01T16:50:16+01:00Mathieu GiraudExplication des droits d'accès pour les utilisateursY a-t-il dans `user.org` une mention des droits ? Et dans le ~client ?
cc @flothoniY a-t-il dans `user.org` une mention des droits ? Et dans le ~client ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2539Nom de clone renommé invisible dans la liste2021-11-26T15:53:06+01:00Ghost UserNom de clone renommé invisible dans la listeLorsqu'on renomme un clone dans la liste par quelque chose commençant par le caractère `<`, le nom ne s'affiche plus.
Il apparaît tout de même dans le segmenteur et en hover, mais pas dans la `nameBox` de la liste.
Je m'en suis aperçu ...Lorsqu'on renomme un clone dans la liste par quelque chose commençant par le caractère `<`, le nom ne s'affiche plus.
Il apparaît tout de même dans le segmenteur et en hover, mais pas dans la `nameBox` de la liste.
Je m'en suis aperçu pour ce caractère, mais peut-être que d'autres peuvent également provoquer des résultats inattendus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2540Erreur taille de l'axe dans le preset 32017-10-06T13:59:17+02:00Thonier FlorianErreur taille de l'axe dans le preset 3Un mail nous préviens qu'il y a une erreur depuis peu sur la taille des axes en représentation du preset 3 (clone consensus length/locus).
Je viens de vérifier, et oui il y a en effet des erreur sur la taille.
Je regarde ça de plus prè...Un mail nous préviens qu'il y a une erreur depuis peu sur la taille des axes en représentation du preset 3 (clone consensus length/locus).
Je viens de vérifier, et oui il y a en effet des erreur sur la taille.
Je regarde ça de plus près.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2541L'infobox peut être trop large en mode utilisateur2017-11-29T09:16:25+01:00Mikaël SalsonL'infobox peut être trop large en mode utilisateurQuand on va [à cette adresse](http://app.vidjil.org/?custom=26319&custom=26320&custom=26321&custom=26322) en tant qu'administrateur, l'infobox est normale.
![Screenshot_20170628_091558](/uploads/688b31b2f2953832e443a67e5e63f4a1/Screensh...Quand on va [à cette adresse](http://app.vidjil.org/?custom=26319&custom=26320&custom=26321&custom=26322) en tant qu'administrateur, l'infobox est normale.
![Screenshot_20170628_091558](/uploads/688b31b2f2953832e443a67e5e63f4a1/Screenshot_20170628_091558.png)
En revanche quand on y va en tant qu'utilisateur (102), celle-ci est trop large car le nom du fichier est trop long.
![Screenshot_20170628_091544](/uploads/366e00505e28aa6f0eae0496eb5300fd/Screenshot_20170628_091544.png)
La différence s'explique probablement par le fait qu'on ajoute l'identifiant dans le nom du fichier, quand on est admin. Mais le nom du fichier ne devrait pas prendre autant de place en mode utilisateur. Ici cela prend quasiment la moitié de mon écran.Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2542Clones qui n'apparaissent pas dans un compare samples2021-11-16T17:32:37+01:00Mikaël SalsonClones qui n'apparaissent pas dans un compare samples~"KIE-Kiel" nous remonte un problème où les clones n'apparaissent pas dans des compare samples (par exemple ici : http://app.vidjil.org/?custom=26292&custom=26293&custom=26294&custom=26295 en se connectant avec l'utilisateur 27).
Je n'a...~"KIE-Kiel" nous remonte un problème où les clones n'apparaissent pas dans des compare samples (par exemple ici : http://app.vidjil.org/?custom=26292&custom=26293&custom=26294&custom=26295 en se connectant avec l'utilisateur 27).
Je n'arrive pas à reproduire ce problème. Quelqu'un l'a ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2543Les tests unitaires sur la sélection multiple ne passent pas sous FF452021-11-23T16:36:01+01:00Mikaël SalsonLes tests unitaires sur la sélection multiple ne passent pas sous FF45FF45 est mon navigateur et voici les résultats que j'ai sur ces tests :
```
the selected clone is 'unseg sequence' (test5)@ 147 ms
Expected: "unseg sequence"
Result: "test1"
three clones are selected@ 157 ms
Expected: 3
Result: 0
the...FF45 est mon navigateur et voici les résultats que j'ai sur ces tests :
```
the selected clone is 'unseg sequence' (test5)@ 147 ms
Expected: "unseg sequence"
Result: "test1"
three clones are selected@ 157 ms
Expected: 3
Result: 0
the selected clones are test{1,2,4}@ 158 ms
Expected: [0, 1, 3]
Result: []
```
À quoi est-ce dû ? Quelle est la compatibilité de ces tests ?
cc @hetohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2544Développement de la nouvelle interface (vmi) et intégration dans Vidjil2018-11-20T12:29:12+01:00Ghost UserDéveloppement de la nouvelle interface (vmi) et intégration dans Vidjil### Notes et documentation
Le module développé pour la nouvelle interface est actuellement appelé vmi, pour View Management Interface. Il est composé des fichiers `vmi.js` et `vmi.css`.
Une variable `vmi` est définie et contient ...### Notes et documentation
Le module développé pour la nouvelle interface est actuellement appelé vmi, pour View Management Interface. Il est composé des fichiers `vmi.js` et `vmi.css`.
Une variable `vmi` est définie et contient les attributs/fonctions nécessaires à la gestion des vues, notamment le constructeur `vmi.View`. La documentation des différentes fonctions a été ajoutée dans `vmi.js`.
Les fichiers `vmi_mocker` (js et css) ne font pas partie du module à proprement parler, mais regroupent le code JavaScript et les règles CSS utilisés pendant la conception du prototype -notamment les "fausses" vues/blocs de couleur- et ne devraient à terme plus avoir d'utilité.
Le module est voulu indépendant de Vidjil et son contenu ne doit pas y être lié, les valeurs particulières et les besoins de l'application doivent figurer dans l'utilisation du module par celle-ci.
Il est en revanche dépendant de jQuery.
- Les media queries présentes dans `vmi.css` sont certainement plus liée à Vidjil qu'à vmi. Par extension, cet aspect du responsive est sans doute différent de l'objectif de vmi ; et pourrait se retrouver dans d'autres fichiers (accompagné des changements de taille de police et d'autres adaptations nécessaires à une bonne lisibilité sur de petits écrans).
D'autre part, les valeurs actuellement présentes dans ces media queries sont amenées à changer, elles ont pour l'instant permis de tester le fonctionnement attendu mais ne seront sans doute pas les plus judicieuses une fois l'interface prête.
- Le travail sur le remplissage des panels et redimensionnement des vues est à compléter (je l'avais mis de côté pour passer aux interactions avec le menu), en témoignent les espaces blancs qui apparaissent avec les vues 5 et 6 (`solid`) du mocker.
- Dans certains cas, et pour une raison que je n'ai pas encore pu déterminer, le mode "edit" (actuellement déclenché par ctrl+clic sur une vue dans le menu) ne s'active pas. Le comportement se rétablit généralement après suppression(s)/rétablissement(s) des vues.. Ca reste mystérieux, à surveiller
- Le `menu-container` est pour l'instant copié dans `index2.html`, pour permettre au chargement des données de fonctionner et de donner des choses à afficher aux vues. C'est une solution temporaire puisque d'après ce que j'ai compris, le menu actuel est amené à bouger ou disparaître
- Les dernières modifications sur la branche `feature-c/prototype2` portent sur le problème décrit ici en commentaire et sur 2d446f4d4. Les choses à surveiller à ce sujet sont les accès au DOM dans les `init`, `update`, `resize`, et certaines réactions d'affichage entre les vues (par exemple le highlight des clones entre la liste, le scatterplot et le graphe).
Les commits liés à l'implémentation du booléen `vmi.View.on`, càd l'autre solution, ont été annulés sur cette branche mais sont toujours accessibles dans `feature-c/prototype-vmi_View_on` si besoin
- Les emplacements (`parentId`) donnés dans les appels à `vmi.View` sont "arbitraires", et correspondent à l'interface actuelle, ils pourront changer
- Une fonctionnalité intéressante, une fois l'intégration de vmi au point, serait de pouvoir stocker les choix d'affichage comme "préférences utilisateur"
- Avancement au moment d'écrire ces notes : les vues apparaissent dans le bon panel, mais leur contenu n'est pas encore opérationnel, le blocage semble venir de la récupération des données (voir les erreurs en console au chargement)
Je crois que l'essentiel y est, j'éditerai si d'autres choses me reviennent. Par ailleurs, je me tiens à votre disposition ici ou par mail, si certains points concernant vmi restent obscurs notamment, ou pour toute autre chose !Web 2018.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2545Documenter vmi.js et vmi_mocker.js2023-03-01T15:39:01+01:00Mathieu GiraudDocumenter vmi.js et vmi_mocker.js2017-06-30https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2546Comment retravailler sur vmi indépendamment de Vidjil ?2023-06-29T10:47:37+02:00Mathieu GiraudComment retravailler sur vmi indépendamment de Vidjil ?Le `index2.html` contient désormais Vidjil, comment travailler sur `vmi.js` sans avoir Vidjil dedans ?Le `index2.html` contient désormais Vidjil, comment travailler sur `vmi.js` sans avoir Vidjil dedans ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2547Générer des QR-codes pour les URLs2017-12-04T08:19:04+01:00Mathieu GiraudGénérer des QR-codes pour les URLsUtilisations possibles
- Côté recherche ou com, sur présentations/posters/pubs...
- Côté clinique, sur les rapports patients imprimés
Faire d'abord #2095.
Utilisations possibles
- Côté recherche ou com, sur présentations/posters/pubs...
- Côté clinique, sur les rapports patients imprimés
Faire d'abord #2095.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2548Il manque le premier et dernier axe dans le mod_bar (notament le preset 4)2023-06-29T10:04:03+02:00Thonier FlorianIl manque le premier et dernier axe dans le mod_bar (notament le preset 4)Suite à la correction du bug #2540. @mikael-s c'est aperçu d'un bug:
>En testant sur l'environnement de review j'ai l'impression qu'il manque le premier label (et la ligne correspondante) pour le preset 4 (par exemple) : http://feature-...Suite à la correction du bug #2540. @mikael-s c'est aperçu d'un bug:
>En testant sur l'environnement de review j'ai l'impression qu'il manque le premier label (et la ligne correspondante) pour le preset 4 (par exemple) : http://feature-c-2540-axe-preset-concensus-length.ci.vidjil.org/?data=analysis-example.vidjil
@flothoni
>En effet, il semble manqué l'axe avec une valeur à 0.
Cependant, en remontant pour faire un bisect, je ne trouve pas dans les releases de situation ou ça marche.
Pour rappel, la configuration du preset 4 est `clone average length` par `size`, en représentation `mode_bar`.
C'est d'ailleurs ce dernier point qui pose problème. Quelque soit le preset, dès qu'il s'agit d'un mode bar, j'ai le bug.
Au passage, @mikael-s et @RyanHerb me disait hier qu'il n'avait pas le bug sur certaines release. J'ai pensé à reloader mon cache, mais ça ne marche pas plus. Etiez-vous bien en mode bar ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1443ajouter les tests fonctionnels dans make release_browser2017-11-18T12:29:30+01:00Vidjil Teamajouter les tests fonctionnels dans make release_browseril faut au moins doc/analysis_example... (à mettre plutôt dans data ?)
***
@nobodyil faut au moins doc/analysis_example... (à mettre plutôt dans data ?)
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2113Moteur physique : on peut bloquer un petit clone derrière un ensemble de gros...2021-11-08T16:13:30+01:00Mathieu GiraudMoteur physique : on peut bloquer un petit clone derrière un ensemble de gros cloneshttp://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4022&config=35
Plot x `by productivity`, color `by productivity`. Prendre un petit clone vert et le mettre à gauche du gros clone rose. Il peut tenir chez moi (facilement) à la mauvaise...http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4022&config=35
Plot x `by productivity`, color `by productivity`. Prendre un petit clone vert et le mettre à gauche du gros clone rose. Il peut tenir chez moi (facilement) à la mauvaise place. Je m'en suis rendu compte car, en changeant des axes, cette situation est arrivée toute seule.
![bloc](/uploads/e4641c8043323d1bb547783209fea946/bloc.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2218On ne peut plus changer le mode du scatterplot2017-07-05T09:15:55+02:00Mathieu GiraudOn ne peut plus changer le mode du scatterplot@aurelBZH :
> j'allais mettre une issue mais vous l'avez déja vu
Merci de le signaler : non, j’ai appris cela en voyant ton commentaire :-) Et même si je le savais, quand il y a un soucis… on ouvre une issue.
> il y a un souci au nive...@aurelBZH :
> j'allais mettre une issue mais vous l'avez déja vu
Merci de le signaler : non, j’ai appris cela en voyant ton commentaire :-) Et même si je le savais, quand il y a un soucis… on ouvre une issue.
> il y a un souci au niveau de la mise en place de mode_bar mode_grid on ne peut plus modifier l'affichage du graph.
Je corrige cela, le problème venait effectivement de ae59e50a
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1915Graîne pour xxx2020-08-27T12:47:39+02:00Vidjil TeamGraîne pour xxxLa graîne utilisé pour xxx est plus courte que pour d'autres locus (IGH, TRA, TRB, IGH+, TRA+D, TRD+), du coup une séquence ne passant pas dans un locus normal (à cause d'erreurs ou hypermutations) pourrait passer en xxx alors que la rec...La graîne utilisé pour xxx est plus courte que pour d'autres locus (IGH, TRA, TRB, IGH+, TRA+D, TRD+), du coup une séquence ne passant pas dans un locus normal (à cause d'erreurs ou hypermutations) pourrait passer en xxx alors que la recombinaison n'a rien d'extraordinaire. Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=1655&config=25
***
Bien vu. Je me demandais ce que faisait ces séquences.
Que doit-on faire ?
1) allonger la graine de xxx (ou les seuils de e-valeur) pour ne plus avoir cela
2) interdire que xxx retourne un V/J d'un autre locus
3) ou... "sauver" ces séquences et les remettre (même dans le C++) dans le locus d'origine. **Si** on a confiance dans nos calculs d'e-valeur, ce serait la bonne chose à faire : une séquence xxx qui passe est pertinente.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2101L'ensemble des clones est situé à l'origine sur l'axe X du graphique lorsqu'u...2017-07-05T09:15:55+02:00Thonier FlorianL'ensemble des clones est situé à l'origine sur l'axe X du graphique lorsqu'un fichier est réuploadé/suppriméMessage d' Aurélie CAILLAULT VENET qui vient d'avoir un bug d'affichage.
![bug_affichage](/uploads/1d0c81fda0d31ec79bf379e540a14da8/bug_affichage.png)
Je viens de chercher la source de l'erreur.
Celle-ci semble être dû a des erreu...Message d' Aurélie CAILLAULT VENET qui vient d'avoir un bug d'affichage.
![bug_affichage](/uploads/1d0c81fda0d31ec79bf379e540a14da8/bug_affichage.png)
Je viens de chercher la source de l'erreur.
Celle-ci semble être dû a des erreurs de calcul de d3js dans la position X sur l'axe des abscisses.
Elle n'existe pas à partir des fichier vidjil, ni en local, ni sur le serveur lui-même, qu'importe la branche.
J'ai trouvé une méthode pour corriger le graph et voir apparaitre celui-ci, mais c'est pas possible de la donner à nos utilisateurs. Il faut faire un drag&drop d'un point et le mettre dans l'espace de rangement sur le côté. Ainsi, les dates sont recalculées et les samples retrouvent bien leurs position.
Pour ce qui est la source de l'erreur, je crois l'avoir trouvée aussi.
Il me semble que l'un des échantillion n'a pas de timestamps renseigné pour le run (valeur "deleted" dans le m.sample.timestamp).
Je ne sais pas d'où sort cette valeur. Elle ne sont présentent nul part dans le fichier vidjil. A la place on a les dates de création des fichiers sur le serveur. Elle est retournée par le serveur non ?
Ceci expliquerait pourquoi à l'update de l'axe, qui ne fait lui pas appel au serveur, il retourne une valeur Nan pour ce point et passe outre.
Après, je suis incapable de savoir pourquoi côté serveur nous avons une données erroné qui est retournée.
Quid si un utilisateurs rentre un champs au format date incorrect ? C'est verifié avant validation ? Il peut en laisser un non rempli ?
Sûrement lié à #1220 ?
Je retourne chercher du côté de server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py. Je pense que k'erreur vient de là.
En attendant, comme le process est déjà etabli, il faut certainement qu'Aurélie lance de nouveau l'analyse du run, et en modifie les champs de date. Cependant, a-t-elle encore la main pour modifier après coup les données d'un "run". En impersonnate, je ne le vois pas.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1647Surveiller périodiquement les erreurs / tickets sur le serveur + nettoyer2024-01-19T18:42:33+01:00Vidjil TeamSurveiller périodiquement les erreurs / tickets sur le serveur + nettoyerJe viens de faire une passe sur les tickets de juin 2015. J'ai supprimé tous les tickets qui me semblent être résolus (ou au moins pour lesquels il y a un message d'erreur maintenant plus explicite, qui sera en log.error()) et donc qui a...Je viens de faire une passe sur les tickets de juin 2015. J'ai supprimé tous les tickets qui me semblent être résolus (ou au moins pour lesquels il y a un message d'erreur maintenant plus explicite, qui sera en log.error()) et donc qui apparaitront dans le log et non pas en erreur serveur.
On devrait le faire peut-être plus systématiquement :-)
***
Fait aussi manuellement pour mai, et pour 15-30 avril. -> depuis le 15 avril, il reste moins de 10 tickets sans explication
En passant, je suis tombé sur *beaucoup* d'erreurs venant directement de nos tests (moi y compris). Quand on n'est pas propre et qu'on provoque des erreurs sur le serveur (hum...)... on doit ensuite effacer sa forfaiture dans les erreurs :-)
Pour les trucs plus vieux, j'ai tout simplement... supprimé. Rien ne sert d'avoir des tickets si on ne les regarde pas, et cela gène la "vue par exception" si on a des vieux trucs qui n'arrivent pas.
***
Pas beaucoup d'erreurs en oct/nov 2015.
Juste "patients.py: can't compare datetime.date to NoneType" qui revient de temps en temps.
***
Ormis les erreurs de taille de fichier, ou d'indispo de BDD, les erreurs qui semblent revenir sont:
Une (ou des) délétion(s) de patients qui n'existent pas (=> mettre un controle)
can't compare datetime.date to NoneType
***
merci Ryan d'avoir regardé cela !
***
De rien. Je n'ai pas encore nettoyé les tickets car je ne savais pas si quelqu'un voudrait faire une passe dessus :)
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @DuezRyan HerbertRyan Herbert2024-03-01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1645.segEdited dans model_loader:4422021-11-08T16:14:57+01:00Vidjil Team.segEdited dans model_loader:442On en a parlé vendredi matin: vérifier si la ligne 442 de model_loader est correcte
(récupère avant de modifier, j'ai renommé .manuallyChanged)
***
Tu as aussi modifier les "this.m..."
Il y a une raison ?
Perso, je les ai mises pour po...On en a parlé vendredi matin: vérifier si la ligne 442 de model_loader est correcte
(récupère avant de modifier, j'ai renommé .manuallyChanged)
***
Tu as aussi modifier les "this.m..."
Il y a une raison ?
Perso, je les ai mises pour pouvoir faire les tests. Ceux-ci ne marche plus si retirés (le clone n'as pas accès au model autrement dans les tests - mais pas lors d'une exécution direct au sein d'un navigateur)
***
Euh... je ne vois pas de quoi tu parles, désolé. Peux-tu me dire un numéro de commit et/ou de ligne ?
Évidemment, si j'ai changé quelque chose d'utile pour toi, tu peux le remettre.
***
"this.m.analysisHasChanged = true", devenu just "m.analysisHasChanged = true", ligne 572 et 625 de clone.js.
Ca doit être une erreur donc.
Je remet dans ce cas.
***
Euh... c'est toi qui as changé ces lignes en dernier, je pense :-)
git show f17b97e8
git blame clone.js
(d'où l'intérêt de bien faire les messages de commit pour expliquer)
***
hum, ça doit venir des mes mauvais commit/ push de la semaine dernière. En local j'avais les bons fichier, et git m'a proposé de mergé lors de mon pull.
Autant pour moi
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2021Sauvegarde de l'analyse ne fonctionne pas2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamSauvegarde de l'analyse ne fonctionne pasNotification mise ;)
Je suis dessus pour ~40min
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Notification mise ;)
Je suis dessus pour ~40min
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Sur dev.vidjil.org, j'ai modifié un self.m.samples.ids en self.m.samples.id dans databse.js, ligne 720 et ça fonctionne.
Mais ce n'es...Notification mise ;)
Je suis dessus pour ~40min
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Notification mise ;)
Je suis dessus pour ~40min
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Sur dev.vidjil.org, j'ai modifié un self.m.samples.ids en self.m.samples.id dans databse.js, ligne 720 et ça fonctionne.
Mais ce n'est pas une ligne modifiée récemment, donc ce n'est pas ça qui doit causer la nouveauté du problème.
Je n'arrive pas à trouver où ces ID sont définis dans le .js ni si quelquechose a récemment été modifié dans ce sens. Marc, Ryan une idée ?
Je ne suis plus dessus, vous avez la main ;)
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Sur dev.vidjil.org, j'ai modifié un self.m.samples.ids en self.m.samples.id dans databse.js, ligne 720 et ça fonctionne.
Mais ce n'est pas une ligne modifiée récemment, donc ce n'est pas ça qui doit causer la nouveauté du problème.
Je n'arrive pas à trouver où ces ID sont définis dans le .js ni si quelquechose a récemment été modifié dans ce sens. Marc, Ryan une idée ?
Je ne suis plus dessus, vous avez la main ;)
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C'est bien cette modification qui allait bien. Ou du moins c'était la plus simple. Le code de get_data (default.py) avec changé en octobre, donc quand j'ai mis prod-server à jour avec dev, le save_analysis. J'aurais pu remettre le bon champ "ids" dans le get_data mais il y avait plus de lignes à changer (au moins le double !).
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1609Revoir la liste dans germline.js2021-11-08T16:16:22+01:00Vidjil TeamRevoir la liste dans germline.jsApparitions impromptues de différents TRD dans d'autres germlines.
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Merci Florian pour la tâche :)
N'hésite pas à nous mettre en followers au moins. Ça nous permet d'être au courant de la création de la tâche et de son évolution.
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...Apparitions impromptues de différents TRD dans d'autres germlines.
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Merci Florian pour la tâche :)
N'hésite pas à nous mettre en followers au moins. Ça nous permet d'être au courant de la création de la tâche et de son évolution.
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@nobody @mikael-s @Duez @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2000Lorsque le run est mal renseigné, ne pas permettre la soumission du formulaire2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamLorsque le run est mal renseigné, ne pas permettre la soumission du formulaireLors de l'ajout d'un fichier, si on ajoute un run qui n'existe pas, il est coloré en rouge mais on peut soumettre le formulaire, ce qui génère ensuite une boite de dialogue disant : « [object Object] error INTERNAL SERVER ERROR », ce qui...Lors de l'ajout d'un fichier, si on ajoute un run qui n'existe pas, il est coloré en rouge mais on peut soumettre le formulaire, ce qui génère ensuite une boite de dialogue disant : « [object Object] error INTERNAL SERVER ERROR », ce qui n'est pas très parlant.
J'imagine que du côté client il y a moyen de contrôler que les champs run et patient sont remplis avec des données correctes.
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Hotfix prête, déployée sur dev.
Pas encore poussée sur prod-server
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1164test.data : faire un nouveau fichier2021-11-08T16:18:36+01:00Vidjil Teamtest.data : faire un nouveau fichierMessages d'erreur de la console Chromium :
GET http://vidjil.local/js/lib/jquery.min.map 404 (Not Found) /js/lib/jquery.min.map:1
Uncaught TypeError: Cannot read property 'selectAll' of undefined graph.js:331
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Mikaël, est-ce toujou...Messages d'erreur de la console Chromium :
GET http://vidjil.local/js/lib/jquery.min.map 404 (Not Found) /js/lib/jquery.min.map:1
Uncaught TypeError: Cannot read property 'selectAll' of undefined graph.js:331
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Mikaël, est-ce toujours confirmé ?
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Oui et non. Le fichier test.data a été supprimé par 284c296 (hum) ce qui m'empêche de vérifier. Ce qui empêche aussi de lancer les tests browser…
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aïe, désolé... cela ne se produira plus lorsque les tests browsers seront intégrés :)
Sur rbx, il y a maintenant demo/LIL-L2.vidjil (quand je l'avais mis, c'était pour avoir aussi le nouveau format).
Ok pour remettre cela sur le git... autant faire directement la tache "avoir un meilleur fichier de démo"
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Fichier de test ≠ Fichier démo, non ? Pourquoi les deux devraient être identiques ? Les tests navigateurs de Marc ont été faits pour (l'ancien) test.data si on utilise d'autres données les concentrations, couleurs, séquences ne seront plus les mêmes et casseront du coup les tests.
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ah oui. Et bien tu peux essayer un "git revert 284c296"... mais le fichier n'est plus reconnu, le format n'est pas le bon.
Faut-il essayer de le réparer ? Ou de le reprendre d'ailleurs (est-ce LIL-L2 ?)
Ou bien d'en choisir un autre, quitte à remettre certaines valeurs ?
(Si test ≠ démo, le fichier test pourrait être plus petit et truandé à la main pour avoir tous les cas bizarres que l'on veut)
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(Le fichier demo sur rbx est bien différent de l'ancien test.data)
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je peux être volontaire pour remettre les bonnes valeurs numériques si on prend un nouveau fichier propre
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- multisystème (dont un incomplet)
- plusieurs clones (tester cluster)
- plusieurs points
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1956Fuse sur les runs ne fusionne pas tout (?)2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamFuse sur les runs ne fusionne pas tout (?)Aurélie vient de mettre un run sur le serveur avec 11 fichiers. Elle a lancé VIdjil sur chacun d'eux mais le fuse n'en affiche que 2 : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=9594&config=25
J'ai relancé un Vidjil me disant qu'il s'a...Aurélie vient de mettre un run sur le serveur avec 11 fichiers. Elle a lancé VIdjil sur chacun d'eux mais le fuse n'en affiche que 2 : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=9594&config=25
J'ai relancé un Vidjil me disant qu'il s'agissait peut-être juste d'un problème de concurrence entre les fuse. Mais cela ne change rien.
Quand on regarde le log du process, on se rend compte que le fuse a été lancé trois fois avec le même fichier de sortie mais avec des fichiers d'entrée différents. Pourquoi ?
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http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=9594&config=25
ok, mais Mikaël voit dans le log du fuse que le fuse est appelé 3x... en écrasant le même fichier
Output log in /mnt/result/tmp/out-010485//010485.fuse.log
Juste pour la tracabilité.
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993a8aa
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1948Base de données remplie avec des scheduler_task et scheduler_run2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamBase de données remplie avec des scheduler_task et scheduler_runIl y a une semaine, le 17 juin, il y avait environ 8 000 scheduler_task dans la BD. Aujourd'hui (24/06) il y en a environ 93 000. À raison d'environ 90 000 par semaine la BD risque de s'alourdir rapidement.
À quoi est-ce dû ?
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Un cert...Il y a une semaine, le 17 juin, il y avait environ 8 000 scheduler_task dans la BD. Aujourd'hui (24/06) il y en a environ 93 000. À raison d'environ 90 000 par semaine la BD risque de s'alourdir rapidement.
À quoi est-ce dû ?
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Un certain nombre de pre_process... J'imagine que cela vient des pre_process reprogrammés par task.py ?
Au passage, veut-on tout garder les scheduler_task et scheduler_run ? Effacer, au moins pour les pre_process / ou bien au moins pour les vieux trucs ? (on veut les log)
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Non pas du tout. Ce sont des vidjil. Pour les id > 10000, il y a 82000 vidjil ((db.scheduler_task.id>10000) & (db.scheduler_task.task_name =='vidjil'))
Cela semble etre des vidjil relancés car en attente de la fin du pre-process.
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ok. Il faudrait donc supprimer ces tâches "vidjil" dans la db, pour qu'il n'y ait que la dernière qui soit enregistrée.
task.py:161, est-ce qu'on pourrait mettre autre chose qu'un "return SUCCESS" et supprimer ces tâches ?
Ou bien utiliser "repeats" + "period" lors du queue_task, et de ne pas relancer de tâche (mais mettre à jour le "repeats" à la bonne valeur quand le vidjil est finalement lancé) ? Ou bien quelque chose avec "retry_failed"
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Aïe, avec un "repeats", cela créerait quand même plein d'objets scheduler_run...
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Ça continue encore (probablement les 24 QUEUED qui sont là depuis le problème de Myriam). On a environ 1600 entrées par jour dans scheduler_run qui annoncent « still pending ».
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J'ai supprimé les runs et les task associés. J'ai backup la bdd avant de faire quoi que ce soit, donc si j'ai fait des bétises on peut revert.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1836VidjilFieldExtractor, extract : positions 5/4/32020-12-04T12:07:46+01:00Vidjil TeamVidjilFieldExtractor, extract : positions 5/4/3pos.put("5start", 0);
pos.put("5end", 10);
pos.put("4start", 11);
...
→ récupérer les bonnes valeurs.
Peut-être un truc dans VDJCAHit.
.getPosition(ReferencePoint.JBeginTrimmed) ?
Pas facile, demande à...pos.put("5start", 0);
pos.put("5end", 10);
pos.put("4start", 11);
...
→ récupérer les bonnes valeurs.
Peut-être un truc dans VDJCAHit.
.getPosition(ReferencePoint.JBeginTrimmed) ?
Pas facile, demande à comprendre plein d'objets.
Proposition : on demandera à M. Shugay.
Pour l’instant, *commenter ces pos.put* pour ne pas mettre de fausses infos.
***
Mikaël: JBeginTrimmed ne donne pas les délétions du J, mais le début du J, comme 167.
Mais bon, on pourrait le mettre dans un
"J": { "start": 167 } (pas besoin de stop).
Voir https://mixcr.readthedocs.org/en/latest/export.html#default-anchor-point-positions
***
Pour avoir directement les délétions fin V / début J :
https://mixcr.readthedocs.org/en/latest/appendix.html#alignment-and-mutations-encoding
... mais bon, longueurs curieuses. Si déjà on a les JBeginTrimmed / VEndTrimmed ce sera pas mal.
***
Pas sûr que j'ai bien compris la demande quant au JBeginTrimmed / VEndTrimmed.
ces valeurs sont actuellement insérées en utilisant le SequencePartitioning sous le nom 3start / 5end (pour correspondre avec la sortie de Vidjil)
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Vu avec Ryan, on s'est bien compris maintenant :)
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1931Pre-process is still pending, re-schedule2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamPre-process is still pending, re-scheduleToute la nuit, un (des ?) pre-process ont été re-schédulés : cf. la table db.scheduler_run de dev.vidjil.org (https://dev.vidjil.org/vidjil/appadmin/select/db). Donc ça a l'air de tourner en boucle. Ça me semble bloquant avant de mettre ...Toute la nuit, un (des ?) pre-process ont été re-schédulés : cf. la table db.scheduler_run de dev.vidjil.org (https://dev.vidjil.org/vidjil/appadmin/select/db). Donc ça a l'air de tourner en boucle. Ça me semble bloquant avant de mettre cela en prod.
***
Mikaël, tu confirmes qu'il n'y a plus de problème ?
***
apparemment
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soyons généreux alors, fermons les tâches :-)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1771FineSegmenter et xxx en +/-, comme pour les Vk-Vk2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamFineSegmenter et xxx en +/-, comme pour les Vk-VkLe FineSegmenter ne fonctionne pas encore sur les Vk-Vk de Nordine.
Le KmerSegmenter fonctionne bien, puis Germline::override_rep5_rep3_from_labels
positionne rep5 et rep3 tous les deux sur IGKV.fa
mais... Le deuxième V est sur le brin...Le FineSegmenter ne fonctionne pas encore sur les Vk-Vk de Nordine.
Le KmerSegmenter fonctionne bien, puis Germline::override_rep5_rep3_from_labels
positionne rep5 et rep3 tous les deux sur IGKV.fa
mais... Le deuxième V est sur le brin négatif, et pour l'instant on ne fait pas cela : le FineSegmenter est lancé en + sur l'ensemble, puis en - sur l'ensemble, pas en mélangé. En général, le FineSegmenter est incapable de segmenter un +V -J ou un -V +J. (tant mieux ?). Bref, sur les données de Nordine, le premier Vk est trouvé, pas le deuxième.
Solutions possibles:
1. Tester les 4 combinaisons dans le FineSegmenter, au moins quand on a xxx (et en profiter pour faire cela de manière plus générique qu'actuellement, il y a du code dupliqué pour le +/-)
2. Faire un Germline::override_rep5_rep3_from_labels qui prend en compte le strand (et donc reconstruit un rep3 renversé si les labels ne sont pas dans le même sens). Cela irait au bout de la logique du "xxx" avec détection d'une partie gauche et droite, en sortie du KmerSegmenter on a bien cette info de strand.
3. (Ou sinon, juste pour le Vk-Vk, faire une germline spéciale où il ne fait pas le revcomp. Bofbof.)
***
1. : Non, finalement ce n'est pas la logique du "xxx", on connait les strands, on ne va pas tester les 4 combinaisons (mais il faudrait tout de même un jour nettoyer le code dupliqué)
2: Mvoui, mais attention à ne pas recréer un rep3 renversé pour chaque séquence. Un peu lourd...
... mieux, 4: mettre juste un flag "opposite_strand" dans la germline, et le faire prendre en compte par le FineSegmenter. Ce serait plus simple et relativement propre, car le FineSegmenter utilise déjà des flags pour passer en revcomp. Mvouais, pas si facile...
dans tous les cas, factoriser le doublon dans segmenter.cpp:723-763 aiderait à faire la solution 4 (ou la solution 1).
Tentant... il va falloir que je me contrôle pour ne pas faire cela avant d'avoir envoyé mon HdR (arg, 10 jours).
***
à faire avant visite de Mathieu à Amiens, le lundi 8.
Lien avec VDDJ ?
***
8d25f55
***
Au final, doublon dans le code supprimé, et flags (reverted_V et reverted_J) passés depuis le KmerSegmenter MAX_12 vers le FineSegmented.
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Yououh : https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-benchmark/FILENAME=data%7dStanford_S22.fasta,GERMLINE=-G%20germline%7dIGH,label=bonsai-debian-wheezy-amd64/plot/
40% faster on IGH :-)
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Ouaouh ! Vive le CERNA :)
Juste pour chipoter, il vaut mieux regarder ce graphique-là https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-benchmark/FILENAME=testPr1.fastq.gz,GERMLINE=-G%20germline%7DIGH,label=bonsai-debian-wheezy-amd64/plot/ (ça baisse aussi)
Il y a très peu de clones détectés sur le jeu Stanford, et donc peu de clones passent à la FineSegmentation
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Oui, j'étais emporté par mon enthousiasme et je me disais bien que c'était le meilleur chiffre. Bref, entre 20% et 40% suivant les cas :-)
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@magiraud @mikael-s