vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-01-17T15:38:29+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3512Export FASTA sur des séquences unexpected2019-01-17T15:38:29+01:00Mikaël SalsonExport FASTA sur des séquences unexpectedCela provoque une erreur Javascript
```
TypeError: this.germline[germName] is undefined
```Cela provoque une erreur Javascript
```
TypeError: this.germline[germName] is undefined
```Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3491Numerotation samples lors de l'ajout2018-10-01T16:19:56+02:00Anne de SeptenvilleNumerotation samples lors de l'ajoutJe veux ajouter les patients de mon run (dans un run nouvellement créé).
Si je supprime un sample, sa ligne disparait, mais les numéro des autres samples ne sont pas mis à jour.
En revanche si j'ajoute un nouveau sample par la suite, cel...Je veux ajouter les patients de mon run (dans un run nouvellement créé).
Si je supprime un sample, sa ligne disparait, mais les numéro des autres samples ne sont pas mis à jour.
En revanche si j'ajoute un nouveau sample par la suite, celui-ci prend en compte la suppression.
Pour les 2 samples qui ont le même numéro, je peux leur choisir des fastq différents, mettre des informations différentes, mais pas les associer à des patients/sets/runs différents dans le dernier champ de la ligne. Quand je clique dans le champ du 2e sample, cela fait revenir le pointeur dans la case du 1er sample.
![Sample_list](/uploads/a177762ce4e44368ba6f7c120f4a9cf6/Sample_list.png)
Visiblement si la numérotation n'est pas correcte, une fenêtre "error" s'ouvre et l'import ne se fait pas.
(c'est bête vu le temps que j'ai passé à remplir toutes les lignes !!)
J'ai supprimé toutes les lignes mal numérotées (à partir du sample 6 pour mon run) et redemandé l'import -> cette fois les fastq sont bien importés. Mais j'ai 5 samples "fantômes" qui sont apparus dans le run. Je les ai supprimé mais le merge des R1 et R2 semble toujours en pause...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3489L'édition d'un sample le retire du run2018-11-07T15:56:38+01:00Mikaël SalsonL'édition d'un sample le retire du runMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothoniMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3488Décalage de la séquence du CDR3 et de la jonction dans la fenêtre info2019-05-23T14:41:02+02:00Mikaël SalsonDécalage de la séquence du CDR3 et de la jonction dans la fenêtre infoDans #3333 j'avais un doute sur le fait que le CDR3 était souligné correctement. Et je viens d'être encore pris du même doute. En fait c'est à cause de la fenêtre info qui indique un `cdr3` et une `junction` dont la séquence me semble dé...Dans #3333 j'avais un doute sur le fait que le CDR3 était souligné correctement. Et je viens d'être encore pris du même doute. En fait c'est à cause de la fenêtre info qui indique un `cdr3` et une `junction` dont la séquence me semble décalée d'un nucléotide (elle commence un nucléotide trop tôt).
Par exemple ici : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32&clone=1,33
La jonction commence à TGTGCA (d'après IMGT et d'après notre soulignement) mais notre séquence, dans la fenêtre info, débute à **C**TGTGCA.
Dans le JSON on a les séquences en AA mais pas en nt. Donc ces séquences doivent être extraites avec une erreur de positionnement.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3472L'image docker pose des soucis sur l'accès des configurations2018-12-20T17:45:44+01:00Thonier FlorianL'image docker pose des soucis sur l'accès des configurationsEn testant l'installation par docker, je me rends compte que les utilisateurs n'ont accès ni aux configurations ni au preprocess si l'accès ne leur a pas été *spécifiquement fourni* en tant qu'user.
Cela signifie que le configurations ...En testant l'installation par docker, je me rends compte que les utilisateurs n'ont accès ni aux configurations ni au preprocess si l'accès ne leur a pas été *spécifiquement fourni* en tant qu'user.
Cela signifie que le configurations `public` ne sont pas accessibles.
Je ne sais pas si il s'agit d'un bug car j'installe avec des erreurs ou bien si c'est la dernière image qui est buggé. A noter que l'installation par docker au Brésil présente la même anomalie.
cc @RyanHerb ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3434mauvais tri dans les labels des axes2019-01-10T14:11:27+01:00Thonier Florianmauvais tri dans les labels des axes![Screenshot_20180808_155855](/uploads/6c8c63cb556df87930e2501d8726b45c/Screenshot_20180808_155855.png)
lien : [ici](https://app.vidjil.org/browser/?set=28538&config=25&plot=averageLength,size,bar); prendre le preset 4
En cherchant a ...![Screenshot_20180808_155855](/uploads/6c8c63cb556df87930e2501d8726b45c/Screenshot_20180808_155855.png)
lien : [ici](https://app.vidjil.org/browser/?set=28538&config=25&plot=averageLength,size,bar); prendre le preset 4
En cherchant a corriger un bug lors de la sélection par les axes X, je m'aperçois d'un second bug sur la position des axes.
Le bug est issue d'une correction que j'ai faite l'an dernier qui à introduit un tri sur un tableau de nombre... qui étaient déjà transformés en string pour l'affichage.
Je suis en train de corriger ça;Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3426Le coverage et average_read_length semble plus bas avec la nouvelle version d...2018-08-07T11:03:44+02:00Thonier FlorianLe coverage et average_read_length semble plus bas avec la nouvelle version de l'agloJ'ai observé ce qui semble être une régression depuis la nouvelle version de l'algo sur le set suivant: https://app.vidjil.org/?set=28385&config=25
Lors du lancement de cette analyse par le nouvel algo sur le serveur (`vidjil-algo 2018....J'ai observé ce qui semble être une régression depuis la nouvelle version de l'algo sur le set suivant: https://app.vidjil.org/?set=28385&config=25
Lors du lancement de cette analyse par le nouvel algo sur le serveur (`vidjil-algo 2018.07.2`), nous observons qu'il y a beaucoup de clones dans le top qui sont non segmentés, ou plutôt pour lesquels la longueur moyenne est très courte (<100 nt) et donc l'assignation ne montre aucun segments.
D'un autre côté, j'ai voulu tester en local en changeant quelques paramètres. J'ai lancé ça sur une ancienne version de l'algo que j'avais sur mon pc : "vidjil-algo dev 6eb6527f (2018-07-11)"
Dans ce cas, il n'y a pas de problème. les clones font une taille largement supérieurs à 100nt et sont donc correctement segmentés.
En regardant quelques chiffres, on se rend compte que le nombre de clones segment passe de 50k à 60k (sur 61k).
En regardant plus près dans le jeu de données, il semblerait que lors du nouvelle algo, on clusterise de nombreuses séquences variant par des stretch de A. Du coup, lors du calcul du coverage,
Je n'ai pas encore isolé la raison de cette erreur. J'ai pas mal galéré hier avec une autre erreur.
|algo|version|arguments|
|----|-----|----|
|multi+inc+xxx| vidjil-algo 2018.07.2|-c clones -3 -z 100 -r 1 -g germline/homo-sapiens.g -e 1 -2 -d -w 50|
|next algo| vidjil-algo 2018.07.2|next -c clones -3 -z 100 -r 1 -g germline/homo-sapiens.g -e 1 -2 -d -w 50|
|local| "vidjil-algo dev 6eb6527f (2018-07-11)"| -g germline/homo-sapiens.g |
Premièrement, algo et algo next renvoient à la même release.
Le souci que j'ai, c'est que je n'arrive pas a reproduire à coup sûr ce comportement sur mon pc local. J'ai testé avec diverse versions de l'algo (plus anciennes), et un coup ça marche, un coup non. JE continue mes recherches pour comprendre.
J'ai déposé le fichier sur un nouveau patient pour faire des tests : patient 28538https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3418Menu plot : au delà d'un certain rang l'axe montré comme sélectionné n'est pa...2018-08-07T10:31:04+02:00Mikaël SalsonMenu plot : au delà d'un certain rang l'axe montré comme sélectionné n'est pas le bonAller dans le menu plot, pour l'axe des x (ou des y) choisir *tag*. C'est bien celui-ci qui est affiché mais dans le menu ce n'est pas celui-ci qui est montré comme sélectionné. Le problème est le même pour toutes les entrées suivantes d...Aller dans le menu plot, pour l'axe des x (ou des y) choisir *tag*. C'est bien celui-ci qui est affiché mais dans le menu ce n'est pas celui-ci qui est montré comme sélectionné. Le problème est le même pour toutes les entrées suivantes du menuhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3417Avec les nouvelles germlines, l'export FASTA ne fonctionne plus2018-07-24T15:57:13+02:00Mikaël SalsonAvec les nouvelles germlines, l'export FASTA ne fonctionne pluscf. les tests fonctionnels : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/143530cf. les tests fonctionnels : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/143530https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3416Le fenêtre info ne s'ouvre pas2018-07-25T16:20:32+02:00Mikaël SalsonLe fenêtre info ne s'ouvre pasMail du 24/07/2018 11:38 :
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Nous avons un souci avec l'analyse de notre dernière série de patients : lorsqu'on clique sur le i permettant habituellement d'accéder aux infos des reads analysés pour l'échantillon considéré, rien ne s'ou...Mail du 24/07/2018 11:38 :
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Nous avons un souci avec l'analyse de notre dernière série de patients : lorsqu'on clique sur le i permettant habituellement d'accéder aux infos des reads analysés pour l'échantillon considéré, rien ne s'ouvre, comme si le lien était cassé, il n'est d'ailleurs pas grisé (sceenshot en PJ).
ça fonctionne bien en revanche pour d'anciennes séries de patients précédemment analysées, donc ça ne peut pas venir de nos navigateurs.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3404Aho : segmentation en xxx au lieu de IGH VDJ2018-07-19T19:50:01+02:00Mikaël SalsonAho : segmentation en xxx au lieu de IGH VDJMais le plus drôle c'est que le unexpected qui est sorti est du… IGHV+/IGHJ+ !
C'est sur la séquence : should-vdj-tests/7038-long-deletions.should-vdj.fa
On a des e-valeurs plus basses à la fois pour le V et pour le J en `xxx` (10^-89 ...Mais le plus drôle c'est que le unexpected qui est sorti est du… IGHV+/IGHJ+ !
C'est sur la séquence : should-vdj-tests/7038-long-deletions.should-vdj.fa
On a des e-valeurs plus basses à la fois pour le V et pour le J en `xxx` (10^-89 et 10^-32 contre 10^84 et 10^-23). C'est douteux.
Voici les affectations :
IGH
```
seed IGH SEG_+ 1.099395e-23 9.613435e-84/1.099395e-23 _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+H _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _+H _ _ _ _ _ _+H _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _+H _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
xxx
```
seed unexpected SEG_+ 3.237259e-32 1.203927e-89/3.237259e-32 _ _-L+B _ _ _ _ _-B _ _ _ _ _ _ _-L _ _ _ _ _ _ _ _ _+H _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _+H _ _ _ _ _ _+H _ _ _ _ _+L+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _+H _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h+h+h _ _ _+L _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3373Des erreurs dans certains fichiers de germline2018-07-13T14:15:11+02:00Mikaël SalsonDes erreurs dans certains fichiers de germlineLors de la dernière release des germlines des erreurs ont été enregistrées dans les fichiers germlines `rattus-norvegicus/IGHD+up.fa` et `rattus-norvegicus/IGHJ+down.fa` :
```
Error: CEFetchPApplication::proxy_stream(): Failed to unders...Lors de la dernière release des germlines des erreurs ont été enregistrées dans les fichiers germlines `rattus-norvegicus/IGHD+up.fa` et `rattus-norvegicus/IGHJ+down.fa` :
```
Error: CEFetchPApplication::proxy_stream(): Failed to understand id: RatNor_6_chr6
```Algo 2018.08Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3372Différences entre les séquences d'IMGT et celles récupérées en utilisant leur...2018-07-13T14:15:10+02:00Mikaël SalsonDifférences entre les séquences d'IMGT et celles récupérées en utilisant leur accessionChaque gène provenant d'IMGT fait référence à un numéro d'accession et à des positions au sein de cette séquence.
Lorsqu'on récupère les germlines « classiques » on utilise directement les séquences en provenance d'IMGT alors que lorsqu...Chaque gène provenant d'IMGT fait référence à un numéro d'accession et à des positions au sein de cette séquence.
Lorsqu'on récupère les germlines « classiques » on utilise directement les séquences en provenance d'IMGT alors que lorsqu'on récupère les germlines up ou down on passe en fait par le numéro d'accession pour extraire la séquence correspondante.
Avec la mise en place de #3009 il fallait vérifier que cela correspond bien.
Seule différence `TRAJ13*02`.
D'après IMGT :
```
>AB258131|TRAJ13*02|Homo sapiens|F|J-REGION|101..163|63 nt|3| | || |63+0=63| | |
tgaattctgggggttaccagaaagttacctttggaactggaacaaagctccaagtcatcccaa
```
Le numéro d'accession est donc AB258131 et les positions sont 101 à 163. Mais quand on les extrait on obtient :
```
>AB258131.1:101-163|TRAJ13*02|Homo sapiens|F|J-REGION+down|Homo sapiens DNA, MLV integration site, partial sequence, clone: MLV-TPA-Mat-255
ttgggatgacttggagctttgttccagttccaaaggtaactttctggtaacccccagaattca
```
C'est en fait le reverse complement car IMGT n'indique pas dans son header que la séquence est reverse complémentée.
Je n'ai pas rencontré d'autres cas (pour les J).
Cela rend probablement nécessaire d'utiliser systématiquement les séquences d'IMGT pour ce qui est de la séquence du gène.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3361Erreur de compilation avec `g++-7`2018-07-11T19:27:29+02:00Mikaël SalsonErreur de compilation avec `g++-7`Suite à bc08111a02 j'ai une erreur de compilation avec g++-7 (et 8 aussi) :
```c++
filter.h:6:9: error: ‘function’ does not name a type; did you mean ‘union’?
typedef function<bool(pair<KmerAffect, int>, pair<KmerAffect, int>)> Comparat...Suite à bc08111a02 j'ai une erreur de compilation avec g++-7 (et 8 aussi) :
```c++
filter.h:6:9: error: ‘function’ does not name a type; did you mean ‘union’?
typedef function<bool(pair<KmerAffect, int>, pair<KmerAffect, int>)> Comparator;
^~~~~~~~
union
```
cc @magiraud @boreecAlgo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3359Le tri de la liste sample_set ne fonctionne pas correctement2018-07-13T12:07:39+02:00Ryan HerbertLe tri de la liste sample_set ne fonctionne pas correctementLe tri semble être buggé depuis la factorisation des sets (voir https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/194.94.189.58.2018-07-11.11-13-06.92e4f70f-229e-4e98-9cae-675cd152693b )Le tri semble être buggé depuis la factorisation des sets (voir https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/194.94.189.58.2018-07-11.11-13-06.92e4f70f-229e-4e98-9cae-675cd152693b )https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3354Une séquence n'est pas analysée quand le filtrage est activé2018-07-11T19:45:32+02:00Mathieu GiraudUne séquence n'est pas analysée quand le filtrage est activéDepuis `algo/tests` :
`../../vidjil-algo -c segment -g ../../germline/homo-sapiens.g:IGH should-vdj-tests/2767-Debre-IGH.should-vdj.fa`, la deuxième séquence.
Le test contient `IGHV3-7*01 (112/CCAGGACC/6, 112/CC/0) IGHD2-2 (16/GAATACCT...Depuis `algo/tests` :
`../../vidjil-algo -c segment -g ../../germline/homo-sapiens.g:IGH should-vdj-tests/2767-Debre-IGH.should-vdj.fa`, la deuxième séquence.
Le test contient `IGHV3-7*01 (112/CCAGGACC/6, 112/CC/0) IGHD2-2 (16/GAATACCTAGTACC/12, 16/GAATACCTAGT/9, 16/GAA/2) (IGHJ4*01, IGHJ4*02)`
Sur `dev`, ou bien sur !237 avec `-Z all`:
`>IGHV3-7*01 + VDJ 1 144 147 161 165 213 IGHV3-7*01 112/CC/0 IGHD2-2*01 16/GAA/2 IGHJ4*02 IGH SEG_+`
Mais sur !237:
`>IGHV3-7*01 ! @30 @165 IGH UNSEG only J/3' 1.499151e+03 1.499151e+03/6.475415e-15`
Voir #3344 ?Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3338100% d'alignements sont récupérés lors de certaines exécutions2018-07-06T11:10:44+02:00Cyprien Borée100% d'alignements sont récupérés lors de certaines exécutions(observé sur #3259)
Sur certaines commandes, le taux de séquences aligné est de 100% malgré l'utilisation du filtrage.
Quelques commandes pour s'en rendre compte :
* `./vidjil-algo -c segment -g germline/homo-sapiens.g -2 -3 -X 100 ...(observé sur #3259)
Sur certaines commandes, le taux de séquences aligné est de 100% malgré l'utilisation du filtrage.
Quelques commandes pour s'en rendre compte :
* `./vidjil-algo -c segment -g germline/homo-sapiens.g -2 -3 -X 100 -Z 1 demo/LIL-L4.fastq.gz` (**IGH** et **TRD+** à 100%)
* `./vidjil-algo -c segment -g germline/homo-sapiens.g -x 100 -Z 5 demo/LIL-L4.fastq.gz` (**IGH** et **IGK+** à 100%)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3335Le test browser functional external ne passe pas sur dev2018-07-05T12:00:35+02:00Mikaël SalsonLe test browser functional external ne passe pas sur devEn tirant une branche client depuis dev, ces tests ne passent pas de manière reproductible : à réparer.En tirant une branche client depuis dev, ces tests ne passent pas de manière reproductible : à réparer.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3320Le champ "users > last login" sur app ne semble plus fonctionner2018-06-29T19:47:11+02:00Mathieu GiraudLe champ "users > last login" sur app ne semble plus fonctionnerC'est arrêté à avril 2018.C'est arrêté à avril 2018.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3309Makefile et vidjil.cpp2018-06-26T10:38:30+02:00Mathieu GiraudMakefile et vidjil.cppOn en a sûrement déjà parlé il y a quelques années, mais c'est toujours embêtant (surtout tant qu'on a pas #3308) que `make` recompile toujours `vidjil.cpp`, même quand c'est inutile.On en a sûrement déjà parlé il y a quelques années, mais c'est toujours embêtant (surtout tant qu'on a pas #3308) que `make` recompile toujours `vidjil.cpp`, même quand c'est inutile.Algo 2018.08