vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-03-17T14:14:12+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1976Couleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()2021-03-17T14:14:12+01:00Vidjil TeamCouleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle ser...Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle serait contente d'un color by locus, mais d'autres veulent d'autre chose.
Pb: les camemberts sont 'forcément' en 'color by locus'
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Une solution possible : garder les mêmes couleurs que le "color by", et ne pas colorer les camemberts si on n'est pas en color by locus.
→ 1 seul jeu de couleur dans le rapport
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Le camembert du color by locus en niveaux de gris va être illisible. Ça ne me choque pas que les courbes soient colorées par tag et les camemberts par locus (surtout qu'il y a la légende pour les camemberts). Cela peut valoir le coup de marquer comment ont été colorées les courbes à côté du graphe pour lever toute ambiguité.
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@DuezWeb 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2039Le créateur de la notification ne l'a pas visitée2021-03-17T14:54:36+01:00Mikaël SalsonLe créateur de la notification ne l'a pas visitéeActuellement lorsqu'on crée une notification, le créateur est considéré comme ayant vu la notification (ce qui n'est pas faux). Mais en fait c'est frustrant et trompeur, car on a envie de voir la notification « en action » pour se rendre...Actuellement lorsqu'on crée une notification, le créateur est considéré comme ayant vu la notification (ce qui n'est pas faux). Mais en fait c'est frustrant et trompeur, car on a envie de voir la notification « en action » pour se rendre compte que cela a bien fonctionné.
Il faudrait donc marquer la notification comme non vue par son créateur (idem si on modifie la notification).
@RyanHerb @magiraudmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4644Vidjil-algo dans le navigateur2021-03-17T15:24:26+01:00Mikaël SalsonVidjil-algo dans le navigateurhttps://en.wikipedia.org/wiki/Emscriptenhttps://en.wikipedia.org/wiki/Emscriptenhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4724Se souvenir du nombre de reads initial avant filtrage2021-03-17T15:46:46+01:00Mathieu GiraudSe souvenir du nombre de reads initial avant filtrageSuite à !906/!915, pourrait-on avoir un moyen de se souvenir combien il y avait de reads avant l'application d'un `--filter-reads`.
En fait on a ces infos dans le .vidjil du filtrage, mais bon, on ne l'a pas quand le résultat du filtre ...Suite à !906/!915, pourrait-on avoir un moyen de se souvenir combien il y avait de reads avant l'application d'un `--filter-reads`.
En fait on a ces infos dans le .vidjil du filtrage, mais bon, on ne l'a pas quand le résultat du filtre est juste le fasta... mettre un commentaire type `# Filtered: XXXX` au début du fasta ? (Voire d'autres choses). (Hum, ne serait plus compatible avec autre chose que vidjil...).
Me fait penser aussi à !691 (mais là ce n'est pas le cas).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4049Améliorer le signal/bruit sur les warnings, warnings pertinents2021-03-17T16:16:42+01:00Mathieu GiraudAméliorer le signal/bruit sur les warnings, warnings pertinentsAurélie ~"LIL-Lille" : "Trops de warnings actuellement, on ne regarde plus".
Voir aussi #4032.
Sur combien de clones avons-nous de warnings sur des jeux récents ?
cc @duezAurélie ~"LIL-Lille" : "Trops de warnings actuellement, on ne regarde plus".
Voir aussi #4032.
Sur combien de clones avons-nous de warnings sur des jeux récents ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1579k-mers communs entre IGHV et IGHD2021-03-17T23:19:38+01:00Vidjil Teamk-mers communs entre IGHV et IGHDMikaël, à propos d'IGH : "Une partie du problème vient du fait que deux gènes D ont des k-mers partagés avec des gènes V. Cela peut être vérifié facilement :
./vidjil -G germline/IGH -K germline/IGHD.fa
Du coup cela décale la fenêtre ver...Mikaël, à propos d'IGH : "Une partie du problème vient du fait que deux gènes D ont des k-mers partagés avec des gènes V. Cela peut être vérifié facilement :
./vidjil -G germline/IGH -K germline/IGHD.fa
Du coup cela décale la fenêtre vers la droite et on a une moins bonne
spécificité."
La sotie en question :
>J00234|IGHD2-15*01|Homo
AGGATATTGTAGTGGTGGTAGCTGCTACTCC
_ _ _ _ _ _ _ _+X+X _ _ _ _ _ _ _ _ _
>X93616|IGHD3-22*01|Homo
GTATTACTATGATAGTAGTGGTTATTACTAC
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+X _ _
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- modifier notre graine d'IGH pour que cela n'arrive pas ?
- prendre en compte le répertoire D pour marquer certains k-mers de V et de J ambigus ? (Finalement, jusqu'à maintenant le rep D ne sert pas du tout pour le KmerSegmenter !)
- décaler la window pour compenser ?
***
J'avais oublié, mais ton merge de voodooj me l'a rappelé : le -t 100 solutionne cela : « Interestingly with -w 100, the number of foud windows is much larger because now the window is better centered around the junction. ». Par chance les k-mers partagés avec les gènes D ne sont pas dans les 100 derniers nucléotides des V.
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la chance est avec nous :-)
La solution 2 "prendre en compte le répertoire D pour marquer certains k-mers de V et de J ambigus" me semble tout de même raisonnable et robuste.
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On n'était pas si chanceux que cela, même avec le -t 100 :
../../vidjil -y 0 -s '#####-#####' -K -G ../../germline/IGH -u ../../data/common-D-V.fa
+X+X+X+X+X+X+X+X+X+X _ _ _ _ _ _ _ _ _+X _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+x+x+x+x+x+x+x+x+x+x
en insérant aussi les D :
+X+X+X+X+X+X+X+X+X+X _ _ _ _ _ _ _ _ _ ?+f+f+f+f+f+f _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+x+x+x+x+x+x+x+x+x+x
ok, c'est une graine non-standard.
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c23b5d2
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4289Interrompre proprement les jobs sur le serveur et voir des résultats partiels2021-03-18T14:05:16+01:00Mathieu GiraudInterrompre proprement les jobs sur le serveur et voir des résultats partielsSuite à !688, @flothoni se demandait si sela pourrait être utilisé sur le serveur.
Surtout en cas de timeout, ce serait pertinent de récupérer, au bout de plusieurs heures de calcul, un résultat partiel... On pourrait soit envoyer `SIG...Suite à !688, @flothoni se demandait si sela pourrait être utilisé sur le serveur.
Surtout en cas de timeout, ce serait pertinent de récupérer, au bout de plusieurs heures de calcul, un résultat partiel... On pourrait soit envoyer `SIGINT`, soit un autre signal. Nécessiterait d'afficher clairement le warning W09.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4190Even running or killed, should vidjil-algo output some data?2021-03-18T14:05:17+01:00Mathieu GiraudEven running or killed, should vidjil-algo output some data?
vidjil-algo peut être tué au bout d'un certain temps de l'extérieur (#2213 vdj#985...).
Souhaiterait-on dans certains de ces cas avoir tout de même quelque chose d'exploitable ?
En particulier, s'il est en train d'itérer sur le ~"cpp-...
vidjil-algo peut être tué au bout d'un certain temps de l'extérieur (#2213 vdj#985...).
Souhaiterait-on dans certains de ces cas avoir tout de même quelque chose d'exploitable ?
En particulier, s'il est en train d'itérer sur le ~"cpp-finesegmenter", il a pu faire beaucoup de choses même sans avoir fini. Est-ce que le `.tsv` ~"repseq-formats-airr" est écrit au fur et à mesure ou... à la fin (comme le json, #2120) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4691--filter-reads : débrancher complètement la gestion des windows2021-03-18T14:23:30+01:00Mathieu Giraud--filter-reads : débrancher complètement la gestion des windowsThe following discussion from !906 should be addressed:
> D'ailleurs, en `--filter-reads`, on n'aurait pas besoin de stocker les windows... mais bon, on peut supposer que c'est négligeable (en temps, peut-être pas en mémoire).
Si on va...The following discussion from !906 should be addressed:
> D'ailleurs, en `--filter-reads`, on n'aurait pas besoin de stocker les windows... mais bon, on peut supposer que c'est négligeable (en temps, peut-être pas en mémoire).
Si on va par là, refactor nécessaire (ou bien nouvelle commande vraiment indépendante qui lance juste le KmerSegmenter).
Ping #1180.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4333Fichiers dans un répertoire /upload2021-03-19T14:24:20+01:00Mathieu GiraudFichiers dans un répertoire /upload
Il y a actuellement 100k+ fichiers dans le seul répertoire `/uploads` sur un serveur de prod.
Apparament pas de soucis avec des fs récents : https://stackoverflow.com/questions/466521/how-many-files-can-i-put-in-a-directory
Mais... es...
Il y a actuellement 100k+ fichiers dans le seul répertoire `/uploads` sur un serveur de prod.
Apparament pas de soucis avec des fs récents : https://stackoverflow.com/questions/466521/how-many-files-can-i-put-in-a-directory
Mais... est-ce une bonne pratique ? git ou d'autres logiciels font parfois des répertoires pour "ranger" un grand nombre de fichiers, est-ce recommandé ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4421Pertinence / bon usage des tooltips2021-03-19T14:59:07+01:00Mathieu GiraudPertinence / bon usage des tooltipsPapoté avec @flothoni et @mikael-s
https://www.trychameleon.com/blog/why-tooltips-are-terrible-and-why-you-should-use-them
https://adamsilver.io/articles/the-problem-with-tooltips-and-what-to-do-instead/
Mikaël : "C'est pas choquant ...Papoté avec @flothoni et @mikael-s
https://www.trychameleon.com/blog/why-tooltips-are-terrible-and-why-you-should-use-them
https://adamsilver.io/articles/the-problem-with-tooltips-and-what-to-do-instead/
Mikaël : "C'est pas choquant qu'il y ait plus d'infos sur ordi que sur tablette", tout à fait !
Se renseigner sur les bons usages2021-03-19https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4729Ouvrir le fichier de reads avant d'ouvrir les germlines2021-03-22T09:24:59+01:00Mathieu GiraudOuvrir le fichier de reads avant d'ouvrir les germlinesL'erreur `opening file` quand on donne un fichier de reads inexistant ne se voit que quelques secondes après le lancement de vidjil-algo. Le fichier pourrait être ouvert (même sans rien lire) avant cela.L'erreur `opening file` quand on donne un fichier de reads inexistant ne se voit que quelques secondes après le lancement de vidjil-algo. Le fichier pourrait être ouvert (même sans rien lire) avant cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2107Indication onlyV trompeuse sur anayse de capture2021-03-22T09:31:46+01:00Thonier FlorianIndication onlyV trompeuse sur anayse de captureSur un set issu d'analyses de Necker :
Sur 4 millions de séquences issus de capture, avec de nombreuses sondes autre que les J, on a une forte proportion de séquences faussement anotées "only V" suite à quelques Kmer éparses trouvés da...Sur un set issu d'analyses de Necker :
Sur 4 millions de séquences issus de capture, avec de nombreuses sondes autre que les J, on a une forte proportion de séquences faussement anotées "only V" suite à quelques Kmer éparses trouvés dans la séquence ( ~25% des reads sont concernés).
En détails, ceux-ci ne sont composés que de 5 ou 6 kmer répartis sur toute la longueur du read.
@magiraud @mikael-s Algo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4655Que prendre pour les up/downstream ?2021-03-24T14:34:30+01:00Mathieu GiraudQue prendre pour les up/downstream ?J'étais tenté de réouvrir #3133, mais non, une autre issue.
Bloque !885.
Depuis !885:
> 200 d'upstream (!606) c'était peut-être un peu bourrin…
Mais que prendre alors ?
- Revenir à 40bp ? à autre chose ?
- Vu #4647, retravailler à ...J'étais tenté de réouvrir #3133, mais non, une autre issue.
Bloque !885.
Depuis !885:
> 200 d'upstream (!606) c'était peut-être un peu bourrin…
Mais que prendre alors ?
- Revenir à 40bp ? à autre chose ?
- Vu #4647, retravailler à la suite de !606 pour qu'il n'y ait pas de conflits sur l'ensemble des gènes ? Peut-être pas facile
- ... ou déjà juste *tester* si on a d'autres conflits sur l'ensemble des gènes, et ajouter des exceptions statiques ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4732Réparer "add germline genes" sur le nouvel aligneur2021-03-24T15:00:03+01:00Mathieu GiraudRéparer "add germline genes" sur le nouvel aligneuraprès !836après !836marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3988Saturation / Peu de place dans la barre des "to"2021-03-24T23:46:11+01:00Mathieu GiraudSaturation / Peu de place dans la barre des "to"@mikael-s, dans #3917 :
> il va falloir qu'on fasse un choix dans les différents boutons car on commence à manquer de place.
> Exemple (où le nombre de clones et de reads se retrouve poussé vers le bas) ![vidjil-place](https://gitlab.i...@mikael-s, dans #3917 :
> il va falloir qu'on fasse un choix dans les différents boutons car on commence à manquer de place.
> Exemple (où le nombre de clones et de reads se retrouve poussé vers le bas) ![vidjil-place](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/uploads/2a26b0b425a65962053def0aa0bc78c3/vidjil-place.png)
@magiraud :
> Plus généralement, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2245#note_29313 ? Un menu/cog ou on pourrait choisir les boutons à afficher (avec peut-être des "bons boutons" mis par défaut en fonction de LLC ou d'autres choses) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2665Highlights : afficher "CDR3 ☐ blabla ☐" au lieu de "highlight"2021-03-24T23:56:05+01:00Mathieu GiraudHighlights : afficher "CDR3 ☐ blabla ☐" au lieu de "highlight"Discuté en audioDiscuté en audiohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4696--filter-reads : renommer "detected.fa"2021-03-26T05:26:28+01:00Mathieu Giraud--filter-reads : renommer "detected.fa"!906 : "filtered.fa" serait plus juste ici.
Voir aussi #4692.!906 : "filtered.fa" serait plus juste ici.
Voir aussi #4692.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4571API / URL serveur : arriver sur une page d'un set2021-03-29T16:16:46+02:00Mathieu GiraudAPI / URL serveur : arriver sur une page d'un setÉtait déjà mentionné dans #1188 il y a plus de 4 ans ;)
https://app.vidjil.org/4845-25 ouvre le client, set 4845, config 25.
Serait-il raisonnable que https://app.vidjil.org/4845 fasse atterrir sur la page ~"client-database" du set ?
...Était déjà mentionné dans #1188 il y a plus de 4 ans ;)
https://app.vidjil.org/4845-25 ouvre le client, set 4845, config 25.
Serait-il raisonnable que https://app.vidjil.org/4845 fasse atterrir sur la page ~"client-database" du set ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3464Export SVG, et tester les exports SVG+PNG2021-03-30T09:18:28+02:00Mathieu GiraudExport SVG, et tester les exports SVG+PNGFait suite à !287.
Reverter partiellement 3eb36527ac et donner une possibilité d'export en .svg, en plus du .png.Fait suite à !287.
Reverter partiellement 3eb36527ac et donner une possibilité d'export en .svg, en plus du .png.