vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-01-30T16:26:42+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2903Interaction entre un champ d'autocomplete et un champ renseigné par .csv/.zip2018-01-30T16:26:42+01:00Mathieu GiraudInteraction entre un champ d'autocomplete et un champ renseigné par .csv/.zipDans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/1362#note_64313, on aura pour chaque sample un champ
'patient/run/set' #2895 qui pourrait être éventuellement être pré-rempli par un .csv ou un .csv dans un .zip.
Comment faire ce pré-r...Dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/1362#note_64313, on aura pour chaque sample un champ
'patient/run/set' #2895 qui pourrait être éventuellement être pré-rempli par un .csv ou un .csv dans un .zip.
Comment faire ce pré-remplissage ?
- si cela matche, pas de problème (mais si homonymes, le quel prendre, warning ?) #2888
- si distance courte, aussi, warning ? (ou même si match exact existe mais homonymes proches) #2888
- sinon, erreur (ou, si solution 2 de #2902, proposition de création, à discuter dans #2902)
La question peut être générique : pré-remplir un champ d'autocomplete avec une valeur "interdite", le signaler, et empêcher la validation de l'ensemble tant que ce n'est pas résolu.
~"#-sensible" car, comme disait @flothoni, il faut vraiment faire attention aux typos et homonymies.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2981Autocomplétion patient/run/set : utiliser la classe CSS du menu2018-01-30T16:15:49+01:00Mathieu GiraudAutocomplétion patient/run/set : utiliser la classe CSS du menuSuite à #2977, on aimerait, dans le menu d'autocomplétion :
1) utiliser les couleurs
2) afficher "**patient** Jacques Dupont (1980-01-01)" (et idem pour les runs et sets).
Le "**patient**" pourrait être rajouté par CSS et être plus pe...Suite à #2977, on aimerait, dans le menu d'autocomplétion :
1) utiliser les couleurs
2) afficher "**patient** Jacques Dupont (1980-01-01)" (et idem pour les runs et sets).
Le "**patient**" pourrait être rajouté par CSS et être plus petit / plus léger.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3013Warnings compilation sur Jenkins et ailleurs2018-01-30T15:50:25+01:00Mathieu GiraudWarnings compilation sur Jenkins et ailleurs- Deux warnings Jenkins https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-coverage/752/warnings24Result/ que je n'ai pas chez moi, viennent de #2989 ? C'est pour cela que le build est jaune ?
- Par contre, j'ai beaucoup de warnings (je pensais qu'o...- Deux warnings Jenkins https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-coverage/752/warnings24Result/ que je n'ai pas chez moi, viennent de #2989 ? C'est pour cela que le build est jaune ?
- Par contre, j'ai beaucoup de warnings (je pensais qu'on en avait déjà discuté et que c'était que de mon côté, mais je ne retrouve pas l'issue) :
```
lib/json.hpp:1834:64: warning: unsequenced modification and access to 'range' [-Wunsequenced]
if (JSON_LIKELY(*range <= current and current <= *(++range)))
```Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2989Réécrire les tests unitaires avec TEST_TAP_EQUAL2018-01-30T08:22:26+01:00Mathieu GiraudRéécrire les tests unitaires avec TEST_TAP_EQUALSuite à #2919.
Pas très urgent, cela sert surtout en cas de debug et/ou pour les nouveaux tests.Suite à #2919.
Pas très urgent, cela sert surtout en cas de debug et/ou pour les nouveaux tests.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2630Réduire fortement /Makefile2018-01-29T22:30:44+01:00Mathieu GiraudRéduire fortement /MakefileUne étape vers #1491 est de supprimer (ou de fortement réduire) `/Makefile`.
Toutes les règles doivent être directement dans les bons sous-dossiers... et le CI doit lancer d'où il le faut.
On aura peut-être #2255 gratuitement.Une étape vers #1491 est de supprimer (ou de fortement réduire) `/Makefile`.
Toutes les règles doivent être directement dans les bons sous-dossiers... et le CI doit lancer d'où il le faut.
On aura peut-être #2255 gratuitement.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3011Short / shifted window : re-rendre cohérent le message sur stdout2018-01-29T20:08:49+01:00Mathieu GiraudShort / shifted window : re-rendre cohérent le message sur stdoutSuite à !141, le message historique sur stdout `found 11835 100-windows in 13152 reads` (provient au moins de 2013.07 !) est parfois inexact: ce ne sont pas que des 100-windows.
Ne mettre que le nombre de window non raccourcies ? (bof...Suite à !141, le message historique sur stdout `found 11835 100-windows in 13152 reads` (provient au moins de 2013.07 !) est parfois inexact: ce ne sont pas que des 100-windows.
Ne mettre que le nombre de window non raccourcies ? (bof).
Retirer "100-" ? Mettre une autre formulation ?Algo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2613make forcedep, bamopen.h, erreur fatale mais pas tant que cela2018-01-29T15:08:59+01:00Mathieu Giraudmake forcedep, bamopen.h, erreur fatale mais pas tant que cela`make valgrind_unit` sort à un moment `bam.h:10:31: fatal error: lib/unbam/bamopen.h: No such file or directory`
mais cela continue`make valgrind_unit` sort à un moment `bam.h:10:31: fatal error: lib/unbam/bamopen.h: No such file or directory`
mais cela continueAlgo 2017.07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2916Sortir des champs `warn` dans le C++2018-01-27T22:15:42+01:00Mathieu GiraudSortir des champs `warn` dans le C++Voir #2247.
Chaque clone peut avoir un `warn`, et un `warn` global peut être mis.
Pas de ~bikeshedding ici, voir #2247 pour cela.
Voir #2247.
Chaque clone peut avoir un `warn`, et un `warn` global peut être mis.
Pas de ~bikeshedding ici, voir #2247 pour cela.
Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2995SEG_METHOD_543C : afficher le gène C dans le client2018-01-27T22:07:39+01:00Mathieu GiraudSEG_METHOD_543C : afficher le gène C dans le clientComplète #2993 et #2994.
- [ ] sortir l'info dans le .json
- [ ] l'afficher dans le clientComplète #2993 et #2994.
- [ ] sortir l'info dans le .json
- [ ] l'afficher dans le clienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3007Le bouton « from IMGT » échoue parfois et provoque une erreur serveur2018-01-23T16:47:33+01:00Mikaël SalsonLe bouton « from IMGT » échoue parfois et provoque une erreur serveurLa raison est pour l'instant inconnue. Exemple d'[erreur serveur](https://vda.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/128.93.193.1.2018-01-23.16-01-10.52d5e2ed-2ea0-4127-a152-4462d7c7f54e) :
>
ConnectionError: HTTPConnectionPool(host='...La raison est pour l'instant inconnue. Exemple d'[erreur serveur](https://vda.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/128.93.193.1.2018-01-23.16-01-10.52d5e2ed-2ea0-4127-a152-4462d7c7f54e) :
>
ConnectionError: HTTPConnectionPool(host='www.imgt.org', port=80): Max retries exceeded with url: /IMGT_vquest/vquest (Caused by NewConnectionError('<requests.packages.urllib3.connection.HTTPConnection object at 0x7ff2a6b09350>: Failed to establish a new connection: [Errno -2] Name or service not known',))
J'ai ajouté une ligne de debug dans `proxy.py` pour avoir plus d'info (à chaud sur le serveur de prod… hum) :
```
log.debug("Sending request to IMGT: {}".format(payload))
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3000Option pour afficher le json bien formaté sur stdout et/ou format_json plus i...2018-01-19T11:16:30+01:00Mathieu GiraudOption pour afficher le json bien formaté sur stdout et/ou format_json plus intéressantPlusieurs tests visent le json (`cat bla.vidjil | python format_json.py`).
J'ai plusieurs fois été frustré de ce que je pouvais tester dans le json. Une sortie "une ligne par clone" serait agréable à tester. Avoir une option pour cela d...Plusieurs tests visent le json (`cat bla.vidjil | python format_json.py`).
J'ai plusieurs fois été frustré de ce que je pouvais tester dans le json. Une sortie "une ligne par clone" serait agréable à tester. Avoir une option pour cela dans `format_json` ? Ou bien dans le ~cpp ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2909Recombinaison atypique : grande insertion dans le V2018-01-19T10:04:56+01:00Mathieu GiraudRecombinaison atypique : grande insertion dans le V@Anne@Annehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2992'align' doit être robuste en cas de non-réponse du serveur2018-01-18T10:51:41+01:00Mathieu Giraud'align' doit être robuste en cas de non-réponse du serveur@mikael-s : "normalement c'est déjà le cas"
Vérifier que c'est vrai même avec plusieurs requêtes à la suite / entrelacées...@mikael-s : "normalement c'est déjà le cas"
Vérifier que c'est vrai même avec plusieurs requêtes à la suite / entrelacées...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2827Le 'spinner' de requête tourne en permanence2018-01-18T10:35:18+01:00Ryan HerbertLe 'spinner' de requête tourne en permanenceIl se peut que le Spinner qui indique qu'une requête est en cours reste affiché, alors qu'il n'y a plus de requête en coursIl se peut que le Spinner qui indique qu'une requête est en cours reste affiché, alors qu'il n'y a plus de requête en courshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2644Décaler automatiquement voire raccourcir la window quand il n'y a pas assez d...2018-01-18T00:35:54+01:00Mathieu GiraudDécaler automatiquement voire raccourcir la window quand il n'y a pas assez de place(Rendu compte lors de la minimisation #2643, mais s'applique aussi au cas général.)
N'est-il pas dommage que des séquences dont le point de jonction a été trouvé finissent en `TOO_SHORT_FOR_WINDOW` ? Dans ces cas-là, pourrait-on, au mom...(Rendu compte lors de la minimisation #2643, mais s'applique aussi au cas général.)
N'est-il pas dommage que des séquences dont le point de jonction a été trouvé finissent en `TOO_SHORT_FOR_WINDOW` ? Dans ces cas-là, pourrait-on, au moment du `getJunction()`, accepter de décaler un peu la fenêtre jusqu'au bord gauche/droit, voire la raccourcir ?
Ces reads ne serait pas groupées avec les autres... mais a priori ce serait peu problable de les mettre avec d'autres reads non liées, car toutes les fenêtres ainsi décalées viendraient de reads toutes trop courtes de la même façon.
Voir #1580 pour d'autres raisons de décalage.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2919TEST_TAP_EQUAL pour les tests unitaires2018-01-18T00:35:54+01:00Mathieu GiraudTEST_TAP_EQUAL pour les tests unitairesMême remarque que #2823 pour les tests unitaires ~cpp .
Moins important, nos tests sont tout de même bien stables et c'est facile de débugger si besoin.Même remarque que #2823 pour les tests unitaires ~cpp .
Moins important, nos tests sont tout de même bien stables et c'est facile de débugger si besoin.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2986Pas de séquences en minuscules dans vidjil-algo ?2018-01-17T08:56:19+01:00Mathieu GiraudPas de séquences en minuscules dans vidjil-algo ?En regardant #2985, je me rends compte que dans `tools.cpp`/`tools.h`, certaines fonctions sont case-sensitive
(`nuc_to_int`, ou peut-être pas vu l'encodage ASCII) et d'autres non (`complement_nucleotide`).
D'un autre côté, dans `fasta....En regardant #2985, je me rends compte que dans `tools.cpp`/`tools.h`, certaines fonctions sont case-sensitive
(`nuc_to_int`, ou peut-être pas vu l'encodage ASCII) et d'autres non (`complement_nucleotide`).
D'un autre côté, dans `fasta.cpp`, on a bien une transformation en majuscule dans `OnlineFasta::next()`. Est-ce notre seule porte d'entrée de séquences dans vidjil-algo ? Il y a bien quelques options obscures qui doivent accepter des séquences en ligne de commande. D'autres choses ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2983Shorter / shifted w: Refaire passer les tests2018-01-16T21:25:11+01:00Mathieu GiraudShorter / shifted w: Refaire passer les tests@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/141#note_66041 :
> Le job should-vdj foire mais c'est à cause de !132, car j'ai voulu utiliser un même fichier de test, celui de #2910, dans les deux cas. Si je n'arrive pa...@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/141#note_66041 :
> Le job should-vdj foire mais c'est à cause de !132, car j'ai voulu utiliser un même fichier de test, celui de #2910, dans les deux cas. Si je n'arrive pas à faire passer !132, je dupliquerais peut-être le fichier (ce qui serait dommage) ou lui dirais qu'il ne faut pas lancer les tests should-vdj dessus.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2984Shorter / shifted w: peut-on trouver un cas non symétrique en allant au revco...2018-01-16T18:41:20+01:00Mathieu GiraudShorter / shifted w: peut-on trouver un cas non symétrique en allant au revcomp ?Discussion avec @mikael-s : a priori tout est symétrique.
Cependant on a, dans `WindowExtractor::get_best_length_shifts`, à deux endroits où l'on pourrait casser la symétrie :
- le `+1` de `int constraint_left = 2 * central_pos + 1`
...Discussion avec @mikael-s : a priori tout est symétrique.
Cependant on a, dans `WindowExtractor::get_best_length_shifts`, à deux endroits où l'on pourrait casser la symétrie :
- le `+1` de `int constraint_left = 2 * central_pos + 1`
- l'ordre de test `for (int current_shift : {-1, 1})`
Serait-il possible qu'une fenêtre réduite / shiftée ne donne pas la même chose en revcomp ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2971Ajouter des axes de données fournies par Vidjil-algo ou d'autres logiciels2018-01-11T11:41:34+01:00Mathieu GiraudAjouter des axes de données fournies par Vidjil-algo ou d'autres logicielsRajouter des axes selon ce que peut renvoyer chaque logiciel. Déjà se demander ce qui pourrait être utile.
Voir aussi #2135.Rajouter des axes selon ce que peut renvoyer chaque logiciel. Déjà se demander ce qui pourrait être utile.
Voir aussi #2135.