vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-02-23T10:04:52+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2181API/URL: pas de ?x=&y= si les axes sont ceux par défaut2018-02-23T10:04:52+01:00Mathieu GiraudAPI/URL: pas de ?x=&y= si les axes sont ceux par défautcc @mikael-s @RyanHerbcc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2180Faire au moins un test avec souris et rat2017-02-15T20:00:10+01:00Mathieu GiraudFaire au moins un test avec souris et ratcc @mikael-scc @mikael-sAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2179Mettre à jour l'aide2017-02-14T22:56:53+01:00Mathieu GiraudMettre à jour l'aideEn particulier suite à #2134.
cc @mikael-sEn particulier suite à #2134.
cc @mikael-sAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2178'syntax error near unexpected token' lors d'un should-vdj2017-02-16T15:22:00+01:00Mathieu Giraud'syntax error near unexpected token' lors d'un should-vdj```
python should-vdj-to-tap.py should-vdj-tests/trd-dd2-dd3.should-vdj.fa
(...)
ok 4 # TODO #! ok - TRDD2*01 0//0 TRDD3*01 TODO
sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: -c: line 0: `echo '>TRDV3*01_0//0_TRDD3*01 [T...```
python should-vdj-to-tap.py should-vdj-tests/trd-dd2-dd3.should-vdj.fa
(...)
ok 4 # TODO #! ok - TRDD2*01 0//0 TRDD3*01 TODO
sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: -c: line 0: `echo '>TRDV3*01_0//0_TRDD3*01 [TRD+] TODO ! @50 @45 TRD UNSEG only V/5\' 1.043438e+01 1.174069e-25/1.043438e+01 ' | grep -E 'TRDV3[*]01.*0//0.*TRDD3[*]01.*!([*][[:digit:]]*)?.*@50([*][[:digit:]]*)?.*@45([*][[:digit:]]*)?.*TRD([*][[:digit:]]*)?.*UNSEG([*][[:digit:]]*)?.*only([*][[:digit:]]*)?.*V/5\'([*][[:digit:]]*)?.*1.043438e+01([*][[:digit:]]*)?.*1.174069e-25/1.043438e+0([*][[:digit:]]*)?' > /dev/null 2>&1'
```
cc @mikael-sMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2177Reset analysis2023-06-30T11:13:40+02:00Ryan HerbertReset analysisIl se pourrait dans certains cas qu'un utilisateur veuille repartir au moins en partie depuis le dernier results_file.
Notamment en cas d'erreur logiciel, comme dans #2176
Voudrait-on donc proposer un bouton "reset" ou peut-être simple...Il se pourrait dans certains cas qu'un utilisateur veuille repartir au moins en partie depuis le dernier results_file.
Notamment en cas d'erreur logiciel, comme dans #2176
Voudrait-on donc proposer un bouton "reset" ou peut-être simplement exposer les changements de manière claire aux utilisateurs afin qu'ils puissent au minimum revert des changements à la main ?
cc @mikael-s @magiraud @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2176Sauvegarder et utiliser l'id des samples dans les fichiers .analysis2017-05-18T10:06:17+02:00Thonier FlorianSauvegarder et utiliser l'id des samples dans les fichiers .analysisBug aperçu sur Rennes, et d'origine connue.
Un point est inversé avec un autre (notemment un contrôle et un échantillion patient).
Avant le chargement de l'analyse, le contenu des analyses est correctement fourni. Ensuie, lorsque l'a...Bug aperçu sur Rennes, et d'origine connue.
Un point est inversé avec un autre (notemment un contrôle et un échantillion patient).
Avant le chargement de l'analyse, le contenu des analyses est correctement fourni. Ensuie, lorsque l'analysis est chargé, il y a une inversion du nom entre plusieurs samples.
![bug_ordre_liste](/uploads/2e7bbe44e1babc09f9e5eacca48df698/bug_ordre_liste.png)
![bug_ordre_liste2](/uploads/a0aace27f9957e28bb589afe01f04d3c/bug_ordre_liste2.png)
L'origine du bug est reproductible, d'ailleurs observable sur un second patient.
Lors de la création du patient, 5 samples ont été chargés, 3 ech réels, et deux "témoins", avec les bonnes date d'analyses renseignées.
Suite a une inversion entre deux patients, le point sample 3 de ces deux patients a été retiré et remplacé par le nouveau fichier.
Maintenant, lorsque l'on recharge l'analyse, on a dans un premier temps le bon affichage.
Je n'ai pas encore eu le temps de localiser l'origine de l'erreur, ni de la reproduire moi-même. Je présume cela dit qu'il y a une réassignation du titre dasn l'axe sur une liste non sorted par la date d'analyse (supposition)
@magiraud @mikael-s @RyanHerb
PS : le bug est assez grave car on peux ainsi intervertir les observations entre deux dates, et n'est pas forcement facilement visualisable et a déjà pu passer inaperçu.Web 2017.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2175Liste et segmenteur : affichage flexible d'axes2017-05-11T13:27:32+02:00Mathieu GiraudListe et segmenteur : affichage flexible d'axesOn en a déjà parlé plusieurs fois, mais on vient de se rendre compte avec @RyanHerb que cela pourrait être vraiment très général.
On souhaiterait pouvoir afficher n'importe quel axe dans la liste ou le segmenteur. Pour l'instant, à côté...On en a déjà parlé plusieurs fois, mais on vient de se rendre compte avec @RyanHerb que cela pourrait être vraiment très général.
On souhaiterait pouvoir afficher n'importe quel axe dans la liste ou le segmenteur. Pour l'instant, à côté du nom du clone, on affiche la taille, le tag, et éventuellement d'autres choses dans le segmenteur (notamment la productivité). On pourrait avoir des listes pour choisir les axes à afficher (et certians axes ont des affichages / contrôles particuliers, comme les étoiles de tag.
En lien avec #1763 et #2174.
cc @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2174Features de séquences et axes : concepts et liens2020-10-14T11:29:54+02:00Mathieu GiraudFeatures de séquences et axes : concepts et liensDiscussion débutée avec @RyanHerb.
Nous avons deux concepts dont nous souhaitons améliorer la généricité :
* les "features" ~"client-segmenter" (quelque chose sur une portion de la séquence) #2136 #2137
* les "axes" ~"client-ax...Discussion débutée avec @RyanHerb.
Nous avons deux concepts dont nous souhaitons améliorer la généricité :
* les "features" ~"client-segmenter" (quelque chose sur une portion de la séquence) #2136 #2137
* les "axes" ~"client-axis" (une valeur pour un clone) #1471 #2175
Déjà, sommes-nous cohérents dans notre vocabulaire, entre *"feature"* et *"axe"* ? (Meilleur nom que "axe" ?) (#2136 parle-t-il de feature ou d'axes ?)
Est-ce que ce sont toujours deux concepts bien séparés ? Il y a parfois des liens entre ces concepts. C'est le cas de #2043 @flothoni : on peut calculer un axe à partir de feature. Longueur de N, entre deux primers... on pourrait en avoir d'autres (nombre de D, ...).
Et des features sur toute la séquence sont naturellement des axes... la description du format `.vidjil` indique :
```
// any feature to be highlighted in the sequence, with optional fields related to this feature:
// - "start"/"stop" : positions on the clone sequence (starting at 1)
// - "seq" : a sequence
// - "val" : a numerical value
// - "info" : a textual vlaue
"somefeature": { "start": 56, "stop": 61, "seq": "ACTGTA", "val": 145.7, "info": "analyzed with xyz" },
// Numerical or textual features concerning all the sequence or its analysis (such as 'evalue')
// can be provided by omitting "start" and "stop" elements.
"someotherfeature": {"val": 0.004521},
```
Ici on aimerait clairement pouvoir afficher `someotherfeature` comme un axe.
Mais ces deux concepts sont tout de même fort différents. Que nous évoquent-ils ? Quelque part, le ~client Vidjil n'est-il pas principalement un affichage de clones avec des features et des axes (et des samples) ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2173Identifiants incomplets pour les germlines avec up/downstreams2017-02-10T17:52:48+01:00Mathieu GiraudIdentifiants incomplets pour les germlines avec up/downstreams@mikael-s, à propos de #2154 :
> http://vidjil.org/germlines/germline-39.tar.gz
Dans le diff entre 36 et 39 :
```
--- 36/TRDD_upstream.fa
+++ 39/homo-sapiens/TRDD_upstream.fa
->gb|TRDD2*01|M22153.1|HUMTCDC1:1-42 Human T-cel...@mikael-s, à propos de #2154 :
> http://vidjil.org/germlines/germline-39.tar.gz
Dans le diff entre 36 et 39 :
```
--- 36/TRDD_upstream.fa
+++ 39/homo-sapiens/TRDD_upstream.fa
->gb|TRDD2*01|M22153.1|HUMTCDC1:1-42 Human T-cell receptor germline delta-chain D-region DNA
+>M22153.1:1-42 Human T-cell receptor germline delta-chain D-region DNA
```
J'imagine que cela va poser des soucis ensuite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2172Tags: modèle, recherches2017-10-06T13:41:46+02:00Mathieu GiraudTags: modèle, recherchesVoir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ic...Voir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ici mieux gérer ces tags tels que `#bla` (ou `#mrd`, en attendant #1555).
Idées en vrac, à discuter / compléter :
- (affichage d'une fiche) afficher les tags d'une certaine manière (en inline, comme ~"bio-metadata" dans gitlab ?)
- (affichage d'une liste de sample sets / samples) afficher certains tags dans la liste
- (recherche/édition) proposer une liste de tags à côté des champs de recherche
- (recherche/édition) faire de l'autocomplétion lorsqu'on saisit `#` dans ces champs
- ...
cc @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2171Permettre des OR dans les requêtes de recherche de sample sets ou samples2024-02-21T14:18:07+01:00Mathieu GiraudPermettre des OR dans les requêtes de recherche de sample sets ou samplesVoir dicussion soulevée par @flothoni dans #2170.
On souhaiterait éventuellement accepter des `OU` logiques dans requêtes (`advanced_filter` dans `modules/vijdil_utils.py`). Et d'autres choses (parenthèses ?) ? Discuter déjà de la syntax...Voir dicussion soulevée par @flothoni dans #2170.
On souhaiterait éventuellement accepter des `OU` logiques dans requêtes (`advanced_filter` dans `modules/vijdil_utils.py`). Et d'autres choses (parenthèses ?) ? Discuter déjà de la syntaxe.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2170Pouvoir ajouter des catégories pour des patients/samples2017-10-06T13:41:46+02:00Thonier FlorianPouvoir ajouter des catégories pour des patients/samplesDemande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait...Demande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait de filtrer les données de recherche, et restreindre l'affichage uniquement aux patients correspondant à l'une ou l'autre de ces deux categories seulement.
Seconde possibilité, une union entre ces differents filtres ?
D'un point de vue technique, il faut rajouter un champs dans la base qui servira de filtre., et adapter la requete avec cette information.
Il faut aussi prévoir une page de création/modifications des categories, et un champs supplémentaire lors de la creation/modification d'un patient
L'autre point, c'est que ça peut rallonger le délai de traitement sur le BDD.
Il s'agit d'une piste de réflexion, je ne sais pas si au vue des contraintes c'est envisageable.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2169Un fichier deleted est encore téléchargeable2017-02-08T09:30:01+01:00Thonier FlorianUn fichier deleted est encore téléchargeableSuite de la remarque faite en #2149.
>@mikael-s
>Mikaël Salson
>Le bug d'Aurélie semble autre.
>Elle a chargé des fichiers, mais ils sont indiqués comme deleted dans la vue principale (et dans le champ infos à gauche), mais bien accom...Suite de la remarque faite en #2149.
>@mikael-s
>Mikaël Salson
>Le bug d'Aurélie semble autre.
>Elle a chargé des fichiers, mais ils sont indiqués comme deleted dans la vue principale (et dans le champ infos à gauche), mais bien accompagné de résultats. Pourtant, en me rendant sur la page patient, je peux bien télécharger le fichier correspondant (d'ailleurs on a un souci d'anonymisation dans ce cas car j'ai le nom complet, il s'agit ici d'une librairie test donc ce n'est pas très grave, mais c'est peut-être à revoir).
>Le comportement est bien différent de ce bug ci non ?
Je rajoute que je viens de lancé vidjil sur le fichier telechargé pour verifier si il s'agissait du bon fichier, avec les bons clones retrouvés. C'est le cas.
Avec les nouvelles modifications, nous sommes d'accord que si Aurélie avait rechargé les données, ça aurait MAJ l'analyse, la database et n'indiquerait plus 'deleted' ?
@mikael-s @RyanHerb @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2168Mieux construire la pseudo-germline xxx en prenant aussi les gènes D2018-10-03T15:52:36+02:00Mathieu GiraudMieux construire la pseudo-germline xxx en prenant aussi les gènes DLes gènes `D` ne sont pour l'instant pas pris en compte.
Voir 3ea1027 et #2167.
@mikael-sLes gènes `D` ne sont pour l'instant pas pris en compte.
Voir 3ea1027 et #2167.
@mikael-sHeuristique 2.0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2167Mieux construire la pseudo-germline xxx en ne prenant pas les doublons2017-02-04T12:26:33+01:00Mathieu GiraudMieux construire la pseudo-germline xxx en ne prenant pas les doublonsOn devrait initialiser `xxx` avec tous les répertoires disponibles (voir aussi #2168), mais faire en sorte qu'on ne prenne qu'une fois chaque fichier (sinon on génère des `AFFECT_AMBIGUOUS`, voir !6 et c7a85b67).On devrait initialiser `xxx` avec tous les répertoires disponibles (voir aussi #2168), mais faire en sorte qu'on ne prenne qu'une fois chaque fichier (sinon on génère des `AFFECT_AMBIGUOUS`, voir !6 et c7a85b67).Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2166Méta-données : provenance de l'échantillon2017-02-07T17:07:42+01:00Mathieu GiraudMéta-données : provenance de l'échantillonSang ou moelle ? Parafine ?
Autres métadonnées en réflexion : #1558 #1556 #1555
@mikael-sSang ou moelle ? Parafine ?
Autres métadonnées en réflexion : #1558 #1556 #1555
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2165Killer un processus qui tourne sur un fichier qu'on écrase ?2017-03-02T18:29:36+01:00Mikaël SalsonKiller un processus qui tourne sur un fichier qu'on écrase ?Suite à #2103, on supprime bien les résultats pré-existants lorsqu'on réuploade un fichier mais ça ne s'applique pas aux jobs en courts sur les fichiers qu'on écrase.
@mikael-s
> A-t-on la possibilité de dire aux jobs de s'arrêter ? Tr...Suite à #2103, on supprime bien les résultats pré-existants lorsqu'on réuploade un fichier mais ça ne s'applique pas aux jobs en courts sur les fichiers qu'on écrase.
@mikael-s
> A-t-on la possibilité de dire aux jobs de s'arrêter ? Trop complexe ?
@RyanHerb
> […]
On pourrait donc théoriquement kill le worker si on a son pid, supprimer la tâche et lancer un nouveau worker.
Est-ce raisonnable de killer le worker ? On pourrait se trouver dans une situation ou entre le moment où on lance l'upload et le moment où on lance le kill c'est un autre processus qui s'est mis à tourner. On killerait donc le mauvais processus. Ok, ça devrait arriver très rarement (si ça arrive), mais le risque n'est pas nul.
Prend-on ce risque ? D'autres solutions ?
cc @flothoni @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2164Le nom du fichier n'est pas le bon après avoir "try again" quand l'upload echoue2021-11-04T17:44:33+01:00Ryan HerbertLe nom du fichier n'est pas le bon après avoir "try again" quand l'upload echoueLe titre du sequence_file est laissé comme "upload failed try again" après avoir cliqué sur "try again".
@magiraud @mikael-sLe titre du sequence_file est laissé comme "upload failed try again" après avoir cliqué sur "try again".
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2163La suppression doit-elle vraiment supprimer ?2023-07-13T15:55:36+02:00Mikaël SalsonLa suppression doit-elle vraiment supprimer ?Parfois des bugs arrivent sur des données qui ont été supprimées et nous ne pouvons pas les reproduire. Parfois des utilisateurs pourraient supprimer par inadvertance des sets liés à des patients.
Bref, par sécurité et pour des question...Parfois des bugs arrivent sur des données qui ont été supprimées et nous ne pouvons pas les reproduire. Parfois des utilisateurs pourraient supprimer par inadvertance des sets liés à des patients.
Bref, par sécurité et pour des questions pratiques doit-on vraiment supprimer les données lorsqu'on clique sur supprimer ? Ne faut-il pas juste ajouter un champ `deleted` à chaque table pour savoir s'il faut afficher le champ ou non (les admins auraient la possibilité de voir les données supprimées).
À voir si on va jusqu'à appliquer cela aux fichiers de séquences.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2162Afficher des D selon leur niveau de e-valeur2020-10-14T11:25:55+02:00Mikaël SalsonAfficher des D selon leur niveau de e-valeurDiscussion en audio Vidjil : faut-il afficher le D selon le choix de spécificité de l'utilisateur ?
Pour désigner une amorce, il est important de savoir si on tombe dans le D ou non, les utilisateurs préfèrent avoir des faux positifs que...Discussion en audio Vidjil : faut-il afficher le D selon le choix de spécificité de l'utilisateur ?
Pour désigner une amorce, il est important de savoir si on tombe dans le D ou non, les utilisateurs préfèrent avoir des faux positifs que des faux négatifs (voir aussi #1681)
On pourrait très bien avoir la e-valeur du D dans le `.vidjil` mais cela fait varier la dénomination du clone.
Remarque de @magiraud : mais il faudrait vérifier la spécificité avec n'importe quel bout du génome (mais dans cette région-là on a quand même beaucoup plus de risques d'être effectivement dans le D).
cc @magiraud @RyanHerb @flothoni @Cyanael @aurelBZH