vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-06-12T14:21:10+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3912Normalized ratios and hiding a locus2019-06-12T14:21:10+02:00Mathieu GiraudNormalized ratios and hiding a locusDiscussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothon...Discussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothoni @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3913Changement d'API pour V-QUEST2019-06-03T14:00:23+02:00Mikaël SalsonChangement d'API pour V-QUESTLes noms des paramètres ont changé. Ce sera mis en prod d'ici 2 semaines.
Voir ici les changements : http://www.imgt.org/IMGT_vquest/share/textes/V-QUEST-program-version%203.5.0.pdf
Cela concerne notre bouton d'envoi à IMGT et de récup...Les noms des paramètres ont changé. Ce sera mis en prod d'ici 2 semaines.
Voir ici les changements : http://www.imgt.org/IMGT_vquest/share/textes/V-QUEST-program-version%203.5.0.pdf
Cela concerne notre bouton d'envoi à IMGT et de récupération.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3914Release 2019.052019-05-17T16:13:13+02:00Mathieu GiraudRelease 2019.05Ce jeudi/vendredi ?
Avec #3866/!464 (grosse demande) et !468.
cc @flothoniCe jeudi/vendredi ?
Avec #3866/!464 (grosse demande) et !468.
cc @flothoniMikaël SalsonMikaël Salson2019-05-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3966Faire fonctionner MiXCR avec Docker2020-02-03T16:46:22+01:00Mikaël SalsonFaire fonctionner MiXCR avec DockerLorsqu'on lance MiXCR depuis un container Docker cela nécessite d'avoir java dans le container, ce qui n'est pas le cas.
À l'heure actuelle, MiXCR ne peut être lancé sur app.
Comment corriger ?Lorsqu'on lance MiXCR depuis un container Docker cela nécessite d'avoir java dans le container, ce qui n'est pas le cas.
À l'heure actuelle, MiXCR ne peut être lancé sur app.
Comment corriger ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3916Comparer les temps de vidjil-algo à travers les releases, en relançant tout2020-05-07T08:23:34+02:00Mathieu GiraudComparer les temps de vidjil-algo à travers les releases, en relançant toutComplémentaire à #2257.Complémentaire à #2257.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3917lien « to ARResT/AssignSubsets »2019-10-04T14:46:42+02:00Mikaël Salsonlien « to ARResT/AssignSubsets »cf #3334.
Où l'ajouter ? La barre du bas commence à avoir pas mal de « to … ».cf #3334.
Où l'ajouter ? La barre du bas commence à avoir pas mal de « to … ».Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3918Intitulés des colonnes lors d'export csv de multiples samples2019-05-20T12:51:49+02:00Anne de SeptenvilleIntitulés des colonnes lors d'export csv de multiples samplesLors de l'export csv depuis une vue multiple (set ou run ou patients avec plusieurs samples...), l'intitulé des colonnes n'est pas explicite, car elles sont simplement numérotées (reads_x et ratio_x). Le tableau perd alors beaucoup en li...Lors de l'export csv depuis une vue multiple (set ou run ou patients avec plusieurs samples...), l'intitulé des colonnes n'est pas explicite, car elles sont simplement numérotées (reads_x et ratio_x). Le tableau perd alors beaucoup en lisibilité. C'est dommage car j'aimerais l'utiliser plus souvent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3919Déploiement de feature-g/, intégration dans feature-a/2020-10-20T18:21:34+02:00Mathieu GiraudDéploiement de feature-g/, intégration dans feature-a/Actuellement, à chaque push. Mettre en manuel + une date : est-ce bien cette date qu'on va utiliser à la place de `germline_id` ?Actuellement, à chaque push. Mettre en manuel + une date : est-ce bien cette date qu'on va utiliser à la place de `germline_id` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3920Supprimer les permissions associées quand on supprime une entrée2019-05-24T18:12:55+02:00Mikaël SalsonSupprimer les permissions associées quand on supprime une entréePermettrait d'éviter le genre de problème rencontré dans vdj#587 (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/issues/587#note_68238).Permettrait d'éviter le genre de problème rencontré dans vdj#587 (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/issues/587#note_68238).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3921Avoir une image OVF/OVA2021-02-09T18:02:43+01:00Thonier FlorianAvoir une image OVF/OVAL'équipe IT de Bruxelles demande si nous avons une image vmware pour plus de simplicité.L'équipe IT de Bruxelles demande si nous avons une image vmware pour plus de simplicité.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3923Documenter / déployer la nouvelle normalisation2021-01-19T10:53:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / déployer la nouvelle normalisationAu VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-confi...Au VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-config" #3901 ?
Au moins de la ~doc ?
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3924app/analyze, mise à jour html et vmi2019-06-05T11:36:16+02:00Mathieu Giraudapp/analyze, mise à jour html et vmiSi je ne me trompe pas, ~"app-analyze" prend tout le `.js` du ~client principal.
Mais `segmenter_page.html` (qui serait à renommer) n'a pas été touché depuis longtemps. Le mettre en ~"vmi-responsive".
cc @flothoniSi je ne me trompe pas, ~"app-analyze" prend tout le `.js` du ~client principal.
Mais `segmenter_page.html` (qui serait à renommer) n'a pas été touché depuis longtemps. Le mettre en ~"vmi-responsive".
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3925No spike normalization and disconnected lines2019-07-15T11:33:22+02:00Mathieu GiraudNo spike normalization and disconnected lines@meidanis has situations where the diagnosis point was not normalized (when there is no / a few spike-ins, this is the good way to go).
In this case, there were no lines between the clones in the ~"client-graph". He will send us the `.v...@meidanis has situations where the diagnosis point was not normalized (when there is no / a few spike-ins, this is the good way to go).
In this case, there were no lines between the clones in the ~"client-graph". He will send us the `.vidjil` files before and after normalization.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3927Mounted files / network : docker, documentation2020-03-23T13:03:53+01:00Mathieu GiraudMounted files / network : docker, documentation@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3928Monitor et dock2019-06-12T14:37:52+02:00Mathieu GiraudMonitor et dockA-t-on ce qu'il faut dans les docks pour reporter au moniteur ?
#3926A-t-on ce qu'il faut dans les docks pour reporter au moniteur ?
#3926https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3929conf.js : addons2022-10-04T16:35:32+02:00Mathieu Giraudconf.js : addonsSee #2444
`addons = ['foo.js', 'bar.js']` in `conf.js` should load these files at the end of `app.js`See #2444
`addons = ['foo.js', 'bar.js']` in `conf.js` should load these files at the end of `app.js`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3930Genescan gris : visualisation client2019-10-23T11:21:24+02:00Mathieu GiraudGenescan gris : visualisation client#3902
Discuté : pour le modèle, c'est des clones, "virtuels", crées au chargement... mais visible uniquement au bon moment (et de taille calculée). A réfléchir, regarder `model.js` et `scatterplot.js`...
cc @flothoni#3902
Discuté : pour le modèle, c'est des clones, "virtuels", crées au chargement... mais visible uniquement au bon moment (et de taille calculée). A réfléchir, regarder `model.js` et `scatterplot.js`...
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3931Documenter config.addons2020-01-15T18:57:50+01:00Mathieu GiraudDocumenter config.addonsSuite à !481 / #3929Suite à !481 / #3929https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3932Documentation développeur : réorganiser2019-08-02T11:54:42+02:00Mathieu GiraudDocumentation développeur : réorganiserOn a de la ~doc développeur à améliorer (#2193 / #3931).
`dev.org` est à passer en `.md`, mais aussi probablement à mettre à jour et réorganiser... séparer déjà au moins algo/web ? Je me porte volontaire pour une première passe.
Puis r...On a de la ~doc développeur à améliorer (#2193 / #3931).
`dev.org` est à passer en `.md`, mais aussi probablement à mettre à jour et réorganiser... séparer déjà au moins algo/web ? Je me porte volontaire pour une première passe.
Puis réorganiser/mettre à jour chaque partie
- [ ] algo
- [ ] client
- [ ] serveur/packaging https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3934Avoir à la fois le nom du fichier et du patient depuis un run2020-01-24T10:15:21+01:00Thonier FlorianAvoir à la fois le nom du fichier et du patient depuis un run~"REN-Rennes" me fait la demande d'un moyen de voir apparaître pour un sample donné, ouvert depuis un run, le nom du patient ET le nom du fichier en même temps.
J'avais d'abord envisagé #3868 et #2728. Mais cela n'apporterai pas entièr...~"REN-Rennes" me fait la demande d'un moyen de voir apparaître pour un sample donné, ouvert depuis un run, le nom du patient ET le nom du fichier en même temps.
J'avais d'abord envisagé #3868 et #2728. Mais cela n'apporterai pas entière satisfaction. J'ai recroisé Marie-Laure hier qui m'a confirmé que les deux informations devrait à son sens être visualisable directement sans manipulation pour permettre une meilleur l'identito-vigilance (~"#-certification" ).
Tel que l'on en parlait hier avec elle plusieurs solutions sont envisageables.
* Le plus simple serait d'avoir l'information qui remonterait dans la partie `démographique`.
* Une autre solution serait d'avoir en titre dans la timeline la combo patient/fichier.
* Enfin, la dernière serait d'avoir un mix avec #2728. On pourrait avoir une ligne de plus, sous le champ de texte, avec des boutons permettant d'ouvrir un patient/run/set, et la liste des patient/... qui comportent ce sample. Ainsi, on les voit et l'on peut sauter de l'un à l'autre. Si il n'y à qu'une entré, on n'affiche rien. La variante serait de les afficher dans le menu, à la suite du open/save.
cc @magiraud @mikael-s