vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-01-19T18:26:06+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2328Clarifier ce que sont les clusters2024-01-19T18:26:06+01:00Mathieu GiraudClarifier ce que sont les clustershttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2327Export csv : autres infos2022-06-20T17:03:49+02:00Mathieu GiraudExport csv : autres infosOn n'a pas touché à l'export csv depuis plus de deux ans (e8d2913, a8b354b4, f6de8a5b6e, de79ac2a).
Profiter de #2326 pour éventuellement rajouter d'autres choses.
Productivité ? Nom original ? D'autres idées ?
cc @RyanHerb @mikael-sOn n'a pas touché à l'export csv depuis plus de deux ans (e8d2913, a8b354b4, f6de8a5b6e, de79ac2a).
Profiter de #2326 pour éventuellement rajouter d'autres choses.
Productivité ? Nom original ? D'autres idées ?
cc @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2326Export csv avec clusters2018-07-20T19:02:36+02:00Mathieu GiraudExport csv avec clustersMichael Svaton ~"PRA-Prague" se sert régulièrement de l'export csv (et fait du R ensuite).
L'export ne tient pas compte des clusters/merges : il aimerait avoir une colonne de plus pour les clusters.
cc @mikael-s @RyanHerbMichael Svaton ~"PRA-Prague" se sert régulièrement de l'export csv (et fait du R ensuite).
L'export ne tient pas compte des clusters/merges : il aimerait avoir une colonne de plus pour les clusters.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2324Bar plots en replicate2019-04-17T14:28:41+02:00Mathieu GiraudBar plots en replicateDans Arrest ~"repseq-Nikos", on peut voir un bar plot de deux expériences (au lieu d'une barre, il y a deux barres côte à côte). On peut même soustraire, comme Nikos le montre à ~"ec-ngs".
Faire cela de notre côté remettrait en cause no...Dans Arrest ~"repseq-Nikos", on peut voir un bar plot de deux expériences (au lieu d'une barre, il y a deux barres côte à côte). On peut même soustraire, comme Nikos le montre à ~"ec-ngs".
Faire cela de notre côté remettrait en cause notre modèle "un sample sélectionné" (mais #2299 aussi), mais surtout, afficherait un clone à deux endroits dans la même vue, ce qui changerait encore plus notre manière de naviguer. Bref, je mettrais bien ~"wont-fix".
cc @flothoni @aurelBZH @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2323Tests fonctionnels sur le serveur live pour détecter des incidents de prod2023-03-02T12:03:27+01:00Mathieu GiraudTests fonctionnels sur le serveur live pour détecter des incidents de prodOn en parlait il y a fort longtemps. Et il y a, dans browser/test/Makefile, un `make functional-rbx` (mais qui teste le client).
Plutôt tester des controlleurs (les tests serveur ?) en live.
cc @mikael-s @RyanHerbOn en parlait il y a fort longtemps. Et il y a, dans browser/test/Makefile, un `make functional-rbx` (mais qui teste le client).
Plutôt tester des controlleurs (les tests serveur ?) en live.
cc @mikael-s @RyanHerbThonier FlorianThonier Florian2021-01-18https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2322Redémarrer les workers de manière systématique après une mise en production2017-11-22T12:48:32+01:00Mikaël SalsonRedémarrer les workers de manière systématique après une mise en productionDiscuté pendant vdj#391.
@RyanHerb :
> Il s'agirait effectivement d'une erreur au moment de la lecture des models (tels que le db.py par exemple). Peut-être faudrait-il commencer à redémarrer les workers de manière systématique après u...Discuté pendant vdj#391.
@RyanHerb :
> Il s'agirait effectivement d'une erreur au moment de la lecture des models (tels que le db.py par exemple). Peut-être faudrait-il commencer à redémarrer les workers de manière systématique après une mise en production ?
Le problème est que `vidjil-ci` n'a pas les droits pour relancer les workers (je pense). Comment pourrait-on faire ?
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2321Incident 2017-04-04: Tous les jobs sont en FAILED2017-05-22T15:25:32+02:00Mikaël SalsonIncident 2017-04-04: Tous les jobs sont en FAILEDMails de Jack (15:27) et Aurélie (15:22)
cc @magiraud @RyanHerb @flothoniMails de Jack (15:27) et Aurélie (15:22)
cc @magiraud @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2320Quand le scheduler ne fonctionne pas, les jobs en FAILED n'apparaissent pas d...2024-01-19T18:30:34+01:00Mikaël SalsonQuand le scheduler ne fonctionne pas, les jobs en FAILED n'apparaissent pas dans le log debugAurélie nous prévient que certains jobs ont échoué mais rien n'apparaît dans `vidjil-debug.log`
cc @magiraud @RyanHerb @flothoniAurélie nous prévient que certains jobs ont échoué mais rien n'apparaît dans `vidjil-debug.log`
cc @magiraud @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2319app analyse : résultat vraiment égaux que dans l'interface vijdjil complète ?2017-04-04T13:00:06+02:00Thonier Florianapp analyse : résultat vraiment égaux que dans l'interface vijdjil complète ?Question de Véronique (Imgt) de ce matin :
> les résultats entre les deux sont vrament identique
Réponse :
> Il peux y avoir des variation dans la dénomination avec les Evalue qui ne seront pas identique (puisque variabel suivant le n...Question de Véronique (Imgt) de ce matin :
> les résultats entre les deux sont vrament identique
Réponse :
> Il peux y avoir des variation dans la dénomination avec les Evalue qui ne seront pas identique (puisque variabel suivant le nombres de clones présents.
Correct ?
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2318Plusieurs recombinaisons dans une séquence, scFv2023-06-28T17:25:24+02:00Mathieu GiraudPlusieurs recombinaisons dans une séquence, scFvDiscussion avec Véronique ~"repseq-IMGT" : depuis mi-2016, V-QUEST a une option pour analyser les scFv, avec du VJ (à confirmer) après un VJ normal.
https://en.wikipedia.org/wiki/Single-chain_variable_fragment
http://www.imgt.org/IMGT_...Discussion avec Véronique ~"repseq-IMGT" : depuis mi-2016, V-QUEST a une option pour analyser les scFv, avec du VJ (à confirmer) après un VJ normal.
https://en.wikipedia.org/wiki/Single-chain_variable_fragment
http://www.imgt.org/IMGT_vquest/share/textes/imgtvquest.html#afunc
Si on souhaite un jour détecter ce type de choses, cela pose des questions à la fois côté algo et côté client.
cc @flothoni @mikael-s @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2317Avoir la requête originale quelque part dans le json de retour de CloneDB2018-04-12T15:36:59+02:00Mathieu GiraudAvoir la requête originale quelque part dans le json de retour de CloneDBAvoir la séquence de 40nt remise dans le json de retour permettrait de faire simplement #2315 / #2316.
cc @mikael-sAvoir la séquence de 40nt remise dans le json de retour permettrait de faire simplement #2315 / #2316.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2316Être plus précis sur ce qui signifie "pas d'occurrence" dans CloneDB2018-04-12T15:36:59+02:00Mathieu GiraudÊtre plus précis sur ce qui signifie "pas d'occurrence" dans CloneDBMettre "no occurrence of sequence ACACCATAC... in cloneDB" quand il n'y a pas d'occurrences
cc @mikael-sMettre "no occurrence of sequence ACACCATAC... in cloneDB" quand il n'y a pas d'occurrences
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2315Le lien "Results of CloneDB" dans l'info devrait contenir la requête2018-04-12T15:36:59+02:00Mathieu GiraudLe lien "Results of CloneDB" dans l'info devrait contenir la requêtecc @mikael-scc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2314Une séquence TRG en xxx2018-07-20T18:57:21+02:00Mathieu GiraudUne séquence TRG en xxxhttp://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23190&config=25
Une séquence traine en `xxx` alors qu'elle est bien fine segmentée en `TRG`:
```
>TRGV10*01 4/GTTT/7 TRGJP1*01 186 nt, 1125 reads (0.064%, 1973.68% of unexpected)
AGCATG...http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=23190&config=25
Une séquence traine en `xxx` alors qu'elle est bien fine segmentée en `TRG`:
```
>TRGV10*01 4/GTTT/7 TRGJP1*01 186 nt, 1125 reads (0.064%, 1973.68% of unexpected)
AGCATGGGTAAGACAAGCAACAAAGTGGAGGCAAGAAAGAATTCTCAAACTCTCACTTCAATCCTTACCATCAAGTCCGTAGAGAAAGAAGACATGGCCGTTTACTACTGTGCTGCGTCGTTGG
GGTT
TTGGTTGGTTCAAGATATTTGCTGAAGGGACTAAGCTCATAGTAACTTCGCCTGGTAA
```
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2312La cloneDB est très lente quand il y a beaucoup d'occurrences2018-04-17T12:27:49+02:00Mikaël SalsonLa cloneDB est très lente quand il y a beaucoup d'occurrencesActuellement la CloneDB renvoit beaucoup d'informations. À terme on aura peut-être les idées plus claires sur ce qui nous semble pertinent. Si, dans la plupart des cas, il s'agit juste de renvoyer un nombre d'occurrences ça pourrait être...Actuellement la CloneDB renvoit beaucoup d'informations. À terme on aura peut-être les idées plus claires sur ce qui nous semble pertinent. Si, dans la plupart des cas, il s'agit juste de renvoyer un nombre d'occurrences ça pourrait être beaucoup plus rapide (surtout avec ce que fait @Cyanael).
Bref, lancer la cloneDB sur tous les clones côté client peut être une mauvaise idée ! (à voir si on le fait dans le fuse.py).
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2311Avoir un axe pour le nombre de clones trouvés dans la cloneDB2018-07-26T13:58:34+02:00Mikaël SalsonAvoir un axe pour le nombre de clones trouvés dans la cloneDBPour chaque clone on pourrait calculer le nombre de clones qui sont trouvés avec la même fenêtre dans la cloneDB. Et on pourrait ensuite avoir une coloration ou un graphique pour visualiser cela. Cela permettrait de voir rapidement quels...Pour chaque clone on pourrait calculer le nombre de clones qui sont trouvés avec la même fenêtre dans la cloneDB. Et on pourrait ensuite avoir une coloration ou un graphique pour visualiser cela. Cela permettrait de voir rapidement quels clones sont peu spécifiques.
Exemple avec ce clone : http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23263&config=46&clone=86 j'ai lancé la cloneDB dessus et ça a pris des plombes (48 secondes) car… il y a plein d'occurrences.
cc @magiraud @RyanHerbAlexia OmietanskiAlexia Omietanskihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2310Plusieurs pre-process2017-04-03T18:06:51+02:00Mathieu GiraudPlusieurs pre-processEn regardant les différentes tâches ~"server-pre-process", on peut se dire qu'un jour on aimerait enchaîner plusieurs de ces traitements... Mais c'est peut-être inutilement ~"!-hard" (pour l'instant on n'a qu'un ~"server-pre-process" !)....En regardant les différentes tâches ~"server-pre-process", on peut se dire qu'un jour on aimerait enchaîner plusieurs de ces traitements... Mais c'est peut-être inutilement ~"!-hard" (pour l'instant on n'a qu'un ~"server-pre-process" !). Je proposerais pour l'instant ~"wont-fix", quitte à faire à la main les pipelines qu'il faut.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2306NextSeq et 4 lanes2023-02-08T12:24:22+01:00Mathieu GiraudNextSeq et 4 lanesIl semblerait que le NextSeq produise des fichiers pour 4 lanes, soit 8 fichiers au totel (`L00[1234]_R[12]`). David ~"BEL-Belfast" a eu du mal pour les concaténer.
cc @mikael-s @flothoniIl semblerait que le NextSeq produise des fichiers pour 4 lanes, soit 8 fichiers au totel (`L00[1234]_R[12]`). David ~"BEL-Belfast" a eu du mal pour les concaténer.
cc @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2305De-duplication de reads de capture2023-06-28T17:04:37+02:00Mathieu GiraudDe-duplication de reads de captureDavid ~"BEL-Belfast" souhaite enlever les doublons exacts de séquence. Pour de la ~"bio-capture", la position des reads est plus ou moins aléatoire, bref ils ne devraient pas être exactement les mêmes. On pourrait avoir un ~"server-pre-p...David ~"BEL-Belfast" souhaite enlever les doublons exacts de séquence. Pour de la ~"bio-capture", la position des reads est plus ou moins aléatoire, bref ils ne devraient pas être exactement les mêmes. On pourrait avoir un ~"server-pre-process" qui fait cela.
C'est par contre problématique pour quantifier précisément (et/ou si on a beaucoup de reads. "Pour de la MRD il faudrait des UMI, mais pour le diag pas besoin."
cc @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2303Les contrôleurs de permissions cassent si un groupe user_* existe sans son ut...2021-11-08T12:13:15+01:00Ryan HerbertLes contrôleurs de permissions cassent si un groupe user_* existe sans son utilisateurCe cas a été observé lors de la migration des données de Lille, j'avais oublié de supprimer les groupes vides, et donc les contrôleurs de permissions de pre_process et config étaient inaccessibles.
Ceci est dû à la manière dont on rempl...Ce cas a été observé lors de la migration des données de Lille, j'avais oublié de supprimer les groupes vides, et donc les contrôleurs de permissions de pre_process et config étaient inaccessibles.
Ceci est dû à la manière dont on remplace les noms des groupes user_* par le nom de l'utilisateur qui porte l'id *
@magiraud @mikael-s @flothoni