vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-04-09T20:09:58+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2474Non affichage des svg dans les boutons bar/plot du menu scatterplot2018-04-09T20:09:58+02:00Ghost UserNon affichage des svg dans les boutons bar/plot du menu scatterplotProblème détecté l'autre jour avec @magiraud après les premières modifications pour #2244.
Le problème n'est finalement pas lié à cette issue comme supposé, je viens de m'apercevoir qu'il est également présent sur dev.
Voilà ce que...Problème détecté l'autre jour avec @magiraud après les premières modifications pour #2244.
Le problème n'est finalement pas lié à cette issue comme supposé, je viens de m'apercevoir qu'il est également présent sur dev.
Voilà ce que donne la console :
```
XMLHttpRequest cannot load file:///.../vidjil/browser/images/bar.svg. Cross origin requests are only supported for protocol schemes: http, data, chrome, chrome-extension, https.
```
Et même chose pour `plot.svg`.
A régler pour la release de lundi je suppose
cc @mikael-s @RyanHerb https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4527Avoir un environnement de développement immédiat2021-10-15T17:16:06+02:00Mathieu GiraudAvoir un environnement de développement immédiat@duez, il y a quelques jours : "Cela devrait être beaucoup plus simple de se mettre à développer (que ce soit sur une nouvelle machine, ou bien sur un autre répertoire), `git clone` puis `make` ou autre commande, et tout devrait être up....@duez, il y a quelques jours : "Cela devrait être beaucoup plus simple de se mettre à développer (que ce soit sur une nouvelle machine, ou bien sur un autre répertoire), `git clone` puis `make` ou autre commande, et tout devrait être up."
Vu ce qui a été fait sur ~"server-docker" récemment, et sur les environnements de review, n'en sommes-nous pas proches ? Que faudrait-il faire ?
Voir #4210/!619.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4529vmi et fenêtre serveur2020-11-13T19:34:10+01:00Mathieu Giraudvmi et fenêtre serveurLa fenêtre serveur pourrait être une vue de ~"vmi-responsive".
Derrière reflexion sur modal (cc @flothoni), que j'aimerais pouvoir éviter, mais à voir si cela fait sens.La fenêtre serveur pourrait être une vue de ~"vmi-responsive".
Derrière reflexion sur modal (cc @flothoni), que j'aimerais pouvoir éviter, mais à voir si cela fait sens.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4533compare & qc-stats depuis la page principale : un clic lorsque beaucoup de pa...2024-02-21T14:12:33+01:00Mathieu Giraudcompare & qc-stats depuis la page principale : un clic lorsque beaucoup de patients sont accessibles ne devrait pas bloquer le serveurAppuyer sur le bouton "stats" avec beaucoup de sets peut mettre à plat un serveur. Les admins ont beaucoup de sets, mais certains usagers aussi.
Si #3530 n'est vraiment pas un souci, rajouter tout de même une limite dure (50 ? 100 ? 500...Appuyer sur le bouton "stats" avec beaucoup de sets peut mettre à plat un serveur. Les admins ont beaucoup de sets, mais certains usagers aussi.
Si #3530 n'est vraiment pas un souci, rajouter tout de même une limite dure (50 ? 100 ? 500 dernier sets ?) pour qu'un simple clic ne bloque pas toutWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4534Environnements de review server : rendre disponible les fichiers de séquences...2020-10-21T09:12:21+02:00Mathieu GiraudEnvironnements de review server : rendre disponible les fichiers de séquences de démo ?Typiquement L3/L4/X5... et #3788 à terme
Ne serait-ce pas l'occasion de les rendre disponible "par le réseau" ~"server-mounted-files", bref en montage/volume qui soit partagé par tous les environnements, et ainsi de pouvoir tester cette...Typiquement L3/L4/X5... et #3788 à terme
Ne serait-ce pas l'occasion de les rendre disponible "par le réseau" ~"server-mounted-files", bref en montage/volume qui soit partagé par tous les environnements, et ainsi de pouvoir tester cette fonctionnalité ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4536Rendre qc-stats robuste à des fichiers non présents ou trop anciens2020-12-02T14:47:15+01:00Mathieu GiraudRendre qc-stats robuste à des fichiers non présents ou trop anciensDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496#note_398601 :
```
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", getFusedStats(fuse)
(...)
basenames = [os.path.basename(x) for x ...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496#note_398601 :
```
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", getFusedStats(fuse)
(...)
basenames = [os.path.basename(x) for x in data['samples']['original_names']]
result_index = basenames.index(os.path.basename(res['sequence_file']))
ValueError: 'sequence_file.data_file.b(...)7a.gz' is not in list
```
Est-ce un fichier non dispo / trop ancien ? On suppose que original_names est bien renseigné, mais... si ce n'est pas le cas ? Par exemple ignorer ce fichier et passer à la suite ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4537Compare samples : mettre en avant les process les plus récents ?2020-10-21T09:39:47+02:00Mathieu GiraudCompare samples : mettre en avant les process les plus récents ?
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de ...
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de retrouver
- Ou afficher différement ? Par exemple griser les process qui ne sont pas les plus récents ?
C'est certes un cas très particulier (on le relance souvent L3), peut-être ~"priority-1-low".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4538Devrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?2023-11-09T11:04:58+01:00Mathieu GiraudDevrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résul...Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résultats ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4539stats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un set2023-03-28T16:18:06+02:00Mathieu Giraudstats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un setCertains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur ...Certains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur la page d'un set un bouton "preview all samples" qui fait tout cela d'un coup ? (Derrière, le ~"server-fuse" a déjà été lancé s'ils sont dans le même set #4538)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4543tests tutorial : extraire .tex à partir d'un/plusieurs .rb2020-11-20T18:08:01+01:00Mathieu Giraudtests tutorial : extraire .tex à partir d'un/plusieurs .rbSuite à https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/812/diffs#note_392032 (et orthogonal à !812) :
> Probablement que l'autre sens (.tex extrait à partir du .rb) serait moins gênant
Je pense aussi qu'il est plus important ...Suite à https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/812/diffs#note_392032 (et orthogonal à !812) :
> Probablement que l'autre sens (.tex extrait à partir du .rb) serait moins gênant
Je pense aussi qu'il est plus important d'avoir la coloration du code (et review...) en `.rb` qu'en `.tex`.
On pourrait donc extraire un .tex (ou .md #3574).
Points à regarder :
> a-t-on ce qu'il faut pour gérer proprement les inclusions (plusieurs fichiers .rb, et #4504) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4545org-babel-tangle.py et fichiers inclus2020-11-20T16:50:01+01:00Mathieu Giraudorg-babel-tangle.py et fichiers inclus
Faire que org-babel-tangle.py puisse:
- extraire tout à la suite dans un seul fichier
- suivre `\input{...}` (ou autre constructions dans d'autres langages, #4543)
Faire que org-babel-tangle.py puisse:
- extraire tout à la suite dans un seul fichier
- suivre `\input{...}` (ou autre constructions dans d'autres langages, #4543)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4546vidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clones2020-11-02T09:48:05+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clonesActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothoniActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4548Pouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons ...2020-11-03T09:37:59+01:00Mathieu GiraudPouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons particulières
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioin...
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioinformaticien en lien avec un utilisateur) d'éditer (de manière générique) ces choses ? Et donc de les stocker dans le `.vidjil` / les exporter dans le 'get support' ? En marquant d'une certaine manière (warning ?) que la séquence a été éditée manuellement ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4549Nouvelles variables / variables non-existentes dans defs.py2020-11-13T20:03:35+01:00Mathieu GiraudNouvelles variables / variables non-existentes dans defs.pyDepuis !813 :
> > > > Est-ce qu'il ne faudrait pas aussi qu'on vérifie (aussi) l'existence de la variable ? Cela éviterait les erreurs serveurs pour les installations courantes qui ne la renseignerait pas.
> > > Je me suis aussi posé ...Depuis !813 :
> > > > Est-ce qu'il ne faudrait pas aussi qu'on vérifie (aussi) l'existence de la variable ? Cela éviterait les erreurs serveurs pour les installations courantes qui ne la renseignerait pas.
> > > Je me suis aussi posé la question... comme pour toutes les modifications que l'on a fait à `defs.py`. Pour l'instant on n'a jamais fait cela, voir récemment !666.
> > > Garder la compatibilité peut mettre de la dette technique à la fois sur le code... mais surtout sur les `defs.py` des serveurs déployés : cela peut garder l'illusion que l'on peut ne pas mettre à jour et remettre à "plus tard' une détection de bug de configuration, alors que si on a "bientôt" un soucis dans une configuration cela reste frais.
Je préfère donc mettre ~"beware-migration" et qu'on soit plus rigoureux avec #4482 (et cette MR inclut dans ce sens e3b282d5).
> > > Pour l'instant on n'a jamais fait cela, voir récemment !666.
> > Je disconviens : 04048ecb24 ;)
> > Dans certains cas cela se justifie, par exemple pour les emails on a besoin de connaître les informations ou pour définir les sets, patients, runs mais je pense que ça ne devrait pas être systématique.
> > Dans certains cas on s'est déjà retrouvé (ou des utilisateurs) avec des erreurs serveurs parce que certaines variables n'étaient pas définies alors que ce n'est pas bloquant pour utiliser le serveur (par exemple avec `DIR_PEAR`).
> > Et là on met le poids sur les utilisateurs qui doivent mettre à jour leurs `defs.py` pour ne pas se retrouver avec une erreur serveur.
> @duez parle aussi de `DIR_PEAR`, et "ce n'est pas normal, on devrait avoir un mécanisme qui fait que tout variable non définie aie une valeur par défaut"
> @duez : "on pourrait loader le `defs.py.sample`, puis le `defs.py`, pour que toutes les variables aient une telle valeur par défaut"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4550task.py devrait accéder à un dictionnaire pour les (pre-, post-)process, voir...2020-11-13T20:03:34+01:00Mathieu Giraudtask.py devrait accéder à un dictionnaire pour les (pre-, post-)process, voire pour les process ?Suggestion de @duez : un dictionnaire dans `defs.py`, on ne devrait pas avoir à changer `task.py` pour un nouveau pré/post-process qui est juste "une commande à trous" (possiblement avec wrapper)
Discussion avec @duez / @flothoni : les ...Suggestion de @duez : un dictionnaire dans `defs.py`, on ne devrait pas avoir à changer `task.py` pour un nouveau pré/post-process qui est juste "une commande à trous" (possiblement avec wrapper)
Discussion avec @duez / @flothoni : les tasks demandent plus de choses... mais ne faudrait-il pas un wrapper autour de vidjil-algo ou d'autres tâches pour que ~"server-task.py" ne s'occupe que du scheduling ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4551Avoir une confirmation utilisateur pour créer/uploader des données sur un ser...2020-12-04T18:21:59+01:00Mathieu GiraudAvoir une confirmation utilisateur pour créer/uploader des données sur un serveur non-HDS
En discutant de !813, suggestion de @duez : sur des serveurs non-HDS, faire que le bouton `save/upload` à la création de données potentiellement sensibles soit grisé, avec une case à cocher pour que l'usager indique que ses données sont...
En discutant de !813, suggestion de @duez : sur des serveurs non-HDS, faire que le bouton `save/upload` à la création de données potentiellement sensibles soit grisé, avec une case à cocher pour que l'usager indique que ses données sont bien autorisées à aller sur ce serveur.
Cela va clairement plus loin que #4506 mais peut être nécessaire pour mieux sensibiliser les usagers et clarifier les responsabilités de chacun.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4553Computation of MRD value upon clustering2020-11-26T19:23:44+01:00Joao MeidanisComputation of MRD value upon clusteringWe are experiencing an issue here in that, when clones are clustered, the MRD value of the first clone in the cluster, when opened, seems to be overestimated, sometimes even surpassing 100%. Perhaps an adjustment is needed in the way MR...We are experiencing an issue here in that, when clones are clustered, the MRD value of the first clone in the cluster, when opened, seems to be overestimated, sometimes even surpassing 100%. Perhaps an adjustment is needed in the way MRD values for individual clones inside a cluster are computed?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4554Fuse de fichier avec des windows mix de 50 et 60 nt2020-11-06T11:01:24+01:00Thonier FlorianFuse de fichier avec des windows mix de 50 et 60 ntUne question me vient. En routine il y a de cela un temps fort fort lointain, on avait des windows de taille 50, et maintenant nous sommes passé à 60.
Dans ce cas, les nouvelles analyses ne devrait pas être compatible lors du fuse non ?...Une question me vient. En routine il y a de cela un temps fort fort lointain, on avait des windows de taille 50, et maintenant nous sommes passé à 60.
Dans ce cas, les nouvelles analyses ne devrait pas être compatible lors du fuse non ?
De plus, est-ce que l'on test réellement ces comportements de mix inter-version ? Dans le cadre des tests COFRAC des hôpitaux ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4555Fenêtre info ne s'ouvre pas sur d'anciens samples (avec un custom)2020-11-06T10:59:26+01:00Mikaël SalsonFenêtre info ne s'ouvre pas sur d'anciens samples (avec un custom)Ici https://app.vidjil.org/browser/?custom=2909 la fenêtre info ne s'ouvre pas avec l'erreur :
```
TypeError: this.diversity[key][time].toFixed is not a function
```Ici https://app.vidjil.org/browser/?custom=2909 la fenêtre info ne s'ouvre pas avec l'erreur :
```
TypeError: this.diversity[key][time].toFixed is not a function
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4557Avoir un champ type "created/uploaded_time" pour les sets, les samples ?2021-04-20T10:24:36+02:00Mathieu GiraudAvoir un champ type "created/uploaded_time" pour les sets, les samples ?Évoqué ce midi, à propos de !837 : avoir un nouveau champ en BD. Que veut-on exactement ? Création, upload ?
cc @duez @flothoniÉvoqué ce midi, à propos de !837 : avoir un nouveau champ en BD. Que veut-on exactement ? Création, upload ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4558Avoir un meilleur retour utilisateur quand il y a une requête "bloquante" à l...2020-12-11T13:08:02+01:00Mathieu GiraudAvoir un meilleur retour utilisateur quand il y a une requête "bloquante" à la dbÉvoqué ce matin à propos de !832.
La requête par défaut va être un peu plus longue, et donc on va souvent avoir 1-2 secondes de lag quand on clique quelque part depuis le client. Pour l'instant le pointeur change et le bouton devient gr...Évoqué ce matin à propos de !832.
La requête par défaut va être un peu plus longue, et donc on va souvent avoir 1-2 secondes de lag quand on clique quelque part depuis le client. Pour l'instant le pointeur change et le bouton devient grisé (!291), mais ce n'est pas suffisant (on peut toujours cliquer ailleurs, et des choses non voulues vont se produire).
On parlait par exemple de griser l'ensemble de la fenêtre ~"client-database" et de mettre un (gros ?) spinner dessus ? (éventuellement après 0,3s-0,8s pour ne pas trop charger quand cela va vite, comme ce qu'on a fait pour #XXXX ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4559Simplifier voir limiter/interdire la requête SampleSet pour les admins ?2021-02-09T16:11:39+01:00Mathieu GiraudSimplifier voir limiter/interdire la requête SampleSet pour les admins ?Ne bloque pas !832.
Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/832#note_405028 :
> en tant qu'admin : 11s (\~1,4s sur app actuellement)
Comme en tant qu'admin on arrive souvent sur cette page, ne pourrait-on pas avo...Ne bloque pas !832.
Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/832#note_405028 :
> en tant qu'admin : 11s (\~1,4s sur app actuellement)
Comme en tant qu'admin on arrive souvent sur cette page, ne pourrait-on pas avoir une requête simplifiée pour les admins... voire pas de requête du tout ?
Ou... faire avec !837 que "My Account" soit la page par défaut (à voir combien de temps met la requête...)
Si un admin veut vraiment aller voir des données, il peut faire un impersonnate ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4563Ouvrir "My Account" lorsqu'on clique sur son nom2020-12-10T09:30:47+01:00Mathieu GiraudOuvrir "My Account" lorsqu'on clique sur son nomSuite à !833. Dépend de #4562.Suite à !833. Dépend de #4562.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4569Pouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set ...2020-12-11T11:53:00+01:00Mathieu GiraudPouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set avec des samples existantsUtile par exemple quand on crée de nombreux patients et qu'on se rend compte ensuite qu'on a oublié un set. Ou tout simplement... on décide de faire du rangement et de créer des nouveaux sets.
Pas évident de voir quel serait le bon chem...Utile par exemple quand on crée de nombreux patients et qu'on se rend compte ensuite qu'on a oublié un set. Ou tout simplement... on décide de faire du rangement et de créer des nouveaux sets.
Pas évident de voir quel serait le bon chemin UX pour cela... avoir un bouton "add existing sample" sur la page du set ? Mais comment alors en sélectionner potentiellement beaucoup ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4570Documenter comment travailler sur un format .vidjil2021-02-03T18:52:47+01:00Mathieu GiraudDocumenter comment travailler sur un format .vidjilIl serait intéressant d'encourager les bioinformaticiens à utiliser le format vidjil, plus riche que des exports comme l'export CSV du ~client.
Dans `doc/vidjil-format`, rajouter un script python simple d'exemple pour itérer sur des cl...Il serait intéressant d'encourager les bioinformaticiens à utiliser le format vidjil, plus riche que des exports comme l'export CSV du ~client.
Dans `doc/vidjil-format`, rajouter un script python simple d'exemple pour itérer sur des clones d'un .vijdil multi-sample.
Voir également, côté API, #4207 et #1589.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4571API / URL serveur : arriver sur une page d'un set2021-03-29T16:16:46+02:00Mathieu GiraudAPI / URL serveur : arriver sur une page d'un setÉtait déjà mentionné dans #1188 il y a plus de 4 ans ;)
https://app.vidjil.org/4845-25 ouvre le client, set 4845, config 25.
Serait-il raisonnable que https://app.vidjil.org/4845 fasse atterrir sur la page ~"client-database" du set ?
...Était déjà mentionné dans #1188 il y a plus de 4 ans ;)
https://app.vidjil.org/4845-25 ouvre le client, set 4845, config 25.
Serait-il raisonnable que https://app.vidjil.org/4845 fasse atterrir sur la page ~"client-database" du set ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4572Pouvoir cliquer avec le bouton droit sur des liens sample sets2020-11-20T21:15:48+01:00Mathieu GiraudPouvoir cliquer avec le bouton droit sur des liens sample sets
Si on arrive sur un run avec 50+ patients, on peut souhaiter ouvrir un certain nombre d'onglets avec ces patients. Ce n'est pas possible pour le moment.
Serait ~"!-easy", mais... nécessite #4571 qui est bien plus dur.
Si on arrive sur un run avec 50+ patients, on peut souhaiter ouvrir un certain nombre d'onglets avec ces patients. Ce n'est pas possible pour le moment.
Serait ~"!-easy", mais... nécessite #4571 qui est bien plus dur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4573Page principale du serveur : trier les sets par ordre de mise à jour ?2022-03-23T13:40:13+01:00Mathieu GiraudPage principale du serveur : trier les sets par ordre de mise à jour ?Évoqué ce matin : la vue actuelle de la page principale affiche suivant l'ordre de création.
Certes, la recherche, surtout quand elle est efficace depuis !832, permet d'aller chercher facilement n'importe quel set.
Mais bon, si un patie...Évoqué ce matin : la vue actuelle de la page principale affiche suivant l'ordre de création.
Certes, la recherche, surtout quand elle est efficace depuis !832, permet d'aller chercher facilement n'importe quel set.
Mais bon, si un patient créé il y a un an a désormais un point ~"bio-mrd", il est probable qu'on va "souvent" en parler dans les jours à venir: il pourrait apparâitre tout en haut. Plus généralement, "mis à jour" pourrait dire "sample ajouté" ou bien "analyse enregistrée".
Dans ~"dev-gitlab", ma vue par défaut est un tri avec les issues/MR updatées récemment en premier... mais certes, on peut changer le tri.
On pourrait aussi ici permettre plusieurs tris... mais même en faisant cela, j'ai une vague impression qu'un ordre par défaut "last updated" serait en général plus pertinent qu'un ordre "last created". Autres avis bienvenus.
cc @flothoni @duez @mikael-smarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4579Comment relancer les fuse sur un serveur2020-11-23T13:37:35+01:00Thonier FlorianComment relancer les fuse sur un serveurJ'ai mis à jour fuse pour qu'il remonte un nouveau warning (#4566).
Ce nouveau warning peut avoir une incidence non nul sur une interprétation. Comment est-il possible de relancer les fuse sur un certain nombre d'analyses récentes ? Dan...J'ai mis à jour fuse pour qu'il remonte un nouveau warning (#4566).
Ce nouveau warning peut avoir une incidence non nul sur une interprétation. Comment est-il possible de relancer les fuse sur un certain nombre d'analyses récentes ? Dans ce cas, faut-il aussi avoir la version spécifique du fuse disponible quelque part ? Comment être certain que l'analyse que l'on regarde ait inclut cette fonction lors du fuse ?
* La technique actuellement serait possiblement de conseiller de relancer au moins une analyse puisque l'on sait que le fuse se fera automatiquement une fois celle-ci finit.
* Ne serait-il pas possible de le faire automatiquement ? Dans ce cas, on crash ou on obstrue le serveur car il y en aurait pour très longtemps (et ce n'est pas pour aller en s'améliorant.
* Ne lancer que sur les XXX analyses les plus récentes ?
* Avoir un bouton spécifique dans la page du set sans avoir a relancer une analyse ? Ce bouton ne serait disponible que si la version du fuse est différente par exemple ?
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4580Follow-up from "Feature ct/mrd brasil tool and client"2020-12-02T15:41:59+01:00Thonier FlorianFollow-up from "Feature ct/mrd brasil tool and client"The following discussion from !781 should be addressed:
- [ ] @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/781#note_394475):
> Laisser aussi en commentaire l'ancienneThe following discussion from !781 should be addressed:
- [ ] @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/781#note_394475):
> Laisser aussi en commentaire l'anciennehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4583My Account: réécrire certains liens avec les URLs courtes2020-12-10T09:27:00+01:00Mathieu GiraudMy Account: réécrire certains liens avec les URLs courtesMy Account propose plusieurs liens.
Après le merge de !846.
Voir aussi #4582My Account propose plusieurs liens.
Après le merge de !846.
Voir aussi #4582https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4584My Account/Usage: inclure les tags des sets ?2021-04-08T16:32:58+02:00Mathieu GiraudMy Account/Usage: inclure les tags des sets ?Ne bloque pas #4562
Pour l'instant la page affiche uniquement les tags des samples.
Cela peut convenir à certains usagers, mais pas à d'autres qui utilisent les tags sur des sets.Ne bloque pas #4562
Pour l'instant la page affiche uniquement les tags des samples.
Cela peut convenir à certains usagers, mais pas à d'autres qui utilisent les tags sur des sets.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4585My Account : corriger le compte des samples et le remettre en prod2020-12-10T09:17:28+01:00Mathieu GiraudMy Account : corriger le compte des samples et le remettre en prodSur `dev`, en tant que `user_15`, j'ai uploadé 1 nouveau set avec 4 samples.
My Account m'affiche "sets: 2 (samples: 2)" (j'avais un autre set auparavant).
Surtout, je vois partout un même nombre de "samples" que les sets...
Pour ne pa...Sur `dev`, en tant que `user_15`, j'ai uploadé 1 nouveau set avec 4 samples.
My Account m'affiche "sets: 2 (samples: 2)" (j'avais un autre set auparavant).
Surtout, je vois partout un même nombre de "samples" que les sets...
Pour ne pas bloquer #4562, on pourrait mettre ces infos en dev-mode.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4586My Account : améliorer la css2020-12-03T20:39:36+01:00Mathieu GiraudMy Account : améliorer la cssNe bloque pas #4562Ne bloque pas #4562https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4589My Account/Usage : remplacer "Group user_XX" par quelque chose comme "Persona...2020-12-10T09:20:16+01:00Mathieu GiraudMy Account/Usage : remplacer "Group user_XX" par quelque chose comme "Personal group user_XX"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4590My Account/Usage : enlever le 's' quand il n'y a qu'un seul patient/run/set2020-12-10T09:20:01+01:00Mathieu GiraudMy Account/Usage : enlever le 's' quand il n'y a qu'un seul patient/run/sethttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4593My Account /Usage : search box2021-02-09T16:11:27+01:00Mathieu GiraudMy Account /Usage : search boxJe n'ai pas réussi à faire fonctionner la recherche sur "My Account".
Surtout, cela semble pertinent pour... les ~"server-admin", et difficilement pour un usager normal.Je n'ai pas réussi à faire fonctionner la recherche sur "My Account".
Surtout, cela semble pertinent pour... les ~"server-admin", et difficilement pour un usager normal.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4594Que devrait contenir une page My Account ?2020-12-03T19:23:43+01:00Mathieu GiraudQue devrait contenir une page My Account ?
Une vraie page "my account" pourrait rappeler les infos de l'utilisateur (et lui permettre de changer son mot de passe), de fixer quelques paramètres (type des notifications...). En attendant, la page actuelle pourrait probablement s'ap...
Une vraie page "my account" pourrait rappeler les infos de l'utilisateur (et lui permettre de changer son mot de passe), de fixer quelques paramètres (type des notifications...). En attendant, la page actuelle pourrait probablement s'appeler "stats" ou quelque chose comme cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4596processes: un process apparaît autant de fois qu'il est dans un sample set2020-12-03T19:35:04+01:00Mikaël Salsonprocesses: un process apparaît autant de fois qu'il est dans un sample setSur la page processes.
C'est pratique parce que ça permet d'aller dans le sample set qu'on souhaite ensuite, mais cela rajoute quand même du bruit (ou alors mettre les divers sample sets sur la même ligne ?)Sur la page processes.
C'est pratique parce que ça permet d'aller dans le sample set qu'on souhaite ensuite, mais cela rajoute quand même du bruit (ou alors mettre les divers sample sets sur la même ligne ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4597Genescan / Biomed-2 sur distributions2020-12-04T11:56:45+01:00Mathieu GiraudGenescan / Biomed-2 sur distributions
Mentionné par @flothoni : Plus complexe que #2043, que cela fonctionne aussi sur les distributions.
Mais difficile, analyse de tous les clones. Déjà faire #2043.
Mentionné par @flothoni : Plus complexe que #2043, que cela fonctionne aussi sur les distributions.
Mais difficile, analyse de tous les clones. Déjà faire #2043.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4600Réflexion sur l'ensemble du client, page blanche, nouvelles vues2020-12-04T22:17:28+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur l'ensemble du client, page blanche, nouvelles vuesDiscuté lors de la réunion ~"+-roadmap" cc @flothoni @duez.
Si Vidjil n'exisitait pas, que faudrait-il concevoir pour répondre aux besoins des usagers en hémato et en client ?
En partant d'une page blanche, que pourrions-nous imaginer ?
...Discuté lors de la réunion ~"+-roadmap" cc @flothoni @duez.
Si Vidjil n'exisitait pas, que faudrait-il concevoir pour répondre aux besoins des usagers en hémato et en client ?
En partant d'une page blanche, que pourrions-nous imaginer ?
Au final, cette réflexion *pourrait* donner lieu à de nouvelles vues
(comparaison répertoires, beaucoup échantillons, tables...) ou à d'autres changements.
Voir #2245, #4139, #1975, #4165, #2589, #4180, #1887...
Brainstorming à faire, par exemple en février ou mars 2021.2021-03-04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4602task.py et ailleurs: Utiliser des constantes pour les status des process2020-12-08T15:19:38+01:00Mathieu Giraudtask.py et ailleurs: Utiliser des constantes pour les status des process
QUEUED, RUNNING, COMPLETED, FAILED, DONE devraient être dans des constantes
QUEUED, RUNNING, COMPLETED, FAILED, DONE devraient être dans des constanteshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4603Propriétaires vus dans le volume `results` sur Docker2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudPropriétaires vus dans le volume `results` sur DockerVu par @duez, sur une certaine installation les permissions sont curieuses, voir ensuite ce que fait `docker/vidjil-server/scripts/tools.sh`Vu par @duez, sur une certaine installation les permissions sont curieuses, voir ensuite ce que fait `docker/vidjil-server/scripts/tools.sh`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4604Test germline de dev : les remettre dans les schedules en allow_failure ?2020-12-09T15:13:43+01:00Mathieu GiraudTest germline de dev : les remettre dans les schedules en allow_failure ?Vu par @duez : job [#886520](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886520) failed for 67f76cb479c12f8ace678ed0bd257127cc60749b
C'est le même test que dans !839. C'est normal que ces tests échouent quand on a une mise à jour en in...Vu par @duez : job [#886520](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886520) failed for 67f76cb479c12f8ace678ed0bd257127cc60749b
C'est le même test que dans !839. C'est normal que ces tests échouent quand on a une mise à jour en instance.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4608My Account/Usage : pouvoir accéder aux sets2020-12-10T09:30:51+01:00Mathieu GiraudMy Account/Usage : pouvoir accéder aux sets
La liste des tags me semble utile. Mais bon, je vois un `#WM (12)`, on clique dessus et... on a toujours la page Usage, et, comme ce sont les process du dernier mois, pas forcément d'accès aux sets/samples.
Avoir un moyen de basculer s...
La liste des tags me semble utile. Mais bon, je vois un `#WM (12)`, on clique dessus et... on a toujours la page Usage, et, comme ce sont les process du dernier mois, pas forcément d'accès aux sets/samples.
Avoir un moyen de basculer sur la page patient/run/set avec la recherche déjà renseignée pour pouvoir accéder à ces sets ?
Par exemple... en cliquant sur le "12 patients" de Usage ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4610MyAccount / Usage pour admin2021-02-09T16:10:50+01:00Mathieu GiraudMyAccount / Usage pour adminÀ un moment, Ryan nous avait montré une page "Usage" qui, pour les admins, montrait tout les groupes. Je ne me souviens même plus si on avait demandé de l'enlever, c'est possible.
De mon côté sur app quand je suis loggué en admin je ne...À un moment, Ryan nous avait montré une page "Usage" qui, pour les admins, montrait tout les groupes. Je ne me souviens même plus si on avait demandé de l'enlever, c'est possible.
De mon côté sur app quand je suis loggué en admin je ne vois que "mes" infos, et je dois faire un impersonate pour accéder aux stats.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4613API Server: pouvoir spécifier l'id de l'analyse2020-12-11T12:32:50+01:00Mathieu GiraudAPI Server: pouvoir spécifier l'id de l'analysementionné par @duezmentionné par @duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4614Comparer automatiquement les résultats sur certains fichiers récents ?2020-12-18T11:28:32+01:00Mikaël SalsonComparer automatiquement les résultats sur certains fichiers récents ?En fermant #1257 je me pose la question d'un mécanisme plus fin.
Quand on change de version algo, on pourrait avoir envie de lancer l'algo aléatoirement sur X fichiers récents et comparer les résultats avec la précédente version. Ça ser...En fermant #1257 je me pose la question d'un mécanisme plus fin.
Quand on change de version algo, on pourrait avoir envie de lancer l'algo aléatoirement sur X fichiers récents et comparer les résultats avec la précédente version. Ça serait une utilisation pertinente de notre Vidjil-algo-next.
Ce lancement pourrait être fait côté serveur (physique) sans que cela crée de nouveaux processes dans l'interface.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4616tools/diff.py : différence entre deux .vidjil2020-12-18T11:28:09+01:00Mathieu Giraudtools/diff.py : différence entre deux .vidjilÉvoqué à l'occasion de #4614. Le but est d'avoir un script donnant rapidement les différences, et pouvant être lancé 100+ fois pour des comparaisons massives.
Voir si cela fonctionne encore, mettre à jour, tester. (Coupler un jour avec ...Évoqué à l'occasion de #4614. Le but est d'avoir un script donnant rapidement les différences, et pouvant être lancé 100+ fois pour des comparaisons massives.
Voir si cela fonctionne encore, mettre à jour, tester. (Coupler un jour avec `benchmark-releases` ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4617Message d'alerte : revoir la CSS2021-02-05T20:02:50+01:00Mikaël SalsonMessage d'alerte : revoir la CSSLe message d'alerte n'est pas affiché quand il est trop long (car caché). On n'a vraiment pas envie d'être embêté par ce genre de problème quand on affiche un message d'alerte.Le message d'alerte n'est pas affiché quand il est trop long (car caché). On n'a vraiment pas envie d'être embêté par ce genre de problème quand on affiche un message d'alerte.marc duezmarc duez2021-01-15https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4618Configuration apparaissant plusieurs fois dans les résultats2020-12-19T13:36:32+01:00Thonier FlorianConfiguration apparaissant plusieurs fois dans les résultatsJe viens de lancer des analyses sur des données d'un run avec la confid `multi+inc`. Je vois plusieurs fois celle-ci apparaître dans les boutons d'accès rapide au résultats.
Sur ce run, j'ai d'abord mis quelques fichiers demo, puis j'a...Je viens de lancer des analyses sur des données d'un run avec la confid `multi+inc`. Je vois plusieurs fois celle-ci apparaître dans les boutons d'accès rapide au résultats.
Sur ce run, j'ai d'abord mis quelques fichiers demo, puis j'ai lancé les analyse avec la config, puis ensuite j'ai modifier ces samples pour les rajouter à un individu.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4620Sous-espèces et germlines (quasi-)dupliquées2021-04-08T16:09:54+02:00Mathieu GiraudSous-espèces et germlines (quasi-)dupliquéesVu à l'occasion de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910:
> @mikael-s
> > Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien des noms de gènes différents ? Autrement dit est-ce que, par exemple, on ne va ...Vu à l'occasion de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910:
> @mikael-s
> > Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien des noms de gènes différents ? Autrement dit est-ce que, par exemple, on ne va pas se retrouver avec deux IGHV1\*01 chez *Sus scrofa* ?
> @flothoni
> > On a pire que ça: on a plusieurs fois les mêmes entrées pour un même combo segment/allèle/sous-espèce.
> (...)
mais au final
> > On voit que le problème ne concerne donc que les fichiers des classes et pas les germlines directement. Cependant, les séquences ne sont pas les mêmes lorsqu'il y a des duplications...
Qu'en est-il pour Mus Musculus et les autres déjà présentes ?
Que faire s'il y a vraiment une ambiguïté ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4621Productivité et codon start et autres éléments2021-01-05T10:53:05+01:00Mathieu GiraudProductivité et codon start et autres élémentsDepuis #3569, https://docs.airr-community.org/en/stable/datarep/rearrangements.html#productive :
> No defect in the start codon, splicing sites or regulatory elements.
Est-ce quelque chose que l'on pourrait regarder ? Une référence pr...Depuis #3569, https://docs.airr-community.org/en/stable/datarep/rearrangements.html#productive :
> No defect in the start codon, splicing sites or regulatory elements.
Est-ce quelque chose que l'on pourrait regarder ? Une référence précise chez ~"repseq-IMGT" ou ailleurs ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4622Mettre à jour d3js pour v6 ?2021-01-04T09:36:22+01:00Mathieu GiraudMettre à jour d3js pour v6 ?Est-ce que cela vaut le coup ?
Plus généralement #1171.
cc @duezEst-ce que cela vaut le coup ?
Plus généralement #1171.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4623Enlever lessc de js/lib/info.txt ?2021-01-04T09:53:46+01:00Mathieu GiraudEnlever lessc de js/lib/info.txt ?
```
less : dynamic stylesheet
* @version less-1.5.0
* @author Alexis Sellier
* @link <self@cloudhead.net> / http://lesscss.org/
* @license apache v2
```
Voir ...
```
less : dynamic stylesheet
* @version less-1.5.0
* @author Alexis Sellier
* @link <self@cloudhead.net> / http://lesscss.org/
* @license apache v2
```
Voir b795ea59f3a (et 9a8c272d). Mais `lessc` est désormais en version 4.0, et il me semble que nulle part on embarque son code: aucune occurrence de `lessc` dans tout notre code excepté dans `/browser/css/Makefile`. Peut-on donc enlever cette référence dans `info.txt` ?
Mais alors... d'où l'installe-t-on, en particulier pour ~"server-docker" ? Ce serait déjà inclus dans l'image `nginx` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4624Séquences avec du V-INTRON ou avant2021-01-05T10:53:04+01:00Mathieu GiraudSéquences avec du V-INTRON ou avantDiscussion ensemble à partir de #4621, @mikael-s et @flothoni : a-t-on déjà V-INTRON ?
- http://www.imgt.org/download/LIGM-DB/ftable_doc.html (on n'a que les V-REGION)
- https://mixcr.readthedocs.io/en/master/geneFeatures.html#v-gene-st...Discussion ensemble à partir de #4621, @mikael-s et @flothoni : a-t-on déjà V-INTRON ?
- http://www.imgt.org/download/LIGM-DB/ftable_doc.html (on n'a que les V-REGION)
- https://mixcr.readthedocs.io/en/master/geneFeatures.html#v-gene-structure
- Voir aussi http://www.imgt.org/FAQ/#question57 IGKV1-39*02
Avoir pour certains cas des ~"bio-germlines" plus grandes, avec up ?
Problèmes pouvant arriver:
- génomique, calcul productivité ?
- ARN (sans le V-INTRON), bon alignement ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4626Notifications : utiliser com.js (refactorer com.js ?)2021-01-08T11:41:21+01:00Mathieu GiraudNotifications : utiliser com.js (refactorer com.js ?)
Au passage, faire que com.js puisse aussi mettre un message dans la barre en haut ?
Certains messages seraient persistents, d'autres non ?
Et donc prendre éventuelleemnt un message court et un plus long ?
Au passage, faire que com.js puisse aussi mettre un message dans la barre en haut ?
Certains messages seraient persistents, d'autres non ?
Et donc prendre éventuelleemnt un message court et un plus long ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4627alert : utiliser com.js (et refactorer com.js)2021-01-08T11:42:13+01:00Mathieu Giraudalert : utiliser com.js (et refactorer com.js)
voir aussi #4617 et #4626
voir aussi #4617 et #4626https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4628Avoir un test intégration : upload + lancement run + vérification clone major...2023-03-01T15:56:17+01:00Mathieu GiraudAvoir un test intégration : upload + lancement run + vérification clone majoritaireQue ce soit sur review ou sur live #2323.
Un petit upload ? (S22 ?).Que ce soit sur review ou sur live #2323.
Un petit upload ? (S22 ?).Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4630C++20 ?2021-01-11T15:25:03+01:00Mathieu GiraudC++20 ?Il semblerait que C++20 a eu bien plus d'évolutions que ce qui était pour C++14 et C++17.
Voir https://github.com/AnthonyCalandra/modern-cpp-features
Est-ce que certaines fonctionnalités de ces 9 dernières années seraient utiles dans n...Il semblerait que C++20 a eu bien plus d'évolutions que ce qui était pour C++14 et C++17.
Voir https://github.com/AnthonyCalandra/modern-cpp-features
Est-ce que certaines fonctionnalités de ces 9 dernières années seraient utiles dans notre code ~cpp ? En particlier les concepts ? Des choses sur des lambda ? Et `popcount` est désormais dans `std` :)
Rien ne presse. Pour mémoire, nous avons basculé vers C++11 en... 2015, pour pouvoir utiliser `CLI11` #1344.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4631Follow-up from "Resolve "Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)""2021-04-06T15:06:29+02:00Thonier FlorianFollow-up from "Resolve "Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)""The following discussion from !839 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910): (+5 comments)
> Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien d...The following discussion from !839 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910): (+5 comments)
> Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien des noms de gènes différents ? Autrement dit est-ce que, par exemple, on ne va pas se retrouver avec deux IGHV1*01 chez *Sus scrofa* ?
```
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH1|3..296|294 nt|1| | | | |294+72=366| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|H|297..332|36 nt|1| | | | |36+0=36| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH2|333..659|327 nt|1| | | | |327+51=378| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH3-CHS|660..986|327 nt|1| | | | |327+66=393| | |
```
>Ces 4 séquences correspondent en fait à une même séquence d'identifiant M81770 mais ce sont des régions différentes de la séquence (comme l'indiquent les positions : 3 à 296, puis 297 à 332 puis 333 à 659, et enfin 660 à 986). Bref il faudrait certainement clarifier cela, mais ça n'a pas l'air si grave qu'elles aient le même nom… puisque c'est la même séquence.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4633Connaître le nom des fichiers uploadés, avant le pre-process2021-01-13T15:09:06+01:00Mathieu GiraudConnaître le nom des fichiers uploadés, avant le pre-processDepuis #3154 :
> @mikael-s : "ce qui sera possible avec !691"Depuis #3154 :
> @mikael-s : "ce qui sera possible avec !691"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4634Doc dev et/ou code : documenter le schéma de la db2021-01-13T15:09:05+01:00Mathieu GiraudDoc dev et/ou code : documenter le schéma de la dbEn discutant sur #4633, je me rends compte que j'ai du mal à savoir le rôle précis de certains champs de la db. C'est probablement lié à ma faible connaissance du sujet, mais c'est à se demander si cela vaudrait le coup de documenter ce ...En discutant sur #4633, je me rends compte que j'ai du mal à savoir le rôle précis de certains champs de la db. C'est probablement lié à ma faible connaissance du sujet, mais c'est à se demander si cela vaudrait le coup de documenter ce que fait chaque champ.
En ~doc `dev-server.md` ou, peut-être mieux, en commentaire dans `models/db.py` ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4635Retirer la vue non-anonymisée dans le mode impersonate2021-02-09T16:10:17+01:00Mathieu GiraudRetirer la vue non-anonymisée dans le mode impersonateÉvoqué avec @duez et @mikael-s
(Au pire, les admins peuvent toujours accéder aux données brutes dans l'édition de patient.)
Ou bien avoir un mode de support qui fait comme le impersonnate, mais sans l'anonymisation ?Évoqué avec @duez et @mikael-s
(Au pire, les admins peuvent toujours accéder aux données brutes dans l'édition de patient.)
Ou bien avoir un mode de support qui fait comme le impersonnate, mais sans l'anonymisation ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4636Console : remonter plus d'infos, erreurs et succès2021-01-13T15:52:13+01:00Mathieu GiraudConsole : remonter plus d'infos, erreurs et succès
Par exemple "process completed", avec un `call` vers le set associé.
Par exemple "process completed", avec un `call` vers le set associé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4637Donner accès à l'utilisateur à la console ?2021-01-13T15:53:10+01:00Mathieu GiraudDonner accès à l'utilisateur à la console ?`console.openLog()`
@duez : "tout ce qui va être `flash` va aussi finir dedans"`console.openLog()`
@duez : "tout ce qui va être `flash` va aussi finir dedans"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4638Console : doc dev2021-01-13T15:55:38+01:00Mathieu GiraudConsole : doc devmettre à jour les exemples dans `com.js`mettre à jour les exemples dans `com.js`marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4639Pseudogènes IMGT non assignés à des sous-groupes2021-01-13T19:33:50+01:00Mathieu GiraudPseudogènes IMGT non assignés à des sous-groupesDepuis [Lefranc, 2001](https://www.imgt.org/PDF/ECI/18_100-116_2001.pdf) :
> Pseudogenes which could not be assigned to subgroups with functional genes are designated by a Roman numeral between parentheses, corresponding to the clans, f...Depuis [Lefranc, 2001](https://www.imgt.org/PDF/ECI/18_100-116_2001.pdf) :
> Pseudogenes which could not be assigned to subgroups with functional genes are designated by a Roman numeral between parentheses, corresponding to the clans, followed by ahyphen and a number for the localization from 3) to 5) in the locus. All these pseudogenes have truncations.
>
> - clan I: IGHV1, IGHV5 and IGHV7 subgroup genes
> - clan II: IGHV2, IGHV4 and IGHV6 subgroup genes, and pseudogenes IGHV(II)
> - clan III: IGHV3 subgroup genes, and pseudogenes IGHV(III)
> - clan IV: one pseudogene IGHV(IV)-44
Certains de ces pseudo-gènes devaient être référencés depuis longtemps, mais je n'en trouve pas de trace dans `germline-59` (2018). (À l'époque, avions-nous quelque chose qui enlève les pseudo-gènes ?)
Après !839, nous avons 68 de ces gènes.
Doivent-ils avoir un traitement particulier ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4640Nouveau TRGJ1*02 et TRGJ2*012022-05-19T10:00:07+02:00Mathieu GiraudNouveau TRGJ1*02 et TRGJ2*01Pour mémoire, il y a six gènes dans TRGJ.
Nous connaissons bien `TRGJ1*02`, qui jusqu'à maintenant avait 3 nucléotides de moins en 5' que `TRGJ1*01`. Depuis [juillet 2018](http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html), il a rattrap...Pour mémoire, il y a six gènes dans TRGJ.
Nous connaissons bien `TRGJ1*02`, qui jusqu'à maintenant avait 3 nucléotides de moins en 5' que `TRGJ1*01`. Depuis [juillet 2018](http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html), il a rattrapé son grand frère:
```
!
M12960|TRGJ1*01 F|J-REGION|157..206 gaattattataagaaactctttggcagtggaacaacactggttgtcacag
M12957|TRGJ1*02 (old) (F)|J-REGION|23..69 ...ttattataagaaactctttggcagtggaacaacactTgttgtcacag
IMGT000011|TRGJ1*02 (new) F|J-REGION|118516..118565 gaattattataagaaactctttggcagtggaacaacactTgttgtcacag
M12961|TRGJ2*01 F|J-REGION|157..206 gaattattataagaaactctttggcagtggaacaacacttgttgtcacag
```
Il n'est désormais plus marqué `(F)`, et la différence avec `TRGJ1*01` devient encore plus subtile, après ~40 nt. Cela va changer à la marge l'annotation de certaines séquences.
Je serai curieux de connaître les raisons d'un tel changement.
cc @flothoni
[Update : 2022-05-19 : ajout de TRGJ2*01]https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4644Vidjil-algo dans le navigateur2021-03-17T15:24:26+01:00Mikaël SalsonVidjil-algo dans le navigateurhttps://en.wikipedia.org/wiki/Emscriptenhttps://en.wikipedia.org/wiki/Emscriptenhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4645Afficher un vrai alignement avec --show-junction2021-01-14T22:00:13+01:00Mathieu GiraudAfficher un vrai alignement avec --show-junctionSuite à #4643/!886, aller vers un vrai affichage d'alignement, avec les indels (et aussi la mise en valeur des substitutions), pour `--show-junction` (et potentiellement pour d'autres alignements plus grands).
C'est jouable car on devrai...Suite à #4643/!886, aller vers un vrai affichage d'alignement, avec les indels (et aussi la mise en valeur des substitutions), pour `--show-junction` (et potentiellement pour d'autres alignements plus grands).
C'est jouable car on devrait avoir ces informations dans ~"cpp-dynprog".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4646--show-junction : afficher les aligments avec 3-5 gènes V/J les plus proches,...2021-01-14T15:58:47+01:00Mathieu Giraud--show-junction : afficher les aligments avec 3-5 gènes V/J les plus proches, et pas seulement le premeirSuite à #4643/!886.
Pas immédiat, car, dans `align_against_collection`, on jette pour l'instant les `box` qui ne sont pas la première (on ne garde que le nom). Mais bon, on pourrait les garder...Suite à #4643/!886.
Pas immédiat, car, dans `align_against_collection`, on jette pour l'instant les `box` qui ne sont pas la première (on ne garde que le nom). Mais bon, on pourrait les garder...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4651Warning quand des programmes différents donnent des estimations différentes d...2022-01-05T16:20:03+01:00Mathieu GiraudWarning quand des programmes différents donnent des estimations différentes de productivitéDisucté avec @flothoni : pour contourner ou au moins prendre en compte #2526, on pourrait avoir un warning quand on a deux estimations de productivité différentes.Disucté avec @flothoni : pour contourner ou au moins prendre en compte #2526, on pourrait avoir un warning quand on a deux estimations de productivité différentes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4652Warning et/ou confirmation quand merge de séquences productives + non-product...2021-01-19T10:41:05+01:00Mathieu GiraudWarning et/ou confirmation quand merge de séquences productives + non-productivesÉvoqué hier avec ~"LIL-Lille" le merge de séquences, discuté avec @flothoni aujourd'hui.
- un ~"client-warning" habituel: jouable
- voire même... une confirmation "do you want really to merge?"Évoqué hier avec ~"LIL-Lille" le merge de séquences, discuté avec @flothoni aujourd'hui.
- un ~"client-warning" habituel: jouable
- voire même... une confirmation "do you want really to merge?"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4653vidjil-algo : prendre plusieurs fichiers ?2021-01-21T08:27:12+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo : prendre plusieurs fichiers ?J'ai deux fichiers (indépendants ?) à analyser. Est-ce que cela ferait sens que vidjil-algo accepte d'un coup plusieurs fichiers ?
Mais...
- est-ce que ce serait juste une "concaténation" (~"!-easy") ? Bref cela éviterait juste d'avoi...J'ai deux fichiers (indépendants ?) à analyser. Est-ce que cela ferait sens que vidjil-algo accepte d'un coup plusieurs fichiers ?
Mais...
- est-ce que ce serait juste une "concaténation" (~"!-easy") ? Bref cela éviterait juste d'avoir à faire une concaténation
- ou sinon, si c'est un lancement indépendant sur chaque fichier, attention, problèmes avec le multiplieur de ~"bio-e-value" et même la présentation des résultats... non, si on veut des lancements indépendants, autant lancer deux fois
Cas d'usage:
- on a des R1/R2 non mergeables, ou bien R1/R2/R3..., ou bien déjà partiellemnent mergés, ou bien des barcodes différents... et on veut juste "lancer sur tout" (clairement les fichiers ne sont pas indépendants, mais bon, en les concaténant et en prenant un gros multiplieur justement on ne fait pas de bêtises)
- plein de petits fichiers fasta à analyser à un endroit (et là encore, moins de bêtises à lancer une fois avec un gros multiplieur que de lancer 100 fois vidjil-algo...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4654vidjil-algo: warning quand une désignation a un mauvais score2021-01-19T15:48:42+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: warning quand une désignation a un mauvais score
Beaucoup de logiciels d'analyse indiquent des choses type pourcentage d'identité ou score à la blast.
De notre côté, nous avons certes des calculs assez précis de ~"bio-e-value". Mais, quand une séquence passe le seuil, cela veut simpl...
Beaucoup de logiciels d'analyse indiquent des choses type pourcentage d'identité ou score à la blast.
De notre côté, nous avons certes des calculs assez précis de ~"bio-e-value". Mais, quand une séquence passe le seuil, cela veut simplement dire "on estime que le match entre cette séquence et le gène de la germline n'est pas aléatoire"...
... ce qui ne veut pas dire que c'est le bon gène, juste que c'est le moins pire. On a parfois des cas où l'alignement avec le gene est vraiment douteux, une des causes pouvant être certes, un très forte hypermutation, mais aussi des allèles voir gènes non référencés dans nos ~"bio-germlines". Dans ce cas on passe tout de même la ~"bio-e-value" car il y a une homologie entre les IGHV.
Pourrait-on par exemple lever un ~"client-warning" quand le score n'est "pas bon" ? Mais comment évaluer cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4657Examiner les warnings sur les germlines2021-01-20T19:14:12+01:00Mathieu GiraudExaminer les warnings sur les germlinesÉvoqué en audio: un test sur la sortie de `check_imgt_ncbi_consistency()`Évoqué en audio: un test sur la sortie de `check_imgt_ncbi_consistency()`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4659Vérification d'overlap : le faire aussi sur non up/down (bref les V) + refact...2021-01-20T21:09:19+01:00Mathieu GiraudVérification d'overlap : le faire aussi sur non up/down (bref les V) + refactor split-germlinesC'est plus complexe que les choses dans !891 , mais c'est l'occasion de refactorer `split-germlines.py` pour que le même mécanisme sorte les germlines "normales" que les down/up. Sera fait plus tard.C'est plus complexe que les choses dans !891 , mais c'est l'occasion de refactorer `split-germlines.py` pour que le même mécanisme sorte les germlines "normales" que les down/up. Sera fait plus tard.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4661Sortir dans le .vidjil des informations quand problème critique2021-01-22T15:24:07+01:00Mathieu GiraudSortir dans le .vidjil des informations quand problème critique
Vu avec Luqmann: parfois on aimerait avoir dans le json des informations s'il y a eu une erreur
Vu avec Luqmann: parfois on aimerait avoir dans le json des informations s'il y a eu une erreurhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4662Up/down-streams: étendre bien plus, vers 200bp ?2021-01-23T08:19:58+01:00Mathieu GiraudUp/down-streams: étendre bien plus, vers 200bp ?
Suite à #4655, à faire pour une prochaine release, en estimant bien ce que cela implique sur les tests comme sur la performance.
Voir en particulier les tables de load dans #4655.
Suite à #4655, à faire pour une prochaine release, en estimant bien ce que cela implique sur les tests comme sur la performance.
Voir en particulier les tables de load dans #4655.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4664Avoir un outil pour manipuler/comparer les .affects2023-12-15T09:47:01+01:00Mathieu GiraudAvoir un outil pour manipuler/comparer les .affects
- stats sur les `.affects`
- diff entre deux `.affects` sur un read voire sur un ensemble de reads
- stats sur les `.affects`
- diff entre deux `.affects` sur un read voire sur un ensemble de readshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4666Warning reads Illumina non mergés à 151bp ?2021-01-27T18:23:45+01:00Mathieu GiraudWarning reads Illumina non mergés à 151bp ?Vu avec @flothoni : on a des cas avec un pic à 151bp (en distribution) venant probablement de read non mergées.
Florian, c'est quelque chose que tu as vu souvent ?
Est-ce que cela ferait sens de mettre un warning sur les R1 dans "merge+...Vu avec @flothoni : on a des cas avec un pic à 151bp (en distribution) venant probablement de read non mergées.
Florian, c'est quelque chose que tu as vu souvent ?
Est-ce que cela ferait sens de mettre un warning sur les R1 dans "merge+R1" ? Est-on capable de mettre des ~"client-warning" sur les clones de distribution ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4667Documentation, avoir un champ de recherhce2021-01-27T11:13:55+01:00Thonier FlorianDocumentation, avoir un champ de recherhceNotre doc est sur Mkdocs, et il existe par défaut un moyen d'avoir une bar de recherche interne à la doc.
En ce moment c'est désactivé. Cela est possiblement provoqué par le fait que nous ayons une version statique de la doc, et non pa...Notre doc est sur Mkdocs, et il existe par défaut un moyen d'avoir une bar de recherche interne à la doc.
En ce moment c'est désactivé. Cela est possiblement provoqué par le fait que nous ayons une version statique de la doc, et non pas un serveur. Il faut vérifier si c'est la raison, et voir quand même si il n'existe pas l'option sur un site statique, ou via un plugin.
L'autre option est de lancer des recherches sur google avec l'option site:vidjil.org/docMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4668Authentification SSO / SAML2021-01-27T16:06:25+01:00Mathieu GiraudAuthentification SSO / SAMLEst-ce que cela ferait sens, en complément de LDAP #2062, de permettre une authentification via un fournisseur externe ?
cc @duezEst-ce que cela ferait sens, en complément de LDAP #2062, de permettre une authentification via un fournisseur externe ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4669Warning sur certaines séquences en sortie des pre-process2021-01-27T18:45:13+01:00Mathieu GiraudWarning sur certaines séquences en sortie des pre-processEst-ce qu'un pre-process pourrait transmettre des warnings sur certains reads ?
Hum, pas facile, il pourrait éventuellement mettre des choses dans les header, type `>!W91!blabla`, mais il faudrait ensuite du traitement particulier dans ...Est-ce qu'un pre-process pourrait transmettre des warnings sur certains reads ?
Hum, pas facile, il pourrait éventuellement mettre des choses dans les header, type `>!W91!blabla`, mais il faudrait ensuite du traitement particulier dans le ~cpp pour propager ces warnings aux clones. Bof-bof.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4673Suggestion de nouveaux warnings2021-02-03T09:06:40+01:00Mathieu GiraudSuggestion de nouveaux warningsDe @flothoni, dans #2247 :
> ce que je vois comme informations manquantes serait en amont de l'utilisation de vidjil, plus sur le preprocess (cf #3054 ) ou les fichiers sources.
> * bad (mean) quality fastq
> * short reads
> * degenera...De @flothoni, dans #2247 :
> ce que je vois comme informations manquantes serait en amont de l'utilisation de vidjil, plus sur le preprocess (cf #3054 ) ou les fichiers sources.
> * bad (mean) quality fastq
> * short reads
> * degenerated nucleotides
> Je repense aux preprocess. Il m'était arrivé un jour à Necker de me retrouver avec des fichiers corrompus pour lesquelles le `gz` sortait des fichiers très inférieurs à sa propre taille, mais qui restait ds les règles du format fastq. Ca mériterais un warning mais je ne pense pas que l'on ait d'outil pour détecter ça.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4676vidjil-format.md : mieux tester / linter / verrouiller2021-02-03T19:43:49+01:00Mathieu Giraudvidjil-format.md : mieux tester / linter / verrouiller`vidjil-format.md` est déjà partiellement testé, via `org-babel-tangle`
Au passage, le format s'appelle `2016b`... mais qu'est-ce que cela signifie ? On a rajouté des champs au fur et à mesure, et je ne suis pas sûr qu'un truc de 2016 pa...`vidjil-format.md` est déjà partiellement testé, via `org-babel-tangle`
Au passage, le format s'appelle `2016b`... mais qu'est-ce que cela signifie ? On a rajouté des champs au fur et à mesure, et je ne suis pas sûr qu'un truc de 2016 passe encore.
Quelques réflexions en vrac:
- rajouter un tangle+test sur le gros bloc `clones` list
- faire un "linter" de fichier `.vidjil` ? Qui lève des warnings si un champ est inconnu ?
- quand cela est fait, ce sera plus simple de donner un nouveau "nom de format" ?
(voir aussi #4570)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4677Aligner : zoom horizontal ?2021-02-04T08:48:23+01:00Mathieu GiraudAligner : zoom horizontal ?Après !836
Est-ce que cela fait sens d'avoir un zoom horizontal, avec par exemple 3-4 niveaux différents ? Le zoom est présent sur tous les "genome browser", mais là notre zone est bien plus petite... cela dit, en particulier quand basc...Après !836
Est-ce que cela fait sens d'avoir un zoom horizontal, avec par exemple 3-4 niveaux différents ? Le zoom est présent sur tous les "genome browser", mais là notre zone est bien plus petite... cela dit, en particulier quand bascule en AA, on sent qu'on pourrait avoir une vue plus globale pour appréhender l'ensemble des CDR/FR... Cela pourrait aider aussi pour les "grandes délétions".
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4678Reproductibilité valgrind_functional / gzip2024-02-06T07:47:44+01:00Mathieu GiraudReproductibilité valgrind_functional / gzip
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/884#note_460619
Actuellement on a `allow_failure: true` pour #4460, mais à terme ce serait bien de ne plus l'avoir
Comprendre ce qui loupe. Éventuellement récupérer cela avec...
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/884#note_460619
Actuellement on a `allow_failure: true` pour #4460, mais à terme ce serait bien de ne plus l'avoir
Comprendre ce qui loupe. Éventuellement récupérer cela avec should pour qu'un test du par exemple à un timeout soit simplement marqué `skip` et qu'on puisse se focaliser sur les vrais problèmes décelés par `valgrind`.Algo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4679Pouvoir facilement lancer sur le ci des jobs "élgoignés"2021-02-05T10:03:20+01:00Mathieu GiraudPouvoir facilement lancer sur le ci des jobs "élgoignés"On veut lancer rapidement un job type `valgrind_functional`, `multiple_test`, ou un de leurs sous-jobs, sans attendre les ~15 minutes voire plus... si on est sur une `feature-a/release`, on se prend quasi 1h (?), avec `tgz-release` et au...On veut lancer rapidement un job type `valgrind_functional`, `multiple_test`, ou un de leurs sous-jobs, sans attendre les ~15 minutes voire plus... si on est sur une `feature-a/release`, on se prend quasi 1h (?), avec `tgz-release` et autres...
Et bien... une manière simple et pérenne est d'avoir un nouveau nom de branche, par exemple `feature-x` ou autre, où tout est en manual (si c'est possible), mais où il n'y a pas les premiers stages.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4680Remonter AUTODELETE dans defs.py2021-02-05T13:07:25+01:00Mathieu GiraudRemonter AUTODELETE dans defs.pyÉvoqué avec @flothoni et tous ce matin.
On a bien #1503 et http://www.vidjil.org/doc/server/#autodelete-and-permissions en tête.
Permettre que pour du dev ou autre (~"dev-ci" ?), on puisse avoir `AUTODELETE = True` dans `defs.py`.
Mett...Évoqué avec @flothoni et tous ce matin.
On a bien #1503 et http://www.vidjil.org/doc/server/#autodelete-and-permissions en tête.
Permettre que pour du dev ou autre (~"dev-ci" ?), on puisse avoir `AUTODELETE = True` dans `defs.py`.
Mettre dans `defs.py` le warning actuellement présent dans `db.py`, et ajuster la doc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4682Les CGI du Docker sont versionnées en dur : les recompiler.2023-03-21T16:46:03+01:00Mikaël SalsonLes CGI du Docker sont versionnées en dur : les recompiler.Pour l'instant on a un `align.cgi` et `similarity.cgi` qui sont versionnés dans `docker/vidjil-client/conf/align.cgi`. En l'état ces fichiers datent de juin 2018.
Il faudrait que l'image Docker recompile le CGI pour le servir.Pour l'instant on a un `align.cgi` et `similarity.cgi` qui sont versionnés dans `docker/vidjil-client/conf/align.cgi`. En l'état ces fichiers datent de juin 2018.
Il faudrait que l'image Docker recompile le CGI pour le servir.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4684Mise à jour Docker et service de relancement2021-02-10T14:51:50+01:00Mathieu GiraudMise à jour Docker et service de relancement
@duez: down puis `docker pull`, mais est-ce que le service qui relance les containeurs ne pourrait pas courrir et relancer avant des choses ? Bref, Marc propose de couper le service avant. Le documenter dans `server.md` ?
Mais ce servi...
@duez: down puis `docker pull`, mais est-ce que le service qui relance les containeurs ne pourrait pas courrir et relancer avant des choses ? Bref, Marc propose de couper le service avant. Le documenter dans `server.md` ?
Mais ce service de relance est-il uniquement sur lil ? Serait-il intéressant ailleurs, et faut-il le documenter aussi ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4687SEG_METHOD_ONE_CENTERED, sans minimiseur2021-04-27T15:48:34+02:00Mathieu GiraudSEG_METHOD_ONE_CENTERED, sans minimiseur
Le minimiseur est en général indispensable pour avoir une fenêtre canonique à partir de reads couvrant de manière variable un gène #2643.
Cependant, dans certains cas où l'on recherche une séquence exacte (a priori strictement incluse ...
Le minimiseur est en général indispensable pour avoir une fenêtre canonique à partir de reads couvrant de manière variable un gène #2643.
Cependant, dans certains cas où l'on recherche une séquence exacte (a priori strictement incluse dans les reads d'intérêt) #4686, on peut souhaiter avoir une position centrale sur laquelle on peut s'appuyer.
Prendre dans ce cas la position centrale (coder un `affectanalyser.getCentralPosition()`), entre le premier le dernier k-mer ? (S'il y a tout de même quelques mutations, et bien... on gardera la même position centrale si ces mutations sont "au milieu", d'où asymétrie, mais ce ne serait pas l'utilisation visée)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4691--filter-reads : débrancher complètement la gestion des windows2021-03-18T14:23:30+01:00Mathieu Giraud--filter-reads : débrancher complètement la gestion des windowsThe following discussion from !906 should be addressed:
> D'ailleurs, en `--filter-reads`, on n'aurait pas besoin de stocker les windows... mais bon, on peut supposer que c'est négligeable (en temps, peut-être pas en mémoire).
Si on va...The following discussion from !906 should be addressed:
> D'ailleurs, en `--filter-reads`, on n'aurait pas besoin de stocker les windows... mais bon, on peut supposer que c'est négligeable (en temps, peut-être pas en mémoire).
Si on va par là, refactor nécessaire (ou bien nouvelle commande vraiment indépendante qui lance juste le KmerSegmenter).
Ping #1180.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4695Indice de diversité; affiché les noms complets dans le panel information de l...2021-02-12T12:59:50+01:00Thonier FlorianIndice de diversité; affiché les noms complets dans le panel information de l'échantillonPour l'instant on a des abréviations et pas le nom clair des indicesPour l'instant on a des abréviations et pas le nom clair des indices2021-03-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4696--filter-reads : renommer "detected.fa"2021-03-26T05:26:28+01:00Mathieu Giraud--filter-reads : renommer "detected.fa"!906 : "filtered.fa" serait plus juste ici.
Voir aussi #4692.!906 : "filtered.fa" serait plus juste ici.
Voir aussi #4692.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4697Mieux afficher les ratios très faibles2021-02-12T18:30:41+01:00Mathieu GiraudMieux afficher les ratios très faibles- ~cpp : `0.000644% of 126748894 reads`
- ~client, zone info: `0.00%` en rouge (pas très informatif)
Alors que dans le ~client, on affiche mieux les faibles pourcentages dans ~"client-cloneList" ?- ~cpp : `0.000644% of 126748894 reads`
- ~client, zone info: `0.00%` en rouge (pas très informatif)
Alors que dans le ~client, on affiche mieux les faibles pourcentages dans ~"client-cloneList" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4699vidjil-algo: pouvoir prendre des séquences en ligne de commande2021-02-15T14:24:17+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: pouvoir prendre des séquences en ligne de commandeDepuis !887, il est agréable de pouvoir faire
`echo ">seq\ngggtcttactactgtgcctgtgacaccacaccgataaactcatctttggaaaaggaacccg" | ./vidjil-algo --all -g germline -`
Va-t-on plus loin avec une option type `--seq` pour prendre directement des...Depuis !887, il est agréable de pouvoir faire
`echo ">seq\ngggtcttactactgtgcctgtgacaccacaccgataaactcatctttggaaaaggaacccg" | ./vidjil-algo --all -g germline -`
Va-t-on plus loin avec une option type `--seq` pour prendre directement des séquences ? (peut-être même sans header fasta ?)
Cela pourrait faciliter le débuggage / valgrind quand nécessaire, mais c'est vraiment ~"priority-1-low".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4702Productivité et pseudo-gènes2024-02-23T10:32:17+01:00Mathieu GiraudProductivité et pseudo-gènes
ERIC #2443 mentionne explicitement **functional** IGHV gene. Mais il y a un certain nombre de pseudo-gènes dans nos germlines (et il y en aura encore plus après !885). Est-ce que ces séquences sont gappées ? A-t-on eu déjà des cas ou d...
ERIC #2443 mentionne explicitement **functional** IGHV gene. Mais il y a un certain nombre de pseudo-gènes dans nos germlines (et il y en aura encore plus après !885). Est-ce que ces séquences sont gappées ? A-t-on eu déjà des cas ou des discordances avec des pseudo-gènes ?
On devrait probablement vérifier cela, ce qui impliquer de parser un peu plus les headers... et/ou, dans `split-germlines.py`, extraire deux fichiers différents, les gènes et les pseudos ?
Y a-t-il un lien avec #3654 ?Algo 2024.04