vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-12-20T13:48:58+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5101Sample; show a little bar graph to show segmentation repartition and locus2022-12-20T13:48:58+01:00Thonier FlorianSample; show a little bar graph to show segmentation repartition and locusSomething like [on old ipod](https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcR6AmcfB2oBlMiTXDv5LzvJK8ArsuMCTacF3A&usqp=CAU)
Need to convert our log into structured data. (And to be able to retro-convert old data from string values).Something like [on old ipod](https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcR6AmcfB2oBlMiTXDv5LzvJK8ArsuMCTacF3A&usqp=CAU)
Need to convert our log into structured data. (And to be able to retro-convert old data from string values).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5106Algo; sequence with mulitple J, find the last one and not the first (in the C...2022-12-20T13:38:41+01:00Thonier FlorianAlgo; sequence with mulitple J, find the last one and not the first (in the CDR3)A case of seq `V//J/n/J` seen as `V/n/d/n/J`. The found D is not concordant.
cc @mikael-s @magiraudA case of seq `V//J/n/J` seen as `V/n/d/n/J`. The found D is not concordant.
cc @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2448Utiliser e.key pour les raccourcis claviers2022-12-14T18:18:40+01:00Mathieu GiraudUtiliser e.key pour les raccourcis claviersEn étant sur #1227, je me rends compte que l'utilisation de `e.which` ne permet pas facilement d'avoir des valeurs portables, typiquement pour `#` et pour `+`. Utiliser `e.which` est deprecated selon https://developer.mozilla.org/en-US/...En étant sur #1227, je me rends compte que l'utilisation de `e.which` ne permet pas facilement d'avoir des valeurs portables, typiquement pour `#` et pour `+`. Utiliser `e.which` est deprecated selon https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/KeyboardEvent/key).
Une solution serait de passer à `e.key`, qui fonctionne au moins pour les navigateurs récents, et qui semble bien plus portable et propre :
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/KeyboardEvent/keyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5103Sample warning : front display2022-12-14T16:53:37+01:00Mathieu GiraudSample warning : front displaySee #5102See #5102https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5100Onglet processes : des processus trop anciens apparaissent ?2022-11-30T17:20:22+01:00Mikaël SalsonOnglet processes : des processus trop anciens apparaissent ?Nous voyons ce processus-là dans l'onglet processes à la date du 4 novembre 2022 : https://app.vidjil.org/23112-39
Or il semble avoir été lancé il y a bien plus longtemps.Nous voyons ce processus-là dans l'onglet processes à la date du 4 novembre 2022 : https://app.vidjil.org/23112-39
Or il semble avoir été lancé il y a bien plus longtemps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5092Rapport; false value if less than 4 samples selected2022-11-24T10:04:46+01:00Thonier FlorianRapport; false value if less than 4 samples selectedDon't know why, but their is 2 way to generate report value for clonotype depending of the number of sample (export.js; around lines 1450).
The first case with 3 samples or less include error.Don't know why, but their is 2 way to generate report value for clonotype depending of the number of sample (export.js; around lines 1450).
The first case with 3 samples or less include error.2022-11-21https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5099Ignorer des warnings pour certains clones2022-11-23T18:13:16+01:00Mathieu GiraudIgnorer des warnings pour certains clones
depuis... aligneur ? ou vue warning ?
après !1240
depuis... aligneur ? ou vue warning ?
après !1240https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5098Pouvoir mieux tester les rapports2022-11-23T17:43:54+01:00Mathieu GiraudPouvoir mieux tester les rapports
@mikael-s : "option sur les rapports pour qu'il mette cela dans un `div` en mode test"
est-ce une sorte de mock ?
@mikael-s : "option sur les rapports pour qu'il mette cela dans un `div` en mode test"
est-ce une sorte de mock ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5090shortcut; export popup loose focus and block escape action2022-11-18T13:51:27+01:00Thonier Florianshortcut; export popup loose focus and block escape actionhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5089Rapport et "presets" communs entre plusieurs analyses : locus ?2022-11-17T16:22:30+01:00Mathieu GiraudRapport et "presets" communs entre plusieurs analyses : locus ?Suite à !1247
> Locus: ils sont ignorés pour l'instant. On laisse comme cela pour l'instant, on verra ensuite...
à voir après déploiement et discussion avec usagersSuite à !1247
> Locus: ils sont ignorés pour l'instant. On laisse comme cela pour l'instant, on verra ensuite...
à voir après déploiement et discussion avec usagershttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5088fuse.py: --overlaps, ordre des paramètres de fuse2022-11-17T16:08:58+01:00Mathieu Giraudfuse.py: --overlaps, ordre des paramètres de fuse
@flothoni: "avec les distributions, il y a parfois des soucis dans le parse des arguments 'nargs' (distributions, fichiers). Il faut que le `-d` ne soit pas le dernier. Une manière est de mettre `--overlaps`, mais sinon on peut aussi ju...
@flothoni: "avec les distributions, il y a parfois des soucis dans le parse des arguments 'nargs' (distributions, fichiers). Il faut que le `-d` ne soit pas le dernier. Une manière est de mettre `--overlaps`, mais sinon on peut aussi juste intervertir les arguments."
==> rajouter un `--file` pour les fichiers ? (mais ~"server-task.py").https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5085Follow-up from "Feature t/fuse del temp file prefuse"2022-11-15T15:32:52+01:00Mathieu GiraudFollow-up from "Feature t/fuse del temp file prefuse"The following discussion from !1245 should be addressed:
[discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1245#note_753768):
> @mikael-s : "hum, enlever `*`"The following discussion from !1245 should be addressed:
[discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1245#note_753768):
> @mikael-s : "hum, enlever `*`"Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5080Sélectionner tous les clones avec un certain warning2022-11-10T17:23:09+01:00Mathieu GiraudSélectionner tous les clones avec un certain warningdiscuté ensemble
Sur le tableau actuel dans info sample
Est-ce remplacer la sélection ? Ou, plus flexible, "add to selection" ?discuté ensemble
Sur le tableau actuel dans info sample
Est-ce remplacer la sélection ? Ou, plus flexible, "add to selection" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4133Afficher un échantillon en masquant/avertissant les clones contaminés2022-11-10T17:23:09+01:00Mathieu GiraudAfficher un échantillon en masquant/avertissant les clones contaminés(différent de #2442 !)
@Anne et @duez(différent de #2442 !)
@Anne et @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5087Follow-up from "Resolve "Axe "number of samples" don't work"" ==> hotfix2022-11-10T17:22:13+01:00Mathieu GiraudFollow-up from "Resolve "Axe "number of samples" don't work"" ==> hotfixThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5084tSNE sur toute la séquence ?2022-10-26T14:01:20+02:00Mathieu GiraudtSNE sur toute la séquence ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5079Faire un axe pour les warnings2022-10-21T13:04:09+02:00Mathieu GiraudFaire un axe pour les warnings
Compliqué quand il y a plusieurs warnings, mais on peut au moins faire "pas de warning / des warnings"
ou bien "pas de warning / W20 / W21 / ... / plusieurs warnings"
Compliqué quand il y a plusieurs warnings, mais on peut au moins faire "pas de warning / des warnings"
ou bien "pas de warning / W20 / W21 / ... / plusieurs warnings"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5075Isotypes IGH2022-10-21T12:47:35+02:00Anne de SeptenvilleIsotypes IGHJ'essaie de mettre au point un protocole permettant d'amplifier le clone de mes patients LLC sur le cDNA, quelques soit l'isotype, donc avec 4 amorces reverse (Cmu, Cga, Cde, Cal). L'amorce forward est située dans L-PART-1. Jusque là nou...J'essaie de mettre au point un protocole permettant d'amplifier le clone de mes patients LLC sur le cDNA, quelques soit l'isotype, donc avec 4 amorces reverse (Cmu, Cga, Cde, Cal). L'amorce forward est située dans L-PART-1. Jusque là nous utilisions en routine la combinaison Cmu + Cga qui fonctionne pour la majorité des cas. J'essaie d'utiliser l'analyse "IGH/isotypes" pour essayer de caractériser au mieux mes échantillons mais le fait que Vidjil affiche une combinaison JH / isotype ne rend pas la lecture facile quand le patient a plusieurs clonotypes.
Exemple d'un patient avec 2 clonotypes J4:
https://app.vidjil.org/54306-2?
https://app.vidjil.org/54306-37?
![221013_LER](/uploads/3daef2bc1d94bda90cdda534fed98f2f/221013_LER.png)
Serait-il possible d'avoir un graphique VH / Isotype ? (avec idéalement un regroupement sur le CDR3 comme habituellement)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4444Filtrage des warnings2022-10-21T11:35:39+02:00Mathieu GiraudFiltrage des warningsÉvoqué la semaine dernière, probablement fait partie de #4165
Je peux décider d'un coup que je veux ignorer W65: ensuite, tous ces warnings sont ignorés sur les clones/la nouvelle vue.Évoqué la semaine dernière, probablement fait partie de #4165
Je peux décider d'un coup que je veux ignorer W65: ensuite, tous ces warnings sont ignorés sur les clones/la nouvelle vue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5076py4web : statut des tâches et relancement au redémarrage2022-10-19T18:05:30+02:00Mathieu Giraudpy4web : statut des tâches et relancement au redémarrage
@duez : "Les fonctions `register_task()` et `update_task()` definiess dans `task.py` servent a mettre a jour la table `scheduler_task` héritée de web2py et doivent etre utilisées a la place des anciens "return 'SUCCESS'", "return 'STOPP...
@duez : "Les fonctions `register_task()` et `update_task()` definiess dans `task.py` servent a mettre a jour la table `scheduler_task` héritée de web2py et doivent etre utilisées a la place des anciens "return 'SUCCESS'", "return 'STOPPED'", ... pour conserver."
Pour Vidjil, c'est bon, pour MiXCR et autres à faire.