vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-10-08T11:28:52+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4305Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set2021-10-08T11:28:52+02:00Thonier FlorianLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer un setUn utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne ...Un utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne sais pas si c'est volontaire ou s'il s'agit d'une régression.
ps: c'est valable pour tous les usagers.Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4286Vidjil-algo : récupérer SIGINT2020-05-20T16:42:08+02:00Mathieu GiraudVidjil-algo : récupérer SIGINTUn Ctrl-C lorsque `vidjil-algo` tourne depuis un certain temps pourrait sortir des grosses boucles en cours (surtout la première, ~"cpp-heuristic") mais tout de même passer à la suite et afficher le bilan partiel.
Cela pourrait servir ...Un Ctrl-C lorsque `vidjil-algo` tourne depuis un certain temps pourrait sortir des grosses boucles en cours (surtout la première, ~"cpp-heuristic") mais tout de même passer à la suite et afficher le bilan partiel.
Cela pourrait servir quand on développe... mais même en utilisation bio, quand on a oublié un `-x ....` et qu'on veut avoir rapidement quelque chose.
Algo 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4275Fiabilité de benchmark sur docker / différentes architectures2021-01-26T13:30:09+01:00Mathieu GiraudFiabilité de benchmark sur docker / différentes architecturesJ'aurai du réagir au moment de !678.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/674#note_330037 :
> c'est moi qui avait mis `several-compilers` pour 872678d277, je pense que c'était juste pour viser une machine "tranquille"...J'aurai du réagir au moment de !678.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/674#note_330037 :
> c'est moi qui avait mis `several-compilers` pour 872678d277, je pense que c'était juste pour viser une machine "tranquille", car le job prend du temps
Mais aussi parce que c'était une seule machine, toujours la même. Maintenant avec ~"server-docker" ce sont des machines différentes, donc on ne peut pas comparer sur plusieurs lancements. Mais ce n'est probablement pas grave... Ou on pourrait avoir un tag supplémentaire pour viser toujours la même machine.
Par contre, question naïve, à l'intérieur d'un lancement, on est suffisament confiants dans l'efficacité de ~"server-docker" pour que cela mesure effectivement le ~"cpp-speed" ? Les runners ~"server-docker" ne prennent bien qu'un job à la fois ?Algo 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4271Mettre à jour les germlines2021-04-01T20:14:43+02:00Mathieu GiraudMettre à jour les germlinesCela fait plus de 18 mois que cela n'a pas été fait (et !374 ?)
Probablement pas pour #4268 ;)Cela fait plus de 18 mois que cela n'a pas été fait (et !374 ?)
Probablement pas pour #4268 ;)Algo 2021.042021-03-23https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4207API : script d'exemple2022-06-28T16:14:40+02:00Mathieu GiraudAPI : script d'exemplePrélude à #1589.
vu avec @flothoni et @mikael-s
- `tests/functional/*.rb` fait un login sur serveur externe, mais en clic bouton sur navigateur
- `tests/unit/controllers/*.py` teste des controlleurs, mais à l'intérieur de web2py
Fai...Prélude à #1589.
vu avec @flothoni et @mikael-s
- `tests/functional/*.rb` fait un login sur serveur externe, mais en clic bouton sur navigateur
- `tests/unit/controllers/*.py` teste des controlleurs, mais à l'intérieur de web2py
Faire un script python qui se connecte par API à serveur et tape directement sur les controlleurs.Web 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4187Mettre à jour js/lib/info.txt pour d3js v52021-01-13T16:20:39+01:00Mathieu GiraudMettre à jour js/lib/info.txt pour d3js v5On avait oublié de le faire pour !561On avait oublié de le faire pour !561Algo 2021.02marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4165Nouvelle vue pour l'affichage des warnings2023-01-13T16:47:09+01:00Mikaël SalsonNouvelle vue pour l'affichage des warningsUne manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste ...Une manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste des clones concernés (dans une sorte de segmenteur ?). Parmi le lot de warnings, l'utilisatrice peut ainsi voir rapidement lesquels lui semblent les plus pertinents.
On n'aurait plus besoin d'inonder l'interface de petits :warning:, on pourrait se contenter d'afficher ceux vraiment importants. Et, dans le menu par exemple, on pourrait avoir une icône indiquant le nombre de warnings total, cliquer dessus permettrait d'accéder au panneau que je propose.Web 2022.122021-05-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4042Color by sample2022-04-06T14:52:31+02:00Mikaël SalsonColor by sampleAfin de visualiser la contamination il peut être intéressant de colorer en fonction du sample (tous les top clones d'un même sample ont la même couleur). Par contre se pose la question de la couleur si un même clone est dans le top de pl...Afin de visualiser la contamination il peut être intéressant de colorer en fonction du sample (tous les top clones d'un même sample ont la même couleur). Par contre se pose la question de la couleur si un même clone est dans le top de plusieurs samples.
Exemple, fait à la main : http://app.vidjil.org/index.html?set=33832&config=25
cf. #1744Web 2022.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3945Meilleur gestion des clones virtuels2019-10-29T14:40:18+01:00Thonier FlorianMeilleur gestion des clones virtuels#990, #3902, #3930
La question se pose de la méthode pour générer/afficher les clones virtuels. On a maintenant plusieurs types de clones, normaux ou virtuels, et il est peut-être temps de revoir le fonctionnement général.
* clone nor...#990, #3902, #3930
La question se pose de la méthode pour générer/afficher les clones virtuels. On a maintenant plusieurs types de clones, normaux ou virtuels, et il est peut-être temps de revoir le fonctionnement général.
* clone normal
* clone normal, mais normalisé
* clone other
* clone ajouté manuellement
* clone de distribution (et potentiellement doublé par les graphiques)
Pour le moment, on a un champ `virtual` au sein des clones, auquel j'ai ajouté un champ `distrib` pour les distinguer des clones de distribution.
Ces derniers sont générés à la volée suivant l'axe demandé sur le dernier graphique manipulé. Pour le moment, il ne sont pas affichés car probablement filtrés à cause de leur appartenance à la catégories des clones virtuels.avant-les-congés-2019https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3910Avoir des germline de poulet2021-04-08T16:06:18+02:00Thonier FlorianAvoir des germline de pouletUn utilisateur souhaite utilisé vidjil pour analysé des système immunitaire de poulet.
Plus particulièrement des Ig obtenues par RNAseq.
Je propose une réponse sur le pad. Mais dans ce cas, qu'elle est notre procédure ?
On donne un dé...Un utilisateur souhaite utilisé vidjil pour analysé des système immunitaire de poulet.
Plus particulièrement des Ig obtenues par RNAseq.
Je propose une réponse sur le pad. Mais dans ce cas, qu'elle est notre procédure ?
On donne un délai je présume pour le temps qu'aqcuerir ses données ?
Dans ce cas on demande à l'utilisateur des données déjà annoter pour faire une première compraison de l'algo que l'on puisse ajouter ?
Question subsidiaire : Comment on l'intègre au serveur via docker ? Il faut modifier les fichier à la main, ou bien on modifie le git, l'image et on pull ?
cc @mikael\-s @magiraudAlgo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3891Release 2019.042019-05-17T06:32:34+02:00Mathieu GiraudRelease 2019.04!456 et !448!456 et !448Algo 2019.042019-04-03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3866Avoir par défaut la séquence représentative calculée sur un échantillon aléat...2019-05-24T09:46:52+02:00Mikaël SalsonAvoir par défaut la séquence représentative calculée sur un échantillon aléatoire de readsLes résultats dans #3586 (avec `--consensu-on-random-sample`) sont bons. De plus la sélection actuelle peut entraîner un mauvais choix de séquence consensus et, éventuellement, entraîner un mauvais design d'amorce pour le suivi du clone,...Les résultats dans #3586 (avec `--consensu-on-random-sample`) sont bons. De plus la sélection actuelle peut entraîner un mauvais choix de séquence consensus et, éventuellement, entraîner un mauvais design d'amorce pour le suivi du clone, ce qui serait hautement problématique.Algo 2019.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3839vidjil-algo: parse 'labels' in `config`2019-04-02T18:37:44+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: parse 'labels' in `config`See #3838. Parses the `config.labels` block as needed.See #3838. Parses the `config.labels` block as needed.Algo 2019.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3837CLI11 / vidjil-algo: --options in.json2019-04-02T18:37:45+02:00Mathieu GiraudCLI11 / vidjil-algo: --options in.json`--options in.json` takes `in.json`.
- [ ] Parses `options`, and copies everything to the `.vidjil` output.
- [x] (bonus) evaluates all the options as regular ~"cpp\-options" ?`--options in.json` takes `in.json`.
- [ ] Parses `options`, and copies everything to the `.vidjil` output.
- [x] (bonus) evaluates all the options as regular ~"cpp\-options" ?Algo 2019.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3827Avoir une bouton pour lancer une analyse sur tous les samples2021-09-09T18:56:12+02:00Thonier FlorianAvoir une bouton pour lancer une analyse sur tous les samplesParfois, les utilisateurs posent plusieurs séquences en même temps dans un patient/run.
Il serait intéressant de pouvoir lancer en un seul click l'analyse configXXX sur tous les samples présents.Parfois, les utilisateurs posent plusieurs séquences en même temps dans un patient/run.
Il serait intéressant de pouvoir lancer en un seul click l'analyse configXXX sur tous les samples présents.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3811Les warnings ne sont pas produits avec `-c designations`2020-06-10T19:46:15+02:00Mikaël SalsonLes warnings ne sont pas produits avec `-c designations`Je ne sais pas si c'est le cas de tous mais par exemple pour cette séquence on a un warning en `-c clones -r 1` alors qu'il n'apparaît pas en `-c designations` (deux V ont la même proba). C'est gênant pour ~"app\-analyze"
```
>seq
GGAG...Je ne sais pas si c'est le cas de tous mais par exemple pour cette séquence on a un warning en `-c clones -r 1` alors qu'il n'apparaît pas en `-c designations` (deux V ont la même proba). C'est gênant pour ~"app\-analyze"
```
>seq
GGAGTTGCTCATTTACTTTAACAACAACGTTCCGATAGATGATTCAGGGATGCCCGAGGATCGATTCTCAGCTAAGATGCCTAATGCATCATTCTCCACTCTGAAGATCCAGCCCTCAGAACCCAGGGACTCAGCTGTGTACTTCTGTGCCAGCAGTTT
CTCGACCTGTTCGG
CTAACTATGGCTACACCTTCGGTTCGGGGACCAGGTTAACCGTTGTAGAGGACCTGAACAA
```Algo 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3795Pertinence du format .vdj.fa et documentation2020-07-30T20:49:08+02:00Mathieu GiraudPertinence du format .vdj.fa et documentationLa ~doc du ~cpp a une grande partie, plutôt historique, sur `.vdj`. (Elle est certes après celle sur AIRR... mais par contre le `.vidjil` n'est pas décrit dans cette doc.)
Est-ce que ces infos sur `.vdj` sont toujours à jour ? Je doute ...La ~doc du ~cpp a une grande partie, plutôt historique, sur `.vdj`. (Elle est certes après celle sur AIRR... mais par contre le `.vidjil` n'est pas décrit dans cette doc.)
Est-ce que ces infos sur `.vdj` sont toujours à jour ? Je doute de leur pertinence vu, d'un côté, le `.vidjil`, et, de l'autre, le AIRR. Nous n'avons maintenant pas vraiment envie que des bioinfos construisent des pipelines en s'appuyant dessus, non ?
Supprimer cela ? Le réduire fortement ?Algo 2020.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3789FreeBSD cassé, timeout should2020-10-20T14:12:29+02:00Mathieu GiraudFreeBSD cassé, timeout shouldSuite à !433 ?Suite à !433 ?Algo 2018.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3785Combo -FaW obsolète2019-03-12T14:08:29+01:00Mathieu GiraudCombo -FaW obsolèteC'est une conséquence malheureuse de !434 (peut-être la plus pénible sur l'ensemble des tests changés): la combo `-FaW` devient `--out-reads --label-filter --label`... c'est lourd (et même si on mettait `--filter` au lieu de `--label-fil...C'est une conséquence malheureuse de !434 (peut-être la plus pénible sur l'ensemble des tests changés): la combo `-FaW` devient `--out-reads --label-filter --label`... c'est lourd (et même si on mettait `--filter` au lieu de `--label-filter`).
Voir #3305, et la combo est aussi mentionnée ou utilisée dans `vidjil-algo.md` et dans `task.py` pour #1469.
On pourrait faire aussi un raccourci pour ces trois options, mais je ne suis pas sûr que cela aide à la compréhension de l'ensemble. Bref tant pis ?Algo 2018.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3772-c designations2019-03-06T11:44:04+01:00Mathieu Giraud-c designations```
-c COMMAND command
clones locus detection, window extraction, clone clustering (default command, most efficient, all outputs)
windows locus detection, window extraction
segment ...```
-c COMMAND command
clones locus detection, window extraction, clone clustering (default command, most efficient, all outputs)
windows locus detection, window extraction
segment detailed V(D)J designation (not recommended)
germlines statistics on k-mers in different germlines
```
Remplace-t-on `segment` par ce qui suit ?
```
designate detailed V(D)J designation, without prior clustering (not as efficient)
```
Et l'avertissement :
```
* WARNING: vidjil-algo was run with '-c segment' option
* vidjil-algo efficientl extracts windows overlapping the CDR3
* to cluster reads into clones ('-c clones').
* Computing accurate V(D)J designations for many sequences ('-c segment' or large '-z' values)
* is slow and should be done only on small datasets or for testing purposes.
* More information is provided in the 'doc/vidjil-algo.md' file.
```
Avant-dernière ligne, à la place :
```
* is not as efficient as the default '-c clones' command
```
Et on enlève "should be done only on small datasets or for testing purposes" ?
Voir aussi #3295.Algo 2018.12