vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-12-11T13:08:01+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1521Avoir un moyen, depuis le serveur, de signaler un m.wait()2020-12-11T13:08:01+01:00Vidjil TeamAvoir un moyen, depuis le serveur, de signaler un m.wait()Le message m.wait() est le bienvenu pour load_custom_data.
On aimerait aussi l'afficher pour certaines opérations serveur (par exemple, liste des compare_patient, génération des stats, ou d'autres trucs qui pourraient être longs...)
Bre...Le message m.wait() est le bienvenu pour load_custom_data.
On aimerait aussi l'afficher pour certaines opérations serveur (par exemple, liste des compare_patient, génération des stats, ou d'autres trucs qui pourraient être longs...)
Bref, mettre tout simplement un argument optionnel à db.call() pour lui dire d'afficher un message ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1522database.js: centraliser tous les appels AJAX dans une fonction commune ?2020-12-11T13:09:49+01:00Vidjil Teamdatabase.js: centraliser tous les appels AJAX dans une fonction commune ?Y a-t-il une raison pour laquel il y a plusieurs requêtes AJAX dans database.js ? Elles se ressemblent beaucoup. Ne pourrait-on pas factoriser cela dans une méthode db.call() (qui prendrait éventuellement des options de timeout ou autres...Y a-t-il une raison pour laquel il y a plusieurs requêtes AJAX dans database.js ? Elles se ressemblent beaucoup. Ne pourrait-on pas factoriser cela dans une méthode db.call() (qui prendrait éventuellement des options de timeout ou autres, et une fonction de success) ?
Cela permettrait de gérer de manière rationnelle les timeouts et d'autres trucs.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1526Coding practise: Releases régulières, freeze du code, déploiement2020-06-10T08:32:41+02:00Vidjil TeamCoding practise: Releases régulières, freeze du code, déploiementEst-ce que cela vaut le coup de définir un peu mieux notre politique de release, sans tomber dans une usine à gaz ?
Plusieurs projets open-source ont pour politique de faire les grosses modifs *juste après chaque release* … De notre cô...Est-ce que cela vaut le coup de définir un peu mieux notre politique de release, sans tomber dans une usine à gaz ?
Plusieurs projets open-source ont pour politique de faire les grosses modifs *juste après chaque release* … De notre côté, si on fait des releases en début de mois, on pourrait décider d'arriver vers le 15/20 du mois à quelque chose de « stable » au niveau des fonctionnalités d'analyse, et ne pas publier de release avant d’avoir 1-2 semaines d’habitude sur cette version plus ou moins freezée.
Et d’ailleurs, est-ce que cela sert de faire tant de releases ? On peut dire oui… si nous en sommes nos premiers utilisateurs : ce serait bien plus stable (et maintenable à long terme) si on reste 1 mois sur la même version sur le serveur. On en est à 7 jours aujourd'hui, on n'a jamais tenu aussi longtemps !
Ce mois de stabilité pourrait devenir une règle, quitte à avoir une config « vidjil-dev » qui lance un autre exécutable Vidjil (et on dirait explicitement aux utilisateurs que c'est une config de test).
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« et ne pas publier de release avant d’avoir 1-2 semaines d’habitude sur cette version plus ou moins freezée. » oui, si c'est associé avec la config vidjil-dev (et qu'on l'utilise vraiment) pour qu'on se rende compte des problèmes dans la version de vidjil.
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vidjil-dev : pas si évident. Il faudrait que ce soit considéré comme un logiciel à part pour le serveur (pour l'instant on a un chemin vers l'exécutable vidjil).
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oui, tout à fait. Donc une entrée de plus dans defs.py.
Un jour, nous aurons miTCR, TCRKlass... on doit pouvoir être générique, on commence soft en changeant juste l'exécutable :)
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Plutôt que d'avoir une autre constante, il vaut mieux un dico des logiciels dispos et de leurs chemins…
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oui (mais à terme, cela demandera aussi un autre controlleur pour miTCR, pas besoin pour l'instant)
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« et ne pas publier de release avant d’avoir 1-2 semaines d’habitude sur cette version plus ou moins freezée. »
Je suis toujours d'accord avec ça mais on ne le fait pas.
Avoir une branche release_candidate qui chaque mois est remise à jour depuis dev. Seules les corrections de bug sont autorisées sur cette branche et la config vidjil-dev sur le serveur devrait être un vidjil compilé sur cette branche-là. Quand on veut faire une release, on la merge depuis master.
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ok pour le principe. Sur release-candidate, uniquement des corrections de bug (ce qui veut dire avec test obligé)... mais aussi documentation et tests éventuellement.
Donc trois branches : dev / master / release-candidate ?
Ou peut-on faire avec deux branches seulement : master / release-candidate (on release directement depuis release-candidate) + dev s'il y a des choses qui ne sont pas mûrs pour aller dans master.
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J'avais ça en tête évidemment : http://nvie.com/posts/a-successful-git-branching-model/
Ça me fait bizarre de penser que les releases ne seraient pas sur master (au moment où on fait la release, il pourrait s'être passé plein de choses sur master qui ne sont pas dans la release, plus les corrections de bugs qui sont communes).
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Oui, exactement pour le modèle. Cela va changer les habitudes de tous (branche principale = dev).
Planning accéléré pour ce coup-ci : ce soir, release-candidate est branché.
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release-candidate est branché... il faut tester depuis Jenkins. Est-ce possible sans dupliquer des jobs ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1527Coding practice: que met-on dans le contrôleur ?2016-11-30T20:36:26+01:00Vidjil TeamCoding practice: que met-on dans le contrôleur ?Il y a des requêtes BDD dans les contrôleurs. Est-ce vraiment leur place ? Ne faudrait-il pas mettre les requêtes dans les modèles ?
Ne faudrait-il pas découper aussi la partie récupération des paramètres (request.vars) du code lui-même...Il y a des requêtes BDD dans les contrôleurs. Est-ce vraiment leur place ? Ne faudrait-il pas mettre les requêtes dans les modèles ?
Ne faudrait-il pas découper aussi la partie récupération des paramètres (request.vars) du code lui-même ? En gros avoir des fonctions indépendantes de request.vars qui pourraient être utilisées indépendamment de requêtes POST/GET (par exemple dans les scripts).
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“Put stuff in models if:
Have something to do with accessing db data or helpers for visualizing db data
They consist of a one single file with no dependences
The code only makes sense inside a web2py app and I would not be reusing it outside web2py
[…]
Put stuff in modules if:
The do not require access to request, response, cache, session and thus can be used with ot without web2py .
They consist of multiple files
I need them only in some (but not all) controller functions.”
https://web2py.wordpress.com/2010/04/27/web2py-zen/
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1555Méta-données : maladie2017-02-08T13:42:46+01:00Vidjil TeamMéta-données : maladieévoqué par Cédric :
- T-ALL B-ALL CLL
- Lymphome (T) Lymphome (B) (classification pas si simple)
Et aussi AML ? CML ?
On oriente très fortement hémato (pour de l'immuno standard, pas besoin...)
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@nobodyévoqué par Cédric :
- T-ALL B-ALL CLL
- Lymphome (T) Lymphome (B) (classification pas si simple)
Et aussi AML ? CML ?
On oriente très fortement hémato (pour de l'immuno standard, pas besoin...)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1556Méta-données : technique de séquençage2023-03-02T09:42:32+01:00Vidjil TeamMéta-données : technique de séquençageDNA-seq, RNA-seq, Capture, PCR, nested PCR... (plusieurs choix possibles...)
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Ping. ADT, Aurélien ?
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@magiraud @mikael-sDNA-seq, RNA-seq, Capture, PCR, nested PCR... (plusieurs choix possibles...)
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Ping. ADT, Aurélien ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1558Méta-données : sexe2021-02-04T10:01:45+01:00Vidjil TeamMéta-données : sexeAjouter un champ *facultatif* "sex" aux patients.
Rien d'urgent.
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Une branche avait été faite par Ryan lors de la Vidjil Rando 2016.
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@magiraud @RyanHerb @mikael-sAjouter un champ *facultatif* "sex" aux patients.
Rien d'urgent.
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Une branche avait été faite par Ryan lors de la Vidjil Rando 2016.
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1559model.js et vues: updateXxx(), découpage judicieux ?2019-11-04T06:50:47+01:00Vidjil Teammodel.js et vues: updateXxx(), découpage judicieux ?La doc devrait mieux expliquer le fonctionnement de `update()` / `updateModel()` / `updateElem()` / `updateElemStyle()` / `updateStyle()` et surtout leur relation entre eux. Je ne sais pas si c'est dans chaque fonction, ou plutôt au débu...La doc devrait mieux expliquer le fonctionnement de `update()` / `updateModel()` / `updateElem()` / `updateElemStyle()` / `updateStyle()` et surtout leur relation entre eux. Je ne sais pas si c'est dans chaque fonction, ou plutôt au début de `model.js`,
J'ai par exemple du mal à comprendre pourquoi `updateModel()` est appelé par certaines fonctions.
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1567Splitter un clone / ré-analyser un sous-ensemble de reads2021-06-23T11:34:52+02:00Vidjil TeamSplitter un clone / ré-analyser un sous-ensemble de readsÉvoqué directement par Alice (et Matin il y a longtemps). Ma première réaction : non, l’algo ne marche pas comme cela !
Mais bon… si on est capable de récupérer les reads d’une fenêtre, on pourrait les ré-analyser avec d’autres paramètr...Évoqué directement par Alice (et Matin il y a longtemps). Ma première réaction : non, l’algo ne marche pas comme cela !
Mais bon… si on est capable de récupérer les reads d’une fenêtre, on pourrait les ré-analyser avec d’autres paramètres (par exemple un `-w 100` ou `200`, voire un `-w` égal à la taille du read, comme dans l'option `-!`),voire avec un autre programme... le browser n’y verrait que du feu, on pourrait avoir des windows de taille différente. Au final, ce serait un bouton « split to reads ».
On s’éloigne de la philosophie de l’algo, mais pourquoi pas ? D’ailleurs, si certains reads sont trouvés par d’autres méthodes (grep, séquences connues, xxx, autre heuristique, autre logiciel…), leur id va peut-être varier.
***
Marc: "Cela pourrait aussi être fait directement dans la première passe de Vidjil. On détecte mauvais coverage/..., et on applique d'autres paramètres"
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Avec les données de la Pitié on a tendance à rassembler des choses qui ne devraient pas l'être. Il serait bien que la taille de la fenêtre s'adapte automatiquement aux données, sans avoir à relancer le jeu de données en tâtonnant pour savoir quelle taille de fenêtre est la mieux (une puissance de 10 ou pas ? ;) )
Exemple de jeu où on fait n'importe quoi avec la taille de fenêtre par défaut : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=914&config=26
***
Argh... je pensais à cette tâche justement en voyant votre échange de mail...
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1573Coverage plus que douteux sur certains jeux de données2021-04-08T19:03:56+02:00Vidjil TeamCoverage plus que douteux sur certains jeux de donnéesSur les 20 premiers clones de Stanford S22, avec -w 60, près de la moitié ont un coverage <= 65%.
Et plusieurs sont à <= 55%.
***
Et avec -w 100, ce n'est pas vraiment mieux.
N'est-ce que des hypermutations somatiques, ou est-ce plus gr...Sur les 20 premiers clones de Stanford S22, avec -w 60, près de la moitié ont un coverage <= 65%.
Et plusieurs sont à <= 55%.
***
Et avec -w 100, ce n'est pas vraiment mieux.
N'est-ce que des hypermutations somatiques, ou est-ce plus grave ?
***
Titre changé : cela ne concerne pas que S22.
Autre exemple de jeux de données avec des coverages très douteux :
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=786&config=26
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1577db_layout.html: avoir des onglets avec les derniers sets consultés ?2019-02-28T12:39:27+01:00Vidjil Teamdb_layout.html: avoir des onglets avec les derniers sets consultés ?On se ballade dans certains onglets (liste des patients, et pour les admins, les autres onglets), mais ce n'est pas facile de revenir sur le patient en cours.
Ce serait pratique d'avoir quelque chose type "patients John Doe (578) ...On se ballade dans certains onglets (liste des patients, et pour les admins, les autres onglets), mais ce n'est pas facile de revenir sur le patient en cours.
Ce serait pratique d'avoir quelque chose type "patients John Doe (578) - - - configs"
(et cela éviterait souvent d'avoir une requête 'liste des patients' :)
***
D'ailleurs, il n'y a pas de notion de "patient en cours" vu de la database, mais bon, on va dire que c'est le dernier pour lequel on a fait afficher un .vidjil.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1582stanford-label-FaW.should_get et -t 1002019-03-08T17:27:59+01:00Vidjil Teamstanford-label-FaW.should_get et -t 100qu'est-ce ?
***
3e6ace0. Cela ne doit pas être bien grave, mais j'y suis pas arrivé en 5 minutes.
-t 100 change les fenêtres de S22
***
@magiraud @mikael-squ'est-ce ?
***
3e6ace0. Cela ne doit pas être bien grave, mais j'y suis pas arrivé en 5 minutes.
-t 100 change les fenêtres de S22
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1584Makefile et make should2022-06-20T10:58:09+02:00Vidjil TeamMakefile et make shouldmake should lance un clean, parce qu'il fait -O0.
Ce "clean" est gênant quand on est en train de triturer le code / les tests.
Et au passage, "make test" global lance deux fois à la suite cette compilation (should_get, puis should-vdj)....make should lance un clean, parce qu'il fait -O0.
Ce "clean" est gênant quand on est en train de triturer le code / les tests.
Et au passage, "make test" global lance deux fois à la suite cette compilation (should_get, puis should-vdj).
- Faudrait-il définir un autre nom d'éxécutable ./vidjil-test qui serait avec -O0 ?
(mais demande à tout modifier les *should_get ?)
- Ou y-a-t-il peut-être un moyen de savoir si les flags de compil ont changé ?
- Ou, encore plus simple, on ne lance -O0 que depuis le make global, et le test/make ne touche pas à tout cela ?
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1587Signature / Geler une analyse2022-05-19T08:03:41+02:00Vidjil TeamSignature / Geler une analyseIl faut pouvoir geler une analyse et marquer dans le rapport qui l'a gelée (ou validée) et quand. Il n'est plus possible de sauvegarder par dessus.
Permet-on de lancer de nouveaux runs sur ce fichier ? De toute façon on garde toujours...Il faut pouvoir geler une analyse et marquer dans le rapport qui l'a gelée (ou validée) et quand. Il n'est plus possible de sauvegarder par dessus.
Permet-on de lancer de nouveaux runs sur ce fichier ? De toute façon on garde toujours les résultats. Mais il faut pouvoir revenir facilement aux résultats sauvegardés.
***
Typiquement, en situation Diag puis MRD, on valide le Diag, et plus tard il y a un nouveau point. On est appelé à re-merger / colorer / .... (On a peut-être le droit de relancer le prog sur le Diag). Mais on a sauvegardé le fichier résultat comme le fichier analysis du Diag.
***
Mis en projet étudiant "tracabalité", sinon en reparler en 2016
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1592segmenter.h/c: rationaliser les attributs d'information2016-11-29T14:38:19+01:00Vidjil Teamsegmenter.h/c: rationaliser les attributs d'informationdans le Kmer et le FineSegmenter, on stocke différentes chaînes d'information :
info, info_extra, code, code_short, code_light
puis on s'en sert à des degrés divers sur la sortie standard et dans le .vidjil.
Voir aussi finishSegmentati...dans le Kmer et le FineSegmenter, on stocke différentes chaînes d'information :
info, info_extra, code, code_short, code_light
puis on s'en sert à des degrés divers sur la sortie standard et dans le .vidjil.
Voir aussi finishSegmentation() et getInfoLine().
Voir si tout cela ne pourraît pas être simplifié.
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1596L'estimation du nombre de séquences est fausse pour un .gz2020-08-27T12:44:14+02:00Vidjil TeamL'estimation du nombre de séquences est fausse pour un .gzDans `bioreader.cpp`, dans `approx_nb_sequences_in_file(string f)`:
`float ratio = (float) filesize(f.c_str()) / (float) sequences->getPos();`
On ne prend pas en compte le cas où c'est compressé, bref la valeur est fausse à un facteur...Dans `bioreader.cpp`, dans `approx_nb_sequences_in_file(string f)`:
`float ratio = (float) filesize(f.c_str()) / (float) sequences->getPos();`
On ne prend pas en compte le cas où c'est compressé, bref la valeur est fausse à un facteur environ 4.
Mais bon, vu que cela sert pour la e-valeur, on n'est pas à un demi-ordre de grandeur près...
***
- voir si un igzstream permet de savoir où l'on est, en position compressée
- ou voir si on peut avoir accès à la taille décompressée de tout le fichier
- ou multiplier par 4 quand c'est un .gz
***
Évoqué de nouveau vendredi dernier. En plus fasta.gz et fastq.gz ne donnent pas les mêmes biais.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1598e-valeur et arguments de getProbabilityAtLeastOrAbove() dans getMaximum2016-11-29T14:38:24+01:00Vidjil Teame-valeur et arguments de getProbabilityAtLeastOrAbove() dans getMaximumLancer tout en double aura eu le mérite de faire apparaître un bug :
./vidjil -KAx 1 -z 0 -G germline/IGH data/Stanford_S22.fasta
./vidjil -KAx 1 -z 0 -G germline/IGH data/Stanford_S22.rc.fasta
et comparer les e-values (dans les .affe...Lancer tout en double aura eu le mérite de faire apparaître un bug :
./vidjil -KAx 1 -z 0 -G germline/IGH data/Stanford_S22.fasta
./vidjil -KAx 1 -z 0 -G germline/IGH data/Stanford_S22.rc.fasta
et comparer les e-values (dans les .affects)
seed IGH SEG_+ 1.495965e-87 2.055996e-167/1.495965e-87
seed IGH SEG_- 2.866244e-79 2.866244e-79/5.924178e-170
***
3b3bc05. Le calcul est bien mieux qu'avant, un getS() trainait sans raison. (Les tests ne changent pas... ces e-valeurs sont vraiment à un gros ordre de grandeur près !)
J'avoue ne pas être sûr du +1/-1, il faudra revérifier. En tout cas maintenant c'est symétrique par rapport au revcomp. Et je suis joueur, je pousse un test avec une vérif d'e-valeur (juste le début, c'est typiquement le truc qui peut louper sur all-slaves pour des raisons d'arrondi).
***
Pour les archives, toujours sur la première séquence de data/Stanford_S22(.rc).fasta :
Un décompte manuel des .affects donne :
- 66 k-mer V + 87 k-mer _ = 153 dans la partie gauche
- 28 k-mer J dans la partie droite
Les kms.results :
found 0, value 66, pos 164-202, before 66/0, after 0/28
found 0, value 28, pos 39-77, before 28/0, after 0/66 (rc)
avec la modif +1/-1, on a (et c'est symétrique)
at_least=66, length=165 (qui redevient bien n = 165 - 13 + 1 = 153 dans kmerstore.h:getProba())
at_least=28 length=40 (n = 28)
***
C'est du capillotracté, mais on n'a toujours pas la même e-valeur sur les deux brins :
#> seed IGH SEG_+ 4.886466e-33 3.847709e-40/4.886465e-33
#> seed IGH SEG_- 4.885721e-33 4.885720e-33/3.847123e-40
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1614Faire une CSS de présentation / screenshot2023-03-28T16:21:06+02:00Vidjil TeamFaire une CSS de présentation / screenshotUtilisation : démo, mais aussi discussion patients autour d'une table. On se focalise sur le graphe, la grid, éventuellement sur les séquences.
- tous les textes plus gros (labels, séquences)
- masquer l'info / la liste des clones
...Utilisation : démo, mais aussi discussion patients autour d'une table. On se focalise sur le graphe, la grid, éventuellement sur les séquences.
- tous les textes plus gros (labels, séquences)
- masquer l'info / la liste des clones
(ou sinon, les compresser)
- masquer des boutons non essentiels
Comme ce sera dans le menu "palette", on pourra aisément basculer de la vue normale à cette vue.
***
@nobodyWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1628Heuristique : analyser les germlines non recombinés2017-12-13T08:22:37+01:00Vidjil TeamHeuristique : analyser les germlines non recombinés0618/R1, de Maria
- on ne segmente < 0.1% en mutli+inc+xxx
- mais 18% en MAX_1U (avec -e 10000000)
(et même 21% en -t 0)
En en ayant regardé le premier cluster, plus que du MAX_1U, c'est en fait du... non recombiné.
On devrait av...0618/R1, de Maria
- on ne segmente < 0.1% en mutli+inc+xxx
- mais 18% en MAX_1U (avec -e 10000000)
(et même 21% en -t 0)
En en ayant regardé le premier cluster, plus que du MAX_1U, c'est en fait du... non recombiné.
On devrait avoir une méthode de segmentation qui sort des trucs non recombinés. #1724.
On prend l'affectation maximum, et regarde combien il y en a... mais quel calcul de proba faire ensuite ? Pour que cela ne passe pas devant une vraie séquence recombinée ? #2653
Faut-il avoir des probas conditionnelles ?
***
Germlines avec les séquences avals des V et amonts des J, et on fait du V, contre du V-aval ou du J-amont contre du J de façon tout à fait classique.
***
Pourquoi pas... mais devra-t-on rentrer toutes ces germlines ?
Ou bien, si elles sont juste présentes quelque part, le MAX_12 va les trouver.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1629Avoir les locus complets quelque part2018-04-17T14:33:18+02:00Vidjil TeamAvoir les locus complets quelque partNe devrait-on pas avoir quelque part *tout* le locus, éventuellement sans les genes V /D / J qui sont ailleurs ?
C'est quasi-équivalent aux up/down-streams, mais on pourrait être plus fin : pas seulement 50 (ou 20, ou 100), mais pile ce ...Ne devrait-on pas avoir quelque part *tout* le locus, éventuellement sans les genes V /D / J qui sont ailleurs ?
C'est quasi-équivalent aux up/down-streams, mais on pourrait être plus fin : pas seulement 50 (ou 20, ou 100), mais pile ce qu'il faut pour complémenter nos germlines.
On pourrait d'ailleurs soit vraiment complémenter les séquences, soit tout simplement... charger tout le locus, puis charger le reste pour marquer comme ambigu les k-mers dans les V/D/J.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1632patient/stats ne retourne pas forcément le bon fichier fused2020-12-04T12:07:46+01:00Vidjil Teampatient/stats ne retourne pas forcément le bon fichier fusedIndépendamment du bug sur la mauvaise mise à jour des fused dans la DB, sur rbx, pour le patient Buf la page stats nous donne des résultats qui n'ont rien à voir avec les résultats réels.
***
C'est confirmé ? C'est grave ?
***
Oui (aux d...Indépendamment du bug sur la mauvaise mise à jour des fused dans la DB, sur rbx, pour le patient Buf la page stats nous donne des résultats qui n'ont rien à voir avec les résultats réels.
***
C'est confirmé ? C'est grave ?
***
Oui (aux deux questions) : https://rbx.vidjil.org/vidjil/patient/stats?filter=Buf → Il n'y a rien pour le diag, les pourcentages de segmentation ne sont pas les bons, le clone principal non plus. Bref les informations ne viennent pas du bon fichier.
On utilise la page stats pour nos articles, si elle renvoie n'importe quoi, c'est fâcheux :)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1637day after first sample déclenché de manière trop rapide ?2020-09-03T17:01:50+02:00Vidjil Teamday after first sample déclenché de manière trop rapide ?Sur ce jeu-là : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=609&config=2 c'est day after first sample qui est sélectionné par défaut. Sauf que les nombres ne s'affichent pas mais qu'on a -/- partout. Il semble que les dates ne soien...Sur ce jeu-là : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=609&config=2 c'est day after first sample qui est sélectionné par défaut. Sauf que les nombres ne s'affichent pas mais qu'on a -/- partout. Il semble que les dates ne soient pas remplies partout.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1638Replicats pour gommer des erreurs de PCR/séquençage2020-07-30T11:29:27+02:00Vidjil TeamReplicats pour gommer des erreurs de PCR/séquençageMikaël: "[Marine et Fred] font des réplicats : est-ce qu'on aurait un moyen de prendre ça en compte pour gommer les erreurs de PCR/séquençage (plus facilement PCR que séquençage) ?"
Mmm... tu veux dire marquer deux samples comme replica...Mikaël: "[Marine et Fred] font des réplicats : est-ce qu'on aurait un moyen de prendre ça en compte pour gommer les erreurs de PCR/séquençage (plus facilement PCR que séquençage) ?"
Mmm... tu veux dire marquer deux samples comme replicats, et, pour les soucis de PCR, détecter des situations comme celles qu'on a vue dans l'article / courbe log-log ? (pour les clustériser ensuite) Quelque part, cela veut dire prendre en compte la différence de % comme un des composants de la distance entre clones.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1650Convention_de_codage ou ConventionDeCodage ?2019-12-02T18:12:51+01:00Vidjil TeamConvention_de_codage ou ConventionDeCodage ?
***
@magiraud @mikael-s
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1651Estimer K/lambda pour le FineSegmenter: ALP ?2017-11-29T15:52:50+01:00Vidjil TeamEstimer K/lambda pour le FineSegmenter: ALP ?cost::toPvalue() devrait calculer une p-valeur.
Même calcul que Blast, avec estimation K et lambda ? Autre chose ?
***
Voir ALP (utilisé par SortMeDNA) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Spouge/html_ncbi/html/software/program.html...cost::toPvalue() devrait calculer une p-valeur.
Même calcul que Blast, avec estimation K et lambda ? Autre chose ?
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Voir ALP (utilisé par SortMeDNA) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Spouge/html_ncbi/html/software/program.html?uid=6
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d0246c4: K/lambda, mais pas d'estimation
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ping. Ne pas oublier que nos K/lambda sont un peu olé-olé... cela doit se sentir encore plus pour les Ds.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1654Ne proposer que des presets qui ont du sens2020-12-11T13:17:40+01:00Vidjil TeamNe proposer que des presets qui ont du sensClone length a un sens pour les séquençages avec des reads à longueur variable, mais pas des reads à longueur fixe. Si tous les clones ont quasiment la même longueur moyenne de read, on devrait désactiver la fonctionnalité
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Discuté ce...Clone length a un sens pour les séquençages avec des reads à longueur variable, mais pas des reads à longueur fixe. Si tous les clones ont quasiment la même longueur moyenne de read, on devrait désactiver la fonctionnalité
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Discuté ce matin. On peut laisser les axes, mais au moins les presets doivent faire sens.
Le preset "Clone length distribution" pourrait ainsi être plutôt "Coverage distribution".
(Il y a aussi un souci que "clone length" est relativement universel (longeur des séquences), alors que "coverage" est une spécificité du calcul de Vidjil.)
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@magiraud @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1664Colinéaire génome : test sur tout le génome ?2023-10-26T15:49:32+02:00Vidjil TeamColinéaire génome : test sur tout le génome ?On pourrait lancer vidjil par fenêtre sur tout le génome, voir ce qu'on récupère (même avec une e-valeur mauvaise et -t 0).
Cela fournirait des séquences fort intéressantes pour le test / pour améliorer l'algo...
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@magiraud @mikael-sOn pourrait lancer vidjil par fenêtre sur tout le génome, voir ce qu'on récupère (même avec une e-valeur mauvaise et -t 0).
Cela fournirait des séquences fort intéressantes pour le test / pour améliorer l'algo...
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1665minifier JS ?2017-11-29T13:56:18+01:00Vidjil Teamminifier JS ?https://github.com/mishoo/UglifyJS2 ? Autre chose ?
Utiliité ? (comme on a besoin de MB pour télécharger les .vidjil, est-ce que cela vaut le coup de compresser un peu les .js ?)
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@Duezhttps://github.com/mishoo/UglifyJS2 ? Autre chose ?
Utiliité ? (comme on a besoin de MB pour télécharger les .vidjil, est-ce que cela vaut le coup de compresser un peu les .js ?)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1669Adapters Illumina2021-11-16T16:02:35+01:00Vidjil TeamAdapters IlluminaEnviron un tiers des fichiers `*.gz` dans `/mnt/upload` contiennent au moins 1000 reads avec exactement l'adaptateur Ilumina après index (25 bp) : `ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG`
Ce n'est pas un bug de notre côté mais de nos utilisateurs.......Environ un tiers des fichiers `*.gz` dans `/mnt/upload` contiennent au moins 1000 reads avec exactement l'adaptateur Ilumina après index (25 bp) : `ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG`
Ce n'est pas un bug de notre côté mais de nos utilisateurs....
https://support.illumina.com/downloads/illumina-customer-sequence-letter.html
https://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/experiment-design/illumina-customer-sequence-letter.pdf
Outils pour enlever adaptateurs : http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
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Pourquoi ces adaptateurs sont là ?
Dans Vidjil, faire un warning s'il y a beaucoup d'adaptateurs ? #2247
Faire un traitement spécifique avec une cause de non-segmentation ? (d'un autre côté, on peut segmenter si la séquence est propre ensuite...)
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Dans le git bonsai, `vdj/seq/adapters.fa`
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1680Export fasta: afficher d'une certaine manière les bases enlevées sur la germline2021-08-27T11:06:14+02:00Vidjil TeamExport fasta: afficher d'une certaine manière les bases enlevées sur la germlinepar exemple, si /-4 KDE :
>KDE...
ggagCCCTACAAGT
Minuscules : simple. (mais pb convention ?)
Couleur, parenthèses, italique ? peu .fa - compatible
Remarque de Tatiana : que faire si plusieurs séquences ? Afficher les V/J plusieurs foi...par exemple, si /-4 KDE :
>KDE...
ggagCCCTACAAGT
Minuscules : simple. (mais pb convention ?)
Couleur, parenthèses, italique ? peu .fa - compatible
Remarque de Tatiana : que faire si plusieurs séquences ? Afficher les V/J plusieurs fois ? Faire une option ?
à réfléchir avant de s'y lancer
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On aurait aussi pu faire un équivalent de junction analyser:
atcgatcgatcgtagcatcatc
atcgAtcaAAA
TATTatcatc
... mais non, il faut résister à l'envie, le but est que le segmenter avec l'affichage des germline fasse cela.
Bref, on se limite pour cette tâche à un truc simple, qui garde la compatibilité avec un .fa
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Discuté aussi vendredi dernier.
On pourrait aller vers deux exports :
1) Un export fasta brut, comme actuellement (avec en particulier les V/D/J à la fin, groupés). Utilisation bioinfo derrière.
2) Un export avec alignement du read contre germline V/D/J, avec espaces / tiret, et majuscules/minuscules dans les germlines V/D/J pour mutations. Éventuellement avec des infos de score, e-value... Et même avec couleurs (on se rapproche du rapport...), mais en restant basé texte pour copie facile.
Le 2) est très tentant, mais fera peut-être doublon avec le segmenter ? Pas si sûr, et ce serait très agréable d'avoir cela pour nous aider à faire les .should-vdj et discuter ensemble de segmentation. D'ailleurs, même une fois que le segmenter fera ce qu'on veut, une fonctionnaité d'export du segmenter sera la bienvenue !
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1684Afficher séparément les tubes de PCR différents, même quand ils concernent le...2019-01-09T17:16:15+01:00Vidjil TeamAfficher séparément les tubes de PCR différents, même quand ils concernent le même locusDemande de Yann: quand on fait Vg1-9 et Vg10, on aimerait voir les % par rapport au tube de PCR.
La même question se pose pour quasiment tous les locus, en fonction des tubes utilisés.
- afficher cela comme deux locus différents ? (dan...Demande de Yann: quand on fait Vg1-9 et Vg10, on aimerait voir les % par rapport au tube de PCR.
La même question se pose pour quasiment tous les locus, en fonction des tubes utilisés.
- afficher cela comme deux locus différents ? (dans ce cas, on ne voit plus de grid avec tout le TRG)
- est-ce que le browser est bien robuste au changement de germlines.data ? (difficulté avec germlines.js) ?
- avoir un germlines.data différent par utilisateur / par patient ? ou stocker cela dans le .vidjil ?
- ou bien déjà avoir plusieurs germlines.data (un comme actuel, un Lille, un tubes BIOMED-2, ...) ?
à réfléchir
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1694Bug d'affichage quand le focus sur un clone (% en bas à droite) est très long2018-11-21T09:20:33+01:00Vidjil TeamBug d'affichage quand le focus sur un clone (% en bas à droite) est très longexemple sur LIM (894), clone pricipal Intro/KDE
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@Cyanael @magiraudexemple sur LIM (894), clone pricipal Intro/KDE
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@Cyanael @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1695Identifiants des germlines dans germlines.js2022-06-20T15:30:34+02:00Vidjil TeamIdentifiants des germlines dans germlines.jsRemarqué par @Cyanael : les identifiants des *germlines* dans germlines.js ne sont pas systématiques : TRGV, TRGJ, IGK-INTRON, IGHD_upstream ...
En aval, cela impacte au moins model.js: exportFasta où on a du faire des règles spécifiq...Remarqué par @Cyanael : les identifiants des *germlines* dans germlines.js ne sont pas systématiques : TRGV, TRGJ, IGK-INTRON, IGHD_upstream ...
En aval, cela impacte au moins model.js: exportFasta où on a du faire des règles spécifiques.
Cela provient de `buildBrowserGermline.py` (et donc du nom des fichiers ?).
Ces identifiants ne sont pas propres, la seule référence devrait être les infos de `germline/homo-sapiens.g`
→ faudrait-il utiliser des clés TRG-5, TRG-3, IGK+-5, TRD-4 ?
→ ou même TRG / IGK+ en vrac ?
→ ou même... tout en vrac, dans une seule hashmap ? (A-t-on vraiment besoin des séquences séparées par germline ? La description des germlines est déjà faite par ailleurs)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1699Générer des .fa.gz pour les gros get_reads2016-11-29T14:39:37+01:00Vidjil TeamGénérer des .fa.gz pour les gros get_readsMais quand on commence, on ne sait pas encore si c'est gros ou pas.
Une option en command-line ?
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@mikael-sMais quand on commence, on ne sait pas encore si c'est gros ou pas.
Une option en command-line ?
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1700Statistiques sur le sens de la segmentation de chaque clone2017-11-29T13:41:45+01:00Vidjil TeamStatistiques sur le sens de la segmentation de chaque cloneIl faudrait afficher dans le browser le strand ratio pour chaque clone (avec un warning quand c'est très biaisé).
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Et donc avant, le stocker dans le cpp et l'exporter
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@magiraud @mikael-sIl faudrait afficher dans le browser le strand ratio pour chaque clone (avec un warning quand c'est très biaisé).
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Et donc avant, le stocker dans le cpp et l'exporter
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1701Dans la table "config", afficher le nombre de runs lancés avec chaque config2021-10-19T11:26:21+02:00Vidjil TeamDans la table "config", afficher le nombre de runs lancés avec chaque configCe serait utile. On a beaucoup de configs sur rbx, cela aiderait à faire le ménage.
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@RyanHerbCe serait utile. On a beaucoup de configs sur rbx, cela aiderait à faire le ménage.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1706Couleurs : est-ce qu'on met une coloration par défaut ?2017-12-04T11:20:35+01:00Vidjil TeamCouleurs : est-ce qu'on met une coloration par défaut ?Comparaison avec ARResT : Florian trouve plus joli le fait d'avoir déjà des colorations. A discuter.
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@Cyanael @mikael-s @magiraudComparaison avec ARResT : Florian trouve plus joli le fait d'avoir déjà des colorations. A discuter.
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@Cyanael @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1707Bug : multi selection dans le barplot alors que la touche maj n'est pas utilisée2018-11-20T09:36:39+01:00Vidjil TeamBug : multi selection dans le barplot alors que la touche maj n'est pas utilisée
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@Cyanael
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/17080914-pap-IGH+.should-vdj.fa2022-06-20T11:29:49+02:00Vidjil Team0914-pap-IGH+.should-vdj.fadonne maintenant bien deux fois la même chose, mais TODO, légèrement différent de ce qui est indiqué
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@mikael-sdonne maintenant bien deux fois la même chose, mais TODO, légèrement différent de ce qui est indiqué
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1715Aucune config sélectionnée par défaut2021-08-26T13:54:33+02:00Vidjil TeamAucune config sélectionnée par défautExemple : aller sur BOD (71), pas de config sélectionnée par défaut. Ça semble se produire pour les configs [old] multi
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@magiraud @mikael-sExemple : aller sur BOD (71), pas de config sélectionnée par défaut. Ça semble se produire pour les configs [old] multi
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1719Analyse en profondeur du comportement du DAL web2py2022-06-20T15:47:17+02:00Vidjil TeamAnalyse en profondeur du comportement du DAL web2pyL'idée est de pouvoir se rendre compte de tout ce qu'il se passe au niveau du DAL lorsqu'une requête est lancée. Il semble y avoir des requêtes qui sont parfois lentes alors nous aimerions savoir si il s'agit d'un problème au niveau du D...L'idée est de pouvoir se rendre compte de tout ce qu'il se passe au niveau du DAL lorsqu'une requête est lancée. Il semble y avoir des requêtes qui sont parfois lentes alors nous aimerions savoir si il s'agit d'un problème au niveau du DAL ou non.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1723.fastq cassé, ignorer des séquences2019-10-11T14:46:31+02:00Vidjil Team.fastq cassé, ignorer des séquenceslibc++abi.dylib: terminating with uncaught exception of type std::invalid_argument: Quality and sequence don't have the same length
Et tout est fini.
C'est fâcheux quand Vidjil a déjà tournée sur 1 GB de séquences (par exemple le début...libc++abi.dylib: terminating with uncaught exception of type std::invalid_argument: Quality and sequence don't have the same length
Et tout est fini.
C'est fâcheux quand Vidjil a déjà tournée sur 1 GB de séquences (par exemple le début d'un gros fichier). On devrait pouvoir ignorer une telle séquence, avec un avertissement.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1734Conserver la notification actuelle lors de la suppression d'une notification2017-11-09T12:15:30+01:00Vidjil TeamConserver la notification actuelle lors de la suppression d'une notificationActuellement dans l'interface admin, lorsque l'on supprime une notification, nous sommes redirigés vers l'index des notifications sans notification de sélectionnée.
Il serait bon de conserver la notification en cours (simplement pour des...Actuellement dans l'interface admin, lorsque l'on supprime une notification, nous sommes redirigés vers l'index des notifications sans notification de sélectionnée.
Il serait bon de conserver la notification en cours (simplement pour des raisons de fluidité)
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1739Jeu de couleurs visibles par tous (ou presque)2021-11-22T13:02:45+01:00Vidjil TeamJeu de couleurs visibles par tous (ou presque)Utiliser une palette de couleurs qui soit color blind-compliant. http://paletton.com est un exemple pour simuler différentes formes de daltonisme. Voir cette palette 16 couleurs qui semble compatible : http://www.somersault1824.com/wp-co...Utiliser une palette de couleurs qui soit color blind-compliant. http://paletton.com est un exemple pour simuler différentes formes de daltonisme. Voir cette palette 16 couleurs qui semble compatible : http://www.somersault1824.com/wp-content/uploads/2015/02/color-blindness-palette.png ou encore : http://www.cookbook-r.com/Graphs/Colors_%28ggplot2%29/#a-colorblind-friendly-palette
Des recommandations plus globales : http://jfly.iam.u-tokyo.ac.jp/color/
Voir aussi cette tâche : https://www.producteev.com/workspace/t/553f873ab0fa091c6b00000c
***
Plus complet ici : http://mkweb.bcgsc.ca/colorblind/
***
cf. branche colorblind
***
- Faut-il que a) notre jeu de couleurs soit color-blind par défaut, ou bien b) avoir une palette color-blind proof ?
a) peut être le but, b) peut permettre d'avoir déjà *tout de suite* quelque chose d'accessible sans enlever au confort des non-color-blind
- Sur la palettre proposée (tags, pas vu les locus) : oui, clone-1/2/3 sont bien plus distinctifs que sur la palette actuelle ! Par contre, j'aurais bien inversé clone 1 et clone 2 (le clone 2 est plus lumineux, plus clair que pathologique). Cependant, je vois bien que l'ordre est mieux en achromatopsia
- Au passage, on n'utilise pas assez le vert (sauf pour locus).
***
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/colorblind-design/
Extension Firefox pour tester facilement.
***
Avoir une palette séparée n'est, dans l'état actuel, pas user-friendly : la palette par défaut est toujours la même. Donc si on veut utiliser la palette colorblind, il faudra changer la palette utilisée à chaque chargement de Vidjil.
***
Cela fait écho à une autre tâche, "sauvegarder les paramètres par défaut" ou quelque chose comme cela.
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1743Rajouter de la doc pour pré-processing, check qualité...2020-08-27T12:00:02+02:00Vidjil TeamRajouter de la doc pour pré-processing, check qualité...Évoqué vendredi dernier au CHR.
Même si on a envie de rendre certains pré-processings accessibles depuis le serveur, nous n'allons pas tout faire... (erreurs, basse qualité, adaptateurs/barcodes mal trimmés...)
Mais par contre, nous p...Évoqué vendredi dernier au CHR.
Même si on a envie de rendre certains pré-processings accessibles depuis le serveur, nous n'allons pas tout faire... (erreurs, basse qualité, adaptateurs/barcodes mal trimmés...)
Mais par contre, nous pourrions donner dans la doc quelques conseils sur comment préparer/vérifier les données d'entrée.
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FASTQC
cutadapt
Galaxy
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1744Contrôle de la contamination sur un run2022-07-26T12:08:26+02:00Vidjil TeamContrôle de la contamination sur un runDemandé par Nathalie vendredi dernier au CHR.
"Ce serait bien d'avoir, d'un coup d'oeil, des trucs pour voir tout un run, s'il y a des contaminations en particulier".
Cela rentre dans les réflexions en cours sur "run" / "tags" / ...
...Demandé par Nathalie vendredi dernier au CHR.
"Ce serait bien d'avoir, d'un coup d'oeil, des trucs pour voir tout un run, s'il y a des contaminations en particulier".
Cela rentre dans les réflexions en cours sur "run" / "tags" / ...
***
Marc, tu devrais nous expliquer un jour ce que tu fais en interne pour les contaminations.
Y a-t-il une manière de le visualiser ?
Si par exemple on va sur http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=10946&custom=10947&custom=10948&custom=10949&custom=10950&, comment peut-on voir s'il y a des clones communs ?
Entre deux points contigus c'est simple, sinon c'est plus dur;
Un "color by number of samples" ?
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Tiens, si "nb of samples" était une dimension d'affichage, on pourrait faire des trucs rigolos.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1746Charger / Sauver les .analysis dans des vues autres que Patient2016-11-29T14:40:09+01:00Vidjil TeamCharger / Sauver les .analysis dans des vues autres que PatientQue ce soit avec la tâche "Run / SampleSet / Tags", ou même, dès maintenant, avec le "Compare Patients", on souhaite visualiser voire sauvegarder les .analysis.
C'est une demande explicite de XXX ("Peut-on sauver les analyses dans Compa...Que ce soit avec la tâche "Run / SampleSet / Tags", ou même, dès maintenant, avec le "Compare Patients", on souhaite visualiser voire sauvegarder les .analysis.
C'est une demande explicite de XXX ("Peut-on sauver les analyses dans Compare Patients ?"). Cas d'usage : dans une vue "Run", on identifie une contamination, qu'on targue, et on veut retrouver ce tag dans les différents Patients (et, pour un des patients, c'est le "main clone", pour les autres, "contamination")
Ce n'est pas facile
- que se passe-t-il si un clone est en rouge dans le patient A, mais pas en B / C ?
On voit la ligne rouge A-B-C, mais faut-il sauver du rouge dans B-C ?
- pire, si autre couleur dans B-C, warning à faire
(Cela ne doit pas nous bloquer pour faire Run/SampleSet/Tags...)
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XXX c'est Jona Van der Straeten (mail du 23/11)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1749Clustering par similarité – alternatives à tSNE.2023-06-28T16:41:35+02:00Vidjil TeamClustering par similarité – alternatives à tSNE.Le clustering par similarité est calculé avec tSNE. Aujourd'hui on a eu une présentation de MDS (Multi-dimensional scaling) qui pourrait être utile. Peut-être tester dans un premier temps si on a de meilleures visualisations ou pas.
***
...Le clustering par similarité est calculé avec tSNE. Aujourd'hui on a eu une présentation de MDS (Multi-dimensional scaling) qui pourrait être utile. Peut-être tester dans un premier temps si on a de meilleures visualisations ou pas.
***
Mmm.. Dans un premier temps, ce serait bien que tSNE soit réactivé et qu'on prenne l'habitude de regarder ce que cela donne. Je ne suis même pas sûr qu'on en ait fait la pub à nous utilisateurs.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1750Collaboration Montréal2023-03-02T08:21:39+01:00Vidjil TeamCollaboration Montréal"Surprise" en arrivant à 9:30, ce n'est pas juste les deux collègues mais un séminaire devant +10 personnes.
- ils sont intéressés. Claude veut faire du répertoire (souris).
- par ailleurs, ils font du RNA-Seq, et commencent à travai..."Surprise" en arrivant à 9:30, ce n'est pas juste les deux collègues mais un séminaire devant +10 personnes.
- ils sont intéressés. Claude veut faire du répertoire (souris).
- par ailleurs, ils font du RNA-Seq, et commencent à travailler avec "Thérèse, Nicolas, Jérome" sur CRAC :-)
Reparti à 11:30, et je reviens demain matin.
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Super, merci :)
À Montpellier, j'avais entendu parlé d'une collab' avec Montréal mais je n'avais pas fait le lien !
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500 patients, leucémie
300 M reads / patient
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Ah oui quand même… et ils veulent faire du répertoire dessus aussi ?
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Non. Ca c'est pour le RNA-Seq. Mais il peut essayer de lancer Vidjil, j'ai vendu la command-line à Sébastien.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1754Select All / Exporter tous les clones2019-01-18T15:34:11+01:00Vidjil TeamSelect All / Exporter tous les cloneshttp://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1233&config=25
Il y a 52 reads segmentées, j'aimerais pouvoir les récupérer...
Ne faudrait-il pas une fonction "Select All" pour tout sélectionner, pour faire ensuite un "Export Fasta" ou autre cho...http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1233&config=25
Il y a 52 reads segmentées, j'aimerais pouvoir les récupérer...
Ne faudrait-il pas une fonction "Select All" pour tout sélectionner, pour faire ensuite un "Export Fasta" ou autre chose ? Même dans les cas normaux, on serait content d'avoir un fasta des 100-200 clones chargés.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1759cluster fait disparaître les smaller clones2019-01-18T18:24:55+01:00Vidjil Teamcluster fait disparaître les smaller clonesBug ou feature ? Clusteriser, dans le brower, par gène V ou J fait disparaître les pourcentages des smaller clones. La somme, du coup, ne fait plus 100%
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@nobodyBug ou feature ? Clusteriser, dans le brower, par gène V ou J fait disparaître les pourcentages des smaller clones. La somme, du coup, ne fait plus 100%
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1760Une séquence ambiguë à tort ? -42017-02-04T10:11:36+01:00Vidjil TeamUne séquence ambiguë à tort ? -4Hier, tu as dit à un moment "c'est bizarre que cette séquence soit ambigüe".
Tu te souviens de laquelle c'était ?
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C'est quand tu faisais un -4 (sur les données de Florian ?), en xxx la séquence passait en unknown alors qu'il y avait ...Hier, tu as dit à un moment "c'est bizarre que cette séquence soit ambigüe".
Tu te souviens de laquelle c'était ?
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C'est quand tu faisais un -4 (sur les données de Florian ?), en xxx la séquence passait en unknown alors qu'il y avait pas mal de delta à la fin qui était bien reconnu
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Ah, ok, si c'est -4 c'est expérimental :-)
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Euh… pourquoi le calcul de l'ambigu différerait entre le -4 et le reste ?
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C'est une bonne question.
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J’ai comparé 0ce12ff et 783d0b1 (diff: changements de la semaine dernière, plus de reads en ambiguous)
/vidjil -g germline/ -i -K ~/notable/data_translocation.fasta
Une séquence passe de only V en too few V/J, et c’est mieux ainsi.
Bref, pas de soucis avec les dernières modifs.
Avec -4, pas encore tout compris ce qu’il se passe, mais rien d’urgent de ce côté, on verra cela en janvier.
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1762retrieve and display in a drop-list all .analysis who share at least one samp...2022-06-20T11:41:25+02:00Vidjil Teamretrieve and display in a drop-list all .analysis who share at least one sample with the currently diplayed sample_set
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1773clones : null si pas de clones2020-02-03T16:25:09+01:00Vidjil Teamclones : null si pas de clonesVoir "Problème avec fuse ? Nombreux fuse failed"
Le C++ ne devrait pas sortir "null" de toute façon.
Mais bon, maintenant ce n'est plus urgent.
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@magiraudVoir "Problème avec fuse ? Nombreux fuse failed"
Le C++ ne devrait pas sortir "null" de toute façon.
Mais bon, maintenant ce n'est plus urgent.
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1778Diagramme de Venn et log-log2021-11-19T11:06:56+01:00Vidjil TeamDiagramme de Venn et log-logDiagramme de Venn, éventuellement avec slider pour raffiner le top (euh, non, on a déjà ce slider). A deux samples, voire à trois ou quatre ?
Voir aussi #998
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@nobodyDiagramme de Venn, éventuellement avec slider pour raffiner le top (euh, non, on a déjà ce slider). A deux samples, voire à trois ou quatre ?
Voir aussi #998
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1782Indice/index de clonalité, diversité, options et clustérisation2022-06-20T11:49:02+02:00Vidjil TeamIndice/index de clonalité, diversité, options et clustérisation> The diversity measures are computed before taking into account the '-r', '-y' and '-z' options
> and before any further clusterisation.
Pour les options, cela m'a l'air souhaitable.
Mais pour la clustérisation, à voir. Le problème est...> The diversity measures are computed before taking into account the '-r', '-y' and '-z' options
> and before any further clusterisation.
Pour les options, cela m'a l'air souhaitable.
Mais pour la clustérisation, à voir. Le problème est que keepInterstingWindows() a été appelé entre temps, bref ce n'est plus possible d'avoir les calculs exacts. Et justement, avec ces mesures on est intéressé par les petits clones.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1783Indice/index de clonalité ou autres valeurs sur le time graph2019-03-21T10:10:08+01:00Vidjil TeamIndice/index de clonalité ou autres valeurs sur le time graphIl faudrait afficher les nouvelles valeurs calculées dans 'diversity'.
Au minimum dans le getHTMLinfo, au mieux sur la courbe.
C'est peut-être l'occasion de réutiliser ce qui est fait pour afficher les trucs de normalisation (est-ce enc...Il faudrait afficher les nouvelles valeurs calculées dans 'diversity'.
Au minimum dans le getHTMLinfo, au mieux sur la courbe.
C'est peut-être l'occasion de réutiliser ce qui est fait pour afficher les trucs de normalisation (est-ce encore fonctionnel) ? Comment fait-on pour afficher des valeurs arbitraires pour chaque point ?
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getHTMLinfo: fait
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1793VDDJ et overlap2016-11-29T14:40:41+01:00Vidjil TeamVDDJ et overlap56016dc a pas mal solutionné, mais il faudra un jour reprendre plus finement la question des overlaps des D sur le V et J, peut-être avec plus de séquences de test. Rien d'urgent.
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@nobody56016dc a pas mal solutionné, mais il faudra un jour reprendre plus finement la question des overlaps des D sur le V et J, peut-être avec plus de séquences de test. Rien d'urgent.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1800should-vdj-to-tap.py: meilleur diff, détailler l'échec2016-11-29T14:40:46+01:00Vidjil Teamshould-vdj-to-tap.py: meilleur diff, détailler l'échecCe serait sympa d'avoir un meilleur diff (pourquoi pas coloré) entre le .should-vdj et ce que donne Vidjil (ou un autre programme). Et éventuellement des résultats à la fin du type "errors in V gene / V allele / N / ...". Et des calculs ...Ce serait sympa d'avoir un meilleur diff (pourquoi pas coloré) entre le .should-vdj et ce que donne Vidjil (ou un autre programme). Et éventuellement des résultats à la fin du type "errors in V gene / V allele / N / ...". Et des calculs plus rigolos sur le N (taille conservée...)
Mais tout cela demanderait de changer le principe actuel de should-vdj-to-tap.py: pour l'instant, on compile une regexp, c'est tout. Pour être plus flexible, on ferait tout à la main (ou bien une suite de regexps).
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1801CD et autres choses utiles pour l'immuno en RNA-Seq2021-11-19T11:06:55+01:00Vidjil TeamCD et autres choses utiles pour l'immuno en RNA-Seq(splité depuis "Classes des Ig en RNA-Seq" #2261 ?)
On ne va pas devenir un outil générique de mapping...
... néanmoins, est-ce que cela ne vaudrait pas le coup de détecter qui pourraient arriver en RNA-Seq ? (voire en capture, cela dé...(splité depuis "Classes des Ig en RNA-Seq" #2261 ?)
On ne va pas devenir un outil générique de mapping...
... néanmoins, est-ce que cela ne vaudrait pas le coup de détecter qui pourraient arriver en RNA-Seq ? (voire en capture, cela dépend du protocole)
Par exemple au moins les CD3, CD4, CD8, CD19, CD45RA/CD45RO... ou d'autres...
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Cela est fortement tentant d'avoir une méthode de segmentation qui fait... uniquement du mapping sur des gènes connus #1724. Hum, c'est interdit par la doxa de Vidjil (recombinaisons)... mais l'intérêt serait toujours de suivre des populations et des ratios (par exemple, un pseudo-germline avec tous les CDx, et les ratios seraient intéressants).
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1805Tester align / cgi en test fonctionnel/intégration2023-01-25T09:40:24+01:00Vidjil TeamTester align / cgi en test fonctionnel/intégrationIl y a des soucis actuellement au CHR... mais peut-être est-ce tout simplement car on n'avait pas réinstallé align.cgi depuis longtemps ? Mais est-il vraiment testé ?
Quoique, sur rbx, /var/www/browser/cgi/align.cgi est du 6 février 2016...Il y a des soucis actuellement au CHR... mais peut-être est-ce tout simplement car on n'avait pas réinstallé align.cgi depuis longtemps ? Mais est-il vraiment testé ?
Quoique, sur rbx, /var/www/browser/cgi/align.cgi est du 6 février 2016... s'installe tout seul quand on installe vidjil ?
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Il y a un test sur align.cgi (algo/tests/cgi-align.should-get) ce qui n'est pas très extensif mais permer de vérifier qu'il y a un truc qui tourne. Le align.cgi est automatiquement créé avec un make. Voici la règle all du Makefile dans algo :
all: $(VIDJIL) $(ALIGN_CGI) $(SIMILARITY_CGI) $(SIMILARITY_TOOL)
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test: un peu mieux donc.
déploiement automatique : à rediscuter un de ces jours.
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@nobodyThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1809Ne pas afficher "smaller clones" quand il n'y en a pas2022-06-20T11:51:20+02:00Vidjil TeamNe pas afficher "smaller clones" quand il n'y en a pasLes smaller clones peuvent être gênants quand ils sont tous à zéro. Cas extrême : voir le nouveau jeu de Démo X5.
(Mais attention, c'est dynamique, cela peut changer en fonction du slider top.)
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Comme les 'smaller clones' ont réappa...Les smaller clones peuvent être gênants quand ils sont tous à zéro. Cas extrême : voir le nouveau jeu de Démo X5.
(Mais attention, c'est dynamique, cela peut changer en fonction du slider top.)
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Comme les 'smaller clones' ont réapparu, ping ici
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1817Indicateur de progression / tâches en cours pour ce qui est lancé par task.py2019-02-28T12:40:31+01:00Vidjil TeamIndicateur de progression / tâches en cours pour ce qui est lancé par task.pyPour les grosse tâches qui durent longtemps (10 min → 2/3 heures), ce serait bien d’avoir un RUNNING (40%).
Voir par exemple http://web2py.com/books/default/chapter/29/04/the-core#Reporting-progress-percentages dans la doc web2py avec `s...Pour les grosse tâches qui durent longtemps (10 min → 2/3 heures), ce serait bien d’avoir un RUNNING (40%).
Voir par exemple http://web2py.com/books/default/chapter/29/04/the-core#Reporting-progress-percentages dans la doc web2py avec `sync_output`.
Mais bof, suppose de perdre la stdout… Ou bien pas de !clear, mais un parsing maison de la stdout, quitte à faire évoluer cette stdout du C++ ?
Et ensuite, c’est difficile de prédire le temps total. Peut-être, pour Vidjil, plutôt `RUNNING 1 (40%)` puis `RUNNING 2 (30%)` ou `CLUSTERING` ou autre chose.
(Et cela dépend du soft, MiXCR ce sera autre chose...)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1818Priorités pour les tâches2022-03-09T11:24:49+01:00Vidjil TeamPriorités pour les tâchesLes fichiers de Sarah (4 Go RNA Seq) demandent souvent autour de 2h chacun (x 2, R1+R2)
J’ai par exemple relancé il y a quelques jours 16 jobs… et cela fait donc 32h / 3workers = 11 heures.
C’est dommage de bloquer tout le monde pendant ...Les fichiers de Sarah (4 Go RNA Seq) demandent souvent autour de 2h chacun (x 2, R1+R2)
J’ai par exemple relancé il y a quelques jours 16 jobs… et cela fait donc 32h / 3workers = 11 heures.
C’est dommage de bloquer tout le monde pendant ce temps.
Idéalement, il faudrait une priorité inverse au temps attendu de calcul (mais j’ai l’impression qu’il n’y a pas de priorités explicites dans web2py…)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1819Mieux comprendre IMGT/JunctionAnalysis2019-06-05T08:12:11+02:00Vidjil TeamMieux comprendre IMGT/JunctionAnalysishttp://www.imgt.org/IMGT_jcta/share/textes/userGuide.html
- plusieurs D possibles, réglé par défaut à 3 pour TRD
- réglages de mutations différents par locus
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@magiraud @mikael-shttp://www.imgt.org/IMGT_jcta/share/textes/userGuide.html
- plusieurs D possibles, réglé par défaut à 3 pour TRD
- réglages de mutations différents par locus
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1837MiXCR : rebaser avant un pull request2019-08-19T16:08:56+02:00Vidjil TeamMiXCR : rebaser avant un pull requestIl faudra à un moment tout rebaser (en fait, plus simplement, refaire tous les commits directement, on en parlera). On fait cela après le workshop.
***
@RyanHerbIl faudra à un moment tout rebaser (en fait, plus simplement, refaire tous les commits directement, on en parlera). On fait cela après le workshop.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1841VidjilFieldExtractor, extract : autres infos, FR1234/CDR1232020-05-28T13:08:28+02:00Vidjil TeamVidjilFieldExtractor, extract : autres infos, FR1234/CDR123https://mixcr.readthedocs.org/en/latest/export.html#default-anchor-point-positions
On devrait aussi récupérer FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4, à chaque fois avec start et stop.
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@RyanHerbhttps://mixcr.readthedocs.org/en/latest/export.html#default-anchor-point-positions
On devrait aussi récupérer FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4, à chaque fois avec start et stop.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1845Mieux packager les releases algo, /README.md2020-08-27T13:00:38+02:00Vidjil TeamMieux packager les releases algo, /README.mdpour les releases algo :
doc/algo.org -> /README.org ?
CHANGELOG, LICENSE aussi dans / ?
Enlever browser/ ?
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@magiraud @mikael-spour les releases algo :
doc/algo.org -> /README.org ?
CHANGELOG, LICENSE aussi dans / ?
Enlever browser/ ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1860Color by DBScan2016-11-29T14:41:26+01:00Vidjil TeamColor by DBScanAntonin avait fait une méthode pour colorer en fonction de la proximité selon DBScan. Elle est cachée (et ne fonctionne pas). Voir la méthode colorNodesDBSCAN dans model.js : elle repose sur un this.dbscan qui n'existe plus.
À voir si on...Antonin avait fait une méthode pour colorer en fonction de la proximité selon DBScan. Elle est cachée (et ne fonctionne pas). Voir la méthode colorNodesDBSCAN dans model.js : elle repose sur un this.dbscan qui n'existe plus.
À voir si on supprime ou si on le refait vivre…
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1864IMGT4Seg: les 10 séquences suivantes2018-04-16T16:12:43+02:00Vidjil TeamIMGT4Seg: les 10 séquences suivantesLe bouton envoie au maximum 10 séquences, les 10 plus grosses.
Il devrait plutôt envoyer les 10 plus grosses *qui n'ont pas été déjà traitées par IMGT*.
Rien d'urgent.
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@RyanHerbLe bouton envoie au maximum 10 séquences, les 10 plus grosses.
Il devrait plutôt envoyer les 10 plus grosses *qui n'ont pas été déjà traitées par IMGT*.
Rien d'urgent.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1878Prise en compte de la central région pour la p-valeur : mauvaise idée pour ch...2020-12-04T12:07:46+01:00Vidjil TeamPrise en compte de la central région pour la p-valeur : mauvaise idée pour choix du meilleur locusSur l'exemple ci-dessous (IgJC/IgVC souris,), c'est le IgVC qui devrait moralement passer : le V est beaucoup plus beau (1e-110) que le J (1e-38). *Mais* le fait d'avoir pris la "central region" pour la e-valeur (2e23e720) donne finaleme...Sur l'exemple ci-dessous (IgJC/IgVC souris,), c'est le IgVC qui devrait moralement passer : le V est beaucoup plus beau (1e-110) que le J (1e-38). *Mais* le fait d'avoir pris la "central region" pour la e-valeur (2e23e720) donne finalement une plus mauvaise e-valeur pour le segment droit (C) et finalement pour IgVC.
Je suis prêt à parier qu'on retrouve la même chose sur certains DhJh / VDJ IGH humain.
```
>6
ACATTTGGGAAGGACTGACTCTCTGAGGAGACGGTGACCGTGGTCCCTGTGCCCCAGACATCGAAGTACCACCGTAATCCCCTCCTTCGAGCACAGTAGTATGTGGCAGTATCTGCAGTGTCCACACTGGTGATCTTGAGGAATACCTGGTTTCTGGAGGTATCCTTGGAGATTGTGAGCCGGCTCTTCAGGGATGGGTTATAGCGCTTGTCATCATCCCAGTAAATGTGTGCCAGCCACTCCAGACCCTTTCCTGAAGGCTGACGAATCCAGCTCACACCCATACCAGAAGTGCTCAGTGAAAACCCAGAGAAAGAACAAGTCAGACTGAGGGTCTGGGAGGACTGCAATATCCCAGGGCCAGACTCTTTCAGAGTAACCTGGGACAGGACATATGCAGGGACAATCAGCAGCAGGAATGAGGAAGTA
# 32 - VJ 0 405 407 428 seed IgJC SEG_- 9.531439e-38 7.491827e-38/2.039612e-38-c-c-c-c-c-c-c-c-c-c-c _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-C-C-C-C _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _-C _ _ _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ (...)
# 81 - VJ 0 339 406 428 seed IgVC SEG_- 2.634030e-23 2.634030e-23/3.652017e-110-c-c-c-c-c-c-c-c-c-c-c _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-Q-Q-Q-Q _ _ _ _-Q-Q-Q-Q-Q-Q-Q _ _ _ _ _ _-Q _ _ _ _ _ _-Q-Q-Q-Q-Q-Q-Q-Q-Q _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _-C _ _ _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ (...)
#>6 - VJ 0 405 407 428 seed IgJC SEG_- 9.531439e-38 7.491827e-38/2.039612e-38
```
***
Que faire ? Arrêter la central région si on rencontre un k-mer "4" ? plusieurs k-mers "4" ?
***
Pas sûr de comprendre le problème. N'est-il pas censé y avoir une région centrale aussi ? Pourquoi y a-t-il trois types d'affectation dans la séquence du bas (`-c`, `-Q`, `-C`) ?
***
En bas, c'est `5`=`V`=`-C`, `4`=`J`=`-Q`, `3`=`isotypes`=`-c`.
Ne pas oublier que les k-mers 4 sont dans l'index.
Mais bon, reformulation plus simple : le problème est le choix entre VDJ et DJ :
```
VVVVVV-------DDDDDD-------JJJJJJJ donc 33333(-----44444-----)5555
DDDDDD-------JJJJJJJ donc 33333(-----)5555
```
La zone centrale, entre parenthèses, est plus grande en haut qu'en bas, d'où une moins bonne e-valeur pour la région J en haut par rapport à en bas.
***
test 69ea8e6
***
ping
***
Choses en cours dans hotfix_evalue_incomplete_germline
Voir aussi aho et xxx (pénalité qui était implicite avant) ?
***
À voir d'ici 2016.09
***
Il y a eu le hack pour 2016.09.
À revoir tranquillement pour la prochaine releaseAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1887Nouvelle vue, grid avec tous les locus / résumé2020-12-04T14:17:28+01:00Vidjil TeamNouvelle vue, grid avec tous les locus / résuméProposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
...Proposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
Mais on pourrait aussi voir un "mini-scatterplot", comme sur le `TRA` (on ne voit pas les axes, mais on se doute qu'il y a deux paquets).
Les rectangles ne doivent pas être visible, ils montrent juste ce qui peut être regroupé pour que cela tienne tout seul sur 1 ligne ou 2.
Enfin, on verra ce qu'on mettra dans la liste des valeurs (reads, clone, ...). On n'est pas obligé d'avoir la légende, un tooltip pourrait suffire ?
***
Il y a beaucoup de nombres, ce n'est pas parsable très facilement. Avoir la vue en histo pour montrer le nombre de reads, clones par système ? Plus une courbe pour montrer un indice de diversité ?
***
On peut déjà faire une vue plot (ou bar): `x` = locus, `y` = autre chose (comme size ou...) Mais ce n'est pas très sexy.
L'idée est d'avoir un endroit avec une vue globale. Et de limiter effectivement les nombres à ce qu'on pense le plus important (voire à remplacer les nombres par un truc visuel). Mais peut-être que certaines personnes voudraient voir d'autres informations (par ex le % de productif). Autres propositions bienvenues.
courbe + indice de diversité : voir #1783. Par contre, une courbe avec l'axe `x` qui serait les locus serait confus (pour l'instant on ne fait que des courbes sur le time graph, voir nouvelle tâche)
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1889evalues > 12019-09-16T16:58:45+02:00Vidjil Teamevalues > 1Des e-valeurs > 1 sont sorties pas Vidjil. Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1634&config=25 prendre le premier clone de la liste avec un warning. La e-valeur vaut 480061.
***
Vu aussi par Tatiana, e-value >1 sample 370...Des e-valeurs > 1 sont sorties pas Vidjil. Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1634&config=25 prendre le premier clone de la liste avec un warning. La e-valeur vaut 480061.
***
Vu aussi par Tatiana, e-value >1 sample 3703
***
Je n'arrive pas à retrouver un exemple : le bug sur le 1634 est confirmé ?
***
Je ne vois plus les e-valeurs. Elles ne sont plus affichées ?
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1890Grid / Bar : Ajouter courbes ?2018-04-16T16:10:54+02:00Vidjil TeamGrid / Bar : Ajouter courbes ?À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules...À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules courbes sont celles du time graph), et parfois cela n'a pas de sens sur des données non numériques (locus, nom des allèles, ou lien entre "?" et reste).
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1895Gadgets : savoir si on les garde2018-04-16T15:58:40+02:00Vidjil TeamGadgets : savoir si on les gardeCas de la palette noire et de la fonction play sur les samples
***
@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudCas de la palette noire et de la fonction play sur les samples
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1896Upload fichier : lorsqu'on rentre un fichier de même nom, peu clair2019-01-18T18:21:58+01:00Vidjil TeamUpload fichier : lorsqu'on rentre un fichier de même nom, peu clairSi on rentre deux fichiers ayant le même nom, pas d'explication de l'erreur
***
Signalé par Shugay (qui avait deux fichiers de même nom de répertoires différent)
Au minimum mettre un message d'erreur.
***
Question peut-être bête car je n...Si on rentre deux fichiers ayant le même nom, pas d'explication de l'erreur
***
Signalé par Shugay (qui avait deux fichiers de même nom de répertoires différent)
Au minimum mettre un message d'erreur.
***
Question peut-être bête car je ne suis pas certain de comprendre le bug, mais ça me fait rebondir : Les fichiers, une fois sur le serveur, garde-t-il le même nom ?
Je me suis poser la question pour ma RGS du serveur quand je devais parler de l'anonymisation.
Possible de mettre une concordance clé autogénéré/unique, et de renommer le fichier avec cette clé uniquement ?
Évite (ou ralenti car rajoute le hack de l'user sql) peut-être des soucis en cas d'intrusion, et ce potentiel bug.
***
Les fichiers sont bien renommés lors de l'upload pour éviter les collisions de noms de fichiers. Le nom original est ensuite restitué lors du téléchargement.
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1921Créer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)2018-01-10T10:45:58+01:00Vidjil TeamCréer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typi...Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typiquement une vérification Sanger ou une séquence qui vient d'ailleurs.
On pourrait avoir quelque part dans le browser un truc "add virtual clones", qui lance Vidjil sur un petit nombre de clones... et rajoute le résultat au sample courant (avec un flag type "virtual"). À voir si cela ne perturbe pas trop le reste (et serait-ce sauvé dans le .analysis ?)
Autre solution (mais pas dans le même sample) : créer un sample à partir d'une séquence copiée/collée, sans avoir à uploader un fichier.
À discuter.
***
Aurélie et Nathalie seraient aussi très contentes si on pouvait faire cela.
***
→ sujet projet Armand
* [ ] isQuantifiable()
* [ ] éventuellement nettoyer isVirtual()
* [ ] modifier les différentes vues (pas de graphe, scatterplot différent)
***
@nobodyWeb 2018.012017-08-27https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1936Véracité des causes de non segmentation (et implications du -t ou -2)2016-12-06T10:22:13+01:00Vidjil TeamVéracité des causes de non segmentation (et implications du -t ou -2)Les causes de non segmentation varient grandement en fonction des paramètres utilisés, ce qui induit en erreur.
Par exemple sur des données de LLC, ajouter un -t 0 (par défaut -t 100), conduit à considérer le V dans toute sa longueur et ...Les causes de non segmentation varient grandement en fonction des paramètres utilisés, ce qui induit en erreur.
Par exemple sur des données de LLC, ajouter un -t 0 (par défaut -t 100), conduit à considérer le V dans toute sa longueur et donc le UNSEG too few V/J passe de ~10^5 à ~10^3, les séquences passant en fait en « UNSEG only V/5' ». Cela amène d'ailleurs à se poser la question de la pertinence de -t 100 : il y a des séquences qui contiennent vraiment du V mais dont on pense qu'elles n'en ont pas à cause du -t 100.
Par ailleurs sur ces mêmes données, utiliser un -2 fait passer une très grosse partie des séquences de « UNSEG only V/5' » à « UNSEG only J/3' » pour une raison que je n'explique pas.
Les données en question : patient 1803 et 1806 (Lille).
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1943Cluster par courbes ayant même dynamique temporelle2021-11-19T11:06:56+01:00Vidjil TeamCluster par courbes ayant même dynamique temporelle
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@magiraud
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@magiraudMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1952Export csv générique sur toute vue grid / bar2017-11-29T13:44:21+01:00Vidjil TeamExport csv générique sur toute vue grid / barPouvoir exporter un .csv correspondant à une vue du scatterplot (clones affichés, axes X/Y/couleur utilisés). En grid comme en bar. Les bios vont adorer, grosse feature pour eux.
Rando 2016: Marc voit comment faire cela.
***
@DuezPouvoir exporter un .csv correspondant à une vue du scatterplot (clones affichés, axes X/Y/couleur utilisés). En grid comme en bar. Les bios vont adorer, grosse feature pour eux.
Rando 2016: Marc voit comment faire cela.
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1963Les D multiples ne sont pas colorés dans les rapports, factoriser colorisatio...2019-11-23T05:22:51+01:00Vidjil TeamLes D multiples ne sont pas colorés dans les rapports, factoriser colorisation séquenceAssez critique : cela peut induire en erreur des utilisateurs, pensant qu'ils sont au milieu du N alors qu'il s'agit d'un D.
Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2451&config=25
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b43890e
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ok pour la webapp,...Assez critique : cela peut induire en erreur des utilisateurs, pensant qu'ils sont au milieu du N alors qu'il s'agit d'un D.
Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2451&config=25
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b43890e
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ok pour la webapp, reste à faire pour les rapports, export.js:clone().
Mais c'est un peu dupliqué... ces fonctions ne pourraient-elle pas utiliser des choses de segmenter.js ?
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1964e-values .vidjil sont celles du Kmer, pas du Fine2019-09-16T16:32:48+02:00Vidjil Teame-values .vidjil sont celles du Kmer, pas du Fine(Vu au sujet de "evalue > 1")
Le code actuel sort dans le .json la evalue du Kmer (champ "seg" vient de la fusion des deux toJson, Fine et Kmer, mais seul Kmer sort la e-valeur). Est-ce souhaitable de mettre plutôt le Fine, plus robuste...(Vu au sujet de "evalue > 1")
Le code actuel sort dans le .json la evalue du Kmer (champ "seg" vient de la fusion des deux toJson, Fine et Kmer, mais seul Kmer sort la e-valeur). Est-ce souhaitable de mettre plutôt le Fine, plus robuste (euh, K/lambda ?)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1968Fichiers avec plus de 2G reads et int overflow2022-06-20T18:18:26+02:00Vidjil TeamFichiers avec plus de 2G reads et int overflowRayan a testé un jeu de 150M reads (fichier de ~40 GB), ce qui a mené à 37c5597e pour corriger un int overflow.
Le C++ actuel devrait pouvoir tenir jusqu'à 2^31 ~ 2G reads (quand "int" se compile comme "long"). Vu l'évolution des séquen...Rayan a testé un jeu de 150M reads (fichier de ~40 GB), ce qui a mené à 37c5597e pour corriger un int overflow.
Le C++ actuel devrait pouvoir tenir jusqu'à 2^31 ~ 2G reads (quand "int" se compile comme "long"). Vu l'évolution des séquenceurs, on devrait tenir quelques mois, mais pas plus :-) Après, il faudra mettre en `unsigned long long` un certain nombre de `int` dans `fasta.{h,c}`, `stats.{h,c}` et ailleurs...
Au passage, c'est désagréable à tester :-)
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1971Plusieurs J à la suite : prendre le premier J2018-02-23T12:03:13+01:00Vidjil TeamPlusieurs J à la suite : prendre le premier Jcf. mail de Vincent ~"PAR-Debré" du 09/08/2016 15h13
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@magiraud @mikael-scf. mail de Vincent ~"PAR-Debré" du 09/08/2016 15h13
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1972Sortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représe...2018-06-25T16:48:04+02:00Vidjil TeamSortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représentativité (à la JalView)Cf. mail de Marine du 16/08 17h20 : on a une séquence consensus sortie par Vidjil qui ne fait que ~120bp parce qu'il se passe quelque chose de bizarre dans le FR3 (beaucoup de variabilité apparemment). L'histogramme sur la totalité du co...Cf. mail de Marine du 16/08 17h20 : on a une séquence consensus sortie par Vidjil qui ne fait que ~120bp parce qu'il se passe quelque chose de bizarre dans le FR3 (beaucoup de variabilité apparemment). L'histogramme sur la totalité du consensus (donné par Jalview) est en pièce jointe.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1981Le left-container a une largeur qui n'est pas toujours la même2018-04-16T15:48:23+02:00Vidjil TeamLe left-container a une largeur qui n'est pas toujours la mêmeSur ce patient, la largeur réelle du left-container est de 475px : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3508&config=25
alors que sur cet autre patient, la taille réelle est de 503px : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=32...Sur ce patient, la largeur réelle du left-container est de 475px : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3508&config=25
alors que sur cet autre patient, la taille réelle est de 503px : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=3220&config=35
Pourtant les règles CSS disent 475px. Qui comprend le problème ?
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Je dirais l'ellipsis. Sans le ellipsis le nom du sample est cassé deux caractères plus tôt. Donc les caractères plus le '...' du ellipsis ~= 28px ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1990Supprimer le calcul de matrice de similarité dans l'algo2020-05-26T10:45:33+02:00Vidjil TeamSupprimer le calcul de matrice de similarité dans l'algoMikaël :
Dans 830ad222 on est passé de max_clones (en général 100) comparés à sort_clones.size() qui, me semble-t-il, contient la liste de tous les clones.
Mathieu :
Oui, exactement. La raison de 830ad222 était que certains utilisateurs...Mikaël :
Dans 830ad222 on est passé de max_clones (en général 100) comparés à sort_clones.size() qui, me semble-t-il, contient la liste de tous les clones.
Mathieu :
Oui, exactement. La raison de 830ad222 était que certains utilisateurs lancent -z 10000 (ou plus), et cela faisait vraiment exploser la taille.
Notons que, avant, on avait toujours 100 clones, même quand il y en avait moins...
Mikaël:
(…) D'ailleurs a priori le calcul fait dans Vidjil n'est plus utile. On pourrait le virer.
Mathieu:
Je l’ai tout de suite remis à 20. C’est probablement de la faiblesse (au lieu de l’enlever), mais cela ira pour l’instant.
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-> si pas de regret, on le supprime à la release qui suivra 2016.10
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1994app/analyze: contact pour séquences avec souci2017-04-11T04:40:00+02:00Vidjil Teamapp/analyze: contact pour séquences avec souciMikaël : Et à côté de chaque segmentation on pourrait avoir une petit icone pour demander aux utilisateurs s'ils sont satisfaits de la segmentation proposée. Dans le cas contraire on leur demande ce qu'ils s'attendaient à avoir et on gén...Mikaël : Et à côté de chaque segmentation on pourrait avoir une petit icone pour demander aux utilisateurs s'ils sont satisfaits de la segmentation proposée. Dans le cas contraire on leur demande ce qu'ils s'attendaient à avoir et on génère un should-vdj automatiquement :)
En attendant, on pourrait faire comme ce que Tatiana a fait pour l'appli principale, qui se contente de prendre toute la sortie et d'ouvrir un mail.
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1995Export Krona pour la visualisation du répertoire2021-11-19T11:06:56+01:00Vidjil TeamExport Krona pour la visualisation du répertoireun exemple de visualisation pratique (et dynamique) pour le répertoire.
Les krona permettent de zoomer et d'approfondir la visualisation.
Possibilité de la proposé en export à partir de vidjil.
PS: inclut depuis peu par arrest (contin...un exemple de visualisation pratique (et dynamique) pour le répertoire.
Les krona permettent de zoomer et d'approfondir la visualisation.
Possibilité de la proposé en export à partir de vidjil.
PS: inclut depuis peu par arrest (continuité utilisateur ? ).
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1996Afficher certaines séquences particulières, même en-dessous du -t2020-06-11T11:26:37+02:00Vidjil TeamAfficher certaines séquences particulières, même en-dessous du -tLorsque des séquences d'intérêt sont en dessous du -t 100 de fuse.py on veut qu'elles finissent malgré tout dans le fichier final. Quelle solution retenir ?
* Les passer explicitement en paramètre du fuse.py ? Pas très simple pour notre...Lorsque des séquences d'intérêt sont en dessous du -t 100 de fuse.py on veut qu'elles finissent malgré tout dans le fichier final. Quelle solution retenir ?
* Les passer explicitement en paramètre du fuse.py ? Pas très simple pour notre serveur de faire ça
* Avoir un champ dans le fichier .vidjil qui dise au fuse.py « prends-moi » ? Les champs correspondants aux clones sont assez descriptifs. Là on ajouterait un champ purement « computationnel ». Ça polluerait un peu le fuse…
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Le champ dans le `.vidjil` pourrrait être un "label", qui ne serait pas forcément oui/non mais pourrait ajouter de la sémantique (comme on faisait il y a longtemps avec l'option "-l"). C'est donc descriptif. (On a déjà "name", qu'on utilise pas comme cela.)
Dans un premier temps, fuse.py pourrait tout simplement garder les séquences avec label. Dans un deuxième, fuse pourrait avoir des paramètres pour spécifiquement garder/ignorer certains labels.
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Au fait, dans #1007, un vieux commentaire disait :
> "un flag faisant qu'il prend le nom des fichiers fasta comme "name" dans le `.vidjil` (et sort `top: 0`, ou, mieux, un nouveau flag ?)"
On peut effectivement déjà forcer avec `top: 0`. Utiliser "name" ne me semble pas une bonne idée maintenant.
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Forcer le top : bof, on perd l'info.
Je pense que la situation était différente dans l'autre tâche puisqu'il n' s'agit pas de séquences appartenant réellement au jeu de données. Ce qui n'est pas notre cas ici.
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nouvelle option `--label` (édité, ancienneemnt `-W`) + d332792 : on a le `label`
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2003Le résultat de la segmentation change selon le contexte2019-11-23T05:29:48+01:00Vidjil TeamLe résultat de la segmentation change selon le contexteExemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2
On prend le gros clone et les petits clones autour. La moitié a un D trouvé, pas l'autre moitié. Le D fait 22bp il n'est pas trouvé dès qu'il y a une erreur/mutati...Exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2
On prend le gros clone et les petits clones autour. La moitié a un D trouvé, pas l'autre moitié. Le D fait 22bp il n'est pas trouvé dès qu'il y a une erreur/mutation. Or si on exporte ces séquences et qu'on fait tourner le -c segment ou, même, Vidjil avec les mêmes options que sur le serveur (et même avec le vidjil présent sur le serveur)... on ne trouve pas la même segmentation.
Voir le test 88c6e92
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N'y aurait-il pas un test de e-valeur pour le D qui dépende du nombre de reads ? (dans le test on passe de 2D trouvés avec un seul read, contre 0 D trouvé avec 11 reads)
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> N'y aurait-il pas un test de e-valeur pour le D qui dépende du nombre de reads ?
Oui... et je pense bien que ce n'est pas un bug, mais une feature (introduite par e6ffb91). C'est précisément pour cela qu'est fait la E-value, non ? On fait strictement la même chose pour la FineSegmentation V/J ("multiplier" dans FineSegmenter()).
Le multiplier est
- nb_reads_for_evalue pour -c segment (pour V/J comme pour D)
- sort_clones.size() pour -c clones (Aïe, je me rends compte qu'il n'y est pas pour V/J, vidjil.cpp:1413 !!!)
Ce multiplier dit bien le nombre de segmentation que l'on fait, bref ce qu'il faut pour transformer la p-valeur en e-valeur.
Après, peut-être que le calcul des p-valeurs du D est trop stringent (voir tâche réouverte).
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Et on a même une dépendance encore plus vicieuse que celle au nombre de reads : passer de -z 100 à -z 1000 peut faire dé-segmenter une séquence... C'est la vie. Voir si IgBlast a aussi ce type de comportement.
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Pourquoi le multiplier devrait-il être le nombre de clones plutôt que le nombre de séquences réellement segmentées ?
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Qu'on n'ait pas les mêmes résultats entre 10M de reads (fine segmentés) et 10 reads, je comprends bien : on change de plusieurs ordres de grandeur. Mais qu'on n'ait pas les mêmes résultats entre 1 read, 6 reads et 11 reads, j'ai plus de mal. Peut-être est-ce juste un problème de seuil de E-valeur
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> Mais qu'on n'ait pas les mêmes résultats entre 1 read, 6 reads et 11 reads, j'ai plus de mal
Tout à fait, il faut comprendre ce qu'il se passe, et il y a peut-être des bugs
> Pourquoi le multiplier devrait-il être le nombre de clones plutôt que le nombre de séquences réellement segmentées ?
Oui, l'estimation actuelle est trop stricte. Est-ce que cela devrait être un max entre sort_clones.size() et max_clones ?
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>Oui, l'estimation actuelle est trop stricte. Est-ce que cela devrait être un max entre sort_clones.size() et max_clones ?
J'aurais dit un min ;) Ce qui importe c'est le nombre de séquences qu'on va réellement segmenter.
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Oui, tout à fait, un min !
J'étais plus en forme hier soir (cela m'a étonné d'ailleurs, c'était après 3 verres, ce a quoi je ne suis pas habitué :-)
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@magiraud @mikael-sAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2015Compresser les fichiers .vidjil et .fused2023-03-28T16:09:20+02:00Vidjil TeamCompresser les fichiers .vidjil et .fusedLes fichiers prennent de la place sur disque mais se compressent très bien. Un gros fichier fused de 150Mo (Kiel inside) se compresse à environ 5 Mo avec gzip.
Cela nous permettrait d'économiser pas mal d'espace disque. Sur le réseau on ...Les fichiers prennent de la place sur disque mais se compressent très bien. Un gros fichier fused de 150Mo (Kiel inside) se compresse à environ 5 Mo avec gzip.
Cela nous permettrait d'économiser pas mal d'espace disque. Sur le réseau on ne devrait rien gagner puisque normalement les connexions sont déjà gzippées.
Je me souviens que ça avait été discuté à une époque avec Marc qui avait dit que ce n'était pas un problème. À voir comment. Peut-on décompresser côté client ? Faut-il décompresser côté serveur ? Peut-on avoir en parallèle des fichiers gzippés et d'autres non ?
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Une autre manière de le voir : les sauvegardes de /mnt/result/results prennent à l'heure actuelle 14G alors que les données sur disque utilisent plus de 100G.
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Très bonne idée, idéalement il faudrait que le client puisse de manière transparente prendre un .vidjil ou un .vidjil.gz.
(Mais ce n'est pas si urgent, on arrive à libérer de la place, /results est petit comparé à d'autres choses.)
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@RyanHerb @DuezWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2017Lorsqu'on affiche les données d'un run, les courbes sont affichées (et séparé...2022-06-20T12:07:06+02:00Vidjil TeamLorsqu'on affiche les données d'un run, les courbes sont affichées (et séparées) par dateCe n'est probablement pas pertinent pour un run (où plusieurs choses sans rapport peuvent être mélangées). Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=16349&config=25
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@nobodyCe n'est probablement pas pertinent pour un run (où plusieurs choses sans rapport peuvent être mélangées). Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=16349&config=25
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2026Fichier .analysis sur une seule partie des fichiers2020-12-04T12:07:47+01:00Vidjil TeamFichier .analysis sur une seule partie des fichiersLorsqu'un fichier analysis est enregistré pour une seule partie des fichiers, cela peut avoir des conséquence fâcheuses.
Exemple : on a deux fichiers (identiques, peu importe). On leur met un commentaire et un nom différents. On lance u...Lorsqu'un fichier analysis est enregistré pour une seule partie des fichiers, cela peut avoir des conséquence fâcheuses.
Exemple : on a deux fichiers (identiques, peu importe). On leur met un commentaire et un nom différents. On lance une analyse IGH pour l'un d'eux et une analyse multi+inc+xxx sur l'autre. On ouvre le premier, on fait quelques colorations et merges, on l'enregistre. On va voir l'autre fichier et là, ô surprise, le champ commentaire et le nom du fichier sont ceux de l'autre, car ils ont été enregistrés dans le fichier anaysis.
L'exemple se trouve ici : https://dev.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=4334&config=2 (IGH) et là https://dev.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=4334&config=25 (multi+inc+xxx).
Solution : ne pas stocker info et names dans le analysis, mais le problème c'est (me semble-t-il) qu'ils servent de sauvegarde temporaire avant de répercuter les modifications en BD. Il faudrait donc supprimer ces infos du fichier .analysis, après les avoir intégrés dans la BD.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2030Supprimer un groupe pour une personne2019-01-10T15:21:22+01:00Vidjil TeamSupprimer un groupe pour une personneDans la page utilisateur, on a la liste des groupes auxquels l'utilisateur appartient, ainsi qu'une croix au bout de la ligne. En fait cette croix n'est pas un lien et n'a aucun effet. Pour supprimer l'utilisateur d'un groupe, il faut al...Dans la page utilisateur, on a la liste des groupes auxquels l'utilisateur appartient, ainsi qu'une croix au bout de la ligne. En fait cette croix n'est pas un lien et n'a aucun effet. Pour supprimer l'utilisateur d'un groupe, il faut aller sur la page groupe et retirer l'utilisateur du groupe.
Il serait bien ou de retirer les croix inactives sur la page de l'utilisateurs, ou bien de les rendre actives.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2031Pré-sélectionner un .analysis (standards connus, ...)2019-04-02T11:33:00+02:00Vidjil TeamPré-sélectionner un .analysis (standards connus, ...)On en avait parlé il y a déjà très longtemps (c'était même une fonctionnalité prévue avec Marc au tout début) : le "import analysis" est fantastique, permet par exemple de pré-charger une analyse avec des spikes ou autre chose.
Revenu ...On en avait parlé il y a déjà très longtemps (c'était même une fonctionnalité prévue avec Marc au tout début) : le "import analysis" est fantastique, permet par exemple de pré-charger une analyse avec des spikes ou autre chose.
Revenu au goût du jour par une demande explicite de Michaela :
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Dear Mathieu and Mikael,
as you probably know, we in Kiel are now extensively using Vidjil for the analysis of our routine marker screening data.
We now want to start using spike-ins, because it is necessary for correction of targets representation.
Would it please be possible that we upload the sequences of spike-ins into vidjil and these will be always marked (eg. with diferrent colour), so that we can easily distinguish spike-in sequences from patients' sequences?
Thank you very much for your answer and have a nice weekend,
Michaela
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Réponse de Mathieu :
=== Preparation, only once
1) Create a « patient » with the name « Spikes » (or what you want).
2) Upload there a Fasta file containing only the spikes (this could be an artificial Fasta file with only a few sequences)
3) Run it (with the same config that you use)
4) Once the run is completed, on the results, color what you want. Moreover, we advise to name the spike clones with a more meaningful label such as « Spike A » (in the list, double-click on the name of the clone). Note that the original name is still accessible, both on the status bar and on the information panel on each clone.
5) Click on « import/export → export analysis ». This will download a very small file that you can store on your computer, renaming it to something like « spikes.analysis »
=== Usage
Each time you have a new patient/sample, once the run is completed
6) Click on « import/export → import analysis » and select the file « spikes.analysis » from your computer. This will color the spikes. This step should be done *before* any other work on the sample, as it may reset some work done.
7) As usual, work on the sample, possibly merging / tagging some clones
8) Then « save patient » will save both the imported spikes and your work on the sample
In the future, we would like to improve this procedure to avoid step 6), but it would require some development.
***
Bref, serait-il possible de faire cela de manière plus intégrée ?
- un "import analysis" qui prenne directement un fichier sur le serveur ?
- un réglage dans la config ou ailleurs qui applique un .analysis dès le fuse ? (euh, les fused ne sont pas les .analysis !)
Liste déroulante quelque part des analysis disponibles ? Ceux qui sont marqués d'une certaine manière ?
Enfin, est-ce que "import analysis" fait bien un reset de tout ? Ou bien un merge ?
***
Autre application possible : tagger certains recombinaisons publiques, et tagger la non-recombinaison Dh7-J (on a parlé de Dh7 à la réunion Inca aujourd'hui)
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Avec la méthode actuelle, attention au contexte dans lequel le fichier .analysis est généré. S'il contient trop d'informations, cela écraserait celles du sampleset dans lequel il est importé. cf. https://www.producteev.com/workspace/t/58221473b2fa094c7500000d
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2033Applications mobiles natives2017-04-06T12:54:25+02:00Mathieu GiraudApplications mobiles nativesSur un PJI hors Vidjil, mais qui ressemble à #1740, Marie Jones nous a spontanément demandé si on restait web ou si on envisageait une application via Cordova
https://cordova.apache.org/
https://auth0.com/blog/converting-your-web-app-to...Sur un PJI hors Vidjil, mais qui ressemble à #1740, Marie Jones nous a spontanément demandé si on restait web ou si on envisageait une application via Cordova
https://cordova.apache.org/
https://auth0.com/blog/converting-your-web-app-to-mobile/
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2036Afficher sur la page patient/sample_set les résultats/configs lancés2023-11-09T11:04:57+01:00Mathieu GiraudAfficher sur la page patient/sample_set les résultats/configs lancésSuite à #2035, @flothoni propose :
Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" ) Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rap...Suite à #2035, @flothoni propose :
Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" ) Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rapport aux autres, de plus, ne pas etre cliquable.
Faire coucou à Aurélie si on fait cela.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2038Garder la trace de l'espace occupé par utilisateur2017-03-14T12:36:58+01:00Mathieu GiraudGarder la trace de l'espace occupé par utilisateur@RyanHerb, suite à #2037 :
- requêter sur l'ensemble des fichiers pour le file_count (réduit l'intérêt de la pagination)
- garder une trace de l'espace occupé dans la table sample_set (nécessite de mettre à jour à chaque upload et chaq...@RyanHerb, suite à #2037 :
- requêter sur l'ensemble des fichiers pour le file_count (réduit l'intérêt de la pagination)
- garder une trace de l'espace occupé dans la table sample_set (nécessite de mettre à jour à chaque upload et chaque deletion)
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2049Features à l'extérieur d'une séquence2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonFeatures à l'extérieur d'une séquenceSi une feature se trouve en dehors de notre séquence, on peut vouloir le préciser malgré tout. Cela signifie que les positions pourront être négatives ou supérieures à la longueur de la séquence. C'est une amélioration de ce qui sera réa...Si une feature se trouve en dehors de notre séquence, on peut vouloir le préciser malgré tout. Cela signifie que les positions pourront être négatives ou supérieures à la longueur de la séquence. C'est une amélioration de ce qui sera réalisé dans #2043.
Il ne faut pas non plus que ça fasse planter le segmenteur.
@flothoni @magiraud