vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-04-01T11:29:21+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4974colorGeneratorIndex() et color-blind2022-04-01T11:29:21+02:00Mathieu GiraudcolorGeneratorIndex() et color-blindraised by @duezraised by @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4966Problème d'upload : indications et lancement des analyses2022-03-21T11:45:47+01:00Anne de SeptenvilleProblème d'upload : indications et lancement des analysesJe pense qu'il y avait déjà eu une issue à ce sujet mais je ne l'ai pas retrouvée :
Ce matin la technicienne ne s'est pas aperçu que l'upload des fastq s'était interrompu ou a eu un problème, pour je ne sais quelle raison.
- Il n'...Je pense qu'il y avait déjà eu une issue à ce sujet mais je ne l'ai pas retrouvée :
Ce matin la technicienne ne s'est pas aperçu que l'upload des fastq s'était interrompu ou a eu un problème, pour je ne sais quelle raison.
- Il n'y a qu'un patient sur les 48 qui semble avoir eu R1 + R2
- Une majorité de patient semble n'avoir qu'un des 2 fichiers, il est écrit "waiting file" dans le pre-process mais l'analyse IGH s'est quand même lancé, donnant des résultats aberrants (une poignée de reads analysés seulement)
- une dizaine de patients pour lesquels aucun fastq n'a été reçu : le pre-process indique "queued" et l'analyse indique "PREPROCESS"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4965Maintenance régulière autodelete=True ?2022-03-18T11:19:57+01:00Mathieu GiraudMaintenance régulière autodelete=True ?Suggestion de @duez.
Avant de le faire, a-t-on une idée du nombre de fichiers concernés ?Suggestion de @duez.
Avant de le faire, a-t-on une idée du nombre de fichiers concernés ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4964Tests cypress, reproductibilité2022-03-23T13:47:26+01:00Mathieu GiraudTests cypress, reproductibilitéDepuis !1143 :
> le repro montre 5 échecs sur 180 lancement, clairement identifiablesDepuis !1143 :
> le repro montre 5 échecs sur 180 lancement, clairement identifiableshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4961Compilation de programmes externes destinés à être utilisés dans un Docker2022-03-08T12:05:24+01:00Mathieu GiraudCompilation de programmes externes destinés à être utilisés dans un DockerVu par @flothoni à l'occasion de !1141 : un programme compilé sur une machine hôte n'est pas forcément exécutable dans le container. Que faire ? Compiler dans le docker ? Avoir des bonnes options de cross-compilation ?
Voir #3556Vu par @flothoni à l'occasion de !1141 : un programme compilé sur une machine hôte n'est pas forcément exécutable dans le container. Que faire ? Compiler dans le docker ? Avoir des bonnes options de cross-compilation ?
Voir #3556https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4959Follow-up from "Resolve "Clones de distribution : le filtrage par locus ne fo...2022-03-08T11:43:31+01:00Thonier FlorianFollow-up from "Resolve "Clones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pas""The following discussion from !1078 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1078#note_591444): (+1 comment)
> Devrait fonctionné maintenant;
>
> L...The following discussion from !1078 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1078#note_591444): (+1 comment)
> Devrait fonctionné maintenant;
>
> Les clones sont splittés par locus.
>
> On peut donc cacher les clones de distribs en switchant le locus. Pour l'instant, il sont toujours présent dans la liste, mais je peux aussi les cacher (c'est même probablement préférable).
>
> NB: Il faut donc mettre à jour la config pour rajouter les locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4958Tutorial en cypress2022-03-23T13:48:02+01:00Mathieu GiraudTutorial en cypress
Après le ~"com-vw-vidjil-workshop" ?
Après le ~"com-vw-vidjil-workshop" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4957Drop slave ubuntu-legacy + browser dans tutorial2022-02-25T17:38:57+01:00Mathieu GiraudDrop slave ubuntu-legacy + browser dans tutorialSuite à vidjil!1135Suite à vidjil!1135https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4956Récupérer pour gitlab des artefacts XML JUnit avec QUnit ?2022-02-23T15:02:23+01:00Mathieu GiraudRécupérer pour gitlab des artefacts XML JUnit avec QUnit ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4955Dropper nightmare2023-02-08T12:25:36+01:00Mathieu GiraudDropper nightmare
@duez : "on est tombé dessus avec @flothoni peu maintenu, pas de version depuis 3 ans"
Pupeeter ? Unit via Cypress #2901 ?
@duez : "on est tombé dessus avec @flothoni peu maintenu, pas de version depuis 3 ans"
Pupeeter ? Unit via Cypress #2901 ?marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4953cypress, flèche droite/gauche, ne fonctionne pas juste avec FF2022-02-18T12:01:37+01:00Mathieu Giraudcypress, flèche droite/gauche, ne fonctionne pas juste avec FFDepuis !1102:
> test_graph: les appuis sur les touches flèches ne fonctionne pas. JE ne vois pas de solution pour celle-ci. Nous n'avons pas d'erreur sur l'action en elle même, mais comme elle ne provoque aucune action, le reste du t...Depuis !1102:
> test_graph: les appuis sur les touches flèches ne fonctionne pas. JE ne vois pas de solution pour celle-ci. Nous n'avons pas d'erreur sur l'action en elle même, mais comme elle ne provoque aucune action, le reste du test ne trouve pas les bonnes valeurs. (...)
> Pour le test graph, j'ai ignoré le test dans le cas ou nous sommes sur firefox. Je ne sais pas pourquoi le keydown n'est pas correctement pris en charge, mais c'est une constante et je n'ai pas trouvé de solution.
@mikael-s: "c'est documenté ?"
@flothoni : "non, mais pas facile d'arriver à un exemple minimal. En tout cas je peux bypasser"
@mikael-s : "dépend du composant du focus ?"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4948API et création de patient : groupe ?2022-02-15T11:10:13+01:00Mathieu GiraudAPI et création de patient : groupe ?Vu par @flothoni
Suite à !615Vu par @flothoni
Suite à !615https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4946Exposer les numéros de sampleset partout2022-06-17T12:26:56+02:00Mathieu GiraudExposer les numéros de sampleset partout
Suggestion de @duez
On convient de ne pas exposer les numéros de samples.
- [ ] en haut à gauche du client (les admins le voient déjà)
- [ ] rapports
- [ ] envoi vers service tiers #4561
- [ ] export fasta ? (utilise même fonction o...
Suggestion de @duez
On convient de ne pas exposer les numéros de samples.
- [ ] en haut à gauche du client (les admins le voient déjà)
- [ ] rapports
- [ ] envoi vers service tiers #4561
- [ ] export fasta ? (utilise même fonction ou pas ?)
```
>1454212--100 TRBV5-4*03 0/CCT/0 TRBD1*01 (num clone, too much ? on le fait déjà...)
>1454212 TRBV5-4*03 0/CCT/0 TRBD1*01
>TRBV5-4*03 0/CCT/0 TRBD1*01
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4945La qualité ne s'affiche pas dans l'aligneur2022-02-02T17:23:25+01:00Thonier FlorianLa qualité ne s'affiche pas dans l'aligneurCeci n'est pas valable pour toutes les analyses, mais on en trouve une occurrence reproductible [ici](https://app.vidjil.org/49850-25?).
Je me demande si ce n'est pas lié à la présence d'un seul locus. J'ai un vague souvenir d'un compor...Ceci n'est pas valable pour toutes les analyses, mais on en trouve une occurrence reproductible [ici](https://app.vidjil.org/49850-25?).
Je me demande si ce n'est pas lié à la présence d'un seul locus. J'ai un vague souvenir d'un comportement anormal dans ces cas là...
Il y a parfois une erreur dans la console, mais comme elle n'est pas constante, je ne sais pas si c'est lié. c'est quelque chose du genre `getElementById return null`.
De plus, on a aussi un effet de bord avec une mauvaise positions des mutations en cas d'alignement. La mutation est toujours décalé d'une position comme sur l'image.
![Screenshot_20220202_163346](/uploads/35190b042421aa6627a3be4eb401d9c8/Screenshot_20220202_163346.png)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4944Analyse chaîne légère et mutation R1102022-03-04T13:00:26+01:00Anne de SeptenvilleAnalyse chaîne légère et mutation R110Il a été montré que dans la LLC, (Maity et al, PNAS 2020 ; Nadeu et al, Blood 2020), la présence d'une mutation R110 sur la chaine légère lambda VL3-21 était associée à une sévérité accrue de la maladie. Cette mutation (G>C) se trouve à ...Il a été montré que dans la LLC, (Maity et al, PNAS 2020 ; Nadeu et al, Blood 2020), la présence d'une mutation R110 sur la chaine légère lambda VL3-21 était associée à une sévérité accrue de la maladie. Cette mutation (G>C) se trouve à la jonction entre le J et la partie constante.
Par conséquent, nous aimerions analyser des séquences de chaînes légères sur vidjil, pour détecter la présence de cette mutation. dans un premier temps, avec des fastq ne contenant que des chaînes légères (au moins lambda, ou kappa + lambda), et dans l'idéal à terme, à partir de fastq contenant les IGH + les IGL.
Après un premier test, je vois qu'il y a un problème d'analyse de la productivité sur les clones lambda que j'ai importés.
Je voudrais aussi pouvoir analyser des fastq IGH + IGL, mais il me semble qu'avec les paramètres actuels de Vidjil, les clones IGH vont représenter la très grande majorité des 100 premiers clones et que je ne pourrai pas visualiser mes clones lambda, srutotu que pour l'instant ma PCR est peu efficace. Est-ce possible de remédier à cela d'une manière ou d'une autre ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4943Couper shouldvdj en deux ?2022-01-27T12:23:45+01:00Mathieu GiraudCouper shouldvdj en deux ?Sur les domino*, `algo_shouldvdj` prend ~20 minutes, alors que les autres (surtout should) sont au plus à ~10 minutes.
Couper shouldvdj en deux permettrait d'avoir plus rapidement le résultat / de lancer plus rapidement la suite quand c...Sur les domino*, `algo_shouldvdj` prend ~20 minutes, alors que les autres (surtout should) sont au plus à ~10 minutes.
Couper shouldvdj en deux permettrait d'avoir plus rapidement le résultat / de lancer plus rapidement la suite quand c'est le cas.
Mais... #2259 / !413 ne serait-il pas bien mieux ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4940Mettre à jour unbam ?2022-01-26T17:13:13+01:00Mathieu GiraudMettre à jour unbam ?
Ce qu'on utilise date d'il y a bientôt 5 ans. Pourquoi pas...
En attendant samtools a l'air plutôt actif, désormais sur git, mais je ne sais pas trop ce dont on aurait besoin: https://github.com/samtools/
Ce qu'on utilise date d'il y a bientôt 5 ans. Pourquoi pas...
En attendant samtools a l'air plutôt actif, désormais sur git, mais je ne sais pas trop ce dont on aurait besoin: https://github.com/samtools/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4939CLI11 : utiliser les Validators2022-01-26T17:14:11+01:00Mathieu GiraudCLI11 : utiliser les Validators
Suite à !1123.
Amélioré depuis la version 2.0: https://github.com/CLIUtils/CLI11#validators
On peut donc spécifier si les arguments sont des entiers, des flottants... et avoir un message d'erreur cohérent, dès le parsing de l'option.
Suite à !1123.
Amélioré depuis la version 2.0: https://github.com/CLIUtils/CLI11#validators
On peut donc spécifier si les arguments sont des entiers, des flottants... et avoir un message d'erreur cohérent, dès le parsing de l'option.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4938Use nlohmann json "Extended diagnosis messages" for parsing .g ?2022-01-26T17:14:11+01:00Mathieu GiraudUse nlohmann json "Extended diagnosis messages" for parsing .g ?Suite à !1123, une nouveauté de 3.10: https://json.nlohmann.me/home/exceptions/#extended-diagnostic-messages
Voir si `#define JSON_DIAGNOSTICS 1` suffirait et nous serviraitSuite à !1123, une nouveauté de 3.10: https://json.nlohmann.me/home/exceptions/#extended-diagnostic-messages
Voir si `#define JSON_DIAGNOSTICS 1` suffirait et nous serviraithttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4935Présenter les résultats en fonction des PCR plutôt qu'en fonction des locus2022-01-21T11:45:20+01:00Mathieu GiraudPrésenter les résultats en fonction des PCR plutôt qu'en fonction des locus
- Le plus simple, fusion de locus #4934
- Voudrait-on de temps en temps *séparer* certains locus ?
vidjil/support/lille-hemato#44
- Le plus simple, fusion de locus #4934
- Voudrait-on de temps en temps *séparer* certains locus ?
vidjil/support/lille-hemato#44