vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-06-26T10:38:30+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3309Makefile et vidjil.cpp2018-06-26T10:38:30+02:00Mathieu GiraudMakefile et vidjil.cppOn en a sûrement déjà parlé il y a quelques années, mais c'est toujours embêtant (surtout tant qu'on a pas #3308) que `make` recompile toujours `vidjil.cpp`, même quand c'est inutile.On en a sûrement déjà parlé il y a quelques années, mais c'est toujours embêtant (surtout tant qu'on a pas #3308) que `make` recompile toujours `vidjil.cpp`, même quand c'est inutile.Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3299Cas d'arrêt dans filterBioReaderWithACAutomaton()2018-07-04T13:40:30+02:00Mathieu GiraudCas d'arrêt dans filterBioReaderWithACAutomaton()En traçant un comportement inattendu (en essayant de faire un exemple pour #3297), je me pose des questions sur la ligne :
`if (asciiNum > indexes->size() - 1) { break; } `
Cyprien, quand est-ce que ceci est censé arriver ? Dans mon c...En traçant un comportement inattendu (en essayant de faire un exemple pour #3297), je me pose des questions sur la ligne :
`if (asciiNum > indexes->size() - 1) { break; } `
Cyprien, quand est-ce que ceci est censé arriver ? Dans mon cas, j'ai un `asciiNum` de `95` alors que `indexes->size() - 1` vaut `11` (il y a bien 11 genes dans le germline que j'utilise).
Si ce `break` est fait à tort dès le début, alors `result` est vide... et au final on prend tout le `BioReader` d'origine et on ne filtre pas (et on ne se rend pas compte d'un éventuel soucis de filtrage).Algo 2018.08Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3296L'heuristique n'est pas symétrique lorsqu'il y a cheuvauchement entre affecta...2018-07-12T18:26:07+02:00Mikaël SalsonL'heuristique n'est pas symétrique lorsqu'il y a cheuvauchement entre affectations before et after.Dans !148 un test sur les locus échoue mais ce n'est pas imputable à la MR (voir le job en question : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/117114).
La séquence n'est pas segmentée dans le sens + mais elle est segmentée en xxx da...Dans !148 un test sur les locus échoue mais ce n'est pas imputable à la MR (voir le job en question : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/117114).
La séquence n'est pas segmentée dans le sens + mais elle est segmentée en xxx dans le sens -, ce qui n'est pas forcément choquant. En revanche ce qui est choquant c'est que la séquence ne soit pas segmentée de la même manière dans les deux sens.
Ce type de cas se produit lorsqu'il y a chevauchement entre la fin d'une affectation `before` et le début d'une affectation `after` alors qu'on a atteint la valeur maximale (celle qui sert à déterminer le point de jonction). On a alors un plateau de valeurs maximales.
Le problème c'est que dans un sens les affectations `before` rencontrées sur ce plateau seront comptées comme « à gauche ». Ensuite le ratio entre le nombre à gauche et le nombre à droite risque d'être trop élevé et risque de provoquer une absence de segmentation.Algo 2018.08Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3291Les clones de taille nulle sont affichés dans la grille2018-06-15T20:28:36+02:00Mikaël SalsonLes clones de taille nulle sont affichés dans la grille* Aller ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25
* Sélectionner tous les clones dans la grille
* Constater que seuls quelques-uns sont sélectionnés* Aller ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25
* Sélectionner tous les clones dans la grille
* Constater que seuls quelques-uns sont sélectionnésMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3280Les nouveaux samples sont ajoutés de multiple fois2022-12-20T13:40:26+01:00Thonier FlorianLes nouveaux samples sont ajoutés de multiple foisIl s'agit ici d'une régression mais je ne retrouve pas l'issue d'origine (avis aux amateurs).
En ouvrant le set 27682, on voit que les samples sont ajouté une fois de plus à chaque position (le premier fichier est affiché 2 fois, le 2 ...Il s'agit ici d'une régression mais je ne retrouve pas l'issue d'origine (avis aux amateurs).
En ouvrant le set 27682, on voit que les samples sont ajouté une fois de plus à chaque position (le premier fichier est affiché 2 fois, le 2 l'est 3 fois, ...).
Il me semble qu'il y avait déjà eu ce souci et que nous l'avions corrigé. Je ne me souviens pas si il s'agit d'une erreur dans l'entrée dans la base de données, ou bien d'une boucle dans le script d'affichage.
@RyanHerb @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3279Segfault : Mauvais déplacement dans l'itérateur setOfWords2018-06-26T10:43:40+02:00Mathieu GiraudSegfault : Mauvais déplacement dans l'itérateur setOfWordsSur ma machine, certaines valeurs de `-Z` génèrent une segfault.
`./vidjil-algo -c segment -Z 50 -A -g germline/homo-sapiens.g:IGH -x 5 demo/Stanford_S22.fasta`
(dès la première séquence) `-Z 40` et `-Z 100` fonctionnent
`./vidjil-algo...Sur ma machine, certaines valeurs de `-Z` génèrent une segfault.
`./vidjil-algo -c segment -Z 50 -A -g germline/homo-sapiens.g:IGH -x 5 demo/Stanford_S22.fasta`
(dès la première séquence) `-Z 40` et `-Z 100` fonctionnent
`./vidjil-algo -Z 10 -A -g germline/homo-sapiens.g:IGH -x 30 demo/Stanford_S22.fasta`
(clone 13)
J'ai rajouté dans 28a372f9 un test `should-get-tests/stanford-Z.should-get` qui ne passe pas chez moi.Algo 2018.08Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3258Modification d'un sample avec un pre-process2018-07-27T17:29:06+02:00Anne de SeptenvilleModification d'un sample avec un pre-processJ'ai ajouté de nouveaux samples, mais j'ai oublié de les inclure dans un set existant.
C'était avant tout à fait possible d'ajouter un set a posteriori.
J'ai donc ajouté le set dans la page d'édition du sample (sans toucher à rien d'aut...J'ai ajouté de nouveaux samples, mais j'ai oublié de les inclure dans un set existant.
C'était avant tout à fait possible d'ajouter un set a posteriori.
J'ai donc ajouté le set dans la page d'édition du sample (sans toucher à rien d'autre), mais là Vidjil semble vouloir à nouveau faire tourner le pre-process (qui reste affiché comme [queued]). C'est assez embêtant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3248Deuxième barre dans le graphe pour "compare two samples"2018-05-31T17:24:18+02:00Mathieu GiraudDeuxième barre dans le graphe pour "compare two samples"8ed135b a réparé le `sp.otherVisibility`, qui était cassé depuis 5299801.
Mais je ne suis pas sûr que la deuxième barre soit réapparue...8ed135b a réparé le `sp.otherVisibility`, qui était cassé depuis 5299801.
Mais je ne suis pas sûr que la deuxième barre soit réapparue...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3239Filtrage de l'automate : Ne pas fixer un nombre minimal de résultats mais un ...2018-06-13T15:45:32+02:00Mikaël SalsonFiltrage de l'automate : Ne pas fixer un nombre minimal de résultats mais un nombre minimal de k-mersDans la fonction de filtrage je vois un
```
if(result.size() <= 2){
return origin;
}
```
Or il n'est pas question d'imposer un nombre minimal de gènes pertinents dans le `BioReader` filtré. Si on a qu'un seul gène pertinent (a...Dans la fonction de filtrage je vois un
```
if(result.size() <= 2){
return origin;
}
```
Or il n'est pas question d'imposer un nombre minimal de gènes pertinents dans le `BioReader` filtré. Si on a qu'un seul gène pertinent (avec un seul allèle), c'est très bien ! C'est d'ailleurs pour cela que les tests échouent maintenant, suite à #3238
Ce qu'on souhaite, en revanche, c'est ne pas filtrer s'il y a trop peu de k-mers similaires. Est-ce bien fait quelque part ?Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3224Lors du filtrage : décaler les valeurs des KmerAffect supérieures à AMBIGUOUS...2018-06-12T12:36:46+02:00Mikaël SalsonLors du filtrage : décaler les valeurs des KmerAffect supérieures à AMBIGUOUS ou UNKNOWNPour le filtrage, lors de la construction de l'automate d'AC, on prend soin à décaler les valeurs pour ne pas tomber sur les valeurs réservées à `AFFECT_AMBIGUOUS` et à `AFFECT_UNKNOWN`. Il faut bien penser à faire l'opération inverse lo...Pour le filtrage, lors de la construction de l'automate d'AC, on prend soin à décaler les valeurs pour ne pas tomber sur les valeurs réservées à `AFFECT_AMBIGUOUS` et à `AFFECT_UNKNOWN`. Il faut bien penser à faire l'opération inverse lorsqu'on récupère les résultats du filtrage.Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3221Valeurs triées en deux parties avec des histogrammes mélangeant entiers et fl...2018-08-14T23:32:08+02:00Mikaël SalsonValeurs triées en deux parties avec des histogrammes mélangeant entiers et flottants[Ici](https://dev.vidjil.org/browser/index.html?set=26836&config=49) (résultats de IgRec) nous avons un exemple où les longueurs moyennes des reads sont triées en deux blocs : les valeurs entières d'abord (les deux premiers labels) et le...[Ici](https://dev.vidjil.org/browser/index.html?set=26836&config=49) (résultats de IgRec) nous avons un exemple où les longueurs moyennes des reads sont triées en deux blocs : les valeurs entières d'abord (les deux premiers labels) et les valeurs flottantes de l'autre.
Il n'est pas absurde que le fichier donné en entrée mélange les deux valeurs : on peut très bien avoir une longueur toujours identique (par exemple 150) et dans d'autres cas un mélange de différentes longueurs qui donne une moyenne de 143.214321
Il n'y a pas de souci en mode grille (cf. #2700).
S'il y a un fix simple de ce problème, on ne va peut-être pas attendre que #2700 soit résolu (qui semble plus complexe).
Proche mais différent de #2905.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3213Éditer un sample qui possède un pre-process empêche de relancer une analyse d...2019-09-24T11:20:32+02:00Mikaël SalsonÉditer un sample qui possède un pre-process empêche de relancer une analyse dessusQuand on édite un fichier possédant un pre-process, le `sequence_file.pre_process_flag` passe à `WAIT` ce qui affiche le pre-process comme étant « `QUEUED` » (ce qui n'est d'ailleurs pas le cas). Cet état empêche ensuite de (re)lancer to...Quand on édite un fichier possédant un pre-process, le `sequence_file.pre_process_flag` passe à `WAIT` ce qui affiche le pre-process comme étant « `QUEUED` » (ce qui n'est d'ailleurs pas le cas). Cet état empêche ensuite de (re)lancer toute analyse sur ce fichier, puisque l'analyse se met en état « STOPPED » attendant que le pre-process se finisse (ce qui n'arrivera jamais… puisqu'aucun pre-process n'a été relancé).
Éditer un fichier avec un pre-process, ne devrait pas toucher à l'état du `pre_process_flag` (à moins qu'on ait vraiment changé des choses sur le pre-process utilisé).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3202Plus d'enregistrement du first login/last login2018-10-02T17:50:19+02:00Thonier FlorianPlus d'enregistrement du first login/last loginJe viens de créer un compte utilisateur; Celui-ci, très rapide, à déposé des données dans l'heure. Pourtant, lorsque l'on accède au tableau users, aucune trace de sa connexion, ni des quelques derniers utilisateurs.
Un point de rappel, ...Je viens de créer un compte utilisateur; Celui-ci, très rapide, à déposé des données dans l'heure. Pourtant, lorsque l'on accède au tableau users, aucune trace de sa connexion, ni des quelques derniers utilisateurs.
Un point de rappel, le bug semble être apparut en même temps que la modification des noms de groupes (numérotation sur 4 chiffres).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3157Plusieurs configs ne sont plus visibles2020-05-28T13:08:28+02:00Mikaël SalsonPlusieurs configs ne sont plus visiblesJe n'en vois plus que 10 au lieu des 36 qui existent (aussi bien dans la liste des configs que lorsqu'il faut choisir une config à lancer).Je n'en vois plus que 10 au lieu des 36 qui existent (aussi bien dans la liste des configs que lorsqu'il faut choisir une config à lancer).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3140Les flèches < > sur un sample set amènent à un autre sample set complètement ...2018-04-06T07:07:21+02:00Mikaël SalsonLes flèches < > sur un sample set amènent à un autre sample set complètement randomUn problème peut-être similaire à #3138 ?
En attendant une correction je vais virer à la main les flèches…Un problème peut-être similaire à #3138 ?
En attendant une correction je vais virer à la main les flèches…https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3138Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer ou éditer les nouveaux sample sets ...2018-04-05T19:00:00+02:00Mikaël SalsonLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer ou éditer les nouveaux sample sets créésConstaté sur les comptes 48 ou 70 qui ont utilisé la nouvelle fonctionnalité.Constaté sur les comptes 48 ou 70 qui ont utilisé la nouvelle fonctionnalité.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3128Point caché (dans l'épingle) qui apparaît malgré tout dans le graphique2022-05-12T11:12:09+02:00Mikaël SalsonPoint caché (dans l'épingle) qui apparaît malgré tout dans le graphiqueSignalé par ~"LIL-Lille".
Il y a 3 points pour un patient mais 1 a été caché manuellement. Après avoir fait un compare patients, en retournant voir les résultats de ce patient, le 3è apparait comme fantôme (ou une copie du 1er ?) à la 2è...Signalé par ~"LIL-Lille".
Il y a 3 points pour un patient mais 1 a été caché manuellement. Après avoir fait un compare patients, en retournant voir les résultats de ce patient, le 3è apparait comme fantôme (ou une copie du 1er ?) à la 2è position.
@Aurelie va nous envoyer le lien.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3097Add set : erreur serveur si unicode dans le nom2018-03-22T17:39:13+01:00Mathieu GiraudAdd set : erreur serveur si unicode dans le nomVu au moins pour
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Bloque vdj#626.Vu au moins pour
- Last Name de "add patient"
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Bloque vdj#626.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3093Sur dev des workers sont présents, mais les tâches restent QUEUED2018-03-22T11:33:19+01:00Mikaël SalsonSur dev des workers sont présents, mais les tâches restent QUEUEDDepuis les problèmes qu'on a eus sur dev.vidjil.org, les tâches ne sont plus attribuées à des workers. Alors qu'il y a pourtant des workers qui existent.
/cc @RyanHerbDepuis les problèmes qu'on a eus sur dev.vidjil.org, les tâches ne sont plus attribuées à des workers. Alors qu'il y a pourtant des workers qui existent.
/cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3092Edit information sur un sample set renvoie une 4042018-03-22T09:59:19+01:00Mikaël SalsonEdit information sur un sample set renvoie une 404Discuté avec @RyanHerb.
Quand on est sur un sample set on ne peut pas éditer l'information (le nom du contrôleur n'est pas correct).Discuté avec @RyanHerb.
Quand on est sur un sample set on ne peut pas éditer l'information (le nom du contrôleur n'est pas correct).